12064 research outputs found
Sort by
Peptide fractionation by strong cation exchange chromatography for enhanced protein identification by high resolution mass spectrometry
No full textDanas je u proteomici za identifikaciju i kvantifikaciju proteina najviše zastupljena metoda temeljena na vezanom sustavu tekućinske kromatografije i tandemne spektrometrije masa, odnosno shotgun‒proteomika. Radi poboljšane identifikacije proteina, postupak može uključivati korak predfrakcionacije peptida. U sklopu ovog rada, napravljena je optimizacija koraka predfrakcionacije peptida, pri čemu je optimiziran gradijent elucije, sastav mobilne faze i broj prikupljenih frakcija. Također, optimizirano je trajanje kromatografskog odjeljivanja pomoću vezanog sustava tekućinske kromatografije i tandemne spektrometrije masa. Optimizirana metoda primijenjena je za predfrakcionaciju realnih uzoraka, pri čemu je metoda korištena za provjeru ekspresije dupliciranih gena za aminoacil‒tRNA‒sintetaze pronađenih u genomu H. aurantiacus i H. geysericola. Nadalje, metoda je korištena za provjeru ekspresije gena za proteine‒nosače i homologe aminoacil‒tRNA‒sintetaza pronađenih u genomu bakterija A. fabrum,
B. diazoefficiens, B. thuringiensis 4AJ1 i 4CC1 te za analizu ekspresije gena koji pokazuju sinteniju s genima proteina‒nosača i homologa aminoacil‒tRNA‒sintetaza.The modern proteomic analyses rely on the coupled system of liquid chromatography and tandem mass spectrometry for comprehensive peptide separation and identification. To further increase the number of identified peptides, improve the identification of proteins and their sequence coverage, the analysis workflow may include a step of pre‒fractionation of peptides. In this thesis, an optimisation of the peptide pre‒fractionation step was conducted, which included the optimisation of the elution gradient, the composition of the mobile phases and the number of fractions collected. In addition, the duration of the chromatographic step in the coupled liquid chromatography‒tandem mass spectrometry system was optimised. The optimised method was applied for the pre‒fractionation of authentic samples, wherein the method was utilized to verify the expression of duplicated genes for aminoacyl‒tRNA synthetases in the genomes of H. auratiacus and H. geysericola. Furthermore, the method was employed to determine the expression of genes for carrier proteins and homologues of aminoacyl‒tRNA synthetases in the genomes of the bacteria A. fabrum, B. diazoefficiens, B. thuringiensis 4AJ1 and 4CC1 as well as to analyse the expression of genes that show synteny with genes for carrier proteins and homologues of aminoacyl‒tRNA‒synthetases
Young's lattice
No full textOvaj rad bavi se područjem algebarske kombinatorike. Točnije, fokus je usmjeren na Youngovu rešetku, odnosno skup particija prirodnih brojeva zajedno s odgovarajućim parcijalnim uređajem. U radu su predstavljeni Youngovi dijagrami kojima se prikazuju particije prirodnih brojeva te se proučavaju posebni podskupovi skupa particija i njihova svojstva. Korištenjem koncepta -binomnih koeficijenata istražuju se neka svojstva Youngove rešetke. Razmatraju se brojna svojstva i rekurzivne relacije koje zadovoljavaju -binomni koeficijenti, uključujući simetriju i unimodalnost, a dane su i mnoge kombinatorne interpretacije -binomnih koeficijenata. Također, istražuju se Hasseove šetnje u Youngovoj rešetki čija važnost leži u tome što je skup svih permutacija konačnog skupa ekvipotentan sa specifičnim podskupom skupa Hasseovih šetnji. Koncept koji se nadovezuje na Youngovu rešetku su Youngove tablice, važan alat u teoriji reprezentacija simetrične grupe. U radu je također opisan algoritam RSK koji uspostavlja bijekciju između permutacija konačnog skupa i uređenih parova standardnih Youngovih tablica istog oblika.The area of interest in this thesis is algebraic combinatorics. The focus is directed towards the analysis of Young's lattice, that is, the set of partitions of natural numbers together with the corresponding partial order. In the thesis, Young's diagrams which represent partitions of natural numbers are presented and special subsets of the set of partitions and their properties are studied. Using the concept of -binomial coefficients, some properties of Young's lattice are investigated. Numerous properties and recursive relations for -binomial coefficients are discussed, including symmetry and unimodality, and many combinatorial interpretations of -binomial coefficients are given. Also, Hasse walks in Young's lattice are discussed. The importance of Hasse walks lies in the fact that the set of all permutations of a finite set is equipotent with a specific subset of the set of Hasse walks. A concept related are Young tableaus, an important tool in the representation theory of the symmetric group. The thesis also gives a description of the RSK algorithm that establishes a bijection between permutations of a finite set and pairs of standard Young tableau of the same form
