Thèses et e-prints BICTEL/e
Not a member yet
5300 research outputs found
Sort by
Inference of gene networks from time series expression data and application to type 1 Diabetes
No full textThe inference of gene regulatory networks (GRN) is of great importance to medical research, as causal mechanisms responsible for phenotypes are unravelled and potential therapeutical targets identified. In type 1 diabetes, insulin producing pancreatic beta-cells are the target of an auto-immune attack leading to apoptosis (cell suicide). Although key genes and regulations have been identified, a precise characterization of the process leading to beta-cell apoptosis has not been achieved yet. The inference of relevant molecular pathways in type 1 diabetes is then a crucial research topic. GRN inference from gene expression data (obtained from microarrays and RNA-seq technology) is a causal inference problem which may be tackled with well-established statistical and machine learning concepts. In particular, the use of time series facilitates the identification of the causal direction in cause-effect gene pairs. However, inference from gene expression data is a very challenging problem due to the large number of existing genes (in human, over twenty thousand) and the typical low number of samples in gene expression datasets. In this context, it is important to correctly assess the accuracy of network inference methods. The contributions of this thesis are on three distinct aspects. The first is on inference assessment using precision-recall curves, in particular using the area under the curve (AUPRC). The typical approach to assess AUPRC significance is using Monte Carlo, and a parametric alternative is proposed. It consists on deriving the mean and variance of the null AUPRC and then using these parameters to fit a beta distribution approximating the true distribution. The second contribution is an investigation on network inference from time series. Several state of the art strategies are experimentally assessed and novel heuristics are proposed. One is a fast approximation of first order Granger causality scores, suited for GRN inference in the large variable case. Another identifies co-regulated genes (ie. regulated by the same genes). Both are experimentally validated using microarray and simulated time series. The third contribution of this thesis is on the context of type 1 diabetes and is a study on beta cell gene expression after exposure to cytokines, emulating the mechanisms leading to apoptosis. 8 datasets of beta cell gene expression were used to identify differentially expressed genes before and after 24h, which were functionally characterized using bioinformatics tools. The two most differentially expressed genes, previously unknown in the type 1 Diabetes literature (RIPK2 and ELF3) were found to modulate cytokine induced apoptosis. A regulatory network was then inferred using a dynamic adaptation of a state of the art network inference method. Three out of four predicted regulations (involving RIPK2 and ELF3) were experimentally confirmed, providing a proof of concept for the adopted approach.Doctorat en Sciencesinfo:eu-repo/semantics/nonPublishe
Interfacial study of a sensing platform for MDM2, based on the self-assembly of a p53 peptide on a gold electrode
No full textCe travail porte sur l’étude électrochimique et par microscopie de fluorescence in situ de l’auto-assemblage, sur électrode d’or, de monocouches d’aptamères peptidiques de la protéine p53 en vue de la détection de la protéine MDM2. L’utilisation de nouvelles sondes de reconnaissance moléculaire telles que les aptamères peptidiques a été considérée en tant qu’alternative à l’utilisation d’anticorps. Les aptamères peptidiques sont des séquences synthétiques de peptide se liant à la protéine cible avec une affinité et une spécificité élevées. La première partie de ce travail porte sur l’étude électrochimique de l’interface modifiée résultant de diverses procédures d’immobilisation. Des mesures en présence du marqueur rédox [Ru(NH3)6]3+ ont démontré l’immobilisation de la sonde peptidique à la surface d’or et ont permis l’évaluation relative de la densité de sondes adsorbées à la surface respectivement à la méthode d’immobilisation considérée. Par ailleurs, des mesures en présence du couple rédox [Fe(CN)6]3-/4- ont mis en évidence une inhibition drastique du transfert d’électron dans le cas de monocouches composées exclusivement du peptide. Dans un second temps, nous nous sommes intéressés à la détection de la protéine MDM2. Trois interfaces modifiées ont été envisagées soit deux monocouches mixtes de peptide et de 4-mercaptobutan-1-ol, ce dernier jouant le rôle de diluant, adsorbés en une ou en deux étape(s), et une monocouche uniquement composée de peptide. L’utilisation de la spectroscopie d’impédance électrochimique en présence du couple rédox [Fe(CN)6]3-/4- comme méthode de détection a mis en exergue la pertinence de cette dernière interface pour la détection. En effet, l’inhibition du transfert d’électron préalablement identifiée est fortement amoindrie suite à l’interaction avec la protéine cible. Une gamme de détection s’étendant de ~1 à 60 ng mL-1 et une limite de détection de 0,69 ng mL-1 ont été obtenues. Cette performance est comparable à celle des kits ELISA commerciaux. La fiabilité et la spécificité de la réponse ont été vérifiées par le biais de contrôles négatifs sur trois protéines, en l’occurrence le fibrinogène, le cytochrome c et l’albumine de sérum bovin, et validées par des mesures complémentaires de microbalance à cristal de quartz.La troisième partie de ce travail est consacrée à l’étude, par microscopie de fluorescence in situ, de l’organisation de la monocouche résultant des trois procédures d’auto-assemblage précitées. Ces mesures ont permis la mise en évidence d’une distribution hétérogène de la densité en sondes, et plus particulièrement la présence d’agrégats. Ceux-ci ne peuvent être désorbés de la surface par l’application de potentiels même très négatifs (-1,450 V vs AgDoctorat en Sciencesinfo:eu-repo/semantics/nonPublishe
