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Management of Glosses and Returns of the E.S.E Hospital San Juan de Dios of Santa Fe de Antioquia in the Second Half of 2024
No full textEl siguiente informe describe la gestión de glosas y devoluciones presentadas a la facturación de la E.S.E Hospital San Juan de Dios de Santa Fe de Antioquia durante el segundo semestre de 2024, con el propósito de identificar falencias en las áreas que intervienen en el proceso. La metodología fue descriptiva con enfoque cualitativo, complementada con análisis documental, además, se aplicó una encuesta dirigida a los 134 colaboradores administrativos y asistenciales, de los cuales sólo participaron 63, esta permitió evaluar la adherencia al manual institucional de gestión de glosas y devoluciones. Resultados: se evidenció que las objeciones alcanzaron un 25% del valor total facturado en el semestre. Entre las 48 Entidades Responsables de Pago (ERP) analizadas, COOSALUD EPS S.A. – Régimen Subsidiado y SOAT Mundial de Seguros presentaron el mayor número de glosas, principalmente por errores en la facturación, ausencia de soportes y cuestionamientos sobre la pertinencia médica. Mediante la aplicación de la encuesta se evidenciaron debilidades en la socialización de los contratos con las EPS y un desconocimiento generalizado de los procedimientos internos, en especial un mayor número de objeciones por pertinencia médica. Se identificó un número significativo de glosas no aceptadas en el área de ortopedia, asociadas a inconsistencias en la justificación clínica y técnica de los procedimientos. Finalmente, se formuló un plan de mejoramiento basado en los hallazgos relacionados con las glosas y devoluciones identificadas en la institución. Este plan propone una serie de acciones orientadas a fortalecer y optimizar los procesos administrativos y asistenciales, con el fin de reducir objeciones y mejorar la eficiencia en la gestión de facturación. Conclusión, el informe revela deficiencias en la adherencia institucional a los lineamientos de gestión de glosas, debilidad en la socialización contractual y escaso conocimiento del procedimiento interno. Las glosas por pertinencia médica en ortopedia reflejan una inadecuada aplicación de las guías clínicas. Ante este panorama, el plan de mejoramiento propuesto busca mejorar la eficiencia del proceso de facturación y contribuir a la sostenibilidad financiera de la institución.The following report describes the management of glosses and returns submitted to the billing of the E.S.E Hospital San Juan de Dios of Santa Fe de Antioquia during the second semester of 2024, with the purpose of identifying shortcomings in the areas involved in the process. The methodology was descriptive with a qualitative approach, complemented by documentary analysis. Also, a survey was conducted for the 134 administrative and support staff, of which only 63 participated; this allowed for the evaluation of adherence to the institutional manual for managing discrepancies and returns. Results: It was evident that the objections reached 25% of the total amount invoiced in the semester. Among the 48 Responsible Payment Entities ERP) analizadas, COOSALUD EPS S.A. – Régimen Subsidiado y SOAT Mundial de Seguros they presented the largest number of objections, mainly due to billing errors, lack of support documents, and questions about medical appropriateness. Through the application of the survey, weaknesses were evidenced in the socialization of contracts with the EPS and a widespread lack of knowledge of internal procedures, particularly a higher number of objections regarding medical relevance. A significant number of rejected claims were identified in the orthopedics area, associated with inconsistencies in the clinical and technical justification of the procedures. Finally, an improvement plan was formulated based on the findings related to the glosses and returns identified in the institution. This plan proposes a series of actions aimed at strengthening and optimizing administrative and assistance processes, in order to reduce objections and improve efficiency in billing management. Conclusion: the report reveals deficiencies in institutional adherence to guidelines for managing collections, weakness in contractual socialization, and limited knowledge of internal procedures. The glosses for medical relevance in orthopedics reflect an inadequate application of clinical guidelines. In light of this situation, the proposed improvement plan aims to enhance the efficiency of the billing process and contribute to the financial sustainability of the institution.EspecializaciónEspecialista en Auditoria en Salu
Sistema Automatizado para el Registro y Control de Pesaje de Vehículos Transportadores de Madera en Silvotecnia S.A.S. Semestre de Industria
