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Apparition et Evolution du Métabolisme
No full textL’exploitation des ressources extraites de l’environnement constitue une activité essen-tielle des êtres vivants. Une fois transformées en briques de construction (e.g. nucléotides,acides aminés) et en molécules de transfert d’énergie (e.g. ATP), ces ressources servent àla croissance des organismes cellulaires, à leur survie et à leur reproduction. Ces trans-formations reposent sur un ensemble de réactions biochimiques, qui seraient trop lentespour soutenir les cycles de vie contemporains sans l’intervention de protéines capables decatalyser ces réactions, les enzymes. Ce contrôle de la présence ou de l’absence de réac-tions biochimiques permet une structuration génétique des réseaux métaboliques. Néan-moins, l’évolution de ces réseaux – et de façon générale des caractéristiques des enzymes –reste énigmatique. Leur rôle crucial dans l’acquisition et la transformation des ressourcessuggère une forte sélection directionnelle en faveur d’enzymes aux constantes cinétiquesélevées; on s’attendrait dans ce contexte à ce qu’évoluent des enzymes proches des limitesphysiques possibles. Cependant les observations décrivent des efficacités cinétiques mo-dérées en moyenne et très diverses entre enzymes. D’autre part, de nombreuses relationsécologiques au sein d’écosystèmes reposent sur des échanges de métabolites, dont la miseen place au cours de l’évolution reste inexpliquée.Dans une partie de ce manuscrit, je pose quelques briques d’une théorie permettantd’expliquer comment l’évolution a façonné, et façonne encore aujourd’hui, les réseauxmétaboliques. Une telle théorie repose sur une relation génotype-phénotype bien décrite ettrès simple a priori – probablement la plus simple et directe qui soit : un gène codant pouruneenzymecontrôlel’efficacitéd’uneréaction–etfaitintervenirdescontraintescellulaireset des facteurs non sélectifs. Elle permet de comprendre certains aspects structurants dela diversité du monde vivant actuel, à travers le prisme mécanistique du métabolisme.L’inverse est seulement partiellement vrai : la diversité du monde vivant offre unregard limité sur l’histoire évolutive du métabolisme. Certaines voies sont extrêmementconservées à travers l’arbre du vivant, suggérant que le dernier ancêtre commun à tousles êtres vivants actuels possédait déjà un réseau métabolique avancé. Notre capacité àcomprendre comment ce réseau métabolique s’est mis en place, et donc à nous rapprocherdes origines de la vie, se heurte ainsi à un horizon phylogénétique fini. Une approchealternative pour explorer les étapes antérieures consiste à envisager ce qui a pu se produiredans une “soupe” pré-biotique dans laquelle seuls des processus physico-chimiques simplesse produisaient.J’aborde cette question à travers une approche de modélisation minimaliste, intégrantuniquement des processus d’association et de dissociation respectant les lois physiquesconnues. De façon surprenante, on observe dans ces dynamiques des processus complexestels que la catalyse, l’autocatalyse; on peut y reconnaître certaines propriétés que l’onattribuerait au vivant à travers des concepts d’écologie (e.g. compétition, inhibition), etin fine une forme d’hérédité analogique, reposant sur la transmission d’un état station-naire plutôt que sur la réplication d’une séquence (hérédité numérique). Je discute de lapossibilité que ces proto-métabolismes aient joué un rôle important aux origines de la vie,des étapes qui ont pu suivre et qui sont loin d’être élucidées, et de la coexistence encoreactuelle de diverses formes d’hérédité
Développement d'un procédé de récupération de co-produits (Sn, Nb, Ta) à partir de gisement de lithium non-conventionnels : le cas du granite de Beauvoir (Allier, France)
No full textTin (Sn), niobium (Nb), and tantalum (Ta) are essential metals for many industrial sectors, with extraction and refining currently performed outside the European Union. These elements can be found in low, uneconomical concentrations in rare metal granite (RMG) deposits, which could soon become potential targets for lithium (Li) extraction in Europe. During this study, conducted as part of the Horizon Europe EXCEED project, a process was developed to demonstrate the feasibility of recovering Sn, Nb, and Ta as by-products of the Li recovery process from RMGs, using the Beauvoir granite (Allier, France) as an example. To achieve the joint liberation of cassiterite (SnO₂), coltan ((Fe,Mn)(Ta,Nb)₂O₆), and lepidolite (K₂(Li₄Al₂)Si₈(OH,F)₄O₂₀), the implementation of a high-voltage pulsed fragmentation step during crushing improved the recovery of Sn, Nb, and Ta without affecting that of Li. The process development highlighted the necessity to recover metallic by-products before Li. Using a semi-continuous centrifugal Falcon separator demonstrated that this latest generation of gravity separation equipment provided excellent efficiency for concentrating heavy minerals containing Sn, Nb, and Ta, which are finely disseminated in granite, prior to Li flotation. The recoveries obtained after