Aperta Turkish Open Archive
Not a member yet
83692 research outputs found
Sort by
Loss of <i>carbohydrate sulfotransferase 6</i> function leads to macular corneal dystrophy phenotypes and skeletal defects in zebrafish
No full text<p>The carbohydrate sulfotransferase 6 (chst6) gene is linked to macular corneal dystrophy (MCD), a rare disease that leads to bilateral blindness due to the accumulation of opaque aggregates in the corneal stroma. chst6 encodes for a keratan sulfate proteoglycan (KSPG) specific sulfotransferase. MCD patients lose sulfated KSPGs (cKS) in the cornea and the serum. The significance of serum cKS loss has not been understood. Zebrafish cornea structure is similar to that of humans and it contains high levels of sulfated cKS in the stroma. Here, zebrafish chst6 is shown to be expressed in the cornea and head structures of the embryos. An animal model of MCD is developed by generating chst6 mutant animals with CRISPR/Cas9-mediated gene editing. The dramatic decrease in cKS epitopes in the mutants was shown with ELISA and immunofluorescence. Morphological defects or alterations of jaw cartilage were detected in a minor fraction of the mutant larvae. Loss of cKS epitopes and morphological defects was fully rescued with wild-type chst6. Mutant adult zebrafish displayed all clinical manifestations of MCD, while a fraction also displayed jaw and skeleton defects. Opaque accumulations formed in the eye, which were alcian blue positive. Loss of cKS in the corneal stroma and a decrease in corneal thickness were shown. Interestingly, alteration of transforming growth factor beta-induced (BIGH3) expression which was not described in patients was also observed. This is the first report of an MCD model in a genetically tractable organism, providing a preclinical model and insight into the importance of KSPG sulfation for proper skeletal morphogenesis.</p>
A green approach to tangerine preservation: composite electro-blown nanofibers activated with cedarwood oil
No full text<p>In this study, a novel active food packaging hybrid nanofibrous mats were fabricated from gelatin (G), chitosan (Ch), polyamide-6 (PA6), and Cedrus atlantica essential oil (CAEO) via an electroblowing technique. The G-Ch-PA6 nanofibrous mats containing varying concentrations (0, 1, 3, and 5%, m/m) of CAEO were produced and thermally crosslinked. These hybrid mats underwent comprehensive characterization, including morphology assessment, surface wetting analysis, thermal stability examination, antioxidant evaluation, bioactivity testing, and more. Morphological investigation revealed that the incorporation of different CAEO concentrations influenced the average diameter of the nanofibers, which ranged from 335.09 to 541.90 nm. Moreover, the antioxidant properties of nanofibrous mats were assessed using DPPH and ABTS methods, revealing a linear relationship between antioxidant activity and the loading amount of CAEO. These findings underscore the potential of the G-Ch-PA6-CAEO5 nanofibrous mat as a multifunctional active packaging material, promising in the preservation and freshness monitoring of fruits such as tangerines.</p>
Can AI determine its own future?