No full textEste proyecto tiene como objetivo desarrollar un sistema automatizado para el registro y control de pesajes en tiempo real de vehículos transportadores de madera en la empresa Silvotecnia S.A.S., dedicada al manejo forestal sostenible (silvicultura). El sistema permitirá capturar y registrar el peso inicial (vehículo vacío) y final (vehículo cargado) mediante la integración de una báscula industrial conectada al computador a través del puerto COM. Con estos datos, se calculará automáticamente el peso neto transportado, información clave en los procesos logísticos y administrativos de la compañía. La solución contará con una interfaz gráfica de usuario, formularios estructurados para el ingreso de datos, impresión térmica automática de tiquetes de pesaje, autenticación de usuarios y almacenamiento seguro en bases de datos relacionales (Access y/o MySQL), incorporando validaciones para prevenir ingresos no autorizados y garantizar la trazabilidad por usuario; dicha base de datos podrá ser consultada por el usuario con el desarrollo de otro programa de consulta. El desarrollo se realizará en Python 3.9, utilizando herramientas como Visual Studio Code, com0com, y bibliotecas especializadas. Se seguirá una metodología iterativa compuesta por fases de análisis, diseño, implementación, pruebas y documentación final.This project aims to develop an automated system for real-time recording and control of weighings for wood-transporting vehicles at Silvotecnia S.A.S., a company dedicated to sustainable forest management (silviculture). The system will capture and record the initial weight (empty vehicle) and final weight (loaded vehicle) through the integration of an industrial scale connected to the computer via the COM port. Based on these data, the net transported weight will be automatically calculated, which is key information for the company’s logistical and administrative processes. The solution will include a graphical user interface, structured forms for data entry, automatic thermal printing of weight tickets, user authentication, and secure storage in relational databases (Access and/or MySQL). It will also incorporate validations to prevent unauthorized entries and ensure user-based traceability; in addition, the database can be queried through the development of a separate reporting application.
The system will be developed in Python 3.9, using tools such as Visual Studio Code, com0com, and specialized libraries. An iterative methodology will be followed, consisting of analysis, design, implementation, testing, and final documentation phases.Se debe tener conocimientos basicos de instalacion de programas para ejecutar el desarrollo como MySQL, Python, etc. Para la lectura de este trabajo debe saber nociones de programacion y logica, ademas de entender un poco de python y MySQL.PregradoIngeniero de Sistema
Producción de gas de síntesis a partir de la biomasa pinus patula. Semestre de Industria
No full textLa gasificación es un proceso termoquímico esencial para la conversión de biomasa en gas de síntesis (SynGas), el cual se emplea como insumo en la obtención de compuestos de alto valor agregado, tales como metanol, hidrógeno o energía eléctrica. En este estudio se plantea como objetivo la puesta en marcha y operación estable del sistema de gasificación VERANO I, evaluando la biomasa Pinus patula y la influencia de las condiciones operativas sobre la calidad del gas producido, medida a través de su poder calorífico inferior (Lower Heating Value, LHV). Para ello, se realiza una caracterización completa de la biomasa, considerando su composición química mediante análisis último, así como su contenido de humedad y poder calorífico mediante análisis próximo. Posteriormente, se lleva a cabo el proceso de gasificación en un reactor tipo Down Draft, donde se analiza la composición volumétrica del SynGas generado empleando un analizador de gases, este mide de manera continua el gas a la salida. Finalmente, se determina la eficiencia del proceso y, a partir de un diseño experimental, se estudia el efecto de las variables de entrada: la relación de equivalencia (ER) y el contenido de humedad de la biomasa. Debido a la dificultad para controlar este último parámetro, la humedad no se considera un factor significativo en el análisis. Con base en los perfiles de temperatura y los resultados de eficiencia, se proponen mejoras en el sistema de operación, particularmente en el encendido y en la etapa de acondicionamiento del gas. En este sentido, se plantea la sustitución del sistema de acondicionamiento térmico actual por un burbujeador, con el fin de optimizar la limpieza del gas, reducir la presencia de alquitranes y aumentar la eficiencia global del proceso.Gasification is a thermochemical process essential for converting biomass into synthesis gas (SynGas), which is used as an input in the production of high value-added compounds such as methanol, hydrogen, or electrical energy. The objective of this study is to commission and ensure the stable operation of the VERANO I gasification system, evaluating the impact of the use of Pinus patula biomass and operating conditions on the quality of the gas produced, measured by its lower heating