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Genética de populações e genômica de Thyrinteina arnobia (Stoll, 1782) (Lepidoptera: Geometridae) associada a plantações de eucalipto no Brasil
No full textThyrinteina arnobia (Stoll, 1782) (Lepidoptera: Geometridae) is one of the most damaging native defoliators of Eucalyptus plantations in Brazil. This thesis employs a multidisciplinary approach, integrating data on genetic diversity, ecological niche modeling, genome assembly, and whole-genome sequencing (WGS) to investigate the population structure, dispersal patterns, and adaptive potential of this pest. The goal is to establish an evolutionary and genomic framework to support T. arnobia management (IRM), especially in light of the anticipated deployment of new technologies for pest control in Brazilian silviculture. Mitochondrial multilocus analyses revealed 22 haplotypes structured into three geographically restricted haplogroups, with high φ ST values indicating historical isolation and limited maternal gene flow. Species distribution modeling suggested high climatic suitability for T. arnobia across most of Brazil, as well as in parts of Africa, Asia, and Oceania, with isothermality and precipitation emerging as key predictors. The genome sequencing produced a 454.58 Mb nuclear draft genome (read N50 = 6,855 bp), providing the first genomic reference for a species in the Thyrinteina genus. Cytogenetic data, including karyotyping, further supported the integrity of the genome. WGS of 135 individuals from nine populations yielded 17.4 million SNPs, of which 111 individuals passed filtering and were included in the final dataset. PCA and NGSAdmix analyses revealed four genetically distinct nuclear clusters that corresponded well with the mitochondrial groupings. PCA analysis and limited admixture among clusters suggest strong population structure and restricted gene flow. Selective sweep analysis using SweepFinder2 identified genomic regions under positive selection, including loci related to detoxification (cytochrome P450), genome maintenance (SETMAR-like), and metabolic regulation (HXT4-like). These findings provide functional insights into local adaptation in the T. arnobia population. Altogether, the results underscore the need for region-specific insect management strategies, given the genetic structuring and adaptive divergence of T. arnobia populations. This thesis delivers foundational resources for evolutionary monitoring and sustainable pest control in Brazilian forestry.Thyrinteina arnobia (Stoll, 1782) (Lepidoptera: Geometridae) é um dos desfolhadores nativos mais danosos em plantações de Eucalyptus no Brasil. Esta tese adota uma abordagem multidisciplinar, integrando dados de diversidade genética, modelagem do nicho ecológico, montagem genômica e sequenciamento completo do genoma (WGS), para investigar a estrutura populacional, os padrões de dispersão e o potencial adaptativo dessa praga. O objetivo é estabelecer uma base evolutiva e genômica para subsidiar o manejo de T. arnobia, especialmente diante da iminente introdução de novas tecnologias para controle de pragas na silvicultura brasileira. As análises de genes mitocondriais revelaram 22 haplótipos, estruturados em três haplogrupos geograficamente restritos, com altos valores de ΦST, indicando isolamento histórico e fluxo gênico materno limitado. A modelagem da distribuição da espécie indicou alta adequabilidade climática para T. arnobia na maior parte do território brasileiro, bem como em partes da África, da Ásia e da Oceania, sendo a isotermalidade e a precipitação anual os principais preditores. O sequenciamento do genoma gerou um draft do genoma nuclear de 454,58 Mb (N50 de leitura = 6.855 pb), representando a primeira informação genômica de uma espécie no gênero Thyrinteina. Dados citogenéticos, incluindo cariotipagem, confirmaram a integridade do genoma. O WGS de 135 indivíduos de nove populações resultou em 17,4 milhões de SNPs, dos quais 111 passaram pelos filtros de qualidade e foram incluídos no conjunto final de dados. As análises de PCA e NGSAdmix revelaram quatro agrupamentos nucleares geneticamente distintos, que se correlacionaram bem com os grupos mitocondriais. A análise de PCA e a baixa mistura entre os grupos sugerem forte estrutura populacional e fluxo gênico restrito. A análise de varredura seletiva com o SweepFinder2 identificou regiões genômicas sob seleção positiva, incluindo loci relacionados à detoxificação (cytochrome P450), manutenção do genoma (SETMAR-like) e regulação metabólica (HXT4-like). Esses achados fornecem insights funcionais sobre adaptação local das populações de T. arnobia. Em conjunto, os resultados destacam a necessidade de estratégias de manejo específicas para T. arnobia por região, considerando a estrutura genética e a divergência adaptativa das populações de T. arnobia. Esta tese fornece recursos fundamentais para o monitoramento evolutivo e o controle sustentável de pragas na silvicultura brasileira
