Pompeu Fabra University

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    TAF2 condensation in nuclear speckles links basal transcription factor TFIID to RNA splicing factors

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    TFIID is an essential basal transcription factor, crucial for RNA polymerase II (pol II) promoter recognition and transcription initiation. The TFIID complex consists of the TATA binding protein (TBP) and 13 TBP-associated factors (TAFs) that contain intrinsically disordered regions (IDRs) with currently unknown functions. Here, we show that a conserved IDR drives TAF2 to nuclear speckle condensates independently of other TFIID subunits. Quantitative mass spectrometry analyses reveal TAF2 proximity to RNA splicing factors including specific interactions of the TAF2 IDR with SRRM2 in nuclear speckles. Deleting the IDR from TAF2 does not majorly impact global gene expression but results in changes of alternative splicing events. Further, genome-wide binding analyses suggest that the TAF2 IDR impedes TAF2 promoter association by guiding TAF2 to nuclear speckles. This study demonstrates that an IDR within the large multiprotein complex TFIID controls nuclear compartmentalization and thus links distinct molecular processes, namely transcription initiation and RNA splicing

    Más allá de la moral: el sentido trágico de la ética en Friedrich Nietzsche y Jacques Lacan: una lectura comparada de Más allá del bien y del mal y de El Seminario 7: la ètica del psicoanálisis

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    Este trabajo examina las concepciones éticas de Nietzsche y Lacan, enfocándose en su comprensión de la dimensión trágica de la existencia. Para ello parto del análisis de las obras Más allá del bien y del mal y El seminario 7. En la primera, estudio con detenimiento la figura del espíritu libre y la ética aristocrática nietzscheana; en la segunda, la figura de Antígona y la ética lacaniana del análisis. La investigación pone en diálogo a ambos pensadores, confrontando la ética nietzscheana de la autosuperación con la ética lacaniana del deseo. Argumento que tanto el filósofo como el psicoanalista rechazan toda idea de reconciliación y asumen la imposibilidad, la disonancia y la contradicción como fuerzas impulsoras del cambio o la transformación. Abordo el vínculo entre tragedia, libertad y destino, destacando la proximidad entre el amor fati nietzscheano y el fin del análisis lacaniano. Por último, planteo cómo las concepciones trágicas de estos dos pensadores pueden confluir en una misma perspectiva ética que desafía las visiones tradicionales de armonía y reconciliación, abriendo así nuevas posibilidades para pensar la política y la transformación social.This research examines the ethical conceptions of Nietzsche and Lacan, focusing on their understanding of the tragic dimension of existence. To do so, it is based on the analysis of the works Beyond Good and Evil and Seminar 7. The former explores the figure of the free spirit and Nietzschean aristocratic ethics, while the latter examines Antigone and Lacan’s ethics of psychoanalysis. The research brings both thinkers into dialogue, confronting Nietzsche’s ethics of self-overcoming with Lacan’s ethics of desire. It argues that both reject any notion of reconciliation and embrace impossibility, dissonance, and contradiction as driving forces of change or transformation. The study also explores the link between tragedy, freedom, and destiny, emphasizing the affinity between Nietzschean amor fati and the end of Lacanian analysis. Finally, it considers how the tragic perspectives of of these two thinkers can converge into a shared ethical framework that challenges traditional notions of harmony and reconciliation while opening new possibilities for political and social transformation.Programa de Doctorat en Humanitat

    Transmedia storytelling in video games: the league of legends arcane

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    Treball de fi de màster Estudis Internacionals sobre Mitjans, Poder i DiversitatSupervisora: Dr. Arciniega Cáceres Mittzy JenniferThis research examines how the animated series League of Legends: Arcane connects with the League of Legends player base through transmedia storytelling strategies and analyzes how players participate in these strategies and develop engagement with the game. Through qualitative content analysis of Arcane and its linked content with the game, as well as interviews with eleven players, the study identifies three core transmedia storytelling mechanisms: distributed storytelling structure, media characteristics that lead to differences in content, and the co-constructive role of player communities in the storytelling. The study found that Arcane enhanced players’ understanding and engagement with their characters, prompting them to engage across multiple platforms. At the same time, players also participated in the storytelling process through sharing story and game behavior extension. This study expands the theoretical perspective of transmedia storytelling and emphasizes the importance of user experience and engagement