value (LHV). To this end, a complete characterization of the biomass is carried out, considering its chemical composition through ultimate analysis, as well as its moisture content and calorific value through proximate analysis. Subsequently, the gasification process is carried out in a Down Draft reactor, where the volumetric composition of the SynGas generated is analyzed using a gas analyzer. Finally, the efficiency of the process is determined and based on an experimental design, the effect of the input variables is studied: the equivalence ratio (ER) and the moisture content of the biomass. Due to the difficulty in controlling the latter parameter, moisture is not considered a significant factor in the analysis. Based on the temperature profiles and efficiency results, improvements to the operating system are proposed, particularly in the ignition and gas conditioning stages. In this regard, the replacement of the current thermal conditioning system with a bubbler is proposed to optimize gas cleaning, reduce the presence of tars and increase the overall efficiency of the process.PregradoIngeniero Químic
Memorias confinadas. Evocaciones del recuerdo desde los archivos personales de mujeres privadas de su libertad en la Cárcel de Pedregal en Medellín
No full textEste estudio indaga y reflexiona sobre la evocación de la memoria con un grupo de mujeres que están privadas de su libertad en la cárcel de Pedregal en Medellín, conectado con el trabajo de los archivos y objetos personales que conservan en sus celdas y otros que son creados durante sus días en prisión; todos generan en ellas, una serie de emociones, sentimientos y recuerdos; además como las cartas, dibujos, pinturas, objetos son vías de comunicación y de información con familiares, amigos y demás personas e instituciones dentro del centro carcelario y fuera de él, generando vínculos afectivos, emotivos y circunstanciales donde se unen los recuerdos del pasado, los que están viviendo en la actualidad (presente) y los que se proyectan a futuro. Las fotografías, los objetos, las cartas que conservan las mujeres, se convierten en un elemento esencial para recordar a sus familias, a sus barrios, sus entornos de trabajo, de estudio; que habitaban antes de ser privadas de su libertad; por lo cual “cuando observamos una fotografía que no veíamos desde hace muchos años los personajes nos devuelven los sentimientos que hacia ellos teníamos, los olores, los sonidos, la frase que siempre se repetía o lo que nos hizo sufrir esa persona”
La creación de archivos personales en un entorno comunitario y en caso de esta investigación en un centro carcelario, se remite a información de diferentes actividades, situaciones de identidad, contexto social, político, cultural que se encuentran y crean relaciones específicas por periodos de tiempos, que están relacionadas o condicionadas por lugar y a la convivencia del grupo de mujeres durante el tiempo en prisión; en las cuales pueden surgir reflexiones y mensajes diferentes a los que se logran por ejemplo con los archivos de las víctimas del conflicto armado en Colombia.This study explores and reflects on the evocation of memory with a group of women deprived of their liberty in El Pedregal prison in Medellín. It is connected to the work involving archives and personal objects they keep in their cells, as well as others created during their time in prison. All of these generate a range of emotions, feelings, and memories. Additionally, letters, drawings, paintings, and objects serve as means of communication and sources of information with family members, friends, and other individuals or institutions both inside and outside the prison, creating emotional, affective, and circumstantial bonds
where past memories, present experiences, and future projections converge. The photographs, objects, and letters the women keep become essential elements for remembering their families, neighborhoods, and the environments where they studied or worked before being incarcerated. As Paz (2016, p. 54) notes, “when we look at a photograph we haven’t seen in many years, the people in it bring back the feelings we once had for
them—the smells, the sounds, the phrase that was always repeated, or what that person once made us suffer.”INTRODUCCIÓN--------------5
CAPÍTULO I SÍNTESIS DE UN PROYECTO EN CONTINUO
Marco teórico y conceptual------------9
Metodología---------------------------26
CAPÍTULO II MUJERES ENTRE MUROS: RELATOS DE CONFINAMIENTO Y ESPERANZA
Grupo poblacional--------------34
Formas en las que se conservan las memorias------------38
Objetos o elementos que conservan en sus celdas--------------42
Los archivos como vínculo: comunicación y resocialización------------48
El papel de la comunicación en la resocialización----------------49
El valor simbólico de los objetos y su impacto emocional----------------49
El impacto en la reintegración social--------------50
CAPÍTULO III TRAS LOS MUROS: VIDA, MEMORIA Y ARCHIVO
Taller 1: El álbum familiar y el universo de los afectos--------------55