optimization with design of experiment methodology reached 67 %, 56 %, and 52 % for Sn, Nb, and Ta, respectively, with enrichment ratios of 15.5, 13.5, and 12.0, while losing only 3 % of the total Li. A multi-stage gravity treatment circuit produced a commercial-grade mixed Sn-Nb-Ta concentrate at pilot scale, grading 45.1 % SnO₂, 7.1 % Nb₂O₅, and 5.6 % Ta₂O₅. Additionally, a study of the evolution of the Falcon concentrates characteristics enhanced the understanding of recovery mechanisms already described in the literature, such as infiltration and plating. Finally, an analysis of georeferenced samples showed that, for Sn, the parameters with the most significant influence on recovery and concentrate grade were cassiterite liberation, the degree of kaolinization, and the sample grade. The perspectives opened by this work could serve as a foundation for developing a future geometallurgical model to ensure optimized recovery of the by-products and potentially for other types of deposits with similar mineralogical characteristics, such as pegmatites.L'étain (Sn), le niobium (Nb) et le tantale (Ta) sont des métaux essentiels à de nombreux secteurs industriels dont l'extraction et le raffinage se font en dehors de l'Union Européenne. Ces éléments peuvent se trouver en faible teneur, non économique, dans des gisements de type granite à métaux rares (GMR) qui pourraient prochainement devenir des cibles potentielles pour l'extraction du lithium (Li) en Europe. Au cours de cette étude, menée le cadre du projet européen Horizon Europe EXCEED, un procédé a été développé pour montrer la faisabilité de la récupération du Sn, Nb et Ta en tant que co-produits du procédé de récupération du Li à partir des GMR sur l'exemple du granite de Beauvoir (Allier, France). Pour la libération conjointe de la cassiterite (SnO₂), du coltan ((Fe,Mn)(Ta,Nb)₂O₆) et du lépidolite (K₂(Li₄Al₂)Si₈(OH,F)₄O₂₀) l'implémentation d'une étape de fragmentation par champs électriques pulsés à l'étape de concassage a permis d'augmenter la récupération du Sn, Nb et Ta sans affecter celle du Li. Le travail de développement des procédés a souligné la nécessité de récupérer les co-produits métalliques avant le Li. L'utilisation d'un séparateur centrifuge semi-continu de type Falcon a démontré que cette dernière génération d'équipements gravimétriques fournissait une excellente efficacité pour concentrer les minéraux lourds porteurs de Sn, Nb et Ta finement disséminés dans le granite, ceci avant la flottation du Li. Les récupérations obtenues après optimisation par la méthodologie des plans d'expérience ont atteint 67 %, 56 % et 52 % pour Sn, Nb et Ta, avec des ratios d'enrichissement de 15,5, 13,5 et 12,0, tout en ne perdant que 3 % du Li total. Un circuit de traitement par gravité multi-étapes a produit à l'échelle pilote un concentré mixte Sn-Nb-Ta commercial titrant 45,1 % SnO₂, 7,1 % Nb₂O₅ et 5,6 % Ta₂O₅. Aussi, une étude de l'évolution des caractéristiques du concentré de Falcon a permis de compléter la compréhension des mécanismes de récupération déjà décrits dans la littérature comme l'infiltration et le placage. Enfin une analyse d'échantillons géoréférencés a montré que, pour Sn, les paramètres ayant le plus d'influence sur la récupération et la teneur des concentrés obtenus sont la libération de la cassitérite, le taux de kaolinisation et la teneur de l'échantillon. Les perspectives ouvertes par ce travail pourraient servir de base à la construction d'un futur modèle géométallurgique pour assurer une récupération optimisée des co-produits du gisement, et pourquoi pas pour d'autres types de gisements avec des caractéristiques minéralogiques voisines comme les pegmatite
Contributions à la sécurité des logiciels embarqués dans la chaîne de confiance
No full textThis habilitation thesis (HDR) focuses on securing software in embedded systems through the concept of a Chain of Trust (CoT). When I began my research in 2011, the protection of sensitive operations primarily relied on smart cards, the main example of a hardware Root of Trust (RoT). These minimalist devices provided high security with very low power consumption, at the cost of limited performance. Their principles were later extended to Secure Elements (SEs), which are now standard hardware RoTs.From 2016, the growing complexity of embedded systems and increasing performance demands led to a shift of critical operations to Trusted Execution Environments (TEEs) running on application processors. These architectures now rely on a CoT rooted in the hardware RoT.This manuscript presents my contributions to the analysis and hardening of embedded software across the CoT: the hardware RoT, the TEE, and the Rich Execution Environment (REE). I first investigated SEs, especially Java Card platforms, as well as the security of their interfaces and underlying hardware.I then extended this work to TEEs, typically implemented by sharing the application processor with the REE to balance performance and energy efficiency. As with SEs, hardware robustness is key. I analyze the impact of fault injection attacks on existing