Delayed evaluation of clinical results of endovascular treatment of iliac venous obstructions in advanced chronic venous insufficiency
No full textA Insuficiência Venosa Crônica (IVC) é responsável pela maioria dos sintomas vasculares que acometem os membros inferiores. Tem-se reconhecido a alta prevalência das obstruções venosas do território ilíaco-cavo na IVC, e os benefícios do tratamento endovascular nos casos mais avançados da doença. Contudo, existem poucos estudos publicados que verificaram esses resultados a longo prazo. Este estudo tem como objetivo avaliar os resultados clínicos tardios de pacientes submetidos a angioplastia do território ilíaco-cavo e a relevância do Ultrassom Venoso com Doppler (USVD) como exame complementar no diagnóstico da recidiva da obstrução. Trata-se de estudo prospectivo, no qual pacientes portadores de IVC avançada (Escala Visual Analógica da Dor (EVAD) > 3, Escala da Gravidade Sintomas Venosos Clínicos/Venous Clinical Severity Score (VCSS) > 10, CEAP C3 a C6), submetidos a tratamento endovascular de obstruções ilíacas ³ 50% confirmadas ao Ultrassom Endovascular (EU-IVUS), foram analisados quanto à recidiva dos sintomas e/ou recidiva da obstrução ao UVSD. Foi avaliada a resposta clínica a longo prazo, a manutenção da perviedade do stent, a existência de correlação entre o estado clínico e os achados ecográficos no diagnóstico de recidiva de obstruções no território ilíaco-cavo tratado. De um total de 225 pacientes tratados, foram avaliados 153 (68%) pacientes. As pontuações médias das variáveis de avaliação clínicas e de qualidade de vida (QQV-SF36), obtidas no pré e no pós-operatório foram, respectivamente: EVAD: 8,36 e 3,22 (p 3, Clinical Venous Symptoms Severity Scale (VCSS) > 10, CEAP C3 to C6), submitted to endovascular treatment of iliac obstructions ³ 50% confirmed on Endovascular Ultrasound (EU-IVUS), were analyzed for recurrence of symptoms and/or recurrence of obstruction on VDUS. The long-term clinical response, the maintenance of patency of the stent, the existence of a correlation between the clinical status and the echographic findings in the diagnosis of recurrence of obstructions in the treated iliac cavus territory were evaluated. Of a total of 225 patients treated, 153 (68%) patients were evaluated. The mean scores of the clinical assessment variables and quality of life (QQV-SF36), obtained pre- and post-operatively, were respectively: VAPS: 8.36 and 3.22 (p < 0.0001); VCSS: 12.84 and 7.28 (p < 0.0001); average QQV-SF36: 33.74 and 74.99 (p < 0.0001). There was a significant improvement in symptoms in the EVAD, VCSS criteria and QQV-SF36 in: 74.8%, 78.1% and 44.3%, respectively. The accuracy of recurrence of clinical symptoms and VDUS in identifying obstruction ³ 50% at IVUS were: 91.7%; 62.5%; 97.7% and 100%, respectively. The overall primary patency (mean follow-up 4.64 years) assisted primary patency (mean follow-up: 5.20 years), and secondary patency (mean follow-up: 5.21 years) were: at 2 years: 91.3 %; 100%; 100%; at 5 years: 74.5%; 91.7%; 94.7%; at 10 years: 52.6%; 85.7%; 88.5%, respectively. Endovascular treatment of iliac venous obstruction can alleviate the symptoms of severe and advanced CVI in short and long term, with a high patency rate. Clinical symptoms are highly accurate in predicting recurrence of obstruction in the previously treated segment when compared to postoperative followup VDUS