No full text<p>This article investigates the capacity of artificial intelligence (AI) systems to claim the right to self-determination while exploring the prerequisites for individuals or entities to exercise control over their own destinies. The paper delves into the concept of autonomy as a fundamental aspect of self-determination, drawing a distinction between moral and legal autonomy and emphasizing the pivotal role of dignity in establishing legal autonomy. The analysis examines various theories of dignity, with a particular focus on Hannah Arendt's perspective. Additionally, the article discusses the influence of societal perceptions on AI, illustrating how AI's interactions in social contexts can shape public attitudes and compliance with legal rights. Ultimately, the article emphasizes the necessity of a comprehensive understanding of the relationship between AI, dignity, and the legal framework governing human rights, stressing the significance of recognizing dignity and societal acceptance in determining AI's right to self-determination.</p>
Equivalent stress block parameters for fly ash-based geopolymer concrete structural elements
No full text<p>Research on the design of structural members made from geopolymer concrete (GPC) remains limited. This study investigates the applicability of equivalent rectangular stress block parameters, traditionally used for reinforced concrete design, in GPC structural elements. We conducted experimental tests on 20 columns (16 GPC, 4 Ordinary Portland Cement [OPC]) and 15 beams (12 GPC, 3 OPC) produced using fly ash-based GPC and standard OPC. These tests involved subjecting the specimens to various loading conditions to measure their ultimate compressive strength and strain. The findings demonstrate that these factors significantly influence the stress block parameters in GPC samples. Notably, parameters k1 and k3 were compatible with ACI 318 and Eurocode 2 standards, with deviations within acceptable limits, supporting GPC's potential for use in conventional reinforced concrete frameworks. The study also reveals that GPC columns and beams have higher balanced reinforcement ratios than OPC, due to GPC's increased deformation capacity and strain values. According to the results, the average balanced reinforcement ratio of GPC column specimens is 30% higher than that of OPC, while that of GPC beam specimens is 6% higher. Variations in alkaline activation and curing methods did not significantly impact the equivalent stress block parameters. The change between the average equivalent stress block parameters obtained from GPC and OPC beam samples varies between 1% and 5%, while the change in column samples is around 1%. Although the longitudinal reinforcement ratios in the tests are variable, the averages of the calculated equivalent stress block parameters are close. The experimental results align with numerical analysis, emphasizing GPC's suitability as an alternative material in structural applications. These findings provide a basis for incorporating GPC into existing design standards, with adjustments for its distinct mechanical behavior.</p>
a cross-sectional study
No full text<p>The dataset supporting the findings of this study was deposited in Aperta TÜBİTAK Open Archive for transparency and reproducibility purposes. No preprint version of the manuscript exists.</p>
Psikolojik İyi Oluş ve Sosyal Görünüş Kaygısının Beden Eğitimi ve Spor Öğretmeni Adaylarında İletişim Becerisine Etkisi
No full text<p>Bu çalışmada beden eğitimi ve spor öğretmeni adaylarının psikolojik iyi oluş durumları ile sosyal görünüş kaygılarının iletişim becerilerini yordama gücünün incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışma betimsel tarama modelindedir. Çalışmada veriler 2021-2022 eğitim-öğretim yılında Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Spor Bilimleri Fakültesi Beden Eğitimi ve Spor Bölümünde aktif öğrenci olan toplam 154 öğretmen adayından (97 erkek, 57 kadın) toplanmıştır. Veri toplama aracı olarak ‘Psikolojik İyi Oluş Ölçeği’, ‘Sosyal Görünüş Kaygısı Ölçeği’, ‘İletişim Becerilerini Değerlendirme Ölçeği’ ve tanımlayıcı bilgi formu kullanılmıştır. Çalışmada bağımlı değişken olan iletişim becerisi değişkenini yordamak amacıyla psikolojik iyi oluş ve sosyal görünüş kaygısı değişkenlerini kullanarak çok değişkenli doğrusal