Marche Polytechnic University

ACUBO (Archivio Aperto di Ateneo)
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    1390 research outputs found

    Molecular dynamics of lipid bilayer based supramolecular systems

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    L’analisi strutturale accurata per la previsione delle interazioni intermolecolari tramite metodi computazionali , si presenta oggi come un dato imprescindibile sia in diversi protocolli di laboratorio, che in molti ambiti scientifici come la chimica , la farmaceutica, la biologia e la scienza dei materiali. Il Docking è un potente strumento ampiamente utilizzato nella progettazione razionale di nuovi e sempre più potenti farmaci. Accanto ad essa, la dinamica molecolare permette una più accurata analisi della cinetica dei sistemi biologici, non ottenibile dalle sola risoluzione delle strutture cristallografiche. Coadiuvati da più moderni software sviluppati per il trattamento dei sistemi biologici virtuali, ci siamo addentrati negli ambiti del Gene Terapy e del Drug Design. Con l'obiettivo di sintetizzare nuovo lipidi funzionalizzati che potessero complessare più efficacemente il DNA nella struttura multilamellare del vettore liposomiale, e quindi rilasciare di conseguenza l’acido nucleico all'interno della cellula, il nostro laboratorio di sintesi ha sviluppato un nuovo protocollo per la preparazione di nuovi composti lipidici chimerici: lipidi funzionalizzati con eteri corona e lipidi sensibili al pH. Per tentare di spiegare e migliorare i risultati ottenuti dalla controparte sperimentale, abbiamo approntato un totale di diciotto simulazioni di dinamica molecolare, effettuate su modelli di membrane miste di POPC e DOPC con i lipidi sintetici. Man mano che la concentrazione di etere corona aumenta, si ha un aumentato disordine del doppio strato lipidico. I dati raccolti per le simulazioni sul lipide sensibile al pH, in presenza di CaCl2, mostrano una distribuzione omogenea dei lipidi a concentrazioni basse di lipide sintetico. Nel momento in cui la concentrazione di lipide sintetico aumenta, tende ad accrescersi anche il disordine del sistema. Il sale agisce tramite un effetto di coordinazione intermolecolare, impedendo alla membrana di raggiungere una adeguata fluidità , per tutto il corso della simulazione. I recettori accoppiati a proteine G ( GPCR ) costituiscono una vasta e diversificata famiglia di proteine la cui funzione primaria è quella di trasdurre stimoli extracellulari in segnali intracellulari . Il recettore 5HT2c è un target di molti farmaci usati per trattare una varietà di condizioni fisiologiche e psichiatriche. Questo studio si è concentrato su diversi aspetti relativi all’analisi della suddetta proteina di membrana: una prima fase di docking molecolare mirato sul ligando naturale , vari agonisti e antagonisti, e considerando inoltre la presenza di SNP che potrebbero influenzare la risposta dei pazienti al farmaco; una seconda fase di dinamica molecolare effettuata sul complesso ligando/recettore immerso nell'ambiente idrofobico del doppio strato lipidico, al fine di valutare le variazioni conformazionali indotte dalla presenza di quei composti precedentemente sottoposti a docking; parallelamente abbiamo approntato una dinamica molecolare in cui il ligando naturale serotonina viene lasciato libero nel solvente, per studiare la captazione nello spazio extracellulare ad opera del recettore stesso; in ultimo, una simulazione di dinamica molecolare tramite un modello semplificato Coarse Grained, effettuata su più recettori 5-HT2c immersi nell'ambiente lipidico , al fine di rilevare la formazione di oligomeri (la struttura quaternaria biologicamente attiva evidenziata per quei recettori). Insieme, tutti questi dati ci danno una panoramica più completa dei diversi aspetti che devono essere presi attentamente in considerazione per la progettazione razionale di nuovi farmaci mirati alla 5-HT2c . Lo scopo di questo lavoro è di presentare le prospettive di innovazione offerte da un'analisi in silico, sia in termini di "migliore comprensione ", sia in termini di "suggerimento" : la prima come complementazione di dati sperimentali , la seconda come un nuovo modo di progettare l'esperimento stesso

    Pasta madre: tradizione e modernità. Caratterizzazioni microbiologiche, aromatiche e birrificatrici di paste madri naturali.

