Institutional Repository CICESE (Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada)
Not a member yet
3894 research outputs found
Sort by
Design of optical traps with evanescent fields
No full textEl uso de campos evanescentes para confinar y guiar partículas es un tema de estudio muy importante en una amplia gama de áreas de investigación debido a la gran cantidad de aplicaciones que presenta. Este trabajo presenta experimentalmente el confinamiento de partículas dieléctricas de tamaño micrométrico mediante trampas ópticas generadas en el plano focal de un objetivo de microscopio de fluorescencia de reflexión interna total (TIRF, por sus siglas en inglés). Estas trampas ópticas se generan mediante dos campos evanescentes contrapropagantes, los que son estructurados con la ayuda de un modulador espacial de luz (SLM, por sus siglas en inglés) en modo de reflexión. Se presenta primero el funcionamiento del modulador espacial de luz, la teoría de difracción y el algoritmo aditivo-adaptativo (AA) para calcular la distribución de fase necesaria para generar los patrones de difracción deseados en un plano de observación específico. Una vez obtenidos los haces estructurados, se investiga el montaje experimental requerido para guiarlos de tal manera que, al incidir sobre la superficie del sustrato que contiene la muestra, lo hagan con un ángulo superior al ángulo crítico y, por consiguiente, generen la trampa óptica deseada.The use of evanescent fields to confine and guide particles is an important research topic in a broad range of areas due to its numerous applications. This work experimentally demonstrates the confinement of micrometer-sized dielectric particles through optical traps generated in the focal plane of a total internal reflection fluorescence microscope (TIRF). These optical traps are generated using two counterpropagating evanescent fields, which are structured with the assistance of a spatial light modulator (SLM) operating in reflection mode. First, the operation of the spatial light modulator, diffraction theory, and the additive-adaptive (AA) algorithm are presented to calculate the necessary phase distribution to generate the desired diffraction patterns in a specific observation plane. Once the structured beams are obtained, the experimental setup required to guide them is investigated so that, upon incidence on the surface of the substrate containing the sample, they do so at an angle greater than the critical angle, to generate the desired optical trap
Thermosensitivity and adaptive capacity of adult Octopus maya: Evaluation of mitochondrial function and antioxidant capacity
No full textOctopus maya es una especie bentónica encontrada en la plataforma continental de la Península de Yucatán localizada en la entrada del Golfo de México. Su rango óptimo térmico se encuentra entre los 22°C - 26 °C y las hembras adultas expuestas a estrés térmico de 30°C producen embriones más pequeños y juveniles con una tasa metabólica del doble que las hembras sin estrés térmico (24°C). Dado que el estrés térmico aumenta las demandas energéticas, es posible plantear la hipótesis de que los efectos nocivos de las altas temperaturas observados son el resultado de la limitada capacidad de los adultos para canalizar más energía de la que demanda la actividad reproductiva, lo que probablemente se debe a la incapacidad de transportar oxígeno a las mitocondrias. Por ello, para conocer cómo la temperatura modula la fisiología energética de los adultos de O. maya a través de la relación entre la temperatura, el metabolismo respiratorio (medido como potencial metabólico térmico: PMT), el mecanismo de defensa antioxidante (ANTIOX) y los indicadores de daño oxidativo (IDO). Grupos de machos y hembras de O. maya se distribuyeron individualmente a 24°C, 26°C y 30°C. PMT resultó más bajo en animales aclimatados a 30°C, mientras que se registraron valores más altos de ANTIOX e IDO en corazones branquiales. Estos resultados demuestran que 30°C es una temperatura que limita la producción de energía en O. maya. Por consiguiente, se examinó el impacto del estrés térmico sobre la función mitocondrial del corazón sistémico de O. maya adulto aclimatados a 24°C, 26°C y 30°C como los ANTIOX e IDO. Los resultados muestran que la temperatura de aclimatación afecta al Estado 3 y Estado 4o (inducido por oligomicina), observándose valores más altos en las hembras aclimatadas a 26°C. El mecanismo de defensa antioxidante también se ve afectado por la temperatura de aclimatación, observándose diferencias significativas en las actividades del superóxido dismutasa, el glutatión S-transferasa y los niveles de glutatión total. Los resultados sugieren