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Récapitulatif de l'ensemble des chaînes de simulation de la sélection Explore2
No full textContient la liste de l'ensemble des chaînes de simulation dans Explore2.
Plus précisément, la sélection Explore2 regroupe :
3 trajectoires représentatives de concentration (RCP) du GIEC,
6 Modèles de Circulations Générales (GCM),
9 Modèles Climatiques Régionals (GCM),
2 Corrections de Biais (BC) et
9 Modèles Hydrologiques (HM)
soit 17 couples GCM/RCM qui se déclinent en 72 chaînes de projections climatiques (climateChain) et 540 chaînes de projections hydrologiques (Chain).
Parmi ces 72 chaînes de projections climatiques, quatre narratifs représentatifs de quatre futurs contrastés en fin de XXIe siècle sous scénario d'émissions de gaz à effet de serre fortes (RCP 8.5) ont été identifiés :
VERT Réchauffement marqué et augmentation des précipitations
JAUNE Changements futurs relativement peu marqués
ORANGE Fort réchauffement et fort assèchement en été (et en annuel)
VIOLET Fort réchauffement et forts contrastes saisonniers en précipitations
Ces narratifs illustrent les incertitudes liées au climat.
Sont mises à disposition également les simulations hydrologiques obtenues avec la réanalyse SAFRAN en temps présent qui viennent compléter l'ensemble des projections Explore2.
Les colonnes des métadonnées chaines_simulations_Explore2.csv sont :
EXP trajectoires représentatives de concentration (RCP) du GIEC ou SAFRAN,
GCM Modèles de Circulations Générales,
RCM Modèles Climatiques Régionals,
BC Corrections de Biais,
HM Modèle Hydrologique,
climateChain chaîne de simulation climatique (format EXP_GCM_RCM_BC),
Chain chaîne de simulation hydrologique (format EXP_GCM_RCM_BC_HM),
storyline_name si il existe, nom du narratif,
storyline_info description du narratif,
storyline_color couleur associée à un narratif,
storyline_color_light couleur avec une plus faible opacité associée à un narratif.
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Datasets of variants from DNAseq and RNAseq in pigs
No full textThese datasets correspond to .vcf files (variants calling files) obtained from DNAseq and RNAseq in different tissues in pigs.
Dataset1 corresponds to data generated from reciprocal crosses used to study genomic imprinting in hypothalamus and muscle in 1day piglets.
Dataset2 corresponds to data generated from reciprocal crosses used to study genomic imprinting in placenta in 110days post-fertilization fetuses.
Metadata of individuals (pedigree) are also available.
- Dataset1_DNAseq_variants_final.vcf.gz corresponds to variants identified from blood DNA in both parents and offspring (n=14) only on autosomes;
- Dataset1_RNAseq_hypothalamus_variants_final.vcf.gz corresponds to variants identified from hypothalamus RNA in offpsring (n=9) only on autosomes;
- Dataset1_RNAseq_muscle_variants_final.vcf.gz corresponds to variants identified from muscle RNA in offpsring (n=9) only on autosomes;
- Dataset1_Metadata_Pedigree.txt corresponds to pedigree information and samples ID in Dataset1;
- Dataset2_DNAseq_variants_final.vcf.gz corresponds to variants reconstructed from DNA in both parents and offspring (n=71) only on autosomes;
- Dataset2_RNAseq_placenta_variants_final.vcf.gz corresponds to variants identified from placenta RNA in fetuses (n=54) only on autosomes;
- Dataset2_Metadata_Pedigree.txt corresponds to pedigree information and samples ID in Dataset2.
