Researchdata.se
Not a member yet
6142 research outputs found
Sort by
Recruitment to Retirement Workshop 2024
No full textWorkshop materials from the 2024 SciLifeLab Facility Forum - Recruitment to Retirement.
Survey questions - contains the questions and response architecture for the pre-workshop survey administered via Google Form to workshop participants, as well as Mentimeter questions and response architecture administered during the in-person workshop.
Survey data - contains de-identified aggregate responses to both the pre-workshop survey and the in-person workshop Mentimeter responses. For short text answer responses, responses were coded into the bins used in creating a graph.
These questions and data were used to create the figures and article From Recruitment to Retirement: Research Infrastructure Staff Views on the Diversification of Scientific Career Paths at Universities in Sweden in 2024 (conditionally accepted at F1000
Data för: Effekter av insekticidbehandling mot blåvingad rapsvivel (Ceutorhynchus sulcicollis) och fyrtandad rapsvivel (C. pallidactylus) på skador och skörd i höstraps (Brassica napus)
No full textWe conducted five field experiments in two cropping seasons, where we tested pyrethroid insecticide application in autumn targeting Ceutorhynchus sulcicollis, in spring targeting C. pallidactylus, as well as combined applications in autumn and spring targeting both species. We evaluated stem injury, emergence of the new generation of weevils and crop yield and oil content. The dataset contains stem weevil injury (184 rows), pod injury (92 rows), weevil emergence (92 rows) and yield data (72 data rows).
The Swedish Board of Agriculture (Jordbruksverket) has monitored insects in the field locations and contributed to data collection concerning the insects and their injuries to the crop. The Rural Economy and Agricultural Societies (Hushållningssällskapet) has managed and harvested the experiements, and provided yield data.
More information about the data can be found in the readme.txt. file.Vi genomförde fem fältförsök under två odlingssäsonger där vi testade applicering av pyretroid-insekticider på hösten mot Ceutorhynchus sulcicollis, på våren mot C. pallidactylus, samt kombinerad applicering på hösten och våren mot båda arterna. Vi utvärderade stamskador, uppkomsten av den nya generationen vivlar samt skörd och oljehalt. Data innehåller vivelskador i stjälkar (184 rader), skador på skidor (92 rader), uppkomst av vivlar (92 rader) och skördedata (72 datarader).
Jordbruksverket har övervakat insekter på försöksplatserna och bidragit till datainsamlingen gällande insekterna och deras skador. Hushållningssällskapet har skött och skördat experimenten samt bidragit med skördedata.
Mer information om data finns i filen readme.txt
Kubord 2: Ordrelationer Sydsvenskan 2023
No full textKubord 2 is an updated version of Kubord and contains both token frequencies and word relations from modern newspaper texts from the The National Library of Sweden.Kubord 2 är en uppdaterad version av Kubord och innehåller utöver ordfrekvenser även ordrelationer från moderna tidningstexter från Kungliga biblioteket
Supplementary Fig. 2c | Pluripotency markers in genome-edited iPSC lines
No full textThis item is part of the Figshare Project:
Early mitochondrial dysfunction revealed across FUS- and TARDBP-ALS at single cell resolution
From Data Availability Statement for the forthcoming paper in Nature Communications entitled:
Single-cell RNA sequencing reveals early mitochondrial dysfunction unique to motor neurons shared across FUS- and TARDBP-ALS
"We have deposited all raw and processed RNA sequencing data generated in this study on the NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) under the accession number GSE226482. The C9orf72-ALS bulk RNA sequencing data was retrieved directly from the authors of the study.
[Items under this Figshare Project contain:] "Scans of fluorescent western blots, raw imaging files from confocal microscopy, the analysis files from Opera Phenix, qPCR data sets, and Seahorse assay result files."
--------------------------------------------
[Item specific description:]
Expression of pluripotency markers in genome-edited iPSC lines by immunofluorescene microscopy.
