12064 research outputs found
Sort by
Microcanonical approach to barometric formula
No full textBarometrijska formula opisuje promjenu tlaka zraka s visinom. Cilj ovog rada je izvesti barometrijsku formulu mikrokanonskim formalizmom primjenjenog na sustav idealnog plina koji se nalazi u termalnoj ravnoteži u homogenom gravitacijskom polju. Rad u mikrokanonskom formalizmu zahtjeva korištenje metoda integracije u više dimenzionalnom prostoru nužnim za izvrijednjivanje različitih opservabli.The barometric formula describes the change in the air pressure with height. The aim of this paper is to obtain the barometric formula by microcanonical formalism applied to a system of ideal gas in termal equilibrium located in a homogeneous gravitational field. Working in microcanonical formalism requires the use of methods of integration in the multidimensional space necessary for the evaluation of various observations
Comparison between phase-space sampling from the harmonic and the anharmonic Wigner distribution
No full textTullyjeva metoda preskakanja ploha s najmanje obrata popularna je metoda za simuliranje fotokemijskih procesa. Prvi korak metode je uzorkovanje faznog prostora jezgara u osnovnom elektronskom stanju, a način uzorkovanja može imati veliki utjecaj na rezultate. Još uvijek ne postoji jednostavna i računalno nezahtjevna metoda uzorkovanja faznog prostora koja uključuje i efekte anharmoničnosti i kvantne efekte jezgara te se često uzorkuje iz harmoničke Wignerove distribucije. U ovom je radu predstavljena metoda uzorkovanja faznog prostora jezgara iz anharmoničke Wignerove distribucije dobivene iz valnih funkcija koje su rezultat proračuna vibracijske teorije samousklađenog polja. Izrađeni su programi za proračune te uzorkovanje faznog prostora iz navedene Wignerove distribucije. Metoda je testirana na cikličkom dimeru mravlje kiseline, malonaldehidu i metil-hidroperoksidu, a rezultati su uspoređeni s onima dobivenim uzorkovanjem iz harmoničke Wignerove distribucije.Tully's fewest-switches surface hopping is a popular method for simulating photochemical processes. The first step of the method is sampling the phase space of the nuclei for a system in the ground electronic state and the choice of the sampling method can greatly affect the results. There is still no computationally cheap and simple to use phase space sampling method which includes both the nuclear quantum effects and the effects of anharmonicity, and sampling from the harmonic Wigner distribution is still a common method of choice. The method introduced in this work samples from an anharmonic Wigner distribution which is obtained from vibrational self-consistent field wavefunctions. Programs for vibrational self-consistent field calculations and sampling from said Wigner distribution were created. The method was tested on cyclic formic acid dimer, malonaldehyde and methyl-hydroperoxide and the results were compared to those obtained by sampling from the harmonic Wigner distribution
Regular black holes
No full textIstraživanje regularnih crnih rupa važno je kako bismo razumjeli konačno stanje gravitacijskog kolapsa zvijezda. Kriteriji koje regularna crna rupa treba ispuniti su konačnost invarijanti zakrivljenosti i zadovoljenje energijskih uvjeta. Proučeno je nekoliko primjera crnih rupa s de Sitterovom jezgrom te Simpson-Visserovo prostorvrijeme. Fizikalna interpretacija regularnih crnih rupa moguća je uz nelinearna elektromagnetska polja, ali postoje ograničenja kao što je odsustvo električnog naboja. Pomoću inverznog inženjerstva NLE lagranžijana za regularne crne rupe, Bardeenovo prostorvrijeme reinterpretirano je kao gravitacijsko polje magnetskog monopola. Postojanje singulariteta moguće je izbjeći i u modificiranim teorijama gravitacije koje sadrže korekcije s višim derivacijama. Prezentiran je konkretan primjer crne rupe koja ima regularne invarijante zakrivljenosti i konačno elektromagnetsko polje svuda.Research of regular black holes is important for understanding the final state of stellar gravitational collapse. The criteria for regular black holes are the boundedness of curvature invariants and the satisfaction of energy conditions. Several examples of black holes with a de Sitter core and the Simpson-Visser spacetime have been examined. A physical interpretation of regular black holes is possible through nonlinear electromagnetic fields, although there are limitations, such as the absence of electric charge. Using Lagrangian reverse engineering for regular black holes, the Bardeen spacetime has been reinterpreted as the gravitational field of a magnetic monopole. The existence of singularities can also be avoided in modified theories of gravity that include higher-derivative corrections. A specific example of a black hole with regular curvature invariants and a finite electromagnetic field everywhere is presented
