21603 research outputs found
Sort by
SLU:s gamla paradförsök av ek, lärk, ask, lind, tall och sitkagran vid Vättern
Get PDFFakulteten för skogsvetenskap vid Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) har ungefär 1 800 långsiktiga fältförsök som sedan år 2003 sköts och administreras av Enheten för skoglig fältforskning. Den stora styrkan hos de gamla försöken är de långa mätserierna och de höga åldrarna hos träden. I denna rapport har vi fokuserat på försök belägna nära Vättern, med Omberg och Visingsö som främsta exempel. Många av dessa långsiktiga försök har intressanta och kanske lite bortglömda mätvärden, som man kan anse är av rekordtyp. Det kan till exempel vara högsta trädhöjd, högst beståndsålder eller längsta mätserie för ett trädslag, som finns registrerade i svenska skogliga fältförsök. Det kan också handla om rekord som högsta totalproduktion eller grövsta medeldiameter för en provyta. Troligen är det även i vissa fall fråga om världsrekord, åtminstone beträffande mätseriernas längd. Syftet med den här rapporten är att lyfta fram dessa rekordmätvärden och förhoppningsvis bidra till ett bestående intresse för de äldsta försöken
Retention forestry enhances the resilience of the moss Hylocomium splendens to extreme drought in boreal forests
Get PDFUnderstorey biodiversity is increasingly impacted by extreme climate events. Retention forestry, which involves preserving small patches of live and dead trees from preharvest forests within clearcuts, can help mitigate these extremes by creating more favourable microclimates than traditional clearcutting practices. Despite their importance in buffering climate extremes, it remains unclear whether, and to what extent, the microclimates in retention patches enhance the growth response and recovery of the understorey after extreme droughts in boreal managed forests. We retrospectively investigated the annual growth response from 2016 to 2022 of the mat-forming understorey moss Hylocomium splendens, in relation to micro- and macroclimate, including an extreme drought in 2018, in retention patches relative to clearcuts and mature forests, across 130 plots distributed across 30 forest sites in a boreal landscape in Sweden. The 2018 summer drought reduced the annual growth rates of H. splendens. Clearcuts experienced the greatest climatic impact from the 2018 drought and exhibited the lowest growth rates, followed by retention patches, while mature forests maintained the highest growth rates. This pattern persisted subsequent two post-drought years. Closer alignment of below-canopy temperature and vapour pressure deficits (VPDs) with those of mature forests enhanced moss growth in retention patches, bringing it closer to the levels observed in mature forests. In clearcuts and mature forests, where variation in forest canopy and microclimate was minimal, biological legacies did not influence annual moss growth. In retention patches, however, a greater basal area of large living trees and the presence of standing deadwood contributed to higher canopy closure, which reduced microclimate VPDs and increased H. splendens growth. Increasing volumes of lying deadwood positively contributed to H. splendens growth, likely by creating favourable microhabitats and microclimates near the logs. Synthesis and applications. This study demonstrates that drought reduced the growth of mat-forming understorey H. splendens in boreal forest ecosystems, but drought effects in clearcuts are mitigated in retention patches. By preserving large living trees, standing and lying deadwood, retention patches can be further optimized. Foresters and policymakers can use these findings to minimize the impact of drought after clearcutting on understorey biodiversity and functionality
Outcomes on health, recovery and activity level for mental health service users attending a novel nature-based intervention: a prospective study
Get PDFPurpose: Mental illness due to longstanding stress is increasing. It has been shown that service users with mental illness may benefit from nature-based interventions (NBI), including equine-assisted therapy, to support their health, recovery, and activity level of daily life. However, the evidence base to support this is still weak. The aim was thus to evaluate and provide knowledge of the possible effects on health, recovery and activity level from participating in a novel nature-based intervention among mental health service users with mental illness due to longstanding stress. Materials and methods: Forty participants took part in the study, which had a single group pretest-post-test design. The program was delivered in groups at a farm-based rehabilitation centre in a southern part of Sweden. It consisted of 24 weeks in two 12-week phases. Data were collected using well-tested questionnaires reflecting health, clinical and personal recovery, and activity level. Results: The analysis showed an improvement with medium to large effect sizes over time according to outcomes on aspects of health, recovery and activity level with exception for self-mastery. All outcomes were statistically significant with p-values <=.005. Conclusions: This novel nature-based program has the potential to be a recovery-oriented intervention that could enhance health, both clinical and personal recovery, as well as activity level for mental health service users. The intervention could thus also be a beneficial complement to current psychiatric care services