The microscopy file format is ND2 which can be opened with the free standalone program NIS-Elements Viewer (Nikon). More information about the software and file format can be found here: https://www.microscope.healthcare.nikon.com/products/software/nis-elements/software-resource
Naturens kalender: Försommarkollen - fenologiska observationer av medborgarforskare
No full textNature's Calendar (www.naturenskalender.se, in Swedish only) is run by the Swedish National Phenology Network (SWE-NPN), a consortium of Swedish universities, governmental agencies and non-governmental organisations. The Swedish University of Agricultural Sciences (SLU) hosts the network and is part of the university's program for environmental monitoring and assessment. The main task for the Nature's calendar is to collect observations of different spring and autumn signs appearing during the vegetation season. SWE-NPN is connected to the monitoring of the Swedish Environmental Objectives, mainly concerning the objective Reduced Climate Impact, but is also collaborating with networks in Europe (through the Pan-European Phenology database - PEP725) and internationally (through the International Society of Biometeorology).
Data about the nature's calendar is collected in two ways, the long-term environmental monitoring through "Calendars", where phenological observations are reported all through the year, and through "Checks", where phenology observations are reported during short-time campaigns, giving a snapshot of the phenological status at a certain time of the year. The long-term environmental monitoring is performed by citizen scientists and professional observers at research stations and like. Since 2022, a campaign called "Försommarkollen" (i.e. "Early Summer Check") has also been run June 5-6 every year (the World Environment Day and the Swedish National Day, respectively). In the Early Summer Check, Citizen Scientist's have reported observations of how far the development of flowering of Bird Cherry, Rowan, Lilac, Little Bluebell, Daisy and Lily of the Valley have progressed. All species, except Little Bluebell, has also been reported in the historical dataset mentioned below. Little Bluebell was included, as it recently was elected to be the Swedish National Flower.
The Early Summer Check campain is performed by two SWE-NPN partners, SLU and the Swedish Botanical Association (SBF), where SLU provides the technical platform and data analyses and SBF produce folders and by hosting regional contacts for the press. The results are made available to the public by press releases directly after the campain is finished.
Aims
The aim of the Nature's Calendar is to collect phenological data from the first spring sign to the last autumn sign, to be able to offer nation-wide data to everyone interested, to facilitate research, environmental assessments, the evaluation of environmental goals, etc, to be better prepared to meet the effects of climate change. Observations reported to the Nature's Calendar can be compared to similar observations collected for more than 100 years ago (see the Swedish Historical Phenology Dataset in "Related Reseach Data"), to detect evidence of phenological shifts over time that can be connected to climate change.
The aim with the data collection of the Early Summer Check is to obtain nationwide data that can provide information to understand, track changes and predict effects of climate change on natural plants in Sweden by studying the progress of some species all over the country at one and the same date every year, and compare the current progress with what have been seen in historical records of the same plants.
The dataset includes one file with observation data (early_summer_check_2022-2024.csv), one PDF file (metadata_early_summer_check_2022-2024.pdf) with metadata that describes how the included parameters should be interpreted and lists of included species and phases, and one PDF file (forsommarkollen_folder_2024.pdf) which is the instruction given to the observers (in Swedish, only). The observation data file includes totally 13 933 observations.Naturens kalender (www.naturenskalender.se) drivs av Svenska fenologinätverket, som är ett nätverk med flera universitet, myndigheter och föreningar. Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) är nätverkets huvudman och ingår i miljöanalysprogrammet Klimat. Huvuduppgiften för Naturens kalender är att samla in observationer av vårtecken, hösttecken och annat i naturens kalender. Nätverkets verksamhet är i första hand kopplat till Sveriges miljökvalitetsmål Begränsad klimatpåverkan, men ingår även i europeiska (genom Pan-European Phenology database - PEP725) och intermationella (genom International Society of Biometeorology) samarbeten kring fenologisk forskning och miljöövervakning.