De l'égalité à la pauvreté :les reconfigurations de l'assistance et les transformations de l'Etat social Belge (1925-2015)
No full textL'expansion des politiques de lutte contre la pauvreté depuis la fin des années 1970 a profondément transformé la configuration de notre système de protection sociale. Alors que l'ambition de l'après guerre était d'universaliser la sécurité sociale et de voire disparaitre, petit à petit, l'assistance, les politiques menées depuis les 30 dernières années ont dualisé la protection sociale entre un secteur assuranciel et un secteur assistanciel. Cette forte dualisation aura contribué à renforcer les inégalités à accroitre la pauvreté que ces politiques étaient censées combattre. Pour comprendre cette transformation nous allons étudier l'évolutions des politiques d'assistance sociale depuis 1925 ainsi que ses rapports avec le système de sécurité sociale.Doctorat en Sciences politiques et socialesinfo:eu-repo/semantics/nonPublishe
Aerosol and ozone retrieval in the Martian atmosphere using the SPICAM/UV instrument and algorithm preparation for future missions
No full textMars is the fourth planet of the Solar System starting from the Sun. Compared to Earth, Mars has an atmosphere that is significantly thinner and undergoes also a seasonal cycle that is more marked. A Martian year lasts about two terrestrial years. One of the particularity of the Martian atmosphere is the continuous presence of an airborne dust layer.SPICAM is an instrument on board the Mars-Express satellite orbiting around Mars since the end of 2003. This instrument is divided in two modules: SPICAM/IR, a infrared spectrometer (1.0 - 1.7 µm) and SPICAM/UV, a spectrometer working in the ultraviolet range (106 - 317 nm). In this work, we have analysed the SPICAM/UV measurements that have been recorded in nadir viewing and in the spectral interval between 220 and 290 nm.The analysis of this spectral domain allows to study different species and constituents of the Martian atmosphere such as ozone, dust and ice clouds. In the frame of this work, we have developed a method capable of inverting the SPICAM spectra obtained in nadir viewing in order to simultaneously retrieve the integrated quantities of these different species i.e. the ozone total column, and the integrated optical depths of dust and ice clouds. The method is based on a radiative transfer code that allows to take into account the scattering of light by the different molecules and aerosols of the Martian atmosphere. The surface reflectivity is also considered and is retrieved in the cases where no ice clouds are present in the observed scenes, ice clouds reducing the sensitivity in the surface albedo. Therefore, a cloud detection algorithm has been developed and its results were compared with results obtained with other methods and instruments for validation.Our method has been used to invert the data measured by SPICAM/UV over more than four Martian years which allowed to obtain climatologies of the different studied species: the spatial and seasonal distributions of the ozone column, the optical depths of dust and ice clouds and also the surface albedo are presented in this work. These distributions are discussed and compared to those obtained in previous works obtained with other instruments.This work is also a preparation for the future measurement analysis of the NOMAD/UVIS, an instrument that will be on board the ExoMars Trace Gas Orbiter which is planned to be launched in the beginning of 2016. The algorithm developed in this thesis has also been used to assess performances of NOMAD/UVIS such as the detection limits of particular gases (O3, SO2 et NH3) and the values of the signal-to-noise ratio.Mars est la quatrième planète du Système Solaire en partant du Soleil. Comparée à la Terre, Mars se caractérise par une atmosphère significativement plus ténue, et possède également un cycle annuel des saisons plus marqué. Une année martienne dure environ deux années terrestres. Une des particularités de l'atmosphère de Mars réside en la présence persistante d'une couche de poussière en suspension.SPICAM est un instrument embarqué à bord du satellite Mars-Express qui orbite autour de Mars depuis fin 2003. Il comprend deux modules: SPICAM/IR, un spectromètre infrarouge (1.0 - 1.7 µm) et SPICAM/UV, un spectromètre opérant dans le domaine ultraviolet (106 - 317 nm). Dans le cadre de ce travail, nous avons analysé les mesures de SPICAM/UV obtenues en visée nadir dans l'intervalle spectral s'étendant de 220 à 290 nm.L'analyse de ce domaine spectral permet d'étudier différentes espèces ou constituants de l'atmosphère martienne telles que l'ozone, les poussières ainsi que les nuages de glace. Dans le cadre de ce travail, nous avons développé une méthode capable d'inverser les spectres SPICAM/UV en visée nadir afin de restituer simultanément les quantités intégrées de ces différentes espèces, à savoir la colonne totale d'ozone ainsi que l'opacité intégrée des poussières et des