The effects of point mutations in the antiCas gene and the HtpG protein on CRISPR-Cas system activity in Escherichia coli
No full textSustav CRISPR-Cas je prokariotski adaptivni obrambeni mehanizam protiv stranih genetičkih elemenata kao što su plazmidi i bakteriofagi. Ovaj sustav sastoji se od lokusa CRISPR koji sadrži segmente strane DNA (razmaknice) okružene palindromskim ponavljanjima te pridruženih gena cas koji sudjeluju u svim fazama obrane. Regulacija sustava CRISPR-Cas je kompleksna i nije još u potpunosti razjašnjena, a najviše je istražena u bakteriji Escherichia coli soja K-12. Neki od poznatih regulatora sustava CRISPR-Cas u bakteriji E. coli su šaperon HtpG, transkript antiCas i temperatura. U ovom radu istražen je utjecaj transkripta antiCas i njegovih točkastih mutanata u obrani bakterija od infekcije fagom λvir kada su nadeksprimirani s plazmida na 31°C. Osim toga, istražen je utjecaj nedostatka transkripta antiCas na aktivnost sustava CRISPR-Cas pri infekciji bakterija fagima na temperaturama od 31°C, 34,5°C te 37°C. Dobiveni rezultati ukazuju na negativan utjecaj transkripta antiCas i njegovih mutanata na aktivnost sustava CRISPR-Cas samo kad su eksprimirani u suvišku. Nadalje, pokazano je da transkript antiCas nema utjecaj na temperaturno ovisnu imunost bakterija na infekciju fagima, već da ona ovisi jedino o pomaku aminokiseline Trp-406 u proteinu Cas3.The CRISPR-Cas system is a prokaryotic adaptive defense mechanism against foreign genetic elements such as plasmids and bacteriophages. This system consists of a CRISPR locus containing fragments of foreign DNA (spacers) surrounded by palindromic repeats, and the associated cas genes involved in all phases of defense. The regulation of the CRISPR-Cas system is very complex and not yet fully understood, and it has mainly been studied in the Escherichia coli strain K-12. Some of the known regulators of the CRISPR-Cas system in E. coli are the chaperone HtpG, the antiCas transcript, and temperature. In this study, the influence of the overexpression of the antiCas transcript and its point mutants from the plasmid on the defense of bacteria against λvir infection at 31°C was investigated. Also, the effect of the lack of the antiCas transcript on the activity of the CRISPR-Cas system against phage infection was investigated at temperatures of 31°C, 34.5°C, and 37°C. The obtained results indicate that the antiCas transcript and its mutants have a negative role on the activity of the CRISPR-Cas system only when they are overexpressed. Furthermore, it was shown that the antiCas transcript has no effect on the temperature-dependent immunity of the bacteria against phage infection, but that this depends only on the shift of the amino acid Trp-406 in the Cas3 protein
Molecular-phylogenetic analysis of Palaearctic species of the genus Limnius (Coleoptera: Elmidae)
No full textRod Limnius Illiger, 1802 pripada porodici vodenih kornjaša Elmidae (hrv. slapoljubi). Do sada je
unutar roda Limnius opisano 14 vrsta rasprostranjenih u palearktičkom području, a preliminarne
molekularne analize ukazuju na složene sistematske odnose unutar ovoga roda koji zahtijevaju
dodatna istraživanja. U sklopu ovog rada odredila sam filogenetske odnose između vrsta unutar
roda Limnius za uzorke prikupljene u zapadno-palearktičkoj regiji upotrebom mitohondrijskog
gena COI te nuklearnih gena ArgK, H3, CAD i ITS1. Za pojedinačne markere kao i za kombinacije
setova markera su konstruirana filogenetska stabla raznim filogenetskim metodama. Rezultati su
uglavnom usporedivi između upotrijebljenih setova podataka, no najbolju rezoluciju daje
kombinirani set svih molekularnih markera. Dobiveni rezultati potvrđuju prethodne filogenetske
hipoteze temeljene na morfologiji o bliskim odnosima vrsta L. volckmari / L. intermedius, L.
muelleri / L. satanus, L. opacus / L. subopacus i L. perrisi / L. colchicus, no odnosi između
pojedinih skupina vrsta nisu sa sigurnošću potvrđeni. Također, rezultati ukazuju na postojanje
određenih kompleksa vrsta kao i neopisanih (kriptičnih) vrsta unutar ovoga roda. Ovo istraživanje
daje važan doprinos poznavanju sistematike unutar roda Limnius i predstavlja osnovu za buduća
sveobuhvatna taksonomska i filogenetska istraživanja upotrebom integrativnog pristupa.The genus Limnius Illiger, 1802 belongs to the family of aquatic beetles Elmidae (riffle beetles).
