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Replication Data for: Experimental evaluation of zinc and copper terrestrial ecotoxicity prediction by life cycle assessment in agricultural recycling of livestock effluent
No full textThe agronomic benefits of organic waste application on farmland can be overshadowed by the potential health and environmental impacts associated with trace element emissions, especially copper (Cu) and zinc (Zn). This has prompted a need for life cycle assessment (LCA) models to predict their terrestrial comparative toxicity potential (CTP) and impact score. We compared the LCA (reference method) prediction ability with that obtained with an experimental dataset obtained from a month-long incubation experiment (experimental method) on a soil amended or not with 31 livestock effluents mimicking agronomically-relevant scenarios. The impact scores for Cu and Zn differed between the reference and experimental methods due to CTP discrepancies between the two methods. The application of 31 livestock effluents on the soil resulted in variability in the experimentally determined CTP for Zn and Cu (0.6 and 1.9 log10 units) comparable to the CTP variability estimated by the reference method for several hundred worldwide soils. These results could be explained by the inadequate prediction of the dissolved organic carbon concentration and Cu and Zn concentration and speciation in soil solution. We propose refinements to the multilinear regressions used for CTP computation that take the soil property patterns following livestock effluent application on soils into account
Data for "Intercrop overyielding is maintained under estimated water and nitrogen stress in maize-cowpea on-farm trials in semi-arid Zimbabwe"
No full textThese are the raw data of the paper "Intercrop overyielding is maintained under estimated water and nitrogen stress in maize-cowpea on-farm trials in semi-arid Zimbabwe” authored by Illiana W. Kwenda, Gatien N. Falconnier, Rémi Cardinael, François Affholder, Antoine Couëdel, Frederic Baudron, Angelinus C. Franke, Isaiah Nyagumbo, Stanford Mabasa, Mathilde de Freitas, Valentin Pret, Souleymane Diop, Eleanor F. Magwaza, Regis Chikow
Weekly symptoms quantification from image analysis of seven isolates of Pseudocercospora fijiensis inoculated on eleven banana genotypes under controlled conditions from 42 to 98 days after inoculation
No full textDetails about inoculation protocol and image analysis are provided in the associated publication
NIR Hyperspectral imaging for Hardness of Gari/Eba (cooked dough), at IITA, Ibadan, Nigeria
No full textThe near-infrared hyperspectral images of freshly prepared Gari_Eba produced from 23 cassava genotypes were acquired using the SPECIM FX 17 Camera. Gari_Eba dough was homogenized and placed on the translation stage for a line scan image capture. The hyperspectral image was captured in the 900 to 1700 nm wavelength range and has a spectral resolution of 8 nm. Reflectance calibration and image segmentation were carried out using the Breeze Software (version 2024.0.1) to extract the average spectra from each image. An attempt to predict the textural attributes of Gari_Eba was performed by combining the samples’ average spectra with the reference texture values. NIR hyperspectral imaging demonstrated a promising prediction performance for the hardness of Eba but could not accurately predict other textural attributes of Eba. Further attempts will be made by extracting the effective wavelengths from the average raw spectra to improve the model's accuracy by removing the redundant information. The coefficient of determination in calibration for hardness was 0.90 and prediction performance of 0.76 respectively
Body Condition Scoring Grid for Camel (Sahel and Saharan areas)
No full textThis dataset presents a Body Condition Scoring gried for the Camels living in the Sahel and Saharan areas. We propose a BCS grid with six levels admitting the hypothesis that in the camel populations, extreme animals could be present, being very thin (nutritional state worsened by parasitism), or very fatty
Démographie des troupeaux camelins au Maroc de 2018 à 2023
No full textCe jeu de données est le résultat de trois études ont porté sur l’élevage camelin dans différentes zones arides du Maroc (Zagora, Guelmim-Oued Noun, M’hamid El Ghizlane et Tagounit), dans le cadre des travaux de l’Institut Agronomique et Vétérinaire Hassan II, en partenariat avec le CIRAD et d’autres institutions.
Compte tenu de la dispersion géographique et de la mobilité des éleveurs, l’échantillonnage a été réalisé selon la méthode “boule de neige”, en collaboration avec les services vétérinaires (ONSSA), les autorités locales ou les chefs de tribus. Les campagnes de collecte se sont déroulées entre mars et mai, sur des périodes variant de 45 jours à deux mois selon les mémoires.
Les variables recueillies concernent la structure et la taille des troupeaux (sexe, âge, effectifs, composition) et les paramètres démographiques (taux de naissance, mortalité, productivité, exploitation).
Les données sont présentées sous la forme d'une base Access structurée en 3 onglets :
- T_HERD décrit des fermes d'élevage de camélidés au Maroc, avec des informations administratives et temporelles, mais sans données géolocalisées précises. L'onglet contient 305 entrées (lignes) et 19 colonnes.
- T_Q1 détaille les caractéristiques reproductives et démographiques des camélidés dans les fermes, avec une forte proportion de femelles et des événements reproductifs peu fréquents. L'onglet contient 15 154 entrées (lignes) et 15 colonnes.