    The genome sequence of the Violet Copper, Lycaena helle (Denis & Schiffermüller, 1775)

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    We present a genome assembly from an individual female Lycaena helle (the Violet Copper; Arthropoda; Insecta; Lepidoptera; Lycaenidae). The genome sequence is 547.31 megabases in span. The entirety of the genome sequence was assembled into 25 contiguous chromosomal pseudomolecules with no gaps, including the Z and W sex chromosomes. The mitochondrial genome has also been assembled and is 15.5 kilobases in length. Gene annotation of this assembly identified 20,122 protein coding genes

    Lesion morphology and cell death mechanisms in high frequency pulsed field ablation in cardiac tissue

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    A novel technique for the ablation of cardiac arrhythmias based on irreversible electroporation, Pulsed Field Ablation (PFA), has been developed over the last years. Despite PFA is already in clinical use, there are many aspects that are poorly understood or characterized. We have decided to carry out a first study to learn more details about the PFA, such as the morphology of the lesion, as well as to determine the influence that the blood velocity may have on the lesion or the effect of the orientation of the catheters on the lesion size. These two parameters have been observed to considerably affect lesion morphology in thermal cardiac ablation technique, Radiofrequency ablation, RFA. For that, we did a computational comparison in terms of lesion morphology, using computational models, considering different multiphysics, including electrical, thermal, and fluid dynamics, in a simplified cardiac chamber slab (with blood in motion). Two catheter configurations: monopolar and bipolar were studied. RFA was simulated using a conventional temperature-controlled approach while the PFA protocol consisted of a sequence of 20 biphasic bursts (100 µs duration). To make a fair lesion comparison, PFA voltage was adjusted to obtain the same lesion depth as for the RFA model. Computational simulations indicate that, for equivalent lesion depths, PFA lesions are wider, more symmetrical and have a higher volume than RFA lesions for both catheter configurations. Regarding the effects of blood velocity, RFA lesions display a great dependence while PFA lesions remain immune to it. For the monopolar configuration, catheter angle with respect to cardiac surface impacted both ablation techniques but in opposite directions. The orientation of the catheter with respect to blood flow direction only affected RFA lesions. Comparing the morphology of the lesions predicted for PFA in our first study (where symmetrical lesions are observed) with real lesions published by other authors, we see that there are significant differences, the lesions are not perfectly symmetrical, and above all, we observe differences between the lesion obtained right after the application of the pulses, and the final injury after a period of hours. Since the cell death mechanisms underlying PFA are not clearly known, we decided to perform a second study to study the dynamics of different cell death mechanisms previously observed in other PFA studies. An in vitro study was carried out using a circular 2D model with H9C2 cells (myoblast from cardiac rat tissue) was implemented. Conventional IRE and H-FIRE pulses were used for different internal frequencies. Voltages were adapted to have similar lesions width after 24 hours of pulses application. In vitro results indicate that after 4 hours of the pulses application, there was a peak of pyroptosis while the peak of necroptosis was detected after 18 hours of the pulses application. Both cell death mechanisms were frequency-dependent phenomena and lesions suggested that there must be another death mechanisms involved and not detected since lesions widths were smaller than lesions after 24 hours of the pulses application.En los últimos años se ha desarrollado una novedosa técnica para la ablación de arritmias cardíacas basada en electroporación irreversible, la ablación por campo pulsado (PFA). A pesar de que la PFA ya se utiliza clínicamente, hay muchos aspectos que no se comprenden o caracterizan bien. Hemos decidido realizar un primer estudio para conocer más detalles sobre la PFA, como la morfología de la lesión, así como determinar la influencia que puede tener la velocidad de la sangre sobre la lesión o el efecto de la orientación de los catéteres. sobre el tamaño de la lesión. Se ha observado que estos dos parámetros afectan considerablemente la morfología de la lesión en la técnica de ablación cardíaca térmica, ablación por radiofrecuencia, RFA. Para eso, hicimos una comparación computacional en términos de morfología de la lesión, utilizando modelos computacionales, considerando diferentes multifísicas, incluyendo eléctrica, térmica y dinámica de fluidos, en una losa de cámara cardíaca simplificada (con sangre en movimiento). Se estudiaron dos configuraciones de catéter: monopolar y bipolar. La RFA se simuló utilizando un enfoque convencional con temperatura controlada, mientras que el protocolo PFA consistió en una secuencia de 20 ráfagas bifásicas (100 µs de duración). Para realizar una comparación justa de las lesiones, se ajustó el voltaje de PFA para obtener la misma profundidad de lesión que para el modelo RFA. Las simulaciones computacionales indican que, para profundidades de lesión equivalentes, las