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Dataset from a long-term experiment on the effect of cropping systems and tillage on soil organic carbon, total nitrogen, microbial biomass carbon and nitrogen mineralization rate
No full textA long-term field experiment was conducted from 1989 to 2008 in Estrées-Mons, northern France. From 2000 to 2008, it compared three cropping systems (CS1, CS2 and CS3) varying in crop rotation or growth cycle duration and two tillage treatments: annual full inversion tillage (FIT) and shallow tillage (ST). Soil organic carbon, total nitrogen, bulk density, microbial biomass carbon and nitrogen mineralization rate were monitored during eight years in three soil layers (0-6, 6-20 and 20-30 cm). Half of the experimental plots were sampled every year according to the last ploughing year in ST, so that each plot was sampled every two years. Soil samples were collected in May or June in 2001-2002 (t = 1.5), 2003-2004 (t = 3.5), 2005-2006 (t = 5.5) and 2007-2008 (t = 7.5 years). This dataset includes data on: 1) soil organic carbon and total nitrogen concentration (average of four measurements per plot and layer); 2) soil bulk density, measured with a membrane densimeter for the first layer and with steel cylinders for the other layers (average of four measurements per plot and layer); 3) microbial biomass carbon concentration (one measurement per plot and layer); 4) mineralized nitrogen measured during soil incubation (168 days at 21 °C and a moisture content of 205 g kg-1); 5) nitrogen mineralization rate calculated from an exponential model fitted against the incubation data
Dataset supporting the publication: "Sub-diffraction-resolved spatial distribution of emitting excitons in STM-induced luminescence of 2D semiconductors via Richardson-Lucy deconvolution"
No full textTwo-dimensional (2D) semiconductors such as transition metal dichalcogenide monolayers are the building blocks of a future generation of optoelectronic devices, and in particular, of ultrathin electroluminescent devices. The diffusion of charge carriers and excitons (bound electron-hole pairs) and their interactions with defects play a key role in the electroluminescence properties of these materials. Understanding and controlling these processes is crucial for the performance of future devices based on these materials. Unfortunately, exciton diffusion occurs at scales (20 - 200 nm) that are smaller than the spatial resolution of far-field optical microscopes (200 - 500 nm), which are limited by the diffraction of light. There are nanoscopy techniques coupling light and scanning near-field probes that overcome this diffraction limit. Recently, the electroluminescence properties of 2D semiconductors have been mapped at the nanoscale by recording light induced by tunneling current under the tip of a scanning tunneling microscope (STM) scanned over the sample. However, such techniques provide no information on the diffusion of charge carriers and excitons, as they are not sensitive to the spatial distribution of emission around the excitation source. At each tip position, the signal emitted by the entire sample, regardless of its source, is integrated.
In this work, we demonstrate a solution to this problem: we combine tunneling-current excitation under the tip of an STM (for extremely local excitation), wide-field optical microscopy (to image the spatial distribution of the emission), and deconvolution of optical microscopy images using an iterative Richardson-Lucy algorithm (to achieve spatial resolution beyond the diffraction limit). In this way, we reconstruct spatial emission distributions around the excitation point that have full widths at half maximum as small as λ0/(9.4 ± 0.7) (λ0 is the emission wavelength), where the resolution of the optical microscope is at best λ0/2.98 (Abbe criterion) or λ0/2.44 (Rayleigh criterion). This result corresponds to an improvement in spatial resolution of at least a factor of 3. One reason why this has never been done before is that this type of deconvolution requires knowledge of the point spread function (PSF), which is generally very difficult to define for this type of combination of optical microscopy and scanning probes. Here, we overcome this difficulty by using known exciton properties to simulate the PSF as the image of an emitting exciton.