It's account for simple processes with jumps
No full textU ovom radu proučavamo Itov račun, proširujući teoriju s klasičnog integratora, Brownovog gibanja, na jednostavne procese sa skokovima. U uvodnim poglavljima bavimo se jednom od osnovnih klasa slučajnih procesa sa skokovima - Poissonovim procesom i složenim Poissonovim procesom, a uz to navodimo i dokazujemo neka od njihovih svojstava koja će nam biti korisna u daljnjim razmatranjima. Nakon toga uvodimo tipične pojmove teorije Itovog računa, ali obzirom na složeni Poissonov proces. Bavimo se Itovim integralom i njegovim svojstvima te Itovom formulom, a na kraju tog poglavlja dajemo kratak osvrt na procese beskonačne aktivnosti, koji predstavljaju generalizaciju dosad uvedenih procesa sa skokovima. U četvrtom poglavlju izdvajamo neke od stohastičkih diferencijalnih jednadžbi sa skokovima te njihova rješenja koja mogu poslužiti u modeliranju tržišnih povrata. Konačno, u zadnjem poglavlju bavimo se za procese Girsanovljevim teorem za procese sa skokovima, jednim od najvažnijih teorema stohastičkog računa, koji opisuje ponašanje slučajnih procesa prilikom zamjene mjere. Podsjećamo se tog teorema za Brownovo gibanje, a zatim ga navodimo za standardni i složeni Poissonov proces, uz neke korisne primjere vezane uz modeliranje diskontiranog procesa cijena u financijama.In this thesis, we take a look at Ito’s calculus, expanding the theory from the classic integrator, the Brownian motion, to jump processes. The introductory chapters are dedicated to the fundamental class of stochastic processes with jumps - the Poisson process and the compound Poisson process. We present and prove some of their basic properties, which are useful in our further analysis. Furthermore, we introduce some basic concepts of Ito’s calculus, with respect to the compound Poisson process. Ito’s integral and its properties are examined, along with Ito’s formula and, in the end, we give a short overview of infinity activity processes. These processes are a generalization of the processes we have studied up to that point. In the fourth section, we take a look at stochastic differential equations with jumps and their solutions, which serve as a great tool to model market returns. We conclude the thesis by introducing the Girsanov theorem for jump processes, which is one of the most important results of stochastic calculus. It describes the behaviour of stochastic processes under changes of measure. We remind ourselves of the Girsanov theorem for Brownian motion, and then we state the theorem for standard and compound Poisson processes. Finally, we give some useful examples regarding the modeling of discount prices of financial instruments
Electron between an impurity and conduction band
No full textDiplomski rad opisuje pristup problemu lokaliziranih stanja iona u poluvodiču koji je prvi put predložen u članku K. A. Kikoin, V. N. Flerov: „Struktura elektrona i funkcija distribucije lokaliziranih stanja u Andersonovom modelu. Dielektrična faza (1979.)“. Zbog nekonzistentnosti u dotadašnjim pristupima koje su u članku objašnjene, predlaže se taj pristup koji ravnopravno tretira elektrone na nečistoći i one u vrpci. Kanonskom transformacijom dobije se efektivni hamiltonijan koji je za poluvodičku fazu moguće tretirati aproksimativno bez nekonzistentnosti karakterističnih za pristup molekularnog polja.Diploma thesis describes an approach to a problem of localized states of ions in semiconductors that was first proposed in the article K. A. Kikoin, V. N. Flerov: „Electron structure and distribution function of localized states in the Anderson model. The dielectric phase (1979.)“. Because of inconsistencies in previous approaches, that are explained in the article, this approach suggests treating electrons on impurity and those in a band equally. Using canonical transformation effective Hamiltonian is obtained that can, for semiconducting phase, be treated approximately without inconsistencies characteristic for molecular field approach
Geometric techniques for finding pseudo-cliques in a graph