nuages. Cette méthode est basée sur un code de transfert radiatif, permettant de tenir compte de la diffusion de la lumière par les particules en suspension dans l'atmosphère martienne. La réflectivité de la surface martienne est également étudiée et restituée pour les cas où aucun nuage n'est présent dans les scènes observées, les nuages réduisant la sensibilité en l'albédo de surface. Pour ce faire, un algorithme de détection des nuages a été développé et ses résultats ont été comparés avec les résultats obtenus par d'autres méthodes et instruments afin de le valider.Notre méthode d'inversion a été utilisée pour analyser les données recueillies par SPICAM/UV pendant plus de 4 années martiennes, permettant d'obtenir une climatologie des différentes espèces étudiées: des distributions spatiales et saisonnières de la colonne d'ozone, de l'opacité des poussières et nuages de glace ainsi que de l'albédo de surface sont présentées dans ce travail. Ces distributions sont discutées et comparées à celles obtenues dans des travaux antérieurs à l'aide d'autres instruments.Ce travail constitue également une préparation en vue de l'analyse des données de l'instrument NOMAD/UVIS, supervisé par l'IASB-BIRA, et qui sera lancé à bord de la sonde ExoMars Trace Gas Orbiter en direction de Mars au début de l'année 2016. L'algorithme développé dans ce travail a notamment été utilisé pour l'estimation de performances de NOMAD/UVIS telles que les limites de détection de certains gaz (O3, SO2 et NH3) ou encore les valeurs du rapport de signal-sur-bruit.Doctorat en Sciencesinfo:eu-repo/semantics/nonPublishe
La construction du sentiment d’exister chez les adolescents ayant grandi dans les Villages d’enfants SOS dans l’après-génocide au Rwanda: Approche développementale et systémique
No full textA partir du postulat que les comportements problématiques que manifestent certains adolescents ayant grandi dans les villages d’enfants SOS au Rwanda post-génocide constituaient le versant négatif de l’aboutissement du processus de construction du sentiment d’exister, l’objectif principal de cette recherche était la compréhension de ce processus. Ces comportements problématiques ne seraient pas nécessairement synonyme de son échec, mais seraient, surtout à l’adolescence, des tentatives de se faire exister, en lien avec différents éléments qu’il nous fallait découvrir.En appliquant une approche développementale et systémique de recherche et en raisonnant en termes de facteurs de protection et/ou de risque, nous avons identifié quatre facteurs impliqués dans ce processus.Le traumatisme psychique et les deuils compliqués qui ont succédé aux différentes pertes que ces adolescents ont subies pendant le génocide continuent de peser sur le processus de construction de leur sentiment d’exister. De ce fait, certains des comportements problématiques qu’ils affichent peuvent se comprendre comme des réactions comorbides au PTSD.L’environnement physique/matériel et humain dans lequel ces adolescents ont grandi était aussi un facteur de risque. La discontinuité/pluralité des contextes dans lesquels ils ont vécu, le côté institutionnel des villages d’enfants qui prend le dessus sur le côté familial, la primauté des liens de sang dans la société rwandaise et la (trop) grande importance accordée aux activités scolaires au détriment des autres activités sont mis en cause.La qualité de l’attachement développée par chacun des jeunes suivant sa trajectoire de développement joue aussi dans certains cas comme facteur de risque. L’insécurité de l’attachement est notamment impliquée dans certains comportements problématiques, dans la question de dépendance chronique de certains jeunes et dans la faible estime de soi.L’étude a aussi montré que dans certains cas ce sont les modalités relationnelles familiales et extrafamiliales propres à chaque adolescent qui jouent comme facteurs de risque, notamment des difficultés liées à la quête des origines et des héritages familiaux, ainsi que celles liées à la construction d’un sentiment d’affiliation à la famille SOS d’accueil.From the assumption that problematic behaviors manifested by some adolescents who were raised in SOS Children’s Villages in post-genocide Rwanda constitute the negative side of the outcome of the process of construction of their sense of existence, the main aim of this research was to understand that process. These behavior problems would not necessarily mean its failure. Rather, especially at the adolescence period, they would be understood as attempts to make themselves exist, in line with different elements that we ought to discover.Applying a developmental and systemic research approach, and reasoning in terms of protection and/or risk factors, we identified four factors involved in that process.The psychological trauma and complicated grief that followed the losses that these adolescents sustained during the genocide are still a burden to the process of construction of their sense of existence. Therefore, some of their behavior problems can be understood as comorbid reactions to the PTSD.The physical and human environment in which these adolescents were raised was also a risk factor. The discontinuity/plurality of contexts in which they lived, the institutional side of SOS Children’s Villages that overpowers the family side, the primacy of blood relationships in the rwandan society and the (too much) consideration given to school activities, leaving out other activities, were found to be involved.The quality of the attachment developed by each youth through their development path comes also as a risk factor in some cases. The attachment insecurity is, among others, involved in some behavior problems, in the chronic dependency of some adolescents, and in the lack of self-esteem.The study also shows that in some cases, it is the family and extrafamily relational modalities of every adolescent that play as risk factors, namely those difficulties related to the quest for origins and family heritages and those involved in the construction of the feeling of belonging or affiliation to the SOS foster family.Doctorat en Sciences psychologiques et de l'éducationinfo:eu-repo/semantics/nonPublishe