This dataset includes all raw data corresponding to the findings in the publication "Sub-diffraction-resolved spatial distribution of emitting excitons in STM-induced luminescence of 2D semiconductors via Richardson-Lucy deconvolution" by Elysé Laurent, Ricardo Javier Peña Román, Sarah Miller, Aditi Raman Moghe, Etienne Lorchat, Séverine Le Moal, Elizabeth Boer-Duchemin, Luiz Fernando Zagonel, Stéphane Berciaud, and Eric Le Moal.Les semi-conducteurs bidimensionnels (2D), tels que les monofeuillets de dichalcogénures de métaux de transition, constituent les éléments fondamentaux d'une future génération de dispositifs optoélectroniques, et notamment de dispositifs électroluminescents ultra-minces. La diffusion des porteurs de charge et des excitons (paires électron-trou liées) ainsi que leurs interactions avec les défauts jouent un rôle clé dans les propriétés d'électroluminescence de ces matériaux. La compréhension et la maîtrise de ces processus sont essentielles pour les performances des futurs dispositifs basés sur ces matériaux. Malheureusement, la diffusion des excitons se produit à des échelles (20-200 nm) inférieures à la résolution spatiale des microscopes optiques à champ lointain (200-500 nm), elle-même limitée par la diffraction de la lumière. Des techniques de nanoscopie couplant la lumière et des sondes à champ proche permettent de s'affranchir de cette limite de diffraction. Récemment, les propriétés d'électroluminescence des semi-conducteurs 2D ont été cartographiées à l'échelle nanométrique en enregistrant la lumière induite par le courant tunnel sous la pointe d'un microscope à effet tunnel (STM) balayant l'échantillon. Cependant, ces techniques ne fournissent aucune information sur la diffusion des porteurs de charge et des excitons, car elles sont insensibles à la distribution spatiale de l'émission autour de la source d'excitation. À chaque position de la pointe, le signal émis par l'ensemble de l'échantillon, quelle que soit sa source, est intégré.
Dans ce travail, nous présentons une solution à ce problème : nous combinons l'excitation par courant tunnel sous la pointe d'un microscope à effet tunnel (pour une excitation extrêmement localisée), la microscopie optique à champ large (pour imager la distribution spatiale de l'émission) et la déconvolution des images de microscopie optique à l'aide d'un algorithme itératif de Richardson-Lucy (pour atteindre une résolution spatiale inférieure à la limite de diffraction). De cette manière, nous reconstruisons des distributions spatiales d'émission autour du point d'excitation dont la largeur à mi-hauteur est aussi faible que λ₀/(9,4 ± 0,7) (λ₀ étant la longueur d'onde d'émission), la résolution du microscope optique étant au mieux de λ₀/2,98 (critère d'Abbe) ou λ₀/2,44 (critère de Rayleigh). Ce résultat correspond à une amélioration de la résolution spatiale d'au moins un facteur 3. Si cette approche n'a jamais été mise en œuvre auparavant, c'est notamment parce que ce type de déconvolution requiert la connaissance de la fonction d'étalement du point (PSF), généralement très difficile à définir pour ce type de combinaison de microscopie optique et de sondes à balayage. Nous surmontons ici cette difficulté en utilisant les propriétés connues des excitons pour simuler la PSF comme l'image d'un exciton émetteur.
Cet ensemble de données comprend toutes les données brutes correspondant aux résultats de la publication « Sub-diffraction-resolved spatial distribution of emitting excitons in STM-induced luminescence of 2D semiconductors via Richardson-Lucy deconvolution » d'Elysé Laurent, Ricardo Javier Peña Román, Sarah Miller, Aditi Raman Moghe, Etienne Lorchat, Séverine Le Moal, Elizabeth Boer-Duchemin, Luiz Fernando Zagonel, Stéphane Berciaud et Eric Le Moal
RPG sol et climat 2020
No full textInformation sur le sol et le climat des parcelles du RPG 2020Ce jeu de données contient, pour chaque parcelle du RPG, identifiée par son identifiant public source IGN : - la commune dans laquelle se situe la majeure partie de sa surface, le département, la région - son altitude (moyenne, min et max), sa pente moyenne et son orientation, source Bd-Alti de l'IGN - les coordonnées et le numéro de maille SAFRAN dont le centroïde est le plus proche de celui de la parcelle, source grille SAFRAN Météo-France - la ou les unités cartographiques de sols dans lesquelles se situent la parcelle, source European Soil Data Base (ESDB) . Ces données visent à faciliter le rapprochement entre les parcelles du RPG, les données climatiques passées ou futures, ainsi que les caractéristiques de sols. <br
Downscaled climate projections (1971-2100) for the Krka-Butiznica river basin (Croatia)
No full textDownscaled projections of temperature, precipitation, and reference evapotranspiration for the Krka river basin (which includes the Butiznica DRN).