regresyon analizi yapılmıştır. Bulgular katılımcıların iletişim becerisi algısı ve psikolojik iyi oluş düzeylerinin yüksek olduğunu, sosyal görünüş kaygısı düzeylerinin ise orta düzeye yakın olduğunu göstermiştir. Psikolojik iyi oluş düzeyleri iletişim becerisini olumlu ve anlamlı yordarken, sosyal görünüş kaygısı olumsuz ve anlamlı yordamıştır. Cinsiyet değişkenine göre bakıldığında iletişim becerisi düzeyi ve psikolojik iyi oluş düzeyi kadın öğrenciler lehine farklılaşırken, sınıf değişkeninde ise 4. sınıfların sosyal görünüş kaygısı düzeyi 1. sınıflardan anlamlı derecede yüksek bulunmuştur. Öğretmenlerde iletişim becerisi yüksek olmalıdır bu nedenle öğretmen adaylarında etkili iletişim becerisini etkileyebilecek durumlarla ilgili farkındalık yaratılması önerilmektedir.</p>
<p> </p>
TROPIC: An Integrative Approach Aimed at Identifying Drug Targetable Human- Parasite Interactions
No full text<p>This project was built upon the previously generated human-parasite PPI networks of 15 eukaryotic parasites, predicted by Dr. Cuesta-Astroz through the pipeline they developed for orthology-based host-pathogen protein-protein interactome identification <a href="https://doi.org/10.3389/fimmu.2019.00212">(Cuesta-Astroz, Santos, Oliviera, & Jensen, 2019)</a>.</p>
<p>The Cuesta-Astroz Team reviewed these interaction data through proteome filtering to prioritize potentially interacting proteins. In summary, the pipeline consists of the following steps: filtration of parasite proteins by secretome and membrane localization (based on whether the parasite is unicellular or multicellular), filtration of host proteins by tissue expression, and using STRING to perform an orthology-based mapping of intraspecies interactions to host-parasite pairs. The pipeline concentrates on domain-domain and domain-motif interactions of the protein-protein complexes yielded by the previous filters to prioritize the protein-protein interactions that are more possibly physically obtainable.</p>
<p> </p>
<p>The dataset originally included 280 domain-domain interfaces from 15 distinct human-parasite interactions; however, four pairs that were longer than the 1500-sequence limit were removed because they couldn’t be modeled using AF2 v2 on TRUBA resources. The resulting dataset consists of interacting domains of 276 protein-protein complexes selected at the most central nodes of 15 eukaryotic parasites (<em>T. spiralis, T. gondii, T. brucei, S. mansoni, P. vivax, P. knowlesi, L. infantum, L. donovani, L. braziliensis, C. parvum, G. lamblia, T. cruzi, P. falciparum, C. hominis, and L. mexicana</em>) and handed to us by Dr. Cuesta-Astroz under our bilateral funded project called “TROPIC: An integrative approach to define druggable human-parasite interactions” funded by TÜBİTAK and MINCIENCIAS (TÜBİTAK Project No:120N799).</p>
From an <i>arasta</i> bazaar to a <i>piyasa</i> street: the transformation of Direklerarası in Ottoman Istanbul from the 1720s to the 1920s
No full text<p>This article examines the transformation of Direkleraras Street, located on Istanbul's historical Divanyolu, from the 1720s to the 1920s. Originally built in 1729 as an arasta to generate revenue for Ibrahim Pasha's madrasa, it featured an innovative architectural style comprising rows of shops facing each other and colonnaded sidewalks. It served as a commercial and social centre for the Janissary Corps until their abolition in 1826. Around the 1860s, Direkleraras integrated into the entertainment and social milieu surrounding Beyazt Square, particularly during the Ramadan months, and evolved into the primary promenade street of intramural Istanbul with the proliferation of literary cafes, teahouses, and theatres from the 1880s onwards. However, starting from the 1910s, changing socio-cultural and urban dynamics led to the decline of Direkleraras's reputation and popularity. Conceptualizing Direkleraras as both a spatial entity and a reflection of the cultural dynamics of the late Ottoman capital, this article scrutinizes its transformation driven by social interactions, local entrepreneurship, and political interventions, focusing on spatial experiences, entertainment, spectacle, promenade culture, and clientele.</p>
Comparision of digital and printed text reading process