que las altas temperaturas (30°C) podrían ejercer limitaciones físicas sobre el sistema circulatorio, afectando al transporte de nutrientes y oxígeno a otros tejidos. Aunque los animales están adaptados para satisfacer sus necesidades energéticas básicas a 30°C, planteamos que no podrían ser suficiente para cubrir todas las demandas de energía necesarias para la reproducción.Octopus maya is a benthic species found on the continental shelf of the Yucatan Peninsula located at the entrance of the Gulf of Mexico. Its thermal optimum range is between 22°C - 26 °C and adult females exposed to heat stress of 30°C produce smaller embryos and juveniles with a metabolic rate twice that of females without heat stress (24°C). Since heat stress increases energy demands, it is possible to hypothesize that the observed deleterious effects of high temperatures are the result of the limited ability of adults to channel more energy than reproductive activity demands and are likely due to the inability to transport oxygen to the mitochondria. Therefore, to understand how temperature modulates the energy physiology of O. maya adults through the relationship between temperature, respiratory metabolism (measured as thermal metabolic scope: TMS), antioxidant defense mechanisms (ANTIOX), and oxidative damage indicators (ODI). Groups of males and females of O. maya were distributed individually at 24°C, 26°C and 30°C. TMS was lower in animals acclimated to 30°C, while higher values of ANTIOX and ODI were recorded in branchial hearts. These results demonstrate that 30°C is a temperature that limits energy production in O. maya. Therefore, the impact of thermal stress on the mitochondrial function of the systemic heart of adult O. maya acclimated to 24°C, 26°C, and 30°C as ANTIOX and ODI were examined. The results show that acclimation temperature affects respiratory states 3 and 4 (induced by oligomycin), with higher values observed in females acclimated to 26°C. The antioxidant defense system is also affected by acclimation temperature, with significant differences observed in the activities of superoxide dismutase, glutathione S-transferase, and glutathione levels. The results suggest that high temperatures (30°C) could exert physical limitations on the circulatory system, affecting the transport of nutrients and oxygen to other tissues. Although animals are adapted to satisfy their basic energy needs at 30°C, we propose that they may not be sufficient to cover all the energy demands necessary for reproduction
Software development for the simulation and propagation of laser beams in bidimensional cavities
No full textEn este trabajo de tesis se presenta el uso de un software interactivo que sirve como herramienta complementaria para el diseño experimental de cavidades láseres. El software permite simular la propagación y generación de haces láseres en cavidades ópticas centradas y alineadas, utilizando la teoría de las matrices ABCD para haces gausianos. Para validar el funcionamiento del software, se ha utilizado para asistir en el diseño experimental de una cavidad láser. La cavidad láser consiste en una fuente de bombeo pulsada a 880 nm dirigida longitudinalmente hacia un cristal de Nd:YAG, que actúa como medio activo para generar luz láser a 1064 nm. El cristal se coloca en medio de una cavidad delimitada por un espejo plano y un espejo curvo con un radio de curvatura de 200 mm. Con el software se simuló una cavidad equivalente a la experimental la cual nos dio información de la localización de la cintura de la fuente de bombeo, la condición de estabilidad de la cavidad y el grado de traslape entre la luz de la fuente de bombeo y el haz láser. Posteriormente, ajustando la potencia y tasa de repetición de la fuente de bombeo, se exploró experimentalmente la región de estabilidad de la cavidad y el efecto termo-óptico producido en el cristal de Nd:YAG. De los resultados experimentales y computacionales, se determinó la longitud de la cavidad que producía la mayor potencia de salida del láser y se infirió el grado de lenseo óptico del cristal, el cual se estimó equivalente a colocar una lente convergente con distancia focal de alrededor de 33 mm en la posición del cristal Nd:YAG.This thesis presents the use of an interactive software that serves as a complementary tool for the experimental design of laser cavities. The software allows to simulate the propagation and generation of laser beams in centered and aligned optical cavities, using the ABCD matrix theory for Gaussian beams. To validate the operation of the software, it has been used to assist in the experimental design of a laser cavity. The laser cavity consists of a pulsed pump