Hellenic National Archive of Doctoral Dissertations
Not a member yet
56257 research outputs found
Sort by
Chemical functionalization of two-dimensional transition metal dichalcogenides with photoactive molecules
No full textThis doctoral dissertation thesis focuses on the design, preparation, characterization and assessment of hybrid nanostructured materials that combine two-dimensional transition metal dichalcogenides (TMDs), such as MoS₂, with organic photoactive molecules. The aim is the development of functional electron donor–acceptor hybrid nanomaterials for managing photoinduced charge transfer phenomena. To achieve this goal, diverse methodological approaches for the chemical modification of TMDs with organic chromophores were employed: (a) electrostatic Coulomb interactions, between modified MoS₂ nanosheets bearing ionized functional groups, for the attraction of oppositely charged derivatives of zinc phthalocyanine (ZnPc), zinc porphyrin (ZnP), and boron dipyrromethene (BODIPY), (b) axial coordination of metal-macrocyclic chromophore species ZnP and ZnPc, with chemically modified semiconducting MoS2 bearing pyridyl groups, (c) covalent modification of the peripheral sulfur vacancies of MoS₂ with 1,2-dithiolane derivatives, onto which branched organic chains of the PAMAM-type were grown, for the multiple conjugation of photoactive molecules, and (d) covalent axial coupling of substituted silicon phthalocyanine with chemically modified MoS₂. In addition, (e) MoS₂-based hybrid materials, bearing covalently attached substituted perylene derivatives were prepared, characterized and evaluated, in order to examine their effect on the nonlinear optical properties upon interaction with MoS₂. The successful preparation of all the above hybrid materials and nanoensembles was confirmed through a combination of spectroscopic and imaging techniques, as well as thermal analysis, and their photophysical and redox properties were studied. Overall, this work provides new knowledge about the role of factors such as the binding of the chromophore, the percentage loading of photoactive species per MoS₂ unit, and the substituents of the organic molecules employed, in the way they interadct with semiconducting exfoliated MoS₂. The ability to control the photophysical properties through chemical modification, highlights the utility of MoS₂-based hybrid materials with photoactive species as attractive candidates for optoelectronic applications. Moreover, the findings of this dissertation contribute to a deeper understanding of charge and energy transfer mechanisms, thus laying the foundation for the design of new materials with tailored properties for future technologies.Η παρούσα διδακτορική διατριβή έχει στόχο το σχεδιασμό, την παρασκευή, το χαρακτηρισμό και την μελέτη νανοδομημένων υβριδικών υλικών που συνδυάζουν διδιάστατα διχαλκογενίδια μετάλλων μετάπτωσης (ΔΜΜ), όπως το MoS2, με οργανικά φωτοενεργά μόρια. Σκοπός της διδακτορικής διατριβής είναι η παρασκευή υβριδικών νανοϋλικών τύπου δότη-δέκτη ηλεκτρονίων, για διαχείριση φαινομένων φωτοεπαγώμενης μεταφοράς φορτίου. Για την επίτευξη αυτού του σκοπού, διερευνήθηκαν και εφαρμόστηκαν διαφορετικές μεθοδολογικές προσεγγίσεις χημικής τροποποίησης των ΔΜΜ με οργανικά χρωμοφόρα μόρια μέσω: (α) ηλεκτροστατικών αλληλεπιδράσεων Coulomb, μεταξύ τροποποιημένων διδιάστατων φύλλων MoS2 με οργανικές αλυσίδες που φέρουν ιονισμένες λειτουργικές ομάδες για την έλξη αντιθέτως φορτισμένων παραγώγων φθαλοκυανίνης του ψευδαργύρου (ZnPc), πορφυρίνης του ψευδαργύρου (ZnP), και διπυρρομεθενίου του βορίου (BODIPY), (β) αξονικής συναρμογής μέταλλο-μακροκυκλικών χρωμοφόρων μορίων ZnP και ZnPc, με χημικά τροποποιημένο ημιαγώγιμο MoS2 που φέρει πυρίδυλο-ομάδες, (γ) ομοιοπολικής τροποποίησης των περιφερειακών κενών θέσεων θείου του MoS2 με 1,2-διθειολανικά παράγωγα, πάνω στα οποία αναπτύχθηκαν διακλαδισμένες οργανικές αλυσίδες τύπου PAMAM, για την πολλαπλή σύζευξη φωτοενεργών μορίων, (δ) ομοιοπολικής αξονικής σύζευξης υποκατεστημένου πυριτίου σε φθαλοκυανίνη με χημικά τροποποιημένο MoS2. Επιπλέον, (ε) παρασκευάστηκαν, χαρακτηρίστηκαν και μελετήθηκαν υβριδικά υλικά βασισμένα στο MoS2, που φέρουν ομοιοπολικά προσδεμένα παράγωγα υποκατεστημένων περυλενίων διιμιδίου, προκειμένου να εξεταστεί η επίδρασή τους στις μη γραμμικές οπτικές ιδιότητες κατά την αλληλεπίδραση με το MoS2. Με συνδυασμό φασματοσκοπικών και απεικονιστικών τεχνικών καθώς και μέσω θερμικής και ηλεκτροχημικής ανάλυσης, επιβεβαιώθηκε η επιτυχής παρασκευή όλων των παραπάνω υβριδικών υλικών και νανοσυνόλων και μελετήθηκαν οι φωτοφυσικές και οξειδοαναγωγικές ιδιότητές τους. Συνολικά, η εργασία αυτή παρέχει νέα γνώση σχετικά με τον ρόλο παραγόντων όπως η μέθοδος προσάρτησης, η ποσοστιαία φόρτωση φωτοενεργών μορίων προς τα φύλλα MoS2 και οι υποκαταστάτες των οργανικών μορίων που χρησιμοποιούνται, στον τρόπο που αυτά αλληλεπιδρούν με ημιαγώγιμο αποφυλλωμένο MoS2. Η δυνατότητα ελέγχου των φωτοφυσικών ιδιοτήτων μέσω χημικής τροποποίησης αναδεικνύει τα υβριδικά υλικά βασισμένα σε MoS2 με φωτοενεργά μόρια ως ελκυστικούς υποψηφίους για εφαρμογές στην οπτοηλεκτρονική. Επιπρόσθετα, τα ευρήματα της διδακτορικής διατριβής συμβάλλουν στη βαθύτερη κατανόηση των μηχανισμών μεταφοράς φορτίου και ενέργειας, θέτοντας έτσι τα θεμέλια για τον σχεδιασμό νέων υλικών με ελεγχόμενες ιδιότητες για τις τεχνολογίες του μέλλοντος
Identification of the determinant factors for the formation of small and medium-sized enterprise clusters
No full textGlobalization, the Lisbon Strategy (2000) and Europe 2020 have put the focus on achieving competitiveness and a knowledge-based economy. Competition is shifting from comparative advantage to competitive advantage, with knowledge and innovation gaining increasing importance. Particularly in knowledge-intensive or service-oriented activities, distance, transport costs, and natural resources no longer play the decisive role they once did in the spatial concentration of firms. However, in production-related activities, geographical and material factors continue to play a significant role. In modern economic theory, knowledge is considered the key factor in economic growth and development. New ideas, skills, and competences are the outcomes of knowledge that will be integrated into new products, processes, and the organizational structure of the firm. Knowledge has always been one of the main drivers of growth, but the EU's objective of a knowledge-based economy has made it even more important. The effective creation, dissemination and use of knowledge leads to knowledge-based growth, the economy and competitiveness. To achieve this, it is necessary to develop a policy and strategy where one of the policies is the creation of clusters of enterprises. Cluster is a way of increasing competitiveness and economic growth through innovation by applying knowledge, research and development and new technologies. The aim of this doctoral thesis is to study the evolution of spatial concentrations of firms and to investigate the determinants that determine the creation and development of clusters of small and medium-sized enterprises (SMEs). The results of doctoral thesis have important implications both for theory and policy.Η παγκοσμιοποίηση, η στρατηγική της Λισαβόνας (2000) και η Ευρώπη 2020 έθεσαν στο επίκεντρο την απόκτηση της ανταγωνιστικότητας και της οικονομίας που βασίζεται στη γνώση. Ο ανταγωνισμός μετατοπίζεται από το συγκριτικό πλεονέκτημα στο ανταγωνιστικό πλεονέκτημα, με τη γνώση και την καινοτομία να αποκτούν ολοένα και μεγαλύτερη σημασία. Ειδικά σε δραστηριότητες παροχής υπηρεσιών ή έντασης γνώσης, η απόσταση, το κόστος μεταφοράς και οι φυσικοί πόροι δεν παίζουν πλέον τον καθοριστικό ρόλο που είχαν στο παρελθόν στη συγκέντρωση των επιχειρήσεων. Ωστόσο, για παραγωγικές δραστηριότητες, οι γεωγραφικοί και υλικοί παράγοντες εξακολουθούν να διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο. Στη σύγχρονη οικονομική θεωρία, η γνώση είναι ο βασικός παράγοντας της οικονομικής μεγέθυνσης και ανάπτυξης. Νέες ιδέες, δεξιότητες και ικανότητες είναι τα αποτελέσματα της γνώσης που θα ενσωματωθούν σε νέα προϊόντα, διαδικασίες και την οργανωτική δομή της επιχείρησης. Η γνώση αποτελούσε πάντα έναν από τους κύριους μοχλούς ανάπτυξης, όμως, λόγω του στόχου της ΕΕ για μια οικονομία βασισμένη στη γνώση, έχει αποκτήσει ακόμη μεγαλύτερη σημασία. Η αποτελεσματική δημιουργία, διάδοση και χρήση της γνώσης οδηγεί στην ανάπτυξη με βάση τη γνώση, την οικονομία και την ανταγωνιστικότητα. Προκειμένου να επιτευχθεί αυτό είναι απαραίτητη η ανάπτυξη πολιτικής και στρατηγικής όπου μία από τις πολιτικές είναι η δημιουργία συστάδων επιχειρήσεων. Η συστάδα αποτελεί έναν τρόπο αύξησης της ανταγωνιστικότητας και της οικονομικής ανάπτυξης μέσω της καινοτομίας με την εφαρμογή της γνώσης, της έρευνας και της ανάπτυξης και των νέων τεχνολογιών. Σκοπός της διατριβής είναι η μελέτη εξέλιξης των χωρικών συγκεντρώσεων των επιχειρήσεων και η διερεύνηση των προσδιοριστικών παραγόντων που καθορίζουν τη δημιουργία και ανάπτυξη συστάδων μικρομεσαίων επιχειρήσεων (ΜμΕ). Τα αποτελέσματα της διατριβής παρουσιάζουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον τόσο σε επίπεδο θεωρίας όσο και σε επίπεδο πολιτικής
