University of Basel

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    Klinische Trainingsrichtlinien für das Training von Jugendlichen mit Cerebralparese

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    Hintergrund CP ist eine komplexe neurologische Erkrankung, die die Bewegungsfähigkeit und motorische Kontrolle beeinträchtigt und weltweit die häufigste Ursache für körperliche Behinderung bei Kindern ist. Das Ziel der Behandlung besteht darin, die funktionelle Fähigkeit zu verbessern, die Selbstständigkeit zu fördern und das Management sowie die mögliche Prävention von sekundären Begleiterscheinungen zu gewährleisten. Es gibt eine Vielzahl therapeutischer Ansätze und Interventionen, wobei sich insbesondere Bewegungsinterventionen als vielversprechend erwiesen haben. Gezielte Trainingsprogramme können einen bedeutenden Beitrag zur Verbesserung der motorischen Funktionen und zur Förderung der Teilhabe am täglichen Leben der Jugendlichen mit CP leisten. Dennoch bleibt die Umsetzung wirksamer Trainingsprogramme in der Praxis eine zentrale Herausforderung in dieser spezifischen Zielgruppe. Methoden Die vorliegende Arbeit verwendet eine umfassende Literaturrecherche zu bisherigen Trainingsprogrammen für Jugendliche mit CP und einer detaillierten Analyse der CP-FIT Studie, um Einblicke in die Gestaltung und Durchführung von Trainingsprogrammen für diese Zielgruppe zu gewinnen. Die Methodik umfasst die Untersuchung von Trainingsparametern wie Übungsauswahl, Häufigkeit, Intensität und Dauer der Interventionen sowie deren Auswirkung auf die motorische Funktion und Lebensqualität der Betroffenen. Ergebnisse Die Ergebnisse der Literaturrecherche zeigen, dass Trainingsprogramme bei Jugendlichen mit CP oft auf die Verwendung von Kraftgeräten für die unteren Extremitäten fokussieren, während Übungen für den Oberkörper und funktionelle Übungen nur begrenzt eingesetzt werden. Kombinierte Trainingsmethoden zeigen positive Effekte auf die Verbesserung der aeroben und anaeroben Kapazität. Zudem deutet sich an, dass ein Gruppensetting in dieser Zielgruppe den Spassfaktor und die Motivation erhöht. Schlussfolgerung Die vorliegende Arbeit liefert wichtige Erkenntnisse und Empfehlungen für die Gestaltung und Durchführung von Trainingsprogrammen für Jugendliche mit CP. Sie betont die Bedeutung von funktionellen Übungen, kombinierten Trainingsmethoden und der Förderung von körperlicher Aktivität ausserhalb des therapeutischen Kontextes für die langfristige Verbesserung und Aufrechterhaltung der Funktionalität und Lebensqualität von Jugendlichen mit CP. Das resultierende Trainingshandbuch soll als Leitfaden dienen, um die Durchführung von Trainingsprogrammen für Jugendliche mit CP zu erleichtern und einen Beitrag zur Verbesserung der Therapie zu leisten

    Trust in artificial intelligence: understanding and calibrating trust and distrust in the human-AI interaction

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    Trust has emerged as a key measure in human–AI interaction in recent years. Trust in AI is recognized not only in academic research but also in industry and politics, where it is often considered a remedy for issues related to fairness, accountability, and transparency in AI systems. This importance of trust necessitates a thorough understanding of it. In particular, research into explainable AI (XAI) has suggested that explanations and other forms of transparency can increase trust in AI. However, the empirical evidence for this assumption is inconclusive. This dissertation explores potential reasons for this ambiguity and aims to contribute to a better understanding of end-users’ trust in AI. As such, manuscript 1 investigates post-hoc explanations and highlights the distinction between trust and behavioral measures of reliance, while also emphasizing the importance of human-related factors in AI-assisted decision-making. Manuscript 2 presents the first comprehensive validation study of trust questionnaires in the context of AI, advocating to consider both trust and distrust. Manuscript 3 explores certification labels as an alternative approach beyond traditional XAI methods to increase end-users’ warranted trust, demonstrating their potential. Overall, this dissertation seeks to provide a more holistic understanding of trust in AI by illustrating how to increase calibrated trust and distrust to a level warranted by the AI’s trustworthiness

