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Résultats expérimentation ORE Capsules
No full textPetit fleuve côtier de 39 km de long, la Nivelle est une rivière à migrateurs (saumons, aloses et truites). Bien présente sur la rivière, la truite sous ses deux écotypes (mer et rivière) est une espèce endémique et emblématique qui est un bon indicateur de la qualité des cours d’eau et qui fait l’objet de nombreux programmes de recherche pour évaluer sa capacité à s’adapter au changement climatique. Dans ce cadre l’UMR Ecobiop a mis en place un suivi à long terme sur trois affluents de la Nivelle dans lequel le protocole propose l’insertion, dans des petites capsules grillagées, d’œufs de truites de la rivière provenant de pontes artificielles obtenues en laboratoire. Des dispositifs expérimentaux placés dans des frayères artificielles creusées dans les ruisseaux accueillent ces capsules avec les œufs. Une fois l’incubation des œufs terminée, les capsules sont retirées des dispositifs et les œufs ou alevins vivants ou morts sont comptabilisés. Cette expérimentation mis en place sur le long terme à partir de 2011, a pour objectif de faire ressortir quel pourraient être les effets du changement climatique sur le long terme au travers d’indicateurs comme les températures, les débits, la modification des substrats. Mais elle est aussi un moyen de vérifier chaque année que les incubations se passent de manière satisfaisante et de pouvoir éventuellement alerter sur des évènements particuliers et uniques comme des pollutions, l’apparition de nouvelles nuisances susceptibles de porter préjudice aux incubations sous gravier. Pour décrire cette expérimentation, le Dataset réunit 4 documents qui synthétisent les opérations récurrentes entreprises chaque année : 1- les résultats des survies des œufs dans les capsules d’incubation, 2- les données températures pour le suivi de l’incubation, 3- les résultats des analyses des échantillons granulométriques prélevés lors de l’expérimentation, 4- un PDF du mode opératoire de l’expérimentation et du matériel utilisé.
Pas d'expérimentation pour la saison 2024-2025
Indicateurs des changements par horizons temporels issus des projections hydrologiques Explore2 pour le modèle ORCHIDEE sous RCP 4.5 (référence 1976-2005)
No full textIndicateurs des changements par horizons temporels issus des débits journaliers simulés par le modèle hydrologique ORCHIDEE pour l'ensemble des projections climatiques Explore2 sous RCP 4.5. Ces fichiers résultent de l'agrégation temporelle des simulations hydrologiques sous runs historiques (avant 2005) et des projections hydrologiques (post 2005), fichiers NetCDF disponibles au téléchargement dans la collection Explore2 - Projections hydrologiques.
Ce dépôt regroupe un tableau par indicateur, horizon temporel et chaîne de simulation, c'est-à-dire, scénario d'émission RCP, couple GCM/RCM, correction de biais BC et modèle hydrologique HM. Ces données sont brutes et contiennent donc des chaînes de projections jugées aberrantes / horsains qu'il est possible de filtrer grâce à des métadonnées supplémentaires. Pour des raisons techniques, ces indicateurs sont regroupés par dossiers compressés selon les différentes phases du régime hydrologique.
La description des chaines de modélisation du climat et celle des modèles hydrologiques sont, respectivement, disponibles dans le rapport https://doi.org/10.57745/PUR7ML et dans les annexes du rapport https://doi.org/10.57745/S6PQXD. Retrouvez le diagnostic des modèles hydrologiques résumé à l'échelle des régions hydrologiques dans les fiches téléchargeables ici : https://doi.org/10.57745/DMFUXW.
Métadonnées supplémentaires : Récapitulatif de l'ensemble des indicateurs hydrologiques : https://doi.org/10.57745/JVNHQL Récapitulatif de l'ensemble des chaînes de simulation : https://doi.org/10.57745/R6HG5X Description de l'ensemble des points de simulation : https://doi.org/10.57745/UTKWR5 Liste des chaînes de modélisation jugées aberrantes / horsains : https://doi.org/10.57745/YZNENQ Récapitulatif des années pivots utilisées pour la TRACC : https://doi.org/10.57745/DCOQM6
Décomposition des chaînes de caractères formant le nom des fichiers parquet, séparées par des "_" : {1} Indicateur : Le nom de l’indicateur, du type de statistique calculée {2} Échantillonnage : Échantillonnage temporel sur laquelle est calculé l’indicateur → {1}_{2} Variable : Variable résultante d'un indicateur temporellement contextualisé {3} HX : Horizon futur (H[123]) → {1}_{2}_{3} Changement : Changement d'une variable pour un horizon temporel par rapport à une période de référence, défini dans le récapitulatif des indicateurs hydrologiques {4} EXP : Identifiant de l’expérience historique (post 2005) ou future (post 2005) {5} GCM : Identifiant du GCM forçeur {6} RCM : Identifiant du RCM {7} BC : Identifiant de la méthode de correction de biais statistique {8} HM : Identifiant du modèle hydrologique {9} Référence : Période de référence (ref-YYYYMMDD-YYYYMMDD) {10} Futur : Période futur (fut-YYYYMMDD-YYYYMMDD)
Les colonnes des fichiers parquet sont : EXP : Voir ci-dessus GCM : Voir ci-dessus RCM : Voir ci-dessus BC : Voir ci-dessus HM : Voir ci-dessus code : Code à 10 caractères du point de simulation fourni dans la description des points de simulation *Changement* : Voir ci-dessus
Retrouvez des scripts d'aide pour utiliser ces données parquet
Phenotyping 15 Torulaspora delbrueckii strains growing in different nitrogen sources.
