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Mutant emergence timing and population immunisation status impact epidemiological dynamics
No full textInternational audienceA key question in evolutionary epidemiology is to determine differences in the conditions that may allow some mutant strains to spread in a population where a resident strain is already circulating. Evolutionary invasion analyses assume that the immunity is long-lasting for previously infected individuals making it difficult to study traits such as immune escape. We relax this last assumption and allow the environment faced by the mutant to fluctuate outside of any epidemiological equilibrium. We introduce an original two-strains non-Markovian model that accounts for realistic immunity waning and cross-immunity, inspired by the case of SARS-CoV-2 variants. We show that mutants with increased contagiousness or with some immune escape abilities are more likely to invade the population. We also show that the timing of the introduction of mutant strain in the population is key because it is associated with the population's immunisation status. Our results underline the importance of immune waning and non-equilibrium dynamics on infectious disease evolution
Rêves de tsunami dans le Grand Concepción (Chili): un jeu de vases communicants
No full textInternational audienceEn esta comunicación, propongo poner de relieve una práctica onírica que consiste en conservar los sueños como si se tratara de un «ahorro» en el marco de una economía onírica que permite redefinir las fronteras comunitarias. Pero también, insisto en la afinidad electiva entre los sueños y los tsunamis en el territorio del Gran Concepción, donde los mal muertos a veces se desbordan hasta los sueños. Así, ante estos sobresaltos, muestro cómo se constituye una bolsa de emergencia de sueños.Dans cette communication, je propose de mettre en évidence une pratique qui consiste à conserver les rêves comme s'il s'agissait d'une « épargne » dans le cadre d'une économie onirique qui permet de redéfinir des frontières communautaires. J'insiste également sur l'affinité élective entre les rêves et les tsunamis dans le territoire du Grand Concepción, où les malemorts débordent parfois jusque dans les rêves. Ainsi, face à ces sursauts, je montre comment se constitue un "sac à rêves" d'urgence
Van Auken Newell Ann, 2023, Spring and Autumn Historiography : Form and Hierarchy in Ancient Chinese Annals, Columbia University Press, New York, 352 p. [9780231206501] : [compte rendu]
No full textInternational audienc
Cartographie des infections par les herpèsvirus et les papillomavirus humains en France : une perspective Bayésienne moderne
No full textIn 1834, Charles Picquet created the very first choropleth map related to infectious disease in France, reporting cholera mortality rates by borough in Paris. Just a few years later, in 1839, Joseph-François Malgaigne published a choropleth map showing the incidence of hernia at the district level across metropolitan France, using routinely collected data. These maps stand as the earliest examples of descriptive disease mapping for France, preceding John Snow's 1854 map of the cholera outbreak in Soho, London. This dissertation built upon Picquet's and Malgaigne's descriptive legacy and revamped it with modern statistical methods. Nearly two centuries later, continuing the tradition of the 19th-century Paris School of medical statistics, the studies in this dissertation aimed to explore the spatial heterogeneity of three major sexually transmitted viruses in France: herpes simplex virus 1 (HSV-1) and 2 (HSV-2) and human papillomavirus (HPV).These viruses are responsible for a major public health burden. HSVs cause lifelong infections with symptomatic conditions like cold sores and genital herpes. Meanwhile, Human Papillomavirus (HPV) is responsible for nearly all cases of cervical cancer. Despite the serious consequences of these infections, France currently lacks a dedicated information system specifically designed for large-scale epidemiological surveillance of these viruses. This dissertation aimed to address this gap by providing various maps related to these infections. To do so, it relied on routinely collected data from a nationwide network of medical laboratories. Data indexed