Universidad de Los Andes
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Multispecies Coffea genus genomic-scale metabolic reconstruction: insights into caffeine metabolism
No full textThis study presents the first genome-scale metabolic reconstruction of the Coffea genus, focusing on caffeine biosynthesis. Fifteen Coffea genomes were analyzed, identifying genes encoding N-methyltransferase (NMT) enzymes responsible for caffeine production. Variations in copy number were found for key genes XMT, MXMT, and DXMT, with DXMT being essential in caffeine-producing species. Based on this annotation, a core metabolic model was generated using KEGG and MetaCyc databases and then refined using curated information. The final model included pathways for the biosynthesis of caffeine and chlorogenic acid and was used to simulate growth and compound production. Reaction deletion analyses identified key steps that could suppress caffeine synthesis without compromising cell viability. This reconstruction provides a valuable framework for future genetic engineering strategies aimed at producing low-caffeine coffee varieties while retaining other beneficial secondary metabolites.Este estudio presenta la primera reconstrucción metabólica a escala genómica del género Coffea, enfocándose en la biosíntesis de cafeína. Se analizaron 15 genomas de especies de Coffea, identificando genes codificantes de enzimas N-metiltransferasas (NMT) responsables de la producción de cafeína. Se detectaron variaciones en el número de copias de los genes XMT, MXMT y DXMT, siendo DXMT esencial en especies productoras. A partir de estas anotaciones, se generó un modelo metabólico central basado en KEGG y MetaCyc, luego refinado con información curada. El modelo final incluyó rutas para la síntesis de cafeína y ácido clorogénico, y se usó para simular condiciones de crecimiento y producción. Análisis de eliminación de reacciones revelaron rutas críticas para reducir o eliminar la síntesis de cafeína sin afectar la viabilidad celular. Esta reconstrucción ofrece una base para futuras intervenciones genéticas que busquen producir variedades con bajo contenido de cafeína y compuestos secundarios beneficiosos.Institut de Recherche pour le Développement (IRD)Maestrí
¿De dónde(s) eres?
No full textEste trabajo de grado explora cómo el diseño puede convertirse en una herramienta crítica para representar identidades en tránsito. A partir de una experiencia personal de movilidad constante, se propone una reflexión sobre los límites de la pertenencia, las categorías impuestas por el lenguaje y los sistemas de validación institucional. Desde una metodología autoetnográfica, se construye un discurso que articula lo personal con lo político y académico concibiendo el diseño como medio de pensamiento y resistencia.Pregrad
Los morteros del Fuerte de San Fernando de Bocachica, Isla de Tierra Bomba, Departamento de Bolívar, Colombia: Investigación para el entendimiento de su naturaleza material.
No full textSe llevó a cabo una investigación concerniente a la materialidad de muestras de mortero del Fuerte de San Fernando de Bocachica ubicado en la Isla de Tierra Bomba, aledaña a la ciudad de Cartagena, en el departamento de Bolívar. Esta fortificación en sí misma sirve como fuente de información que al ser analizada por medio de aparatos científicos, “habla” acerca de su naturaleza física, lo que puede permitir desarrollar metodologías idóneas para su mantenimiento y conservación.
El propósito fundamental del estudio fue el de caracterizar textural y composicionalmente los morteros, con el fin de establecer sus atributos, determinar la técnica de fabricación y realizar hipótesis a cerca de la fuente de recursos naturales usados en su manufactura. Para ello, se extrajeron muestras de las diferentes tipologías identificadas en el edificio, así como de ejemplares de rocas y arenas de playa en una traversa realizada de norte a sur en la isla.
El análisis se realizó mediante el uso de tres herramientas que convencionalmente han sido las más empleadas y que se reconocen por ser las más apropiadas en la investigación de estos materiales: microscopio óptico (o petrográfico), difractómetro de rayos X (DRX) y microscopio electrónico de barrido con espectroscopia de dispersión de energía de rayos X (MEB-EDS). Cada una de estas herramientas tiene un alcance y una resolución, y las tres se complementaron para generar el examen completo de las muestras colectadas.
Con respecto a la materia prima, se pudo establecer que los fabricantes hicieron uso de los recursos existentes en la isla. Los agregados naturales identificados en los morteros, fueron extraídos de alguna playa terrígena, como la del sector de Gamboa o de una análoga a este. Los ingredientes con los que se fabricó el material ligante, fueron obtenidos de: (1) sedimentos de playas calcáreas como la del Tejar de San Bernabé, (2) afloramientos de calizas puras dispuestas en paquetes espesos en diferentes zonas y (3) rocas arcillosas que constituyen el principal cuerpo litológico de Tierra Bomba.
