French Research Institute for Exploitation of the Sea
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Le projet PastSatAb pour reconstruire des séries temporelles d’abondance et de taux d’exploitation du saumon atlantique en France
No full textLe projet PastSatAb, porté par le pôle OFB-INRAe-Institut Agro-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement (MIAME), a pour objectif de reconstruire les séries temporelles d’abondance et de taux d’exploitation du saumon en France afin d’alimenter les modèles d’évaluation de stock développés par le groupe de travail sur le saumon de l'Atlantique Nord du Conseil international pour l’exploration de la mer (CIEM WGNAS). Une approche de modélisation bayésienne intégrée, combinant des données hétérogènes de captures, d’abondances (régionales ou locales) et de surface d’habitat saumon a été mise en œuvre pour valoriser au mieux la connaissance disponible. Le modèle bayésien hiérarchique développé a permis de reconstruire les séries temporelles d’abondance et de taux d’exploitation, par classes d’âge de mer, sur la période de 1970 à 2020 pour les cinq grandes régions qui hébergent des populations de saumon, à savoir, le Nord, la Bretagne, la Loire-Allier, la Garonne-Dordogne et l’Adour.Grâce à l'intégration de données et d'expertise à l’échelle régionale, le projet a permis de mettre en évidence la diversité régionale des dynamiques de population et d’exploitation. L’agrégation de ces dynamiques régionales à une échelle nationale apporte un nouveau regard sur l’évolution des abondances, notamment sur le déclin des saumons à court séjour marin, qui s'avère moins prononcé que ce qui était estimé jusqu’à présent.Des ajustements sont nécessaires pour intégrer ces nouvelles estimations dans le processus d’évaluation de stock du WGNAS. Une approche méthodologique devra être mise en place pour actualiser chaque année les estimations du modèle dans un contexte où les données nécessaires pour produire les estimations pourraient être amenées à se raréfier
OCEAN. Analysis, Evaluation And Impact Assessment Of Funded Projects (2005–2024)
No full textCe cahier Océan dresse le bilan de 20 années de recherche soutenues par l’ANR. Il revient sur les avancées majeures, en mettant en lumière la richesse des thématiques explorées, la diversité des partenariats mobilisés, ainsi que les retombées scientifiques, sociétales et économiques des projets financés.
Cette étude sur deux décennies permet d’aborder les impacts de la recherche cofinancée par l’Agence, et montre que les avancées scientifiques publiées internationalement contribuent aux réflexions et aux orientations des politiques publiques à l’échelle nationale, européenne et mondiale – un tiers des projets ayant en effet produit des publications qui ont été utilisées dans ce cadre. Sur le plan des retombées socioéconomiques, 10 % des projets ont fait l’objet de publications citées dans les argumentaires de dépôt des brevets, en particulier dans le domaine du phytoplancton et des algues. L’excellence des résultats scientifiques obtenus par le biais de ces projets financés bénéficie ainsi à l’ensemble de la société et de ses acteurs.
Les océans, qui couvrent 70 % de la planète, régulent le climat, abritent une biodiversité exceptionnelle et constituent un réservoir vital de ressources. Cependant, les pressions anthropiques sur les écosystèmes marins s’accroissent. Le réchauffement climatique, la pollution et l’exploitation intensive des ressources menacent leur équilibre. Face à ces défis, il est plus que jamais nécessaire de souligner le rôle essentiel de la recherche scientifique pour garantir un avenir maritime durable
Avis de l'Ifremer sur les dispositions proposées concernant la création de 3 fermes expérimentales d’élevage de macroalgues sur filières (projet OPALGUE) sur le littoral des Hauts-de-France.
No full textÉvaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Départements des Bouches-du-Rhône, du Var et de la Haute-Corse. Période 2022-2024
No full textAprès un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats des réseaux de surveillance microbiologique des zones de production de coquillages (REMI) et d’observation des contaminants chimiques (ROCCH), ce rapport effectue un bilan national et décrit le programme annuel des départements des Bouches-du-Rhône, du Var et de la Haute- Corse. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité des zones de production de coquillages classées pour la période 2022- 2024
Évaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Département de Loire-Atlantique. Période 2022-2024
No full textAprès un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats, ce rapport décrit les résultats obtenus entre 2022 et 2024 pour le réseau de surveillance microbiologique REMI et du réseau de surveillance de la contamination chimique ROCCH du département de Loire-Atlantique. Il présente l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées.