    Exploring PI3Ks and related kinases for targeted protein degradation

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    Our group has been interested in targeted protein degradation (where a small molecule induces the degradation of a protein), particularly in areas where classical inhibitors have failed. We were led to a set of kinases involved in cellular growth and the DNA damage response pathway, which are important in cancer, but where classical inhibitors failed due to toxicity. The specific targets we selected were ATR, ATM, and the lipid kinase PI3KCA. We reasoned that degrading these proteins could allow better dosing and/or tissue-specific degradation, which might mitigate toxicity. The thesis begins with a discussion of these kinases and why they are important in cancer. Also included in the introduction is an overview of that concept of small-molecule mediated protein degradation and when it is useful. Next is a presentation and discussion of the data followed by conclusions and outlook. Section 2.1: The project around the targets ATR and ATM began with small structure-activity relationship (SAR) studies to identify suitable exit vectors on the chosen inhibitors. For ATR the conclusive investigation led to the design, synthesis, and exploration of bifunctional molecules aiming for target degradation. However, the efforts did not result in the discovery of a functional degrader molecule but the experience acquired in the field contributed to the success of the following approach. Section 2.2: Based on the previously gained knowledge we chose to pursue a strategy that would allow a broader consideration of the PI3K and PI3K-related kinases (PIKK) active pockets. By selecting a pan-PI3K ligand for our CRBN-targeting PROTACs, and applying a structure-based method for the design of the molecules, we hoped to gain insights into the structural features needed and drive selectivity through degradation. Indeed, our work resulted in the creation of WJ112 14, a PI3Kα-specific nanomolar degrader that should serve as an important research tool for studying PI3K biology. Given the toxicities observed in the clinic with unselective PI3Kα inhibitors, the results here offer a new approach toward selectively targeting this frequently mutated oncogenic driver

    Auswirkungen von Krafttraining auf die Distanz- und Gewichtswahrnehmung bei Kindern und Jugendlichen

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    Diese Studie untersuchte, ob eine Krafttrainingseinheit die Distanz- und Gewichtswahrnehmung von Kindern und Jugendlichen beeinflusst. 68 Schülerinnen und Schüler wurden randomisiert in eine Interventions- und Kontrollgruppe aufgeteilt. Beide Gruppen schätzten zu Beginn Distanzen und Gewichte. Die Interventionsgruppe absolvierte im Anschluss ein 20-minütiges Krafttraining, während die Kontrollgruppe pausierte. Nach der Intervention schätzten beide Gruppen erneut. Die Ergebnisse zeigten signifikante Veränderungen in der Wahrnehmung von Distanzen und Gewichten vor gegenüber nach der Intervention. Jedoch konnte keine Beeinflussung der Wahrnehmung durch das Krafttraining festgestellt werden, da es keine signifikanten Unterschiede zwischen den Gruppen gab. Das Krafttraining hatte bei Kindern und Jugendlichen anscheinend keine unmittelbaren Auswirkungen auf die Wahrnehmung von Distanzen und Gewichten. Potenzielle Einflussfaktoren wie Trainingsintensität und mentale Aspekte sollten in weiteren Untersuchungen berücksichtigt werden. Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass das Schätzverhalten von jungen Menschen möglicherweise anders ist als das von Erwachsenen. Diese Erkenntnisse sind wichtig, um das Verständnis darüber zu vertiefen, wie körperliche Aktivität die Wahrnehmung bei jungen Menschen beeinflusst und könnten dazu beitragen, gezielte Programme zur Förderung der körperlichen Aktivität zu entwickeln

    Die Rolle des Placeboeffektes bei der Regeneration im Sport

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    Hintergrund: Der Placeboeffekt ist ein gewünschtes Ergebnis, das aus dem Glauben resultiert, eine wirksame Behandlung erhalten zu haben. Im Sport wird der Regeneration ein hohes Potenzial zur Leistungsverbesserung zugesprochen. Über den Einfluss des Placeboeffektes auf regenerative Massnahmen ist nur wenig bekannt. Ziel ist es deshalb die Rolle des Placeboeffektes bei der Regeneration im Sport zu untersuchen. Methoden: Die Literaturrecherche wurde auf den Online-Datenbanken «PubMed», «Scopus» und «Web of Science» durchgeführt. Es wurden zwei separate Einschlusskriterien anhand des PICO-Modells geführt, wobei sich der erste Teil auf Leistungssport (I) und der zweite Teil auf das Studiendesign (I) fokussiert: Population: Leistungssportler (I) bzw. gesunde Personen (II), Intervention: Physikalische Regenerationsintervention, Vergleich: Placebokontrolle (I) bzw. Placebo- und Kontrollgruppe (II), Outcome: Mit Regeneration im Zusammenhang stehend. Ergebnisse: Für Teil I und Teil I wurden jeweils 14 Studien inkludiert. Haupterkenntnis aus Teil I ist, dass die Mehrheit der Studien keine Unterschiede zwischen der Interventions- und Placebogruppe beobachten konnte, was die Leistungsfähigkeit betrifft und die regenerativen Effekte von Kälteanwendungen vor allem auf den Placeboeffekt zurückzuführen sind. Haupterkenntnis aus Teil II ist, dass die Effekte von Placebobehandlungen in einem Bereich zwischen der Kontrolle und Intervention liegen, wobei einzelne Studien auch zeigen konnten, dass die Placebointervention gleich effektiv wie die Regenerationsmassnahme ist Schlussfolgerungen: Anhand der Resultate ist noch keine eindeutige Aussage über die Rolle des Placeboeffektes bei der Regeneration im Sport möglich. Der Einfluss des Placeboeffektes scheint unterschiedlich in Abhängigkeit der Regenerationsmassnahme (hoch bei Kälteanwendungen und gering bei Kompression) zu sein. Regenerative Effekte von Erholungsmassnahmen können durch Placeboeffekte optimiert werden