Επίδραση της πολυπλοκότητας της βλάβης και της σύνθεσης επικάλυψης στην τοπική διείσδυση της επικάλυψης και στον εμβολισμό μετά από θεραπεία με μπαλόνια επικαλυμμένα με φάρμακο
No full textBackground Drug-coated balloons (DCBs) are widely applied for the treatment of vascular stenoses, delivering an antiproliferative drug (e.g. paclitaxel) locally to inhibit neointimal proliferation. However, coating loss during tracking and inflation remains a largely underexplored factor that may compromise delivery efficacy and contribute to off-target drug exposure. This work aimed to evaluate the extent of premature drug loss and off-target delivery and its underlying mechanisms using an interdisciplinary experimental platform combining in vivo, in silico, and in vitro models. Methods A porcine model of in-stent restenosis (ISR) was created through plain balloon overstretch and stent implantation. DCBs were applied to ISR and naïve peripheral arteries, with systemic plasma, target, upstream, downstream, and systemic tissues collected for LC-MS/MS drug quantification. Angiographic and histological assessments were performed to evaluate lesion morphology and drug distribution. Complementary benchtop and computational simulations were conducted to dissect key interventional and mechanical contributors to coating loss and investigate friction- and attachment-dependent drug transfer. Results Systemic plasma sampling revealed peak paclitaxel concentrations post-tracking, indicating that approximately 44.5% of the nominal drug load is lost prior to inflation, while only 1.5% was detected post-inflation. No significant difference in drug delivery was observed between ISR and naïve arteries and their downstream tissue. Notably, upstream arterial tissue at vascular bends showed substantial paclitaxel concentrations (up to 46.5% of target site concentrations), suggesting frictional coating transfer during tracking. Benchtop friction experiments confirmed high drug transfer under low-pressure shear conditions, exceeding inflation-driven delivery. In vitro11models further demonstrated strong hydrophobic surface-mediated attachment of paclitaxel particles to phospholipid-rich matrices, offering an explanation for paclitaxel retention in systemic organs, particularly the lung. Conclusion This study reveals that significant paclitaxel loss occurs during DCB tracking, driven by vascular geometries and frictional mechanisms, resulting in unintended drug deposition in upstream vessels and systemic tissues. These off-target delivery routes can compromise therapeutic efficiency and safety. Improved device designs incorporating protective coatings or triggered-release systems, and early-timepoint pharmacokinetic evaluations, are critical to optimize DCB performance and minimize systemic exposure.Ιστορικό Τα μπαλόνια με φαρμακευτική επικάλυψη (DCB) εφαρμόζονται ευρέως για τη θεραπεία αγγειακών στενώσεων, παρέχοντας ένα αντιπολλαπλασιαστικό φάρμακο (π.χ. πακλιταξέλη) τοπικά για την αναστολή του πολλαπλασιασμού του νεοϊντιματικού ιστού. Ωστόσο, η απώλεια της επικάλυψης κατά την παρακολούθηση και το φούσκωμα παραμένει ένας σε μεγάλο βαθμό ανεξερεύνητος παράγοντας που μπορεί να θέσει σε κίνδυνο την αποτελεσματικότητα της χορήγησης και να συμβάλει στην έκθεση στο φάρμακο εκτός στόχου. Αυτή η εργασία είχε ως στόχο να αξιολογήσει την έκταση της πρόωρης απώλειας φαρμάκου και της εκτός στόχου παροχής και τους υποκείμενους μηχανισμούς της χρησιμοποιώντας μια διεπιστημονική πειραματική πλατφόρμα που συνδυάζει in vivo, in silico και in vitro μοντέλα. Μέθοδοι Δημιουργήθηκε ένα χοίρειο μοντέλο επαναστένωσης in-stent (ISR) μέσω απλής υπερδιάτασης μπαλονιού και εμφύτευσης stent. Εφαρμόστηκαν DCBs σε ISR και σε αφύσικες περιφερικές αρτηρίες, ενώ συλλέχθηκαν συστηματικό πλάσμα, στόχος, ανάντη, κατάντη και συστηματικοί ιστοί για ποσοτικοποίηση φαρμάκων LC-MS/MS. Πραγματοποιήθηκαν αγγειογραφικές και ιστολογικές εκτιμήσεις για την αξιολόγηση της μορφολογίας της βλάβης και της κατανομής του φαρμάκου. Πραγματοποιήθηκαν συμπληρωματικές προσομοιώσεις σε πάγκο και υπολογιστικές προσομοιώσεις για την ανάλυση των βασικών επεμβατικών και μηχανικών παραγόντων που συμβάλλουν στην απώλεια της επικάλυψης και τη διερεύνηση της εξαρτώμενης από την τριβή και την προσκόλληση μεταφοράς φαρμάκου. Αποτελέσματα Η συστηματική δειγματοληψία πλάσματος αποκάλυψε τις μέγιστες συγκεντρώσεις πακλιταξέλης μετά την παρακολούθηση, υποδεικνύοντας ότι περίπου το 44,5% του ονομαστικού φορτίου φαρμάκου χάνεται πριν από το φούσκωμα, ενώ μόνο το 1,5% ανιχνεύθηκε μετά το φούσκωμα. Δεν παρατηρήθηκε καμία σημαντική διαφορά στην παροχή φαρμάκου μεταξύ των αρτηριών ISR και των αφύσικων αρτηριών και των κατάντη ιστών τους. Ειδικότερα, ο ανάντη αρτηριακός ιστός στις αγγειακές καμπύλες παρουσίασε σημαντικές συγκεντρώσεις πακλιταξέλης (έως και 46,5% των συγκεντρώσεων στο σημείο-στόχο), γεγονός που υποδηλώνει μεταφορά επικάλυψης λόγω τριβής κατά την παρακολούθηση. Τα πειράματα τριβής σε πάγκο επιβεβαίωσαν την υψηλή μεταφορά φαρμάκου υπό συνθήκες διάτμησης χαμηλής πίεσης, υπερβαίνοντας την παροχή με οδηγό τον πληθωρισμό. Μοντέλα in vitro11 κατέδειξαν περαιτέρω ισχυρή προσκόλληση των σωματιδίων πακλιταξέλης σε πλούσιες σε φωσφολιπίδια μήτρες με τη μεσολάβηση υδρόφοβης επιφάνειας, προσφέροντας μια εξήγηση για τη συγκράτηση της πακλιταξέλης σε συστηματικά όργανα, ιδίως στον πνεύμονα. Συμπέρασμα Η παρούσα μελέτη αποκαλύπτει ότι κατά την παρακολούθηση των DCB παρατηρείται σημαντική απώλεια πακλιταξέλης, η οποία οφείλεται σε αγγειακές γεωμετρίες και μηχανισμούς τριβής, με αποτέλεσμα την ακούσια εναπόθεση του φαρμάκου σε ανάντη αγγεία και συστηματικούς ιστούς. Αυτές οι εκτός στόχου διαδρομές χορήγησης μπορούν να θέσουν σε κίνδυνο τη θεραπευτική αποτελεσματικότητα και ασφάλεια. Ο βελτιωμένος σχεδιασμός των συσκευών που ενσωματώνουν προστατευτικές επιστρώσεις ή συστήματα ενεργοποιημένης απελευθέρωσης, καθώς και οι φαρμακοκινητικές αξιολογήσεις σε πρώιμο χρονικό σημείο, είναι ζωτικής σημασίας για τη βελτιστοποίηση της απόδοσης των DCB και την ελαχιστοποίηση της συστηματικής έκθεσης
Arte Povera: the birth, context and approach to art of a New Humanism