No full text<p>Reading is a cognitive activity that involves engaging with text and drawing on various information sources to achieve comprehension. To fully understand the nature of the reading process, it is essential to explore how the cognitive system functions. This study examines the effects of reading printed versus digital texts on the reading process and performance. Specifically, it compares reading time (speed) for both mediums by measuring response time and the speed of answering questions related to the deeper meaning of the text. Furthermore, the participants’ performance in answering these questions was assessed. The study also investigates whether factors such as age, gender, reading preference, and reading frequency (habit) influence reading speed, response time, and overall performance. The results indicate that participants reading printed texts performed better and were more successful in comprehending the material. Additionally, the findings reveal no significant differences based on age or gender, although reading preference and frequency did impact reading performance.</p>
TAŞ DOLGU DALGAKIRANLAR İÇİN YENİLIKÇİ TEK SIRA KORUMA TABAKASI TASARIMI: PİBLOK+
No full text<p>Bu çalışmada inşaatı zorlayıcı olan ve 20 m’den daha derin su kesimlerinde imal edilen kıyı yapılarının belirlenimci ve olasılıksal tasarımları karşılaştırmalı olarak incelenerek bu koşullarda seçilecek yapılar standartlar açısından irdelenmiştir. Literatüre katkı olarak, derin deniz kıyı yapıları için olasılıksal ve belirlenimci yöntemler içeren hibrid bir tasarım modeli olan DEKYAP geliştirilmiştir. Model sonuçları tüm derin deniz yapı alternatifleri için birbirleri ile karşılaştırılmıştır. Teknolojiye katkı olarak, ülkemizin ilk ve tek yerli tek sıra koruma tabakası Piblok+ geliştirilerek 2022/018635 numaralı patent Türk Patent Enstitüsü’nden alınmıştır. Piblok+ numerik modeller ile eş değerleri ile kıyaslanmıştır. Çalışma kapsamında ilk olarak taş dolgu derin deniz yapıları ele alınmış ve mevzuatta yer alan düzenlemeler çerçevesinde irdelenmiştir. Daha sonra bu tahkikler Monte Carlo Simülasyonu (MCS) yöntemi ile olasılıksal tasarım için yinelenmiş ve iklim değişikliğinin etkileri gözetilerek standartlar için öneriler geliştirilmiştir. Böylece standartlarda bu koşullarda tasarlanacak kıyı yapıları için öneriler ekonomik analizler çerçevesinde geliştirilmiştir. Bölgenin dalga ve rüzgâr iklimi, ülkemizde geliştirilen HYDROTAM-3D yazılımı ile belirlenmiştir. Eş zamanlı olarak ülkemizin ilk ve tek yerli tek sıra koruma tabakası Piblok+’ın patent başvuruları tamamlanmıştır. Piblok+ tek sıra koruma tabakasının Rize-Artvin Havalimanı projesinde kullanılması durumunda, bölgedeki dalgalar etkisindeki hidrolik davranışı HAD (Hesaplamalı Akışkanlar Dinamiği) yöntemi ile modellenmiştir. HAD modelleme için FLOW-3D yazılımı kullanılmıştır. Derin kıyı yapıları için Rize-Artvin Havalimanı örneğinde, deneyleri daha önce yapılmış olan Accropode II ile Piblok+ alternatifleri belirlenimci, güvenirliğe dayalı olasılıksal ve sayısal yöntemlerle ekonomik analiz çerçevesinde karşılaştırmalı olarak irdelenmiş ve iklim değişikliğine bağlı su seviyesi artışlarının tasarımda büyük etkiye sahip olduğu belirlenmiştir. Standartlarda iklim değişikliğini en iyi yansıtan güvenirliğe dayalı modelin kullanılması gerektiği ortaya konmuştur. Piblok’un patent süreci olumlu sonuçlanmış, “Sönümleyici Tek Kat Koruma Tabakası TPE: 2023/007643” patent numarası ile ilk patent alınmıştır. Piblok+ ikinci aşama çalışmanın sonucu olup Piblok’a oranla daha başarılı kilitlenme kapasitesine sahiptir. Tez kapsamında HAD çalışmaları yapılan Piblok+ benzeri tek sıra koruma tabakaları ile karşılaştırıldığında (Accropode II) aşma, stabilite ve ekonomi yönünden başarılı sonuçlar vermiştir. Piblok+’ın üç boyutlu yazıcıda basılan modelleri Ek 2 Ek2. Şekil’da görülmektedir. Daha gelişmiş bir ürün olan Piblok+ patent başvurusu TPE nezdinde 2022/018635 başvuru numarası ile yapılmış ve 29.01.2024 tarihinde ikinci patenti alması TPE tarafından uygun görülmüştür. 21.02.2024 tarihinde resmi patent bülteninde yayınlanmıştır (Ek 2. Ek-2. Şekil). Sonuç olarak, karşılaştırılan derin kıyı yapıları alternatifleri içinde Piblok+ başarılı sonuçlar vermiş, prototip koşullarına uygulanabilecek seviyede bir tasarım olduğu ortaya konmuş ve hidrolik deney aşamasına geçilebilecek bir yatırım olacağı sonucuna ulaşılmıştır.</p>