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No full textTendo como base a metodologia desenvolvida para a execucao do programa nacional de gerenciamento costeiro, elaborou-se um modelo para zoneamentos ambientais costeiros utilizando-se um sistema de informacao geografica (SIG) para o seu desenvolvimento. O modelo teve como objetivo contribuir no aprimoramento da metodologia do macrozoneamento e adapta-la ao ambiente SIG. Atraves da aplicacao de hipoteses foram suprimidos alguns planos de informacao que atualmente estao sendo utilizados na elaboracao do macrozoneamento, cujas premissas basicas para supressao foram a redundancia de informacoes a sua inadequacao a um SIG e a sua nao aplicacao as atividades propostas para a zona costeira. Para calibracao e comparacao dos resultados obtidos utilizou-se uma proposta de zoneamento ambiental elaborada convencionalmente para uma regiao do Espirito Santo e os resultados comprovaram a eficacia do modelo que pode ser aplicado a toda costa brasileira; apontaram erros na elaboracao do macrozoneamento de acordo com as tecnicas convencionais e confirmaram a eficiencia do ambiente SIG na elaboracao de zoneamentos ambientais costeiros. Assim o modelo proposto fica mais economico e demonstra claramente a vantagem de trabalhar com um SIG em vez dos processos convencionais que contem erros dificeis de evitar e que sao facilmente detectaveis quando se utiliza o ambiente SIG.Based on the metodology adopted for the Brazilian Coastal Management Program, a model for coastal environmental zoning was developed. The aim of the model was to make a contribution on the utilization of the metodology in a Geographic Information System . In the avaluation of the methodology it was possible to identify some inf ormations that were unnescessary to elaborate the coasta1 zoning . By comparing the results of the model with a zoning made using the conventiona 1 cartographyc methods , it was possible to confirm that Geographic Information Systems is the best tool to make a faster and more economic coastal zoning propose
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No full textDurante o projeto de vertedores que utilizam os mais variados tipos de controle por comportas, existe sempre a necessidade do conhecimento da vazão escoada quando da abertura parcial das mesmas. Não menos importante se torna o conhecimento de tal vazão, durante toda vida útil do barramento, quando da operação normal do reservatório a montante, com vistas na garantia de níveis d\'água adequados a operação das unidades geradoras instaladas. Classicamente, o cálculo da vazão escoada por uma comporta semi-aberta se faz pela avaliação de um coeficiente de vazão, baseado em experiência pré-adquirida, que corrige uma vazão teórica conseguida através da integração de um diagrama de vetores velocidade paralelo ao fundo, cujos módulos podem ser admitidos como próximos do teórico dado pela equação de Bernoulli. Obviamente, a integração de tal diagrama resulta em vazões superiores as realmente obtidas na prática, motivo pelo qual devem ser corrigidas por um coeficiente menor que a unidade e demonstrando também que o diagrama de velocidades paralelo ao fundo quase sempre não é o correto. O presente trabalho visa propor e verificar um diagrama de velocidades, junto a seção da abertura efetiva da comporta, cujos vetores apontem para um único ponto-foco situado no fundo (ou na reta tangente a ele) e com módulos calculados por Bernoulli.During the design of spillways, using several types of gate control, there is the necessity to know the discharge flowing under conditions of partial opening of the gate. Classically, the discharge provided by a partial opening in the gate is given by estimation of a discharge coefficient\" , based on preacquired experience, correcting a theorectical discharge, given by a parallel velocity diagram, attaining the Bernoulli equation, Obviously, the integration of this diagram in the section of opening, lead to values higher than the actual discharge, must be correcting by a coefficient smaller than the unit . This fact brings to conclude that the velocity diagram is frequently not parallel to the bottom. The present work intend to propose and verify a convergent velocity diagram, in the effective opening of the gate, whose vectors are pointing to a focus point in the bottom, with intensities given by Bernoulli equation