No full textThis dissertation examines the correlation between the expressive mediums and artistic methods of Arte Povera artists and the political and social content of the concept of New Humanism, as it was shaped from the late 1960s to the early 21st century. The aim of the thesis is to understand how the sociopolitical context of the movement’s emergence dictated the construction of the aesthetic-political meaning of "poverty," how this concept is linked with the humanitarian concerns of the poveristi, and how these concerns relate to the principles of New Humanism within the framework of postcolonial studies. Furthermore, the dissertation investigates the interaction between the humanitarian concerns of Arte Povera and the development of the postcolonial theories within the dominant perception of the "postmodern condition." To this end, it explores the participation of the poveristi’s art and certain institutions associated with them in the expanded discourse on the meaning of "sustainability," as interpreted by specific political and social institutions or new contemporary scientific trends. The study adopts an interdisciplinary approach, utilizing a variety of sources (theoretical texts, online articles, visual artworks) and is based on the method of social history of art analysis. This method is chosen to explore the complex dialectical relationships formed by the interactions between the artistic work and discourse of the poveristi and the sociopolitical and economic structures, particularly those articulated through political and artistic institutions. The current research aspires to contribute to a deeper understanding of how an artistic phenomenon of the neo-avant-garde from the late 1960s, through a series of transformations, contradictions, and strategic transitions, has become part of an institutional system that "instrumentalizes" art within new social and political frameworks. These frameworks often aim to redirect the movement's critique onto less disruptive paths.Η παρούσα διατριβή εξετάζει τη συσχέτιση των μέσων έκφρασης και των καλλιτεχνικών μεθόδων του έργου των καλλιτεχνών της Arte Povera με το πολιτικό και κοινωνικό περιεχόμενο της έννοιας του Νέου Ουμανισμού, όπως αυτό διαμορφώθηκε από τα τέλη της δεκαετίας του 1960 μέχρι και τις αρχές του 21ού αιώνα. Στόχος της διατριβής είναι η κατανόηση του τρόπου με τον οποίο το κοινωνικοπολιτικό πλαίσιο δράσης του κινήματος υπαγόρευσε την κατασκευή του αισθητικοπολιτικού νοήματος της «φτώχειας», πώς η συγκεκριμένη έννοια συνδέεται με το ανθρωπιστικό ενδιαφέρον των poveristi και ποια είναι η συσχέτιση αυτού του ενδιαφέροντος με το περιεχόμενο των θέσεων του Νέου Ουμανισμού στις μεταποικιακές σπουδές. Εξετάζεται επίσης η αλληλεπίδραση του ανθρωπιστικού ενδιαφέροντος της Arte Povera με την εξέλιξη των μεταποικιακών θεωριών στο πλαίσιο κυριαρχίας της αντίληψης για τη «μεταμοντέρνα κατάσταση», και η συμμετοχή της τέχνης των poveristi και ορισμένων εκ των ιδρυμάτων τους στον διευρυμένο κύκλο απόδοσης του νοήματος της έννοιας της «βιωσιμότητας» από συγκεκριμένους πολιτικούς και κοινωνικούς θεσμούς ή νέες σύγχρονες επιστημονικές τάσεις. Η μελέτη περιλαμβάνει την προσέγγιση διαφόρων πηγών (θεωρητικών κειμένων, άρθρων στο διαδίκτυο, εικαστικών έργων) και βασίζεται στη μέθοδο ανάλυσης της κοινωνικής ιστορίας της τέχνης. Η συγκεκριμένη μέθοδος επιλέγεται με σκοπό να διερευνηθεί το σύνολο των διαλεκτικών σχέσεων που διαμορφώνουν οι συσχετισμοί του καλλιτεχνικού έργου και λόγου των poveristi με τις κοινωνικοπολιτικές και οικονομικές δομές, ιδιαίτερα δε με εκείνες που εκφράζονται μέσα από τους πολιτικούς και καλλιτεχνικούς θεσμούς. Η παρούσα έρευνα επιθυμεί να συμβάλει στη βαθύτερη κατανόηση του τρόπου με τον οποίο ένα καλλιτεχνικό φαινόμενο της νεο-πρωτοπορίας των τελών της δεκαετίας του 1960 καταλήγει μέσα από ένα σύνολο αλλαγών, αντιφάσεων και στρατηγικών μεταβάσεων να αποτελεί σήμερα μέρος ενός θεσμικού συστήματος «εργαλειοποίησης» της τέχνης σε νέα κοινωνικά και πολιτικά πλαίσια, που σκοπό τους έχουν να στρέψουν την κριτική του κινήματος σε πιο ανώδυνα μονοπάτια
From Ζichnon and Νeurokopio archbishop of Patra Nikodimos Ballindras: life, work and musicological studies
No full textThis PhD Thesis, under the title: "The Bishop of Zikhon and Nefrokopi, Metropolitan of Patras Nicodemus Vallindras. Life, action and musicological study" constitutes a multidimensional scientific research, which explores in depth his personality, his work and his contribution to the Orthodox Church and Byzantine music. The Doctoral Dissertation is developed in five thematic chapters, which offer a complete and in-depth analysis of his life, theological, administrative and musicological contributions. The first chapter examines his life and activity from his first steps in the ecclesiastical field to his monastic life and his first priestly ordinations. Particular emphasis is placed on the influence of the figures of St. Nicholas Plana and Archbishop Chrysanthos Filippides of Athens and All Greece on his spiritual formation and action. His participation in the events of World War II is documented, as well as his ecclesiastical contribution during the Civil War, especially through the military priesthood. The second chapter focuses on his ten-year archpriesthood in the historic Metropolis of Zikhon and Nefrokopi (1965-1974) and examines his ecclesiastical and social work, as well as his attitude towards the institutional reforms and ecclesiastical crises of the period, such as the issue of excommunications and his intervention in ecclesiastical politics during the dictatorship. His active contribution to the promotion of local hagiology and the writing of sacred texts is documented. The third chapter presents his long and rich ministry as Metropolitan of Patras (1974-2005), examining his institutional initiatives, his participation in international missions of the Church of Greece, his activity within the Permanent Holy Synod and as Vice President, and his contribution to major issues such as the canonization of modern saints, the translation of the New Testament and the issue of Automatic Divorce. It also records the anniversary recognition of his contribution by ecclesiastical and social bodies. The fourth chapter is devoted to his ergonomics and operational activity. It presents his writings on historical, ecclesiastical, national, spiritual, theological, liturgical, pastoral and social issues, as well as his contribution to hymnography with the composition of sacred sequences, apolytikia and kontakia. The fifth and last chapter highlights his musical contribution, especially in the field of Religious Greek Byzantine Chant. A detailed presentation of his musical and melodic work is given, with a comparative approach to his tropical and melodic compositions, documenting his ecclesiastical, musical and artistic heritage which followed the traditional path. This PhD Thesis holds the originality. It contains original material. It offers valuable primary material, with archival sources and testimonies, which highlight the author's holistic approach to the life and work of an ecclesiastical man with a multidimensional contribution to the Orthodox Church, Orthodox Theology and the Art of Chant. This is a significant contribution to the key fields of Anthropogeography, Portraiture, Local Ecclesiastical Geography, General Local Ecclesiastical History, Ecclesiastical and National History, History of Worship and Music History. The scholar and researcher of the present and the future focuses on his life, activity and musicological study.Η παρούσα Διδακτορική Διατριβή, υπό τον τίτλο: «Ο από Ζιχνών και Νευροκοπίου Μητροπολίτης Πατρών Νικόδημος Βαλληνδράς. Βίος, δράση και μουσικολογική σπουδή» συνιστά μια πολυδιάστατη επιστημονική έρευνα, η οποία διερευνά εις βάθος την προσωπικότητα, το έργο και την συμβολή του στην Ορθόδοξη Εκκλησία και την Βυζαντινή Μουσική. Η Διδακτορική Διατριβή αναπτύσσεται σε πέντε θεματικά κεφάλαια, τα οποία προσφέρουν πλήρη και εμπεριστατωμένη ανάλυση της ζωής, της θεολογικής, της διοικητικής και της μουσικολογικής του προσφοράς. Στο πρώτο κεφάλαιο εξετάζεται ο βίος και η δράση του από τα πρώτα του βήματα στον εκκλησιαστικό χώρο έως τη μοναχική του κουρά και τις πρώτες ιερατικές του χειροτονίες. Ιδιαίτερη έμφαση δίδεται στην επιρροή, που άσκησαν οι μορφές του Αγίου Νικολάου Πλανά και του Αρχιεπισκόπου Αθηνών και πάσης Ελλάδος Χρυσάνθου Φιλιππίδη, επί της πνευματικής του διαμόρφωσης και δράσεως. Τεκμηριώνεται η συμμετοχή του στα γεγονότα του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου, αλλά και η εκκλησιαστική του προσφορά κατά την περίοδο του Εμφυλίου Πολέμου, ιδίως μέσω της στρατιωτικής ιερωσύνης. Το δεύτερο κεφάλαιο επικεντρώνεται στην δεκαετή αρχιερατεία του στη ιστορική Ιερά Μητρόπολη Ζιχνών και Νευροκοπίου (1965–1974). Μελετάται το εκκλησιαστικό και κοινωνικό του έργο, καθώς και η στάση του έναντι των θεσμικών μεταρρυθμίσεων και εκκλησιαστικών κρίσεων της εποχής, όπως το ζήτημα των αφορισμών και η παρέμβασή του στην εκκλησιαστική πολιτική κατά την διάρκεια της Δικτατορίας. Τεκμηριώνεται η δραστήρια συμβολή του στην ανάδειξη της τοπικής αγιολογίας και στην συγγραφή ιερών κειμένων. Στο τρίτο κεφάλαιο παρουσιάζεται η μακρά και πλούσια διακονία του ως Μητροπολίτου Πατρών (1974–2005). Εξετάζονται οι θεσμικές του πρωτοβουλίες, η συμμετοχή του σε διεθνείς αποστολές της Εκκλησίας της Ελλάδος, η δράση του εντός της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου και ως Αντιπροέδρου και η συνεισφορά