Both datasets are used in the preprint https://doi.org/10.1101/2025.03.09.64226
Gestational Diabetes Mellitus experimental rat model mother plasma metabolomics raw data during mild gestation and lactation
No full textGestational Diabetes Mellitus represents a major public health concern due to adverse maternal post-partum and long-term outcome. Current strategies to manage GDM fail to reduce the maternal risk to develop later impaired glucose tolerance and type 2 diabetes . In a rodent model of diet-induced Gestational Diabetes Mellitus without obesity, we explored the perinatal metabolic adaptations in dams with gestational IGT followed by either persistent or resolved post-partum impaired glucose tolerance. Female Sprague-Dawley rats were fed a High-Fat High-Sucrose or a Chow diet, one week before mating and throughout gestation. Following parturition, High-Fat High-Sucrose dams were randomized to two subgroups: one switched to Chow diet and the other one maintained on High-Fat High-Sucrose diet throughout lactation. Oral glucose tolerance tests were performed at Gestation-days G12 and G18, Lactation-days L12 and L18. Plasma metabolome-lipidome were characterized at G12 and L12. These oral glucose tolerance tests-raw data and metabolomics/lipidomics raw data are synthetized in this datase
European biodiversity data for invertebrates in the DRYvER project
No full textAbundance, density, mean length, mean dry mass, and mean secondary production of all macroinvertebrate taxa collected in the six European DRNs, together with associated environmental data collected during invertebrate sampling. Environmental and background variables include flow state, number of subsamples, sampled area, maximum, minimum, and mean wetted width, bankfull width at minimum and maximum wetted widths, pH, conductivity, temperature, dissolved oxygen (absolute concentration and % saturation), discharge, percentage of inorganic substrates, percentage cover of macrophytes and other organic substrates, mean water velocity, substrate embeddedness, maximum depth, and reach length
Leaf phenology of sessile oak (Quercus petraea) and Seasonal variations in the fraction of light intercepted by the tree crowns
No full textThe dataset results from a 10-year experiment conducted on sessile oak (Quercus petraea) both in a provenance plantation (Sillegny, NE France) and in a network of mature stands along a wide altitudinal gradient (Pyrénées, SW France). The aim was to assess the use of seasonal variations in the fraction of light intercepted by the tree canopy to (1) date the successive events of leafing in spring and leaf senescence in autumn, and (2) monitor environmental gradients in leaf phenology, such as those induced by altitude.
The fraction of radiation intercepted (FiR) by the canopy of each studied tree population was estimated from continuous measurements of the radiation transmitted through the tree crowns and the radiation incident above the canopy. This was done in the wavelengths of photosynthetically active radiation (PAR) and in the blue and green spectral bands using two types of sensors, quantum sensors and photodiodes, respectively. In a given spectral band, FiR =1- Transmittance, where Transmittance= transmitted radiation / incident radiation. The time series of FiR have been produced with a daily frequency year by year. The dataset includes all the time series produced, from the raw measurements to the annual series of daily FiR.
Temporal variations in FiR were smoothed to different degrees to best capture seasonal transitions using several models: non-parametric smoothers (Spline, Whittaker) and a parametric model (Gompertz). Metrics were extracted that systematically date variations in the modelled annual trajectory during leafing and senescence. The dataset includes the metrics produced for each model for each population, year by year.
The metrics were evaluated by comparing them with visual phenological observations in the field, pooled by population. These data are also included.Le jeu de données résulte d'une expérience de 10 ans menée sur le chêne sessile (Quercus petraea) à la fois dans une plantation de provenance (Sillegny, NE France) et dans un réseau de peuplements matures le long d'un large gradient altitudinal (Pyrénées, SO France). L'objectif était d'évaluer l'utilisation des variations saisonnières de la fraction de lumière interceptée par le couvert pour (1) dater les stades successifs de feuillaison au printemps et de sénescence des feuilles en automne, et (2) suivre l’évolution des gradients environnementaux de la phénologie des feuilles, tels que ceux induits par l'altitude.
La fraction de rayonnement interceptée (FiR) par chaque population d'arbres étudiée a été estimée à partir de mesures continues du rayonnement transmis à travers les houppiers et du rayonnement incident au-dessus de la canopée. Ces mesures ont été effectuées dans les longueurs d'onde du rayonnement photosynthétiquement actif (PAR) et dans les bandes spectrales bleue et verte à l'aide de capteurs quantiques et de photodiodes, respectivement. Dans une bande spectrale donnée, FiR =1- Transmittance, où Transmittance = rayonnement transmis / rayonnement incident. Les séries temporelles de FiR ont été produites avec une fréquence quotidienne, année par année. Le jeu de données comprend toutes les séries temporelles produites, depuis les mesures brutes jusqu'aux séries annuelles de FiR quotidien.
