HAL ENVT (Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse)
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Standard methods and good practices in Apis honey bee omics research
No full textInternational audienceIn the past decades, COLOSS members have joined forces multiple times to develop and condense standard methods related to research on honey bees, their pests, pathogens, and colony products. This led to the publication of four open-access BEEBOOK volumes that have been utilized by researchers worldwide. Among the chapters, "Standard methods for molecular research in Apis mellifera," written by Evans and collaborators in 2013, has been a cornerstone for the standardization of honey bee molecular studies. However, since sequencing technologies and analyzing algorithms have made tremendous progress, many described methods require updating. In parallel, other Apis species' genomes have now been sequenced, thus opening new research avenues in a comparative framework. In this chapter, we add to the methods previously covered by Evans et al. in 2013 and provide updated methodology where necessary, including worked examples and bioinformatic analysis pipelines. We also cover topics which were not previously covered in depth, such as sequencing ancient samples, population genomics, proteomics, and sampling honey bee colony products for microbiome studies, among others. Our hope is for this to become a lasting resource for honey bee scientists as the field continues to advance
PATASEL Phénotypage Animal pour la Transition Agroécologique des Systèmes d'ELevage
No full textNational audienceThe PATASEL project (Animal Phenotyping for the Agroecological Transition of Livestock Systems) is supported by the LiPH4SAS research infrastructure (www.liph4sas.fr). LIPH4SAS is a distributed RI , which can also take advantage of diversified genetic resources, environments and farming systems (Normandy hedgerow vs. mid-mountains, conventional vs. organic systems). Itenables both multi-scale functional exploration and measurements, at animal level, on large batches of animals (horizontal phenotyping) with controlled health status and located in controlled and characterised environments. The first objective of the PATASEL project is to equip LIPH4SAS with state-of-the-art animal phenotyping equipment. Most of the equipment planned as part of the project was acquired by 2024, enabling the associated research projects to run successfully (in particular the WAIT4, HOLOBIONTS, COBREEDING and AGRODIV projects). In particular, they concern the measurement of key characteristics for the agro-ecological transition and adaptation to climate change (intake of concentrated feed, forage and water, greenhouse gases, behaviour, welfare and health indicators, environmental parameters). The second objective of PATASEL is to ensure the FAIRisation of the data produced, its interoperability with data produced from other infrastructures (RARe, France Génomique) and its availability to the scientific communities. A first version of SPIDER, a platform providing access to all the data collected on each animal, is currently being tested.Le projet PATASEL (Phénotypage Animal pour la Transition Agroécologique des Systèmes d’Elevage) est porté par l'infrastructure de recherche (IR) LiPH4SAS (www.liph4sas.fr). LIPH4SAS est une IR distribuée, qui permet également de tirer parti de ressources génétiques, d’environnements et de systèmes d’élevage diversifiés (bocage normand vs moyenne montagne, système conventionnel vs bio). Elle permet à la fois une exploration fonctionnelle multi- échelle et des mesures, à l'échelle de l'animal, sur de grands lots d'animaux (phénotypage horizontal) au statut sanitaire contrôlé et situés dans des environnements maîtrisés et caractérisés.Le premier objectif du projet PATASEL est de doter LIPH4SAS d’équipements de phénotypage animal performants. L’essentiel des équipements prévus dans le cadre du projet a été acquis dès 2024, permettant le bon déroulement des projets de recherche associés (projets WAIT4, HOLOBIONTS, COBREEDING, AGRODIV notamment). Ils concernent notamment la mesure caractères clés pour la transition agroécologique et l’adaptation au changement climatique (ingestion d’aliments concentrés, de fourrages et d’eau, gaz à effets de serre, comportements , indicateurs de bien-être et santé, paramètres d’environnement). Le second objectif de PATASEL est d’assurer la FAIRisation des données produites, leur interopérabilité avec les données produites via d’autres infrastructures (RARe, France Génomique) et leur mise à disposition des communautés scientifiques. Une première version de SPIDER, plateforme permettant l’accès à l’ensemble des données collectées sur chaque animal, est actuellement en cours de test.