TEEs.Finally, in modern systems, access to TEE or SE functionality is often limited for third-party developers. Sensitive applications must therefore run in the REE, an untrusted environment. I studied their vulnerability to white-box attacks and explored software-level countermeasures, such as code obfuscation, to improve resilience and enhance the overall security of the CoT.Ce mémoire d’habilitation à diriger les recherches (HDR) porte sur la sécurisation des logiciels dans les systèmes embarqués à travers la notion de chaîne de confiance (Chain of Trust, CoT). En 2011, mes travaux ont débuté dans un contexte où la sécurité des opérations sensibles reposait principalement sur la carte à puce, principal exemple de racine de confiance (Root of Trust, RoT) matérielle. Ces dispositifs, à l’architecture minimaliste, offraient un haut niveau de sécurité pour une consommation énergétique très faible, au prix de performances limitées. Ces principes ont été étendus aux composants sécurisés (SE), devenus une référence en matière de RoT matérielle.À partir de 2016, l’évolution des systèmes embarqués et les besoins croissants en performance ont conduit à la migration d’opérations critiques vers les environnements d’exécution de confiance (Trusted Execution Environments, TEE), exécutés sur des processeurs applicatifs. Ces architectures reposent désormais sur une CoT, dont la RoT matérielle constitue le socle.Ce manuscrit présente mes contributions à l’analyse et au renforcement de la sécurité logicielle dans les différentes couches de cette CoT : RoT matérielle, TEE et environnement riche d’exécution (Rich Execution Environment, REE). J’ai d’abord étudié le logiciel embarqué dans les SE (notamment Java Card), ainsi que la sécurité des interfaces et de l’architecture matérielle.J’ai ensuite étendu cette approche aux TEE, dont les implémentations partagent généralement le processeur avec le REE pour concilier performance et consommation énergétique. Je montre que, comme pour les SE, la robustesse matérielle est essentielle, et j’évalue l’impact des attaques par injection de fautes sur plusieurs TEE.Enfin, dans les systèmes modernes, l’accès aux TEE ou SE reste souvent restreint pour les développeurs tiers. Les applications sensibles doivent alors s’exécuter dans le REE, considéré comme hostile. J’ai étudié leur vulnérabilité face aux attaques en boîte blanche et exploré des contre-mesures logicielles, telles que l’obscurcissement, pour renforcer la résilience globale de la CoT
Contribution à la Compréhension des Mécanismes d’Endommagement des Structures Assemblées par Collage sous Chargements Multiaxiaux
No full textAdhesively bonded joints, widely used in industry, are subjected to complex multiaxial loadings. Predicting their failure relies on calculating the energy release rate (G). Our initial work focused on evaluating G for structural adhesives in mixed mode I+II, using classical linear elastic fracture mechanics methods (TDCB, MMB). To overcomethe limitations of these tests (e.g., substrate plasticization), we developed alternative methodologies based on the modified Arcan test. These last approaches allowed us to study the influence of temperature and fatigue loadings (for positive and negative ratios) on the energetic fracture envelope. Failure prediction techniques, based on the coupled criterion, were also developed. However, the assumption of linear elasticity for the adhesive can be restrictive. A preliminary evaluation of the impact of nonlinear behavior on the calculation of G via cohesive elements even suggested invariance of G with the mode ratio. To verify this observation, a calculation methodology for G based on an overall energy balance is proposed. Despite these advancements, in-depth exploration in the general mixed-mode I+II+III plane is crucial and lacking in most current analyses. The objective of this workis therefore to thoroughly investigate the damage mechanisms of adhesively bonded joints, in order to propose models capable of predicting their performance under a wide range of mechanical loadings.Les assemblages collés, essentiels dans l'industrie, sont soumis à des chargements multiaxiaux complexes. La prédiction de leurrupture repose sur le calcul du taux de restitution d'énergie (G). Les premiers travaux présentés ici ont porté sur l'évaluation de G pour des adhésifs structuraux en mode mixte I+II, en utilisant des méthodes classiques de la mécanique linéaire de la rupture (TDCB, MMB). Pour pallier les limites de ces essais (comme la plastification des substrats), des méthodologies alternatives ont été développées basées sur l'essai Arcan modifié. Ces approches ont permis d'étudier l'influence de la température et des chargements de fatigue (pour des ratios positifs et négatifs) sur l'enveloppe de rupture énergétique. Des techniques de prévision de rupture, fondées sur le critère couplé, ont également été développées. L’hypothèse d'élasticité linéaire pour l'adhésif peut toutefois être restrictive. Une évaluation préliminaire de l'impact du comportement non-linéaire sur le calcul de G par éléments cohésifs a même suggéré une invariance de G avec la mixité de modes. Pourvérifier cette observation, une méthodologie de calcul de G par bilan énergétique global est proposée. Malgré ces avancées, une explorationapprofondie dans le plan mixte général I+II+III est primordiale et fait défaut dans la plupart des analyses actuelles. L'objectif de ces travaux est donc d'investiguer en profondeur les mécanismes d’endommagement des assemblages collés, afin de proposer des modèles capables de prédire leur tenue sous une large gamme de sollicitations mécaniques