Etude des mécanismes d'action de CXCL12a (SDF-1gas) sur les cardiomyocytes néonataux de rats
No full textL’infarctus du myocarde est une cause majeure de morbidité et mortalité adulte dans les pays développés. Le manque de perfusion myocardique induit la mort des cardiomyocytes notamment par apoptose. Un remodelage moléculaire et cellulaire s’ensuit et comprend une hypertrophie des cardiomyocytes dans la zone péri-infarcie, de la fibrose, une réactivation des gènes fœtaux et des changements métaboliques. Ce remodelage entraîne à terme une diminution de fonction menant à la défaillance cardiaque. Les traitement médicamenteux améliorent la qualité de vie et la survie mais ne peuvent guérir. La thérapie hybride (cellulaire et génique) est une approche thérapeutique nouvelle et prometteuse pour l’infarctus du myocarde. C’est dans ce contexte que s’inscrivent les travaux de ma thèse. <p>Les cellules souches mésenchymateuses (CSM) sont des cellules souches adultes de choix pour la thérapie cellulaire. Plusieurs études ont montré qu’elles participent à la cardioprotection et à la régénération du myocarde en sécrétant une myriade de facteurs de croissance et de cytokines aux effets pro-angiogéniques et anti-apoptotiques.<p>Le « stromal-derived factor-1 » (SDF-1) ou CXCL12 est une chimiokine produite par un grand nombre de cellules dont les CSM et les cardiomyocytes. Il est un ligand pour CXCR4 et CXCR7, 2 récepteurs de la famille des récepteurs liés aux protéines G. CXCL12a est un facteur critique pour la migration, la domiciliation et la survie des cellules souches de la moelle osseuse dans le myocarde infarci et pour la survie des cardiomyocytes. Dans l’infarctus aigu du myocarde, un délai entre la fenêtre temporelle d’activation du ligand et de son récepteur rend cet axe peu efficace. Dans les pathologies ischémiques chroniques, une altération de la signalisation CXCL12a/CXCR4 réduit ses effets bénéfiques.<p>Ces observations ont conduit au développement d’approches thérapeutiques ciblant l'axe CXCL12a/CXCR4. CXCL12a peut être administré seul, sa production peut être stimulée par la transplantation de cellules souches, enfin sa synthèse peut être augmentée dans le myocarde par thérapie génique ou par l’association d’une thérapie cellulaire et génique. La majorité des études montrent une amélioration du remodelage et de la fonction cardiaque associée essentiellement à une néovascularisation et un effet antiapoptotique. Cependant, les effets directs de CXCL12a sur les cardiomyocytes ne sont pas encore complètement élucidés.<p>L’objectif général de ce travail était de contribuer à la compréhension des mécanismes d’action de CXCL12a sur les cardiomyocytes néonataux de rat que celui-ci agisse seul ou dans le cadre d’une thérapie hybride.<p>Dans la première partie de ce travail, nous avons étudié les effets non génomiques de CXCL12a en nous focalisant sur l’homéostasie calcique et ses conséquences fonctionnelles. Nous avons investigué la modulation des flux calciques par CXCL12a en chargeant le cytoplasme de cardiomyocytes néonataux de rat en culture avec le Fluo-4 acétoxyméthyl ester, indicateur fluorescent du niveau de calcium. CXCL12a augmente le calcium intracytoplasmique. La réponse calcique dépend de la liaison de CXCL12a à CXCR4 et majoritairement de l’ouverture des canaux calciques dépendants de l’inositol triphosphate (IP3Rs). Le flux calcique induit par la caféine (un agoniste des récepteurs à ryanodine) est diminué lorsque les IP3Rs sont bloqués. Ceci peut s’expliquer par une interaction entre ces 2 canaux. L’incubation avec le CXCL12a augmente in vitro la fréquence de battement des cardiomyocytes et cet effet est additif à celui de la forskoline (un activateur de l’adénylate cyclase). In vivo, l’administration intramyocardique de CXCL12a augmente le dP/dt max (indice de contractilité cardiaque) du ventricule gauche. <p>Dans la deuxième partie de ce travail, nous avons étudié les effets génomiques de CXCL12a; le but de cette étude était double :(1) identifier de nouvelles voies de signalisation contribuant aux effets de CXCL12a sur les cardiomyocytes et (2) comparer les effets de CXCL12a administré seul aux effets du surnageant de CSM surexprimant CXCL12a. Nous avons construit le lentivirus pWXLd-CXCL12a-IRES-GFP pour transduire des CSM en culture. L’expression protéique de CXCL12a dans le surnageant des CSM transduites a été confirmée par ELISA et l’activité du CXCL12a a été vérifiée par le test à l’aequorine. Pour identifier de nouvelles voies de signalisation modulées à l’étage transcriptionnel, nous avons privilégié le microarray, méthodologie qui permet une approche globale sans à priori. Nous avons ensuite confirmé les résultats par une approche ciblée sur certains gènes par la technique de RTQ-PCR. Pour le microarray, les cardiomyocytes ont été incubés pendant 1 heure avec (a) du CXCL12a commercial &61480;&61493;µ&61517;&61481; dilué dans le