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No full textEste trabalho apresenta uma formulação mista do método dos elementos finitos para placas delgadas de formato arbitrário, sob as hipóteses de linearidade física e geométrica. O método dos elementos finitos e introduzido a partir do método dos resíduos ponderados, com a hipótese de Galerkin. Na solução aproximada são discretizados os campos de momentos fletores e de torção, além do campo de deslocamentos e dos campos de rotações. Essa formulação permite o uso de funções de interpolação lineares, com o emprego do elemento finito triangular de primeiro grau (CST), sendo este, no caso, um elemento conforme. Tendo a placa um formato arbitrário, algumas condições de contôrno são introduzidas no sistema por meio de relações entre certos parâmetros dos nos pertencentes a fronteira - as equações de restrição - acarretando uma redução do número de parâmetros nodais do sistema. Para resolver o sistema, as equações de restrição são introduzidas sob a forma de uma solução aproximada. Então o método dos resíduos ponderados e aplicado nas versões de Galerkin e de mínimos quadrados a fim de gerar a solução final. Obtem-se, assim um sistema condensado. São apresentados exemplos numéricos de ilustração desta formulação mista do método dos elementos finitos para placas retangulares e de geometria arbitrária.A mixed formulation of the finite element method for thin plates of arbitrary shapei s presented.A ssumptionso f material and geometricali nearity are made. The finite element method is derived from the weight;ed residual method, under (lalerkins assumption. In addition to displacementsa nd rotations, the bending and twisting moments are discretized separately to generate the approximate solution. This formulation permits the use of linear interpolation functions, as in the case of the triangular element CST. This type of element is a conforming one in the mixed formulation presentedh ere. The boundary conditions for the arbitrarly shaped plates are introduced by means of relations involving certain nodal parameters - the constraint equations. This results in a reduction of the number of system nodal parameters (unknowns) . To solve the system the constraint equations are introduced as an approximate solution. Then the weighted residual method is applied in its Galerkin and least squares forms to generate the final solution. This procedure provides a condensed system. Numerical examples of this mixed formulation are presented for retangular and arbitrarly shapedp lates. Thesee xamplesil lustrate the use of the formulation studied here
Motivational climate in youth sport: an investigation on teaching practices and the meanings for sport and education
No full textO esporte infantil se constitui como um dos temas centrais nos debates das Ciências do Esporte que, analisando seus riscos e benefícios, buscam, entre outras coisas, compreender e melhorar a prática pedagógica do educador. Com este intuito e, baseando-se no conceito de clima motivacional, originário da Teoria das Metas de Realização, esse trabalho objetivou identificar a orientação do clima motivacional em um ambiente de iniciação esportiva, discutindo as concepções de esporte e educação identificadas em diferentes orientações motivacionais. Para a realização desta pesquisa qualitativa, foi proposto um estudo de caso de um contexto em particular, representado pela Escola de Formação Esportiva da USP, que desenvolvia atividades de iniciação esportiva generalizada para crianças entre sete e dez anos, ambos os sexos. Os dados forma coletados pelo método de observação direta e não-participante, por intermédio de filmagens das atividades realizadas por três monitores do período matutino, estudantes dos 4º e 6º semestres do Curso de Esporte. Estes dados foram categorizados de acordo com as dimensões do TARGET e a análise dos resultados apontou para um ambiente esportivo orientado predominantemente pela performance. A estrutura TARGET mostrou-se adequada para a investigação do esporte infantil, confirmando-se também a interdependência entre as dimensões, apesar de terem sido identificados outros elementos que necessitariam de outras categorias, reforçando a necessidade de aprimoramento de sistemas de observação específicos para o contexto esportivo. Paralelamente, foram feitas recomendações concretas sobre a prática pedagógica, a fim de que ela promova a autonomia das crianças, como sujeitos do processo de aprendizagemYouth sport is one of the central issues in sport sciences that, among discussions about its risks and benefits, has aimed to optimize teaching practices. This is also the purpose of this study that discussed the meanings of sport and education in youth sport identified in different orientations of the motivational climate, a concept derived from Achievement Goal Theory. This research was developed on a qualitative bias, by non-participant observation of the activities developed at EFE-USP, directed to children between seven to ten years old, from both sexes. The