3 SSP scenarios and 5 climate models
FBC137334 - supplementary material
No full textKey-files obtained during the analysis (see details in README.txt file
Laboratory experiment on the pollutant dynamics inside a porous city block during urban flooding under steady flow regime
No full textThis dataset includes measurements of the temporal and spatial concentration distributions within a porous city block, conducted on a physical model scaled at 1:50 and 1:10 in the horizontal and vertical planes, respectively. The experimental setup consists of a 5.4 m long and 3.8 m wide tilting platform, where the flow along the X-axis is driven by a longitudinal bed slope (Sx = 0.12 %) with no transverse slope. The sidewalls of the block and the platform bottom are hydraulically smooth, and all the street cross-sections are rectangular (width b = 15 cm, and height of 15 cm). The studied configuration represents a highly simplified flooded street network with two inflows and four outflows, centered on a city block featuring an interior open space and surrounded by four streets.
The experiments were performed under a steady flow regime, with a total inflow discharge, Qi1+Qi2 = 6.5 l/s, partitioned between the inflow in the Right street (Qi1 = 4.5 l/s) and the Left street (Qi2 = 2.0 l/s).
The block was studied under three cases of increasing porosity, denoted as C1, C2, and C3. The pollutant release strategy involved two types of durations: a “very long release” duration exceeding 2500 s, applied to cases C1, C2 and C3; “short release” durations of 25 s, 100 s, 250 s, 1220 s and 2110 s, applied only to case C1.
The experimental dataset includes:
very long release experiments: (i) temporal and spatial distributions of concentration for the three cases C1, C2, and C3 at one-second time steps; (ii) time-evolution of the corresponding spatial-averaged concentration for each case;
short releases: (i) temporal and spatial distributions of concentration for the case C1 at one-second time steps for durations of 25 s, 100 s, 250 s and 1220 s; (ii) time-evolution of the corresponding spatial-averaged concentration in case C1 for 25 s, 100 s, 250 s, 1220 s and 2110 s.
A complementary experimental dataset providing time-averaged surface velocity fields and flow discharges for each block cases is available in: Mejía-Morales, Miguel Angel; Mignot, Emmanuel; Paquier, André; Proust, Sébastien, 2023, "Data set of a laboratory experiment on the impact of the conveyance porosity of an urban block on the flood risk assessment", https://doi.org/10.57745/UJOCJ8, Recherche Data Gouv, where cases C1, C2 and C3 are denoted as C00-04, C1_block and C00-12, respectively
Poor welfare hampers the success of racehorses
No full textData associated with the article 'Poor welfare hampers the success of racehorses' submitted for publication in the journal Applied Animal Behaviour Scienc
Indicateurs des séries annuelles issus des projections hydrologiques Explore2 pour le modèle ORCHIDEE sous RCP 4.5
No full textIndicateurs des séries annuelles issus des débits journaliers simulés par le modèle hydrologique ORCHIDEE pour l'ensemble des projections climatiques Explore2 sous RCP 4.5. Ces fichiers résultent de l'agrégation temporelle des simulations hydrologiques sous runs historiques (avant 2005) et des projections hydrologiques (post 2005), fichiers NetCDF disponibles au téléchargement dans la collection Explore2 - Projections hydrologiques.
Ce dépôt regroupe un tableau par indicateur et chaîne de simulation, c'est-à-dire, scénario d'émission RCP, couple GCM/RCM, correction de biais BC et modèle hydrologique HM. Ces données sont brutes et contiennent donc des chaînes de projections jugées aberrantes / horsains qu'il est possible de filtrer grâce à des métadonnées supplémentaires. Pour des raisons techniques, ces indicateurs sont regroupés par dossiers compressés selon les différentes phases du régime hydrologique.