Metabolomic profiling of shade response and in silico analysis of PAL homologs imply the potential presence of bifunctional ammonia lyases in conifers
Get PDFNorway spruce and Scots pine show enhanced lignin synthesis under shade, along with differential expression of defense-related genes that render disease resilience. In general, phenylalanine (Phe) is the precursor for lignin synthesis in plants, and tyrosine (Tyr) forms an additional lignin precursor specifically in grasses. Phenylalanine ammonia-lyase (PAL) and tyrosine ammonia-lyase (TAL) from the lignin biosynthesis pathway use either Phe or Tyr as precursors for lignin production, respectively. Grasses possess a bifunctional phenylalanine/tyrosine ammonia-lyase (PTAL) that potentially can use both Phe and Tyr for lignin biosynthesis. Metabolomic profiles of seedlings revealed higher levels of Phe and Tyr under shade in Scots pine, while Norway spruce showed differential regulation of only Tyr under shade. Sequence analysis and phylogeny of PAL homologs in the two conifers, coupled with correlation of up-regulation of precursors for lignin synthesis (Phe/Tyr) and enhanced lignin synthesis along with differential expression of PAL homologs under shade, suggest the potential presence of a bifunctional ammonia-lyases (BAL) in conifers. This finding is novel and comparable to PTALs in grasses. Exome sequence analysis revealed a latitudinal variation in allele frequencies of SNPs from coding regions of putative PAL and BAL in Norway spruce, which may impact enzyme activity affecting lignin synthesis. Metabolomic analysis additionally identified metabolites involved in plant immunity, defense and stress response
Stress hos europeisk ål under sumpning och transport
Get PDFFångst och transport används för att transportera fisk förbi hinder som blockerar dess vandringsväg. Den europeiska ålen, Anguilla anguilla, är en art där fångst och transport används som en bevarandeåtgärd. Fångst och transport av ål utförs genom att samla in vuxen ål, så kallad blankål, i sjöar och andra vattendrag, transportera dem förbi vattenkraftverk och dammar, och släppa ut dem i havet eller nedströms vandringshinder. Förhoppningen med denna åtgärd är att öka mängden blankål som kan fullborda sin vandring till Sargassohavet där de reproducerar sig. Under fångst och transport hanteras ålen i flera steg. Först fångas de med ett fiskeredskap eller samlas in med utvandringsfällor, därefter sumpas de en tid (i vissa fall sker transporten direkt efter insamling), för att sedan transporteras till platsen där de släpps ut. Dessa hanteringsmoment innebär en påverkan på ålen som kan leda till direkt dödlighet. Hanteringen kan även öka stress och orsaka skador på ålen, vilket i sin tur kan leda till förhöjd dödlighet senare.I den här studien har vi mätt hjärtrytm på ål med kirurgiskt implanterade elektroniska loggar, så kallade biologgers. Hjärtrytmen är en indikator på stress under sumpning och transport. Studien startade under 2023, men på grund av ovanligt kalla vattentemperaturer under de märkningsförsök som utfördes under sommaren 2023 samlades inget data in för normalt höga sommartemperaturer. I denna rapport redovisas resultat för kompletterande försök utförda under mer representativa temperaturer sommaren 2024. Vi har också analyserat ålder från hörselstenar (otoliter) från ål som ingick i försöket 2023 för att undersöka om ålarnas ålder skiljde sig åt mellan olika lokaler. En skillnad i ålder skulle kunna påverka hjärtfrekvensen och är därför viktig att ta reda på.Ingen ål dog under märkning eller den hantering som skedde i fångst- och transport-processen. Ålens hjärtfrekvens under fångst och transport ökade tydligt med ökande vattentemperatur. Detta var förväntat baserat på tidigare forskning och resultaten från försöken som utfördes under 2023. För att kontrollera för effekten av vattentemperatur på hjärtfrekvens undersöktes skillnaden mellan observerad (uppmätt hjärtfrekvens från denna studie) och predikterad hjärtfrekvens (baserat på tidigare utförda kontrollförsök). Vi fann att skillnaden mellan observerad och predikterad hjärtfrekvens var störst direkt efter märkningen, och att det även fanns en skillnad under transport, men inte under sumpning. Resultaten tyder på ökad hjärtfrekvens, och därmed ökad stress, direkt efter märkning och under transport, och det följer i stort sett resultaten från försöken utförda