source at 880 nm directed longitudinally towards a Nd:YAG crystal, which acts as an active medium to generate laser light at 1064 nm. The crystal is placed in the middle of a cavity delimited by a flat mirror and a curved mirror with a radius of curvature of 200 mm. With the software, a cavity equivalent to the experimental one was simulated, which gave us information about the location of the pump source waist, the stability condition of the cavity and the degree of overlap between the light from the pump source and the laser beam. Subsequently, by adjusting the power and repetition rate of the pump source, the stability region of the cavity and the thermo-optic effect produced in the Nd:YAG crystal were experimentally explored. From the experimental and computational results, the cavity length that produced the highest laser output power was determined and the degree of optical lensing of the crystal was inferred, which was estimated to be equivalent to placing a convergent lens with a focal length of about 33 mm at the position of the Nd:YAG crystal
Characterization of the coastal ichthyofauna in Punta Colonet, Baja California
No full textLa costa de Baja California alberga una variedad de hábitats complejos que favorecen a la diversidad taxonómica, por ende, influyen en la abundancia y diversidad de especies. Entre estos ecosistemas destacan los bosques de kelp y pozas de marea que brindan alimento y refugio a diversos grupos taxonómicos, entre los cuales los peces son de los más representativos. El objetivo de este trabajo fue caracterizar el ensamblaje de peces asociados a la costa, incluyendo bosques de kelp, en Punta Colonet durante dos temporadas climáticas empleando siete metodologías de muestreo, siendo una línea base en el conocimiento de la ictiofauna. Para la cuantificación de la riqueza y abundancia de especies, se emplearon siete metodologías de muestreo: videotransectos, censos errantes, aceite de clavo (para la fauna críptica y en pozas de marea), red agallera, chinchorro y arribo de pescadores. Se registró un listado global de 43 especies divididas en 23 familias y 36 géneros. En la temporada cálida las familias más representativas fueron Embiotocidae (7 especies), Scorpaenidae (4 especies) y Scianidae (3 especies), en cuanto a las metodologías la red agallera fue la que presentó la mayor riqueza con 15 especies. Mientras que en la temporada fría las familias representativas fueron Embiotocidae (7 especies), Scorpaenidae (5 especies) y Cottidae (3 especies), el censo errante fue la metodología que registró la mayor riqueza con 11 especies. El resultado del PERMANOVA indicó que no hay diferencias significativas entre las temporadas en riqueza (pseudo-F= 0.8892; p=0.530), abundancia (pseudo-F= 0.9834; p=0.467) y densidad (pseudo-F=0.9789; p=0.479), sin embargo, entre las metodologías si hubo diferencias entre la riqueza (pseudo-F=4.4233; p= 0.001), la abundancia (pseudo-F= 4.0586; p=0.001) y densidad (pseudo-F= 4.0848; p=0.001). Los índices de diversidad sugieren que el ensamblaje de peces en Punta Colonet experimenta un bajo recambio entre las temporalidades de muestreo, mientras el análisis de cobertura y asintótico se encontró que el registro actual de especies es considerado de buena calidad con un 98.2% de cobertura. Este estudio establece una línea base sólida del ensamblaje de peces en Punta Colonet donde destacando el uso de metodologías complementarias para el registro de un inventario más completo.The Baja California coast is home to a variety of complex habitats that promote taxonomic diversity, thereby influencing species abundance and diversity. Among these ecosystems, kelp forests and tidal pools stand out as they provide food and shelter for various taxonomic groups, with fish being one of the most representative. The objective of this study was to characterize the fish assemblages associated with the coast, including kelp forests, in Punta Colonet during two climatic seasons using seven sampling methodologies, establishing a baseline for the knowledge of fish fauna.To proceed with the quantification of the species richness and abundance, we put in practice seven different sampling methodologies: videotransects, roving surveys, clove oil (for cryptic fauna and in tide pools), gillnet, chinchorro and fishers landing. We count down a full list of 43 species divided in 23 families and 36 genera. During the heat season the families with more presence were Embiotocidae (7 species), Scorpaenidae (4 species), and Scianidae (3 species), with the gillnet being the methodology that presented the highest richness with 15 species. In other hand during the cols season the families with more presence