Repositório Científico de Acesso Aberto da ULisboa
Not a member yet
95032 research outputs found
Sort by
Perspetivas geracionais da corrupção em Portugal: uma visão comparada entre jovens e seniores
No full textinfo:eu-repo/semantics/publishedVersio
Ocular diseases in brachycephalic cats : a retrospective study of 50 cases
No full textDissertação de Mestrado Integrado em Medicina Veterinária, área científica de ClínicaBackground: Cat brachycephalic breeds have anatomical abnormalities that predispose them to respiratory, dermatological, dental, and ocular disorders. The prominent globes, reduced corneal sensitivity, and lower blinking rates increase the risk of ocular conditions Purpose: This retrospective study aimed to identify the most prevalent ocular signs, the most commonly diagnosed diseases and the therapeutic protocols in this studied sample of brachycephalic cats and assess whether certain breeds are more prone to certain diseases. Materials and Methods: Fifty brachycephalic cats underwent complete ophthalmological exams, including neuro-ophthalmological assessment, Schirmer tear testing, tonometry, biomicroscopy, fundoscopy, and fluorescein staining when needed. Variables at study included iatrotropic stimulus, whether the consultation was a referral, ocular signs, ocular diseases and the therapeutic protocols. Data were analyzed using Microsoft Excel and Epitools 2025, Ausvet Pty Lt, Australia. Results: There was a total of 193 cats that were examined by the ophthalmology specialist, however, of these, 143 were non-brachycephalic, while the remaining 50 were brachycephalic. The study population (50 cats, 54% female, 46% male, aged 5.6 ± 4.0 years) included 56% Persian, 20% British Blue, 12% Scottish Fold, and 12% Himalayan breeds. Common clinical signs were epiphora observed in 80% of patients, blepharospasm in 78%, and a corneal dark plaque in 48% of the cases. Corneal sequestrum (48%), entropion (22%), and corneal ulceration (16%) were the most prevalent ocular diseases. Treatment included surgery in 28 cases, 75% of them were related with corneal sequestrum and consisted in keratectomy, amniotic membrane graft, bandage contact lens and tarsorrhaphy while 32% cases presented with entropion and underwent Hotz-Celsus blepharoplasty. Medical treatment was always advised. Conclusions: Ocular diseases were common in brachycephalic cats, with corneal sequestrum and entropion being the most prevalent. Patients exhibited two or more clinical signs, reinforcing the complexity of brachycephalic ocular syndrome, as these breeds are frequently affected by more than one ocular condition. Corneal involvement was the most likely ophthalmological problem in brachycephalic cats. Early diagnosis and treatment are crucial to prevent irreversible damage. This study reinforces the need for early ophthalmological routine evaluations and responsible breeding practices due to the health risks associated with the more pronounced phenotypes of these feline brachycephalic breedsRESUMO - OCULAR DISEASES IN BRACHYCEPHALIC CATS : A RETROSPECTIVE STUDY OF 50
CASES - Introdução: As raças braquicefálicas de gatos apresentam alterações anatómicas que os predispõem a doenças respiratórias, dermatológicos, dentários e oculares. A proeminência dos globos oculares, a reduzida sensibilidade da córnea e a menor frequência de pestanejo aumentam o risco de lesões oculares. Objetivo: Este estudo retrospetivo teve como objetivo identificar os sinais oculares mais prevalentes, as doenças mais frequentemente diagnosticadas e os protocolos terapêuticos utilizados numa amostra de gatos braquicefálicos, bem como avaliar se determinadas raças apresentam maior predisposição para certas doenças. Materiais e Métodos: Cinquenta gatos braquicefálicos foram submetidos a exames oftalmológicos completos, incluindo avaliação neuro-oftalmológica, teste lacrimal de Schirmer, tonometria, biomicroscopia, fundoscopia e coloração com fluoresceína, quando necessário. As variáveis analisadas incluíram o motivo da consulta, se a consulta era referenciada, sinais clínicos oculares, doenças oculares diagnosticadas e os respetivos protocolos terapêuticos. Os dados foram analisados com recurso ao Microsoft Excel e ao Epitools 2025, Ausvet Pty Lt, Austrália. Resultados: Foram examinados, no total, 193 gatos por um especialista em oftalmologia, dos quais 143 eram não braquicefálicos e os restantes 50 eram braquicefálicos. A população em estudo (50 gatos, 54% fêmeas, 46% machos, com idade média de 5,6 ± 4,0 anos) incluiu 56% da raça Persa, 20% British Blue, 12% Scottish Fold e 12% Himalaia. Os sinais clínicos mais comuns foram epífora em 80% dos pacientes, blefarospasmo em 78% e placa escura da córnea em 48% dos casos. As doenças oculares mais prevalentes foram sequestro da córnea (48%), entrópion (22%) e ulceração da córnea (16%). O tratamento cirúrgico foi realizado em 28 casos – 75% relacionados com sequestro da córnea e 32% com entrópion. O tratamento médico foi sempre recomendado. Conclusões: O sequestro da córnea e o entrópion foram as doenças oculares mais comuns em gatos braquicefálicos na amostra, frequentemente com múltiplos sinais clínicos. Este estudo destaca a importância do rastreio oftalmológico precoce e da criação responsável face aos riscos associados a fenótipos extremos de braquicefaliaN/
Helicobacter pylori prophages : distribution, diversity and contribution to bacterial fitness and pathogenicity
No full textTese de Mestrado, Microbiologia Aplicada, 2023, Universidade de Lisboa, Faculdade de CiênciasHelicobacter pylori é uma bactéria gram-negativa que coloniza cronicamente o estômago de
metade da população mundial. A infeção leva à inflamação crónica, e em muitos casos permanece
assintomática, mas, em cerca de 20% dos indivíduos infetados, pode levar ao desenvolvimento de várias
doenças do trato digestivo, incluindo gastrite crónica, úlcera gástrica ou duodenal, linfoma do tecido
associado à mucosa gástrica e cancro gástrico.