του σε μείζονα ζητήματα, όπως η αγιοκατάταξη σύγχρονων αγίων, η μετάφραση της Καινής Διαθήκης και το ζήτημα του Αυτόματου Διαζυγίου. Καταγράφεται, επιπλέον, η επετειακή αναγνώριση της προσφοράς του από εκκλησιαστικούς και κοινωνικούς φορείς. Το τέταρτο κεφάλαιο αφιερώνεται στην εργογραφία και λειτουργική δραστηριότητά του. Παρουσιάζονται το συγγραφικό του έργο σε ιστορικά, εκκλησιαστικά, εθνικά, πνευματικά, θεολογικά, λειτουργικά, ποιμαντικά και κοινωνικά ζητήματα, καθώς και η συμβολή του στην υμνογραφία με την σύνταξη ιερών ακολουθιών, απολυτικίων και κοντακίων. Το πέμπτο και τελευταίο κεφάλαιο αναδεικνύει την μουσικολογική προσφορά του, ιδιαιτέρως στον τομέα της Θρησκευτικής Ελληνικής Βυζαντινής Ψαλτικής Τέχνης. Γίνεται αναλυτική παρουσίαση του μουσικού και μελοποιητικού του έργου, με συγκριτική προσέγγιση των τροπικών και μελικών του συνθέσεων, τεκμηριώνοντας την εκκλησιαστική, την μουσική αλλά και καλλιτεχνική του κληρονομιά η οποία ακολούθησε την παραδοσιακή πορεία. Η παρούσα Διδακτορική Διατριβή κατέχει την πρωτοτυπία. Περιέχει πρωτόλειο υλικό. Προσφέρει πολύτιμο πρωτογενές υλικό, με αρχειακές πηγές και μαρτυρίες, που αναδεικνύουν την ολιστική προσέγγιση του συγγραφέα στον βίο και έργο ενός εκκλησιαστικού ανδρός με πολυδιάστατη προσφορά στην Ορθόδοξη Εκκλησία, στην Ορθόδοξη Θεολογία και στην Τέχνη της Ψαλτικής. Πρόκειται για σημαντική συμβολή στους νευραλγικούς Τομείς της Ανθρωπογεωγραφίας, της Προσωπογραφίας, της Τοπικής Εκκλησιαστικής Γεωγραφίας, της Γενικής Τοπικής Εκκλησιαστικής Ιστορίας, της Εκκλησιαστικής και της Εθνικής Ιστορίας, της Ιστορίας της Λατρείας και της Μουσικής Ιστορίας. Ο μελετητής και ο ερευνητής του παρόντος και του μέλλοντος εστιάζει στον βίο, στην δράση και στην μουσικολογική σπουδή του
The river Kifisos, an urban history of natural environment
No full textThis thesis is a work of social history, which uses the multiple transformations of an urban river as a field for observing change. Its central research question is how the changes of the Kifisos River affected the people living along its banks—their attitude toward the natural environment and the city itself—and, conversely, how shifts in people's consciousness altered their stance toward Athens’s largest river. Another key research pillar of the present study is the evolution of the relationship between the natural environment and human activity. Observing the transformation of Athens from a provincial town into the capital of a Western state, the research examines the changes in riverside activities such as irrigation, habitation, labor, and productive uses. The study also explores the urbanization of Attica’s natural landscape as a further field of inquiry into the environment–human activity nexus. This complex process is observed along the banks of the Kifisos River, and through this observation, the work formulates social and cultural questions related to changes in how authorities dealt with the river, how diverse populations settling in the capital perceived it, and how the residents of Athens shaped their urban identity. More broadly, the case of the Kifisos and its history reflects changes in the city itself, in the urban way of life, in how Athenians perceived the natural environment, and in their interactions with it. This thesis is a synthetic social history that employs more than just the classical tools of social history.Η προκειμένη εργασία είναι μια εργασία κοινωνικής ιστορίας, η οποία χρησιμοποιεί ως πεδίο παρατήρησης της μεταβολής τις πολλαπλές αλλαγές ενός αστικού ποταμού. Βασικό της επιστημονικό ερώτημα είναι το πώς οι αλλαγές του ποταμού Κηφισού επηρέασαν τους ανθρώπους στις όχθες του, την στάση τους απέναντι στο φυσικό περιβάλλον και την ίδια την πόλη, αλλά και αντίστροφα-το πώς η μεταβολή στη συνείδηση των ανθρώπων άλλαζε τη στάση τους έναντι του μεγαλύτερου ποταμού της Αθήνας. Η εξέλιξη της σχέσης του φυσικού περιβάλλοντος με την ανθρώπινη δραστηριότητα είναι ένα ακόμη ερευνητικός πυλώνας της παρούσας εργασίας: Βλέποντας τον μετασχηματισμό της Αθήνας από επαρχιακή κωμόπολη σε πρωτεύουσα ενός δυτικού κράτους ο υποψήφιος παρατηρεί τις αλλαγές στην παρόχθια δραστηριότητα, όπως η άρδευση, η κατοίκηση, η εργασία και οι παραγωγικές χρήσεις. Ένα ακόμη ερευνητικό πεδίο της σχέσης περιβάλλοντος-ανθρώπινης δραστηριότητας που αξιοποιεί η εργασία είναι η διαδικασία αστικοποίησης της αττικής φύσης, η οποία αποτελεί πολυσχιδή διαδικασία. Παρατηρείται αυτή η διαδικασία στις όχθες του ποταμού Κηφισού και μέσα από αυτή την παρατήρηση διατυπώνονται κοινωνικά και πολιτισμικά ερωτήματα, που σχετίζονται με τις αλλαγές στην αντιμετώπιση του ποταμού εκ μέρους των αρχών, με το πώς τον αντιλαμβάνονται οι ποικιλόμορφοι πληθυσμοί που εγκαθίστανται στην πρωτεύουσα και με το πώς οι κάτοικοι της Αθήνας συγκρότησαν την αστική τους ταυτότητα. Συνολικότερα, στην περίπτωση του αττικού Κηφισού και της ιστορίας του παρατηρούνται μεταβολές στην πόλη, τον αστικό τρόπο ζωής, στο πώς αντιλαμβάνονταν οι άνθρωποι της Αθήνας το φυσικό περιβάλλον και στις αλληλεπιδράσεις μαζί του. Η παρούσα εργασία αποτελεί μια συνθετική κοινωνική ιστορία που χρησιμοποιεί περισσότερα από τα κλασσικά εργαλεία της κοινωνικής ιστορίας
Απεικονιστικοί βιοδείκτες με τη χρήση της τεχνητής νοημοσύνης
No full textThe integration of AI and radiomics opened new horizons within the current paradigm of managing diagnosis and prognosis in lung cancer. In such a context, the present doctoral work undertakes serious problems in the sector of precision oncology. It tends to propose innovative for the early modeling and clinical interpretation of treatment response in patients who underwent radiation and assessment of risks developing of radiation-induced pneumonitis (RP) in non-small-cell-lung cancer (NSCLC) patients. This research initially presents an enormous opportunity using radiomics in uncovering hidden quantitative biomarkers within medical images that enhance the characterization of NSCLC, thus allowing a forecast of outcomes pertaining to treatment response. Using an advanced AI deep learning approach, the researchers show remarkable enhancement of RP forecasting with an AUC-ROC at 0.87, an improvement over past machine learning analysis. Based on these successes, this thesis goes a step further to develop the first framework that marries multi-modal radiomic data-specifically, PET/CT imaging-with interpretable AI methods, including SHAP and LIME. The proposed hybrid model approach not only enhances the analytical performance of AI models in their prognostic capacity and outcome stratification but also provides far-reaching insights into the decision-making process toward ensuring clinical trust and collaboration. These models achieved a Multi-Modal AUC-ROC of 0.90, further establishing their efficiency in distinguishing pathological variations with interpretability. To support the development and validation of the proposed AI-based radiomic models, this doctoral work employed a combination of publicly available and private clinical imaging datasets. Public data sources included repositories such as The Cancer Imaging Archive (TCIA), with NSCLC-Radiomics and RIDER datasets being central to initial experimentation. In addition, private clinical repositories were accessed through established collaborations between our research team at the Medical Physics Department (MPD) at the University Hospital of Larissa, Greece. The MPD is actively engaged in clinical practice, research, and education, and collaborates with the private healthcare sector to acquire imaging datasets of patients diagnosed with lung cancer and radiation-induced pneumonitis. These clinical datasets include a wide range of CT scans and radiographic studies from individuals undergoing chest radiotherapy for various thoracic malignancies. All patient data were handled in strict accordance with data protection and ethical guidelines, ensuring full anonymization, secure storage, and encrypted handling procedures. The entire data lifecycle adhered to the requirements of the General Data Protection Regulation (GDPR), thereby safeguarding patient confidentiality while supporting robust and ethically grounded scientific exploration. This thesis, for the first time, proposes GANs and self-supervised learning to generate synthetic data that will be helpful in conducting robust model training with limited annotated datasets, thus overcoming inherent challenges of data scarcity. These approaches were found instrumental for enhancing detection and localization of RP-affected regions with very high accuracy, setting new benchmarks for early diagnosis and personalized treatment planning in radiation oncology. The study describes a paradigm shift in the translational use of AI-powered radiomics by laying out a holistic framework that bridges the gap between prognostic insight and clinical applicability. Thus, these results open new opportunities for academic and clinical fields on a path toward truly precision oncology, non-invasiveness, transparency, robustness, and clinical value that has not existed before.