activities developed by three undergraduate students were videotaped, and the data collected were transcript and categorized according to the TARGET dimensions that include task, authority, recognition, evaluation and timing as important elements related to the motivational climate. The results found have conducted to the conclusion that the environment investigated was predominantly oriented to performance. The TARGET dimensions fit accordingly to investigations on youth sport contexts and the interdependence among each one of its dimensions has also been confirmed, although other aspects were found, that required the creation of other categories, point out to the necessity of adapting observational systems to the youth sport environment. Beyond the considerations, other practical recommendations have been made in order to help teachers and coaches to foster children\'s autonomy, as subjects in the learning proces
Art as a window: pictorial representations and urban transformations in Rio de Janeiro during the first republic
No full textEsta dissertação é resultado de pesquisa desenvolvida durante programa de pós-graduação em Arquitetura e Urbanismo, da Faculdade de Arquitetura, Urbanismo e Design, da Universidade de São Paulo. Analisa a relação das representações pictóricas que retratam a cidade do Rio de Janeiro no período da Primeira República (1889-1930) com as transformações urbanas do período. À época o Rio de Janeiro era Capital da República, tendo sido alvo de inúmeras reformas urbanas empreendidas pelo governo federal, marcada por Rodrigues Alves, e pela gestão municipal, destacando os mandatos de Pereira Passos, Paulo de Frontin e Carlos Sampaio. As produções artísticas se revelam interessante registros dessas reformas, bem como apresentam uma relação espacial com a cidade em expansão, refletindo a cidade e sociedade da época a partir da visão do artista, identificando paralelos entre as produções e as transformações urbanas e sociais da época. A partir do levantamento do panorama artístico da produção de representações pictóricas tendo como cenário a cidade do Rio de Janeiro, sistematizado em banco de dados, apontamos a relação entre as obras com o contexto da cidade, notando as transformações do período, sejam urbanas, arquitetônicas, morfológicas, tecnológicas ou sociais. A análise teve como suporte materiais documentais e bibliográficos. A pesquisa compreendeu etapas de levantamento de obras e documentos, sistematização de materiais e consultas bibliográficas, com ênfase aos aspectos históricos, arquitetônicos/urbanos e sociais.This dissertation is the result of research developed during the postgraduate program in Architecture and Urbanism, at the School of Architecture, Urbanism and Design, at the University of São Paulo. It analyzes the relationship between the pictorial representations that portray the city of Rio de Janeiro during the First Republic (1889-1930) and the urban transformations of that period. At the time, Rio de Janeiro was the capital of the Republic and was the target of numerous urban reforms undertaken by the federal government, led by Rodrigues Alves, and by the municipal administration, highlighting the mandates of Pereira Passos, Paulo de Frontin and Carlos Sampaio. The artistic productions are interesting records of these reforms, as well as presenting a spatial relationship with the expanding city, reflecting the city and society of the time from the artist\'s perspective and identifying parallels between the productions and the urban and social transformations of the time. Based on a survey of the artistic panorama of the production of pictorial representations set in the city of Rio de Janeiro, systematized in a database, we point out the relationship between the works and the context of the city, identifying the transformations of the period, whether urban, architectural, morphological, technological or social. The analysis of the works was supported by documentary and bibliographical materials, with an emphasis on historical, architectural/urban and social aspects
Along the line: railway, path, and landscape