A infeção por H. pylori difere a nível geográfico e estrato socioeconómico, e nos países em
desenvolvimento apresenta uma taxa de 80% de infeção da população, enquanto em países
desenvolvidos o número é muito inferior, com taxa de 40%. A prevalência desta bactéria aumenta
quando as condições socioeconómicas são precárias, particularmente, as condições de vida em criança
que é considerado um fator determinante importante na aquisição da infeção. Estima-se que a infeção
ocorre a partir de uma transmissão vertical (pessoa-a-pessoa) via gastro-oral, oral-oral, fecal-oral ou
ambos. Para além disso, outra possível forma de transmissão horizontal é através de alimentos
contaminados, apesar de esta bactéria sobreviver por um período curto em comida refrigerada e sistemas
de distribuição de água.
A infeção por H. pylori pode ser erradicada com uma terapia de antibióticos, mas na última
década a emergência de estirpes resistentes aumentou de forma drástica. A plasticidade do genoma
bacteriano pode explicar o alto nível de adaptabilidade de H. pylori e o seu sucesso como agente
patogénico humano. O processo de colonização é facilitado e induz inflamação através de vários fatores
de virulência que estão associados com o risco de doenças gástricas severas, como adesinas, motilidade,
urease, ilha de patogenicidade Cag e citotoxina vacuolizante. A grande diversidade genética de H.
pylori, que é uma bactéria naturalmente competente, pode ser explicada pelo facto de ter uma alta
frequência de mutação através do rearranjo do DNA e transferência horizontal de genes (HGT). Estes
mecanismos de transferência horizontal são mediados por elementos móveis de DNA como plasmídeos,
transposões e fagos, que são cruciais para a evolução bacteriana e plasticidade genómica. Esta bactéria
consegue então adquirir genes de virulência e resistência a antibióticos, alterando a sua patogenicidade.
Para além disto, a grande variabilidade genética entre estirpes está associada com a população ou a sua
origem geográfica, pois a colonização crónica no estômago permitiu que H. pylori evoluísse estratégias
de sobrevivência em paralelo com o seu hospedeiro natural, muito antes dos humanos saírem do
continente africano. As migrações humanas ao longo do tempo resultaram numa diversidade
biogeográfica desta bactéria formando as seguintes populações: hpAfrica1, hpAfrica2, hpNEAfrica,
hpSahul, hpAsia2, hpEurope and hpEastAsia.
Os bacteriófagos (fagos) são vírus que infetam exclusivamente bactérias e são considerados
como o agente biológico mais abundante da Terra, mas estima-se que apenas 1% foi descrito ou
identificado. Os fagos podem ser líticos, lisogénicos ou pseudolisogénicos. Num ciclo de replicação
lítico, o fago invade o hospedeiro usa os recursos da célula para produzir o seu genoma e proteínas da
cápside e provoca a lise libertando múltiplas cópias do vírus. No ciclo de replicação lisogénico, o
bacteriófago integra-se no genoma da bactéria ou torna-se um elemento epissomal. Quando a bactéria
se multiplica passa à sua progenia o genoma do fago. No entanto, em resposta a alterações ambientais
este fago pode entrar num ciclo lítico e elimina o hospedeiro. No ciclo pseudolisogénico, o fago não
entra numa via lítica nem se integra no genoma da bactéria o que acontece em hospedeiros com
deficiência de nutrientes o que resulta num fago não integrado, semelhante a um epissoma e sobrevive
durante um longo período. Uma vez que o status nutricional é restaurado o fago entra num ciclo lítico
ou lisogénico. Os bacteriófagos são veículos importantes no processo de HGT entre várias espécies bacterianas
e causam a transferência de diferentes genes envolvidos em comportamentos biológicos bacterianos.
Com isto, o fago pode expressar genes que não são necessários para o seu ciclo de vida mas beneficiam
o hospedeiro, que dependendo do valor de pressão seletiva podem levar à expansão clonal dos mesmos.
H. pylori apresenta sequências de profago no seu genoma, que podem formar um profago completo, ou
apenas remanescentes, e que estão presentes em cerca de 20% das estirpes, segundo a literatura. Esta
diversidade genética adicional pode fornecer vantagens metabólicas ou mecanismos de tolerância que
aumentem o fitness da bactéria e ajudar a colonizar diferentes populações humanas. Estas sequências
do fago são diferentes entre si e são caracterizadas pela distribuição filogeográfica formando
populações: hpAfrica1, hpEastAsia, hpNEurope and hpSWEurope. Existe uma semelhança
filogeográfica entre genes do fago e da bactéria o que sugere uma coevolução entre o vírus e o seu
hospedeiro. No entanto, ainda não se sabe se funções específicas dos fagos em H. pylori contribuem
para o aumento de patogenicidade ou associação a estados específicos de doenças.
O objetivo deste estudo foi avaliar a importância de profagos na evolução de H. pylori, como os
profagos evoluem no genoma bacteriano e se a presença destes afeta o fitness e patogenicidade de H.
pylori. Com isto avaliou-se a distribuição dos profagos em 256 isolados clínicos de H. pylori de
diferentes pacientes portugueses e correlacionou-se com dados clínicos, demográficos, resistência aos
antibióticos e genes de virulência. Observou-se que mais de metade da população em estudo era
constituída por adultos (59.8%) e a maior parte (60.2%) era constituída por pacientes do sexo feminino.
Relativamente à distribuição de resistência a antibióticos das estirpes de H. pylori, 65.6% apresentava
pelo menos uma resistência a uma família de antibióticos e 16% da população apresentava resistência a
mais do que uma família de antibióticos. As resistências mais comuns de antibióticos foram ao
metronidazole (43%), eritromicina (43%) e ciprofloxacina (30%). A frequência de genes de profago em
H. pylori foi de 38%, valor superior relativamente ao que já foi descrito, o que sugere que a presença de
profagos no genoma de H. pylori é mais abrangente em relação ao que se assumia originalmente. Com
uma percentagem de 91% para a presença do gene integrase e 9% para a presença dos genes integrase
e holina, sugerindo a presença de remanescentes de fagos na maioria dos casos. Nestas estirpes avaliouse a presença do alelo s1 e s2 para o gene vacA e do gene cagA. Concluiu-se que a maioria das estirpes
apresentava o alelo s2 (63%) e era cagA negativa (64%).