Η ενσωμάτωση της Τεχνητής Νοημοσύνης (AI) και της ραδιομικής (radiomics) άνοιξε νέους ορίζοντες στο υφιστάμενο παράδειγμα διαχείρισης της διάγνωσης και πρόγνωσης στον καρκίνο του πνεύμονα. Στο πλαίσιο αυτό, η παρούσα διδακτορική εργασία πραγματεύεται σοβαρά προβλήματα στον τομέα της εξατομικευμένης ογκολογίας (precision oncology). Στοχεύει στην πρόταση καινοτόμων μεθόδων για την έγκαιρη μοντελοποίηση και κλινική ερμηνεία της ανταπόκρισης στη θεραπεία σε ασθενείς που υποβλήθηκαν σε ακτινοβολία, καθώς και για την εκτίμηση του κινδύνου εμφάνισης ακτινοθεραπευτικής πνευμονίτιδας (RP) σε ασθενείς με μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα (NSCLC). Η έρευνα αυτή παρουσιάζει εξαρχής μια τεράστια ευκαιρία για την αξιοποίηση της ραδιομικής στην ανάδειξη κρυφών ποσοτικών βιοδεικτών μέσα από ιατρικές εικόνες, οι οποίοι ενισχύουν τη χαρακτηριστική απεικόνιση του NSCLC, επιτρέποντας την πρόβλεψη της ανταπόκρισης στη θεραπεία. Μέσω προηγμένων τεχνικών βαθιάς μάθησης (deep learning) τεχνητής νοημοσύνης, οι ερευνητές επιτυγχάνουν εντυπωσιακή βελτίωση στην πρόγνωση της RP, με τιμή AUC-ROC 0.87, ξεπερνώντας προηγούμενες μεθόδους μηχανικής μάθησης. Βασισμένη σε αυτές τις επιτυχίες, η διατριβή προχωρά ένα βήμα παραπέρα, αναπτύσσοντας το πρώτο πλαίσιο που συνδυάζει πολυτροπικά ραδιομικά δεδομένα – και συγκεκριμένα PET/CT απεικόνιση – με ερμηνεύσιμες μεθόδους AI, όπως οι SHAP και LIME. Η προτεινόμενη υβριδική προσέγγιση όχι μόνο ενισχύει την αναλυτική απόδοση των μοντέλων AI ως προς την προγνωστική τους ικανότητα και την ταξινόμηση των αποτελεσμάτων, αλλά παρέχει και ουσιαστικές γνώσεις για τη λήψη κλινικών αποφάσεων, ενισχύοντας την εμπιστοσύνη και τη συνεργασία με το ιατρικό προσωπικό. Τα εν λόγω μοντέλα πέτυχαν πολυτροπικό AUC-ROC ίσο με 0.90, ενισχύοντας περαιτέρω την αποτελεσματικότητά τους στη διάκριση παθολογικών μεταβολών με ταυτόχρονη ερμηνευσιμότητα. Για την υποστήριξη της ανάπτυξης και επικύρωσης των προτεινόμενων ραδιομικών μοντέλων με AI, η παρούσα διατριβή αξιοποίησε έναν συνδυασμό δημόσιων και ιδιωτικών κλινικών απεικονιστικών συνόλων δεδομένων. Οι δημόσιες πηγές περιλάμβαναν αποθετήρια όπως το The Cancer Imaging Archive (TCIA), με βασικά σύνολα τα NSCLC-Radiomics και RIDER. Επιπλέον, χρησιμοποιήθηκαν ιδιωτικά κλινικά δεδομένα μέσω εδραιωμένων συνεργασιών με την ερευνητική μας ομάδα στο Εργαστήριο Ιατρικής Φυσικής (ΕΙΦ) του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Λάρισας. Το ΕΙΦ δραστηριοποιείται ενεργά στην κλινική πράξη, την έρευνα και την εκπαίδευση, συνεργαζόμενο με τον ιδιωτικό τομέα υγείας για την απόκτηση απεικονιστικών δεδομένων από ασθενείς με διαγνωσμένο καρκίνο του πνεύμονα και ακτινοθεραπευτική πνευμονίτιδα. Τα εν λόγω δεδομένα περιλαμβάνουν CT τομογραφίες και ακτινογραφικές μελέτες ασθενών που υποβλήθηκαν σε ακτινοθεραπεία θώρακα για διάφορες θωρακικές κακοήθειες. Όλα τα δεδομένα ασθενών διαχειρίστηκαν με αυστηρή τήρηση των αρχών προστασίας προσωπικών δεδομένων και δεοντολογίας, διασφαλίζοντας πλήρη ανωνυμοποίηση, ασφαλή αποθήκευση και κρυπτογραφημένη διαχείριση. Ολόκληρος ο κύκλος ζωής των δεδομένων συμμορφώθηκε με τον Γενικό Κανονισμό για την Προστασία Δεδομένων (GDPR), διασφαλίζοντας το ιατρικό απόρρητο, παράλληλα με την υποστήριξη αξιόπιστης και δεοντολογικά ορθής επιστημονικής διερεύνησης. Η διατριβή προτείνει, για πρώτη φορά, τη χρήση Γενετικών Αντιπαραθετικών Δικτύων (GANs) και τεχνικών αυτο-επιβλεπόμενης μάθησης (self-supervised learning) για τη δημιουργία συνθετικών δεδομένων, διευκολύνοντας την εκπαίδευση εύρωστων μοντέλων όταν οι σχολιασμένες εικόνες είναι περιορισμένες. Με τον τρόπο αυτό, ξεπερνιούνται οι εγγενείς προκλήσεις της έλλειψης δεδομένων. Οι προσεγγίσεις αυτές αποδείχθηκαν καθοριστικές για τη βελτιωμένη ανίχνευση και εντοπισμό περιοχών που έχουν προσβληθεί από RP, με πολύ υψηλή ακρίβεια, θέτοντας νέα πρότυπα για την έγκαιρη διάγνωση και τον εξατομικευμένο σχεδιασμό θεραπείας στην ακτινοθεραπευτική ογκολογία. Η μελέτη περιγράφει μια ουσιαστική μεταστροφή στο μεταφραστικό πεδίο εφαρμογής της AI-υποβοηθούμενης ραδιομικής, διαμορφώνοντας ένα ολιστικό πλαίσιο που γεφυρώνει το χάσμα ανάμεσα στην προγνωστική πληροφόρηση και την κλινική εφαρμοσιμότητα. Τα αποτελέσματα αυτά ανοίγουν νέους ορίζοντες για την ακαδημαϊκή και κλινική κοινότητα, προς την κατεύθυνση της πραγματικής εξατομικευμένης ογκολογίας, της μη-επεμβατικότητας, της διαφάνειας, της ανθεκτικότητας και της κλινικής αξίας – που μέχρι πρότινος δεν υπήρχαν
Γονιδιωματικές προσεγγίσεις για την προστασία δασικών γενετικών πόρων πληθυσμών κωνοφόρων ειδών σε διαφορετικές χωρικές κλίμακες
No full textBiodiversity conservation often focuses on the ecosystem and species level overlooking the third and invisible level: genetic diversity. Genetic diversity is the basis of sustainability, allowing species to adapt and evolve under a multitude of biotic and abiotic threats towards their long-term survival. Forest Genetic Resources (FGR) represent the unique genetic diversity of forest species with a potential economic, environmental, scientific, or social value for humanity. This Doctoral Thesis examines the conservation of forest genetic resources using genomic approaches at different spatial scales in five conifer species (Abies alba, Pinus cembra, Pinus halepensis, Pinus nigra, and Taxus baccata). After an introductory Chapter (Chapter 1), Chapter 2 elucidates geographic patterns of genetic diversity in natural populations of the studied species across their European distribution range and investigates the use of genetic diversity statistics as a proxy to effective population size (Ne). Genetic diversity statistics, such as observed heterozygosity (HO), gene diversity within populations (HS) and inbreeding coefficient (FIS), were calculated using genome-wide data (SNPs) and a tailored automated bioinformatics pipeline, specifically constructed for this purpose. These statistics were then correlated with geographic coordinates to interpolate the spatial distribution of genetic diversity across their European distribution range. Furthermore, by advancing a specific theoretical population genetics framework, the use of heterozygosity as an indirect Ne estimation, under certain assumptions, is proposed. The findings can further contribute to in situ conservation of forest genetic resources and reveal conservation gaps, when applied in a broader sampling framework. Chapter 3 explores how heterozygosity and genetic load can drive performance, using two phenotypic traits (basal area and height) as proxies of fitness. SNP datasets for all studied species and several models, including genetic and bioclimatic variables, were analyzed to detect if heterozygosity, recessive, or additive genetic load, contribute to performance in each species. The results showed no positive correlation for heterozygosity, nevertheless theory did show a negative correlation for recessive and additive genetic load affecting basal area in Pinus halepensis. Understanding whether heterozygosity and genetic load influence performance can assist in guiding monitoring strategies for both conservation and breeding purposes. Chapter 4 evaluates the genetic diversity of a clonal seed orchard of Pinus halepensis in Amfilochia, Greece, to assess if it can serve for ex situ conservation and restoration in the area of the material’s origin in Euboea, Greece, and compares the adult trees and offspring of the seed orchard using SNP data. The results indicated that genetic diversity was maintained between the source population and the seed