    Evolutionary dynamics in the virosphere: from HIV-1 to bacteriophage evolution

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    Evolution is a fundamental force shaping all life on Earth. Viruses, the most numerous and diverse biological entities on the planet, excel in evolution and thrive in many hosts and environments. The study of their evolutionary dynamics, which are essential to their success, has significant implications for public health. Historical and recent pandemics have shown the considerable impact that viruses can have on society, and understanding their evolution is therefore essential to mitigate their effects, help control disease spread, design better vaccines and antiviral drugs, and create new innovative treatments. Studies of HIV-1 biology and evolution enabled the creation of life-saving treatments for infected patients. Despite this considerable achievement, we lack a satisfactory explanation of how HIV-1's within-host evolution generates its global diversity. In the first part of this thesis, we sought to explain this discrepancy by investigating the evolutionary dynamics at play on both scales. We showed that between-host evolution can mostly be explained from within-host dynamics if one accounts for the changing immune pressure that the virus faces from one host to the next. The evolution of the virus, constrained by the immune response of the patient, leads to the emergence of many escape mutations that are relevant only in that specific host. When infecting a new host, the different immune pressure causes the reversion of previously acquired mutations to their original state. On longer time scales, we thus observe a slower evolution driven by adaptation to changing environments. In the second part of this thesis, we study the evolution of another type of virus: the bacteriophages. These viruses infect bacteria and are much more numerous and diverse than human viruses. Bacteriophages hold great promise for a wide range of research fields such as ecology, healthcare and molecular biology. Their viral nature and diversity makes them great candidates to investigate viral evolutionary dynamics. However, phage research is currently limited to a handful of well-characterized bacteriophage models, or to broad metagenomics studies where the phages are rarely isolated and poorly characterized. The former limits the scope of the findings, while the latter cannot provide the detailed characterization that would require experimental intervention. This depth vs. breadth dichotomy hinders our ability to comprehensively study phage evolution, and we sought to bridge this gap in two ways. First by creating a collection of phages, the BASEL phage collection, that is representative of the natural diversity of E.coli phages but where individual phages are also well-characterized. This gives a detailed snapshot of the results of natural phage evolution, which is informative of the evolutionary trade-offs that these phages face. Our second approach to address the dichotomy is to enable phage evolution experiments at scale. To achieve this, we created a high-throughput framework to perform bacteriophage evolution rapidly, reliably and at scale. The central piece of this framework is the continuous culture machine we crafted to perform the bacteriophage evolution experiment: the Aionostat. We present the machine and the results of two experiments to showcase its abilities. In these experiments, we evolved phages to increase their infectivity on a challenging bacterial strain, demonstrating that the Aionostat can drive the evolution of bacteriophages both vertically and through horizontal transfers. Both approaches complement each other and open new avenues for bacteriophage research

    Früher Tod im spätantiken Vindonissa - interdisziplinäre Auswertung des spätantiken Gräberfelds Windisch-Tschanz

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    Die vorliegende Untersuchung der archäologischen und anthropologischen Befunde und Funde aus mehreren Grabungen in Windisch (V.08.1, V.87.5, V.88.1, V.92.3 und V.93.1) fokussiert auf die spätantiken Bestattungen am Hangfuss des Windischer Sporns. – Im Bereich eines Gebäudekomplexes aus dem 1. Jh. n. Chr. wurden in der Spätantike in 26 Gräbern 38 Menschen bestattet. Bei sechs Gräbern handelt es sich um Doppel- oder Mehrfachbestattungen, in denen 18 Individuen beigesetzt wurden. – Die anthropologische Auswertung zeigte, dass die Mehrheit der Toten männlich und unter 30 Jahre alt war. Die Bestatteten hatten keine guten Lebensbedingungen und litten zu Lebzeiten an physiologischem Stress. – Verschiedene Indizien sprechen dafür, dass die Toten Opfer einer Seuche wurden

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