A alta percentagem da presença de genes de profago pode indicar a importância da
diversificação do genoma bacteriano e fitness e ter um papel importante em processos de adaptação
contribuindo para a evolução da virulência. A correlação entre outras bactérias hospedeiras e a presença
de profagos e virulência já foi descrita, mas neste caso não se encontrou correlação entre a presença de
genes de profagos e: i) e a resistência da bactéria a antibióticos; ii) a presença do gene cagA e a forma
alélica mais tóxica de vacA; iii), e fatores sociodemográficos como a distribuição etária, o género dos
pacientes e o tratamento prévio para H. pylori.
No entanto, não se pode excluir a possibilidade de existir uma possível correlação entre a
existência de genes de profagos e outros factores de virulência não pesquisados no presente estudo,
como já foi descrito em bactérias como por exemplo Escherichia coli e Bacillus subtilis.
De seguida, fez-se uma análise do genoma dos profagos e uma reconstrução filogenética a partir
do gene fágico da integrase deste grupo de estirpes; a árvore resultante revelou quatro clusters que
correspondem às populações de prophage sequence typing (PST) que foram hpAfrica1, hpEastAsia,
hpSWEurope e hpNEurope.
Esta análise ilustrou e corroborou a conservação dos locais de inserção e a diversidade da
estrutura populacional dos profagos de H. pylori e sugere um indicativo forte biogeográfico na diversidade genética do gene integrase. Estes resultados são consistentes com o modelo de coevolução
entre vírus e hospedeiro. Para avaliar a performance de formação de biofilmes com a presença de
profagos, construiu-se mutantes profago-knockout a partir da substituição do gene da integrase por uma
cassete de resistência à canamicina. De cinco estirpes selecionadas, apenas uma estirpe (ALG001) foi
transformada com sucesso. No estudo de formação de biofilmes observou-se que a estirpe wild-type
ALG001 apresentava uma alta produção de biofilmes e a estirpe mutante ALG001 era produtora, embora
fraca, de biofilmes, com uma diferença relevante a nível estatístico o que pode significar que a presença
de profago pode influenciar a virulência de H. pylori.
Para além disto, determinou-se a composição da matrix de biofilmes da estirpe ALG001 através
de um tratamento com proteinase K e DNase I a diferentes concentrações e observou-se uma redução
na produção de biofilme, tendo-se identificado que as proteínas são fundamentais na formação de
biofilmes tanto na estirpe wild-type como na estirpe mutante. Portanto, para progredir neste tópico, será
necessário realizar mais estudos no futuro para validar e clarificar as funções específicas dos profagos
em H. pylori e o seu papel na virulência deste importante agente patogénico.Helicobacter pylori is a gram-negative bacterium that chronically colonises the stomach of half
the world's population. The infection triggers chronic inflammation that remains asymptomatic in many
cases but can develop into chronic gastritis, peptic or duodenal ulcers, gastric mucosa-associated
lymphoid tissue lymphoma and gastric cancer. Pathogenesis is driven by several virulence factors such
as adhesins, motility, urease, Cag pathogenicity island and vacuolating cytotoxin (VacA). H. pylori
infection can be eradicated by treatment with antibiotics, but the last decade has seen a dramatic increase
in the emergence of resistant strains. The plasticity of the bacterial genome may explain the high degree
of adaptability and success of the bacterium as a pathogen in humans. Studies suggest that prophages
inserted into the genome are essential elements for adaptation to hostile environments, as they can act
as gene reservoirs and any metabolic advantages or tolerance mechanisms can increase fitness. This
study investigated the importance of prophages in the evolution of H. pylori and whether the presence
of prophages affects H. pylori fitness and pathogenicity. The distribution of prophages in the isolates
was evaluated and it was found that the prevalence was higher than that described earlier (38% vs 20%).
However, no correlation with clinical, demographic data and virulence genes was found in these strains.
Prophage sequence genomes and phylogeographic distribution were analysed and showed conservation
of insertion sites and diversity of prophage population structure, supporting a model of virus-host
coevolution. The ability to form biofilms in vitro and their composition between the wild type and the
prophage knockout mutant in ALG001 strain were tested and it was found that production decreased in
the mutant, which may indicate a link between the presence of prophages and the virulence of H. pylori.
In addition, proteins and eDNA were found to be needed for biofilm formation
Estudo de um polimorfismo do gene ADRB2 sobre os parâmetros bioquímicos do ferro e do eritrograma na insuficiência cardíaca
No full textTrabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2023A insuficiência cardíaca (IC) trata-se de uma patologia multifatorial que cursa com uma disfunção cardíaca que incapacita o coração de bombear o volume de sangue necessário para suprir as necessidades metabólicas do organismo. O papel da modulação neurohormonal (NH) está bem estabelecido como sendo fundamental para o aparecimento e progressão da IC, sendo um dos mecanismos no qual a terapêutica modificadora da doença intervém. Não obstante, a resposta a esta terapêutica não é semelhante em todos os doentes, o que sugere que existam diferenças genéticas em alguns dos recetores neuro-hormonais. Em particular, os recetores beta 2 são bastante polimórficos, sendo o polimorfismo Arg16Gly o mais frequente e o alvo deste estudo.
O papel da variação polimórfica deste gene na cascata de remodelação cardíaca e inflamação sistémica através da análise dos parâmetros do ferro e do eritrograma é o grande alvo deste estudo. Assim, foram analisadas amostras de DNA de doentes com IC e de indivíduos saudáveis, a partir das quais foram estudadas as variantes polimórficas do gene ADRB2. Em paralelo, foram também analisados os parâmetros eritrocitários (a hemoglobina, índice de distribuição eritrocitária e eritropoetina) e do ferro (ferro sérico, ferritina e saturação da transferrina). Verificou-se um efeito protetor do genótipo AG (OR = 0,334) e GG (OR = 0,273), bem como do modelo recessivo, apresentando o grupo AG+GG (OR = 0,307) um risco diminuído para IC. No que diz respeito aos parâmetros bioquímicos, no modelo dominante objetivaram-se valores significativamente superiores de ferritina nos doentes com genótipo AA+AG (IC, 95%) = (49,9-223,1).