Taller 2: Realidad virtual y reflexión sobre los archivos-----------58
Taller 3: La libertad de soñar----------------64
CAPÍTULO IV VISIBILIZAR MEMORIAS
Construcción de una narrativa para la creación del guion expográfico-----------73
Elección de objetos e historias de vida para el guion-------------73
Selección de información----------------73
Construcción del guion------------------74
• Motivación-----------------------74
• Propuesta estética------------------74
• Propuesta ética----------------77
• Propuesta de circulación y difusión de la exposición----------------80
CONCLUSIONES Y RECOMENDACIONES-------------------81
FUTUROS PROYECTOS-----------------84
REFERENCIAS---------------------85
ANEXOS------------88MaestríaMagíster en Ciencia de la Informació
Renormalization in Perturbative Quantum Field Theories: A View from Kenneth G. Wilson’s Approach
No full textThis work studies gauge theories from a mathematical formulation based on principal fiber bundles, from which the notions of connection and curvature are rigorously constructed, revealing the geometric origin of these theories. Their development is first addressed within the classical framework of fields, that is, prior to quantization, and then the idea of quantization is introduced from the perspective of the path integral, focusing on the perturbative framework, where the problem of redundancies naturally arises and is resolved through the Faddeev–Popov method. Finally, the perspective of Kenneth Wilson on quantum field theories is explored, allowing for the formulation of effective theories through the introduction of a cut-off, following the modern exposition of Kevin Costello.PregradoFísic
Análisis de costo-efectividad del tratamiento inyectable de acción prolongada CAVENUBA (Cabotegravir + Rilpivirina) en comparación con el tratamiento oral diario Dolutegravir + Emtricitabina + Tenofovir Disoproxil fumarato en pacientes adultos positivos VIH-1 en Colombia, desde la perspectiva del sistema de salud
No full textEl tratamiento antirretroviral ha transformado el manejo del VIH, permitiendo a los pacientes alcanzar una esperanza de vida comparable a la de la población general. Introducir CABENUVA (cabotegravir + rilpivirina), una formulación inyectable de acción prolongada, como alternativa a los regímenes orales diarios (DTG + FTC/TDF) podría mejorar la adherencia y reducir la mortalidad en Colombia, donde alrededor del 40% de las personas diagnosticadas aún no ha iniciado tratamiento y el 30% presenta cargas virales detectables. Objetivos: Evaluar la costó-efectividad de CABENUVA comparado con DTG + FTC/TDF en adultos con VIH-1, desde la perspectiva del sistema de salud colombiano, utilizando modelos de decisión que incorporen costos directos médicos y beneficios clínicos a largo plazo. Materiales y métodos: Se construyó un modelo de Márkov con un horizonte de 44 años, en el que los estados de salud se definieron según recuentos de linfocitos CD4+ y mortalidad. A partir de este modelo, se calcularon los años de vida ganados (AVG) y los costos asociados mediante microcosteo. Además, se llevaron a cabo análisis de sensibilidad determinístico y probabilístico aplicando una tasa de descuento anual del 5%. Resultados: CABENUVA demostró mayor efectividad (39,51 vs 6,82 AVG) pero con costo incremental de 103.811.961 COP por AVG. Esta RICE supera el umbral colombiano (1-3 PIB per cápita: 92.250.000). El análisis de sensibilidad demostró que el precio de CABENUVA es la variable más influyente en el resultado económico. Además, los costos asociados a eventos adversos fueron significativamente menores con CABENUVA (5.000 millones del comparador). Conclusión: Aunque CABENUVA ofrece ventajas clínicas positivas en efectividad y adherencia con perfil superior de seguridad, su elevado costo impide la recomendación universal. Se sugiere mantener DTG + FTC/TDF como primera línea, reservando CABENUVA para subgrupos específicos con mala adherencia o fallas terapéuticas múltiples, contingente a negociaciones de precio que mejoren su viabilidad económica en el contexto colombiano.Antiretroviral therapy has transformed HIV management, enabling patients to achieve a life expectancy comparable to that of the general population. Introducing CABENUVA (cabotegravir + rilpivirine), a long-acting injectable formulation, as an alternative to daily oral regimens (DTG + FTC/TDF) could improve adherence and reduce mortality in Colombia, where approximately 40% of diagnosed individuals have not yet started treatment and 30% have detectable viral loads. Objective: Evaluate the cost-effectiveness of CABENUVA compared to DTG + FTC/TDF in adults with HIV-1 from the perspective of the Colombian health system, using decision models that incorporate direct medical costs and long-term clinical benefits. Materials and methods: A Markov model with a 44-year horizon was constructed, with health states defined by CD4+ lymphocyte counts and mortality. From this model, life-years gained (LYG) and associated costs were estimated using microcosting. Additionally, deterministic and probabilistic sensitivity analyses were conducted applying a 5% annual discount rate. Results: CABENUVA demonstrated greater effectiveness (39.51 vs 6.82 QALYs), but resulted in an incremental cost of COP 103,811,961 per QALY. This ICER exceeds the Colombian cost-effectiveness threshold (1–3 GDP per capita: COP 92,250,000). Sensitivity analysis highlighted that the price of CABENUVA is the most influential variable on the economic outcome. Additionally, costs associated with adverse events were significantly lower with CABENUVA (COP 5,000 million for the comparator).
