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Holobiont–holobiont interactions across host–ectoparasite systems
No full textInternational audienceHolobionts -hosts together with their resident microorganisms -provide a framework for studying life as a network of interdependent partners. Within host-ectoparasite holobionts, the dialogue between the two microbiomes offers powerful clues to ecological balance, disease dynamics and evolution. Because each holobiont is structurally and functionally compartmentalised, microbes exchanged at the interface can elicit highly local, niche-specific effects that ripple through the system. This review synthesises evidence for microbiota-to-microbiota interactions in four models: Varroa mite-honeybee, tick-vertebrate, bat fly-bat and mosquito-vertebrate pairs. In all cases, microbes move passively during feeding or contact, then colonise, replicate and modulate physiology and immunity, exerting a longer-lasting influence than transient biochemical cues. We further introduce the idea of indirect modulation, whereby abiotic or biotic factors act on a recipient holobiont through the intermediary of transferred microbes, underscoring the adaptive plasticity of holobiont networks. Bidirectional cross-talk forms self-reinforcing feedback loops that can redefine a microbe as pathogen, symbiont or immunomodulator, and tune its virulence according to context. These mechanisms shape disease transmission, resistance traits and the overall health of both partners. A deeper grasp of such cross-holobiont dynamics will pave the way for microbiota-based vaccines, targeted microbiome engineering and other innovative tools for human, veterinary and environmental health.</div
Artificial intelligence and infertility surgery
No full textInternational audienceRecent years have seen the growing integration of artificial intelligence (AI) into infertility surgery for both men and women. In andrology, AI optimises the selection of candidates for varicocele surgery, predicts the chances of success of testicular biopsies and automates sperm detection, improving accuracy and speed. In gynaecology, it personalises surgical indications (myomectomy, tubal surgery, endometriosis), assists robotic surgery through anatomical segmentation and image fusion, and promotes training through intelligent simulators. Benefits include better preoperative planning, real-time intraoperative guidance and postoperative analysis to anticipate complications and adapt follow-up care. Prospects are emerging for ‘learning’ and partially automated surgery, with personalised care thanks to predictive models and big data analysis. However, obstacles remain: data heterogeneity, high costs, the need for specialised training, and ethical and regulatory issues. AI appears to be a promising lever for more accurate, safer and more individualised reproductive medicine, provided that its adoption is regulated and well thought out
Myocardiopathie arythmogène du ventricule droit chez le Bulldog anglais : description électrocardiographique et clinique avant la mise en place de traitement antiarythmique chez 71 chiens
No full textArrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy (ARVC) has been largely described in humans and other species. For the canine species, the boxer is the more predisposed breed and provide the best animal model of the human disease. It is a genetic disease and the genetic mutations are responsible both in humans and dogs, for microscopic changes of the myocardial structure that eventually lead to fibro-fatty infiltration which represents a good anatomical arrhythmogenic substrate. This histological modification involves the most often the right ventricular myocardium and less the left ventricular or the atrial myocardium. This disease was discovered in English bulldogs (EB) in 2009 by Santilli and coll, who demonstrated the coexistence of myocardial fibro-fatty replacement of the right ventricular outflow tract and ventricular tachycardia and fragmented delayed potentials rising from the same heart site, by using, respectively, surface 12-lead ECG and electrophysiological study. Afterward a larger population of EB with presumed AC was described providing the clinical and ECG features, the survival characteristics and prognostic factors. This retrospective study included those dogs showing right ventricular arrhythmia on surface ECG, telemetry and Holter, but only 10% of these dogs underwent those examinations before starting the anti-arrhythmic therapy. As in boxers, as well in EB, the arrhythmia's features are taken into account in order to judge of the severity of the disease, based on the risk of clinical signs (including sudden cardiac death) and for assign a clinical class, useful for optimizing the clinical management. Therefore, the aim of the present study was to describe the arrhythmia's features by Holter recordings, in a larger population of EB with presumed ARVC, without specific anti-arrhythmic therapy.La myocardiopathie arythmogène du ventricule droit (MAVD) a été amplement décrite