Este estudo poderá contribuir para um melhor entendimento do papel da variação polimórfica dos genes dos adrenorecetores beta 2 nos mecanismos compensatórios do sistema nervoso simpático na IC.Heart failure (HF) is a multifactorial pathology caused by cardiac dysfunction that disables the heart from pumping the necessary blood volume to meet the body's metabolic needs. The role of neurohormonal modulation is well established as being fundamental for the progression of HF, being one of the mechanisms in which pharmacological therapy intervenes. Despite this, the response to this therapy is not similar in all patients, which suggests that there are genetic variances in some of the neurohormonal receptors. In particular, beta 2 receptors are quite polymorphic, with the Arg16Gly polymorphism being the most frequent one. The role of the polymorphic variation of this gene in the cascade of cardiac remodelling and systemic inflammation through the analysis of iron parameters and the erythrogram is the main target of this study. Thus, DNA samples from patients with HF and healthy individuals were analysed, from which polymorphic variants of the ADRB2 gene were studied. In parallel, erythrocyte (haemoglobin, mean cell volume and erythropoietin) and iron (serum iron, ferritin and transferrin saturation) parameters were also analysed. We acknowledged a protective effect for the AG (OR = 0,334) and GG (OR = 0,273) genotype, as well as the recessive model, with the AG+GG group (OR = 0,307) presenting a reduced risk for HF. Regarding the haematological parameters, in the dominant model, significantly higher values of ferritin were sought in patients with the AA+AG genotype (CI, 95%) = (49,9-223,1). This study may contribute to a better understanding of the importance of polymorphic variance in the beta 2 receptor genes on the compensatory mechanisms of HF
Uncovering the ecological barriers of West Nile virus transmission in Portugal
No full textTese de Mestrado, Microbiologia Aplicada, 2024, Universidade de Lisboa, Faculdade de CiênciasTendências antropogénicas globais, como o crescimento populacional, a transformação
socioeconómica, as alterações climáticas, a redução de habitats, e a fragmentação da paisagem e
alterações do uso do solo, têm vindo a afetar as interações entre microrganismos e hospedeiros,
conduzindo à (re)emergência de doenças infeciosas conhecidas e desconhecidas. Entre estas, as doenças
transmitidas por vetores causam mais de 700.000 mortes anualmente, afetando desproporcionalmente
os países de baixo e médio rendimento (WHO, 2020). Nesta dissertação, explorou-se a adequabilidade
e contextos ecológicos para a circulação no território nacional de um arbovírus negligenciado, o vírus
do Nilo Ocidental (VNO), a principal causa global de encefalite viral.
O VNO é um vírus zoonótico reemergente, mantido entre múltiplas espécies de aves e mosquitos
e cuja endemicidade está estabelecida em vários continentes. Pertence ao género Flavivirus da família
Flaviviridae, à semelhança de outros vírus mais conhecidos como o dengue, Zika e a febre amarela. É
biologicamente diverso, estando atualmente propostas nove linhagens, no entanto os surtos em humanos
têm sido associados apenas às linhagens 1, 2 e 5. Foi identificado pela primeira vez em 1937 no norte
do Uganda. Nos anos 50 e 60 causou alguns surtos em populações humanas, nomeadamente no Egito,
Israel, França e África do Sul, que contribuíram para os primeiros registos relativos às características
virais e sintomáticas da doença causada pelo VNO, a febre do nilo ocidental (FNO). Depois de alguns
anos com circulação limitada e registo esporádico de casos, em 1999 decorreu um surto em Nova Iorque,
com numerosos casos severos de encefalites associados, registando-se o interesse da comunidade
científica neste agente patogénico desde então. Posteriormente, expandiu-se para todo o território
americano, levando a milhares de casos e centenas de mortes até à data. Nos últimos anos, a Europa tem
registado um aumento da atividade epidémica do VNO, com vários países a tornarem-se endémicos. Em
2018, registou-se, na Europa, a pior época de sempre de transmissão, com 2083 casos e 181 mortes.
Mais recentemente em 2022, uma onda de transmissão de proporções semelhantes resultou em 1340
casos e 104 mortes. Neste contexto, Portugal permanece um caso atípico, pois embora partilhe condições
ecológicas favoráveis para a presença de VNO com outros países da Bacia do Mediterrânico que
anualmente reportam casos em humanos, até à data apenas foram reportados quatro casos em humanos,
embora anualmente se registem casos em equinos, tipicamente geograficamente restritos ao sul do país.
Os equinos são, tal como os humanos, hospedeiros acidentais, incapazes de produzir virémia suficiente
para manter o ciclo de transmissão, sendo usados como espécie sentinela para spillover visto que os
surtos nesta família taxonómica seguem geralmente as mesmas dinâmicas que os surtos em humanos.
O trabalho realizado nesta dissertação tem então como base a seguinte pergunta biológica: Qual
é a configuração de condições climáticas em combinação com características da comunidade de
hospedeiros suscetíveis e da paisagem que favorece a circulação do VNO em Portugal?
Este estudo pretende responder a essa pergunta, explorando que outros fatores, em combinação
com o clima, podem explicar a divisão norte-sul nos dados históricos de ocorrência do VNO. Para além
disso, investiga-se a hipótese da existência de barreiras ecológicas para a transmissão do VNO em
Portugal, que sustentem a ausência de reporte de surtos humanos. A estratégia metodológica de resposta
assentou no desenvolvimento e implementação de modelos eco-epidemiológicos alimentados com
dados de várias espécies de hospedeiros incluídas no ciclo epidemiológico do vírus, dados climáticos,
variáveis da paisagem e uma lista atualizada de dados históricos sobre a ocorrência de VNO, incluindose informação sobre surtos não previamente publicados, obtida através de colaboração com a Direção
Geral de Alimentação e Veterinária (DGAV). Assim, através de modelação ecológica, utilizando algoritmos de aprendizagem automática,
como Random Forest (RF) e Boosted Regression Trees (BRT), definiram-se três objetivos principais:
O primeiro objetivo foi quantificar a importância de diferentes variáveis relacionadas com os
hospedeiros e a ecologia do ciclo de transmissão do VNO, doravante denominados de preditores, para
explicar as ocorrências históricas do VNO em Portugal. Várias parcerias permitiram a construção do
conjunto vasto de preditores, que inclui variáveis climáticas como temperatura, humidade e precipitação,
distribuição de hospedeiros mamíferos e de aves, usos do solo, altitude e variáveis relacionadas com
humanos e mosquitos. Verificou-se que a temperatura pode ser unanimemente considerada o preditor
principal na explicação da distribuição espacial das ocorrências históricas do VNO em Portugal, o que
pode ser interpretado pela sua influência no comportamento, reprodução e atividade dos mosquitos
envolvidos na transmissão, bem como de alguns hospedeiros. Em segundo lugar, identificou-se como
preditor o uso do solo, seguido de uma métrica de biodiversidade da comunidade de aves que ocorre no
território nacional e de um índice de probabilidade de transmissão do VNO baseado no clima,
previamente validado, para Israel e Itália, o Índice P.
