eKhSACIR інституційному репозитарії Харківської державної академії культури
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Variability of stress biomarker expression in a model organism for terrestrial ecotoxicology-Enchytraeus albidus
No full textEnchytraeid (Annelida, Oligochaeta) are ecologically relevant terrestrial organisms involved in the litter decomposition, bioturbation, nutrient cycling (Zhang et al, 2017), and the porosity and soil structure, etc. (Gomes et al, 2012). The enchytraeid are present in a wide range of ecosystems (Didden et al 2001) and come into contact with the different soil constitutants: the soil solution, the solid phase, and the gaseous phase (Didden et al, 2001), hence the importance to take them into account in the soil quality assessment. Moreover, anthropogenic pressures may alter the organism’s health and thus, affect the ecological functions assuring by enchytraeids. That is why the development of tools for soil quality assessment requires to understand the enchytraeid sensitivity to environmental factor variations. Many studies have shown the sensitivity of these organisms to different chemical contaminants in soils. Nevertheless, in most studies the soil used was a standard laboratory soil (Kuperman et al, 2006). The present study aims to analyze the natural variability of stress biomarker expression in an enchytraeid species exposed to 20 natural soils collected in different ecosystems: urban, forest, and agricultural. This makes it possible 1) to characterize the variability of biomarker expression, 2) to identify the soil edaphic parameters influencing the biomarker expression, and thus 3) to define the sensitivity of these tools for the soil chemical stress diagnosis. The species used for this study is Enchytraeus albidus, a model species for terrestrial ecotoxicity tests, with a short life cycle (42-days for the ecotoxicity test) (ISO 2004) and present in various ecosystems (Kasprzak, 1982, Rombke et al, 2002). They are easy to use for assessing toxic and chemical stress (Didden et al, 2001), reproduce rapidly, and can be maintained in a variety of substrates (Rombke et al, 2002). The experimental device is designed according to ISO 16387 norm (2014). The biomarkers measured during this study are life history traits (survival and reproduction) and energy reserves, the latter of which provides more detailed information on the organism’s health. In parallel, the pedo-edaphic parameters, enzymatic activities and metal contamination levels of the 20 soils are characterized. Finally, multifactorial statistical analysis of the data allow us to distinguish the predominant environmental parameters involved in the variation of stress biomarkers studied in E. albidus, and to establish the relevance of these biomarkers as tools for the soil quality assessment
The CRB-Anim web portal: access to biological resources for animal sciences
No full textInternational audienc
The response to an oral drench of propylene glycol is modified in dairy goats previously fed straw for two days compared to control fed goats
No full textSession 9: Nutritional management of health and welfareNational audienc
Nature de la fraction lipidique des préparations pour nourrisson et physiologie intestinale du jeune, étude pré-clinique dans un modèle miniporc
No full textNational audienceRapprocher les préparations pour nourrisson (PPN) du lait maternel, non seulement d’un point devue nutritionnel mais aussi d’un point de vue fonctionnel, constitue un enjeu majeur pour optimiser lasanté des nourrissons qui ne sont pas allaités par leur mère. La structure et la composition trèsparticulières de la matrice lipidique du lait maternel et la présence d’un microbiote laitier pourraient enpartie expliquer les différences physiologiques et métaboliques observées entre enfants allaités au sein etceux recevant des PPN. L’objectif de cette étude a été d’évaluer les effets de l’ajout dans les PPN dematière grasse laitière bovine, associée ou non à une souche probiotique (Lactobacillus fermentumCECT5716, Lf), sur la digestion, le microbiote et la physiologie intestinale du nourrisson à l’issue de lapériode d’allaitement.Vingt-six miniporcs Yucatan ont été allaités avec une PPN classique, c’est-à-dire à base dematières grasses végétales (MGV), ou une PPN à base d’un mélange