Frankfurt Institute for Advanced Studies
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Aspekte Schwarzer Geschichte(n) in "Berlin Global" : eine Führungs- und Ausstellungsreflexion
No full textFebruar ist Black History Month und damit der ideale Zeitpunkt, eine Blogserie über Berliner Orte zu beginnen, die wir - Gianna Zocco und Sandra Folie - im Zuge unseres neuen Forschungsprojekts "Schwarze Narrative transkultureller Aneignung" besuchen: Museen, Theater, Verlage, Archive usw., die für eine afroeuropäisch fokussierte Literatur- und Kulturforschung relevant sind und mit denen wir ins Gespräch kommen wollen. Die erste Exkursion führte mich zur Ausstellung BERLIN GLOBAL im Humboldt Forum, die zu zeigen versucht, "wie die Stadt und ihre Menschen mit der Welt verbunden sind". Sie beruft sich dabei auf eine vielstimmige, partizipative Konzeption und Umsetzung und beschäftigt sich intensiv mit dem Thema des Kolonialismus und seinen Nachwirkungen. Unter dem Titel "Sichtbar werden" führten eine externe afrodeutsche Expertin und eine Museumsvermittlerin im Gespräch - miteinander, aber auch mit der Gruppe - durch die Spuren Schwarzer Geschichte(n) in der Ausstellung. Welche Aspekte Schwarzer Geschichte(n) müssen aber in einer solchen Ausstellung erst im Rahmen einer speziellen Führung "sichtbar werden", fragte ich mich vorab. Und würde sich die Führung mit ihrem Anspruch der Sichtbarmachung als ein Akt des 'narrating back' und damit der partiellen oder temporären Aneignung eines (zu) weiß kodierten Raumes wie des Humboldt Forums begreifen lassen? Die Expertin, die den thematischen Fokus setzte, war Tanja-Bianca Schmidt, freie Kuratorin und Kunsthistorikerin an der TU Dresden mit den Schwerpunkten Black Identity, rassismuskritische Kunstgeschichte, Ästhetik der Migration und Postkoloniale Theorie. Zusätzlich zu ihrer beruflichen Expertise brachte sie ihre persönlichen Erfahrungen als Schwarze Deutsche mit ein. Sophie Eliot, die als Outreach-Spezialistin für das Stadtmuseum Berlin tätig ist und sich in der diskriminierungskritischen und -sensiblen Museumsarbeit verortet, war ihre Gesprächspartnerin
Verbal memory performance in adolescents and adults with ADHD
No full textBeyond well-established difficulties with working memory in individuals with attention deficit hyperactivity disorder (ADHD), evidence is emerging that other memory processes may also be affected. We investigated, first, which memory processes show differences in adults and adolescents with ADHD in comparison to control participants, focusing on working and short-term memory, initial learning, interference, delayed and recognition memory. Second, we investigated whether ADHD severity, co-occurring depressive symptoms, IQ and physical fitness are associated with the memory performance in the individuals with ADHD.
We assessed 205 participants with ADHD (mean age 25.8 years, SD 7.99) and 50 control participants (mean age 21.1 years, SD 5.07) on cognitive tasks including the digit span forward (DSF) and backward (DSB), the Rey Auditory Verbal Learning Test (RAVLT), and the vocabulary and matrix reasoning subtests of the Wechsler Abbreviated Scale of Intelligence. Participants with ADHD were additionally assessed on ADHD severity, depression symptoms and cardiorespiratory fitness. A series of regressions were run, with sensitivity analyses performed when variables were skewed.
ADHD-control comparisons were significant for DSF, DSB, delayed and recognition memory, with people with ADHD performing less well than the control participants. The result for recognition memory was no longer significant in sensitivity analysis. Memory performance was not associated with greater ADHD or depression symptoms severity. IQ was positively associated with all memory variables except DSF. Cardiorespiratory fitness was negatively associated with the majority of RAVLT variables.
Individuals with ADHD showed difficulties with working memory, short-term memory and delayed memory, as well as a potential difficulty with recognition memory, despite preserved initial learning
The impact of dormancy on evolutionary branching
No full textHighlights
• We study dormancy in the ‘rare mutation’ regime of stochastic adaptive dynamics.
• We first derive the polymorphic evolution sequence, based on prior work.
• Our evolutionary branching criterion extends a result by Champagnat and Méléard.
• In a classical model dormancy can favour evolutionary branching.
• Dormancy also affects several more population characteristics.
Abstract
In this paper, we investigate the consequences of dormancy in the ‘rare mutation’ and ‘large population’ regime of stochastic adaptive dynamics. Starting from an individual-based micro-model, we first derive the Polymorphic Evolution Sequence of the population, based on a previous work by Baar and Bovier (2018). After passing to a second ‘small mutations’ limit, we arrive at the Canonical Equation of Adaptive Dynamics, and state a corresponding criterion for evolutionary branching, extending a previous result of Champagnat and Méléard (2011).