No full textThis file contains the raw data generated for the growth dynamics of 15 Torulaspora delbrueckii strains and one Saccharomyces cerevisiae strain, both grown under different single nitrogen sources. Each yeast strain was inoculated at an initial optical density (OD600 nm) of approximately 0.1 into 150 μL of Synthetic Must (SM) medium. The SM medium included 25 g/L of sugar (50% fructose / 50% glucose) along with a single nitrogen source, as detailed in Table 1. The medium was adapted from the work of Rollero et al. (2015) by adjusting the final sugar concentration and incorporating only one of the single assimilable nitrogen sources listed in Table 1. For the positive control, a mixed nitrogen source containing various amino acids and ammonium chloride was used, while a nitrogen-free SM medium served as the negative control. The yeast cells were incubated at 21 °C with shaking in the 96-well microplates. Growth was monitored by measuring absorbance at 600 nm every hour for 48 hours for the T. delbrueckii strains and 72 hours for the S. cerevisiae strain, using a CLARIOstar® Plus microplate reader. The data presented here was analyzed and discussed in the research article titled “Nitrogen Utilization Diversity in Torulaspora delbrueckii Isolates Relevant to Food and Beverage Fermentations.
Phenological observations of Mediterranean-adapted tree species (Villa Thuret, Antibes & Sophia-Antipolis, 2007–2024)
No full textThis dataset compiles weekly phenological observations made between 2007 and 2024 at two INRAE (Villa Thuret in Antibes and a plot in Sophia-Antipolis in Biot) experimental sites. It documents the annual cycles of development, growth, and reproduction of 79 individuals, belonging to 16 persistent or deciduous woody species, adapted to or originating from areas subject to Mediterranean climates.
The observations were made with the naked eye or with the help of binoculars, according to a standardized protocol including phases of inter-calibration between observers, particularly at the beginning of the annual campaign to mitigate "observer" effects. The phenological stages were coded according to the BBCH scale of the TEMPOTEMPO network (budburst, leafing, flowering, fruiting, senescence) and a complementary scale developed by the UEVT for monitoring bark renewal (E1–E3).
The data is structured by site, species, individual, date, and phenological code, with a comments field. Herbarium samples associated with each individual allow for taxonomic verification. This dataset constitutes a resource for the study of the phenological cycles of Mediterranean species in semi-natural conditions and for the analysis of their responses to climate change
supplementary figures : Effects of bisphenols on the assisted reproductive technology outcomes considering the patient clinical parameters
No full textThis study analysed a cohort of 368 women undergoing assisted reproductive technology (ART) from 2019 to 2023. Four BPs (BPA, BPS, BPF, and BPAF) were quantified, and ART outcomes (e.g., oocyte count, embryo quality, and pregnancy rates) were assessed using regression models. GCs from 156 patients were cultured and exposed to BPS for 48 hours to evaluate progesterone and estradiol secretion based on clinical parameters
A dataset for estimating genetic change following artificial selection of ears of maize landraces by old farmers from the French Pyrenees
No full textThis dataset is related to the study: " Seed management and selection in old maize landraces from the French Pyrenees: ethnobotanical survey and selection experiment" by Gouesnard et al. (published in 2025). We asked old farmers who had cultivated maize populations to select 15 ears from 150 exposed ears. Four maize populations were included in the study. The data include the description of the 150 ears shown to the old farmers and of the 15 ears selected by each of them, as well as the dataset for estimating the narrow sense heritability of ear morphological traits, based on a full-sib half-sib design. All files were used to estimate the expected genetic change after one generation of mass selection using the farmers’ selection criteria
Jeu de données températures Nivelle
No full textPetit fleuve côtier de 39 km de long, la Nivelle est une rivière à migrateurs (saumon, alose, truites de mer) et ses populations sont suivies depuis le début des années 80. Ce Dataset présente un classeur Excel qui décrit les relevés de températures qui sont effectués quotidiennement depuis juillet 2009 sur plusieurs points de la Nivelle, en complément des mesures effectuées sur l’Aquapôle depuis 1984 :
- La très haute Nivelle avec un Thermo-enregistreur sur Le Lapitxuri à proximité de la station de l’Inrae.
- La Nivelle intermédiaire avec une sonde en amont du barrage d’Urrutienea (Darguy).
- L’affluent principal le Lurgorrieta au niveau de l’ancienne conserverie.
- La basse Nivelle sur la station de piégeage d’Uxondoa.
En complément de tous ces thermo-enregistreurs qui prennent des valeurs de température de l’eau de la Nivelle, une sonde pour la mesure de l’air a également été mise en place en juillet 2009 sur l’Aquapôle.