Vulnérabilité, Adaptation, Atténuation face au CHangement climatique de l'Elevage de Ruminants et de porcINs ; Scénarios d’évolution du cadre socio-économique de l’agriculture à l’horizon 2050
No full textEtat des lieux descriptif des conduites d’élevage du porc plein-air dans le Sud-Ouest de la France : Focus sur la gestion du risque d’infestation parasitaire
No full textOutdoor pig farms, although still a vast minority in France, are witnesses of societal changes calling into question conventional breeding. There is much higher parasitim levels in free-range pig farms than on indoor conventional farms, which can better control the conditions for parasite development. This work aims to carry out a descriptive survey of the farming practices associated with open-air pig farms in Occitanie and Nouvelle-Aquitaine (French regions) through a questionnaire. The main objective of this study is to first investigate the prevalence of risky practices in the population studied and then establish correlations between farming practices and infestation levels.Les exploitations porcines en plein-air, bien qu’encore largement minoritaires en France, sont les témoins de phénomènes sociétaux remettant en cause l’élevage conventionnel. On observe dans les élevages de porcs en plein-air une pression d’infestation parasitaire bien supérieure aux élevages en bâtiment qui peuvent davantage contrôler les conditions de développement des parasites. Ce travail vise à réaliser un état de lieux descriptif des pratiques d’élevages associées aux élevages de porcs en plein-air d’Occitanie et de Nouvelle-Aquitaine à travers un questionnaire. L’objectif principal de cette étude est dans un premier temps d’étudier la prévalence des pratiques à risques dans la population étudiée puis d’établir des corrélations entre les pratiques d’élevages et la pression d’infestation parasitaire des élevages
Sauvegarde d'une race locale porcine par la filière Noir de Bigorre
No full textLe secteur agroalimentaire fait l’objet d’une segmentation croissante du marché avec la multiplication de démarches dites de qualité, publique ou privée, qui engagent les filières dans la construction de pratiques de production, de transformation ou de distribution différenciées. Nous connaissons peu de choses sur la manière dont ces démarches inscrivent leurs pratiques dans l’agroécologie, et en particulier pour les filières ayant une mention valorisante autre que l’agriculture biologique. De 2022 à 2023, la Direction Scientifique Agriculture INRAE a engagé un chantier exploratoire, avec 11 groupes filières INRAE, pour analyser comment se construisent des démarches de filières différenciées sur le marché et leur engagement en faveur de l’agroécologie.National audienceAlthough French pork production is considered to be relatively homogeneous, a range of products fromalternative breeding systems including, among others, official quality labels, has been developed. Theexample of the Noir de Bigorre chain, based on the preservation and promotion of the Gascon pig breed,can shed light on the development of an approach whose principles largely correspond with the elementsof agroecology proposed by the Food and Agriculture Organization (FAO). When interviewed about theirorganisation, the representatives of this pork chain and a processing partner largely identified with thesedifferent dimensions of agroecology. The founding principle shared by all is that of human and socialvalues and although based on the enhancement of ancestral practices, the success of this chain is basedon numerous technical and organisational innovations.Si la grande majorité de la production porcine française est relativement homogène, une offre de produitsissus de systèmes d’élevage alternatifs incluant, entre autres, les signes officiels de qualité s’estprogressivement structurée en filière. L’exemple de la filière Noir de Bigorre, organisée autour de lapréservation et de la valorisation de la race Gascon, éclaire sur la construction d’une démarche dont lesprincipes apparaissent en cohérence avec les éléments de l’agroécologie proposés par l’organisation desnations-unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO). Interrogés sur leur organisation, les représentantsde cette filière et d’un salaisonnier partenaire se sont largement retrouvés dans ces différentesdimensions de l’agroécologie. Un des principes fondateurs partagé par tous est celui des valeurshumaines et sociales et, bien que reposant sur la valorisation de pratiques ancestrales, le succès de cettefilière repose sur de nombreuses innovations techniques et organisationnelles