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    L’uso della pasta madre mostra un continuo interesse in ambito scientifico, commerciale e privato a causa dei miglioramenti che il suo uso apporta al prodotto finito. L’uso artigianale della pasta madre naturale è un processo che richiede attenzioni, cure e passione. Abbiamo avuto l’occasione di seguire processi produttivi di pane artigianale con l’uso della pasta madre e ne abbiamo potuto apprezzare tutti gli aspetti più importanti. Inoltre, abbiamo campionato 41 paste madri tradizionali e le abbiamo caratterizzate microbiologicamente attraverso l’uso di diversi metodi molecolari (DGGE; sequenziamento del 16S e del 28S). Abbiamo analizzato la popolazione batterica per verificare se vi fossero ceppi capaci di produrre EPS, oltre che portatori del gene pdc capace di codificare per l’enzima che decarbossila gli acidi fenolici. La degradazione degli acidi fenolici nella farina genera fenoli volatili che rendono il pane più appetibile. I ceppi pdc+ sono stati impiegati in terreni sintetici con aggiunta di acido ferulico e in impasti modello, per valutare la reale capacità di degradare gli acidi fenolici. Abbiamo, poi creato da zero, secondo metodi tradizionali, alcune nuove paste madri, denominate da noi “ex novo”, utilizzando diversi materiali vegetali come fonte di inoculo iniziale. Abbiamo così potuto valutare come la popolazione microbica si è selezionata nel tempo e se questa possa essere stata influenzata dal materiale di partenza utilizzato. A tale scopo, inoltre, abbiamo impiegato una nuova tecnica molecolare (HRMqPCR) e abbiamo messo a punto il primo metodo HRMqPCR per le analisi di una popolazione fungina a partire dal DNA totale estratto dalle paste madri ex novo. Utilizzando 4 paste madri, due delle quali collezionate e le altre due ottenute ex novo, abbiamo inoculato del mosto d’orzo per ottenere birre acide di tipo Lambic. Di esse abbiamo monitorato alcuni parametri tecnologici e altri microbiologici. Le analisi gascromatografiche delle paste madri e delle birre, infine, hanno messo in luce risultati molto interessanti

    Fondamenti e fattibilità del reddito minimo garantito

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    Marshall sostiene che sia necessario un minimo di benessere e di sicurezza economica al fine di garantire il diritto a ciascuno di partecipare pienamente alla vita politica e civile della comunità di appartenenza. In questa stessa direzione vanno Van Parijs e Vanderborght quando, nel 2006, propugnano un reddito minimo universale che debba essere versato dalla comunità politica a tutti i suoi membri senza controllo di risorse né esigenza di contropartite, al fine di tutelare la dignità della persona. L’Unione Europea, pur non sostenendo il reddito di cittadinanza, manifesta dal1992, la necessità dell’istituzione, nei singoli stati membri, di un reddito minimo garantito come mezzo per la lotta alla povertà e all’esclusione sociale. L’unica iniziativa intrapresa nel nostro paese è stata il reddito minimo d’inserimento (RMI) nel 1998. Successivamente ci sono stati vari tentativi da parte di alcuni enti locali nessuno dei quali ha superato però, la fase sperimentale. L’eccezione è rappresentata dal Reddito di Garanzia istituito nella Provincia autonoma di Trento che può essere definito il primo strumento strutturale tendenzialmente permanente. Le ragioni, della difficoltà tutta italiana di istituire un reddito minimo garantito, possono essere 2 ricercate in un sistema di welfare di natura categoriale e in una mancata volontà politica. Se si desse attuazione ad una delle tante proposte di reddito minimo, si darebbe così concretezza al concetto di dignità espresso a più riprese nella nostra Costituzione. Con l’istituzione di un reddito minimo garantito, come misura universalistica, ma selettiva, si adempirebbe al dettato costituzionale riconoscendo nel “diritto al reddito” un diritto all’esistenza

    Artificial intelligence and new technologies for photovoltaic systems in the Italian scenario

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    Il sempre più rapido declino delle fonti di energia tradizionali, la crescente domanda di energia e il problema ambientale hanno spinto negli ultimi anni la ricerca verso lo sfruttamento di nuove fonti di energia pulite. Sebbene inferiore ad altre fonti energetiche in termini di capacità installata il solare fotovoltaico (FV) è tuttora la più importante fonte di generazione distribuita (GD) del pianeta. La crescita del mercato italiano è stata spinta da una serie di decreti per l’incentivazione della tecnologia FV, iniziati nel 2005 con il cosiddetto "Primo Conto Energia". Le tariffe incentivanti per la produzione di energia da solare fotovoltaico sono state oggetto di continue modifiche fino al Giugno 2013 quando il governo ha deciso di eliminare definitivamente incentivi per i nuovi impianti installati. Con quasi 550,000 impianti e 17,4 GW di potenza installata, la generazione distribuita di FV ha un ruolo molto importante nello scenario italiano come parte integrante della rete nazionale. Sebbene da un lato il sistema elettrico benefici della presenza di sistemi di generazione distribuita, dall’altro sorgono numerosi problemi di integrazione dovuti alla natura dell’energia solare. Una questione importante da fronteggiare è quella della variabilità della produzione (ad esempio per via del rapido passaggio di nubi). In questo lavoro di tesi si cercherà di affrontare il problema mediante algoritmi di previsione basati su reti neurali e con l’ausilio di sistemi di storage dell’energia. Un ulteriore problema legato al FV è quello della perdita di efficienza dovuta all’innalzamento della temperatura del pannello. In questa discussione verrà mostrato e studiato un innovativo prototipo di un sistema attivo di raffreddamento della superficie dei moduli. Per ultimo verrà esaminato il problema della differenza temporale tra energia prodotta e consumo di utenti residenziali, sia dal punto di vista di energy management a livello domestico che mediante l’uso di batterie, necessarie per stoccare l’eccesso di energia nei periodi di produzione di picco