En 2024, 37 alertes ont été déclenchées : 30 de niveau 0, 6 de niveau 1 et 1 de niveau 2. Sur les 29 zones classées, 22 zones présentent une qualité estimée concordante avec le classement, 3 zones présentent une qualité estimée discordante avec le classement et 4 zones n’ont pas suffisamment de données pour pouvoir estimer leur qualité (zones à exploitation occasionnelle).Mots-clés / Key words :
Ifremer, REMI, Escherichia coli, contamination bactériologique des coquillages, ROCCH, contaminants chimiques, milieu marin, estimation de la qualité sanitaire des zones de production, département de Loire-Atlantiqu
Mechanistic modelling reveals tuna physiological condition is not a driver of floating object association
No full textAssessing the proximate and ultimate causes of animal behaviour is crucial for understanding the impact of human activities on wild species. However, for animals that are difficult to observe in the wild, such as pelagic fish species, identifying the causes and consequences of their behaviour can be particularly challenging. Here, we show the effectiveness of mechanistic modelling, combined with correlative approaches on empirical data, to determine the causation and consequences of behaviour. A behavioural model is developed to investigate the causal relationship between the associative behaviour of tropical tunas with floating objects and their physiological condition. Comparison with empirical data on tuna condition measured in the Western Indian Ocean suggests the rejection of the hypothesis that the physiological condition of tuna is a proximate cause of their associative behaviour. This study contributes to the assessment of the impact on tuna physiology of habitat changes induced by the massive use of floating objects introduced by tuna fishers
Réhabilitation du Domaine Public Maritime du Bassin d'Arcachon : Bilan d'activité 2024. Secteur du Tès
No full textLe projet IDHEBARC s’intéresse à l’impact potentiel des travaux maritimes (nettoyage des friches ostréicoles, dragage des ports, …) sur les herbiers de zostères du Bassin d’Arcachon. Ce projet pluriannuel comporte des actions de modélisation hydrosédimentaire visant à cartographier l’intensité des impacts potentiels, et un suivi de l’évolution de l’emprise et du recouvrement des herbiers et de la composition de leur fond sédimentaire.
Ce rapport présente les résultats du suivi réalisé dans le secteur du Tès (Bassin d’Arcachon) où des travaux de réhabilitation du Domaine Public Maritime ont été réalisés entre janvier 2022 et juin 2023
Anticoagulant Potential of Modified Sulfated Exopolysaccharides from Deep-Sea Bacteria: Toward Non-Animal Heparin Alternatives
No full textHeparin, a widely used polysaccharidic anticoagulant of animal origin, is associated with risks of contamination and adverse effects, notably bleeding and thrombocytopenia. These limitations have prompted interest in alternative sulfated polysaccharides with anticoagulant properties and improved safety profiles. This study explored the anticoagulant potential of two marine bacterial exopolysaccharides (EPS), infernan and diabolican. It assessed whether chemical modifications (depolymerization, oversulfation) could enhance their anticoagulant properties compared to unfractionated and low molecular weight heparins. Native EPS were depolymerized to generate different molecular weights and then chemically oversulfated to increase negative charge density. Anticoagulant activities were evaluated using clotting and thrombin generation assays (TGA). Molecular docking was performed to model interactions with antithrombin and heparin cofactor II. Only highly sulfated derivatives significantly prolonged activated partial thromboplastin time while showing negligible effect on thrombin time and anti-factor Xa activity. They present different structures, and their binding to antithrombin is not achieved via the classic pentasaccharide motif. In TGA, these derivatives inhibited thrombin formation at higher doses than heparin but induced a marked delay in clot generation. Docking analyses supported their ability to bind serpins, albeit with lower specificity than heparin. Their limited anti-Xa activity and non-animal origin position them as promising anticoagulant candidates
Species assemblages of key prey taxa from the Southern Ocean and the Southern Indian Ocean using biogeographic networks