O segundo objetivo visou inferir a probabilidade de circulação de VNO nas diferentes freguesias
de Portugal continental. Os resultados mostraram que as áreas ambientalmente adequadas para o VNO
se localizam principalmente a sul do Rio Tejo, incluindo as regiões de Lisboa e Vale do Tejo, Alentejo
e Algarve (costa sul). O norte também possui algumas áreas adequadas, embora em menor extensão,
que abrangem as regiões de Aveiro, Vila Real e o Parque Natural do Douro Internacional.
Posteriormente, ao analisar-se o contexto ecológico por detrás destas projeções de adequabilidade
ecológica, foi verificada uma associação positiva com temperaturas mais elevadas. Para além disso,
verificou-se uma relação negativa com a precipitação, o que está de acordo com os resultados de outros
estudos de modelação de VNO. Relativamente aos hospedeiros, encontrou-se uma associação positiva
entre a densidade de equinos e a probabilidade de circulação de VNO, que pode ser produto de uma
vigilância que é essencialmente reativa a sintomas neurológicos reportados em cavalos, uma espécie de
elevado valor comercial. Por fim, também se verificou uma associação positiva entre o número de
espécies de aves (riqueza específica) e a circulação de VNO, o que destaca o papel da comunidade de
aves selvagens como um todo, ao invés de um conjunto limitado de espécies.
O terceiro e último objetivo deste estudo foi o de informar decisões de vigilância no contexto
de Uma Só Saúde, através do estabelecimento de linhas orientadoras para um futuro plano de vigilância
epidemiológica. Para isso, foram estabelecidos vários níveis de risco, por freguesia, em função da
adequabilidade ecológica e da existência, ou não, de casos de VNO no passado. De seguida, foram
analisadas as associações entre o risco e várias variáveis de interesse para a vigilância e saúde animal
(humana, aviária e equina), com o objetivo de destacar as freguesias potencialmente promissoras para
iniciativas associadas. Nesse sentido, foram criados vários mapas e listas de freguesias de interesse, que
se localizam essencialmente no sul do território nacional, e delineadas recomendações para futuros
planos de vigilância e controlo de VNO em Portugal.
Este estudo fornece a primeira projeção espacial da probabilidade de transmissão do VNO em
Portugal, bem como das características ecológicas que a sustentam, estabelecendo um quadro estratégico
de dados que podem guiar futuros estudos epidemiológicos e, mais importante ainda, para informar
futuros planos de vigilância integrada. Recomendam-se estudos epidemiológicos adicionais, bem como
uma vigilância ativa do VNO, incluindo vigilância genómica, dada a ameaça que este agente patogénico
representa para animais, humanos, aves e para o ecossistema como um todo. Somente abordagens
holísticas na perspetiva de Uma Só Saúde permitirão entender se a circulação de VNO em Portugal é
endémica ou epidémica, e adequar as intervenções em conformidade.Global anthropogenic trends, such as population growth, socio-economic transformation,
climate change, habitat loss, land fragmentation and land use changes have been affecting host-pathogen
interactions, leading to the (re) emergence of known and unknown infectious diseases. Among these,
vector-borne infections cause more than 700,000 deaths annually, disproportionately affecting low and
average income countries (WHO, 2020). This work focused on exploring the ecological suitability and
ecological backgrounds of a neglected arbovirus, West Nile virus (WNV), the leading cause of viral
encephalitis worldwide. WNV is a re-emerging zoonotic pathogen, maintained across several species of
birds and mosquitoes, whose endemicity is established in many continents and has been increasing at
an accelerated rate in Europe and South America.
Through ecological modelling, using machine learning algorithms, such as Random Forest (RF)
and Boosted Regression Trees (BRT), the association between several variables related to the abundance
and distribution of hosts within the WNV epidemiological cycle, from now on called predictors, and the
WNV historical occurrences in Portugal was analyzed. Several partnerships allowed us to build the
predictor dataset that includes climate variables such as temperature, humidity and precipitation,
mammal and wild avian host distributions, land types, altitude and human and mosquito related
variables.
We found that the south is ecologically more suitable for WNV circulation than the north. By
analyzing the ecological background behind these ecological suitability projections, we found a positive
association between higher temperatures and higher ecological suitability, which was expected, given
the influence of temperature on mosquito behaviour, replication and activity. Temperature was
unanimously the leading predictor in explaining the spatial distribution of WNV historical occurrences
in Portugal. It was followed by land type, wild avian community biodiversity and a climate-based WNV
transmission probability index, previously validated for Israel and Italy, the Index P. This study provides
the first spatial projection of WNV transmission likelihood in Portugal, establishing a baseline for future
epidemiological studies and, most importantly, informing future holistic surveillance plans. Further
epidemiological analysis, within an active surveillance framework, including genomic surveillance, is
advised, given the threat that WNV poses for animals, humans, birds and the ecosystem as a whole
Effect of biochar supplementation on recycled manure solids microbiome and E. coli composition
No full textTese de mestrado, Microbiologia Aplicada, 2023, Universidade de Lisboa, Faculdade de CiênciasAntibiotic resistance is one of the main concerns of the scientific community for the future. There is a
risk that antibiotic resistance can be disseminated through food production, namely by food consumption
and/or direct contact with animals. Recycled manure solids are a kind of bed used for cows that has
several advantages for the animal’s health and the producer's profit but has been associated with higher
percentages of pathogens, which poses a risk to public health. Biochar is proposed as a possible
sustainable solution to reduce pathogenic bacteria in this kind of bed. The goal of this work was to
evaluate how the supplementation of recycled manure solids bedding with different percentages of
biochar influence its Escherichia coli composition as well as to characterize the E. coli strains and
evaluate bacterial diversity in the samples recurring to metagenomics.