chez l'Homme ainsi que chez d'autres espèces. Dans l'espèce canine, le Boxer est la race la plus prédisposée et constitue le meilleur modèle pour étudier la MAVD humaine. Il s'agit d'une maladie génétique, où des mutations spécifiques sont responsables, tant chez l'Homme que chez le chien, d'altération microscopiques de la structure du myocarde. Ces modifications aboutissent progressivement à des infiltrations fibro-adipeuses, constituant ainsi un substrat anatomique propice aux arythmies. Ces modifications histologiques impliquent principalement le myocarde du ventricule droit et moins souvent celui du ventricule gauche ou des atriums. Cette maladie a été découverte chez le bulldog anglais (BA) en 2009 par Santilli et collaborateurs, qui ont démontré, grâce à un électrocardiogramme (ECG) de surface à 12 dérivations et une étude électrophysiologique, la coexistence d'un remplacement fibro-adipeux de la chambre de chasse du VD avec une tachycardie ventriculaire et des potentiels retardés fragmentés émanant de cette même région cardiaque. Par la suite, une étude portant sur une plus grande population de BA présumés atteints de MAVD a permis de décrire les caractéristiques cliniques et électrocardiographiques de la maladie, ainsi qu'une analyse de survie et les facteurs pronostics. Cette étude rétrospective a inclus des chiens présentant des arythmies ventriculaires droites sur un ECG de surface, en télémétrie et sur enregistrement Holter. Cependant, seulement 10% des chiens ont bénéficié de ces examens avant l'instauration d'un traitement antiarythmique. Comme chez le Boxer, les caractéristiques des arythmies et les signes cliniques chez le BA sont identifiées afin d'estimer la sévérité de la maladie et d'assigner une classe clinique qui permet d'optimiser la prise en charge et le suivi de l'animal. Ainsi ce travail a pour objectif de décrire les caractéristiques des arythmies à partir d'enregistrements Holter, chez une plus grande population de BA présumément atteints de MAVD, en l'absence de tout traitement antiarythmique spécifique
Circumpolar spread of avian influenza H5N1 to southern Indian Ocean islands
No full textVoir aussi l'actualité CNRS INEE du 26/01/2026 : L’Influenza Aviaire Hautement Pathogène menace la biodiversité subantarctique dans le sud de l’Océan Indien : https://www.inee.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/linfluenza-aviaire-hautement-pathogene-menace-la-biodiversite-subantarctique-dans-le-sudInternational audienceSince 2020, the outbreak of high pathogenicity avian influenza (HPAI) H5N1 virus clade 2.3.4.4b has turned into the largest documented panzootic 1,3 . Here, we describe its arrival into the Indian Ocean sub-Antarctic archipelagos of Crozet and Kerguelen, where we first detected the virus in October 2024 in dead southern elephant seals. While the panzootic is ongoing, it has already caused unprecedented mortalities of marine mammals and seabirds. We collected brain swabs from seal and seabird carcasses and obtained 25 novel HPAI H5N1 2.3.4.4b sequences. Using phylogeographic analyses, we show that there have been independent introductions of the virus to Crozet and Kerguelen islands, most likely from the distant South Georgia islands in the Southern Atlantic, and not from the more nearby coasts of South Africa. Our results point to a year-long gap in genomic surveillance in the sub-Antarctic region. Locally, our analyses show that the virus is transmitted between different species. Our serological analyses show that some southern elephant seal had mounted an anti-H5 antibody response. Through its circumpolar spread to the Indian Ocean, HPAI H5N1 2.3.4.4b moves closer to Australia, which remains free from infections with this strain, and represents a major threat to the sub-Antarctic wildlife.The ongoing outbreak of clade 2.3.4.4b of high pathogenicity avian influenza (HPAI) H5N1 virus has been unique not only in the large number of host species affected, with a wide range of both birds and mammals reported dead 1-3 , but also in the scale of the panzootic, with all continents except Oceania affected 4 . Originating in Asia in 1996 5,6 , the A/Goose/Guangdong/1/1996 lineage HPAIV spread across the world in different waves, recombined and diversified into different clades of various H5Nx viruses. Clade 2.3.4.4b started to become a worldwide preoccupation in 2014, and in the large outbreak of 2016-2017, HPAI H5N8 viruses of clade 2.3.4.4b reached South Africa 7,8 . Since 2021, HPAI H5N1 viruses of clade 2.3.4.4b severely impacted wild bird species and poultry across Europe 9-11 , southern Africa 12-14 , North America 15 , and South America where it resulted in die-offs of tens of thousands of seabirds 16 and marine mammals 17,18 . At the time of writing, HPAIV H5N1 clade 2.3.4.4b has not been detected in any birds or other animals in Australia and the southern Pacific region 19 . While there were no incursions into the Antarctic region during the summer season 2022/2023 20 , HPAIV H5N1 clade 2.3.4.4b was detected for the first time</div