Les variations temporelles de FiR ont été lissées à différents degrés à l'aide de différents modèles pour en capter au mieux les transitions saisonnières: des lisseurs non paramétriques (Spline, Whittaker) et un modèle paramétrique (Gompertz). Des métriques ont été extraites qui datent systématiquement les variations de la trajectoire annuelle modélisée, au cours de la feuillaison et de la sénescence. Le jeu de données comprend les métriques produites pour chaque modèle pour chaque population, année par année.
L'évaluation des métriques était fondée sur une comparaison avec des observations phénologiques visuelles sur le terrain, agrégées par population. Ces données sont également fournies
Dataset and code for publication entitled "Crop diversity reduces pesticide use more efficiently with refined diversification strategies" in Communications Earth & Environment
No full textOne CSV table and one R script used for analysis. The additional table "table_description" describes the columns of the CSV file
Monochamus galloprovincialis official trapping data
No full textThe data provided relate to temporal and spatial monitoring of Monochamus sp. implemented in France since 2012. This beetle is the vector of a priority quarantine organism in the territory of the Union, Bursaphelenchus xylophilus. Every year, official monitoring is carried out on the national territory, in accordance with European regulations (article 24 of Regulation (EU) 2016/2031), and thousands of insects are collected and analyzed in the laboratory to search for the presence of the pinewood nematode. This data, centralized by the ESV Platform, is collected by various field structures (DSF, SRALs, FREDONs, etc.) within the framework of agreements with the ministry in charge of agriculture and its regional services. The traps used are of the Crosstrap type, baited with pheromones, Galloprotect Pack or Galloprotect 2D. It is important to note that the insects are euthanized on site using an insecticide integrated into the trap. All Monochamus collected and analyzed for Bursaphelenchus xylophilus gave a negative result. A file (Monochamus_Trapping_2025-09-16.xlsx) is available, including two tabs: the dataset from the insect monitoring (Data tab) and a table of attributes describing the different variables (MetaData).Les données mises à disposition relatent d’un suivi temporel et spatial de Monochamus sp. mis en place en France depuis 2012. Ce coléoptère est le vecteur d’un organisme de quarantaine prioritaire sur le territoire de l'Union, Bursaphelenchus xylophilus. Chaque année une surveillance officielle est réalisée sur le territoire national, conformément à la réglementation européenne (article 24 du règlement (UE) 2016/2031), et des milliers d’insectes sont collectés et analysés en laboratoire pour recherche de la présence du nématode du pin. Ces données centralisées par la Plateforme ESV sont récoltés par de différentes structures de terrain (DSF, SRALs, FREDONs…) dans le cadre de conventions avec le ministère en charge de l'agriculture et ses services régionaux. Les pièges utilisés sont du type Crosstrap, appatés avec les phéromones, Galloprotect Pack ou Galloprotect 2D. Il est important de noter que les insectes sont euthanasiés sur place grâce à un insecticide intégré au piège. L'ensemble des Monochamus collectés et soumis à l'analyse pour Bursaphelenchus xylophilus ont donné un résultat négatif. Un fichier (Monochamus_Trapping_2025-09-16.xlsx) est mis à disposition comprenant deux onglets : le jeu de données issu de la surveillance de l’insecte (onglet Data) et un tableau des attributs décrivant les différentes variables (MetaData)
Data from: Conversion of arable land to perennial bioenergy crops increases soil organic carbon stocks on the long term
No full textPerennial C4 bioenergy crops can combine high productivity and low input requirements. However, their impact on soil organic carbon (SOC) stocks remains uncertain. The aim of this study was to assess the long-term impact of converting arable land to perennial bioenergy crops on SOC stocks for two crop species (miscanthus and switchgrass) and several crop management practices (nitrogen fertilization, harvest date and irrigation). We analyzed two long-term experiments. Site 1 was located in Estrées-Mons, northern France (49.872°N, 3.013°E), and corresponded to the INRAE long-term experiment called “Biomass & Environment”. Site 2 was located in Montgaillard-Lauragais, southern France (43.433°N, 1.679°E), and was managed by Arvalis. Both sites were sampled initially and after 12 (site 1) or 13 (site 2) years. SOC concentrations, δ13C values and bulk densities were measured in order do calculate SOC stocks at equivalent soil mass and changes in “new” and “old” SOC stocks. The dataset is organised to calculate stocks at equivalent soil mass using the SimpleESM R script (https://github.com/fabienferchaud/SimpleESM)
Indicateurs des changements par niveaux de réchauffement TRACC issus des projections hydrologiques Explore2 pour le modèle MORDOR-TS (référence 1976-2005)
No full textIndicateurs des changements par niveaux de réchauffement TRACC issus des débits journaliers simulés par le modèle hydrologique MORDOR-TS pour l'ensemble des projections climatiques Explore2 sous RCP 8.5. Ces fichiers résultent de l'agrégation temporelle des simulations hydrologiques sous runs historiques (avant 2005) et des projections hydrologiques (post 2005), fichiers NetCDF disponibles au téléchargement dans la collection Explore2 - Projections hydrologiques.