were Embiotocide (7 species) Scorpaenidae (5 species) and Cottidae (3 species), the roving surveys, in this scenario showed the most richness with 11 species collected. The PERMANOVA results didn’t showed significant differences between both seasons in richness (pseudo-F= 0.8892; p=0.530), abundance (pseudo-F= 0.9834; p=0.467) and density (pseudo-F=0.9789; p=0.479), however, between the methodologies there were differences between richness (pseudo-F=4.4233; p= 0.001), abundance (pseudo-F= 4.0586; p=0.001) and density (pseudo-F= 4.0848; p=0.001). The diversity indices suggested the fish assemblage in Punta Colonet experiences low turnover between sampling periods, while coverage and asymptotic analysis indicated that the current species is considered of good quality, as it had a coverage on a 98.2%. This study establishes a solid baseline of the fish assemblage in Punta Colonet, highlighting that the use of complementary methodologies enhanced the completeness of the species inventory
Multimodal classification of emotions in dogs
No full textEsta tesis presenta un enfoque multimodal integral para el análisis y clasificación de emociones en perros, integrando datos fisiológicos, inerciales y visuales para mejorar la precisión del reconocimiento emocional. El estudio comienza adaptando el modelo de emociones de Ekman a los comportamientos caninos, explorando dimensiones como la valencia y la activación. Estos conceptos forman la base para categorizar las emociones caninas, analizando actividades específicas (juego, frustración, abandono, caricias) dentro de este marco. La recolección de datos involucró un dispositivo desarrollado por nuestro equipo de investigación que sincronizó datos fisiológicos, inerciales y visuales. A pesar de desafíos como pérdida de datos, limitaciones de hardware y dificultades logísticas, los datos proporcionaron una base sólida para el análisis. El procesamiento de datos visuales, especialmente mediante el software DeepLabCut, fue laborioso pero esencial para una clasificación precisa de emociones. La investigación utilizó algoritmos de aprendizaje automático como Naïve Bayes, Máquina de soporte vectorial, ExtraTrees y K vecinos más cercanos para clasificar emociones. Técnicas de reducción de dimensionalidad como PCA y de selección de características como el ranking de importancia proveniente de un bosque aleatorio identificaron características clave en los dominios de datos, siendo las señales fisiológicas las más significativas, seguidas por los datos inerciales y visuales. Los resultados experimentales destacaron la superioridad de los enfoques multimodales sobre los unimodales, con ExtraTrees mostrando el mejor rendimiento, especialmente con un conjunto reducido de características. Los desafíos incluyeron la variabilidad en las respuestas emocionales entre diferentes razas de perros y dificultades en la aplicación de protocolos a perros altamente entrenados. La tesis plantea la pregunta crítica de si se están clasificando emociones o simplemente las actividades que las inducen, sugiriendo que futuras investigaciones deberían explorar métodos de análisis de datos más complejos y jerárquicos. En conclusión, este trabajo contribuye con un marco multimodal robusto para el reconocimiento emocional en perros, sentando las bases para futuros estudios que refinen estas técnicas y aborden las limitaciones actuales, especialmente a través de modelos más sofisticados y una recolección de datos ampliada.This thesis presents a comprehensive multimodal approach to analyzing and classifying emotions in dogs, integrating physiological, inertial, and visual data to enhance emotion recognition accuracy. The study begins by adapting Ekman’s emotion model to canine behaviors, exploring dimensions like valence and arousal. These concepts form the foundation for categorizing dog emotions, with specific activities (e.g., playing, frustration, abandonment, petting) analyzed within this framework. Data collection involved a custom-developed device that synchronized physiological, inertial, and visual data. Despite challenges such as data loss, hardware limitations, and logistical difficulties, the data provided a solid basis for analysis. Visual data processing, especially using DeepLabCut, was labor-intensive but essential for accurate emotion classification. The research employed machine learning algorithms like Naïve Bayes, SVM, ExtraTrees, and KNN to classify emotions. Dimensionality reduction techniques such as PCA and feature selection techniques like the importance ranking obtained through Random Forest identified key features across data domains, with physiological signals proving most significant, followed