milieu des cardiomyocytes sans FBS, (b) le milieu des cardiomyocytes sans FBS (échantillon témoin de a), (c) le surnageant de CSM transduites par le virus pWXLd-CXCL12a-IRES-GFP et (d) le surnageant de CSM transduites par le virus pWXLd-GFP (échantillon témoin de c). Un ensemble discret de 218 gènes correspondant à 0,63% du génome du rat étaient régulés. Parmi les 60 gènes communs rapidement modulés dans les deux conditions (a et c), 34 étaient sur-exprimés alors que 26 étaient sous-exprimés. L’analyse avec le logiciel David suggère que le CXCL12a seul à la dose de 5 μM ou présent dans le surnageant de CSM le surexprimant à la concentration d’environ 2 nM module des voies déjà connues comme la voie des MAPkinases et plusieurs voies liées à l’apoptose comme JAK/STAT, p53 et NOD ainsi que 2 nouvelles voies: le voie des adipocytokines et de PPAR. Par RTQ-PCR, nous avons confirmé la modulation positive par CXCL12a de JAK2 et AKT. De plus, CXCL12a réprime l’expression protéique de la LPL, l’expression génique de la FABP et de l’Angptl-4 et l’expression génique et protéique de l’adiponectine, protéines toutes impliquées dans le transfert des acides gras et leur β oxydation. <p>Nous avons ensuite investigué les effets génomiques de CXCL12a dans le cadre d’une thérapie hybride. L’analyse du microarray et l’analyse ciblée de quelques gènes ont permis de conclure que la modulation de l’expression génique dépend non seulement de la concentration en CXCL12a mais également de la présence d’autres facteurs soit issus directement du milieu de culture commercial des CSM soit issus du milieu conditionné des CSM.<p>Ce travail ouvre de nouvelles perspectives pour mieux comprendre le rôle de CXCL12a dans l’homéostasie calcique et le métabolisme des lipides et son impact dans la physiopathologie du cœur. De plus, ce travail appuie le fait que le développement clinique des thérapies hybrides doit être précédé d’une investigation complète des effets génomique et non génomiques de cette thérapie sur les cardiomyocytes. Cependant, il faut rester prudent car, à cause de l’environnement du myocarde sain ou malade, aucune étude fondamentale ne permet de prédire l’ensemble des effets in vivo.<p>Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiquesinfo:eu-repo/semantics/nonPublishe
Les facteurs sous-jacents de la coopération polonaise au développement: l'évolution du système d'aide de la Pologne depuis la période communiste jusqu'à son adhésion au Comité d'aide au développement de l'OCDE en 2013
No full textEn rejoignant l’Union européenne en 2004 et alors que le pays appartenait jusqu’à récemment au groupe des bénéficiaires de l’aide au développement, la Pologne passe de l’autre "côté du miroir" :elle est incluse dans le groupe des pays riches et devient un donateur d'aide, en acceptant par la même occasion les engagements internationaux concernant les volumes de l’aide publique au développement. De façon tout à fait significative et symbolique, cette évolution change la place de la Pologne sur la carte du monde. En effet, la coopération au développement ne représente pas seulement la solidarité avec les pays du Sud, mais elle est aussi un moyen d’existence dans la politique internationale. <p>L’objectif de cette thèse de doctorat est de documenter, d’analyser et de comprendre l’approche et le comportement de la Pologne en matière de la coopération au développement. En nous référant à deux champs disciplinaires :les théories des relations internationales et l’Analyse de la politique étrangère (APÉ) nous étudions la politique polonaise d'aide au développement avec comme point de départ un triple questionnement :pourquoi, par qui et comment cette politique est-elle construite ?Afin de répondre à nos questions de recherche nous analysons d’abord une évolution du système d’aide polonaise liée aux changements que le pays subit au cours de la période étudiée. Ensuite, nous étudions en détail le milieu externe et interne de la coopération polonaise au développement. <p>Les résultats démontrent que la formulation et la conduite de la politique d’aide au développement de la Pologne s’inscrivent très profondément dans son environnement interne et externe et que des décisions concernant la politique d’aide ne sont pas un choix unilatéral des décideurs, mais plutôt le produit des enjeux entre plusieurs types d’acteurs et facteurs provenant de ces deux environnements. <p>Doctorat en Sciences politiques et socialesinfo:eu-repo/semantics/nonPublishe
Antigenic variation in Trypanosoma brucei: analysis of its control and a transcription factor involved
No full textAfrican trypanosomes are a major plague in sub-Saharan Africa. They cause sleeping sickness in humans and nagana in cattle. These parasites are transmitted between their mammalian hosts by tsetse flies. They are adapting to their different environments through differentiation processes. These processes involve, amongst other things, the expression of different surface coats. These coats are made of procyclin protein at the insect midgut procyclic stage and of variant surface glycoprotein (VSG) at the mammalian bloodstream stage. At a given time, one VSG is expressed from a single VSG gene out of a repertoire of more than 1500 VSG genes present in the trypanosomes genome. The expressed VSG gene is always located at one of fifteen telomeric polycistronic transcription units called expression sites (ES). The VSG coat is changed regularly in a process called antigenic variation allowing trypanosomes to escape the immune response. The exact mechanism controlling the selection of the active ES is not yet known and controversies have been raised concerning the ES transcription control. Although several molecular factors involved in the ES monoallelic-expression have been identified, none of them seems to be a critical regulator.