Au-delà du dessin statique : augmenter le vocabulaire visuel des designers en enseignement et présentation
No full textDrawing is a crucial reflection and problem-solving tool for designers, but also an effective communication tool. When used for communication, drawing can be complemented by other visual stimuli (like reference pictures, 3D or physical models) or modalities such as speech and gesture. This is specifically the case for drawing instructors: in class or through videos, they sketch while explaining the principles, methods and techniques involved.In their career, designers rely also on their sketching (and other visual expression skills) to communicate their ideas with their colleagues and clients. They move from mostly sketch-based representations allowing quick iterations and reinterpretation to more refined representations crafted for audiences who may not be familiar with reading design sketches or for clients who need to be convinced by the concept.This thesis uses these two contexts to study designers' practice of communication sketching through two lenses: (1) how can a sketching video tutorial be made easier to practice along for students through interaction? (2) how can new interactive systems support designers in their presentation process?In both cases, we identify and structure the visual vocabulary used by design experts and explore interactive tools that enhance their sketches, making communication more effective.Through a collaboration with industrial design teachers, this thesis addresses drawing instruction styles specific to this domain, particularly those centered on perspective sketching.Le dessin est un outil crucial pour la réflexion et la résolution de problème pour les designers et architectes, mais aussi un outil de communication efficace. Dans ce cadre, il peut être complémenté par divers stimuli visuels (comme des images de références ou des modèles 3D ou physiques) et par d'autres modalités telles que la parole ou les gestes.Cela est le cas pour les instructeurs en dessin: en classe ou à travers des videos, ils dessinent en expliquant les principes, méthodes et techniques qui régissent leur activité.Au cours de leur carrière, les designers ont aussi recours à leur capacité à dessiner (et à s'exprimer visuellement par d'autres moyens) afin de communiquer leurs idées à leurs collègues et clients. Ils passent de représentations plutôt basées sur le dessin qui permet d'itérer et de réinterpréter leurs concepts, à des représentations plus raffinées, préparées pour des audiences qui ne seraient pas à l'aise avec l'interprétation de dessins de design ou que les designers chercheraient à impressionner.Cette thèse s'articule autour de ces deux contextes pour étudier les pratiques de communication par le dessin des designers, et ce sous deux perspectives différentes: (1) comment rendre les tutoriels videos expliquant le dessin en perspective plus simple à suivre grâce à des interactions? (2) comment de nouveaux systèmes interactives pourraient aider les designers dans leur travail de présentation ? Dans ces deux cas, nous identifions et structurons le vocabulaire visuel utilisé par les designers et explorons comment des outils interactifs peuvent augmenter leurs dessins pour rendre leur communication plus efficace.En collaboration avec des professeurs en design industriel, cette thèse prend en compte les styles de dessin spécifiquement enseignés dans ce domaine, notamment l'importance du dessin en perspective dans celui-ci
Modélisation et simulation d’applications collaboratives à l’échelle de la ville intelligente à l’ère de la 5G
No full textIn a world transitioning to smart cities and sustainable transport, mobility is a central issue for urban efficiency and quality of life. It is in this context that vehicular applications have emerged, thanks in particular to 5G technology integrating Internet of Things (IoT). The aim of these applications is to help drivers make optimal decisions during their travels, depending on traffic conditions. Ensuring their reliability before deployment is imperative. However, the cost of evaluating such applications on a large scale is significant. Simulation is therefore a particularly suitable means of carrying out these evaluations. The approach generally adopted is to couple a discrete-time mobility simulator (on the order of half a second) with a communications simulator. Since commu-nication transmission times can be of the order of half a millisecond or less, this coupling is not particularly accurate. This thesis proposes to integrate