So far, 14 species distributed in the Palearctic region have been described within the genus, and
preliminary molecular analyzes indicate complex systematic relationships that require additional
research. In this work I determined the phylogenetic relationships between species within the genus
Limnius for samples collected in the Western Palearctic region using the mitochondrial gene COI
and the nuclear genes ArgK, H3, CAD and ITS1. Phylogenetic trees were constructed using various
phylogenetic methods for individual markers as well as for combinations of marker sets. The results
are mostly comparable between the data sets used, but the best resolution is provided using the
combined set of all molecular markers. The obtained results confirm previous phylogenetic
hypotheses based on morphology about the close relationships of the species L. volckmari / L.
intermedius, L. muelleri / L. satanus, L. opacus / L. subopacus and L. perrisi / L. colchicus, but the
relationships between the species groups have not been confirmed with certainty. Also, the results
indicate the existence of certain species complexes as well as undescribed (cryptic) species within
this genus. This research makes an important contribution to the knowledge of systematics within
the genus Limnius and represents the basis for future comprehensive taxonomic and phylogenetic
studies using an integrative approach
Perovskiti - strukture i svojstva
No full textU užem smislu, perovskitima se smatraju materijali opće formule ABX3 (X je anion, a A i B su odgovarajući anorganski kationi) čija je kristalna struktura usporediva s onom kalcijevog titanata CaTiO3. 1 U strukturama perovskita ABX3 moguće je u potpunosti ili djelomično provesti zamjenu kationa A i B na odgovarajućim položajima, čime se dobivaju materijali značajno različitih svojstava primjerice magnetskih i električnih u odnosu na polazne spojeve. Takvom parcijalnom zamjenom na A ili B položaju, perovskitne strukture mogu uključivati gotovo 90% elemenata periodnog sustava. 2 Upravo zbog iznimne kemijske i strukturne fleksibilnosti, kao i niza primjenjivih svojstava kojima se odlikuju, ovi se spojevi u posljednjih nekoliko desetljeća intenzivno istražuju
Effect of essential oils frommyrtle(Myrtuscommunis L.) and laurel (Laurus nobilisL.)on atherogenic indices inrats
No full textBolesti krvožilnog sustava (KVB) odgovorne su za približno 50% ukupne godišnje smrtnosti, međukojima je i ateroskleroza. Čimbenici rizika za KVB, uključujući dislipidemiju, hipertenziju, dijabetes, pušenje, infekcije i prekomjernu tjelesnu težinu uzrokuju oksidacijski stres koji oštećuje funkcijukrvožilnog endotela vodeći do kronične, progresivne, upalne bolesti karakterizirane stvaranjemzadebljanja (ateroma) u unutarnjim slojevima arterijske stijenke. Ljekovite biljke se koriste već tisućamagodina u narodnoj medicini za liječenje brojnih bolesti uključujući bolesti krvožilnog sustava. Cilj ovograda bio je istražiti mogućnost primjene esencijalnih ulja (EO) lovora (Laurus nobilis L.) i mirte (Myrtuscommunis L.) u zaštiti i liječenju bolesti krvožilnog sustava kroz praćenje težine životinja, antioksidacijskih, antilipidemijskih i aterogenih pokazatelja štakora. Rezultati pokazuju da intragastričnaprimjena EO lovora i mirte tijekom dva tjedna utječe na gubitak tjelesne težine štakora, smanjenjeglikolitičke aktivnosti i lipidnih parametara (kolesterol, trigliceridi, LDL-c, VLDL-c) te smanjenjeaterogenih pokazatelja vodeći zaštiti krvožilnog sustava. Jedan od čimbenika koji pridonosi zaštiti
krvožilnog sustava jest antioksidacijski potencijal EO lovora i mirte.Cardiovascular diseases (CVD) are responsible for approximately 50% of total annual mortality, amongwhich is atherosclerosis. Risk factors for CVD, including dyslipidemia, hypertension, diabetes, smoking, infections, and excess body weight cause oxidative stress that impairs vascular endothelial functionleading to a chronic, progressive, inflammatory disease characterized by the formation of thickening(atheroma) in the inner layers of the arterial wall. Medicinal plants have been used for thousands of yearsin folk medicine for the treatment of numerous diseases, including diseases of the circulatory system. Theaim of this work was to investigate the possibility of using essential oils (EO) of laurel (Laurus nobilis L.)