The criterion allows a quantitative and qualitative analysis of the effects of dormancy in the well-known model of Dieckmann and Doebeli (1999) for sympatric speciation. In fact, quite an intuitive picture emerges: Dormancy enlarges the parameter range for evolutionary branching, increases the carrying capacity and niche width of the post-branching sub-populations, and, depending on the model parameters, can either increase or decrease the ‘speed of adaptation’ of populations. Finally, dormancy increases diversity by increasing the genetic distance between subpopulations
Direct translation of incoming retroviral genomes
No full textViruses that carry a positive-sense, single-stranded (+ssRNA) RNA translate their genomes soon after entering the host cell to produce viral proteins, with the exception of retroviruses. A distinguishing feature of retroviruses is reverse transcription, where the +ssRNA genome serves as a template to synthesize a double-stranded DNA copy that subsequently integrates into the host genome. As retroviral RNAs are produced by the host cell transcriptional machinery and are largely indistinguishable from cellular mRNAs, we investigated the potential of incoming retroviral genomes to directly express proteins. Here we show through multiple, complementary methods that retroviral genomes are translated after entry. Our findings challenge the notion that retroviruses require reverse transcription to produce viral proteins. Synthesis of retroviral proteins in the absence of productive infection has significant implications for basic retrovirology, immune responses and gene therapy applications
Cotranscriptional folding and fragment-based drug discovery of regulatory mRNA
No full textThis work investigated cyclic-di-nucleotide (CDN) riboswitches, gaining a detailed understanding of their folding during transcription and the feasibility of 19F-NMR fragment-based screening for RNA binding lead structures for riboswitch aptamers
Biophysical investigations on the crosstalk and kinetics of the bacterial ABC-exporter MsbA by MAS-NMR
No full textDie Zahl der gramnegativen Bakterien auf der WHO-Liste der Antibiotikaresistenzen hat in den letzten Jahrzehnten erheblich zugenommen. Schätzungen zufolge wird die Antibiotikaresistenz bis 2050 tödlicher sein als Krebs. Die äußere Membran gramnegativer Bakterien ist aufgrund ihres wichtigsten Strukturbestandteils, des Lipopolysaccharids (LPS), sehr anpassungsfähig an Umweltveränderungen. Das LPS macht gramnegative Bakterien von Natur aus resistent gegen viele Antibiotika und führt somit zu Antibiotikaresistenz. Der bakterielle ATP-bindende Kassettentransporter (ABC-Transporter) MsbA spielt eine entscheidende Rolle bei der Regulierung der bakteriellen Außenmembran, indem er das Kern-LPS durch ATP-Hydrolyse über die Innenmembran von gramnegativen Bakterien flockt. Darüber hinaus fungiert diese Floppase als Efflux-Pumpe, indem sie Medikamente durch die innere Membran transportiert, was sie zu einem interessanten Ziel für Medikamente macht. Vor kurzem wurden zwei verschiedene Klassen von MsbA-Inhibitoren entdeckt: (1) Tetrahydrobenzothiophene (TBT), die den LPS-Transport aufheben, und (2) Chinolinderivate, die sowohl die ATP-Hydrolyse als auch die LPS-Translokation blockieren. Darüber hinaus hat die Bestimmung der 3D-Struktur von MsbA durch Rontgen- und Kryo-EM mehrere interessante Zustände der Floppase ergeben. Die Kernspinresonanzspektroskopie ist eine hervorragende biophysikalische Methode zur Ergänzung der vorhandenen 3D-Strukturdaten. Insbesondere ermöglicht die Festkörper-NMR die Untersuchung von Membranproteinen in einer nativen Umgebung (z. B. in einer Lipiddoppelschicht). In der Vergangenheit hat unser Labor mithilfe der Festkörper-NMR einige detaillierte Mechanismen von MsbA aufgedeckt. Trotz der zahlreichen Fortschritte bei der Untersuchung der ABC-Transporterprotein-Superfamilie ist der spezifische Prozess der Substrattranslokation von MsbA noch immer unbekannt. Es wird angenommen, dass dieser Translokationsprozess über die Kopplungshelices (CHs) erfolgt, die sich zwischen der Transmembranregion (TMD) und der Nukleotidbindungsdomäne (NBD) befinden. Nukleotid-Bindungsdomäne (NBD). Zu diesem Zweck wird dem Zusammenspiel zwischen der TMD und der NBD über die CHs besondere Aufmerksamkeit gewidmet, mit dem Ziel, den Prozess der Substrattranslokation mithilfe von funktionellen Assays und Festkörper-NMR zu verstehen. Bei letzterem wurden spezifische Reporter in die CHs eingeführt, um Konformationsänderungen in 2D-spektroskopischen Daten zu verfolgen. Darüber hinaus wurde zeitaufgelöste NMR eingesetzt, um die Auswirkungen verschiedener Substrate in der TMD während der ATP-Hydrolyse in der NBD sichtbar zu machen. Die einzigartigen Reporter in den CHs haben Konformationsänderungen in bestimmten katalytischen Zuständen gezeigt. Darüber hinaus scheinen verschiedene Substrate die Kinetik der ATP-Hydrolyse zu beeinflussen. Die Ergebnisse zeigten, dass einige Substrate einen bevorzugten katalytischen Zustand innerhalb des ATP-Hydrolyse Zyklus aufweisen, der möglicherweise einen gekoppelten oder ungekoppelten Kinasemechanismus hat. Diese Ergebnisse könnten verschiedene Einblicke in die molekulare Struktur potenzieller neuer Antibiotika liefern