Data om naturens kalender samlas in på två olika sätt. Dels bedrivs en långsiktig miljöövervakning i form av ”kalendrar” där rapporter om fenologiska observationer samlas in över hela året, dels genomför vi korta ”kollar” där vi tar en ögonblicksbild av naturens kalender i landet vid en viss tidpunkt på året. Med början 2022 genomförs Försommarkollen som en 2-dagars kampanj 5-6 juni, d.v.s. i samband med Världsmiljödagen och Sveriges nationaldag, där vi med hjälp av medborgarforskares observationer från hela landet får en "ögonblicksbild" av hur långt sommaren kommit vid den tidpunkten. I Försommarkollen görs observationer av hur långt utvecklingen av blomning hos hägg, rönn, syrén, prästkrage och liljekonvalj, vilka även förekommer i det historiska datasetet (se nedan), samt på liten blåklocka, som är Sveriges nationalblomma.
Försommarkollen genomförs av två partners i Svenska fenologinätverket, SLU och Svenska Botaniska Föreningen. SLU står för teknisk plattform och databearbetning, medan SBF står för informationsmaterial och regional medverkan genom sina lokalföreningar. Båda organisationerna bidrar med information till allmänheten via pressmeddelanden inför Försommarkollen och med resultaten efteråt.
Motiv och syfte
Målet med Naturens kalender är att samla in data om allt från första vårtecken till sista hösttecken, så att vi kan erbjuda landsomfattande data till alla intresserade, för att underlätta forskning, miljömålsarbete och information, vilket kan göra oss bättre rustade att möta klimatförändringens effekter. Observationerna i Naturens kalender kan jämföras med motsvarande observationer som gjordes för över 100 år sedan (se Svenskt historiskt fenologidataset i "Relaterade forskningsdata"), för att upptäcka fenologiska förändringar över tid som kan bero på klimatförändringar.
Målet med Försommarkollen är att bidra med landsomfattande data för att bättre kunna följa, förstå och förutse klimatförändringens effekter på vilda växter i Sverige genom att studera statusen över hela landet för de ingående arterna och faserna vid en och samma tidpunkt och jämföra dessa med historiska observationsdata för samma arter.
Datasetet innehåller en fil med observationsdata (early_summer_check_2022-2024.csv), en PDF-fil (metadata_early_summer_check_2022-2024.pdf) med metadata som beskriver ingående variabler och listor på ingående arter och faser, samt en PDF-fil (forsommarkollen_folder_2024.pdf), som är den instruktion som de som rapporterar kan läsa. Observationsdatafilen innehåller totalt 13 933 observationer
Tick collection_OH ALLIES project_Ireland
No full textData set containing the records of ticks collected under the OH ALLIES project (WP3) in Ireland
Meteorological data from Feresjön, floating platform
No full textAutomatic weather station data from locations within the distributed Swedish research infrastructure SITES. Check preview or file for the specific parameters included at this location. Data has been quality controlled and cleaned from outliers and other events producing unrealistic data. Gaps have not been filled.
Asa Research Station (2025). Meteorological data from Feresjön, floating platform, 2020-04-19–2020-11-08 [Data set]. Swedish Infrastructure for Ecosystem Science (SITES). https://hdl.handle.net/11676.1/i3LgSEJXX3EwJ51-np-TEo7
Gene annotation of Blastobotrys mokoenaii, Blastobotrys illinoisensis, and Blastobotrys malaysiensis
No full textThis dataset contains the gene annotation data for three species of Blastobotrys yeats: B. mokoenaii, B. illinoisensis, and B. malaysiensis.
The genome assemblies for B. mokoenaii (NRRL Y-27120) and B. malaysiensis (NRRL Y-6417) were publicly available on the National Center for Biotechnology Information (NCBI) under accessions GCA_003705765.3 and GCA_030558815.1, respectively.
The genome assembly for B. illinoisensis (NRRL YB-1343) was generated by SciLifeLab's National Genomics Infrastructure (NGI) using PacBio long-read data and deposited in the European Nucleotide Archive (ENA) under accession GCA_965113335.1.
File description- bmokoenaii_annotation.gff
This file contains the gene models predicted for B. mokoenaii (GCA_003705765.3).
- billinoisensis_annotation.gff
This file contains the gene models predicted for B. illinoisensis (GCA_003705765.3).