No full textPlankton plays an important role in the functioning of marine ecosystems, for example, through their role as prey. It is therefore important to understand the spatial distribution of assemblages of key taxa. This study aimed to determine the effect of hydrologic and topographic features on two major macrozooplankton groups: euphausiids and amphipods, which are important prey of seabirds and marine mammals. The biogeography of these taxa’s species between the Southern Indian Ocean and the North Indian sector of the Southern Ocean will be assessed by network analyses on species abundances. Our results from the REPCCOAI surveys from 2017 to 2019 between Crozet, Kerguelen and St Paul and New Amsterdam revealed a strong biogeographic separation between the subtropical and subantarctic zones. Species assemblages for each major taxon revealed a distinction between off shelf areas and the neritic zone and between high and low productivity areas, underlining the role of the subantarctic islands and their effect on primary production in the biogeography of the southern plankton. In the subtropical Indian Ocean, no significant major distinction was observed with the network analysis, even if some sites seem to show an influence of the Agulhas Return Current.Le plancton joue un rôle important dans le fonctionnement des écosystèmes marins, notamment en tant que proie. Il est donc important de comprendre la distribution spatiale des assemblages de taxons clés. Cette étude visait à déterminer l’effet des caractéristiques hydrologiques et topographiques sur deux grands groupes de macrozooplancton : les euphausiacés amphipodes , qui constituent des proies importantes pour les oiseaux et les mammifères marins. La biogéographie des espèces de ces taxons entre le sud de l’océan Indien et le secteur nord de l’océan Indien dans l’océan Austral sera évaluée à l’aide d’analyses de réseau sur l’abondance des espèces. Nos résultats issus des campagnes REPCCOAI menées entre 2017 et 2019 entre Crozet, Kerguelen, Saint-Paul et Amsterdam ont révélé une forte séparation biogéographique entre les zones subtropicales et subantarctiques. Les assemblages d’espèces pour chaque taxon majeur ont révélé une distinction entre les zones au large des côtes et la zone néritique, ainsi qu’entre les zones à forte et faible productivité, soulignant le rôle des îles subantarctiques et leur effet sur la production primaire dans la biogéographie du plancton austral. Dans l’océan Indien subtropical, aucune distinction majeure n’a été observée à l’aide de l’analyse de réseau, même si certains sites semblent montrer une influence du courant de retour des Aiguilles.El plancton desempeña un papel importante en el funcionamiento de los ecosistemas marinos, por ejemplo, como presa. Por esta razón, es importante conocer la distribución espacial de las agrupaciones de taxones clave. El objetivo de este estudio es determinar el efecto de las características hidrológicas y topográficas sobre dos grandes grupos de macrozooplancton: los eufásidos y los anfípodos, que son presas importantes de aves y mamíferos marinos. Se evalúa la biogeografía de las especies de estos taxones en la confluencia entre el Océano Índico Meridional y el sector índico septentrional del Océano Austral mediante un análisis de redes de la abundancia de las especies. Nuestros resultados derivados de los estudios REPCCOAI (2017 a 2019) entre Crozet, Kerguelén y St Paul y Nueva Ámsterdam revelan una marcada separación biogeográfica entre las zonas subtropical y subantártica. Las agrupaciones de especies de cada taxón principal revelan una distinción entre zonas fuera de la plataforma y la zona nerítica y entre zonas de alta y baja productividad, lo que subraya el papel de las islas subantárticas y su efecto sobre la producción primaria en la biogeografía del plancton austral. En el Océano Índico subtropical, el análisis de redes no muestra diferencias significativas, aunque algunos sitios parecen presentar influencia de la corriente de retorno de Agulhas
Comparative performance of viral landscape phylogeography approaches
No full textThe rapid evolution of RNA viruses implies that their evolutionary and ecological processes occur on the same time scale. Genome sequences of these pathogens therefore can contain information about the processes that govern their transmission and dispersal. Landscape phylogeographic approaches use phylogeographic reconstructions to investigate the impact of environmental factors and variables on the spatial spread of viruses. Here, we extend and improve existing approaches and develop three novel landscape phylogeographic methods that can test the impact of continuous environmental factors on the diffusion velocity of viral lineages. In order to evaluate the different methods, we also implemented two simulation frameworks to test and compare their statistical performance. The results enable us to formulate clear guidelines for the use of three complementary landscape phylogeographic approaches that have sufficient statistical power and low rates of false positives. Our open-source methods are available to the cientific community and can be used to investigate the drivers of viral spread, with potential benefits for understanding virus epidemiology and designing tailored intervention strategies