HAL ENVT (Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse)
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MOLECULAR DIAGNOSIS OF RESPIRATORY VIRAL INFECTIONS IN CYSTIC FIBROSIS, SPUTUM VERSUS NASOPHARYNGEAL SAMPLES
No full textInternational audienceBackground: Respiratory viral infections in people with Cystic Fibrosis (pwCF) significantly impact disease progression, and their molecular diagnosis should be part of the recommendations. Sputum, the routinely used specimen for bacterial culture, could also be used for viral molecular diagnosis, avoiding an additional invasive nasopharyngeal swab or aspirate. Our primary objective was to evaluate whether invasive nasopharyngeal samples (NP) and non-invasive sputum specimens are equally accurate for the diagnosis of viral infections in pwCF.Methods: We conducted a prospective and multicentre study in 11 French CF centres. A total of 111 pwCF (children or adults, all able to expectorate) presenting with acute respiratory symptoms were included. Each provided paired NP and sputum, which were analysed using multiplex PCR panels detecting a broad spectrum of respiratory viruses, in addition to standard clinical evaluation and microbiological findings.Results: Among 111 paired samples, 69 NP and 64 sputa tested positive for ≥1 virus, with 94 pairs yielding concordant results (58 both positive, 36 both negative). Overall NP-sputum agreement was substantial (Cohen's κ = 0.68 [0.60; 0.75]), and even higher for the most prevalent viruses (enterovirus/rhinovirus, κ = 0.74 [0.65; 0.80] and influenza viruses, κ = 0.95 [0.87; 0.97]). The detection of a virus in one or both specimens was independent of the presence of a bacterial pathogen in sputum culture.Conclusion: These results confirmed the suitability of sputum sampling as an alternative to NP sampling for the diagnosis of viral respiratory infection in pwCF, ensuring patients' comfort
L’édition de génome des porcs donneurs : applications et limites.
No full textInternational audienceDepuis plusieurs décennies, l’e porc est reconnu comme une espèce d’intérêt pour fournir des xénogreffes pour l’homme. Les avantages sont nombreux par rapport à d’autres espèces pour répondre à la pénurie d’organes humains, du fait de sa taille et des nombreuses connaissances acquises sur sa physiologie et son génome. Cependant, de nombreux verrous existent pour limiter le rejet immunitaire de ces organes. Une voie d’amélioration est celle de l’édition du génome pour supprimer la production de marqueurs immunogènes et faciliter la régulation de la réponse immunitaire. Depuis la découverte du système CRISPR-Cas9 comme outil d’édition du génome, les possibilités d’inactivation de gènes et de transgénèse se sont largement améliorées. En effet, CRISPR-Cas9 permet de cibler spécifiquement les gènes à inactiver avec une grande précision, réduisant les modifications non désirées. De plus, cette technique permet d’éditer plusieurs gènes simultanément avec une mise en œuvre plus rapide et moins coûteuses que les méthodes précédentes. En parallèle des avancées sur les techniques de modification de l’ADN, la connaissance structurelle et fonctionnelle des génomes est en constante progression, notamment avec les techniques de séquençage haut débit actuellement disponible.Les premières xénotransplantations d’organes (rein, cœur ou poumon) de porcs génétiquement modifiés ont été une étape majeure pour limiter le rejet aigu. L’une des molécules à l’origine d’une réaction immunitaire aigüe est un glucide, le galactose-alpha-1,3-galactose ou α-Gal présent à la surface des membranes cellulaires. Le gène GGTA1 code pour une enzyme qui intervient dans le métabolisme de ce composé. Ce gène est absent chez l’humain mais présent chez le porc. L’édition du génome porcin en inactivant le gène GGTA1 permet donc d’éliminer un des antigènes responsables du rejet immunitaire lors des xénogreffes. A la suite de ces premiers travaux, deux autres composés glucidiques ayant des effets équivalents ont été identifiés et deux gènes, CMAH et B4GALNT2, qui codent des enzymes intervenant dans leur métabolisme, ont été ciblés et inactivés par l’utilisation de CRISPR-Cas9. Les endogènes porcins de rétrovirus (PERVs) ont également été identifiés comme gènes à inactiver pour assurer la sécurité sanitaire des xénogreffes. Enfin, l’insertion de transgènes humains codant pour des protéines régulatrices du système immunitaire a également été réalisée pour améliorer le taux de succès des xénogreffes.Pour obtenir des porcs édités, il faut d’abord obtenir des cellules (par exemple des fibroblastes) dont le génome sera modifié. Par des techniques de clonage, et notamment par transfert nucléaire de cellule somatique, il est possible d’obtenir des embryons génétiquement modifiés à implanter dans une truie porteuse pour obtenir des individus édités. Cette suite d’opération a des taux de succès relativement faibles, de l’ordre de 2%. Il est aussi possible de garder des animaux édités avec succès comme reproducteurs et ainsi obtenir une lignée d’animaux édités.Quelques sociétés aux Etats-Unis, en Chine, en France et en Allemagne ont obtenu des porcs édités à des fins de fourniture d’organes pour la xénotransplantation, avec des choix spécifiques pour les gènes ciblés et la production d’individus édités
Sphingomyelins in mosquito saliva reconfigure skin lipidome to promote viral protein levels and enhance transmission of flaviviruses