No full textU ovom diplomskom radu bavili smo se problemom pronalaženja klika u grafovima. Implementirani algoritam rješava problem korištenjem geometrijskog pristupa. Ideja algoritma je bila sortirati udaljenosti vrhova grafa od neke određene točke iz koje iščitamo kliku, a njezinom maksimizacijom dobijemo traženu maksimalnu kliku u grafu. Na početku smo naveli pojmove koje koristimo u radu, a zatim smo na skupu vrhova grafa definirali metriku te smo izometrički uložili graf u euklidski prostor. Naš algoritam smo proveli na 17 primjera uz različite veličine grafova, različite vjerojatnosti bridova i različite veličine klika. Za sve generirane primjere algoritam je uspješno pronašao klike, iako veličine klika nisu bile znatno veće od očekivanih.This thesis is concerned with finding cliques in graphs. We present a solution to this problem by developing a geometric approach. Given a graph , we construct a finite metric space and consider an isometric embedding of into . Using the properties of the embedded object, we construct a suitable order on , that enables us to find large cliques efficiently, and these can easily be extended to either maximal cliques or pseudo-cliques. After introducing the necessary mathematical objects and notions, we give a detailed description of our method. We test our algorithm on 17 random matrices of various sizes and properties. The largest maximal clique has been successfully detected in each case, although its size was only slightly larger than expected
Perspectives, trends and the future of agricultural development in Koprivnica - Križevci County
No full textPoljoprivreda je gospodarska grana od velike važnosti za stanovništvo nekog prostora. U diplomskom radu je napravljena analiza važnih faktora na prostoru Koprivničko – križevačke županije koji determiniraju razvoj poljoprivrede. Analizirani su izabrani prirodnogeografski elementi (reljef, tlo, klima i hidrografska mreža na razini županije), a demogeografska analiza je provedena na razini jedinica lokalne samouprave. Cilj ovog diplomskog rada je istražiti perspektive i trendove budućeg razvoja poljoprivrede na području Koprivničko – križevačke županije na temelju odabranih i navedenih sastavnica prostora. U prvom dijelu rada iznose se rezultati statističke analize obilježja prostora i stanovništva, dok su u nastavku rada prikazani odabrani pokazatelji trenutnog stanja poljoprivrede u Koprivničko – križevačkoj županiji. Zatim, analizom intervjua i statističkih podataka dobiven je uvid u prednosti i nedostatke razvoja poljoprivrede u istraživanom prostoru, a pomoću njih se došlo do zaključka i pretpostavki njezinog budućeg razvoja u Koprivničko - križevačkoj županiji.Agriculture is an economic branch of great importance for the population of an area. This diploma thesis consists of an analysis of several important factors in the area of Koprivnica - Križevci County that determine the development of agriculture. The chosen natural-geographic elements of relief, soil, climate and hydrographic network were analyzed at the county level, while the demogeographical analysis was carried out at the level of local selfgovernment units. The aim of this diploma thesis is to investigate the perspectives and trends of the future development of agriculture in the area of Koprivnica - Križevci County based on the selected and already mentioned components of the area. In the first part of the thesis, the results of the statistical analysis of the characteristics of the area and the population are presented, while in the rest of the paper, selected indicators of the current state of agriculture in Koprivnica - Križevci County are presented. Then, through the analysis of interviews and statistical data, an insight into the advantages and disadvantages for agricultural development of the investigated area was obtained, and with the help of which the conclusion and assumptions of the future development in Koprivnica - Križevci County were reached
Prostorno-vremenska varijabilnost kopnenih i vodenih zajednica povremenih tekućica dinarskog krša (DinDRY)