- bmalaysiensis_annotation.gff
This file contains the gene models predicted for B. malaysiensis (GCA_030558815.1).
Gene annotation methodsRepeat MaskingPrior to annotation, a repeat library was built for each species using RepeatModeler2 v2.0.2 and the genomes were soft-masked using RepeatMasker v4.1.5.
{DB} -engine ncbi -pa 16
{LIBRARY} -pa 16 genome.fasta
Structural Annotation
Structural annotation was performed on the soft-masked genomes using Braker3 v3.0.3 incorporating external evidence in the form of all fungal proteins from OrthoDB v11 (available at https://bioinf.uni-greifswald.de/bioinf/partitioned_odb11).
genome" \
--prot_seq={PWD} \
--gff3 --threads=16 --verbosity=3 \
--nocleanup --species= tRNAscan-SE -E --gff {genome}.fasta
{genome}.fasta > agat_sp_complement_annotations.pl --ref {trna} --add ${rrna} --out full_annotation.gf
Svenska väljarkåren 1887-1968
No full textThe study covers parliamentary elections to the second chamber from 1887, the first modern election in Swedish history with clearly defined political groups within the electorate, to 1968, the last election with a bicameral system. The aim is to study the change in Swedish voter turnout during this time period, and to see how social structures affect political behavior. The data material contains both political and social data.Studien omfattar riksdagsval till den andra kammaren från 1887, det första valet av modern typ i Sveriges historia med klart avgränsade politiska grupperingar inom väljarkåren, till 1968, det sista valet med tvåkammarsystem.
Syftet är att studera förändringen av det svenska valdeltagande under den här tidsperioden, samt att se hur sociala strukturer påverkar det politiska beteendet. Datamaterialet innehåller både politiska och sociala data
Digital rekonstruktion av det arkeologiska landskapet i koncessionsområdet tillhörande den Samnordiska Expeditionen till Sudanska Nubien (1960-1964)
No full textThese data were collected for a master (Swedish "magister") thesis in Egyptology and are published with approval of the student's tutor (Daniel Löwenborg, Uppsala Uni.)
The Scandinavian Joint Expedition to Sudanese Nubia (SJE) was one of the substantial contributions of crucial salvage archaeology within the International Nubian Campaign which was pursued in conjunction with the building of the High Dam at Aswan in the early 1960’s. A large quantity of archaeological data was collected by the SJE in a continuous area of northernmost Sudan and published during the subsequent decades. The present study aimed at transferring the geographical aspects of that data into a digital format thus enabling spatial enquires to the archaeological information to be performed in a computerised manner within a geographical information system (GIS). The landscape of the concession area, which is now completely submerged by the water masses of Lake Nasser, was digitally reconstructed in order to approximate the physical environment which the human societies of ancient Nubia inhabited. Information on the nearly 500 indexed archaeological sites of the SJE was classified and imported into the GIS. The potential of the system thereby established, validated against modern remote sensing data and aerial photography, was then demonstrated by a number of spatial analyses at an inter-site level. The system hereby developed is intended to be used in further studies of the relevant and information-rich research fields of ancient Nubia, for applications similar to those demonstrated in the present project or for educational and research purposes hitherto unpredicted.
Purpose:
The study aimed at transferring the geographical aspects of analogue data collected by the Scandinavian Joint Expedition to Sudanese Nubia into a digital format, thus enabling spatial enquires to the archaeological information within a geographical information system (GIS).
The material consists partly of seven shape files describing the area's topography and archaeological sites. All map data are digitized from The Egypt New Series Map 1:25000. The shape files consist of:
- East Bank Spot Elevations: Points defining elevation above sea level in the East Bank of northern Sudan (SJE concession area);
- Elevation Contours: Elevation contours representing topographical heights from 120 m.a.s.l. to 220 m.a.s.l. interspersed with 5 m or 10 m intervals, digitalised as polylines;
- Lines of Steepest Descent: Branched lines which intersect the elevation contours at right angles, digitalized in the direction from higher to lower elevation as independent segments of polylines;
- Nile Shores: Polylines representing the shorelines of the River Nile adjacent to the SJE concession area;
- The River Nile: Polygons representing all water surfaces adjoining the SJE concession area;
- West Bank Spot Elevations: Points defining elevation above sea level in the West Bank of northern Sudan (opposite the SJE concession area);
- Master List: Points representing published and unpublished indexed SJE archaeological sites with various attributes.