both vehicle micro-mobility and communications micro-simulation into a single simulation model. It is based on a discrete-event formalism, Parallel-DEVS, hybridized with UML state machines. The proposed framework is component-based, with each model corresponding to an element of the road or communications infrastructure. The vehicle dynamics model at the heart of the mobility simulation is a discrete-event adaptation of a discrete-time model : Gipps. This all-discrete-event approach ensures greater accuracy in the simulation of communications, as well as greater efficiency in terms of execution time. Thesimulation of 5G communications can be used to evaluate different infrastructures as well as cooperative vehicular applications. It relies on Coupechoux’s models based on real-life observations. Finally, the simulation can be carried out on a city scale, using real cartographic data. For mobility simulation, the results show the effectiveness of adapting vehicle dynamics to discrete events. The evaluation of 5G architectures reveals better performance for relay antenna architecture than for a single global antenna.Dans un monde en pleine transition vers des villes intelligentes et des transports durables, la mobilité est un enjeu central pour l’efficacité urbaine et la qualité de vie. C’est dans ce contexte que sont apparus les applications véhiculaires, notamment grâce à la technologie 5G intégrant l’Internet des Objets (IoT). Ces applications ont pour objectif d’aider les conducteurs à prendre des décisions optimales lors de leurs trajets, selon les conditions de circulation. S’assurer de leur fiabilité avant déploiement est impératif. Néanmoins, le coût associé à l’évaluation à grande échelle de ce genre d’applications est important. La simulation serévèle alors être un moyen tout particulièrement adapté d’effectuer ces évaluations. L’approche généralement opté est de coupler un simulateur de mobilité à temps discret (ordre de la demi-seconde) avec un simulateur de communications. Les temps de transmission dans les communications pouvant être de l’ordre de la demi-milliseconde ou moins, un manque de précision apparaît alors dans ce couplage. Le travail de cette thèse propose d’intégrer en un seul modèle de simulation à la fois la micro-mobilité desvéhicules et les communications. Le tout repose sur un formalisme à événements discrets, Parallel-DEVS hybridé avec les UML state machines. Le framework proposé est à base de composants, où chaque modèle correspond à un élément de l’infrastructure routière ou de communications. Le modèle de dynamique des véhicules au coeur de la simulation de la mobilité est une adap-tation en événements discrets d’un modèle à temps discret : Gipps. Ce choix du tout événements discrets permet une meilleure précision dans la simulation des communications, ainsi qu’une meilleure efficacité en termes de temps d’exécution. La simulation des communications 5G permet d’évaluer aussi bien différentes infrastructures que des applications véhiculaires coopératives. Elle se repose sur les modèles de Coupechoux basés sur des observations réelles. Enfin, la simulation peut s’effectuer à l’échelle d’une ville en utilisant des données cartographiques réelles. Les résultats montrent pour la simulation de mobilité l’efficacité d’adapter la dynamique des véhicules en événements discrets. L’évaluation des architectures 5G révèle quant à elle de meilleures performances pour l’architecture des antennes relais que pour une seule antenne globale
Ciblage thérapeutique des fonctions nucléaires de la protéine de capside (HBc) du Virus de l’Hépatite B (VHB) favorisant la biogenèse des ARN viraux
No full textThe hepatitis B virus (HBV) capsid or core protein (HBc) is essentially a structural protein that forms the viral nucleocapsid in the cytoplasm of infected cells. Interestingly, previously published data also assigned it regulatory functions. Indeed, associating with various HBV replication intermediates within the nucleus of infected cells (i.e. (cccDNA, viral RNAs, or cellular proteins) HBc may have a role in RNA biogenesis. To shed further lights on this non-structural role of HBc, we transduced a mutated HBV genome unable to express HBc in primary human hepatocytes (PHH) or differentiated HepaRG (dHepaRG), vectorized by an “adeno-associated virus” (AAV-HBV/HBc-). This approach establishes a fully HBc-free experimental context, unlike previous works using recombinant HBV virions that still deliver HBc in infected cells through their viral capsid. Our other indirect approach uses capsid assembly modulators (CAM), molecules specifically targeting HBc. Therefore, we choose the potent CAMs JNJ-827 (CAM-E, empty) and JNJ-890 (CAM-A, aberrant), which have already been shown, besides inhibiting the capsid assembly, to inhibit other stages of the viral cycle (Lahlali et al. 2018). Total absence of HBc expression in transduced cells leads to a decrease in viral RNAs accumulation, whereas a trans-expression of HBc in cells transduced with AAV-VHB/HBc- raises RNA levels. A JNJ-890 (CAM-A) highly concentrated treatment also showed