lesiones de PFA son más anchas, más simétricas y tienen un volumen mayor que las lesiones de RFA para ambas configuraciones de catéter. En cuanto a los efectos de la velocidad sanguínea, las lesiones por ARF muestran una gran dependencia mientras que las lesiones por PFA permanecen inmunes a ella. Para la configuración monopolar, el ángulo del catéter con respecto a la superficie cardíaca afectó a ambas técnicas de ablación, pero en direcciones opuestas. La orientación del catéter con respecto a la dirección del flujo sanguíneo solo afectó las lesiones de ARF. Comparando la morfología de las lesiones predichas para PFA en nuestro primer estudio (donde se observan lesiones simétricas) con lesiones reales publicadas por otros autores, vemos que hay diferencias significativas, las lesiones no son perfectamente simétricas y sobre todo observamos diferencias. entre la lesión obtenida inmediatamente después de la aplicación de los pulsos, y la lesión final al cabo de unas horas. Dado que los mecanismos de muerte celular subyacentes a la PFA no se conocen claramente, decidimos realizar un segundo estudio para estudiar la dinámica de diferentes mecanismos de muerte celular observados previamente en otros estudios de PFA. Se realizó un estudio in vitro utilizando un modelo circular 2D utilizando células H9C2 (mioblastos de tejido cardíaco de rata). Se utilizaron pulsos IRE y H FIRE convencionales para diferentes frecuencias internas. Los voltajes se adaptaron para tener lesiones de ancho similar después de 24 horas de aplicación de pulsos. Los resultados in vitro indican que después de 4 horas de la aplicación de los pulsos, hubo un pico de piroptosis mientras que el pico de necroptosis se detectó después de 18 horas de la aplicación de los pulsos. Ambos mecanismos de muerte celular fueron fenómenos dependientes de la frecuencia y las lesiones sugirieron que debe haber otros mecanismos de muerte involucrados y no detectados, ya que los anchos de las lesiones eran más pequeños que las lesiones después de 24 horas de la aplicación de los pulsos.Al llarg dels darrers anys s'ha desenvolupat una nova tècnica per a l'ablació d'arítmies cardíaques basada en l'electroporació irreversible, l'ablació de camp polsat (PFA). Tot i que la PFA ja està en ús clínic, hi ha molts aspectes que s'entenen o es caracteritzen poc. Hem decidit fer un primer estudi per conèixer més detalls sobre el PFA, com ara la morfologia de la lesió, així com per determinar la influència que pot tenir la velocitat de la sang sobre la lesió o l'efecte de l'orientació dels catèters. S'ha observat que aquests dos paràmetres afecten considerablement la morfologia de la lesió en la tècnica d'ablació cardíaca tèrmica, ablació per radiofreqüència, RFA. Per a això, vam fer una comparació computacional en termes de morfologia de lesions, utilitzant models computacionals, considerant diferents multifísiques, incloent-hi la dinàmica elèctrica, tèrmica i de fluids, en una llosa de cambra cardíaca simplificada (amb sang en moviment). Es van estudiar dues configuracions de catèter: monopolar i bipolar. La RFA es va simular mitjançant un enfocament convencional de temperatura controlada, mentre que el protocol PFA consistia en una seqüència de 20 ràfegues bifàsiques (100 µs de durada). Per fer una comparació justa de lesions, es va ajustar la tensió de PFA per obtenir la mateixa profunditat de lesió que per al model RFA. Les simulacions computacionals indiquen que, per a profunditats de lesió equivalents, les lesions PFA són més amples, més simètriques i tenen un volum més elevat que les lesions RFA per a ambdues configuracions de catèter. Pel que fa als efectes de la velocitat de la sang, les lesions RFA mostren una gran dependència mentre que les lesions PFA es mantenen immunes. Per a la configuració monopolar, l'angle del catèter respecte a la superfície cardíaca va afectar ambdues tècniques d'ablació però en direccions oposades. L'orientació del catèter respecte a la direcció del flux sanguini només va afectar les lesions RFA. Comparant la morfologia de les lesions predites per a PFA en el primer estudi (on s'observen lesions simètriques) amb lesions reals publicades per altres autors, veiem que hi ha diferències significatives, les lesions no són perfectament simètriques i, sobretot, observem diferències. entre la lesió obtinguda just després de l'aplicació dels polsos, i la lesió final al cap d'un període d'hores. Com que els mecanismes de mort cel·lular subjacents a PFA no es coneixen clarament, vam decidir realitzar un segon estudi sobre la dinàmica de diferents mecanismes de mort cel·lular observats en altres estudis de PFA. Es va fer un estudi in vitro utilitzant un model circular 2D amb cèl·lules H9C2 (mioblast de teixit de rata cardíaca). Es van utilitzar polsos IRE i H-FIRE per a diferents freqüències internes. Els voltatges es van adaptar per tenir una amplada de lesions similar després de 24 hores d'aplicació. Els resultats in vitro indiquen que després de 4 hores hi va haver un pic de piroptosi mentre que el pic de necroptosi es va detectar després de 18 hores d'aplicació de llegums. Tots dos mecanismes de mort cel·lular eren fenòmens dependents de la freqüència i les lesions suggerien que hi havia d'haver un altre mecanisme de mort implicat i no detectat, ja que l'amplada de les lesions era menor que les lesions després de 24 hores de l'aplicació dels polsos.Programa de Doctorat en Tecnologies de la Informació i les Comunicacion