Modélisation multi-échelle de l'os trabéculaire humain pour la conception d'un scaffold biomimétique optimal pour l'ingénierie des tissus osseux
No full textBone homeostasis is a complex process that ensures the renewal and repair of bone tissue. This tissue, both biomechanical and biological, has a dynamic three-dimensional architecture. In cases of fracture, healing is generally efficient, but it becomes compromised in "critical" defects, where spontaneous regeneration is insufficient. A promising approach to overcoming this challenge is bone tissue engineering, which involves implanting a biomaterial'called a scaffold'designed to mimic the properties of bone tissue and promote in situ bone formation (osteoconduction, osteoinduction, and osteogenicity). To be effective, the scaffold must replicate the cellular environment of bone in terms of chemical composition and mechanical stresses. It should support the adhesion, proliferation, and differentiation of osteocompetent cells while transmitting physiological mechanical stimuli. Bone tissue is a composite consisting of an inorganic phase (primarily carbonated hydroxyapatite), an organic matrix (mostly type I collagen), and water. This structure provides rigidity, elasticity, toughness, and resistance to multidirectional loads. The extracellular matrix (ECM) plays a central role in cellular metabolism. Thus, biomimetic scaffolds must accurately replicate its mechanical and biochemical properties. While biological functionality depends on chemical composition, mechanical performance is influenced by material geometry. The mechanosensitivity of bone cells means that local architectural variations can alter their behavior. Assessing the biomechanical performance of scaffolds must be done at different scales. At the macroscopic level, key criteria include structural integrity and permeability. At the microscopic level, stress and strain distribution must be analyzed, as they determine cellular response. This thesis aims to identify the mechanical stresses perceived by cells within trabecular bone, the ideal physiological microenvironment. Its porous, interconnected structure provides optimal mechanical and biological conditions for these cells. Banked trabecular bone, used as a clinical reference, is currently the closest model available. This research proposes a multi-scale approach to understand the influence of: i) in vivo mechanical loading, ii) trabecular microarchitecture, iii) ECM viscoelasticity on the cellular microenvironment. It is structured around four major axes: 1) Micromechanical analysis of trabecular bone under physiological loads (compression) to study the impact of microarchitecture on local deformations. 2) Cellular perception of fluid flow, linked to permeability and local curvature, to assess wall shear stresses. 3) Viscoelastic characterization of demineralized trabecular bone to understand the combined effect of structure and chemical composition on scaffold mechanical response. 4) In vitro validation via 3D cell culture to test the regenerative potential of decalcified bone. The results highlight the importance of local curvature and viscoelastic behavior in designing advanced biomimetic scaffolds. At the microscopic scale, the study identifies key parameters influencing cellular stress perception: trabecular microarchitecture, surface curvature, and viscoelasticity. These elements must be integrated into the development of future scaffolds optimized for bone regeneration.L'homéostasie osseuse est un processus complexe assurant le renouvellement et la réparation du tissu osseux. Ce tissu, à la fois biomécanique et biologique, possède une architecture tridimensionnelle dynamique. En cas de fracture, la cicatrisation est généralement efficace, mais elle est compromise dans les lésions dites « critiques », où la régénération spontanée est insuffisante. Une approche prometteuse pour surmonter cet obstacle est l'ingénierie tissulaire osseuse. Elle consiste à implanter un biomatériau - appelé scaffold - conçu pour imiter les propriétés du tissu osseux et favoriser la formation in situ d'os (ostéo-conduction, ostéo-induction, ostéogénicité). Pour être efficace, ce scaffold doit reproduire l'environnement des cellules osseuses en termes de composition chimique et de contraintes mécaniques. Il doit permettre l'adhésion, la prolifération et la différenciation des cellules ostéo-compétentes tout en leur transmettant des stimuli mécaniques physiologiques. Le tissu osseux est un composite formé d'une phase inorganique (principalement hydroxyapatite carbonatée), d'une matrice organique (majoritairement du collagène de type I) et d'eau. Cette structure lui confère rigidité, élasticité, ténacité et résistance aux charges multidirectionnelles. La matrice extracellulaire (MEC) joue un rôle central dans le métabolisme cellulaire. Ainsi, les scaffolds biomimétiques doivent en reproduire fidèlement les propriétés mécaniques et biochimiques. Si la fonctionnalité biologique dépend de la composition chimique, les performances mécaniques sont influencées par la géométrie du matériau. La