Dos de los morteros analizados, contienen agregados artificiales consistentes en escoria de fundición y fragmentos de ladrillo, y su presencia tuvo propósitos diversos. En uno de ellos, fue el de generar una buena capacidad impermeable, debido a que se encuentra en una zona de almacenamiento de agua (aljibe), mientras que el otro, fue el de cumplir una función decorativa, recubriendo el pináculo de la escalera en la planta superior.
De la tecnología de fabricación del ligante, se dedujo que la temperatura en el horno de producción, estuvo en el rango de 500 a 800°C, sin embargo, no se descarta que haya sido un poco mayor (900 o 1000°C). Adicionalmente se interpretó que la manufactura del material, fue realizada mediante la práctica de mezcla en caliente (hot mixing).
Los morteros del Fuerte de San Fernando de Bocachica corresponden a un material particular, “fuera de su tiempo”, resultado de la inventiva humana ante la necesidad y los recursos disponibles, ya que son en cuanto a materialidad (mas no en proporción ni temperatura de calcinación), un producto análogo al cemento portland, debido a que su elaboración implicó la calcinación de elementos individuales, representados por materiales calcáreos (conchas y calizas puras), así como rocas arcillosas friables, que contenían yeso entremezclado en su estructura.Centro de Investigación y Creación, comité CIC, de la Facultad de Artes y Humanidades de la Universidad de los AndesConvenio entre la Universidad de los Andes y el Ministerio de las Culturas, las Artes y los SaberesMaestrí
Desarrollo de modelos computacionales de estructuras celulares de tipo TPMS en condiciones cuasiestáticas
No full textLas simulaciones constituyen una herramienta clave para analizar y evaluar con precisión el comportamiento mecánico de cuerpos complejos sin recurrir a experimentaciones físicas extensas. En este estudio se seleccionó una estructura TPMS Schwarz Primitive como caso de referencia, con el objetivo de reproducir su respuesta bajo compresión cuasiestática mediante modelos constitutivos avanzados. Tras determinar experimentalmente los parámetros elásticos y plásticos del material base, se calibraron diferentes formulaciones y se validaron comparando las curvas fuerza-desplazamiento simuladas con los ensayos físicos. Los resultados obtenidos evidenciaron la necesidad de implementar modelos de plasticidad no lineales y el autocontacto para capturar los fenómenos característicos como la meseta estable y la densificación. En conjunto, el procedimiento propuesto establece un marco de referencia sólido para estudiar otras geometrías reticulares, materiales y condiciones de carga sin depender de experimentaciones físicas exhaustivas.Pregrad
Relación entre las dimensiones del apego, la diferenciación del self y el manejo de conflictos en relaciones románticas de adultos jóvenes
No full textEste estudio explora la relación entre las dimensiones del apego, la diferenciación del self y los estilos de resolución de conflictos en relaciones románticas de adultos jóvenes. A partir de la teoría del apego y la teoría de diferenciación del self se analiza cómo la cercanía emocional, la dependencia, la ansiedad, la reactividad emocional y el corte emocional se relacionan con cuatro estilos de manejo de conflictos: resolución de problemas, involucramiento en el conflicto, retiro y sumisión. La muestra estuvo compuesta por 83 participantes (38 hombres y 45 mujeres) entre los 18 y 27 años, todos en una relación de pareja de más de 3 meses de duración. Se utilizaron instrumentos estandarizados para evaluar el apego adulto (AAS), la diferenciación del self (DSI-R) y la resolución de conflictos (CRSI). Los resultados mostraron que quienes tienen mayor cercanía emocional y menos ansiedad tienden a resolver los conflictos de forma más constructiva, mientras que altos niveles de ansiedad y distanciamiento emocional se relacionan con respuestas más evitativas. También se encontraron diferencias entre hombres y mujeres en estas relaciones. Estos hallazgos permiten comprender mejor cómo pueden llegar a influir las experiencias familiares y la regulación emocional en el manejo de conflictos de pareja, y cómo pueden ser útiles en el futuro para diseñar intervenciones que fortalezcan la comunicación y los vínculos afectivos en adultos jóvenes.Pregrad
Enhancing gender violence legal guidance with LLMS and retrieval systems
No full textThis study investigates recent developments in AI applications for the legal domain, emphasizing the capabilities of LLMs, legal chatbots, and retrieval-augmented generation (RAG) to bridge the gap between legal systems and the general public.
To support this research, a synthetic dataset of legal conversations was developed through simulated interactions between lawyers and users, curated in collaboration with legal experts.
Furthermore, we propose an agent-based architecture designed to: (1) ensure comprehensive extraction of case details from user interactions, (2) systematically construct legal cases from this information,
and (3) integrate contextually relevant legal frameworks via RAG to generate useful guidance for users.Este estudio investiga desarrollos recientes en aplicaciones de IA para el dominio legal, enfatizando las capacidades de los LLMs, chatbots legales y generación aumentada por recuperación (RAG) para cerrar la brecha entre los sistemas legales y el público general. Para apoyar esta investigación, se desarrolló un conjunto de datos sintético de conversaciones legales a través de interacciones simuladas entre abogados y usuarios, curado en colaboración con expertos legales.