lower RNA levels. Then, Run-On experiments and RNA decay assays allow us to identify a mechanism occurring essentially at the transcriptional level, thus suggesting HBc contributes to an optimal cccDNA transcription. This mechanism could involve a loss in hepatospecific factors expression and/or a diminution of HBc-cccDNA association. Globally, our results suggest a role of HBc in the viral cycle beyond its mere structural function. Therapeutically, this highlights the value of targeting viral capsid protein and it may support CAM development to promote a functional cure of HBV infection.La protéine de capside (HBc) du virus de l’hépatite B (VHB) est essentiellement une protéine structurale formant la nucléocapside virale dans le cytoplasme de cellules infectées. De façon intéressante, des données publiées lui attribuent aussi des fonctions régulatrices. En effet, en s’associant à différents intermédiaires de réplication du VHB au niveau nucléaire (i.e. ADNccc, ARN viraux, protéines cellulaires), HBc serait aussi impliquée dans la biogenèse des ARNs viraux. Pour apporter de nouveaux éléments de démonstration, nous avons transduis un génome VHB modifié incapable de produire HBc, en hépatocytes primaires humain (PHH) ou en HepaRG differenciées (dHepaRG), vectorisé par un « virus adéno-associés » (AAV-VHB/HBc-). Cette approche établit un contexte d’absence totale d’HBc, contrairement aux travaux précédents utilisant des virions VHB génétiquement modifiés mais toujours en capacité de délivrer de la HBc en pénétrant dans les cellules avec leur capside virale. Parallèlement, l’utilisation de modulateurs d’assemblage de la capside (CAM), ciblant spécifiquement HBc, offre une approche indirecte. Les puissants CAMs JNJ-827 (CAM-E) et JNJ-890 (CAM-A), ayant déjà démontré une activité inhibitrice sur d’autres étapes du cycle viral (Lahlali et al. 2018), ont été privilégiés ici. L’absence totale d’expression d’HBc conduit à une réduction de l’accumulation des ARNs viraux, tandis qu’une trans-expression d’HBc en cellules transduites par AAV-VHB/HBc- réhausse les niveaux d’ARNs. Un traitement avec une forte concentration du CAM JNJ-890 conduit à une réduction de l’accumulation des ARNs viraux. Des tests transcriptionnels et de dégradation de l’ARN indiquent un mécanisme intervenant au niveau transcriptionnel et suggèrent qu’HBc contribue à une transcription optimale de l’ADNccc. Le mécanisme pourrait impliquer la perte d’expression de facteurs hépato-spécifiques et/ou une réduction de l’association d’HBc à l’ADNccc. Globalement, nos résultats indiquent un rôle de la protéine HBc pour le cycle viral au-delà de sa fonction structurelle. Au niveau thérapeutique, ils appuient l’intérêt de cibler la protéine de capside et soutiennent le développement de CAMs pour favoriser une cure fonctionnelle du VHB
Méthodes et outils pour l'étude diachronique des discours géographiques dans deux encyclopédies françaises
No full textAs a part of LabEx ASLAN project GEODE, this thesis conducts a diachronic study of geographical discourses in two french encyclopedias. The encyclopédie, Dictionnaire Raisonné des sciences, des arts et des métiers (EDdA), a symbol of the Age of Enlightenment, represents the oldest bound of the interval. Its span stretches up to the end of the 19th century, which La Grande Encyclopédie, Inventaire raisonné des Sciences, des Lettres et des Arts (LGE) embodies. Through three main contributions, the effort covers topics such as data engineering and in particular encoding, automated classification and textometry analyses. By confronting simple methods from graph theory to structural remarks made on the elements featured in encyclopedias, the first study underlines the fundamental differences which set dictionaries and encyclopedias apart in terms of internal structure. Subsequently, it proposes an XML-TEI-compatible encoding to represent encyclopedias and applies it to the first digital edition of LGE. A comparison of classification methods is then used to select a model to map each article in the corpus to a knowledge domain, thus enabling the contrastive analyses performed in the last part of the dissertation. A careful survey of the residual errors made by one of the classifiers considered on the entries from the EDdA evidences some similarities between domains and highlights Geography as a discipline very close to the other sciences in the 18th century. Finally, the two books are compared to demonstrate the changes which occurred in the way Geography has been written at each time. A first investigation measures and characterizes the variations in the articles from this domain by using statistics on the number of words and their lengths before studying the movements of certain entries from one domain of knowledge to another. Techniques and results from textometry are then leveraged to get a deeper understanding of the relationship linking biographies to geographical discourses.Dans le cadre du projet GEODE du LabEx ASLAN, cette thèse étudie en diachronie les discours géographiques dans deux encyclopédies françaises. L'Encyclopédie, Dictionnaire