by inertial and visual data. Experimental results highlighted the superiority of multimodal approaches over unimodal ones, with ExtraTrees consistently performing best, particularly with a reduced feature set. Challenges included variability in emotional responses across different dog breeds and difficulties in applying protocols to highly trained dogs. The thesis raises the critical question of whether the study is classifying emotions or merely the activities inducing them, suggesting that future research should explore more complex, hierarchical data analysis methods. In conclusion, this work contributes a robust multimodal framework for canine emotion recognition, laying the groundwork for future studies to refine these techniques and address current limitations, particularly through more sophisticated models and expanded data collection
Distribución, uso de hábitat y área de crianza del atún aleta amarilla en el sur del Golfo de México
No full textYellowfin tuna (YFT, Thunnus albacares) is a large pelagic fish inhabiting tropical and subtropical waters. In the Gulf of Mexico (GoM), YFT represents a significant component of commercial and recreational fisheries. Despite the economic and ecological importance of YFT, most research has been conducted on U.S. waters, leaving a gap in knowledge of their movement patterns, distribution, and population connectivity in the southern GoM. The aims of this study were to 1) describe the horizontal and vertical movements of YFT by using satellite tags, 2) investigate the influence of environmental variables on the spatiotemporal distribution of this species using fisheries’ catch data, and 3) determine the natal origin of YFT caught by the Mexican fishery using geochemical markers in the otolith core. Results suggest that YFT moves mainly in the mixed layer and exhibits a diurnal behavioral pattern. During the night, this species spent most of its time in warm, well-oxygenated surface waters (0.7) occurred in the oceanic waters of the central and northern GoM, mainly at positive spatial anomalies of the absolute dynamic topography. During the summer, high suitability values (>0.6) were observed in the Bay of Campeche, in waters with cyclonic activity, which may be related to the aggregation of YFT in the area for spawning, as suggested by the presence of females in advanced maturation stages. Mixed-stock analysis of otolith geochemical signatures indicated that the western (GoM and the Caribbean Sea) and eastern (Gulf of Guinea and Cape Verde) nursery areas in the Atlantic Ocean contribute to the YFT fishery in Mexican waters, with strong interannual variation. The mixing rate provides evidence for the connectivity among nursery areas, and high interannual variability in nursey-specific contributions suggests a complex stock structure of YFT in the Atlantic Ocean. ...El atún aleta amarilla (AAA, Thunnus albacares) es una especie pelágica que se distribuye en aguas tropicales y subtropicales. En el Golfo de México (GoM), el AAA representa un componente importante de la pesca comercial y recreativa. A pesar de la importancia económica y ecológica del AAA, la mayor parte de las investigaciones se han realizado en aguas estadounidenses, dejando un vacío de información sobre sus patrones de movimiento, distribución y conectividad en el sur del GoM. Los objetivos de este estudio fueron 1) describir los movimientos horizontales y verticales del AAA utilizando marcas satelitales, 2) investigar la influencia de las variables ambientales en su distribución espaciotemporal utilizando datos pesqueros y 3) determinar el área de crianza de los individuos capturados por la pesquería mexicana con base en huellas geoquímicas en los otolitos. Los resultados sugieren que el AAA se mueve principalmente en la capa de mezcla y exhibe un patrón de comportamiento diurno. Durante la noche, esta especie pasó la mayor parte del tiempo en aguas superficiales cálidas y bien oxigenadas (0,7) en aguas oceánicas del centro y norte del GoM, principalmente en anomalías espaciales positivas de la topografía dinámica absoluta. Durante el verano, se observaron altos valores de idoneidad (>0,6) en la Bahía de Campeche, en aguas con actividad ciclónica, lo que puede estar relacionado con la agregación del AAA con fines reproductivos, como sugiere la presencia de hembras en fases avanzadas de maduración. El análisis de poblaciones mixtas con base en la señal geoquímica indicó que las áreas de crianza occidentales (GoM y Mar Caribe) y orientales (Golfo de Guinea y Cabo Verde) en el Océano Atlántico contribuyen a la pesquería del AAA en aguas mexicanas, con una variación interanual. La tasa de mezcla evidenció la ..