No full textEsta dissertação investiga a experiência do pedestre no entorno da ferrovia Santos-Jundiaí, infraestrutura de transporte sobre trilhos do século XIX, atualmente correspondente às Linhas 7-Rubi e 10-Turquesa da CPTM, no trecho entre Ipiranga e Perus, no município de São Paulo. O objetivo é compreender como as dinâmicas territoriais moldaram as configurações espaciais e a experiência do caminhar, com ênfase na articulação entre infraestrutura ferroviária, espaços livres e produção social da paisagem. A pesquisa adota uma abordagem metodológica que articula levantamento histórico-documental e trabalho de campo fotográfico com aplicação de princípios dos estudos pessoa-ambiente. O percurso analítico se estrutura em três grandes setores territoriais, sendo Ipiranga-Luz, Luz-Tietê e Tietê-Perus, nos quais se examinam aspectos morfológicos, usos do solo e condições de fruição dos espaços livres envoltórios à ferrovia. Os resultados revelam que a ferrovia atua tanto como elemento estruturador quanto como vetor de setorização espacial, afetando a continuidade dos espaços livres, a qualidade da experiência do pedestre e as possibilidades de apropriação do espaço. Verifica-se, ainda, a permanência de tipos espaciais herdados do período industrial em coexistência com processos recentes de reestruturação produtiva do espaço urbano. A principal contribuição deste trabalho reside na aplicação dos referenciais dos estudos pessoa-ambiente à análise de uma infraestrutura linear de escala metropolitana, propondo uma leitura sensível e relacional das paisagens ferroviárias.This dissertation investigates the pedestrian experience around the railway Santos-Jundiaí, a transport infrastructure on rails of the 19th century, currently corresponding to CPTM Lines 7-Rubi and 10-Turquoise), in the stretch between Ipiranga and Perus, in the municipality of São Paulo. The goal is to understand how the territorial dynamics shaped spatial configurations and the experience of walking, with emphasis on the articulation between railway infrastructure, open spaces and social production of the landscape. The research adopts a methodological approach that articulates a historical-documentary survey and photographic fieldwork with the application of principles of person-environment studies. The analytical path is structured in three major territorial sectors, Ipiranga-Luz, Luz-Tietê and Tietê-Perus, in which morphological aspects, land uses and conditions for enjoying the free spaces surrounding the railway are examined. The results reveal that the railway acts both as a structuring element and as a vector of spatial sectorization, affecting the continuity of open spaces and the quality of the pedestrian experience and the possibilities of space appropriation. There is also the permanence of spatial types inherited from the industrial period in coexistence with recent processes of productive restructuring of urban space. The main contribution of this work lies in the application of the references of person-environment studies to the analysis of a linear infrastructure of a metropolitan scale, proposing a sensitive and relational reading of railway landscapes
Segmentation of mobile phone OD matrices by vehicle classes: analysis of methods with a focus on regional traffic studies
No full textOs dados de telefonia móvel vêm se consolidando como uma importante fonte alternativa de informação para a modelagem de demanda em transportes, oferecendo vantagens como ampla cobertura espacial, captação passiva e disponibilidade contínua. No entanto, uma limitação crítica para sua aplicação em estudos de tráfego é a impossibilidade de observação direta das classes veiculares associadas às viagens inferidas, em especial de automóveis e caminhões. Esta dissertação investiga e compara métodos para segmentar uma matriz origem-destino (OD) de telefonia representativa de viagens rodoviárias intermunicipais em duas submatrizes distintas por classe veicular: uma de automóveis e outra de caminhões. Foram especificados e avaliados três métodos de segmentação, com diferentes níveis de complexidade e dados de entrada, que variam desde a aplicação direta de proporções observadas em contagens de tráfego até a construção de modelos explicativos baseados na distância da viagem do par OD e na distância viajada diária média (DVDM) do usuário da telefonia. A avaliação dos métodos considerou um conjunto abrangente de métricas, incluindo a aderência dos volumes alocados às contagens de tráfego, a capacidade de reprodução de proporções veiculares observadas e a semelhança estrutural das matrizes segmentadas em relação a uma matriz OD independente de referência. Os testes foram realizados com dados reais de telefonia e de pesquisas de campo obtidos de um estudo de concessão rodoviária no estado de Minas Gerais. Os