de MGV et de matière grasse bovinesupplémentée ou non en Lf (MGL et MGL+Lf respectivement). La digestion des PPN (protéolyse,lipolyse), la composition et l’activité du microbiote rectal et la physiologie intestinale (fonctions barrièreet endocrine) ont été évaluées à l’âge de 28 jours.L’ajout de MGL associée ou non au probiotique Lf a induit une protéolyse gastrique plusimportante et a augmenté la diversité des peptides bioactifs et potentiellement antimicrobiens présentsdans l’iléon et le côlon. Une lipolyse intestinale plus importante a également été observée avec la MGL.L’association de la MGL et de Lf a de plus renforcé les défenses intestinales non spécifiques de l’hôte,via une augmentation de la densité des cellules à mucus dans le jéjunum, ainsi qu’une plus forteexpression des ARN codant les protéines des jonctions serrées (ZO-1 et occludine) et une diminution dela perméabilité transcellulaire dans le côlon. Ces effets pourraient en partie être médiés par la modulationde la composition et du métabolisme du microbiote intestinal observée dans le groupe MLG+Lf avecnotamment une sur-abondance de genres bactériens tels que Lachnospiraceae UCG-001 et Coprococcus3, et une augmentation de la production de métabolites bactériens tels que le butyrate, l’isobutyrate et leglutamate. En revanche, même si l’expression des récepteurs aux acides gras volatils FFAR3 étaitaugmentée dans le côlon dans le groupe MGL+Lf par rapport au groupe MGV, la fonction endocrineintestinale (nombre de cellules endocrines et concentration tissulaire en GLP-1) n’était pas modifiée parla PPN reçue.En conclusion, la MGL et le probiotique Lf ont modifié la digestion des PPN, l’implantation dumicrobiote et la fonction barrière intestinale du nourrisson. Ces résultats soulignent l’importance de lacomposition des PPN sur la santé digestive du nourrisson. Une étude à plus long terme nous a permis demettre en évidence des conséquences bénéfiques de ces modifications précoces sur la physiologieintestinale de l’adulte
Définition de classes de digestats agricoles en vue dla préconisation de leur insertion dans les pratiques de fertilisation
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Regulation of aquaporin expression in maize: proximal and distal eQTLs
No full textNational audiencePlasma membrane intrinsic proteins (PIPs) are aquaporins that facilitate the passive movement of water through biological membranes. These channels are involved in numerous physiological and cellular processes such as hydraulic conductivity, transpiration, photosynthesis and osmoregulation in plants. In a context of climatic changes, they could turn out to be key targets for selection of crop varieties optimized for water use efficiency. Whereas PIP mRNA levels in maize tissues vary according to the developmental stages and under varying environmental conditions, the molecular actors and mechanisms regulating the transcription of these genes remain largely unknown. Relying on the genetic material (254 maize genotypes and ~1000 K SNPs collection) and expertise of the European DROPS (DROught tolerant yielding PlantS) project, we performed GWAS (genome-wide association study) analyses in order to identify promising eQTLs (expression quantitative trait loci) associated with variation in the expression of five PIP genes in the mature and elongation zones of the leaf. In most cases, highly significant eQTLs were identified close to the PIP genes themselves suggesting the large impact of cis-regulation, as well as numerous promising distal eQTLs that appear to be mainly zone-specific. Conditional GWAS, avoiding the cis-eQTLs effects, allowed the identification of even more proximal and distal eQTLs, highlighting the complex regulation of the PIP gene expression. Deeper analyses and functional validation of several eQTLs are currently ongoing
Traque et analyse de systèmes avec légumineuses en Bourgogne-Franche-Comté pour produire des références pour l'action