Origin of nesting stock of green turtles (Chelonia mydas) from two feeding, resting and development areas in the Baja California peninsula
No full textLa tortuga verde (Chelonia mydas) está catalogada como una especie en peligro de extinción en México y enfrenta grandes desafíos de conservación debido a sus patrones migratorios cambiantes durante sus diferentes etapas de vida, y a los miles de kilómetros que recorre entre su lugar de nacimiento y las zonas de alimentación. Para comprender los orígenes natales y la diversidad genética de las poblaciones en la península de Baja California, se recolectaron muestras durante dos años y se secuenció la región control del ADN mitocondrial de 10 individuos de Bahía de los Ángeles (BLA) y 22 del Complejo Lagunar Ojo de Liebre (CLOL), las cuales fungen como zonas de alimentación, descanso y desarrollo. Las secuencias se compararon con poblaciones potenciales de origen del Océano Pacífico, y se encontró que los patrones filogeográficos de las poblaciones del Pacífico Oriental sugieren que la distribución de la diversidad genética coincide con la separación geográfica existente entre las regiones del Pacífico Oriental/Tropical y Occidental. Por otra parte, el análisis de stocks mixtos (MSA) indicó que las poblaciones de BLA y CLOL se originan en los sitios de anidación del Pacífico Oriental, principalmente de las Islas Revillagigedo y la costa de Michoacán. El análisis estadístico utilizado para evaluar la contribución a ambos sitios de tortugas originarias de las Islas Revillagigedo y la costa de Michoacán, mostró que estadísiticamente tanto Revillagigedo como Michoacán aportan el mismo número de individuos a las zonas de BLA y CLOL (Factor de Bayes <1.9 para ambas poblaciones (BLA= 1.59 y CLOL= 1.14)).The green turtle (Chelonia mydas) is listed as an endangered species in Mexico and presents significant conservation challenges due to its changing migratory patterns throughout its life stages and the thousands of kilometers it travels between its birthplace and foraging grounds. To understand the natal origins and genetic diversity of green turtle populations in the Baja California Peninsula, samples were collected over two years, and the control region of mitochondrial DNA was sequenced from 10 individuals from Bahia de los Angeles (BLA) and 22 from the Complejo Lagunar Ojo de Liebre (CLOL), which serve as feeding, resting, and developmental zones for this marine turtle. The sequences were compared with potential source populations in the Pacific Ocean, and it was found that the phylogeographic patterns of the Eastern Pacific populations suggest that the distribution of genetic diversity aligns with the existing geographical separation between the Eastern/Tropical and Western Pacific regions. On the other hand, the Mixed Stock Analysis (MSA) indicated that the populations of BLA and CLOL originate from nesting sites in the Eastern Pacific, primarily from the Revillagigedo Islands and the coast of Michoacan. A statistical analysis was used to evaluate the contribution of turtles originating from the Revillagigedo Islands and the coast of Michoacan to both sites, which found that statistically both Revillagigedo and Michoacan contribute the same number of individuals to the BLA and CLOL zones (Bayes Factor <1.9 for both populations (BLA = 1.59 and CLOL = 1.14))
Límites y Críticas del Conocimiento Científico en lo relativo al Abordaje de la Crisis Ambiental. Materiales de apoyo al Curso de Epistemologia de la Crisis Ambiental: La Relevancia de la Economía, Ensayo 3.2
No full textEs indudable que el conocimiento científico participa en forma importante en la integración de nuestro entender sobre lo que es y cómo debemos abordar la crisis ambiental. Pero independientemente de esto, es importante resaltar que el conocimiento científico acusa limitaciones en lo relativo a este tema. Estas se asocian con su enfoque reduccionista, la incertidumbre en sus proyecciones y aquellas restricciones a su fiabilidad que se derivan de un desapego a consideraciones éticas en el que incurren muchos investigadores científicos. A esto hay que agregar limitaciones derivadas de la obsesión por la tecnología, aquellas asociadas a los sesgos, las fundadas en la parcialidad excluyente del conocimiento tradicional y que lo alejan de una perspectiva multidisciplinaria y por ende de abrazar el holismo necesario para encarar la crisis. Se pretende que este ensayo aporte ideas generales que permitan entender porque, para abordar eficazmente la crisis ambiental, es importante primeramente reconocer las fortalezas y limitaciones del conocimiento científico. Paralelamente, resulta esencial comprender la magnitud de los complejos retos que la mencionada crisis plantea. Ante esto, el diseño de las pertinentes medidas de remediación además de la afluencia de información científica demanda del apego a un enfoque multidisciplinario, inclusivo y ético. Explicar esta conjunción es un segundo objetivo de este ensay