Ce dépôt regroupe un tableau par indicateur, niveau de réchauffement et chaîne de simulation, c'est-à-dire, couple GCM/RCM et modèle hydrologique HM. Ces données sont brutes et contiennent donc des chaînes de projections jugées aberrantes / horsains qu'il est possible de filtrer grâce à des métadonnées supplémentaires. Pour des raisons techniques, ces indicateurs sont regroupés par dossiers compressés selon les différentes phases du régime hydrologique.
La description des chaines de modélisation du climat et celle des modèles hydrologiques sont, respectivement, disponibles dans le rapport https://doi.org/10.57745/PUR7ML et dans les annexes du rapport https://doi.org/10.57745/S6PQXD. Retrouvez le diagnostic des modèles hydrologiques résumé à l'échelle des régions hydrologiques dans les fiches téléchargeables ici : https://doi.org/10.57745/DMFUXW.
Définition des narratifs hydrologiques : L'ensemble des descriptions des narratifs hydrologiques définis dans le cadre de la TRACC par niveaux de réchauffement et secteurs hydrographiques est défini ici : https://doi.org/10.57745/KAHIWJ.
Métadonnées supplémentaires : Récapitulatif de l'ensemble des indicateurs hydrologiques : https://doi.org/10.57745/JVNHQL Récapitulatif de l'ensemble des chaînes de simulation : https://doi.org/10.57745/R6HG5X Description de l'ensemble des points de simulation : https://doi.org/10.57745/UTKWR5 Liste des chaînes de modélisation jugées aberrantes / horsains : https://doi.org/10.57745/YZNENQ Récapitulatif des années pivots utilisées pour la TRACC : https://doi.org/10.57745/DCOQM6
Décomposition des chaînes de caractères formant le nom des fichiers parquet, séparées par des "_" : {1} Indicateur : Le nom de l’indicateur, du type de statistique calculée {2} Échantillonnage : Échantillonnage temporel sur laquelle est calculé l’indicateur → {1}_{2} Variable : Variable résultante d'un indicateur temporellement contextualisé {3} RWL : Niveau de réchauffement TRACC (RWL-(20|27|40)) → {1}_{2}_{3} Changement : Changement d'une variable pour un niveau de réchauffement TRACC par rapport à une période de référence, défini dans le récapitulatif des indicateurs hydrologiques {4} EXP : Identifiant de l’expérience historique (post 2005) ou future (post 2005) {5} GCM : Identifiant du GCM forçeur {6} RCM : Identifiant du RCM {7} BC : Identifiant de la méthode de correction de biais statistique {8} HM : Identifiant du modèle hydrologique {9} Référence : Période de référence (ref-YYYYMMDD-YYYYMMDD)
Les colonnes des fichiers parquet sont : EXP : Voir ci-dessus GCM : Voir ci-dessus RCM : Voir ci-dessus BC : Voir ci-dessus HM : Voir ci-dessus code : Code à 10 caractères du point de simulation fourni dans la description des points de simulation *Changement* : Voir ci-dessus
Retrouvez des scripts d'aide pour utiliser ces données parquet
Hydrological reconstruction (1960-2021) of the Bükkösdi DRN (Hungary)
No full textHydrological model outputs at daily time step for the reconstruction period (1960-2021) in the Bükkösdi DRN (Hungary).
Simulated discharge, baseflow an state of flow (flowing/dry) is spatially distributed at the reach scale.
Other hydroclimatic variables (temperature, precipitation, rainfall, snowfall, potential evapotranspiration, actual evapotranspiration, vegetation interception, snow water equivalent, saturation of the soil layer, saturation of the grounwater layer) are spatially aggregated at the catchment scale