mécanosensibilité des cellules osseuses implique que des variations architecturales locales peuvent modifier leur comportement. L'évaluation des performances biomécaniques des scaffolds doit s'effectuer à différentes échelles. À l'échelle macroscopique, les critères clés sont l'intégrité structurelle et la perméabilité. À l'échelle microscopique, il faut analyser la distribution des contraintes et déformations, qui conditionne la réponse cellulaire. L'objectif de cette thèse est d'identifier les contraintes mécaniques perçues par les cellules au sein du tissu osseux trabéculaire, microenvironnement physiologique idéal. Sa structure poreuse et interconnectée offre les conditions mécaniques et biologiques optimales pour ces cellules. L'os trabéculaire de banque, utilisé comme référence clinique, est le modèle le plus proche à ce jour. Cette recherche propose une approche multi-échelle visant à comprendre l'influence de : i) la charge mécanique in vivo, ii) la microarchitecture trabéculaire, iii) la viscoélasticité de la MEC sur le microenvironnement cellulaire. Elle s'articule autour de quatre axes majeurs : 1) Analyse micromécanique de l'os trabéculaire soumis à des charges physiologiques (compression) pour étudier l'impact de la microarchitecture sur les déformations locales. 2) Ressenti cellulaire face aux flux fluidiques, en lien avec la perméabilité et la courbure locale, pour évaluer les contraintes de cisaillement pariétal. 3) Caractérisation viscoélastique de l'os trabéculaire déminéralisé, afin de comprendre l'effet combiné de la structure et de la composition chimique sur la réponse mécanique du scaffold. 4) Validation in vitro par culture cellulaire 3D pour tester le potentiel régénératif de l'os décalcifié. Les résultats mettent en évidence l'importance de la courbure locale et du comportement viscoélastique dans la conception de scaffolds biomimétiques avancés. L'étude a permis d'identifier, à l'échelle microscopique, les paramètres clés influençant les contraintes perçues par les cellules : la microarchitecture trabéculaire, la courbure surfacique et la viscoélasticité. Ces éléments doivent impérativement être intégrés dans le développement de futurs scaffolds optimisés pour la régénération osseuse
Intérêt de la curiethérapie dans le traitement des carcinomes urétraux chez le chien : étude rétrospective de 47 cas de 2000 à 2023
No full textThe first half of this study covers the current knowledge on canine urothelial carcinoma - epidemiology, diagnosis, treatments and their prognosis. The second half is a retrospective study of 47 dogs referred to the Oncovet clinic and in the ENVA university hospital for a suspicion of a urethral urothelial carcinoma between January 1st 2000 and January 1st 2024. Dogs were split into three groups depending on their therapeutic protocols – including brachytherapy, therapeutical medical treatment or symptomatic treatment. The aim of this thesis is to study data on the evolution of dogs after brachytherapy and compare it to the other groups. All dogs undergoing brachytherapy showed an improvement of their urinary symptoms and a complete tumoral regression for nearly half of them. The median survival is 108 days for dogs treated with brachytherapy and 58 days for dogs with therapeutical medical treatment. Brachytherapy is a promising course of therapy against canine urethral carcinoma, currently under development in veterinary medicine. Its beneficial effects on tumor growth and urinary symptoms deserve attention, considering the risk of urethral obstruction.La première partie de cette thèse traite des données actuelles sur le carcinome urothélial canin, son épidémiologie, son diagnostic ainsi que les différents traitement utilisés et leurs pronostics. La seconde partie correspond à une étude rétrospective sur 47 chiens ayant été référés pour une suspicion de carcinome urothélial urétral à la clinique Oncovet et au centre hospitalier universitaire des animaux de compagnies de l'EnvA entre le 1er janvier 2000 et le 1er janvier 2024. Les animaux sont répartis en trois groupes selon leur protocole thérapeutique, avec de la curiethérapie, avec un traitement médical à visée thérapeutique ou avec un traitement symptomatique uniquement. L'objectif de ce travail est de présenter les données relatives à l'évolution des animaux après leur traitement par curiethérapie et de les comparer aux animaux des autres groupes. Les chiens traités par curiethérapie présentent tous une amélioration de leurs signes urinaires ainsi qu'une régression tumorale complète dans presque la moitié des cas. La médiane de survie de ces animaux est de 108 jours, contre 58 jours pour les animaux traités médicalement. La curiethérapie est une voie de traitement prometteuse des carcinomes urétraux canin, en cours de développement en médecine vétérinaire. Ses effets bénéfiques sur l'évolution tumorale et les signes cliniques urinaires sont dignes d'intérêt, notamment à cause du risque d'obstruction urétrale
Placental interface in Polish draft mares with retained fetal membranes (FMR) -histological observations