resultados mostram que abordagens baseadas exclusivamente em contagens de tráfego falham em preservar a estrutura espacial das matrizes OD, e que a incorporação da DVDM em modelos explicativos contribui para a obtenção de segmentações mais consistentes, fazendo com que as matrizes OD resultantes atinjam níveis de desempenho próximos àqueles obtidos com matrizes OD de pesquisas interceptadas. A pesquisa contribui para o avanço metodológico na inferência de metadados veiculares a partir de dados de telefonia móvel e fornece evidências empíricas de sua aplicabilidade em estudos de demanda rodoviária, ampliando o potencial de uso dessa fonte de dados no planejamento regional de transportes.Mobile phone data has become a valuable alternative source for travel demand modeling, offering advantages such as broad spatial coverage, passive collection, and continuous availability. However, a critical limitation for its use in traffic studies is the inability to directly observe the vehicle class associated with inferred trips, particularly when distinguishing between cars and trucks. This dissertation investigates and compares methods for segmenting an origin-destination (OD) matrix derived from mobile phone data representative of intermunicipal road trips into two distinct submatrices by vehicle class: one for cars and another for trucks. Three segmentation methods were specified and evaluated, with different levels of complexity and input data, ranging from the direct application of proportions observed in traffic counts to the construction of explanatory models based on the OD pair trip distance and the average daily distance traveled (ADDT) of the mobile phone user. The evaluation of the methods considered a comprehensive set of metrics, including the adherence of assigned volumes to traffic counts, the ability to reproduce observed vehicle proportions, and the structural similarity of the segmented matrices in relation to an independent reference OD matrix. The tests were conducted using real mobile phone and field survey data from a highway concession study in the state of Minas Gerais, Brazil. The results show that approaches based exclusively on traffic counts fail to preserve the spatial structure of OD matrices, and that incorporating ADDT into explanatory models contributes to more consistent segmentations, causing the resulting OD matrices to achieve performance levels close to those obtained with OD matrices from roadside surveys. The research contributes to methodological advances in the inference of vehicle metadata from mobile phone data and provides empirical evidence of its applicability in road demand studies, expanding the potential use of this data source in regional transportation planning
Site-specific PEGylation of a glycosylated Lasparaginase from Erwinia chrysanthemi
No full textAtualmente, as formulações de L-asparaginase (ASNase) são produzidas a partir de espécies de bactérias e apresentam significativa resposta de hipersensibilidade e meia-vida curta para tratamentos de leucemia linfoblástica aguda. A pegaspargase (Oncaspar®) é uma ASNase PEGuilada que superou alguns dos problemas terapêuticos atribuídos à ASNase nativa, uma vez que a forma PEGuilada reduziu drasticamente a atividade imunogênica e aumentou o tempo de circulação na corrente sanguínea. O processo de PEGuilação é uma ferramenta importante para melhorar o perfil de qualidade dos biofármacos. Contudo, a Oncaspar® é obtida por reação de PEGuilação aleatória, produzindo variações lote-a-lote, o que são indesejáveis para controle de qualidade de produção de biofármaco. A crisantaspase (CRIS), ASNase de Dickeya chrysanthemi, é uma alternativa terapêutica promissora para pacientes refratários aos tratamentos com ASNase, sendo que previamente Pichia pastoris GlycoSwitch® foi utilizada como sistema de expressão para produzir uma crisantaspase com um padrão de glicosilação humanizada. Neste trabalho, as linhagens P. pastoris HIS+ e HIS- foram comparadas por meio de ferramentas estatísticas no que tange à eficiência na produção de biomassa, proteínas totais e enzima CRIS; para uma mesma concentração celular a linhagem P. pastoris HIS+ produziu um valor médio expressivamente maior. Assim, produzimos e purificamos a CRIS pelo cultivo de P. pastoris GlycoSwitch® e realizamos uma PEGuilação sítio dirigida na região N-terminal da enzima, com o objetivo de colaborar com o projeto temático Fapesp (Processo 13/08617-7) para produção