No full textPrema trenutnom stanju u istraživanju, povremene tekućice, slabo prepoznate i od strane ekologa i vodnog gospodarstva, među najslabije su istraženim slatkovodnim ekosustavima, osobito u dinarskoj regiji. To su hidrološki vrlo dinamični i složeni slatkovodni ekosustavi u kojima voda sezonski prestaje teći i oni presušuju. Nestalnost protoka, vidljiva u ciklusima presušivanja i ponovne uspostave toka, glavni je pokretač ekoloških procesa u povremenim tekućicama. Ona uzrokuje izmjenu akvatičkih i terestričkih faza, podržavajući mozaik lotičkih, lentičkih i kopnenih staništa. Stoga organizmi povremenih tekućica, prilagođeni na velike poremećaje, čine akvatičke, semiakvatičke i terestričke zajednice. One se izmjenjuju, koegzistiraju i nalaze u međusobnoj interakciji u prostoru i vremenu te imaju velik obrtaj vrsta. S obzirom na to, cilj ovog projekta je unaprijediti naše poznavanje povremenih tekućica putem: I) razumijevanja uzoraka bioraznolikosti u zajednicama akvatičkih i terestričkih beskralježnjaka povremenih tekućica, te II) otkrivanja uzoraka disperzije akvatičkih i terestričkih svojti u zajednicama povremenih tekućica. Ovi ciljevi će biti ostvareni istovremenim uzorkovanjem akvatičkih i terestričkih zajednica te povezivanjem ekološkog i molekularno genetičkog pristupa kako bi se ustanovili putevi rekolonizacije. Otkrivajući razlike u strukturi i sastavu zajednica između netaknutih i antropogeno utjecanih povremenih tekućica, projekt DinDRY će znatno povećati poznavanje uzoraka bioraznolikosti i potencijalnih ugroza za ove ekosustave. Također će pružiti prvi uvid u obrasce disperzije i funkcionalne raznolikosti specijalista za povremene tekućice. Temeljem prikupljenog znanja, DinDRY ima za cilj pružiti znanstvenu podlogu za metodologiju biološke procjene stanja, uzimajući u obzir i vodene i kopnene svojte. To će biti od iznimne važnosti za razvoj holističkog pristupa zaštiti i upravljanju ovim osjetljivim ekosustavima
Stohastičke aproksimacije malog ranga i primjene na parametarski ovisne probleme -RandLRAP
No full textTehnike aproksimacije multilinearnim formama niskog ranga okosnica su mnogih modernih aplikacija koje se temelje na podacima. Takve aplikacije koriste se od analize sigurnosti i robusnosti inženjerskih problema, preko testiranja stabilnosti u financijskim aplikacijama do općih pitanja znanosti o podacima u primjenama od društvenog značaja. Proučavat ćemo teorijske i praktične aspekte ovog problema. Kao prototipove razmatrat ćemo dinamičke sustave u prisutnosti nesigurnosti. Vrijednosti od interesa su srednja vrijednost, varijanca i vjerojatnost prekoračenja za polje rješenja. Glavni izazov u proučavanju tih problema je pobijediti tzv. prokletstvo dimenzionalnosti (eksponencijalno povećanje računalnog napora s povećanjem broja parametara koji se uzorkuju). Usredotočit ćemo se na familiju problema za parcijalne diferencijalne jednadžbe ovisne o parametrima te ćemo razviti i analizirati robusne i učinkovite numeričke metode za njihovo rješavanje. Temeljna računska zadaća je numerička analiza rezolvente problema. Glavni alati koje koristimo je uzorkovanje u prostoru slike matrice, koje se temelji na maxvol algoritmu, i metode redukcije dimenzije modela aproksimacijom formom malog ranga. Ovaj projekt ćemo iskoristiti i za postavljanje temelja za razvoj istraživačke skupine u Hrvatskoj koja će se baviti matematičkim aspektima znanosti o podacima. Kao temelj iskoristiti naše iskustvo u numeričkoj linearnoj algebri i numeričkoj teoriji operatora u kontekstu proučavanja višeskalnih problema svojstvenih vrijednosti s primjenama na termo akustici i fotoničkim kristalima
CORRELATION OF BDNF, IL-6 AND OXIDATIVE STRESS MARKERS IN DEMYELINATING DAMAGE
No full textBDNF, IL-6 i biljezi oskidacijskog stresa nedvojbeno imaju utjecaj na demijelinizacijski proces umultiploj sklerozi. Točni mehanizmi utjecaja na upalnu i neurodegenerativnu fazu nisu upotpunosti razjašnjeni. U ovo istraživanje je uključeno 60 ispitanika (19 muških i 41 ženskih)koji zadovoljavaju kriterije relapsno remitentne multiple skleroze (RRMS), i 66 zdravihkontrola (24 muških, 42 ženskih). Srednja dob oboljelih i zdravih je 43,5 godina. Iz krviispitanika određena je razina neurotrofina BDNF-a (proBDNF i mBDNF) i IL-6 ELISA testom,a biljega oksidacijskog stresa (MDA, GSH, katalaze i karboniliranih proteina)spektrofotometrijskom metodom, te ih se dodatno koreliralo s brojem demijelinizacijskihT1,T2/FLAIR i gadolinij imbibirajućih lezija. Utvrđena je i korelacija omjera navedenihfizioloških parametara sa stupnjem onesposobljenosti (EDSS), kognitivnim (MoCA test) idepresivnim deficitom (BDI-II upitnik). Dokazana je statistički značajna (P<0,001) negativnakorelacija serumskih razina biljega oksidacijskog stresa glutationa (GSH) na razvoj kognitivnihpromjena ispitanika s RRMS-om ispitanih MoCA testom. Ovo je prvo istraživanje ispitanika sRRMS-om temeljeno na istraživanju serumske razine glutationa na stupanj kongitivnogoštećenja ispitanog MoCA testom. Na razvoj kognitivnih promjena u ovom istraživanjuverificiranih MoCA testom, je statistički pozitivno značajno utjecao broj MR lezija(T1,T2,FLAIR) stupanj depresije, stupanj neurološke onesposobljenosti verificirane EDSSskalom, dob, te vrijednosti GSH. Ispitanici s višim vrijednostima MoCA testa su bili mlađi,imali manji stupanj neurološke onesposobljenosti, bili manje depresivni i imali su manjevrijednosti glutationa i manje demijelinizacijskih lezija na MR-u. Glutation bi mogao bitipotencijalni biljeg progresije kognitivnog deficita kod bolesnika s RRMS-om.BDNF, IL-6 and oxidative stress markers have a distinct role on the process of demyelination in multiple sclerosis. Distinct mechanisms of influence on inflammatory and neurodegenerative phase are not clarified. 