    Three essays on DSGE models with financial frictions

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    La tesi si compone di tre capitoli che trattano il problema del settore in modelli Dynamic General Equilibrium Model. Il tema in questione `e rapidamente diven- tato uno dei pi`u rilevanti per i policy maker per comprendere il ruolo giocato dagli intermediari finanziari nella recente crisi finanziaria. Il primo capitolo `e una review dei pi`u recenti contributi in letteratura su modelli DSGE con frizioni finanziarie. La rassegna si sofferma soprattutto su due categorie di modelli: a) Modelli che hanno come obbiettivo primario quello di analizzare il ruolo del mercato del credito interbancario b) Modelli che cer- cano di incorporare le politiche non convenzionali che le banche centrali hanno condotto dal 2008 ad oggi. Il secondo capitolo propone un modello DSGE con interbancario il cui ob- biettivo `e quello di analizzare le risposte dell’economia quando il mercato in- terbancario `e colpito da shock esogeni di rischiosit`a. Un incremento del rischio genera uno spostamento di risorse dall’interbancario al mercato dei titoli gover- nativi creando una recessione tramite la riduzione del credito disponibile per le aziende ed il credito al consumo. Il terzo capito propone un altro modello DSGE basato su quello del prece- dente capitolo dove si analizzano le politiche non convenzionali della banca cen- trale. Nel modello la crisi `e generata dalla contrazione del capitale bancario che a sua volta determina una diminuzione del credito, una diminuzione degli investimenti ed infine un recessione. L’utilizzo di modelli Markov switching DSGE permette di analizzare l’economia in tre differenti stati: non crisi, crisi senza intervento della banca centrale, crisis con intervento della banca centrale. L’introduzione di una regola non convenzionale sembra attenuare la crisi senza effetti negativi sull’ obbiettivo primario della stabilit`a dei prezzi

    Manutenzione e Conservazione Programmata: le centrali idroelettriche in Provincia di Ancona

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    Nel seguente lavoro si è sviluppato il tema della manutenzione nell’ambito della tutela dei beni culturali, considerando che la cultura della prevenzione si è diffusa ormai in tutti i campi. Sono state effettuate ricerche bibliografiche e si è definito uno studio sul territorio locale per l’individuazione di possibili casi studio. L’obiettivo è la tutela e la conservazione del patrimonio architettonico moderno e contemporaneo. Il metodo della ricerca è la manutenzione programmata. Le azioni per l’approccio metodologico sono la diagnostica, il monitoraggio, gli interventi conservativi, la formazione e la comunicazione. Gli strumenti utilizzati sono risorse umane e strumentali, piani di conservazione preventiva, convegni. Si analizza lo stato dell’arte in Italia, vagliando normativa vigente, pubblicazioni e convegni recenti, valutando anche la Carta del Rischio della nostra zona. Vengono visionate alcune esperienze in Italia e nel resto del mondo. L’impostazione di un cantiere-studio è un’esemplificazione metodologica: partendo da un primo necessario intervento che affronti con completezza le problematiche individuate, si può giungere a prevedere una serie di fondamentali tappe manutentive. I casi studio sono le cinque centrali idroelettriche della provincia di Ancona di proprietà Enel Green Power: Molino - Agugliano (An), Franciolini - Castelplanio (An), Sant’Elena - Serra S. Quirico (An), Angeli di Rosora - Rosora (An), e Ripabianca - Jesi (An). Tali impianti sono una presenza produttiva significativa nella Vallesina nel settore delle fonti rinnovabili. Su di esse vengono definite le principali criticità, con l’analisi dello stato attuale attraverso rilevi metrici, materici e analisi dello stato di conservazione. Vengono descritti gli interventi da eseguire, includendo necessarie fasi manutentive che possono essere riproposte e applicate anche su vasta scala