nacional de uma ASNase com melhores propriedades físico-químicas, farmacocinéticas, termodinâmicas e biológicas. Em colaboração com esse projeto, esta tese objetiva também realizar os ensaios termodinâmicos para avaliar os efeitos da PEGuilação na temperatura ótima e na termoinativação e desnaturação irreversível de proteoformas obtidas por meio de PEGuilação sítio dirigida N-terminal da CRIS com os derivados m-PEG-NHS (20 kDa) de cadeia linear e ramificado. A partir dos resultados desses ensaios termodinâmicos foi sugerido que a adição de quatro cadeias de PEG à enzima crisantaspase glicosilada contribuiu com o aumento da variação de entalpia de desnaturação (H°u) e não prejudicou de forma expressiva a mobilidade conformacional. O processo de glicosilação diminuiu o acesso do PEG a região N-terminal, e por sua vez, o rendimento. Os resultados sugerem que o processo de glicosilação também aumentou a estabilidade CRIS-PEGLinear, em temperatura de refrigeração à 4°C. Em condições fisiológicas à 37°C uma maior densidade eletrônica conferida ao PEGRamificado preveniu flutuações conformacionais induzidas pelo calor. A viabilidade terapêutica da CRIS-PEGRamificada a torna promissora quando consideramos a possibilidade do desenvolvimento de uma formulação para melhorar a estabilidade em condições refrigeradas; assim, contribuiu para o desenvolvimento de L-asparaginases inovadoras com potencial de se tornarem biofármacos com produção nacional.L-asparaginase (ASNase) formulations are currently produced from bacteria species and present higher hypersensitivity response and short half-life for acute lymphoblastic leukemia treatments. The pegaspargase (Oncaspar®) is an ASNase PEGyted that overcame some of therapeutical problems attributed to native ASNase, since the PEGylated form drastically reduced immunogenic activity and increased circulation time in the bloodstream. The PEGuilation process is an important tool to improve the quality profile of biopharmaceutical drugs. However, Oncaspar® is obtained by a random PEGylation reaction, producing batch-to-batch variations, which are undesirables for quality control of biopharmaceutical production. Chrysantaspase (CRIS), an ASNase from Dickeya chrysanthemi, is a promising therapeutic alternative for patients who are refractory to conventional ASNase treatments. Previously, Pichia pastoris GlycoSwitch® was used as an expression system to produce a chrysantaspase with a humanized glycosylation pattern. In this work, the P. pastoris HIS+ and HIS- strains were compared using statistical tools regarding their efficiency in biomass production, total protein expression, and CRIS enzyme yield for the same cell concentration, the P. pastoris HIS+ strain produced a significantly higher mean value. We produced and purified CRIS through the cultivation of P. pastoris GlycoSwitch® and performed a site-directed PEGylation at the Nterminal region of the enzyme. This was carried out with the aim of contributing to the thematic project (Process No. 13/08617-7) focused on the national production of an ASNase with improved physicochemical, pharmacokinetic, thermodynamic, and biological properties. In collaboration with this project, this thesis aims to perform thermodynamic assays to evaluate the effects of PEGylation on the optimal temperature, thermal inactivation, and irreversible denaturation of proteoforms obtained through site-directed N-terminal PEGylation of CRIS using linear and branched mPEG-NHS (20 kDa) derivatives. Based on the results of these thermodynamic assays, it was suggested that the addition of four PEG chains to the glycosylated chrysantaspase contributed to an increase in unfolding enthalpy change (H°u) without significantly impairing conformational mobility. The glycosylation process reduced PEG accessibility to the N-terminal region and, consequently, the yield. The results also suggest that glycosylation enhanced the stability of CRIS-PEGLinear at refrigeration temperature (4°C). Under physiological conditions (37°C), the higher electron density conferred by the branched PEG prevented heat-induced conformational fluctuations. The therapeutic viability of CRIS-PEGBranched makes it a promising candidate when considering the development of a formulation aimed at improving stability under refrigerated conditions. Thus, this work contributes to the development of innovative L-asparaginases with the potential to become biopharmaceuticals produced domestically