and myrtle (Myrtus communis L.) in the protection and treatment of cardiovascular diseases by monitoringthe weight of animals, antioxidant, antilipidemic and atherogenic parameters of rats. The results showthat
the intragastric application of laurel and myrtle EO for two weeks affects the loss of body weight inrats, the reduction of glycolytic activity and lipid parameters (cholesterol, triglycerides, LDL-c, VLDL-c) andthe reduction of atherogenic indicators leading to the protection of the cardiovascular system. One of thefactors that contributes to the protection of the circulatory system is the antioxidant potential of laurel andmyrtle E
Degradation of model misfolded proteins tGnd1, stGnd1 and NBD2* in glucose-starved yeast Saccharomyces cerevisiae
No full textHomeostaza proteina ključna je za funkcioniranje svih staničnih procesa. Jedan od osnovnih načina
održanja homeostaze proteina je razgradnja proteina sustavom ubikvitin-proteasoma, te procesom
autofagije. Dosad provedena istraživanja na stanicama kvasca Saccharomyes cervisiae uzgajanim
na mediju bogatom glukozom pokazala su da se modelni pogrešno smotani proteini NBD2*, tGnd1
i stGnd1 razgrađuju selektivno sustavom ubikvitin-proteasoma. Cilj ovog rada bio je ispitati dolazi
li u stanicama kvasca u uvjetima akutnog uskraćivanja glukoze do selektivne razgradnje pogrešno
smotanog modelnog proteina NBD2*. Osim toga, budući da je poznato kako gladovanje inducira
autofagiju, drugi cilj bio je ispitati je li za razgradnju pogrešno smotanih proteina tGnd1 i stGnd1
odgovorna autofagija. Rezultati su pokazali da se modelni pogrešno smotani protein NBD2* u
uvjetima akutnog uskraćivanja glukoze razgrađuje selektivno. Nadalje, rezultati pokazuju kako se
pogrešno smotani protein stGnd1 razgrađuje molekulskim putem neovisnim o autofagiji, za razliku
od pogrešno smotanog proteina tGnd1 koji se u navedenim uvjetima razgrađivao autofagijom.
Dobiveni rezultati pokazuju kako je moguće da se različiti pogrešno smotani proteini u uvjetima
akutnog uskraćivanja glukoze u stanicama kvasca razgrađuju različitim molekulskim putevima.Protein homeostasis is crucial for the functioning of all cellular processes. One of the fundamental
mechanisms for maintaining protein homeostasis is protein degradation through the ubiquitinproteasome system and the process of autophagy. Previous research conducted on Saccharomyces
cerevisiae yeast cells cultured in glucose-rich media has shown that the model misfolded proteins
NBD2*, tGnd1, and stGnd1 are selectively degraded by the ubiquitin-proteasome system. The aim
of this study was to investigate whether selective degradation of the model misfolded protein
NBD2* occurs in yeast cells under conditions of acute glucose deprivation. Additionally, since it
is known that starvation induces autophagy, another goal was to examine whether autophagy is
responsible for the degradation of misfolded proteins tGnd1 and stGnd1. The results demonstrated
that the model misfolded protein NBD2* is selectively degraded under conditions of acute glucose
deprivation. Furthermore, the results indicate that the misfolded protein stGnd1 is degraded
through a molecular pathway independent of autophagy, in contrast to the misfolded protein tGnd1
which was degraded by autophagy under the mentioned conditions. The obtained results suggest
that different misfolded proteins may be degraded through distinct molecular pathways in yeast
cells during acute glucose deprivation
Selection and evaluation of candidate reference genes for gene expression analysis in the brain of Podarcis lizards
No full textAgresivnost je oblik kompetitivnog ponašanja koji snažno utječe na odnose između jedinki i
vrsta. Izraženo agresivno ponašanje je primijećeno u odnosima jedinki vrsta Podarcis sicula
(primorska gušterica) i Podarcis melisellensis (krška gušterica) na otocima i kontinentalnim
dijelovima jadranske obale, gdje agresivnija P. sicula potiskuje P. melisellensis i smanjuje njen
areal. Poznata je uloga monoamina u inicijaciji agresivnog ponašanja, naročito dopamina,
serotonina i noradrenalina. Razlike u njihovim koncentracijama su u osnovi brojnih ponašanja i
odraz su diferencijalne ekspresije njihovih metaboličkih gena. Profiliranje ekspresije gena
pomoću RT-qPCR je robusna tehnika koja se sve češće koristi u neuroetološkim istraživanjima.