Además, proponemos una arquitectura basada en agentes diseñada para: (1) asegurar la extracción integral de detalles de casos de las interacciones con usuarios, (2) construir sistemáticamente casos legales a partir de esta información, y (3) integrar marcos legales contextualmente relevantes a través de RAG para generar orientación útil para los usuarios.Maestrí
Tattas: the next step
No full textTattas nació en el año 2022 con el propósito de promover el autoexamen de mama como una práctica de autocuidado para mujeres jóvenes. En el proceso, el proyecto ha pasado por etapas de investigación, diseño y validación con mujeres jóvenes, enfrentando barreras como el miedo, los tabúes, la desinformación y el desinterés. Las primeras fases del proyecto se materializaron en talleres y en el Kit Tattas, logrando generar experiencias significativas en espacios de reflexión. Sin embargo, al volver a sus rutinas, muchas mujeres no incorporaban el autoexamen de mama como un hábito. Esta observación dio origen a la pregunta de investigación que guía esta tesis: ¿de qué manera podemos impulsar la agencia de autocuidado en mujeres jóvenes para que el autoexamen de mama se convierta en un hábito a largo plazo?
Esta tesis se enfoca en dar ese paso que faltaba para la construcción de la agencia de autocuidado: la pasividad, entendida como la formación del autoexamen de mama como hábito. Basada en el marco propuesto por Kearney y Fleischer (1979), la investigación aborda cuatro pasos clave: autoconciencia, que implica el reconocimiento del cuerpo y las emociones; iniciativa, como la intención de actuar; curiosidad y conocimiento, entendidos como la búsqueda activa de información; y, finalmente, la pasividad como la incorporación del hábito en la vida cotidiana.
Tattas en construcción: dando un paso más propone herramientas diseñadas para cada una de estas etapas, incluyendo un diario de actividades que acompaña a las mujeres en su camino hacia tomar autonomía frente a su salud. A lo largo de sus páginas, el libro propone un recorrido de aprendizaje, reflexión, autoconciencia y valentía. Invita a las mujeres a reconectarse con su cuerpo, fortalecer su autonomía y cultivar una relación más cercana con su bienestar. El objetivo principal es transformar el autoexamen en un hábito a largo plazo, brindando herramientas que empoderen a cada mujer para convertirse en su propia heroína.Tattas was created in 2022 with the purpose of promoting breast self-examination as a self-care practice for young women. Throughout its development, the project has gone through stages of research, design, and validation with young women, addressing barriers such as fear, taboos, misinformation, and disinterest. The initial phases materialized in workshops and the Tattas Kit, generating meaningful experiences in reflective spaces. However, once the participants returned to their routines, many of them did not adopt breast self-examination as a regular habit. This observation gave rise to the research question that guides this thesis: How can we strengthen self-care agency in young women so that breast self-examination becomes a long-term habit?
This thesis focuses on taking the missing step in the construction of self-care agency: passivity, understood here as the internalization of breast self-examination as a habit. Based on the framework proposed by Kearney and Fleischer (1979), the research explores four key stages: self-awareness, involving the recognition of the body and emotions; initiative, as the intention to act; curiosity and knowledge, as the active search for information; and finally, passivity, as the incorporation of the habit into everyday life.
Tattas: The next step proposes tools designed for each of these stages, including an activity journal that supports women in the process of taking ownership of their health. Through its pages, the book offers a path of learning, reflection, self-awareness, and courage. It invites women to reconnect with their bodies, strengthen their autonomy, and cultivate a closer relationship with their well-being. Its main goal is to transform self-examination into a long-term habit, providing tools that empower each woman to become the heroine of her own health.Pregrad
Fishing for NUMTs: exploring mitochondrial insertions in fish
No full textNUMTs can be defined as fragments of mitochondrial DNA that have been integrated into the nuclear genome through evolutionary processes. Once NUMTs are inserted they can potentially disrupt protein-coding genes, leading to disease or integrate successfully into the genome and change the phenotype of the organisms and thus its survival. NUMTs have been used to define phylogenetic outgroups and elucidate mtDNA evolution. While NUMTs have been extensively studied in vertebrates, their distribution, frequency, and evolutionary significance in fish remain largely unexplored. In this study, a novel bioinformatics pipeline using LAST is suggested as a potential method to identify NUMTs in the genomes of ten fish species. A total of 583 NUMTs were detected, with significant variation in NUMT content across species. Our findings suggest that genome size is not a strong predictor of NUMT abundance in fish. Additionally, an analysis of ancient NUMTs revealed that only Elasmobranchii (sharks and rays) retained conserved NUMT sequences, likely due to their slow genomic evolutionary rates. No ancient NUMTs were identified in Actinopterygii, possibly due to their high evolutionary divergence. These results provide new insights into the distribution and evolutionary history of NUMTs in fish and highlight the potential of NUMTs as markers for studying genome evolution. Further research on NUMTs in closely related fish taxa and improvements in the workflow could refine our understanding of their functional and evolutionary implications, particularly in species with highly conserved genomes.Pregrad
Modelado y control de un robot continuo paralelo de tres filamentos usando ecuaciones de Cosserat y redes neuronales.