Raisonné des sciences, des arts et des métiers (EDdA), emblématique du siècle des Lumières, constitue la borne la plus ancienne de l'intervalle. Celui-ci s'étend jusqu'à la fin du XIXème siècle, représenté par La Grande Encyclopédie, Inventaire raisonné des Sciences, des Lettres et des Arts (LGE). Au travers de trois contributions principales, les travaux abordent des thématiques telles que la préparation des données et l'encodage en particulier, la classification automatique et les analyses textométriques. En confrontant des méthodes simples de la théorie des graphes à des remarques structurelles sur les éléments présents dans les encyclopédies, la première étude souligne les différences fondamentales qui existent entre dictionnaires et encyclopédies en termes de structures et aboutit à la proposition d'un encodage XML-TEI pour représenter une encyclopédie, qui est appliqué sur la première édition numérique de LGE. La comparaison de méthodes de classifications permet ensuite de choisir un modèle pour associer un domaine de connaissance à chaque article du corpus, ce qui rend possible la conduite d'analyses contrastives dans la dernière partie de la thèse. Un examen attentif des erreurs commises par un des classifieurs sur l'EDdA révèle des ressemblances existant entre les domaines et montre une Géographie très au contact des autres sciences au XVIIIème siècle. Pour finir, les deux œuvres sont comparées pour mettre en relief les changements survenus dans la manière d'écrire la Géographie. Un premier développement quantifie puis caractérise la variation dans les articles du domaine (à l'aide de statistiques sur le nombre de mots et leurs longueurs puis en étudiant les mouvements d'entrées entre domaines). Les apports de la textométrie sont enfin utilisés pour approfondir la compréhension des liens entre biographies et discours géographiques
Simulation numérique de la croissance d'anévrisme de l'aorte ascendante pour l'aide à la décision chirurgicale
No full textPredicting the growth evolution of ascending aortic aneurysms (AscAA) represents a major challenge due to the complex interaction between aortic geometry, tissue behavior, and blood flow dynamics. This study explores a Fluid-Structure-Growth (FSG) model, based on the Homogenized Constrained Mixture Model (HCMM) theory, to realistically simulate AscAA growth. The finite element model is initialized with a region of elastin degradation, defined by the distribution of time-averaged wall shear stress (TAWSS) derived from computational fluid dynamics simulations. First, we conduct a parametric study to evaluate the influence of specific input parameters—such as the inlet jet direction, which determines areas of high TAWSS, and the initial pre-stretch, which impacts the tissue's homeostatic state—as well as material parameters on the growth simulation results. Next, we calibrate these parameters to reproduce the growth observed in five patient cases, including one with longitudinal data. We successfully reproduce this longitudinal growth by incorporating updates to TAWSS and the stiffness of the elastic support. Our results demonstrate that the proposed FSG approach, combined with the adjustment of sensitive parameters, successfully reproduces clinically observed growth patterns, validating both aneurysm diameter and displacement distribution by comparison with follow-up CT imaging. This work shows promising potential for application to other patient cases, contributing to the ongoing efforts to develop a predictive tool to support clinical decision-making.Prévoir l'évolution de la croissance des anévrismes de l'aorte ascendante (AscAA) représente un défi majeur en raison de l'interaction complexe entre la géométrie aortique, le comportement des tissus et la dynamique des flux sanguins. Cette étude explore un modèle de Fluide-Structure-Croissance (FSG), basé sur la théorie Homogenized constrained mixture model (HCMM), pour simuler de manière réaliste la croissance des AscAA. Le modèle par éléments finis est initialisé avec une zone de dégradation de l'élastine, définie par la distribution des contraintes de cisaillement pariétales moyennes (TAWSS) dérivées des simulations de dynamique des fluides computationnelle. Dans un premier temps, nous menons une étude paramétrique pour évaluer l'influence de paramètres d'entrée spécifiques—tels que la direction du jet d'entrée, qui détermine les zones de TAWSS élevé, et la prédéformation initiale, qui impacte l'état homéostatique des tissus—ainsi que des paramètres matériaux sur les résultats de simulation de croissance. Ensuite, nous calibrons ces paramètres pour reproduire la croissance observée dans cinq cas patients, dont un cas disposant de données longitudinales. Nous parvenons à reproduire cette croissance longitudinale en tenant compte des mises à jour du TAWSS et de la rigidité du support élastique. Nos résultats montrent que l'approche FSG proposée, combinée à un ajustement des paramètres sensibles, permet de reproduire avec succès les schémas de croissance observés cliniquement, en validant à la fois le diamètre de l'anévrisme et la distribution des déplacements par comparaison à l'imagerie CT de suivi. Ce travail montre un potentiel prometteur pour une application à d'autres cas patients, contribuant ainsi aux efforts visant à développer un outil prédictif pour soutenir la prise de décision clinique