    Daily requests and complaints in Spanish prisons: looking beyond legal regulation

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    This article deals with the right to make requests and complaints (RCs) inside Spanish prisons. It discusses the European Prison Rules and the principles set forward by the European Committee for the Prevention of Torture and Inhuman or Degrading Treatment or Punishment (CPT), examining how the Spanish system respects these. It then introduces the RCs system in Spain. Through research carried out in four prisons, interviews with the directors and with 21 inmates and taking as an example one prison, we were able to discover that the number of requests in one year is 55,000. This result reveals the formalised character of Spanish prisons and raises the question as to how to respond to RCs inside prison. The last part of the article draws on interviews with three Penitentiary Judges and discusses their role in reviewing RCs. In our analysis of 626 of the final decisions we found that 98.6% were denied. Finally, the article provides some explanations for this result and questions whether judges can be said to provide an effective remedy in such cases.Research for this article is supported by the Research Project 'Requests and Complaints: participation, quality of prison life and legitimacy' (PID2019-105042RB-I00/AEI/10.13039/501100011033: del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades)

    Medición del acceso abierto en las universidades españolas y el CSIC (2019-2023)

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    Este informe, enmarcado en el objetivo de monitorización de la ciencia abierta de la Línea 2 de REBIUN para el año 2024, presenta la Medición del Acceso Abierto en las universidades españolas y el CSIC del periodo 2019-2023. Los datos muestran un crecimiento importante del porcentaje de artículos en acceso abierto: del 75,6% (77.731 publicaciones) en el año 2022 se pasó al 80% (82.413 publicaciones) en 2023. En estos datos están incluidos los artículos que se publican en acceso abierto en revistas o se encuentran depositados en repositorios institucionales. Como en el estudio anterior, publicado en 2023, se usan los datos extraídos de OpenAlex a partir del identificador de cada universidad y de los centros del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). De acuerdo con la tendencia de años anteriores y los datos referentes al periodo 2019-2023, puede decirse que el acceso abierto a las publicaciones resultado de la investigación de las universidades y CSIC está claramente consolidado. La medición refleja que a partir del 2020 se produce un importante incremento en la publicación en revistas híbridas, probablemente debido a los acuerdos transformativos CRUE-CSIC y los que las instituciones hayan firmado a nivel individual. En este informe, por primera vez, se proporcionan los datos de la vía diamante. Datasets disponibles en: https://doi.org/10.21950/BOMYU