Genesis and description of skeletal development and skeletal malformations in striped bass (Morone saxatilis) in a commercial culture
No full textEntre las especies de peces cultivados, la incidencia de malformaciones óseas es frecuente y muy variable, ya que depende de factores como los nutricionales, ambientales y genéticos. Muy pocas piscifactorías producen el 100% de peces sin malformaciones. Las más comunes afectan a la columna vertebral y al complejo mandibular. El objetivo de este estudio fue describir el desarrollo esquelético y las malformaciones óseas de lobina rayada (Morone saxatilis) proveniente de un cultivo comercial. Se recolectaron muestras de 50 organismos a los 0-15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 40, 50, 60, 70 DDE: Se registró la longitud notocordal o total y el peso. Para describir el desarrollo esquelético se utilizó la técnica de diafanización y doble tinción, con azul de alcián para el cartílago y rojo de alizarina para el hueso. El desarrollo esquelético comenzó a los 2 DDE con la formación de las estructuras del complejo mandibular y de las aletas pectorales (esqueleto apendicular), a los 7 DDE aparecieron los primeros arcos hemales que forman parte del esqueleto axial y a los 9 DDE comenzó la osificación de las vértebras. Todo el desarrollo óseo y la osificación del esqueleto terminó alrededor de los 70 DDE. Las malformaciones observadas en este estudio se dividieron en dos grupos, aparentes y no aparentes, en el primer grupo se observó una mayor prevalencia de anomalías que involucran a una o más vértebras, las cuales representaron un 14.25 %, en el segundo grupo prevalecieron las malformaciones de los arcos y espinas neurales con un 82.14 % y 93.87 % respectivamente, también se observó la compresión vertebral en organismos de 70 DDE con una prevalencia del 12.75%. La morfometría geométrica (MG) es un método sensible con el cual se pueden detectar malformaciones esqueléticas que no son detectables a simple vista, en lobina rayada la MG ayudó a detectar las variaciones en la forma del pedúnculo caudal, que estuvieron asociadas con alteraciones de la columna vertebral.Among cultivated fish species, the incidence of skeletal malformations is common and highly variable, as it depends on factors such as nutrition, environment, and genetics. Very few fish farms produce 100% of fish without malformations. The most common malformations affect the spine and the mandibular complex. The objective of this study was to describe the skeletal development and bone malformations of striped bass (Morone saxatilis) from a commercial cultive. Samples of 50 organisms were collected at 0-15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 40, 50, 60, and 70 days post-hatch development (DPH). The notochordal or total length and weight were recorded. To describe skeletal development, the techniques of clearing and double staining were used, with Alcian blue for cartilage and Alizarin red for bone. Skeletal development began at 2 DPH with the formation of the structures of the mandibular complex and pectoral fins (appendicular skeleton). At 7 DPH, the first hemal arches that belongs to the axial skeleton, appeared; and, at 9 DPH, the ossification of the vertebral, began. Complete bone development and ossification of the skeleton were finished around 70 DDE. The malformations observed in this study were divided into two groups: apparent and non-apparent; in the first group, a higher prevalence of anomalies involving one or more vertebrae was observed, wich represented 14.25%. In the second group, malformations of the neural arches and spines predominated, with a prevalence of 82.14% and 93.87%, respectively. Vertebral compression was also observed in organisms at 70 DDE with a prevalence of 12.75%. Geometric morphometry (GM) is a sensitive method, wich allows detect skeletal malformations that are not recognizable with the naked eye. In striped bass, GM helped detect variations in the shape of the caudal peduncle, which were associated with alterations in the spine
Structure, distribution and function of protists in the euphotic zone of the oceanic waters of the Gulf of Mexico