No full textInternational audienc
High‐throughput microfluidic real‐time PCR as a promising tool in disease ecology
No full textInternational audienceAmong recent advances in molecular biology for studying infectious diseases, the microfluidic high‐throughput real‐time polymerase chain reaction (Htrt PCR) has emerged as an efficient first‐line tool for the detection of a wide range of infectious agents (IA) in a host system. This technology allows large batches of samples to be screened simultaneously for tens of targeted IA by real‐time PCR. It represents a promising tool in disease ecology. As a proof of concept, we present here the development steps and initial application of a microfluidic Htrt PCR system for the detection of DNA from 28 selected IA in a set of wild vertebrates. We applied this approach to 497 samples (mainly mucosal swabs and necropsy tissues) from 274 seabirds and 80 mammals from Southern Ocean islands. This ecosystem is of particular interest for disease ecology and biodiversity conservation due to the high host densities of breeding colonies, within and among which pathogens may spread rapidly. Positive samples were subsequently confirmed for each PCR system using a secondary real‐time or conventional PCR system and/or sequencing. Fourteen targeted IA were detected. The approach allowed an efficient screening of host species for known seabird pathogens, including Pasteurella multocida (avian cholera) (9.9% [6.6–14.0] in seabirds, 18.3% [9.5–30.4] in mammals) and Erysipelothrix amsterdamensis (15% [11–19.8] in seabirds, 2.1% [0.4–6.1] in mammals) in cloacal and rectal swabs. Their detection on islands where they were not known previously raised conservation concerns. IA not previously known to be circulating in the system were detected at high prevalence, notably Chlamydiaceae on all colonies (32.1% [26.6–38] in seabirds and 21.3% [12.9–31.8] in mammals, in cloacal and rectal swabs). Prevalence and diversity of targeted IA could be compared among sites and host species, highlighting the usefulness of the approach to explore drivers of IA community dynamics, but also to identify specific hosts as potential epidemiological sentinels or reservoirs. Htrt PCR is a powerful and versatile tool that can be used in disease ecology for exploring the composition of IA communities within host communities, but also for addressing other important basic and applied questions in multi‐host, multi‐pathogen systems.Parmi les progrès récents de la biologie moléculaire dans l'étude des maladies infectieuses, la PCR en temps réel microfluidique à haut débit (Htrt PCR) apparaît comme un outil de première intention efficace pour la détection d'un large panel d'agents infectieux (IA) dans un système donné. Cette technologie permet de tester simultanément un grand nombre d'échantillons pour des dizaines d'agents infectieux ciblés par PCR en temps réel et représente donc un outil prometteur en écologie des maladies infectieuses. Comme preuve de concept, nous présentons ici la mise en place et l'application d'un système Htrt PCR pour la détection de 28 IA à ADN dans des populations de vertébrés sauvages. Cette approche a été appliquée à 497 échantillons (écouvillons de cloacaux et tissus d'autopsie) provenant de 368 oiseaux marins et mammifères des îles subantarctiques. Cet écosystème présente un intérêt particulier en écologie des maladies infectieuse en raison notamment des fortes densités des colonies au sein desquelles la circulation des IA peut être importante. Tous les échantillons positifs en Htrt PCR ont été confirmés secondairement par des PCR en temps réel ou classiques et/ou par séquençage. Quatorze des IA ciblés ont été détectés. L'approche a permis de rechercher efficacement certains IA connus pour être associés à des mortalités d'oiseaux marins, comme l'agent du choléra aviaire ( Pasteurella multocida ) (9,9% [6,6‐14,0] chez les oiseaux marins et 18,3% [9,5‐30,4] chez les mammifères) ou la bactérie Erysipelothrix amsterdamensis (15% [11–19,8] chez les oiseaux marins et 2,1% [0,4‐6,1] chez les mammifères). Leur détection sur des îles jusqu'à présent considérées comme indemnes soulève avec de fortes implications dans la conservation des espèces. Certains IA, dont la circulation dans ce système n'était pas connue auparavant, ont été détectées avec de fortes prévalences, comme la famille des Chlamydiaceae sur toutes les colonies (32,1% [26,6–38] chez les oiseaux marins et 21,3% [12,9‐31,8] chez les mammifères). La prévalence et la diversité des IA ciblés ont pu être comparées entre les sites et les espèces hôtes, soulignant l'utilité de l'approche dans l'exploration des dynamiques des communautés d'IA, ainsi que dans l'identification de potentielles espèces sentinelles épidémiologiques ou réservoirs. La PCR Htrt semble être un outil intéressant pour l'écologie des maladies infectieuses, permettant d'explorer la composition des communautés d'IA au sein des communautés d'hôtes, tout en abordant des questions fondamentales et/ou appliquées sur les systèmes multi‐hôtes et multi‐pathogènes