Pour la plupart de ces thermo-enregistreurs le pas de temps retenu entre 2 mesures est d’une heure
Multidisciplinary tracking of a highly pathogenic avian influenza H5N1 outbreak in Griffon vultures in Southern Europe, 2022
No full textThe data held in this repository relate to the manuscript J. Hirschinger, U. Höfle, A. Sánchez-Cano, C. Guinat, G. Croville , M. Barral, J.A. Donázar, C. Le Gall Ladevèze, M. Walch, V. Alvarez, X. Gerrikagoitia, L. Du Plessis, S. Dellicour, E Arrondo, J.A. Sánchez-Zapata, A. Cortés-Avizanda, S. Minayo, J. Tornos, S. Perret, T. Boulinier, P. Orabi, A. Van De Wiele, J.L. Guerin, O. Duriez, G. Le Loc'h. Multidisciplinary tracking of a highly pathogenic avian influenza H5N1 outbreak in Griffon vultures in Southern Europe, 2022
Indicateurs des changements par horizons temporels issus des projections hydrologiques Explore2 pour le modèle ORCHIDEE sous RCP 8.5 (référence 1976-2005)
No full textIndicateurs des changements par horizons temporels issus des débits journaliers simulés par le modèle hydrologique ORCHIDEE pour l'ensemble des projections climatiques Explore2 sous RCP 8.5. Ces fichiers résultent de l'agrégation temporelle des simulations hydrologiques sous runs historiques (avant 2005) et des projections hydrologiques (post 2005), fichiers NetCDF disponibles au téléchargement dans la collection Explore2 - Projections hydrologiques.
Ce dépôt regroupe un tableau par indicateur, horizon temporel et chaîne de simulation, c'est-à-dire, scénario d'émission RCP, couple GCM/RCM, correction de biais BC et modèle hydrologique HM. Ces données sont brutes et contiennent donc des chaînes de projections jugées aberrantes / horsains qu'il est possible de filtrer grâce à des métadonnées supplémentaires. Pour des raisons techniques, ces indicateurs sont regroupés par dossiers compressés selon les différentes phases du régime hydrologique.
La description des chaines de modélisation du climat et celle des modèles hydrologiques sont, respectivement, disponibles dans le rapport https://doi.org/10.57745/PUR7ML et dans les annexes du rapport https://doi.org/10.57745/S6PQXD. Retrouvez le diagnostic des modèles hydrologiques résumé à l'échelle des régions hydrologiques dans les fiches téléchargeables ici : https://doi.org/10.57745/DMFUXW.
Métadonnées supplémentaires : Récapitulatif de l'ensemble des indicateurs hydrologiques : https://doi.org/10.57745/JVNHQL Récapitulatif de l'ensemble des chaînes de simulation : https://doi.org/10.57745/R6HG5X Description de l'ensemble des points de simulation : https://doi.org/10.57745/UTKWR5 Liste des chaînes de modélisation jugées aberrantes / horsains : https://doi.org/10.57745/YZNENQ Récapitulatif des années pivots utilisées pour la TRACC : https://doi.org/10.57745/DCOQM6
Décomposition des chaînes de caractères formant le nom des fichiers parquet, séparées par des "_" : {1} Indicateur : Le nom de l’indicateur, du type de statistique calculée {2} Échantillonnage : Échantillonnage temporel sur laquelle est calculé l’indicateur → {1}_{2} Variable : Variable résultante d'un indicateur temporellement contextualisé {3} HX : Horizon futur (H[123]) → {1}_{2}_{3} Changement : Changement d'une variable pour un horizon temporel par rapport à une période de référence, défini dans le récapitulatif des indicateurs hydrologiques {4} EXP : Identifiant de l’expérience historique (post 2005) ou future (post 2005) {5} GCM : Identifiant du GCM forçeur {6} RCM : Identifiant du RCM {7} BC : Identifiant de la méthode de correction de biais statistique {8} HM : Identifiant du modèle hydrologique {9} Référence : Période de référence (ref-YYYYMMDD-YYYYMMDD) {10} Futur : Période futur (fut-YYYYMMDD-YYYYMMDD)
Les colonnes des fichiers parquet sont : EXP : Voir ci-dessus GCM : Voir ci-dessus RCM : Voir ci-dessus BC : Voir ci-dessus HM : Voir ci-dessus code : Code à 10 caractères du point de simulation fourni dans la description des points de simulation *Changement* : Voir ci-dessus
Retrouvez des scripts d'aide pour utiliser ces données parquet
Supplementary Tables for the Thesis of Baptiste Imbert
No full textThe dataset includes Supplementary Tables for the Thesis of Baptiste Imbert.
The tables of two manuscripts are available:
(1) Imbert, B et al. (2023). “Development of a Knowledge Graph Framework to Ease and Empower Translational Approaches in Plant Research: A Use-Case on Grain Legumes”. Published in: Frontiers in Artificial Intelligence 6. ISSN: 2624-8212. DOI: 10.3389/frai.2023.1191122.
(2) Imbert, B et al. (in prep). "Genome-wide association study of frost tolerance in Vicia faba reveals syntenic loci in cool-season legumes and highlights relevant candidate genes