- T_Q2_1 décrit les événements d'entrée (principalement des achats) de camélidés dans les fermes, avec des informations sur l'âge, le sexe et la valeur d'entrée, mais avec de nombreuses données manquantes sur la race, la date, le lieu et le vendeur. L'onglet contient 272 entrées (lignes) et 11 colonnes.</ul
Enquête auprès de 300 ménages ruraux au Zimbabwe : Les déterminants de la consommation de viande sauvage
No full textCette enquête a été réalisée auprès de 300 ménages agricoles à Binga au sud ouest du Zimbabwe dans le cadre du projet SWM (Sustainable Wild Meat)
Base de référence spatialisée de l'occupation du sol, périphérie Est de Parakou, Nord-Bénin, 2023.
No full textBase de données vectorielles au format ESRI-shapefile.
La région couverte par l’étude représente environ 130km2 et se situe à la périphérie Est de la ville de Parakou au Nord Bénin.
Cette base de données contient la digitalisation, à partir d'images satellite Pléiades-Néo à 30cm/pixel, de surfaces dont l'occupation, voire l'usage, a été identifiée sur le terrain. Cette vérité-terrain a été récoltée en novembre 2023, en fin de saison des pluies. Cette base contient au total 4378 polygones vectorisés, correspondant à 15,5km2 de surfaces labélisées. La délimitation des polygones a en particulier été précisément effectuée sur la base de la photo-interprétation de l’image satellite, afin de restituer le plus fidèlement les contours des objets physiques (parcelle agricole, route, arbre…), à des fins d'apprentissage d’algorithmes de Machine Learning ou de Deep Learning.
La nomenclature contient toutes les classes d’occupation du sol en présence dans la zone mais à des degrés de précision variables selon leur nature. Elle est principalement dédiée aux cultures ligneuses et espaces plantés en arbres, et ne différencie pas les différentes cultures annuelles. Elle se décline de la façon suivante :
1. Anacardiers
2. Manguiers
3. Teck
4. Karité
5. Néré
6. Gmelia Arborea
7. Autres ligneux (neem, ficus, croton, isoberlinia, eucalyptus, terminalia, daniela, iroko, palmiers, cocotiers, kayha senegalensis, arbres ornementaux, etc…)
8. Autres vergers (papayers, bananiers, agrumes, etc…)
9. Agroforesterie (association d’arbres fruitiers dont manguier et/ou anacardiers et d’essences forestières, en exploitation ou en jachère)
10. Forêts (y compris forêts claires, savanes arborées, ripisylves, etc…)
11. Milieux arbustifs
12. Cultures annuelles (coton, soja, mais, sorgho, mil, riz, igname, manioc, tabac, niebe, légumes, etc… ) et autres milieux herbacés naturels ou non
13. Sol nu, pistes, routes
14. Bâti et autres surfaces artificialisées
15. Eau
16. Végétation aquatique<br
Population genomics of African cultivated sorghum: vcf file and passeport and archaeological data
No full textThis dataset is accompanying the manuscript "Integrating ethnolinguistic and archaeobotanical data to uncover the origin and dispersal of cultivated sorghum in Africa: a genomic perspective", available on bioRxiv under the accession 2025.04.16.648676 and is under consideration for recommendation in Peer Community in Evolutionary Biology.
The aim of the study was to shed light on the domestication process of sorghum (its origin and diffusion) by integrating ethnolinguistic, archaeobotanical and genomic data. The origin and spread of cultivated sorghum were considered to result from both biological and social processes, with two leading questions: firstly, how human social groups could have contributed to the dissemination of initial sorghum populations, and secondly, how linguistic barriers could have subsequently contributed to the isolation of sorghum populations from each other and to the building of its current genetic structure.
We analysed genotyping-by-sequencing data of 210 african accessions of cultivated sorghum using population genetics approach and spatially-explecit modelling to analyse the population diversity and sorghum of African cultivated sirghum, and to infer its area of origin, as well as the timing of the onset of its expansion and the speed rate of its initial diffusion.
The dataverse repository consist in the genotypic data (vcf format; data_sorgho_210CoreColl‧vcf), the passport data (Dataset_S1.txt), and the table with the information on the archaeological sites considered in the study (ArcheoSitesSorghum‧txt),.
The custom R codes used to performed the analyses are available on the CIRAD Gitlab platform (https://gitlab.cirad.fr/agap/sorgho/africrop_sorghum).
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Hyperspectral dataset for fresh cassava roots at IITA, Ibadan, Nigeria
No full textThis dataset contains 42 average spectral of fresh, intact cassava roots acquired using the hyperspectral imaging system (SPECIM FX17).The samples were placed on a translation stage at a distance of 30 cm from the camera's focus. A duplicate scan of each cassava genotype was captured using the hyperspectral imaging system. The image was segmented to separate the background and the sample pixels and further processed to extract the spectra information of the samples. The dataset also contains the dry matter content of the cassava samples