orchard, which can be established as a dynamic ex situ conservation unit. The forest reproductive material of the seed orchard can be used to support restoration and reforestations purposes, especially at the wider area of origin. This Doctoral Thesis contributes to the conservation genomics of FGR, especially for non-model conifer tree species, species known for their large genomes. By utilizing the proposed tools and techniques the results can further support management decisions and conservation strategies.H διατήρηση της βιοποικιλότητας σε επίπεδο οικοσυστημάτων και ειδών, συχνά παραβλέπει την τρίτη και λιγότερο ορατή παράμετρο: τη γενετική ποικιλότητα. Η γενετική ποικιλότητα, ως θεμέλιο της βιωσιμότητας (sustainability), επιτρέπει στα είδη και τα άτομα να προσαρμόζονται, να εξελίσσονται και να επιβιώνουν απέναντι σε βιοτικές και αβιοτικές απειλές, διασφαλίζοντας τη μακροπρόθεσμη επιβίωσή τους. Οι δασικοί γενετικοί πόροι (Forest Genetic Resources – FGR) αντιπροσωπεύουν τη γενετική ποικιλότητα των δασικών ειδών που διαθέτουν υφιστάμενη ή δυνητική οικονομική, περιβαλλοντική, επιστημονική ή κοινωνική αξία για την ανθρωπότητα. Στην παρούσα Διδακτορική Διατριβή εξετάστηκε η προστασία δασικών γενετικών πόρων με τη χρήση γονιδιωματικής σε διάφορες χωρικές κλίμακες σε πέντε είδη κωνοφόρων (λευκή ελάτη - Abies alba Mill., Ελβετική πεύκη - Pinus cembra L., χαλέπιος πεύκη - P. halepensis Mill., μαύρη πεύκη - P. nigra J.F.Arnold, και ίταμος - Taxus baccata L.) με σκοπό να ερευνήσει τη γενετική ποικιλότητα την αναγνώριση γεωγραφικών μοτίβων στη γενετική ποικιλότητα σε φυσικούς πληθυσμούς των εξεταζόμενων δασικών ειδών στο εύρος εξάπλωσής τους στην Ευρώπη, τη διερεύνηση της χρήσης στατιστικών γενετικής ποικιλότητας (genetic diversity) ως δείκτη (indicator) για το αποτελεσματικό μέγεθος πληθυσμού (effective population size), τη μελέτη του τρόπου με τον οποίο η ετεροζυγωτία (heterozygosity) και το γενετικό φορτίο (genetic load) μπορούν να επηρεάσουν τα χαρακτηριστικά αρμοστικότητας (fitness traits), και την αξιολόγηση της γενετικής ποικιλότητας ενός σποροπαραγωγού κήπου κλώνων χαλεπίου πεύκης και η εκτίμηση της δυνατότητάς του για προστασία εκτός σταθμού και αποκατάσταση στην περιοχή προέλευσής του. Μετά από ένα εισαγωγικό Κεφάλαιο (Κεφάλαιο 1), στο Κεφάλαιο 2, αναλύθηκε η γενετικής ποικιλότητα με τη χρήση αυτοματοποιημένης διοχέτευσης βιοπληροφορικής (bioinformatics pipeline) ειδικά κατασκευασμένης για το σκοπό αυτό και εκτιμήθηκαν στατιστικά μεγέθη γενετικής ποικιλότητας σε φυσικούς πληθυσμούς των δασικών ειδών της παρούσας μελέτης, εξετάζοντας παράλληλα αν κάποια από αυτά τα στατιστικά μεγέθη μπορούν να χρησιμοποιηθούν δυνητικά ως δείκτες γενετικής ποικιλότητας. Στη συνέχεια, χρησιμοποιώντας γενικά γραμμικά μοντέλα, έγινε ανάλυση των στατιστικών μεγεθών και εντοπίστηκαν πιθανές συσχετίσεις με το γεωγραφικό μήκος και πλάτος. Αξιοποιώντας τα στατιστικά μεγέθη που βρέθηκαν να έχουν συσχέτιση και με τις δύο συντεταγμένες, πραγματοποιήθηκε παρεμβολή στα δεδομένα, εντοπίζοντας τι διαβάθμιση γενετικής ποικιλότητας στην ευρωπαϊκή περιοχή εξάπλωσης των συγκεκριμένων ειδών. Τα περισσότερα από τα είδη εμφάνισαν μια σαφή τάση αύξησης της γενετικής ποικιλότητας από τα δυτικά προς τα ανατολικά, ειδικά εκείνα που απαντώνται κυρίως στη Μεσόγειο, η χαλέπιος και η μαύρη πεύκη. Ταυτόχρονα, εξετάστηκε ένα καίριο πρόβλημα που απασχολεί ευρέως την επιστημονική κοινότητα, που αφορά στη δυσκολία εκτίμησης του αποτελεσματικού μεγέθους πληθυσμού (Ne) με δεδομένα γονιδιωματικής. Το Ne θεωρείται σημαντικός δείκτης γενετικής ποικιλότητας και καθώς δεν κατέστη δυνατή μια αξιόπιστη εκτίμηση του Ne βάσει των δεδομένων την παρούσας μελέτης, προτείνεται μια έμμεση προσέγγιση χρήσης της ετεροζυγωτίας ως δείκτη, υπό συγκεκριμένες προϋποθέσεις. Τα ευρήματα της παρούσας μελέτης συμβάλλουν στη διατήρηση των δασικών γενετικών πόρων εντός σταθμού (in situ) και θα μπορούσαν να προσφέρουν σημαντική προστιθέμενη αξία, αν η ίδια μεθοδολογία εφαρμοστεί με πιο εκτεταμένη δειγματοληψία σε ευρωπαϊκή κλίμακα, ώστε να εντοπιστούν τυχόν κενά στην προστασία. Επιπλέον, σε περιπτώσεις πληθυσμών όπου υπάρχουν διαθέσιμα στατιστικά γενετικής ποικιλότητας, η ετεροζυγωτία μπορεί να χρησιμοποιηθεί για μια πιο ακριβή εκτίμηση του Ne, αντί για τον γενικό εμπειρικό κανόνα όπου το αποτελεσματικό μέγεθος πληθυσμού ισούται με το δεκαπλάσιο μικρότερο του πραγματικού μεγέθους πληθυσμού. Στο κεφάλαιο 3, εξετάστηκε η σχέση της ετεροζυγωτίας, του υπολειπόμενου και του προσθετικού γενετικού φορτίου με την απόδοση στους φυσικούς πληθυσμούς των εξεταζόμενων ειδών. Ως δείκτες αρμοστικότητας (fitness traits) επιλέχθηκαν δύο βασικά φαινοτυπικά χαρακτηριστικά: η βασική επιφάνεια κορμού και το ύψος. Πραγματοποιήθηκε μια σειρά από αναλύσεις όπου εφαρμόστηκαν μοντέλα που ενσωμάτωσαν τόσο γενετικά δεδομένα όσο και βιοκλιματικούς παράγοντες για μεγαλύτερη ακρίβεια. Σύμφωνα με τα αποτελέσματα, δεν εντοπίστηκε σημαντική επίδραση της ετεροζυγωτίας στην απόδοση (βάσει των δύο χαρακτηριστικών) σε κανένα από τα είδη που μελετήθηκαν. Ωστόσο, βρέθηκε ότι στην χαλέπιο πεύκη το υπολειπόμενο (recessive) και το προσθετικό (additive) γενετικό φορτίο επηρεάζουν τη βασική επιφάνεια κορμού. Αναλύθηκαν πιθανές αιτίες για τις οποίες αυτή η σχέση εντοπίστηκε μόνο στην χαλέπιο και όχι σε άλλα είδη, καθώς και προτάσεις για περαιτέρω έρευνα. Εάν η ετεροζυγωτία ή το γενετικό φορτίο έχουν συσχέτιση την απόδοση μπορεί να στηρίξει στρατηγικές παρακολούθησης τόσο για σκοπούς προστασίας όσο και για βελτίωση (breeding). Στο κεφάλαιο 4, αναλύθηκε η γενετική ποικιλότητα ενός σποροπαραγωγού κήπου κλώνων (clonal seed orchard) χαλεπίου πεύκης στην περιοχή της Αμφιλοχίας και συγκρίθηκε η γενετική ποικιλότητα των κλώνων και των σπόρων του σποροπαραγωγού κήπου με τον φυσικό πληθυσμό προέλευσης του (Βόρεια Εύβοια). Στόχος ήταν να ελεγχθεί η υπόθεση αν ένας σποροπαραγωγός κήπος κλώνων μπορεί να αποτελέσει μέθοδο προστασίας εκτός σταθμού (ex situ) και αν η γενετική ποικιλότητα των κλώνων του σποροπαραγωγού κήπου μεταβιβάζεται στην επόμενη γενιά. Με βάση τα αποτελέσματά ο σποροπαραγωγός κήπος μπορεί να αποτελέσει δυναμική μονάδα προστασίας εκτός σταθμού (dynamic ex situ genetic conservation unit) και το πολλαπλασιαστικό του υλικό μπορεί να χρησιμοποιηθεί αποτελεσματικά σε αναδασώσεις, ιδίως στην ευρύτερη περιοχή του πληθυσμού προέλευσης. Η παρούσα Διδακτορική διατριβή αποτελεί συνεισφορά στη γονιδιωματική προστασίας (conservation genomics) των δασικών γενετικών πόρων. Προωθεί την περαιτέρω διερεύνηση εργαλείων και τεχνικών που μπορούν να συμβάλλουν στη διατήρηση των δασικών γενετικών πόρων, οι οποίες μπορούν να υποστηρίξουν τη λήψη αποφάσεων διαχείρισης και τις στρατηγικές προστασίας, ιδίως σε είδη κωνοφόρων με μεγάλα γονιδιώματα που δεν αποτελούν μοντέλα μελέτης
Προχωρημένες μέθοδοι επίλυσης για κλειστές ροές σε μεταβαλλόμενες γεωμετρίες
No full textThe doctoral dissertation focuses on the theoretical and analytical study of Newtonian and viscoelastic fluid flows in channels and pipes with varying geometries. For the first time, it establishes a unified framework that incorporates three advanced and powerful methodological approaches: the high-order domain perturbation method, the fully spectral method, and the similarity solution method. Although the latter is already well known in the scientific community, the dissertation highlights its significance as a tool for complexity reduction and for revealing fundamental flow characteristics through appropriate variable transformations. These methodologies were selected and applied due to their ability to solve complex fluid dynamics problems with high accuracy, to yield analytical or semi-analytical solutions, and to uncover essential physical phenomena, particularly in environments with strong nonlinearity or geometric complexity. The fully spectral method enables the resolution of nonlinear differential equations with near machine-level precision, while similarity solutions serve as a powerful tool for reducing problem complexity. Initially, the dissertation presents the three main approaches for solving differential equations—perturbation theory, the fully spectral method, and similarity solutions. It then investigates steady, isothermal, and incompressible flows of Oldroyd-B type viscoelastic fluids in channels and pipes with slowly