    Individuazione e caratterizzazione di una sottopopolazione di pazienti cardiopatici con pattern genetico predisponente ad un alto rischio cardiovascolare

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    Le patologie cardiovascolari sono multifattoriali e vengono influenzate sia da fattori ambientali che genetici. La Superossido Dismutasi extracellulare 3 è un enzima, collocato a livello della matrice extracellulare dell'endotelio con un'azione protettiva nei confronti della disfunzione endoteliale. La mutazione R231G della SOD 3 è associata ad un aumentato rischio di CVD. In un precedente studio condotto su una popolazione del Sud Italia tale mutazione non era stata rilevata. Il presente studio include 2130 pazienti sottoposti all’esame coronarografico presso U.O. Emodinamica – Riuniti di Ancona. La valutazione delle varianti alleliche del polimorfismo è stata eseguita utilizzando delle sonde LNA marcate. Il registro contiene dati angiografici e di follow-up clinico della durata di 36 mesi dall’angiografia. Per valutare le caratteristiche della popolazione è stato usato il Charlson Score (CS) come indice di commorbidità mentre per caratterizzare la coronaropatia è stato applicato il Syntax Score (SS). La prevalenza del polimorfismo è risultata 3.24%. Dividendo per le fasce d’età e per il sesso non si è evidenziata alcuna differenza di CS su nessuno dei quartili. La regressione lineare di SS in relazione all’età dimostrava come la gravità della coronaropatia aumenti con l’incrementare dell’età nei pazienti “wild type”, mentre non si verifica alcuna relazione con l’età nei pazienti mutati. Nei pazienti con la mutazione si è evidenziata una differenza altamente significativa del SS (p=0,005) per il primo quartile, dato confermato anche per il sottogruppo dei maschi (p=0,002) ma non per il sottogruppo delle donne. Diversamente da quanto descritto dall’unico altro studio condotto nel nostro paese, i nostri dati dimostrano che la mutazione R231G risulta presente nella popolazione italiana e, pur non incidendo sulla commorbidità clinica globale, si associa a un grado di compromissione coronarica più elevata nella fascia d’età più bassa. Tale condizione potrebbe verosimilmente beneficiare della supplementazione con antiossidanti

    Characterization of individual foci of multicentric/multifocal breast cancer using targeted next generation sequencing

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    Scopo: Il tumore multifocale della mammella (TMM), definito come la presenza concomitante di multiple lesioni unilaterali di tumore mammario invasivo, è relativamente frequente ed è associato ad un fenotipo piu’ aggressivo in confronto al tumore unifocale della mammella. In accordo alle linee guida correnti, la caratterizzazione molecolare dei tumori mammari multipli è eseguta sul foco di dimensioni maggiori, anche se gli altri foci sono valutati solo in caso di discordanza dal tale foco in termini di grado ed istologia. il nostro obiettivo primario è stato quello di studiare l’eterogenicità genetica tra e all’interno di differenti lesioni da pazienti affette da TMM. Inoltre abbiamo valutato il contributo di ciascuna lesione alla progressione metastatica. Metodi: Abbiamo esaminato la porzione codificante per proteine delle sequenze di 453 geni correlati al cancro per identificare le mutazioni somatiche in 171 campioni di 31 pazienti affette da TMM. Queste pazienti sono state selezionate in modo da avere lesioni con lo stesso istotipo, grado, stato dei recettori estrogenici e del recettore per il fattore di crescita epidermico umano 2 (HER2). Risultati: in 20 pazienti, è stata rilevata una variabilità significtiva in termini di percentuale di mutazioni condivise.. L’eterogenicità inter-lesione era associata a farmaci mirati in 13/27 (48%) pazienti. Tra gli 8 linfonodi metastatici, 5 erano omogenei con tutte le lesioni estratte dal paziente. Per quattro pazienti non è stato possibile valutare l’eterogenicità inter-lesione poichè le mutazioni sono state identificate solo in una delle lesioni. Relativamenete alle restanti pazienti, 7 (26%) pazienti non condividevano nessuna mutazione tra le lesioni tumorali. Questo significa che differenti mutazioni hanno molto probabilmente guidato lo sviluppo di queste lesioni.Conclusioni: Le lesioni dei TMM sono clonalmenete correlati in 20/27 (74%) pazienti, anche se è stata osservata un’importante eterogenicità inter-lesione nonostante le caratteristiche biologiche simili. Dal momento che il numero di terapie mirate è in crescita, i nostri dati giustificano una piu’ approfondita caratterizzazione molecolare di tutte le lesione dei TMM al fine di garantire un’adeguato trattamento di questi tumori

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