60 subjects meeting the criteria for RRMS (19 men and 41 women) and 66 healthy control subjects (24 men, 42 women) were included in the study. The average age of patients and healthy people is around 43,5 years. The levels of the neurotrophin BDNF (proBDNF and mBDNF) and IL-6 were determined from the blood of the subjects by an ELISA test and oxidative stress markers (MDA, GSH, catalase and carbonylated proteins) were determined from subjects by the spectrophotometric method and correlated with the number of demyelinating T2/FLAIR lesions and gadolininium enhanced lesions. The correlation of the ratio of the mentioned physiological parameters with the degree of disability (EDSS), cognitive (MoCA test) and depressive deficit (BDI-II questionnaire) was determined. A statistically significant (P<0.001) negative correlation of serum markers of oxidative stress levels of glutathione (GSH) on the development of cognitive changes in subjects with RRMS tested with the MoCA test was shown. This is the first study of subjects with RRMS that performed the mentioned research of serum glutathione levels on the degree of congitive damage tested by the MoCA test. The development of cognitive changes in this study, verified by the MoCA test, was statistically significantly influenced by the positive number of MR lesions (T1, T2, FLAIR), degree of depression, EDSS, age, and GSH values. Subjects with higher MoCA test values were younger, had a lower degree of neurological disability, were less depressed and had lower glutathione values and fewer demyelinating lesions on MRI. Glutathione could be a potential marker of cognitive deficit progression in patients with RRMS
HOME RANGE AND HABITAT CHOICE OF THE COMMON TERN (Sterna hirundo Linnaeus, 1758) DURING BREEDING SEASON NEAR ZAGREB
No full textCrvenokljuna čigra (Sterna hirundo Linnaeus, 1758) gnijezdi se u Hrvatskoj, često
kolonijalno, na šljunkovitim i kamenitim otočićima duž Jadrana te u porječju Save i Drave.
Najveće su kolonije ove vrste u Hrvatskoj kontinentalne, no te se populacije danas zbog
ljudskoga pritiska gotovo u potpunosti gnijezde na umjetnim staništima. U sklopu ove
disertacije, u trima znanstvenim publikacijama istraženi su odabir staništa kontinentalne
populacije crvenokljune čigre i njihovo kretanje među kolonijama pomoću GPS-UHF uređaja
za praćenje. Utvrđena su područja hranjenja crvenokljunih čigri koje se gnijezde u okolici
Zagreba, od kojih je najvažnije područje Save kod Hrušćice. Potvrđena je preferencija ptica
koje se gnijezde na koloniji Siromaja 2 za hranjenje na plićim dijelovima rijeke. Prvi put
dokumentirano je izviđanje odraslih ptica tijekom aktivnoga gniježđenja. Rezultati su ovoga
istraživanja korisne spoznaje i smjernice za pozicioniranje umjetnih gnjezdilišta, aktivnosti
restauracije riječnih ekosustava i procjenu utjecaja zahvata na crvenokljune čigre.The Common Tern (Sterna hirundo Linnaeus, 1758) breeds, often colonially, in Croatia
on gravelly and rocky islands along the Adriatic Sea and along the Sava and Drava rivers. The
largest colonies in Croatia are found inland in freshwater habitats, but due to human pressure
these populations today breed almost exclusively on artificial sites. In this dissertation,
represented by three scientific publications, the habitat selection and movements of an inland
Common Tern population was investigated using GPS-UHF tracking devices. The area used by
Common Terns breeding near Zagreb was identified, the most important of which was the area
of Sava near Hrušćica. A preference of birds which bred at the Siromaja 2 colony was
established for foraging on shallow parts of the river. Prospecting of actively breeding adult
birds was documented for the first time. The results of this study provide useful insights and
guidance for the positioning of artificial breeding grounds, river ecosystem restoration
activities, as well as for assessing the impact of interventions in habitats of Common Terns