Discussion: Although CABENUVA offers positive clinical advantages in effectiveness and adherence with a superior safety profile, its high cost prevents universal recommendation. It is suggested to maintain DTG + FTC/TDF as first-line therapy, reserving CABENUVA for specific subgroups with poor adherence or multiple therapeutic failures, contingent on price negotiations that improve its economic viability in the Colombian context.Resumen 4
Abstract 6
Siglas, acrónimos y abreviaturas 8
Introducción 9
Metodología 11
Perspectiva y justificación 11
Horizonte analítico preliminar y justificación 12
Modelo de decisión 13
Insumos del modelo 16
Probabilidades 16
Costos 18
Análisis de sensibilidad y regla de decisión 19
Resultados 20
Análisis de sensibilidad determinístico 21
Análisis de sensibilidad probabilístico 22
Discusión 28
Conclusión 30
Referencias 31
Anexos 37EspecializaciónEspecialista en Evaluación Económica en Salu
Esfuerzos principales en almas de vigas en puentes construidos por voladizos sucesivos. Semestre de Industria
No full textLos puentes construidos por voladizos sucesivos han ganado relevancia en los últimos años, puesto que estos ofrecen una solución para salvar grandes luces sin apoyos intermedios. Las vigas cajón que constituyen estos puentes están sometidos a esfuerzos cortantes y normales, los cuales pueden ocasionar fisuras, comprometiendo la integridad y funcionalidad de la infraestructura, para evitar esto la normativa colombiana establece unos límites que los define como esfuerzos principales, sin embargo, se observa una falta de claridad técnica sobre los fundamentos de estas expresiones, por ello, este proyecto de prácticas busca revisar y analizar los principios estructurales y normativos que dan origen a dichas ecuaciones. La metodología incluirá una revisión bibliográfica de normativas tanto nacionales como internacionales, adicionalmente, se evaluarán los esfuerzos principales de un caso práctico de un Puente, con ello se espera proporcionar información valiosa, buscando contribuir en consideraciones que permitan mejorar los criterios en el diseño y durabilidad de este tipo de puentes.Bridges constructed using the balanced cantilever method have gained relevance in recent years, since they provide an effective solution for spanning large spans without the need for intermediate support. Box girders forming these bridges are subjected to normal and shear stresses, which may cause cracking, compromising the infrastructure’s integrity and functionality, to avoid this phenomenon the Colombian normative establish limits which classify these as principal stresses, however, it is observed a lack of technical clarity about the provision for these expressions, therefore, this practical project seeks to review and analyze the structural and regulatory principles that lead to these equations. The methodology will include a bibliographical overview of national and international regulations. Additionally, the principal stresses of a practical case will be evaluated, with this, it is expected to proportionate valuable information, seeking to contribute to the considerations that allow to improve the design criteria and durability of these types of bridges.PregradoIngeniero Civi
Documentar la chirimía del resguardo indígena de origen colonial de Cañamomo y Lomaprieta de Riosucio Caldas
No full textLa chirimía es una agrupación musical compuesta por tambores y otras percusiones, derivada de ese instrumento de lengüeta traído a América por conquistadores y colonizadores europeos, que, al caer en desuso por dificultades técnicas de interpretación y construcción, dio paso a las flautas traversas construidas de caña. Actualmente es una conformación musical de gran dispersión en el territorio colombiano y americano. Este trabajo se propone documentar la presencia actual de estas agrupaciones en el resguardo indígena de Cañamomo y Lomaprieta, su influencia en la tradición cultural del municipio de Riosucio Caldas y principalmente en la fiesta tradicional del carnaval.Investigación Etnográfica ParticipativaPregradoLicenciado en Músic
Pregnancy malaria by Plasmodium vivax
No full textEn la gestante, la infección plasmodial puede originar malaria asociada al embarazo y esta puede manifestarse o no en forma clínica (es decir con síntomas y signos), pero también puede ser asintomática (1).