Samples of recycled manure solids were collected during the wet (April- May) and dry (JuneJuly) seasons and supplemented with 2.5%, 5%, and 10% biochar. From these samples E. coli was
isolated and characterized and a metagenomics study was also performed.
Recycled manure solids supplementation with biochar reduced E. coli counts for all wet season
samples and for the dry season samples supplemented with 5% biochar. From the 42 representative
isolates analyzed, 19% (n=8) showed resistance to ampicillin and 9.5% (n=4) to oxytetracycline, 31%
(n=13) were biofilm-producers and all isolates presented a weak alpha-hemolytic activity. Moreover,
the metagenomic analysis revealed that biochar supplementation reduced the relative abundance of some
important pathogens for dairy cows.
Further research is needed to assess biochar's broader impact on these pathogens and its
implications for overall cow health
New in vitro model of microglia derived from human PBMCs to unravel their contribution in neurodegenerative disorders
No full textTese de mestrado, Ciências Biofarmacêuticas, 2023, Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia.A microglia são células imunológicas altamente especializadas do sistema nervoso central (SNC) e as únicas células imunológicas que residem permanentemente no SNC. Elas representam a principal população de imunidade inata dentro do SNC, compreendendo aproximadamente 10 a 15% de toda a população de células da glia. Durante o desenvolvimento e ao longo da vida, estas células desempenham uma variedade de funções importantes para o bem-estar do cérebro. Elas regulam a plasticidade sináptica, as funções homeostáticas e a atividade imunológica, sendo também capazes de desempenhar rapidamente qualquer uma dessas funções de acordo com as necessidades fisiológicas ou patológicas. Em lesões no SNC, a microglia é responsável pela fagocitose e eliminação de células mortas, microorganismos e agregados proteicos, além de outros antígenos que possam prejudicar o SNC. Em resposta a stresses ambientais ou estímulos, como agregados de proteínas, células apoptóticas e detritos de mielina, a microglia torna-se ativa e pode modular várias respostas celulares, movendo-se em direção ao local da lesão. Esta ativação, comummente designada de microgliose, pode desencadear várias respostas da microglia, incluindo um aumento na capacidade de apresentação de antígenos, a capacidade de se transformar em células altamente fagocíticas, a aptidão de regular atividades neuronais devido ao contato direto com terminações sinápticas ou a indução de mediadores imunológicos. Devido a essas diversas funções, a microglia é altamente flexível e capaz de adotar diferentes fenótipos, tal como fenótipos pró-inflamatórios e anti-inflamatórios. O fenótipo pró-inflamatório, é geralmente induzido por estímulos prejudiciais, leva a microglia a produzir e a libertar citocinas pró-inflamatórias, que estão associadas ao processo de desmielinização e degeneração neuronal. Por outro lado, o fenótipo anti-inflamatório, ocorre após a exposição a citocinas inflamatórias. Neste fenótipo, a microglia liberta vários fatores anti-inflamatórios. Essa microglia também desempenha um papel na fagocitose de detritos celulares, promovendo o processo de cicatrização regenerativa e ajudando a sobrevivência dos neurónios por meio dos fatores neurotróficos. No entanto, vários estudos sugerem que durante a doença pode ocorrer a disfunção da microglia contribuindo para os processos neurodegenerativos e acelerar a progressão de várias doenças do SNC, diminuindo a eliminação de detritos celulares e, portanto, comprometendo a conectividade cerebral.
A esclerose múltipla (EM) é uma doença neuroinflamatória crónica, caracterizada pela infiltração do sistema imunológico no SNC devido à disfunção da barreira hematoencefálica (BHE). Esta resposta imunológica danifica a bainha de mielina que envolve os axónios, levando a uma desmielinização progressiva, culminando eventualmente na degeneração axonal e morte neuronal. A neuroinflamação exacerba-se como consequência da degeneração neuronal, desencadeando a produção e libertação de citocinas pró-inflamatórias pelas células gliais do SNC. Por meio da ativação pró-inflamatória, a microglia desempenha um papel crítico em vários processos, incluindo a fagocitose da mielina, apresentação de antígenos às células T e libertação de citocinas pró- e anti-inflamatórias em áreas de lesão ativa, promovendo a remielinização dos axónios.
A doença neurodegenerativa mais comum é a doença de Alzheimer (DA), onde a sua patologia envolve o desenvolvimento de placas compostas pelo péotido amiloide-β (Aβ) extracelular. A presença de Aβ ativa a microglia de forma pró-inflamatória, sendo esta responsável por eliminar tanto depósitos solúveis quanto insolúveis de Aβ e prevenir a acumulação de placas existentes, minimizando assim a sua potencial neurotoxicidade. Contudo, a desregulação das vias de sinalização da microglia ao nível das sinapses leva a uma resposta neuroinflamatória inadequada e à inadequada fagocitose das placas de Aβ. Adicionalmente, a acumulação de Aβ interrompe as interações entre os neurónios e as células gliais, o que leva a uma redução das transmissões sinápticas.
Para investigar o papel da microglia na patogénese das doenças neurodegenerativas, o modelo de microglia deve refletir um inicio de estado de repouso, permitindo a caracterização das reações da microglia a estímulos associados à patologia, como o Aβ e detritos de mielina. Estão descritos na literatura inúmeros estudos onde foram utilizados modelos in vivo de roedores para investigar fenótipos e funções da microglia, contudo a maioria dos ensaios clínicos baseados em animais acaba por falhar, uma vez que as assinaturas transcriptomicas da microglia são diferentes entre roedores e humanos. No entanto, estudar a microglia humana é difícil devido à raridade e à dificuldade de obtenção de células primárias a partir de tecido do SNC humano fetal ou adulto. Modelos de microglia derivadas de células estaminais de doentes surgiram como uma ferramenta aprimorada para uma tradução clínica eficaz, evitando as desvantagens das técnicas de isolamento e imortalização. No entanto, a diferenciação in vitro de células estaminais pluripotentes induzidas (iPSC) em microglias é difícil devido ao processo de reprogramação demorado e caro. A geração de microglia a partir de outras células, tais como as células mononucleares do sangue periférico (CMSP), pode ser uma possibilidade para superar as limitações existentes em outros modelos in vitro e in vivo.