BOLD Moments: modeling short visual events through a video fMRI dataset and metadata
No full textStudying the neural basis of human dynamic visual perception requires extensive experimental data to evaluate the large swathes of functionally diverse brain neural networks driven by perceiving visual events. Here, we introduce the BOLD Moments Dataset (BMD), a repository of whole-brain fMRI responses to over 1,000 short (3s) naturalistic video clips of visual events across ten human subjects. We use the videos’ extensive metadata to show how the brain represents word- and sentence-level descriptions of visual events and identify correlates of video memorability scores extending into the parietal cortex. Furthermore, we reveal a match in hierarchical processing between cortical regions of interest and video-computable deep neural networks, and we showcase that BMD successfully captures temporal dynamics of visual events at second resolution. With its rich metadata, BMD offers new perspectives and accelerates research on the human brain basis of visual event perception
Structure and RNA-binding of the helically extended Roquin CCCH-type zinc finger
No full textZinc finger (ZnF) domains appear in a pool of structural contexts and despite their small size achieve varying target specificities, covering single-stranded and double-stranded DNA and RNA as well as proteins. Combined with other RNA-binding domains, ZnFs enhance affinity and specificity of RNA-binding proteins (RBPs). The ZnF-containing immunoregulatory RBP Roquin initiates mRNA decay, thereby controlling the adaptive immune system. Its unique ROQ domain shape-specifically recognizes stem-looped cis-elements in mRNA 3’-untranslated regions (UTR). The N-terminus of Roquin contains a RING domain for protein-protein interactions and a ZnF, which was suggested to play an essential role in RNA decay by Roquin. The ZnF domain boundaries, its RNA motif preference and its interplay with the ROQ domain have remained elusive, also driven by the lack of high-resolution data of the challenging protein. We provide the solution structure of the Roquin-1 ZnF and use an RBNS-NMR pipeline to show that the ZnF recognizes AU-rich elements (ARE). We systematically refine the contributions of adenines in a poly(U)-background to specific complex formation. With the simultaneous binding of ROQ and ZnF to a natural target transcript of Roquin, our study for the first time suggests how Roquin integrates RNA shape and sequence specificity through the ROQ-ZnF tandem
Medicinal products with pH-dependent solubility - a problem for BA/BE assessment?
No full textThe ICH M13A draft bioequivalence guideline allows the exclusion of very low plasma profiles from the statistical evaluation in exceptional cases, i.e., if such phenomenon occurs due to non-compliance of subjects (not swallowing the product). Moreover, the draft ICH guideline requests additional bioequivalence studies for medicinal products with pH-dependent solubility after concomitant administration of gastric pH modifying preparations, e.g., proton pump inhibitors. Both regulations are scientifically sound, however, would need further specification. Main problem in this context is that compounds with very low solubility and slow intrinsic dissolution in the intestinal environment will cause significant bioavailability problems if their solid oral dosage forms are emptied from the stomach undisintegrated. Also very low plasma profiles may result under these circumstances. Such cases can occur accidentally and are not resultant of non-compliance. Thus, limitation for one case per study only as suggested in the guideline is not justified
Optimization of the high brightness beam performance of the CERN PSB with H-injection
No full textIn the framework of the LHC Injectors Upgrade Project (LIU), the CERN Proton Synchrotron Booster (PSB) went through major upgrades resulting in new effects to study, challenges to overcome and new parameter regimes to explore. To assess the achievable beam brightness limit of the machine, a series of experimental and computational studies in the transverse planes were performed. In particular, the new injection scheme induces optics perturbations that are strongly enhanced near the half-integer resonance. In this thesis, methods for dynamically measuring and correcting these perturbations and their impact on the beam performance will be presented. Additionally, the quality of the transverse beam distributions and strategies for improvement will be addressed. Finally, the space charge effects when dynamically crossing the half-integer resonance will be characterized. The results of these studies and their broader significance beyond the PSB will be discussed