<p><p>Thus during my thesis we decided to explore two aspects of ES expression: (A) deciphering the level at which this expression is controlled and (B) fishing for new protein factors controlling this expression.<p>A) It is not even clear at which level the ES transcription control takes place. In particular, there has been debate on whether it is taking place at the transcription initiation or elongation level. Previous experiments generated contradictory conclusions and gave rise to two different models. The first model suggested that transcription initiation takes place in all ESs simultaneously. The second model suggested that transcription is initiated in only two ESs, one being fully active and a second being pre-active. These two models were equally able to account for the finding of transcripts from different ES within a trypanosome population provided the pre-active ES differs between individual cells. In order to decide if a single or multiple ES promoters can initiate transcription in a given cell, single cell RT-PCR targeting the beginning of the ES was required. Thus single cell RT-PCR was performed and an analysis of the obtained transcripts showed that transcription initiation is taking place on many ES while only one VSG is transcribed. This permitted the unambiguous conclusion that the monoallelic expression of VSG is exerted by controls operating downstream from transcription initiation, suggesting transcription elongation or RNA processing as critical control steps. <p>B) We have characterized a new nuclear protein, Tb alba3, involved in the repression of silent VSGs. Its invalidation lead to chromatin opening in the silent expression sites and to a raise in their expression. As this protein is cytoplasmic and binding procyclin mRNAs at the procyclic stage, it could be a new versatile factor, shuttling between the cytoplasm and the nucleus and involved both in the inverse regulation of major surface antigens at different differentiation stages and the control of antigenic variation.<p><p>These results enhance our understanding of ES transcription control and of ES monoallelic expression.Doctorat en Sciencesinfo:eu-repo/semantics/nonPublishe
Contribution à une meilleure évaluation et prise en charge de l'anxiété chez des patientes présentant un cancer du sein
No full textL’anxiété est très fréquente chez des patientes présentant un cancer du sein non-métastatique et peut avoir des répercussions importantes sur leur prise en charge médicale ainsi que sur leur bien-être physique et psychologique. S’il existe une littérature abondante sur le sujet, de nombreuses questions subsistent concernant l’évaluation et la prise en charge de l’anxiété durant la radiothérapie et dans la phase de rémission qui suit. <p><p>Ce travail de thèse a investigué ces questions au travers de deux études empiriques répondant aux objectifs suivants: (a) l’évaluation de l’évolution et des prédicteurs de l’anxiété durant le traitement de radiothérapie et (b) le développement et l’évaluation de l’efficacité de deux interventions psychologiques de groupe sur la régulation de l’anxiété après la radiothérapie. <p><p>Les résultats de la première étude (a) montrent que les niveaux d’anxiété les plus élevés sont observés lors de la simulation et de la première séance de radiothérapie et diminuent, ensuite, rapidement jusqu’à la fin du traitement. Bien que les niveaux d’anxiété soient relativement faibles pour de nombreuses patientes et semblent être de nature anticipatoire, certaines patientes présentent des niveaux cliniquement significatifs d’anxiété. De plus, un niveau cliniquement significatif d’anxiété à la première séance de radiothérapie est prédit par des facteurs liés à la communication entre les patientes et l’équipe de radiothérapie. Les résultats de la seconde étude (b) indiquent qu’une intervention de groupe à composantes multiples qui combine le soutien, les techniques cognitivo-comportementales et l’hypnose est plus efficace qu’une intervention de groupe à composante unique basée sur le soutien pour aider les patientes à mieux réguler leur anxiété après la radiothérapie. <p><p>Les résultats de ce travail de thèse soulignent l’importance d’évaluer l’anxiété chez les patientes à des moments critiques de leurs parcours médical et d’identifier les patientes qui présentent des niveaux cliniquement significatifs d’anxiété pour leur offrir un soutien adapté. Ces résultats suggèrent également d’améliorer les prises en charge afin de réduire l’anxiété des patientes. Des prises en charge offertes par les équipes de radiothérapie nécessitent une personnalisation de la communication établie avec les patientes et l’utilisation de stratégies proactives d’évaluation, d’information et de soutien. Des prises en charge psychologiques de groupe nécessitent quant à elles de combiner les composantes thérapeutiques les plus optimales. Enfin, ce travail de thèse souligne l’importance de continuer à développer et à améliorer les méthodes d’évaluation et d’intervention.<p>Doctorat en Sciences Psychologiques et de l'éducationinfo:eu-repo/semantics/nonPublishe
Professionnalisation à travers la socialisation internationale et les "usages de l'Europe". Le cas des organisations syndicales en Bulgarie, KNSB et KT Podkrepa, après 1989.