Culture yield of 1st and 2nd biopsy in bacterial non-mycobacterial spondylodiscitis in university hospital of Amiens
No full textInternational audienceIntroduction: In cases of infectious spondylodiscitis (ISD) where blood cultures are negative, disco-vertebral puncture-biopsy (DVPB) is recommended. In the event of a sterile result, existing literature does not definitively answer the question of whether to initiate empirical antibiotic therapy or to conduct a second DVPB. The aim of this study was to assess the culture yield of DVPB in ISD and to identify the factors associated with a positive DVPB.Materials and methods: A retrospective single-center study was conducted, encompassing all adult patients with ISD having undergone DVPB between 01/01/2009 and 31/10/2021.Results: A total of 177 patients were included. The yield of the first DVPB was 48.6 %. The second DVPB yielded 8.7 % (p < 0.001). Factors significantly associated with the yield of the first DVPB included younger age (p = 0.003), higher CRP levels (p = 0.0496), larger needle size (p = 0.023), and histopathology supporting ISD (p = 0.001), while prior antibiotic therapy (p = 0.001) is a factor associated with negative culture. The second DVPB increased the culture yield by 19.3 %.Conclusion: The yield of the second biopsy is lower than that of the first biopsy but provides an additional diagnostic gain of 19.3%. Antibiotic therapy prior to DVB significantly decreases their yield. The utility of routine post-DVPB blood cultures appears to be limited
Caractérisation d'indicateurs phénotypiques innovants de la robustesse et la santé des animaux en élevage de production à des fins de sélection
No full textInternational audienceLes filières animales ont réduit l’usage d’antibiotiques, mais la filière porcine atteint un seuil difficile à dépasser. Une solution repose sur l’amélioration génétique de la santé animale. Le projet SHARP exploite des données collectées dans des élevages de production limitant l’antibiothérapie pour optimiser la sélection génétique en conditions sanitaires réalistes.<br /
High-fidelity annotated triploid genome of the quarantine root-knot nematode, Meloidogyne enterolobii
No full textInternational audienceRoot-knot nematodes (RKN) of the genusMeloidogyne are obligatory plant endoparasites that cause substantial economic losses to agricultural production and impact the global food supply. These plant parasitic nematodes belong to the most widespread and devastating genus worldwide, yet few measures of control are available. The most efficient way to control RKN is deployment of resistance genes in plants. However, current resistance genes that control other Meloidogyne species are mostly inefficient on Meloidogyne enterolobii. Consequently, M. enterolobii was listed as a European Union quarantine pest requiring regulation. To gain insight into the molecular characteristics underlying its parasitic success, exploring the genome of M. enterolobii is essential. Here, we report a high-quality genome assembly of M. enterolobii using the high-fidelity long-read sequencing technology developed by Pacific Biosciences, combined with a gap-aware sequence transformer, DeepConsensus. The resulting triploid genome assembly spans 285.4 Mb with 556 contigs, a GC% of 30 ± 0.042 and an N50 value of 2.11 Mb, constituting a useful platform for comparative, population and functional genomics.</p
Bispecific nanobody® as new pharmacological drug for the selective inhibition of Trypsin-3
No full textInternational audienc
Extracting targeted sub networks from FORUM for toxicological insight
No full textInternational audienceTo understand the connection between chemical compounds, metabolic changes, and health issues, it is necessary to connect metabolism knowledge with a broad set of modes of action leading to adverse effects on human health. FORUM, a knowledge graph (KG) with millions of associations for chemical compounds and biomedical concepts, addresses this challenge.Our project focuses on developing a pipeline for creating knowledge graphs in biological studies, simplifying the analysis of toxicological pathways amidst big data. Through applying this pipeline to projects like Endoxomics [1], we aim to uncover key events linking persistent organic pollutants (POPs) to endometriosis pathophysiology, advancing our understanding of this complex condition