vid Vänern 2023, med skillnaden att differensen mellan observerad och predikterad hjärtfrekvens var högre under detta försök. Åldersanalysen av otoliter från ål som ingick i försöket 2023 visade att ålen i genomsnitt var 20 år gammal, och att det inte var någon skillnad i ålder mellan de undersökta lokalerna.Vår slutsats är att hjärtfrekvensnivåerna under fångst och transport inte var så höga att de orsakade någon direkt dödlighet vid de vattentemperaturer som uppmättes under de märkningsförsök som utförts under 2023 och 2024 (8–22°C). Vid höga vattentemperaturer var skillnaden mellan observerad och predikterad hjärtfrekvens generellt större, framför allt under transport. Sammantaget tyder resultaten på att fångst och transport som sker vid vattentemperaturer lägre än ~16°C under sumpning och ~19°C under transport inte leder till ökad mortalitet. Däremot tyder resultaten på ökad stress under transport då sumpningstemperaturen varit ~16°C jämfört med ~13°C
Genome-wide comparison reveals large structural variants in cassava landraces
Get PDFBackgroundStructural variants (SVs) are critical for plant genomic diversity and phenotypic variation. This study investigates a large, 9.7 Mbp highly repetitive segment on chromosome 12 of TMEB117, a region not previously characterized in cassava (Manihot esculenta Crantz). We aim to explore its presence and variability across multiple cassava landraces, providing insights into its genomic significance and potential implications.ResultsWe validated the presence of the 9.7 Mbp segment in the TMEB117 genome, distinguishing it from other published cassava genome assemblies. By mapping short-read sequencing data from 16 cassava landraces to TMEB117 chromosome 12, we observed variability in read mapping, suggesting that while all genotypes contain the insertion region, some exhibit missing segments or sequence differences. Further analysis revealed two unique genes associated with deacetylase activity, HDA14 and SRT2, within the insertion. Additionally, the MUDR-Mutator transposable element was significantly overrepresented in this region.ConclusionsThis study uncovers a large structural variant in the TMEB117 cassava genome, highlighting its variability among different genotypes. The enrichment of HDA14 and SRT2 genes and the MUDR-Mutator elements within the insertion suggests potential functional significance, though further research is needed to explore this. These findings provide important insights into the role of structural variations in shaping cassava genomic diversity
Påverkansanalys kustfisk
Get PDFEkosystemen längs Östersjökusten utsätts för påverkan från såväl mänskliga aktiviteter som naturliga faktorer, och detta kan ha starka effekter på statusen hos olika organismer, inklusive kustfisk. Kustlandskapet är dock mycket varierande, och olika påverkansfaktorer kan variera starkt över korta geografiska avstånd. Populationer inom samma art kan dessutom vara genetiskt åtskilda längs olika kuststräckor. För att kunna identifiera lämpliga förvaltningsåtgärder behöver vi därför kunskap om hur den specifika påverkansbilden ser ut för det lokala kustfisksamhället i ett område, samt hur dessa mönster varierar mellan olika kustområden. Flera kustfisksamhällen uppnår inte god miljöstatus idag, och den här rapporten presenterar en påverkansanalys för att kunna identifiera relevanta belastningar och/eller aktiviteter som kan vara bidragande orsaker till att god status inte uppnås för olika arter eller artgrupper av kustfisk, och belyser geografiska skillnader. Analysen bygger på den kunskap som finns tillgänglig idag om mönster gällande påverkansfaktorers effekter på kustfisk. Vi kartlägger ett stort antal påverkansfaktorer i områden där kustfisk övervakas och jämför nivån på påverkansfaktorerna med statusen hos flera olika kustfiskindikatorer. Analysen ger information om möjlig samlad påverkan på en finskalig rumslig nivå som syftar till att matcha en relevant förvaltingsskala för lokala kustfisksamhällen. Vi gör även en riskbedömning på lokal nivå gällande hur sannolikt det är att statusen hos de olika indikatorerna kommer att försämras eller förbättras under kommande fem till tio år. Trender över tid i påverkansfaktorer och status kompletterar bilden genom att ge ett längre tidsperspektiv över hur påverkansbilden förändrats över tid. Sammantaget visar analysen att det finns en stor geografisk variation i faktorer som kan påverka statusen hos kustfisk. Mortaliteten hos abborre är relativt sett högre, och ökande, i flera områden där statusen hos kustfisk inte är god, och detta är kopplat till höga populationstätheter av säl och skarv, relativt högt fisketryck och till viss del förmodade höga förekomster av spigg. I vissa områden, framförallt i de södra delarna av Östersjön, visar analysen en relativt högre risk för att god status inte upprätthålls eller inte nås i framtiden
Role of Influenza D Virus in Bovine Respiratory Disease