No full textComment appréhender l’acteur syndical dans le changement des cycles historiques et « le passage, à la fin des années 80, d’une conjoncture économique à une autre, d’une forme syndicale à une autre ». (Mouriaux, René dans Launey, Michel 1990). En se passionnant par ce questionnement notre thèse de doctorat se penche sur l’étude de cas de la construction de l’acteur syndical et son rôle dans l’espace politique, économique et social en Bulgarie après 1989. Un pays qui à l’orée de l’instauration du régime communiste (fin 1940) ne compte qu’une poignée de travailleurs industriels. Cependant jusqu’au milieu des années 1945, malgré les aléas liées aux différents régimes autoritaires, des Fédérations syndicales bulgares s’organisent souvent avec de l’aide étrangère. En outre, elles sont également divisées selon des lignes idéologiques des débats politiques et syndicaux internationaux. Par la suite, au début de l’instauration du régime communiste, il s’agissait de « créer » les travailleurs industriels. Les syndicats avaient des fonctions de « courroie de transmission » du Parti à l’image des syndicats soviétiques, principalement liées à leur « encadrement » à travers la fourniture de services sociaux (gestion des allocations sociales, les bases de repos, etc.) mais également la « surveillance de la productivité » à travers la « compétition socialiste ». Après la chute du régime communiste la question de la survie des anciens et la construction de nouveaux syndicats et de leur rôle se pose dans toute la région de l’ancien Bloc de l’Est. Ainsi, visant à dépasser les dichotomies analytiques en termes de force/faiblesse (due principalement aux cause externes structurelles) longuement présentes dans les recherches sur les syndicalismes en Europe centrale et orientale, notre thèse présente une tentative de saisir la complexité de la construction et le rôle des deux Confédérations bulgares, KNSB et KT Podkrepa. Le fil conducteur de notre recherche, à travers la méthode de process- tracing, questionne la professionnalisation de ces organisations à travers la socialisation internationale et les « usages de l’Europe » sur la scène nationale. De nouveau, comme dans le passé du syndicalisme bulgare, les influences étrangères paradigmatiques et matérielles, sont primordiales. Dans une perspective pluridisciplinaire prenant comme base heuristique les néo-institutionnalismes sociologique et discursif - au carrefour de la sociologie des professions, et des littératures sur la socialisation internationale et les « usages de l’Europe » – notre travail tend à saisir la complexité du processus de la création et la transformation du syndicalisme dans un contexte politique, économique et social en pleine mutation. Conçue de telle manière notre recherche permet de concevoir les interactions entre le niveau européen (international) et le niveau national notamment à travers les outils conceptuels des usages de l’Europe. La trame de notre analyse est la professionnalisation conçue en tant que « construction sociale » (Larson 1977) qui est principalement le résultat des mécanismes de la socialisation internationale et de ses usages au niveau national. Nous l’appréhendons à travers les trois dimensions qui sont le « projet professionnel », la conflictualité sur le monopole de la compétence (Abbott 1988) et l’élaboration d’un code éthique commun de valeurs. Comme le souligne Larson, « [t]he core of the professionalization project is the production of professional producers ». (1977: 50) Ainsi, sommes- nous concentrée sur les paradigmes principaux et les acteurs qui les véhiculent. Quels sont les idées et les intérêts et les environnements institutionnels dans ce processus mais surtout quelles en sont les principales interactions? Quels en sont les résultats ?Notre analyse repose sur un matériau empirique de 93 entretiens semi-directifs avec des leaders syndicaux et d’autres acteurs concernés dans de processus effectués lors de trois terrains de recherche entre 2012 et 2014. Ses entretiens sont complétés par 72 questionnaires concernant le profil et les attitudes envers leur travail syndical des leaders de tout l’échelon de l’organisation. En outre, nous avons analysé les documents programmatiques, des archives personnelles et de la littérature grise provenant des deux Confédérations. Notre analyse a décelé deux grandes périodes dans ce processus :la période de la construction du syndicalisme moderne bulgare (1989-1997) et la période de consolidation institutionnelle (1997-2015). Nos principaux résultats démontrent que pendant la première période la professionnalisation du syndicalisme bulgare est principalement fonction de la socialisation internationale (à travers les mécanismes d’apprentissage et persuasion et « socialisation anticipatrice » (Merton 1957) d’avant 1989) des principaux dirigeants de deux Confédérations. Une constellation de contacts personnels, syndicaux (Confédération Internationale des syndicats libres (CISL), CES, AFL-CIO, FO, FGTB) et des environnements socialisateurs (OIT, FMI) y sont présents pour pourvoir de l’aide matérielle et idéationnelle. Toute en exemplifiant leurs propres modèles syndicaux, la majorité de ces organisations véhiculent le paradigme de la « coopération tripartite ». Les usages cognitifs, stratégiques et de légitimation de ces contacts de la part des syndicats bulgares sont primordiaux dans la légitimation interne (organisationnelle) et pour consolider les relations entre les deux Confédérations. En outre ses usages deviennent la principale arme cognitive et stratégique dans le rapport de force avec les différents gouvernements principalement pour institutionnaliser le tripartisme. Celui-ci est perçu par les deux Confédérations comme la condition sine qua non de la réussite de la transition politique et économique bulgare dans laquelle, elles voient leur rôle en tant que syndicalisme de « coopération ». La seconde période, s’ouvre avec leur admission dans la CES et la période d’adhésion à l’UE. Les acteurs syndicaux étrangers et les mécanismes de la socialisation internationale subsistent, mais se transmettent d’une manière institutionnalisée, les syndicats en faisant usage pour leur consolidation interne et rôle dans le processus décisionnel. Le paradigme européen du Dialogue social devient primordial dans le discours et les actions syndicales. Comme le