Se estima que alrededor de 125 millones de mujeres residentes en áreas endémicas de malaria quedan embarazadas cada año (4) y que al menos 3 millones de estas mujeres desarrollan malaria (5). Las gestantes tienen mayor susceptibilidad a la infección plasmodial y esto puede explicarse por la combinación de los cambios fisiológicos, hormonales e inmunológicos asociados a la gestación. En zonas de alta transmisión, las primíparas, secundíparas y las gestantes menores de 20 años con cualquier paridad, presentan un riesgo aún mayor de infectarse y enfermarse gravemente (6,7). Hay mayor susceptibilidad a esta infección durante el primer e inicios del segundo trimestre del embarazo (8,9). [Tomado de: Definiciones y Epidemiología del paludismo gestacional]COL004744
Ensamblaje del genoma completo de Paracoccidioides restrepiensis con la tecnología de secuenciación de tercera generación Oxford Nanopore
No full textLos hongos constituyen un reino de organismos eucariotas con la capacidad de colonizar múltiples nichos ecológicos. Dentro de este grupo, los hongos dimórficos térmicos revisten una relevancia singular en salud pública, pues son agentes etiológicos de micosis sistémicas de considerable impacto clínico. El género Paracoccidioides destaca como causante de la paracoccidioidomicosis, una enfermedad endémica en países de América Latina, incluida Colombia. Dentro del género, la especie Paracoccidioides restrepiensis constituye la principal especie circulante en el territorio colombiano.
A pesar de los avances en la caracterización P. restrepiensis, la información genómica disponible permanece fragmentada, lo que obstaculiza una comprensión integral de su biología, evolución, mecanismos de patogenicidad y ayuda en la estandarización de pruebas diagnósticas moleculares.
La adopción reciente de tecnologías de secuenciación de tercera generación, como Oxford Nanopore, combinada con algoritmos bioinformáticos de alta eficiencia, ha permitido generar ensamblajes genómicos más completos y contiguos, superando las limitaciones inherentes de tecnologías de secuenciación de segunda generación.
En el presente trabajo se utilizó la tecnología de secuenciación de Oxford Nanopore para producir ensamblajes de alta calidad del genoma de P. restrepiensis. Este enfoque posibilitó la recuperación de regiones previamente ausentes, la mejora de la anotación génica y el robustecimiento del análisis filogenómico del patógeno. Los datos generados constituyen un recurso esencial para mejorar los genomas de referencia de este patógeno fúngico y el desarrollo de futuras investigaciones dirigidas a la elucidación de la arquitectura genómica, la identificación de variaciones genéticas entre aislamientos y el desarrollo de herramientas diagnósticas y terapéuticas más eficaces contra la paracoccidioidomicosis.Fungi constitute a kingdom of eukaryotic organisms capable of colonizing almost any ecological niche. Within this group, thermally dimorphic fungi hold relevance in public health, as they are etiological agents of systemic mycoses with considerable clinical and epidemiological impact. The genus Paracoccidioides stands out as the causative agent of paracoccidioidomycosis, an endemic disease in several Latin American countries, including Colombia. Within this genus, Paracoccidioides restrepiensis represents the main species circulating in the Colombian territory.