Get PDFThis thesis investigates the role of Influenza D virus (IDV) in bovine respiratory disease (BRD), with a focus on detection of IDV in Sweden and interactions with other respiratory pathogens. BRD is a multifactorial disease with a significant impact on cattle health and productivity. The presence of IDV in cattle is increasingly detected worldwide and is considered a potential co-pathogen in BRD. The work included seroepidemiological surveillance using bulk tank milk and ELISA, phylogenetic characterization of Swedish IDV isolates by RT-qPCR and whole genome sequencing, and experimental models used to study coinfections with Mycoplasmopsis (Mycoplasma) bovis, bovine respiratory syncytial virus and bovine parainfluenza virus 3. Proteomic and lipidomic analyses of bronchoalveolar lavage samples from co-infected calves revealed alterations in host immune responses and inflammatory pathways. In vitro studies further demonstrated that IDV changed the expression of key innate immune regulators, particularly during coinfections. These findings support a modulatory role for IDV in BRD pathogenesis and highlight its importance in surveillance
Exploring the genetic variability of sudanese wild sorghum (sorghum bicolor (L.) moench) germplasm for post-attachment striga hermonthica resistance mechanisms using single sequence repeat (SSR) primers
Get PDFStriga hermonthica, a parasitic weed, poses a significant threat to sorghum production in sub-Saharan Africa, potentially causing yield losses of up to 100%. Identifying sources of Striga resistance trait within the diverse wild sorghum accessions is imperative to developing resistant sorghum cultivars. This study analyzed the genetic variation of 255 Sudanese wild sorghum accessions using simple sequence repeat (SSR) markers associated with post-attachment Striga resistance mechanisms: nine SSR markers linked to mechanical barrier resistance and two to hypersensitive resistance. We found moderate polymorphism in the Striga resistance loci among the Sudanese wild sorghum accessions, with polymorphic information contents (PIC) ranging from 0.03 to 1.92 for hypersensitivity and 0.37 for mechanical barrier resistance mechanism markers. Overall, 18 alleles were detected within the loci for mechanical barrier markers and four for hypersensitive markers. A population structure and cluster analysis revealed that several accessions were closely linked to the resistant checks N13 (mechanical barrier) and Framida (hypersensitivity response). Analysis of molecular variance (AMOVA) showed substantial polymorphism within the population (99% for mechanical barriers and 94% for hypersensitivity), thus indicating that these wild sorghum accessions harbor ready-to-use genes for improving Striga resistance in sorghum. Our findings highlight the merits of Sudanese wild sorghum germplasm for post-attachment Striga resistance mechanisms, indicating their possible use in sorghum breeding efforts to develop Striga resistant cultivars
The relationship between activity level, litter performance and motion symmetry in adult sows
Get PDFLameness and poor limb quality of the sow is, apart from being painful and causing discomfort to the sow, also associated with an increased risk of crushing of piglets. Records of sow activity, as a potential indicator for increased risk of crushing, or increased risk of limb problems, were studied. Records of activity were collected using accelerometers attached to a collar around the neck of the sow. Data was collected on 63 sows at Research centre Lovsta, Uppsala, before and after farrowing. The accelerometers recorded movements over a period of 2.5 days per recording period. Sows were housed individually in farrowing pens with access to straw. Litter size at birth, number of dead piglet and cause of death was recorded by the staff in the stable. A pressure mat was used to investigate how sow gait was affected before and after farrowing. Differences in sow gait parameters were small before and after farrowing. The results show a significant difference in stride velocity between the left and right forelimbs. Further differences were recorded for the stride length of hind limbs. No significant changes were recorded for the weight load distribution between limbs. Activity levels varied over the day with highest activity during the day and lowest at night and in the early morning. Sows with higher levels of activity had a larger proportion of dead piglets, and high levels of activity in total after farrowing was associated with a higher proportion of crushed piglets. However, sows with higher activity levels during the night before farrowing had a lower proportion of crushed piglets. There was no association between activity levels and signs of lameness. In conclusion, activity may serve as an indicator of risk of piglet mortality, but activity in the farrowing pen does not seem to be a useful indicator of lameness