souligne un acteur syndical « « […] si quelque chose n’allait pas bien, nous les menacions [les gouvernements] d’aller le dire à l’Union Européenne ». Pendant cette période nous avons démontré l’hypothèse que bien que l’UE n’a que peu de compétences en matière de politique sociale, les deux Confédérations syndicales ont réussi à faire usage des différentes ressources et contraintes du niveau européen afin de consolider, institutionnaliser et légitimer leur rôle dans le système politique bulgare. Les syndicats se saisissent et interprètent les exigences communautaires en la matière principalement pour renforcer leur capacité « instituante » (représentativité institutionnelle) et créer « une nouvelle surface institutionnelle ». Nous pouvons conclure qu’au niveau interne, la professionnalisation s’exprime dans l’apprentissage à tous les niveaux d’un nouveau paradigme :celui du dialogue social (bipartite, local et d’entreprise) et son institutionnalisation à ces différents niveaux organisationnels. Au niveau externe, la professionnalisation s’exprime dans l’institutionnalisation de différentes formes de participation et de droits. Au cours de cette seconde période, les dimensions de la professionnalisation :le projet professionnel, la conflictualité sur le monopole de la compétence et enfin l’intégration de nouveaux codes d’éthique et de valeurs s’expriment principalement à travers la quête de la part de l’acteur syndical de l’institutionnalisation de son rôle. Le « projet professionnel » des deux Confédérations pendant cette période s’exprime dans le fait de « monopoliser l’accès au métier » au niveau national à travers le renforcement de l’institutionnalisation de la représentativité syndicale et la négociation de dispositions législatives éliminatoires pour les « concurrents ». En outre, les Confédérations à travers les usages cognitives, stratégiques et de légitimation de l’Europe sont à la base de la création de plusieurs institutions, certaines par mimétisme du niveau européen. Finalement, elles arrivent à transformer des exigences de l’acquis, perçues comme contraintes. En l’occurrence, la législation européenne en matière d’information et consultation des travailleurs est remaniée et transposée selon leur intérêt. Il s’agit dans la majeure partie des cas du maintien d’une situation de fait (forme de représentation uniquement syndicale) dans les entreprises. Celle-ci peut également être lue à travers la grille de la professionnalisation « monopolisation d’éléments spécifiques du métier» au niveau de l’entreprise. Nous avons montré la capacité d’action de l’acteur syndical qui ressort gagnant de ces vingt-cinq ans concernant sa reconnaissance institutionnelle (représentativité institutionnelle). Néanmoins, n’est-il pas également perdant concernant sa reconnaissance dans l’essence même du syndicalisme :la représentation des travailleurs (représentativité identitaire). Et quid d’autres groupes sociaux ?Nous avons inscrit notre thèse dans la littérature qui se concentre sur l’agency syndical, nous avons tenté de rendre à cet acteur les logiques d’action qui lui étaient propres pour s’adapter et faire usage des ressources et même des contraintes internationales/ européennes. Nous avons développé les réflexions d’Ost (2009) sur la professionnalisation et la socialisation avec des homologues étrangers à travers un cheminement théorique au niveau méso, institutionnel afin de saisir l’acteur syndical en Bulgarie. Dans cette perspective, les résultats de notre travail font écho à des conclusions recherches similaires menées auparavant. Comme celles de Meardi(2000) sur la socialisation internationale au sein des Comités d’entreprise européens ou sur le cas des syndicats roumains de Pilat (2007). Notre étude communique également avec les conclusions de Bohle et Grescovits (2012) sur la construction des idéaux-types des capitalismes en Europe centrale et orientale concernant l’importance primordiale de « political agency » ,y compris des syndicats. La théorisation de la part de Bohle et Grescovits, du capitalisme bulgare en tant que "non –régime" et l’existence d’intérêts économiques oligarchiques explicitent quelque part l’importance primordiale pour les syndicats bulgares de l’institutionnalisation de leur rôle et des relations professionnelles en général. Les deux Confédérations bulgares participent à la « création » du capitalisme bulgare à travers l’institutionnalisation du modèle tripartite. L’acteur syndical y est le principal instigateur et moteur de ces institutions tripartites. Dans cet ordre d’idées, il serait intéressant dans une perspective plutôt d’économie politique de mener une analyse sur les exigences économiques de l’UE et le rôle des syndicats. Comme le souligne Meardi (2000), le paradoxe des structures de dialogue social en tant que « soft law » consiste en le fait qu’ils ont accompagné des décisions économiques relevant de « hard law ». Enfin, cette étude s’inscrivant dans son historicité propre, marquée principalement par le contexte de l’intégration européenne de la Bulgarie mais également de la crise économique, pose des questions plus larges sur les idées programmatiques mais également philosophiques véhiculé dans ces pays par syndicalisme européen. Un syndicalisme européen qui était une partie inhérente de la construction européenne. La question qui se pose et que la Confédération européenne des syndicats se pose est celle de « leur relation future » et d’un « éventuel divorce » entre l’intégration européenne et les syndicats. Qui plus est, dans un contexte d’allégations sur un éventuel « Brexit », des employeurs britanniques montrent leur attachement à l’Europe. Dans cette perspective, nous pensons que notre recherche peut présenter des pistes de réflexions sur comment étudier un acteur très peu analysé :le patronat. D’autant plus, qu’il n’était presque pas analysé en Europe centrale et orientale. En l’occurrence, comment s'est-il transformé dans un pays comme la Bulgarie, dominé longtemps par des intérêts économiques souterrains ?En l’occurrence, la professionnalisation des organisations patronales, et leur rapport et usages de l’Europe peut représenter une contribution importante pour comprendre une des facettes de l’intégration européenne et les évolutions des capitalismes européens.Doctorat en Sciences politiques et socialesinfo:eu-repo/semantics/nonPublishe