The material also comprises a digital elevation model in GeoTIFF format of the SJE concession area and the surrounding region, based on manually digitalised features from the Egypt New Series Map 1:25000.Datamaterialet är skapat för en magisteruppsats i egyptologi och har tillgängliggjorts med godkännande av handledaren (Daniel Löwenborg, Uppsala univ.).
Den Samnordiska Expeditionen till Sudanska Nubien (SJE) var en av de omfattande insatser av avgörande räddningsarkeologi inom den Internationella Nubienkampanjen som bedrevs i samband med byggandet av Höga Dammen i Aswan i början av 1960-talet. En stor mängd arkeologiska data samlades in av SJE i ett kontinuerligt område i nordligaste Sudan och publicerades under de efterföljande årtiondena. Denna studie ämnade överföra de geografiska aspekterna av denna data till ett digitalt format och därmed möjliggöra att rumsliga förfrågningar till den arkeologiska informationen kan utföras genom ett datoriserat tillvägagångssätt i ett geografiskt informationssystem (GIS). Landskapet i koncessionsområdet, vilket nu är helt översvämmat av Nassersjöns vattenmassor, återskapades digitalt med syfte att approximera den fysiska omgivning vilken de mänskliga samhällena i det forna Nubien bebodde. Information om de nära 500 indexerade fyndplatserna tillhörande SJE klassificerades och importerades in i detta GIS. Potentialen av det system som därmed skapats, validerat mot modern fjärranalysdata och flygfotografi, demonstrerades genom ett antal rumsliga analyser på en mellan-fyndplats-nivå. Systemet som härvid har utvecklats är ämnat att användas i vidare studier av de relevanta och informationsrika forskningsområden som rör det forna Nubien för tillämpningar liknande de som demonstrerats i detta projekt eller för andra undervisnings- och forskningssyften.
Syfte:
Syftet med studien var att överföra de geografiska aspekterna av analoga data från den Samnordiska Expeditionen till Sudanska Nubien till ett digitalt format och därmed möjliggöra rumsliga förfrågningar till den arkeologiska informationen i ett geografiskt informationssystem (GIS).
Materialet består dels av sju shapefiler med information om områdets topografi och arkeologiska lokaler. Alla kartdata är digitaliserade från The Egypt New Series Map 1:25000. Shapefilerna innefattar:
- East Bank Spot Elevations: Punkter som definierar höjd over havet på östra Nilstranden i norra Sudan (SJEs koncessionsområde);
- Elevation Contours: Höjdkurvor som representerar topografisk höjd från 120 m.ö.h. till 220 m.ö.h. med intervall på 5 m eller 10 m, digitaliserade som polylinjer;
- Lines of Steepest Descent: Förgrenade linjer som skär höjdkurvorna i räta vinklar, digitaliserade i rikting från högre till lägre topografisk höjd i form av oberoende segment av polylinjer;
- Nile Shores: Polylinjer som representerar Nilens strandlinjer där floden angränsar till SJEs koncessionsområde;
- The River Nile: Polygoner som representerar alla vattenytor som angränsar till SJEs koncessionsområde;
- West Bank Spot Elevations: Punkter som definierar höjd over havet på västra Nilstranden i norra Sudan (mittemot SJEs koncessionsområde);
- Master List: Punkter som representerar publicerade och opublicerade, indexerade, arkeologiska siter tillhörande SJE, med olika attribut.
Materialet består även av en digital höjdmodell i GeoTIFF-format av SJEs koncessionsområde och det omkringliggande landskapet, baserad på manuellt digitaliserade egenskaper i Egypt New Series Map 1:25000