O objetivo do presente trabalho foi criar um modelo inovador de microglia in vitro que preservasse as características e respostas da microglia humanas, permitindo um estudo mais profundo do seu papel em doenças neurodegenerativas. As CMSP foram isoladas a partir de sangue periférico de adultos voluntários saudáveis, através de centrifugação por gradiente de densidade utilizando Ficoll. A microglia induzida (iMG) foi diferenciada a partir da cultura de CMSPs com recurso aos fatores de crescimento IL-34 e GM-CSF, durante 14 dias. Esta diferenciação foi validada pela caracterização celular onde exibiram morfologia ramificada típica de microglia em repouso e onde expressaram marcadores específicos de microglia TMEM119 e P2RY12. Esses resultados demonstram que as iMGs compartilham algumas características comuns das microglias humanas, sendo um método mais rápido do que aquele derivado das iPSCs, e adicionalmente, são obtidas recorrendo a uma amostra de sangue, que é considerado um método não invasivo amplamente aceite na investigação clínica.
Seguidamente, avaliámos também se estas células poderiam ser usadas para investigar a fisiopatologia microglial associada a doenças cerebrais como a DA e a EM. O nosso estudo explorou as respostas das iMGs a estímulos associados a doenças, como Aβ e detritos de mielina (DM), para mimetizar as patologias da DA e da EM, respetivamente. Notavelmente, a iMG fagocitou eficazmente tanto o Aβ como os DM, fazendo a transição para um estado pró-inflamatório com morfologia alterada e expressão de marcadores pró-inflamatórios. Este modelo celular tem assim o potencial de elucidar vias relevantes da microglia, aprofundando a compreensão dos processos neurodegenerativos.
O modelo de iMG oferece uma plataforma valiosa para investigar o impacto destas células nas condições neurodegenerativas e comparar as respostas microgliais entre condições saudáveis e patológicas, bem como o potencial para o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas. Compreender as complexidades do comportamento da microglia e as suas interações com outras células cerebrais poderá melhorar a compreensão das doenças neurodegenerativas e abrir caminhos para tratamentos inovadores.Microglia are crucial immune cells of the central nervous system (CNS), that play a pivotal role in brain health. During CNS injury, microglia are responsible for the phagocytosis and elimination of dead cells, protein aggregates, and soluble antigens that may harm the CNS. Their dysfunction leads to a decline in debris removal, contributing to the onset of neurodegenerative diseases. However, understanding their intricate involvement in diseases like multiple sclerosis (MS) and Alzheimer's disease (AD) is challenging due to the limitations of human cell models.
To address this, we aimed to create an innovative in vitro microglia model that preserves human microglial characteristics and responses, enabling a deeper exploration of their roles in neurodegenerative disorders. Using peripheral blood mononuclear cells (PBMCs), we generated induced microglia-like cells (iMG) that closely resembled the resting phenotype of adult human microglia. These iMG exhibited typical ramified morphology and expressed microglial specific markers as TMEM119 and P2RY12, providing a reliable and efficient model for investigating microglial reactions to pathology-associated stimuli. The iMG model demonstrated reproducibility across various healthy individuals, although with individual variability, establishing its potential for clinical research. Furthermore, our study explored iMG response to disease-associated stimuli, such as amyloid-β (Aβ) and myelin debris (MD), mimicking AD and MS pathologies, respectively. Notably, iMG effectively phagocytized Aβ and MD, shifting to a pro-inflammatory state with altered morphology and pro-inflammatory gene expression. This cellular model has the potential to elucidate differential microglia-relevant pathways, furthering our understanding of neurodegenerative processes.
The iMG model offers therefore a valuable platform for investigating the impact of microglia on neurodegenerative conditions and comparing microglial responses between healthy and pathological conditions, as well as and the potential for the development of new therapeutic strategies. Understanding the complexities of microglial behaviour and their interactions with other brain cells will advance our comprehension of neurodegenerative diseases and pave the way for innovative treatments.iMed.ULisboa
Comparative analysis of oral epithelial cells from Human and Mouse using single-cell RNA sequencing data
No full textTese de mestrado, Bioinformática e Biologia Computacional, 2023, Universidade de Lisboa, Faculdade de CiênciasDifferent tissues respond differently to damage, such as scar formation, pain level, and healing time.
Oral mucosa is a tissue with a high potential to heal faster and scarlessly than other tissues, such as
the skin. Differences in the healing process result from a combination of factors, such as structure, microenvironment, subpopulations of fibroblasts and dynamics of keratinocyte proliferation. However, the
heterogeneity of tissues in the oral mucosa and their cellular and molecular diversity have not yet been
thoroughly studied.
Next-generation sequencing technologies, such as single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), allow
the study of tissue heterogeneity of tissues, allowing the detection of new cell types and subpopulations. In
this study, we compared epithelial cells in oral tissues from two species, Homo sapiens and Mus musculus,
using bioinformatics tools to disclose the gene markers related to scarless and fast healing processes in
this tissue. We used machine learning algorithms to analyse the scRNA-seq data from pre-processing
until the results. We expanded our analysis using RNA velocity analysis, a crucial tool in our study for
characterising the developmental trajectory of differentiating cells.
This dissertation identified similar gene signatures and behaviours between tissues and from the two
species. Our research displayed subpopulations found in other studies and tissues, and identified different
behaviours in their stem cells subpopulation. Overlapping the data from the two species highlighted
more similarities between the tissues of human buccal and mouse hard palate tissues than between buccal
tissues from both species. Other in silico and in vitro approaches should be followed to validate the
results. Testing this finding could be game-changing in the study of the wound healing process, with
possible patient benefits. Also, integrating the Oral and Craniofacial Human Cell Atlas is a future aim
for others to be able to use the data obtained
Avaliação do impacto dos níveis de progesterona circulante na fase lútea em ciclos de transferência a fresco e em ciclos naturais de transferência de embriões criopreservados
No full textTrabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2023Introdução: O nível de progesterona (P4) circulante na fase lútea é um conceito fundamental nas fertilizações in vitro (FIV), no entanto, poucos são os estudos que procuram compreender esta temática nos ciclos de transferência de embriões (TE) a fresco e nos ciclos naturais de transferência de embriões criopreservados (CN-TEC).