    Subvencions a la producció de llargmetratges cinematogràfics: Catalunya i Espanya

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    Human leukocyte antigen class I expression and natural killer cell infiltration and its correlation with prognostic features in luminal breast cancers

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    Purpose: The aim of this study was to determine whether low HLA-I expression and NK cells infiltration are related to prognostic features in breast cancer, as observed in cancers in other locations and non-hormone dependent breast cancers. Particularly, we explored their relation to infiltrated axillary lymph nodes (ALNs), with the aim of finding new predictors helping to decide the extent of axillary surgery. Patients and methods: We conducted a retrospective correlational analysis of 35 breast cancers from 35 breast cancer patients showing axillary infiltration at diagnosis and with upfront surgery. HLA-I H-score and the number of NK cells x 50 high power fields (HPF) in the biopsy specimen were correlated with pathological variables of the surgical specimen: number of infiltrated ALNs, tumor size, histological type, the presence of ductal carcinoma in situ, focality, histological grade, necrosis, lymphovascular and perineural invasion, Her2Neu status, and the percentages of tumor-infiltrating lymphocytes (TILs), estrogen receptor, progesterone receptor, ki67, and p53. Results: All tumors showed hormone receptor expression and three of them Her2Neu positivity. A positive correlation (p=0.001**) was found between HLA-I H-score and TILs and Ki67 expression. HLA H-score increased with histological grade and was higher in unifocal than in multifocal disease (p=0.044 and p=0.011, respectively). No other correlations were found. Conclusion: High HLA-I H-score values correlated with features of poor prognosis in this cohort of luminal breast tumors, but not with infiltrated ALNs. This finding highlights the differences between luminal breast cancer, and cancers in other locations and non-hormone dependent breast cancers, in which low HLA-I expression tends to be associated with poor prognostic features

    Healthcare resource utilization and costs associated with inadequate initial antibiotic treatment of bacteraemia produced by carbapenem-resistant Gram-negative bacilli (CRGNB): a descriptive, observational study in Spanish hospitals

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    Introduction: Carbapenem-resistant gram-negative bacilli (CRGNB) are one of the main causes of nosocomial infections, posing a major public health challenge. Blood stream infections (BSI) require special attention because of the higher morbidity and mortality associated. Objective: To assess the impact of initial adequate or inadequate antibiotic treatment on the length of stay (LOS) and healthcare resource utilisation of patients with bloodstream infections (BSI) caused by a Carbapenem-resistant gram-negative bacilli (CRGNB) in the Spanish clinical practice. Methods: A descriptive, observational, retrospective chart review study of patients diagnosed with CRGNB bacteriemia in 6 Spanish public hospitals. Results: The overall median LOS of the total population (n=64) was 26.5 days (Q1: 16 days; Q3: 40 days). The median LOS for the initially adequately treated group was 27 days (Q1: 17; Q3: 50), and 24 days (Q1: 15; Q3: 38) for the initially inadequately treated (t-test p= 0.5031). In the Hospital Ward group (n=44), initially adequately treated patients spent hospitalised a median of 6 days less than the initially inadequately treated patients (18 days [Q1: 12; Q3: 27] vs 24 days [Q1: 15; Q3: 38] respectively, p=0.0269). In the total population analysis, initially adequately treated patients had a lower use of resources (20,895.02 [Q1: 11,543.67 ; Q3: 61,773.17 ]) compared to initially inadequately treated patients (24,444.02 [Q1: 11,571.63 ; Q3: 40,790.64 ). Conclusion: Results suggest that inadequate empirical treatment for BSI caused by CRGNB in the hospital ward could be associated with an increase in the LOS and resource utilization of these patients

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