No full textProd 2018-220t EA BAP équipe SPE GESTAD GEAPSI BIOmE AGROSUP INRANational audienceLes cultures de légumineuses sont peu cultivées en France alors qu’elles présentent de nombreux bénéfices agronomiques et peuvent permettre de diversifier les assolements agricoles et ainsi aboutir à la mise en place de systèmes agricoles durables. Cette étude s’intègre dans le projet Pour et Sur le Développement Régional ProSys de la région Bourgogne - Franche-Comté, dont la Chambre Régionale d’Agriculture de Bourgogne - Franche-Comté est partenaire ainsi que dans le cadre du Réseau Mixte Technologique Systèmes de culture innovants, dont l’animation est portée par la Chambre Régionale d’Agriculture de Bourgogne - Franche-Comté. Le but de cette étude est de repérer et d’analyser des systèmes intégrant des légumineuses en Bourgogne - Franche-Comté. Pour cela, la démarche suivie est celle de la traque à l’innovation. L’objectif est de trouver des agriculteurs satisfaits des cultures de légumineuses dans des systèmes de polyculture ou de polyculture-élevage, d’analyser les systèmes de ces agriculteurs pour produire des connaissances et des références qui peuvent être utiles pour des conseillers agricoles ou d’autres agriculteurs. Ainsi en contactant les conseillers agricoles des Chambres Départementales d’Agriculture de Bourgogne - Franche-Comté, 24 contacts d’agriculteurs ont été recueillis. 13 d’entre eux ont été enquêtés de manière à comprendre : leurs motivations à cultiver des légumineuses, leurs objectifs et critères de satisfactions qu’ils attendent de ces cultures, les pratiques qu’ils mettent en place pour répondre à ces objectifs et les adaptations réalisées à l’échelle de la succession de cultures et de l’exploitation agricole suite à l’intégration des cultures de légumineuses dans leur assolement. Les éléments avec légumineuses enquêtés ont été analysés en fonction des objectifs de l’agriculteur, les stratégies de maîtrise de la production et les services rendus par ces cultures ainsi que les résultats attendus par l’agriculteur. Une production de références a été réalisée pour certains éléments repérés dont les informations étaient précises et les systèmes des agriculteurs stabilisés
A descriptive analysis of bull sperm methylome using reduced representation bisulphite sequencing (RRBS).
No full textInternational audienc
Evolution de la disponibilité des métaux au cours de la minéralisation des résidus de culture dans un sol agricole
No full textNational audienc
Domestication of microbial community in action : a participatory research and multidisciplinary study of sourdough bread
No full textSince the Neolithic time, until nowadays, humans have recurrently selected microbial community for making fermented food and beverage. This represents a good opportunity to study the community ecology and evolution of microbial ecosystem during ongoing domestication. Using sourdough bread as a model system and an interdisciplinary approach including bakers, farmers, sociologist, bio-mathematicians and biologists, we analyzed the impact of human on the diversity and evolution of microbial communities in France. Natural sourdough bread is made of wheat flour, water and sourdough. Sourdough is composed of flour, water, bacteria and fungi. Bakers initiate a new sourdough by mixing flour and water, and maintained it by regular feedings with flour and water, a process called back-slopping. Using a social survey of bread-making practices and a microbial ecologist approaches, we showed that bread-making practices impact sourdough microbial species diversity. Farmerbakers maintained different yeast species than bakers. In addition, we revealed convergent phenotypic evolution of sourdough strains of different yeast species for fermentation traits indicating that bakers have independently selected for phenotype of interest regardless of the yeast species. Finally, we realized an experiment of domestication in action by asking four bakers to initiate new sourdoughs with six different flours. The weekly followed up of sourdough species composition revealed that, for each baker, a single yeast and a single bacteria species dominated the community after 3 weeks of back-slopping. Despite the introduction of new bacteria and yeast from the flour at each back-slopping, the dominant species was the one present in the home sourdough indicating that dispersion and selection occurred mostly within the bakery. All together our study highlighted that domestication of microbial community can be a good model to bridge community ecology and evolution, to study the adaptation dynamic and the genetic architecture of fast evolving traits involved in abiotic and biotic interactions