varying geometry, using lubrication theory. Four independent methods for deriving the pressure gradient are presented, which are shown to be partially equivalent and confirm the ability to reproduce known results for Newtonian fluids in the creeping flow limit. The analysis is further extended to axisymmetric pipes, demonstrating the generality of the methodology. A comparison is then made between classical lubrication theory and the domain perturbation method in channels with fixed but varying walls. The analysis proceeds up to 8th and 4th order, respectively, revealing the convergence of the solutions and achieving high accuracy in critical applications such as the computation of the average pressure drop for a given flow rate. Accuracy is further enhanced through convergence acceleration techniques. Furthermore, the steady flow of a Newtonian fluid in long pipes with symmetric geometry and wall slip is examined. Using high-order lubrication theory, analytical solutions are derived up to the 20th order with respect to the aspect ratio. A boundary layer is identified at the inlet, and the effects of geometry and slip coefficient on the velocity field and average pressure drop are studied. The effect of inertia is explored in flows within confined channels with varying walls. The resulting nonlinear flow equation is solved in three ways: asymptotically (with respect to the Reynolds number), fully spectrally, and using hybrid spectral-differential methods. The results show that inertia increases the required average pressure drop and significantly affects the flow in highly contracting geometries. In linearly varying geometries, an equivalence with similarity solutions arises, which is confirmed both theoretically and numerically. The work is further extended to derive accurate analytical solutions for Oldroyd-B type viscoelastic fluids in channels and pipes with severely contracting geometries. For planar channels, a similarity solution is obtained for finite Deborah numbers through a nonlinear ordinary differential equation related to a modified velocity field. For cylindrical pipes, a semi-numerical spectral method using Legendre polynomials is employed, achieving machine-level precision. The impact of the Deborah number, the polymer viscosity ratio, and the contraction ratio on the average pressure drop is analyzed, revealing that increased elasticity can enhance the rheological performance of the flow in such geometries. Comparisons with planar geometries highlight the influence of geometry on flow behavior. In summary, the dissertation presents significant theoretical and computational results that enable the optimization of fluid dynamics system design. Applications extend to microfluidic and industrial devices, where high-accuracy prediction of flow behavior and average pressure drop are required.Η διδακτορική διατριβή πραγματεύεται τη θεωρητική και αναλυτική μελέτη της ροής Νευτώνειων και ιξωδοελαστικών ρευστών σε κανάλια και σωλήνες με μεταβαλλόμενη γεωμετρία, θέτοντας για πρώτη φορά σε ενιαία βάση τρεις προηγμένες και ισχυρές μεθοδολογικές προσεγγίσεις: την υψηλής τάξης μέθοδο διαταραχής των συνοριακών συνθηκών, την πλήρως φασματική μέθοδο και τη μέθοδο λύσεων ομοιότητας. Αν και η τελευταία είναι ήδη γνωστή στην επιστημονική κοινότητα, η διατριβή αναδεικνύει τη σημασία της ως εργαλείου μείωσης της πολυπλοκότητας και αποκάλυψης θεμελιωδών χαρακτηριστικών της ροής, μέσω κατάλληλων μετασχηματισμών μεταβλητών. Οι μεθοδολογίες αυτές επιλέχθηκαν και εφαρμόστηκαν λόγω της ικανότητάς τους να επιλύουν πολύπλοκα προβλήματα ρευστοδυναμικής με υψηλή ακρίβεια, να οδηγούν σε αναλυτικές ή ημι-αναλυτικές λύσεις και να αποκαλύπτουν βασικά φυσικά φαινόμενα, ιδίως σε περιβάλλοντα με έντονη μη-γραμμικότητα ή γεωμετρική πολυπλοκότητα. Η πλήρως φασματική μέθοδος επιτρέπει την επίλυση μη γραμμικών διαφορικών εξισώσεων με ακρίβεια που προσεγγίζει αυτή της αριθμητικής μηχανής, ενώ οι λύσεις ομοιότητας αποτελούν ισχυρό εργαλείο μείωσης της πολυπλοκότητας. Αρχικά, παρουσιάζονται οι τρεις βασικές προσεγγίσεις για την επίλυση διαφορικών εξισώσεων (θεωρία διαταραχών, πλήρως φασματικη μέθοδος, λύση ομοιότητας). Στη συνέχεια, εξετάζεται η σταθερή, ισόθερμη και ασυμπίεστη ροή ιξωδοελαστικών ρευστών τύπου Oldroyd-B σε κανάλια και σωλήνες με αργά μεταβαλλόμενη γεωμετρία, μέσω της θεωρίας λίπανσης. Παρατίθενται τέσσερις ανεξάρτητες μέθοδοι εξαγωγής της βαθμίδας πίεσης, οι οποίες αποδεικνύονται εν μέρει ισοδύναμες και επιβεβαιώνουν τη δυνατότητα αναπαραγωγής γνωστών αποτελεσμάτων για Νευτώνεια ρευστά στο όριο της ερπυστικής ροής. Η ανάλυση επεκτείνεται και σε αξονοσυμμετρικά συστήματα, καταδεικνύοντας τη γενικότητα της μεθοδολογίας. Έπειτα, συγκρίνονται η κλασική θεωρία λίπανσης και η μέθοδος διαταραχής των συνόρων σε κανάλια με σταθερό αλλά μεταβαλλόμενο τοίχωμα. Η ανάλυση φτάνει έως την 8η και 4η τάξη, αντίστοιχα, αποκαλύπτοντας τη σύγκλιση των λύσεων και επιτυγχάνοντας υψηλή ακρίβεια σε κρίσιμες εφαρμογές, όπως ο υπολογισμός της μέσης πτώσης πίεσης για δεδομένη παροχή. Η ακρίβεια ενισχύεται περαιτέρω μέσω τεχνικών επιτάχυνσης της σύγκλισης. Επιπλέον, διερευνάται η μόνιμη ροή Νευτώνειου ρευστού σε μακρούς σωλήνες με συμμετρική γεωμετρία και παρουσία ολίσθησης στα τοιχώματα. Με τη χρήση θεωρίας λίπανσης υψηλής τάξης, εξάγονται αναλυτικές λύσεις έως και την 20ή τάξη ως προς τον λόγο διαστάσεων. Εντοπίζεται οριακό στρώμα στην είσοδο, και μελετάται η επίδραση της γεωμετρίας και του συντελεστή ολίσθησης στο πεδίο ταχυτήτων και στην πτώση πίεσης. Η επίδραση της αδράνειας εξετάζεται σε ροές εντός περιορισμένων καναλιών με μεταβαλλόμενα τοιχώματα. Η μη γραμμική εξίσωση ροής που προκύπτει επιλύεται με τρεις τρόπους: ασυμπτωτικά (ως προς τον αριθμό Reynolds), πλήρως φασματικά και με μικτές φασματικές-διαφορικές μεθόδους. Τα αποτελέσματα δείχνουν ότι η αδράνεια αυξάνει την απαιτούμενη μέση πτώση πίεσης και επηρεάζει σημαντικά τη ροή σε γεωμετρίες με έντονη συστολή. Σε γραμμικά μεταβαλλόμενες γεωμετρίες, προκύπτει ισοδυναμία με λύσεις ομοιότητας, γεγονός που επιβεβαιώνεται τόσο θεωρητικά όσο και αριθμητικά. Η εργασία επεκτείνεται και στην εξαγωγή ακριβών αναλυτικών λύσεων για ιξωδοελαστικά ρευστά τύπου Oldroyd-B σε κανάλια και σωλήνες με υπερβολικά συστελλόμενη γεωμετρία. Για επίπεδα κανάλια, εξάγεται λύση ομοιότητας για πεπερασμένες τιμές του αριθμού Deborah μέσω μη γραμμικής συνήθους διαφορικής εξίσωσης, σχετιζόμενης με τροποποιημένο πεδίο ταχύτητας. Για κυλινδρικούς σωλήνες, χρησιμοποιείται ημι-αριθμητική φασματική μέθοδος με πολυώνυμα Legendre, επιτυγχάνοντας ακρίβεια μηχανής. Αναλύεται η επίδραση του αριθμού Deborah, του λόγου ιξώδους του πολυμερούς και του λόγου συστολής στη μέση πτώση πίεσης, η οποία μειώνεται με την αύξηση των παραμέτρων αυτών. Το γεγονός αυτό υποδεικνύει ότι η ελαστικότητα μπορεί να βελτιώσει τη ρεολογική συμπεριφορά της ροής σε τέτοιες γεωμετρίες. Συγκρίσεις με επίπεδη γεωμετρία αναδεικνύουν τις επιδράσεις της γεωμετρίας στη συμπεριφορά της ροής. Συνοψίζοντας, παρουσιάζονται σημαντικά θεωρητικά και υπολογιστικά αποτελέσματα που καθιστούν εφικτή τη βελτιστοποίηση του σχεδιασμού ρευστοδυναμικών συστημάτων. Οι εφαρμογές επεκτείνονται σε μικρορρευστομηχανικές και βιομηχανικές διατάξεις, όπου απαιτείται υψηλής ακρίβειας πρόβλεψη της ροής και της μέσης πτώσης πίεσης
Εξόρυξη πληροφορίας στην μοριακή βιολογία με έμφαση στην επεξεργασία γραπτού λόγου και σε τεχνικές μηχανικής μάθησης