Calcul de l'homotopie rationnelle des complémentaires d'arrangement lisse
No full textSuppose {Zᵢ ⊂ X} is an arrangement of closed subspaces in a topological space X. In this work we study the homotopy theory of the complement U = X − ⋃ᵢ Zᵢ in terms of the spaces Zᵢ and their intersections. In such generality this is not possible: there is a pair of homotopy equivalent closed 3-dimensional manifolds Mᵢ (i = 1, 2) such that the complements Mᵢ × Mᵢ − Δ(Mᵢ) of the diagonals are not equivalent. Therefore we will focus on the rational homotopy theory in the sense of Sullivan. In this approach, the rational homotopy type of U can be modeled by a commutative dg-algebra. The main theorem of this thesis provides an explicit model for the rational homotopy type of the complement U when X is a compact smooth algebraic variety over ℂ, and {Zᵢ} is a collection of subvarieties such that all set-theoretic intersections are smooth. This work relies on the E₁-formality principle due to Morgan, whose work on the mixed Hodge theory makes it possible to prove the theorem in the case where ⋃ᵢ Zᵢ is a divisor with normal crossings. To apply this in practice, one usually needs to transform ⋃ᵢ Zᵢ into a normal crossing divisor via embedded resolution of singularities, for example a wonderful compactification of De Concini-Procesi. We show that it is possible to avoid using an explicit resolution of singularities. The E₁-formality principle applies to a multiplicative mixed Hodge complex (K, F, W). It states that a certain spectral sequence W E₁(K) is equivalent to K as a commutative dg-algebra. Our main construction provides (K, F, W) such that K models U = X − ⋃ᵢ Zᵢ and W E₁(K) has a simple form prescribed by the Mayer-Vietoris spectral sequence. A part of the work contains a simplification of the main theorem, which is more applicable in practice. This simplification brings the intersection poset of the arrangement into the picture in the form of its homology, which is also known as the Orlik-Solomon algebra in the case of arrangements whose intersection poset is a geometric lattice. As an application we generalize the Kriz-Totaro model for configuration spaces F(X, n) to the case of chromatic configuration spaces, and Yuzvinsky’s rational model for the complements of complex vector subspace arrangements to the affine case.Soit {Zᵢ ⊂ X} une famille de sous-espaces fermés dans un espace topologique X. Dans ce travail, nous étudions la théorie de l’homotopie du complémentaire U = X − ⋃ᵢ Zᵢ en fonction des espaces Zᵢ et de leurs intersections. Dans une telle généralité, cela n’est pas possible : il existe une paire de variétés fermées homotopiquement équivalentes de dimension 3, Mᵢ (i = 1, 2), telles que les complémentaires Mᵢ × Mᵢ − Δ(Mᵢ) des diagonales ne soient pas équivalents. Nous nous concentrerons donc sur la théorie de l’homotopie rationnelle au sens de Sullivan. Dans cette approche, le type d’homotopie rationnelle de U peut être modélisé par une dg-algèbre commutative. Le théorème principal de cette thèse fournit un modèle explicite du type d’homotopie rationnelle du complémentaire U lorsque X est une variété algébrique lisse et compacte sur ℂ, et que Zᵢ est une collection de sous-variétés telles que toutes les intersections ensemblistes soient lisses. Ce travail s’appuie sur le principe de E₁-formalité dû à Morgan, dont les travaux sur la théorie de Hodge mixte permettent de démontrer le théorème dans le cas où ⋃ᵢ Zᵢ est un diviseur à croisements normaux. Pour appliquer cela en pratique, on doit en général transformer ⋃ᵢ Zᵢ en un diviseur à croisements normaux via une résolution plongée des singularités, par exemple une compactification magnifique de De Concini-Procesi. Nous montrons qu’il est possible d’éviter l’utilisation d’une résolution explicite des singularités. Le principe de E₁-formalité s’applique à un complexe de Hodge mixte multiplicatif (K, F, W). Il affirme qu’une certaine suite spectrale W E₁(K) est équivalente à K en tant que dg-algèbre commutative. Notre construction principale fournit un tel (K, F, W) tel que K modélise U = X − ⋃ᵢ Zᵢ et que W E₁(K) ait une forme simple prescrite par la suite spectrale de Mayer-Vietoris. Une partie de ce travail consiste à simplifier le théorème principal afin de le rendre plus applicable en pratique. Cette simplification fait intervenir le poset d’intersection de l’arrangement sous la forme de son homologie, également connue sous le nom d’algèbre d’Orlik-Solomon dans le cas des arrangements dont le poset d’intersection est un treillis géométrique. Comme application, nous généralisons le modèle de Kriz-Totaro pour les espaces de configurations F(X, n) au cas des espaces de configurations chromatiques, ainsi que le modèle rationnel de Yuzvinsky pour les compléments d’arrangements de sous-espaces complexes au cas affine