No full textLos protistas son un grupo de microrganismos muy diverso, que, en condiciones limitadas de nutrientes, presentan interacciones entre ellos muy complejas. Estos microorganismos tienen múltiples funciones en la red alimenticia ya que, además de ser fotosintéticos, pueden ser heterótrofos, mixotróficos, parásitos y saprófitos, y son un vínculo esencial de la comunidad microbiana con niveles tróficos superiores. En el golfo de México (GdM), la corriente de Lazo se intensifica en verano y suministra a la cuenca aguas cálidas y oligotróficas. Sin embargo, los remolinos de mesoescala de tipo ciclónico crean condiciones favorables para la productividad biológica al llevar agua rica en nutrientes a la capa subsuperficial desde capas más profundas. Este estudio tuvo como objetivos principales: 1) determinar la estructura, variabilidad espacial y roles ecológicos de los protistas en la capa de mezcla (ML, por sus siglas en inglés mixed layer) y el máximo de fluorescencia (DCM) en la región oceánica del GdM, en verano y finales de primavera; y 2) evaluar la comunidad de protistas metabólicamente activa (ARN) y su actividad metabólica relativa (ADNr:ARNr) en el 100% de luz (SUR), el 0.1% de luz (PAR0.1) y en el DCM (entre 10 al 1% de luz PAR superficial) a finales de invierno, además de su interacción con la comunidad bacteriana. Para ello se analizaron datos procedentes de la secuenciación masiva de regiones hipervariables de los genes del ARN ribosomal y su posterior análisis bioinformático y estadístico. Entre los principales hallazgos se encontró que la comunidad de la ML estaba influenciada por la variabilidad temporal, regional y, en menor medida, por las estructuras de mesoescala, debido a la fuerte estratificación de verano. En contraste, solo las estructuras de mesoescala tuvieron un efecto sobre la variabilidad de la comunidad en DCM, como consecuencia del efecto de éstas sobre la profundidad de la nutriclina. Esta variabilidad se reflejó en la composición de especies en ambas profundidades. Alveolata representó ~60% de las lecturas en ambas profundidades, seguido de picoeucariotas heterótrofos MAST y Haptofitas en la ML y Pelagomonas (picoeucariotas fotosintéticas) y Rhizaria en DCM. Particularmente llamó la atención el aumento de Ostreococcus con la somerización de la nutriclina. Por su parte, en invierno, la comunidad metabólicamente activa reflejó las condiciones de mezcla. SUR y PAR0.1 mostraron comunidades muy diferentes, mientras que el DCM presentóProtists are a diverse group of microorganisms whose interactions are more complex under nutrient limited conditions. They play multiple roles in the food web, in addition to being photosynthetic; they can also be heterotrophic, mixotrophic, parasitic, and saprophytic, and are an important link between the microbial community and higher trophic levels. In the Gulf of Mexico (GoM), the Loop Current intensifies in summer and supplies the Gulf with warm oligotrophic waters. However, mesoscale cyclonic eddies within the Gulf of Mexico create favorable conditions for biological productivity by bringing nutrient-rich water to the subsurface from deeper layers. The main objectives of thies study were: 1) to determine the structure, variability, and ecological roles of protists in the mixing layer (ML) and the fluorescence maximum (DCM) in the oceanic region of the GoM during summer and late spring; and 2) to evaluate the metabolically active protist community (RNA) and its relative metabolic activity (rDNA:rRNA) in the 100% light (SUR), DCM (between 10 to 1% light), and 0. 1% light (PAR0.1) in late winter, together with their interactions with the bacterial community. To this end, data from massive sequencing of hypervariable regions of ribosomal RNA genes were analyzed, followed by bioinformatic and statistical analysis. The results indicated that the ML community was influenced by temporal, regional, and, to a lesser extent, mesoscale structures, attributable to strong summer stratification. Conversely, only mesoscale structures exerted an effect on DCM community variability as a consequence of their impact on nutricline depth. This variability was reflected in the species composition at both depths. Alveolata constituted approximately 60% of the readings at both depths, followed by heterotrophic picoeukaryotes MAST and Haptophytes at ML and Pelagomonas (photosynthetic picoeukaryotes) and Rhizaria in DCM. Particularly remarkable was the increase in Ostreococcus with nutricline shallowing. On the other hand, during the winter season, the metabolically active community reflected the prevailing mixing conditions. SUR and PAR0.1 exhibited markedly distinct communities, while DCM presented a composition comprising elements from both depths. A higher relative metabolic activity of photosynthetic protists was observed in the DCM, whereas heterotrophs showed an increased activity with depth, indicating the direct influence of depth on their ..