No full textMicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs that function as key post-transcriptional regulators of gene expression, modulating diverse pathways through complex gene regulatory networks. The biological consequences of miRNA activity depend not only on their biogenesis and target recognition but also on a variety of other molecular and cellular factors. Genetic variants in miRNAs and their binding sites can alter these interactions, leading to changes in gene regulation that, together with many other elements, contribute to disease pathogenesis and cancer susceptibility. As a result, detailed study of miRNA–gene associations remains vital for molecular medicine and translational genomics. This thesis presents the development and evaluation of computational pipelines for the automated identification and characterization of miRNA–gene interactions from biomedical literature and experimental data. Advanced natural language processing (NLP) methodologies - including transformer-based and deep learning models—were used for large-scale screening, annotation, and extraction of candidate associations. The pipeline combined careful entity normalization, dependency parsing, and contextual filtering, followed by systematic evaluation against manually curated gold-standard datasets. To improve precision and the capture of semantically meaningful relationships, large language models (LLMs) were incorporated as post-processing filters, using prompt design and in-context examples to refine predictions and exclude erroneous extractions. In parallel, this thesis introduces microT-CNN: a convolutional neural network designed for miRNA target prediction at the transcriptome scale. Trained on diverse high-throughput experimental datasets - such as CLIP-seq, chimeric miRNA–target fragments, and tissue-matched perturbation experiments—microT-CNN identifies both canonical and non-canonical miRNA binding within 3’ UTR and coding regions. The model also captures virus-encoded miRNA–host gene interactions, and leverages features such as sequence conservation, regional accessibility, and binding structure. This flexible architecture enables microT-CNN to advance the characterization of miRNA targeting beyond traditional models. Extensions of these information extraction methods enabled the systematic identification of gene–variant–cancer associations, using entity-primed LLM pipelines applied to a large corpus of PubMed abstracts. The resulting platform supports consistent annotation and extraction of complex triplet relationships among genes, variants, and cancer types—facilitating research into molecular mechanisms, disease associations, and clinical outcomes. Collectively, the datasets and computational tools produced in this thesis provide a framework for translational research, hypothesis generation, and integration with biomedical databases. While these approaches offer notable advances, ongoing efforts to incorporate new experimental and literature resources, improve entity recognition, and adapt to other biomolecular association tasks will be essential for further progress. It is anticipated that the contributions of this work will support continued development in molecular network discovery and precision medicine. During the course of this thesis, the candidate contributed to five scientific studies spanning machine learning, natural language processing, deep learning, and large-scale data mining in computational biology. The research focused on both the automated extraction and curation of molecular biomarker associations - using advanced NLP pipelines and large language models - and the development of neural networks tailored for transcriptome-scale miRNA target prediction. Central topics included microRNAs, genetic variants, genes, and cancer types. Special emphasis was placed on the creation, benchmarking, and application of robust information extraction and prediction algorithms to advance translational genomics and biomedical knowledge discovery. These works have been published in high-impact, international journals and have collectively received 418 citations to date (Google Scholar, 04/2025). The following publications are organized by their principal research topic, with a summary of the candidate’s main contributions and the broader impact of each study.Τα microRNAs (miRNAs) είναι μικρά, μη-κωδικά RNAs που λειτουργούν ως βασικοί μετα-μεταγραφικοί ρυθμιστές της γονιδιακής έκφρασης, επηρεάζοντας ποικίλες βιολογικές οδούς μέσω σύνθετων δικτύων ρύθμισης γονιδίων. Οι βιολογικές συνέπειες της δράσης των miRNAs εξαρτώνται όχι μόνο από τη βιογένεση και την αναγνώριση των στόχων τους, αλλά και από πλήθος άλλων μοριακών και κυτταρικών παραγόντων. Γενετικές παραλλαγές στα miRNAs και στις θέσεις πρόσδεσής τους μπορούν να μεταβάλουν αυτές τις αλληλεπιδράσεις, οδηγώντας σε αλλαγές στη γονιδιακή ρύθμιση που, μαζί με άλλους παράγοντες, συμβάλλουν στην παθογένεση νόσων και στο ρίσκο καρκινογένεσης. Ως εκ τούτου, η λεπτομερής μελέτη των miRNA::γονιδίων συσχετίσεων παραμένει κρίσιμη για την ιατρική και τη μεταφραστική γονιδιωματική. Η παρούσα διατριβή παρουσιάζει την ανάπτυξη και αξιολόγηση υπολογιστικών ροών εργασίας (pipelines) για τον αυτοματοποιημένο εντοπισμό και χαρακτηρισμό των αλληλεπιδράσεων miRNA::γονιδίων από τη βιοϊατρική βιβλιογραφία και τα πειραματικά δεδομένα. Προηγμένες τεχνικές επεξεργασίας φυσικής γλώσσας (NLP) - συμπεριλαμβανομένων μοντέλων μετασχηματιστών (transformers) και βαθιάς μάθησης (deep learning) - χρησιμοποιήθηκαν για εντοπισμό, σχολιασμό και εξαγωγή πιθανών συσχετίσεων. Η ροή εργασίας συνδύασε προσεκτική κανονικοποίηση οντοτήτων, ανάλυση εξαρτήσεων και φιλτράρισμα βασιζόμενο στα συμφραζόμενα, ακολουθούμενη από συστηματική αξιολόγηση έναντι χειροκίνητα επιμελημένων βάσεων αναφοράς. Για τη βελτίωση της ακρίβειας και την ανίχνευση σημασιολογικά έγκυρων σχέσεων, ενσωματώθηκαν μεγάλα γλωσσικά μοντέλα (LLMs) ως φίλτρα μετα-επεξεργασίας, χρησιμοποιώντας τεχνικές σχεδιασμού ερωτημάτων και παραδειγμάτων εντός συμφραζομένων για τη βελτίωση των προβλέψεων και τον αποκλεισμό λανθασμένων εξαγωγών. Παράλληλα, η διατριβή αυτή παρουσιάζει το microT-CNN: ένα συνελικτικό νευρωνικό δίκτυο σχεδιασμένο για την πρόβλεψη στόχων των miRNAs σε επίπεδο μεταγράφου. Εκπαιδευμένο σε διάφορα πειραματικά δεδομένα υψηλής απόδοσης - όπως CLIP-seq, χιμαιρικά θραύσματα miRNA::στόχων και πειράματα διαταραχής έκφρασης σε συμβατά ιστικά περιβάλλοντα - το microT-CNN εντοπίζει τόσο κανονικές όσο και μη-κανονικές περιοχές πρόσδεσης miRNA στις 3'UTR περιοχές και τις περιοχές κωδικοποίησης. Το μοντέλο καταγράφει επίσης αλληλεπιδράσεις μεταξύ ιογενών miRNA και γονιδίων του ξενιστή, αξιοποιώντας χαρακτηριστικά όπως η διατήρηση της αλληλουχίας, η προσβασιμότητα της περιοχής και η δομή πρόσδεσης. Αυτή η ευέλικτη αρχιτεκτονική επιτρέπει στο microT-CNN να προωθήσει τον χαρακτηρισμό των στόχων των miRNA πέρα από τα παραδοσιακά μοντέλα. Επεκτάσεις των μεθόδων εξαγωγής πληροφορίας επέτρεψαν τον συστηματικό εντοπισμό συσχετίσεων γονιδίου-παραλλαγής-καρκίνου, χρησιμοποιώντας ροές εργασίας LLM επικεντρωμένες σε οντότητες (entity-primed) και εφαρμοσμένες σε ευρύ σύνολο περιλήψεων της PubMed. Η προκύπτουσα πλατφόρμα υποστηρίζει συνεπή σχολιασμό και εξαγωγή σύνθετων τριπλών σχέσεων μεταξύ γονιδίων, παραλλαγών και τύπων καρκίνου, διευκολύνοντας την έρευνα σε μοριακούς μηχανισμούς, ασθένειες και κλινικά αποτελέσματα. Συνολικά, τα δεδομένα και τα υπολογιστικά εργαλεία που παρήχθησαν σε αυτή τη διατριβή προσφέρουν ένα πλαίσιο για μεταφραστική έρευνα, δημιουργία υποθέσεων και ενοποίηση με βιοϊατρικές βάσεις δεδομένων. Αν και οι προσεγγίσεις αυτές προσφέρουν σημαντικές προόδους, συνεχίζονται οι προσπάθειες για ενσωμάτωση νέων πειραματικών και βιβλιογραφικών πηγών, βελτίωση της αναγνώρισης οντοτήτων και προσαρμογή σε άλλες εργασίες συσχετίσεων βιομορίων, ώστε να επιτευχθεί περαιτέρω πρόοδος. Αναμένεται ότι οι συνεισφορές αυτής της εργασίας θα στηρίξουν τη συνεχή ανάπτυξη στην ανακάλυψη μοριακών δικτύων και την ιατρική ακριβείας. Κατά τη διάρκεια της διατριβής, η υποψήφια συνέβαλε σε πέντε επιστημονικές μελέτες που καλύπτουν τα πεδία της μηχανικής μάθησης, της επεξεργασίας φυσικής γλώσσας, της βαθιάς μάθησης και της εξόρυξης δεδομένων μεγάλης κλίμακας στη βιοπληροφορική. Η έρευνα επικεντρώθηκε τόσο στην αυτοματοποιημένη εξαγωγή και επιμέλεια συσχετίσεων μοριακών βιοδεικτών - χρησιμοποιώντας προηγμένες ροές NLP και μεγάλα γλωσσικά μοντέλα - όσο και στην ανάπτυξη νευρωνικών δικτύων προσαρμοσμένων για πρόβλεψη στόχων miRNA σε επίπεδο μεταγραφώματος. Κεντρικά θέματα αποτέλεσαν τα miRNAs, οι γενετικές παραλλαγές, τα γονίδια και οι τύποι καρκίνου. Ιδιαίτερη έμφαση δόθηκε στη δημιουργία, την αξιολόγηση και την εφαρμογή ανθεκτικών αλγορίθμων εξαγωγής πληροφορίας και πρόβλεψης για την προώθηση της μεταφραστικής γονιδιωματικής και της ανακάλυψης βιοϊατρικής γνώσης. Οι εν λόγω μελέτες έχουν δημοσιευθεί σε διεθνή περιοδικά υψηλού κύρους και έχουν συνολικά λάβει 418 αναφορές έως σήμερα (Google Scholar, 04/2025). Οι παρακάτω δημοσιεύσεις οργανώνονται ανάλογα με το κύριο ερευνητικό τους θέμα, με περίληψη των βασικών συνεισφορών της υποψήφιας και της ευρύτερης επίδρασης κάθε μελέτης