No full textInternational audienceMany flaviviruses with high pandemic potential are transmitted through mosquito bites. While mosquito saliva is essential for transmission and represents a promising pan-flaviviral target, there is a dearth of knowledge on salivary metabolic transmission enhancers. Here, we show that extracellular vesicle (EV)-derived sphingomyelins in mosquito saliva reconfigure the human cell lipidome to increase viral protein levels, boosting skin infection and enhancing transmission for flaviviruses. Lipids within internalized mosquito EVs enhance infection in fibroblast and immune human primary cells for multiple flaviviruses. Mosquito EV lipids selectively increase viral translation by inhibiting infection-induced endoplasmic reticulum (ER)-associated degradation of viral proteins. Infection enhancement solely results from the sphingomyelins within salivary mosquito EVs that augment human cell sphingomyelin concentration. Finally, EV-lipid co-inoculation exacerbates disease severity in vivo in mouse transmission assays. By discovering and elucidating how metabolic components of mosquito saliva promote transmission of flaviviruses, our study unveils lipids as a new category of targets against vectored transmission
Toward an interdisciplinarity approach to explore the local embedding of organic pig farming systems in France
No full textSession 52- Poster 19International audienceAlthough currently weak, the organic pig farming sector under Organic Farming (OF) specifications offers potential for development and for the agroecological transition of livestock farming systems in Europe. This project is based on the main barriers and levers identified in French pig production. It aims to promote a systemic approach to adding value in pork chain, and to consider the complementarities between animal and plant production at farm level, and between organic and non-organic farming sectors at regional level. The question addressed is how the local anchoring of organic pig farming contribute to the transition of local agri-food systems. The objectives of the project are to establish a method for analysing the role of organic pigs in localized food systems, integrating both the farm and regional levels and to test it in contrasted French territories. The project brings together researchers and academic staff with expertise in technical sciences as well as human and social sciences. Different dimensions will be emphasized, such as natural environments, interaction and cooperation between stakeholders, territorial resources, valorisation of products and coproducts and the link between animal and plant production for human nutrition. Three stages will be followed: (1) definition of conceptual and theoretical frameworks to build interdisciplinarity, (2) design and testing of the approach in three regions of France, and (3) synthesis and dissemination of the results. The approach will be communicated to students, stakeholders from both organic and non-organic sectors, policymakers and scientists
Death, Retirement, or Redeployment for Unproductive Farm Animals? Dispositional Tensions in Organizational Routines
No full textInternational audienceHuman–animal relationships, including ethic of care relationships, are of growing interest to organization studies, reflecting the substantial role of animals in organizing processes. While some scholars approach these as working relationships, few studies examine the organizational routines established to manage animals in the period after they have been retired due to age, illness, or lack of productiveness. Through a multiple case study of four contrasting sectors in France (dairy ewes, horses, experimental animals, hens), we take a Foucauldian theoretical standpoint, based on the concept of ‘Dispositif,’ to map and analyze the different patterns and dynamics of this organizational routine. Our results indicate that ‘death’ organizational patterns are the most common, with animals other than horses typically being killed immediately upon retirement. However, operators often attempt to implement work-around organizational patterns to ‘save’ animals and ensure them a decent retirement. We explore the numerous and complex interactions between heterogeneous elements that form the different patterns of the routine (actors, instruments, discourses, values, places, machines, etc.), to explain how the routine is both a driver and a result of ‘ethical blindness’ or ‘ethical foresight’ in the management of culled animals. We then interpret the dynamic of the routine as a complex interplay between three major dispositives that govern our relationships with animals. Unfolding and understanding this interplay is useful for progressively acting on various levers (such as artifacts of the routine) and for collectively endeavoring toward a long-term commitment to ethical foresight
Optimization of a new protocol to evaluate the efficacy of diclazuril and toltrazuril in sheep farms
No full textInternational audienc
Poultry farm density and proximity drive highly pathogenic avian influenza spread
No full textInternational audienc
Simulating transgenerational hologenomes under selection with RITHMS