Objetivos: Pretendeu-se avaliar de que forma os níveis séricos de P4 afetam as taxas de nados-vivos nas FIV em ciclos de TE a fresco e em CN-TECs e a pertinência da realização de terapêutica de resgate.
Métodos: Estudo retrospetivo que incluiu pacientes que realizaram FIV, em ciclos a fresco e em CN-TECs, entre 2014 e 2021, na clínica do Instituto Valenciano de Infertilidad de Lisboa, num total de 2944 transferências. Foi realizada uma medição do valor de P4 na fase lútea, seguida de terapêutica de resgate sempre que os valores de P4 fossem abaixo do limite pré-estabelecido. A amostra foi dividida em 3 subgrupos de P4: baixa (20ng/mL). Analisou-se a taxa de nados-vivos como desfecho primário. Utilizaram-se modelos de regressão logística/linear multivariada para ajuste de eventuais fatores de confundimento.
Resultados: Nos ciclos de TE a fresco, as participantes com níveis de P4 elevados apresentaram maiores taxas de nados-vivos (46,5%) quando comparadas com o subgrupo de P4 baixa e intermédia (23,1% e 28,1%, respetivamente). Nos CN-TEC pela análise estatística não ajustada não pareceram existir diferenças significativas entre os subgrupos, porém, na regressão ajustada multivariável valores baixos de P4 foram desfavoráveis à ocorrência de nados-vivos (OR: 0,568; IC 95%: 0,330-0,977).
Conclusão: Valores baixos de P4 poderão ser deletérios para os desfechos da gravidez, em ambos os tipos de ciclos e não parecem ser completamente resolvidos pela realização de terapêutica de resgate. Valores mais elevados de P4 poderão favorecer os desfechos da gravidez nos ciclos de TE a fresco.Background: The level of circulating progesterone (P4) in the luteal phase is a critical factor in in vitro fertilization (IVF), however, there are few studies that attempt to grasp the significance of these P4 levels, in fresh transfer cycles and natural cryopreserved embryo transfer cycles (NC-FET).
Objective: Our main aim was to assess the impact of progesterone levels on livebirth rates in fresh cycles and NC-FET and the relevance of rescue therapy.
Methodology: Retrospective study including patients who performed IVF, followed by either, a fresh transfer or NC-FETs, between 2014 and 2021, in the Lisbon clinic of the Instituto Valenciano de Infertilidad, encompassing in total 2944 transfers. A serum progesterone measurement in the luteal phase, followed by rescue therapy whenever the P4 levels were above the predetermined limit. The sample was divided in three P4 subgroups: low (P4 20 ng/mL). Livebirth rate was analysed as the primary outcome. Multivariate logistic/linear regression models were used to adjust for potential confounding factors.
Results: The livebirth rate was higher (46.5%) among patients with higher P4 levels in fresh cycles compared to the low and intermediate P4 subgroups (23.1% and 28.1%, respectively). The unadjusted statistical analysis in NC-FET suggested that may be no significant differences between the subgroups, however, in multivariable logistic regression, low P4 levels were unfavourable to the occurrence of a livebirth (OR: 0,568; 95% IC: 0,330-0,977).
Conclusions: Low P4 levels may be detrimental to pregnancy outcomes in both NC-FET and fresh cycles and rescue therapy may be insufficient to ameliorate outcomes. Higher levels of P4 may improve pregnancy outcomes in fresh transfer cycles
Povoamento e fronteira na Serra de S. Mamede da Idade Média à Idade Moderna (Sécs. XIII – XV)
No full textA principal questão de pesquisa desta dissertação para Doutoramento é a formação da rede urbana situada junto à Serra de S. Mamede, no Alto Alentejo, e os principais objetivos compreender como um sistema social se traduz em termos de localização e apropriação de espaço, focando a problemática numa região específica. Na delimitação espácio-temporal do campo de pesquisa, o âmbito cronológico definido é dos inícios do Séc. XIII aos finais do Séc. XV. O estudo inicia-se no momento em que a Serra de S. Mamede passa para a esfera de influência de controlo do reino de Portugal, quando Marvão era o principal eixo polarizador, culminando com a fase da realização do primeiro Numeramento do reino em 1527 e com a ascensão económica e política de Portalegre.
A rede urbana em questão é composta pelas oito vilas principais que circundam a Serra de S. Mamede da parte do reino de Portugal: Portalegre, Marvão, Castelo de Vide, Arronches, Alegrete, Nisa, Alpalhão e Montalvão. A referida rede teve origem no processo de reconquista cristã, e criou-se a partir da necessidade de povoamento de uma zona quase erma que era preciso ocupar a fim de criar uma fronteira terrestre numa lógica ofensiva/defensiva para que aquele território, que representava uma barreira física estratégica, se mantivesse e desenvolvesse.
A singularidade desta rede urbana está na sua localização física, porque a Serra de S. Mamede, que atinge a maior cota a sul do Tejo, representou a partir do século XIII uma barreira natural com o reino de Castela.The main research question of this PhD dissertation is the formation of the urban network located near the Serra de S. Mamede, in Alto Alentejo, and the main objectives are to understand how a social system translates in terms of location and appropriation of space, focusing on problematic in a specific region. In the spatio-temporal delimitation of the research field, the chronological scope defined is from the beginning of the 13th century to the end of the 15th century. The study begins when the Serra de S. Mamede goes to the political sphere of influence and control of the kingdom of Portugal, when Marvão was the main polarizing axis, culminating in the phase of the realization of the first Numeramento of the kingdom in 1527 and the economic and political rise of Portalegre begins.
The urban network in question is made up of the eight main towns that surround the Serra de S. Mamede in the kingdom of Portugal: Portalegre, Marvão, Castelo de Vide, Arronches, Alegrete, Nisa, Alpalhão and Montalvão. This network was originated in the process of Christian reconquest, and was created from the need to populate an almost desert area that needed to be occupied in order to create a land border in an offensive/defensive logic for that territory, which represented a strategic physical barrier, maintained and developed in the kingdom of Portugal.
The originality of this urban network lies in its physical location, because the Serra de S. Mamede, which reaches its highest elevation south of the Tagus, from the 13th century onwards also represented a natural barrier with the kingdom of Castile