across high-dimensional domains, such as those of interest in this dissertation, often suffer from sparse sample sizes, possibly preventing the computation of metrics of interest. While not always preventing their calculation, this sample sparsity can introduce substantial uncertainty and variability in their estimation. In addition, when data are not exchangeable, such as when they are labelled across space or time, specific classes of statistical approaches must be used. To answer these concerns, all studies reported in this dissertation relied on Latent Gaussian Models. This large class of models enables encoding conditional dependencies between data points. It also allows for performing statistical smoothing, thereby mitigating the issue of sparse sampling. Chapter 1 focuses on estimating the seroprevalence of HSV-1 and HSV-2 infections in France. This type of data provides antibody levels for a target pathogen, which inform about past infection status. This chapter also studies the seroprevalence of three other human herpes viruses that are of secondary interest in this dissertation: Varicella-zoster virus, Epstein-Barr virus, and Cytomegalovirus. Chapter 2 aims to study the prevalence of oncogenic HPV in metropolitan France. Its secondary aim is to compare how different sources of data impact the estimate of infection prevalence. It does so by comparing tests performed as part of the French organised screening programme and tests performed by females following a referral from their healthcare provider or following a spontaneous decision. Chapter 3 looks at the variation of the proportion of genital ulcer diseases (GUDs) caused by HSV-1 and HSV-2 in metropolitan France. It suggests that, given the identified spatial gradients, the available literature from France may overestimate the share of genital herpes (GUDs positive for HSV-1 or HSV-2) due to HSV-2, because most past studies have restricted their sampling to Paris. Altogether, these studies provide novel information about the spatial patterns of HSV and HPV infections and the proportion of genital ulcer diseases caused by HSVs. This information can be used as the bedrock for future epidemiological studies or to guide the design and implementation of spatially targeted interventions, such as increasing the screening frequency for HPV.En 1834, Charles Picquet créa une carte choroplèthe indiquant le taux de mortalité dû au choléra par arrondissement à Paris. Quelques années plus tard, en 1839, Joseph-François Malgaigne publia une carte choroplèthe décrivant l'incidence de la hernie au niveau départemental en France métropolitaine, à partir de données collectées en routine. Ces cartes constituent les premières occurrences de cartographie descriptive de maladies pour la France et précèdent celle réalisée par John Snow en 1854, celle-ci étant pourtant généralement considérée comme la carte fondatrice de l'approche spatiale en épidémiologie. Près de deux siècles après les contributions pionnières de Picquet et Malgaigne, cette dissertation poursuit la tradition de l'École de statistique médicale de Paris du XIXe siècle, mise à jour par des méthodes statistiques modernes. Plus spécifiquement, les études rapportées dans cette dissertation visent à explorer l'hétérogénéité spatiale de trois virus sexuellement transmissibles, en France : les virus de l'herpès simplex 1 (HSV-1) et 2 (HSV-2) et le papillomavirus humain (HPV). Ces virus sont responsables d'un important fardeau de santé publique. Les HSV provoquent des infections à vie avec des manifestations symptomatiques telles que l'herpès génital, source d'une susceptibilité accrue au virus de l'immunodéficience humaine. Quant à HPV, il est responsable de la quasi-totalité des cas de cancer du col de l'utérus. Malgré le fardeau de santé publique des infections par ces virus, la France ne dispose pas aujourd'hui d'un système d'information dédié à la surveillance épidémiologique à grande échelle, populationnelle, de ces virus. Cette dissertation vise à combler les lacunes informationnelles découlant de cette absence en fournissant différentes cartes relatives à ces infections. Pour ce faire, elle s'appuie sur les données collectées en routine par un réseau national de laboratoires de biologie médicale. Les données indexées sur des domaines de