Despite advances in the characterization of P. restrepiensis, the available genomic information remains fragmented, hindering a comprehensive understanding of its biology, evolution, and pathogenic mechanisms.
The recent adoption of third-generation sequencing technologies, such as Oxford Nanopore, combined with highly efficient bioinformatic algorithms, has enabled the generation of more complete and contiguous genome assemblies, overcoming the inherent limitations of second-generation sequencing technologies.
In the present study, Oxford Nanopore sequencing technology was employed to produce highquality whole-genome assemblies of P. restrepiensis. This approach allowed the recovery of previously missing regions, the improvement of gene annotation, and the strengthening of the pathogen’s phylogenomic analysis. The generated data constitute an essential resource for refining the reference genomes of this fungal pathogen and for advancing future research aimed at elucidating genome architecture, identifying genetic variations among isolates, and developing more effective diagnostic and therapeutic tools against paracoccidioidomycosis.Resumen.......8
Abstract.........9
Planteamiento del problema..........10
Antecedentes..........11
Evolución histórica y taxonómica del género Paracoccidioides.......11
Epidemiología de Paracoccidioides spp. en América Latina........12
Genoma nuclear de Paracoccidioides spp. .........14
Genoma mitocondrial de Paracoccidioides spp. ..........17
Historia y desarrollo de las tecnologías de secuenciación de ADN.......18
Objetivos........21
Hipótesis de investigación........22
Pregunta de investigación.........22
Marco teórico..........23
Hongos patógenos..........23
Micosis endémicas y hongos dimórficos térmicos........24
Clasificación taxonómica de Paracoccidioides spp. .........26
Características microbiológicas y ecológicas de Paracoccidioides spp. ..........26
Paracoccidioides spp. como organismo patógeno.......27
Concepto de genómica y sus aplicaciones........28
Genómica en hongos...........30
Método de secuenciación de Sanger.........30
Secuenciación con Illumina.........32
Secuenciación con Oxford Nanopore Technology........35
Metodología......37
Selección de las cepas........37
Cultivo de hongos........37
Extracción de ADN........37
Control de calidad del ADN.........40
Preparación de librerías y secuenciación.........40
Control de calidad de las lecturas..........41
Ensamblaje, consenso y pulido de genomas nucleares.......41
Anotación de genes de genomas nucleares .......44
Mapeo in silico del operón ribosomal en P. restrepiensis.......45
Búsqueda de genes ortólogos........46
Análisis filogenómicos........47
Obtención de genomas mitocondriales........48
Resultados........50
Caracterización macroscópica de las cepas........50
Evaluación de la integridad y pureza del ADN extraído.......52
Evaluación de la calidad y características de las lecturas crudas obtenidas.......54
Características y métricas de los genomas ensamblados........57
Anotación y verificación de genes de genomas nucleares.......61
Identificación de genes ortólogos..........63
Resolución del operón ribosomal en P. restrepiensis.........65
Análisis filogenómicos........67
Ensamblaje y anotación de genes del genoma mitocondrial........68
Comparación de genomas mitocondriales.......71
Discusión........76
Criterios y consideraciones para la selección de las cepas.......76
Características e implicaciones biológicas de la variabilidad fenotípica macroscópica en P. restrepiensis....... 77
Rendimiento y limitaciones de la extracción de ADN en P. restrepiensis.......78
Ensamblaje y evaluación de la arquitectura del genoma nuclear........79
Anotación génica ab initio a partir de genomas ensamblados con lecturas largas .........82
Validación de la anotación génica ab initio y recuperación de secuencias proteicas previamente ausentes en cepas de P. restrepiensis ........84
Análisis de ortología revela una alta conservación génica en P. restrepiensis .......85
Alta resolución del operón ribosomal en P. restrepiensis ..........86
Resolución filogenómica mediante análisis de genomas completos y ortólogos.........87
Arquitectura del genoma mitocondrial de P. restrepiensis........88
Conservación y variabilidad estructural en los genomas mitocondriales de Paracoccidioides spp. .........89
Conclusiones.........92
Referencias........94Biologíamolecular de las MicosisCOL0000962MaestríaMagíster en Ciencias Básicas Biomédica