Preduvjet za RT-qPCR analize je određivanje i provjera optimalnih referentnih gena koji će
služiti za normalizaciju dobivenih rezultata. Cilj ovog diplomskog rada je analizirati stabilnost
ekspresije deset potencijalnih referentnih gena (ACTB, GAPDH, GUSB, HMBS, HPRT1, PGK1,
SDHA, TBP, TFRC i YWHA) i odabrati pet za buduće analize genske ekspresije, kao i
optimizirati temperature taljenja odabranih parova početnica i učinkovitost umnažanja ciljanih
sekvenci. Kao najstabilniji referentni geni su se pokazali: PGK1, YWHAZ, HMBS, HPRT1 i
GUSB.Aggression is a form of competitive behavior that strongly affects relationships between
individuals and species. Pronounced aggressive behavior was observed in the relationship
between the species Podarcis sicula (coastal lizard) i Podarcis melisellensis (karst lizard) on the
islands and continental parts of the Adriatic coast, where the more aggressive P. sicula
suppresses P. melisellensis and reduces its areal. The role of monoamines in the initiation of
aggressive behavior is already known; dopamine, serotonin and noradrenaline in particular. The
difference in their amounts is the basis of numerous types of behaviors and is a reflection of the
differential expression of their metabolic genes. Gene expression profiling using RT-qPCR is a
robust technique that is increasingly being used in neuroethological research. A prerequisite for
RT-qPCR analysis is the determination and validation of optimal reference genes that will serve
to normalize the obtained data. The aim of this thesis is to analyze the expression stability of ten
potential reference genes (ACTB, GAPDH, GUSB, HMBS, HPRT1, PGK1, SDHA, TBP, TFRC
and YWHA) and to select five for future gene expression analysis, as well as to optimize the
melting temperatures of the selected primer pairs and amplification efficiencies of target
sequences. The most stably expressed reference genes were determined to be: PGK1, YWHAZ,
HMBS, HPRT1 and GUSB
Morphological diversity of Balkan golden loach (Sabanejewia balcanica) in Croatia
No full textZlatni vijun (Sabanejewia balcanica) je vrsta koja pokazuje veliku morfološku varijabilnost u
odnosu na uvjete staništa na kojem obitava. Kako morfološka raznolikost zlatnog vijuna u
Hrvatskoj do sada nije dovoljno istražena, cilj ovog istraživanja bio je odrediti morfološke značajke
populacija zlatnog vijuna s 11 lokaliteta na rijekama dunavskog slijeva, te provjeriti postoje li
razlike među populacijama. Morfometrijske analize pokazale su se prikladnom metodom za
identifikaciju razlika među populacijama, dok se merističke nisu pokazale toliko korisnima.
Rezultati morfometrijskih analiza ukazali su na to da postoji varijabilnost između populacija i
grupiranje populacija koje su geografski blizu ili imaju slične ekološke uvjete staništa.
Najzanimljivije se pokazalo odvajanje populacije iz rijeke Save, uzorkovane pored Slavonskog
Broda, koja se značajno razlikovala prema većini analiziranih značajki i koja je svojim fenotipom
pokazala veliku sličnost s morfologijom vrste S. bulgarica. Morfološke značajke nisu dovoljne za
utvrđivanje statusa vrste, te je potrebno provesti detaljnu genetsku analizu istraživanih populacija
kako bi se moglo utvrditi radi li se o jedinkama zlatnog vijuna na čiji su drugačiji morfotip utjecali
ekološki uvjeti, ili je ipak potencijalno riječ o prisustvu nove vrste za hrvatsku ihtiofaunu.The golden loach (Sabanejewia balcanica) is a species that exhibits significant morphological
variability in response to habitat conditions. Since the morphological diversity of the golden loach
in Croatia has not been adequately researched, the aim of this research was to determine the
morphological characteristics of golden loach populations from 11 sites in the Danube basin rivers
and examine whether there are differences among populations. Morphometric analyses proved to
be a suitable method for identifying differences among populations, while meristic analyses were
not as useful. The results of morphometric analyses indicated that there is a variability among
populations and that the populations which are geographically close or have similar ecological
habitat conditions tend to cluster together. The most interesting result was the separation of the
population from the Sava River, sampled near Slavonski Brod, which significantly differed in most
analyzed traits and exhibited a phenotype with a strong resemblance to the morphology of the
species S. bulgarica. Morphological characteristics alone are insufficient to determine the species
status, and it is necessary to conduct a detailed genetic analysis of the studied populations to
determine whether the different morphotypes of the golden loach are influenced by the ecological
conditions or potentially represent the presence of a new species for the Croatian ichthyofauna