grande dimension se caractérisent par une faible densité d'échantillonnage, ce qui rend difficile le calcul fiable des métriques d'intérêt. Bien qu'elle n'empêche pas toujours leur calcul, cette faible densité d'échantillonnage génère une incertitude et une variabilité substantielles dans leur estimation. En outre, lorsque les données sont non échangeables des approches statistiques spécifiques doivent être utilisées pour calculer correctement l'incertitude associée à chaque estimation. Pour répondre à ces préoccupations, les études décrites dans cette dissertation s'appuient sur des modèles gaussiens latents. Cette large classe de modèles permet d'encoder les dépendances conditionnelles entre les points de données. Elle permet également d'effectuer un lissage statistique, ce qui permet d'atténuer le problème de l'échantillonnage clairsemé. Le chapitre 1 est consacré à l'estimation de la séroprévalence des infections à HSV-1 et HSV-2 en France à partir de données sérologiques. Il étudie également la séroprévalence de trois autres herpèsvirus humains (varicelle-zona, Epstein-Barr et cytomégalovirus). Le chapitre 2 s'intéresse à la prévalence des HPV oncogènes en France métropolitaine. Il montre en particulier comment la source des données utilisées (dépistage organisé ou opportuniste) influence l'estimation de cette prévalence. Le chapitre 3 examine la variation spatiale de la proportion d'ulcérations génitales causées par HSV-1 et HSV-2. Il suggère que la littérature existante pourrait surestimer la proportion relative d'HSV-2, du fait d'un échantillonnage limité à la région parisienne. Ensemble, ces études fournissent de nouvelles informations sur la répartition spatiale des infections par HSV-1, HSV-2 et HPV. Ces informations peuvent servir de base à de futures études épidémiologiques ou guider la conception et la mise en œuvre d'interventions ciblées dans l'espace, telles que l'augmentation de la fréquence du dépistage HPV
L’art de trouver de l’autonomisation à travers le renoncement. Un portrait du rite du jeûne nyungne au couvent de Khachoe Ghakyil Ling, Katmandou, Népal
No full textInternational audienceThis article presents a portrait of the Nyungne Fasting Ritual held at Khachoe Ghakyil Ling Nunnery. It explores the ritual in light of the nuns’ positioning within Tibetan Buddhism’s gendered socio-religious hierarchy, and the consequences of a swiftly changing demography in Tibetan Buddhist nunneries in exile. It further argues that the male cleric’s disregard for this challenging ritual creates space for the Tibetan nuns to explore their close bonds to food and their emotional relationships with Tantric practices.Cet article présente le rituel de jeûne nyungne qui se déroule au couvent de Khachoe Ghakyil Ling. Il explore le rituel à travers la perspective du positionnement des nonnes dans la hiérarchie socio-religieuse du bouddhisme tibétain et des conséquences de l’évolution rapide de la démographie dans les couvents bouddhiques tibétains en exil. Cette analyse souligne également que le mépris du clergé masculin pour ce rituel exigeant permet aux nonnes tibétaines d'explorer leurs relations à la nourriture et leurs liens émotionnels avec les pratiques tantriques
Multi-proxy tree ring analysis to improve the dating around the Older Dryas
No full textInternational audienceThe longest absolute tree-ring chronology is extended by the Swiss Late Glacial chronology back to about 14 000 BP (years before 1950) with an uncertainty of only 8 years (2-sig, Reinig 2020). Recently published chronologies from Southern France (Bard et al. 2023) extend the Swiss chronologies throughout the Older Dryas further back to 14 350 BP. However, an accurate placement of the mid-resolution (1yr ever 3yr) French radiocarbon chronologies is so far not available and purely base on low-resolution Swiss radiocarbon measurements.By performing stable isotope (δ18O and δ13C) measurements on French and Swiss trees and additional annual-resolution radiocarbon measurements, we will present a new accurate dating of the French chronologies. We suggest a link between Switzerland and France based on stable isotope signatures, that agrees with the new high-resolution radiocarbon measurement. The evidence of the new placement based on the new multi-proxy approach will be given.