No full textInternational audienceA holobiont is made up of a host organism together with its microbiota. In the context of animal breeding, the holobiont can be viewed as the single unit upon which selection operates. Therefore, integrating microbiota data into genomic prediction models may be a promising approach to improve predictions of phenotypic and genetic values. Nevertheless, there is a paucity of hologenomic transgenerational data to address this hypothesis, and thus to fill this gap, we propose a new simulation framework. Our approach, an R Implementation of a Transgenerational Hologenomic Model-based Simulator (RITHMS) is an open-source package. It builds upon simulated transgenerational genotypes from the Modular Breeding Program Simulator (MoBPS) package and incorporates distinctive characteristics of the microbiota, notably vertical and horizontal transmission as well as modulation due to the environment and host genetics. In addition, RITHMS can account for a variety of selection strategies and is adaptable to different genetic architectures. We simulated transgenerational hologenomic data using RITHMS under a wide variety of scenarios, varying heritability, microbiability, and microbiota transmissibility. We found that simulated data accurately preserved key characteristics across generations, notably microbial diversity metrics, exhibited the expected behavior in terms of correlation between taxa and of modulation of vertical and horizontal transmission, response to environmental effects and the evolution of phenotypic values depending on selection strategy. Our results support the relevance of our simulation framework and illustrate its possible use for building a selection index balancing genetic gain and microbial diversity and for evaluating the impact of partially observed microbiota data. RITHMS is an advanced, flexible tool for generating transgenerational hologenomes under selection that incorporate the complex interplay between genetics, microbiota and environment
Suivi de la séroprévalence de la leishmaniose canine dans une région endémique de France : les Cévennes – Mise au point et apport de la technique du Test d’Agglutination Direct
No full textCanine leishmaniosis (CanL) is a zoonotic vector-borne disease caused by the protozoan Leishmania infantum, transmitted by sand flies’ bite. CanL is endemic to the Mediterranean basin, including southern France. The last seroprevalence survey were carried out over twenty years ago in France. To update this data, a seroprevalence survey was initiated in 2022, on a particularly at-risk and exposed population of hunting dogs in the Cévennes area (n=169), an historical region of France. Seroprevalence was estimated at around 14% using the Bordier® ELISA method. In the 2023 survey, the 192 samples collected were analyzed using the Bordier® ELISA technique and Western blot (WB) (LDBio®). Seroprevalence was then estimated at 10.9% by ELISA and 21.8% by WB. The 2024 study included 307 dogs; sera were analyzed by ELISA, WB and indirect immunofluorescence (IFAT). The seroprevalences obtained were 12.1% by ELISA, 19.5% by WB and 13.4% by IFAT. This work revealed satisfactory agreement between ELISA and IFAT. The 2025 sampling campaign included 271 dogs (of which 50 have been monitored since 2022, 24 since 2023, 195 since 2024 and 50 for the first time in 2025). The 271 samples were analyzed by Bordier® ELISA, WB, IFAT and Direct Agglutination Test (DAT). Only DAT and ELISA results were included in this study. Seroprevalences obtained by ELISA were 8.5% and 10.0% by DAT (positivity threshold 1/1600), confirming a stable seroprevalence in the study population over the years. The DAT shows satisfactory concordance with the ELISA and better sensitivity. However, DAT remains a diagnostic tool to be used in association with other serological tests in the light of the epidemio-clinical context.La leishmaniose canine est une maladie vectorielle zoonotique causée par Leishmania infantum, un protozoaire transmis par les phlébotomes. Elle est endémique dans le bassin méditerranéen dont le sud de la France. Toutefois, les dernières études relatives à la séroprévalence chez le chien en France ont été réalisées il y a plus de vingt ans. C’est pourquoi une enquête de séroprévalence a été initiée en 2022, sur une population particulièrement à risque et exposée, les chiens de chasse des Cévennes (n=169), une région endémique de France. La séroprévalence estimée avec la méthode ELISA Bordier® était alors d’environ 14%. Lors de l’enquête de 2023, les 192 échantillons récoltés ont été analysés avec la technique ELISA Bordier® et par Western blot (WB) (LDBio®). La séroprévalence a alors été estimée à 10,9% en ELISA et à 21,8% avec le WB. Celle de l’hiver 2024 incluait 307 chiens ; les sérums ont été analysés par ELISA, WB et Immunofluorescence indirecte (IFAT). Les séroprévalences obtenues étaient de 12,1% en ELISA, 19,5% en WB et 13,4% en IFAT. Ce travail a révélé une concordance satisfaisante entre l’ELISA et l’IFAT. La campagne de prélèvement réalisée en 2025 porte sur 271 chiens (dont 50 suivis depuis 2022, 24 suivis depuis 2023, 195 suivis depuis 2024 et 50 ont été prélevés pour la première fois en 2025). Les 271 prélèvements ont été analysés par ELISA Bordier®, WB, IFAT et Test d’Agglutination Directe (DAT). Seuls les résultats de DAT et ELISA sont inclus dans ce travail. Les séroprévalences obtenues par ELISA étaient de 8,5% par ELISA et 10,0% par DAT (seuil de positivité à 1/1600) montrant une séroprévalence de la population étudiée stable au cours des années. Le DAT présente une concordance satisfaisante avec le test ELISA et une meilleure sensibilité. Toutefois, le DAT reste un outil à visée diagnostique à utiliser en association avec d’autres tests sérologiques à la lumière d’un contexte épidémio-clinique