No full textActualmente, la robótica continua ha tomado fuerza frente a la robótica convencional, especialmente en aplicaciones que requieren adaptabilidad frente al entorno o suavidad en el movimiento (como dentro de la medicina). Este tipo de robótica presenta varias ventajas, como su simplicidad estructural, su ligereza o su capacidad de generar deformaciones complejas a partir de entradas de tracción controlada. Sin embargo, el modelado preciso de su comportamiento dinámico y la implementación de controladores efectivos continúan siendo desafíos interesantes. Justo acá es donde entra la Teoría de Cosserat, la cual permite modelar el comportamiento de cuerpos continuos (como filamentos o varillas) sometidos a alguna fuerza o momento. Adicionalmente, esta teoría toma en cuenta otras propiedades como geometría o elasticidad del cuerpo. A pesar de la muy buena aproximación que nos puede brindar este teorema para modelar el comportamiento de las varillas, la complejidad computacional que implica resolver estas ecuaciones diferenciales no lineales ha limitado su aplicación en tiempo real para control, lo cual obliga muchas veces a pensar en aplicar otras estrategias como la simplificación geométrica, o aproximaciones numéricas que comprometen la precisión a cambio de menor uso de recursos. Paralelo a esto, los avances en aprendizaje automático y, en particular, en redes neuronales han permitido plantear nuevas soluciones para controlar este tipo de robots que, a diferencia de controladores tradicionales, se vuelven menos complicados de implementar, y su precisión depende principalmente de un buen entrenamiento.
Estas técnicas pueden aprender directamente el comportamiento del sistema, permitiendo establecer una relación entre entradas y salidas sin necesidad de resolver modelos complejos durante la operación. La aplicación de redes neuronales cada vez es más amplia y han demostrado un muy buen comportamiento en aplicaciones de cinemática inversa o control directo, especialmente cuando se dispone de un modelo físico confiable para generar datos de entrenamiento.
En particular, a lo largo del documento se presenta el desarrollo completo de un modelo de Cosserat en Matlab para un robot continuo paralelo de tres filamentos, el entrenamiento de una red neuronal con datos reales para el control de posición y la validación del sistema en un robot físico real.Pregrad
La medida de aseguramiento y su estándar de prueba: una propuesta metodológica para abordar la inferencia razonable a partir del derecho norteamericano
No full textLa medida de aseguramiento es el mecanismo idóneo establecido por la Constitución y la Ley para salvaguardar los intereses del proceso penal, evitando que el imputado materialice riesgos contra la comunidad, la víctima, la no comparecencia al proceso o la obstrucción de la justicia. Esta tesis tiene como propósito (a) examinar la figura de la medida de aseguramiento en la legislación colombiana, con especial énfasis en el estándar de prueba, y (b) dotar a dicho estándar de un contenido claro y un análisis fundamentado con base en el ordenamiento estadounidense. En Colombia, la falta de claridad en la definición y metodología para determinar el umbral probatorio necesario para considerar válida una hipótesis en la imposición de la medida de aseguramiento genera ambigüedad y afecta los derechos fundamentales del procesado, particularmente cuando aún no se ha desvirtuado su presunción de inocencia mediante un juicio oral, público, contradictorio y regido por el principio de inmediación. Tanto la legislación como la jurisprudencia de la Corte Suprema de Justicia han sido confusas al definir este umbral probatorio, reforzando la idea de una indefinición en el ordenamiento colombiano. Esta falta de claridad dificulta el control intersubjetivo de las decisiones judiciales, vulnerando así los derechos fundamentales del procesado, especialmente su libertad y presunción de inocencia. La finalidad de estudiar el ordenamiento jurídico norteamericano en esta tesis radica en utilizar dicho sistema como base para formular, posteriormente, una propuesta metodológica que permita abordar con mayor precisión el estándar de prueba aplicable a las medidas de aseguramiento en Colombia, habida cuenta que el mismo concepto de “inferencia razonable” es un estándar de prueba que tiene su origen en el derecho procesal penal norteamericano.Pregrad