Un nouveau regard sur la stèle dite « du Ba‘al au foudre » d’Ougarit. L’étude des techniques de taille
No full textInternational audienceCinq témoins de la statuaire syrienne du IIe millénaire avant notre ère, conservés dans les collections du musée du Louvre, ont fait l’objet d’une nouvelle étude dans le cadre des programmes de la mission archéologique syro-française de Ras Shamra-Ougarit. Ce sont des stèles en pierre découvertes sur le site de Ras Shamra-Ougarit (Syrie), dans le secteur de l’« Acropole ». Nous présentons les résultats de l’étude technique de l’œuvre la plus célèbre, la stèle dite « du Ba‘al au foudre » (RS 4.427, Louvre AO 15775), sculptée dans une calcarénite marine locale. Le processus technique de fabrication est analysé, depuis le choix de la roche et l’extraction du bloc jusqu’à la sculpture du décor et les finitions. La complexité technique et esthétique de son décor témoigne de l’intervention d’un artiste particulièrement expérimenté
Sulfur isotopes evidence spatial ecology of Late Pleistocene ungulates in southwestern France
No full textInternational audienceUnderstanding prey species spatial behaviour is key to unravelling contemporary hunter-gatherer subsistence and movement patterns. Here, we use sulfur (δ 34 S), carbon (δ 13 C) and nitrogen (δ 15 N) isotope compositions of bone collagen extracted from Rangifer, Equus, Bovinae, Capreolus, and Cervus (n = 244) to explore isotope spatial and dietary niches of several key hunter-gatherer prey species from three Late Pleistocene sites in southwestern France between MIS 5 and MIS 3. Alongside morphological identification, Zooarchaeology by Mass Spectrometry (ZooMS) was used to confirm deer taxa (n = 125) allowing for a better interpretation of the isotopic data. δ 34 S analysis identifies differences in ranging sizes between ungulates with known large ranging sizes from those with small to medium size ranges. Rangifer, who, today, have large home ranges, have the largest range of δ 34 S values and lowest δ 34 S values with low to no overlap with other ungulate species through time. This indicates that Rangifer had a larger range size with a distinct isotopic area that is different to other ungulates, potentially farther inland and farther north. Bovines and Equus have largely overlapping δ 34 S values that are similar to the modern local δ 34 S value of the sites, and Cervus and Capreolus have δ 34 S values that overlap but are slightly higher than the modern δ 34 S values, potentially indicating a ranging area to the west of the sites. These results reveal that Neanderthals hunted three different groups of game who occupied different areas of the landscape
Decoding the molecular torus of NGC 1068: Insights into its structure and kinematics from high-resolution ALMA observations
No full textInternational audienceContext. Previous kinematic analysis of the pc-scale molecular torus in NGC 1068 have revealed a very complex and inhomogeneous system involving several physical components, such as non-circular motions, turbulence, high-velocity outflows, and possibly even counter-rotation. Aims. Our study aims to dissect the kinematics and morphology of the molecular gas within the near-nuclear region of NGC 1068 to understand the mechanisms in the central Active Galactic Nucleus (AGN) that might fuel it, and the impact of its energy output on the surrounding molecular gas. Methods. We present high angular and spectral resolution ALMA observations of the HCO + ( J = 4→3) and CO ( J = 3→2) molecular lines in the near-nuclear region of the prototype Seyfert 2 galaxy NGC 1068. The spatial resolution (1.1 pc) is almost two times better than that of previous studies examining the same molecular lines at the same transitions and is the highest resolution achievable with ALMA at these frequencies. Our analysis focuses on moment maps, position-velocity (PV) diagrams, and spectra obtained at the position of the nuclear continuum source, along with a simple kinematic model developed using the 3DBarolo software. Results. Our observations reveal significant asymmetry between the eastern and western sides of the nuclear disc in terms of morphology, velocity, and line intensity. The broad lines ( σ ∼90 km/s) seen in the inner 2 pc could be accounted for by either beam smearing or highly turbulent gas in this region. Outside this radius, the mean velocities drop to ±30 km/s, which cannot be explained by asymmetric drift. We find low velocity connections extending to 13 pc, suggesting interactions with larger scale structures. The CO/HCO + line ratio at the nucleus reported here are extremely low compared to values in the literature of the same galaxy at lower spatial resolutions. We find high-velocity redshifted clouds in absorption and emission at the nuclear position. Conclusions. The molecular environment near the nucleus of NGC 1068 is highly disturbed and asymmetric, marked by the presence of a high-velocity infalling cloud. High excitation temperatures, high molecular column densities, along with the unusually low CO/HCO + line ratio close to the nucleus seem to indicate intense interaction with AGN radiation. These findings underscore the complexity of AGN feeding mechanisms and the pivotal role of high-resolution studies in unravelling the physical processes at play near supermassive black holes
Žít v knihovně, jež znamená svět
No full textInternational audienceTraduction tchèque de Vivre dans la bibliothèque du mond