La description des chaines de modélisation du climat et celle des modèles hydrologiques sont, respectivement, disponibles dans le rapport https://doi.org/10.57745/PUR7ML et dans les annexes du rapport https://doi.org/10.57745/S6PQXD. Retrouvez le diagnostic des modèles hydrologiques résumé à l'échelle des régions hydrologiques dans les fiches téléchargeables ici : https://doi.org/10.57745/DMFUXW.
Métadonnées supplémentaires : Récapitulatif de l'ensemble des indicateurs hydrologiques : https://doi.org/10.57745/JVNHQL Récapitulatif de l'ensemble des chaînes de simulation : https://doi.org/10.57745/R6HG5X Description de l'ensemble des points de simulation : https://doi.org/10.57745/UTKWR5 Liste des chaînes de modélisation jugées aberrantes / horsains : https://doi.org/10.57745/YZNENQ Récapitulatif des années pivots utilisées pour la TRACC : https://doi.org/10.57745/DCOQM6
Décomposition des chaînes de caractères formant le nom des fichiers parquet, séparées par des "_" : {1} Indicateur : Le nom de l’indicateur, du type de statistique calculée {2} Échantillonnage : Échantillonnage temporel sur laquelle est calculé l’indicateur → {1}_{2} Variable : Variable résultante d'un indicateur temporellement contextualisé {3} EXP : Identifiant de l’expérience historique (post 2005) ou future (post 2005) {4} GCM : Identifiant du GCM forçeur {5} RCM : Identifiant du RCM {6} BC : Identifiant de la méthode de correction de biais statistique {7} HM : Identifiant du modèle hydrologique
Les colonnes des fichiers parquet sont : EXP : Voir ci-dessus GCM : Voir ci-dessus RCM : Voir ci-dessus BC : Voir ci-dessus HM : Voir ci-dessus code : Code à 10 caractères du point de simulation fourni dans la description des points de simulation date : Date du début de la période annuelle d'agrégation (i.e. 2042-05-01 indique que l'année hydrologique commence en mai, plus d'information dans les métadonnées de variable) *Variable* : Voir ci-dessus
Retrouvez des scripts d'aide pour utiliser ces données parquet
Genotype-Specific Root Morphology and Metabolic Traits Shape Bacterial Communities and Tolerance to Fusarium Root Rot in Wheat
No full textThis dataset comprises 16S rRNA gene amplicon sequences obtained from the rhizosphere and root endosphere of four wheat (Triticum aestivum) varieties—Concret, Mutic, Oregrain, and Pilier—grown under controlled conditions. These varieties display contrasting levels of tolerance to Fusarium graminearum, the causal agent of Fusarium root rot (FRR). The sequencing effort was conducted as part of a doctoral study at the Université de Lorraine (France) aimed at characterising the influence of wheat genotype and FRR tolerance on root-associated bacterial community structure and diversity.
DNA was extracted from rhizosphere soil and surface-sterilised root samples and subjected to 16S rRNA gene amplicon sequencing, targeting the V5–V7 regions. Library preparation followed standard protocols for Illumina MiSeq paired-end sequencing (2×250 bp) and was performed by Genoscreen (France). A total of 40 samples (five biological replicates per genotype and compartment) were sequenced. For each sample, two FASTQ files were generated (R1 and R2) corresponding to forward and reverse reads; primer sequences were removed from the raw reads.
These sequence data can be used for downstream analyses of microbial community diversity and composition (e.g., taxonomic assignment, alpha and beta diversity, community profiling). Complementary metabolomics data, generated by untargeted Orbitrap LC-MS analysis in positive and negative ion modes, include 879 metabolic features that can be used to explore genotype-specific metabolic–microbiome relationships
Data associated to the article: Macrophage-induced reduction of bacteriophage density limits the efficacy of in vivo pulmonary phage therapy
No full textThe data is presented in an Excel file with multiple tabs that contain the numerical values corresponding to flow cytometry data, Kaplan-Meir analysis, bioluminescent recording from live animals, CFUs, PFUs from murine lungs, qPCR for phage DNA, fluorescent signal quantifications from microscopy images of murine alveolar macrophages. All microscopy images associated to the manuscript are available in the Bioimage Archive repository (see “Related Dataset”)