ReDivia - Repositorio Digital de l'Instit Valencià d'Investigacions Agràries
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Métodos de inspección, diagnóstico y detección
Get PDFLa inspección y la toma de muestras son pasos clave del proceso completo
del diagnóstico. Una buena toma y un buen manejo de muestras puede influir
positivamente en el resultado de los análisis posteriores, y en el caso de
graves enfermedades, como las causadas por Xylella fastidiosa, la prevención
de nuevas introducciones mediante el diagnóstico sensible y específico de las
muestras es esencial.
Los métodos de muestreo aconsejados en las inspecciones de material vegetal
en envíos de todo tipo, procedentes de países terceros, se describen en
el estándar de la European and Mediterranean Plant Protection Organization
(EPPO, 2016a), donde se indican los procedimientos para la inspección de
muestras de todos las posibles plantas huéspedes de X. fastidiosa y de sus vectores.
Los métodos de muestreo relativos a las inspecciones y toma de muestras
en viveros o plantaciones se describen en otro estándar similar (EPPO, 2016b),
y las recomendaciones del plan de contingencia español se detallan en el Capítulo
14. La toma de muestras de vectores se describe en el Capítulo 4.
La época de inspección y muestreo es también importante tanto para el
análisis de plantas asintomáticas como con síntomas, dado que, como se ha
indicado en el Capítulo 3, la concentración de la bacteria problema depende
de factores ambientales, de la cepa bacteriana y de la planta huésped. Por ello,
para maximizar las probabilidades de detectar la bacteria y de aislarla, los
muestreos deben realizarse durante el período vegetativo de las plantas (desde
final de primavera hasta principios de otoño en España). En el caso de plantas
subtropicales o mantenidas en invernadero, la inspección y el muestreo pueden
ser durante todo el año
Función y origen de los plásmidos en especies de Erwinia patógenas y epifitas de frutales de pepita
Get PDFEl fuego bacteriano está considerada la enfermedad más grave que afecta a frutales de pepita y rosáceas ornamentales y silvestres. El agente causal es la bacteria Erwinia amylovora, perteneciente a la familia Erwiniaceae, organismo de cuarentena en la UE. Esta especie ha sido ampliamente estudiada, pero a nivel genómico todavía queda mucho por conocer, ya que en la actualidad existen únicamente dos genomas completamente secuenciados y anotados, y otros trece en scaffolds, de cepas de E. amylovora de diferentes orígenes geográficos y huéspedes. Su pangenoma se considera abierto, aunque con un core con una alta identidad de secuencia en estas cepas. Existe muy poca variabilidad intraespecífica, lo que se manifiesta en una escasa diversidad genotípica, advirtiéndose que los plásmidos son la mayor fuente de variabilidad genética que podría explicar las diferencias en virulencia en cepas portadoras de plásmidos, así como su mejor adaptación a diferentes condiciones ambientales. El plásmido pEA29 descrito en la mayoría de las cepas de E. amylovora, y con un efecto cuantitativo en virulencia. El estudio de estas cepas sin plásmido dio paso al descubrimiento de otro plásmido que se ha denominado pEI70, presente en cepas de varios países europeos. Se ha estudiado su función, distribución y contenido genético, así como el efecto del pEA29 y del pEI70 sobre la expresión de los genes cromosómicos de la cepa que los porta, tras la infección en fruto inmaduro. Los experimentos de inoculación con las cepas a las que se les había introducido el plásmido pEI70 o el pEA29, en comparación con esa misma cepa sin plásmidos, mostraron un aumento de la virulencia. Por todo ello, con el fin de estudiar si la presencia de cada uno de estos dos plásmidos podría producir efectos sobre determinados genes cromosómicos que explicarían esa variación en virulencia, se realizó un experimento de expresión génica diferencial usando un microarray. Los resultados demostraron el papel de ambos plásmidos al afectar a la expresión de entre 120 y 180 genes cromosómicos según el plásmido que porte la cepa, enriqueciéndose en cada caso categorías funcionales diferentes. Por otro lado, E. piriflorinigrans es una especie patógena descrita recientemente que produce necrosis sólo en las flores de peral, pero no parece afectar a otros órganos. Además, ambas especies comparten características fenotípicas y moleculares. Su detección y correcta identificación era un reto debido a que los síntomas que provoca en flores son prácticamente indistinguibles a los causados por E. amylovora. Se ha estudiado el contenido genético de un plásmido de 37 Kb, pEPIR37 presente en todas las cepas analizadas de la especie. Además, se ha observado que cuando este plásmido es introducido en cepas de la especie E. amylovora curadas de plásmidos, mostraron un nivel de virulencia mayor, comparable a la observada en las cepas portadoras del plásmido pEA29, lo que parece indicar que este plásmido produce un efecto similar. En este trabajo también se han desarrollado dos protocolos específicos y sensibles de PCR en tiempo real y convencional para identificar, detectar y diferenciar E. piriflorinigrans de E. amylovora y de otras especies de este género, usando secuencias específicas del plásmido pEPIR37. Ello ha permitido identificar esta nueva especie en otros huéspedes como en otras regiones en donde no se había detectado. Asimismo, estos resultados han permitido conocer aspectos biológicos y epidemiológicos de E. piriflorinigrans que aportan nueva información científica que resultaría para establecer estrategias para su control. El estudio de los plásmidos y sus funciones en estas dos especies tan relacionadas filogenéticamente y su papel en la adaptación al medio en el que ambas habitan, así como en la virulencia de las cepas que los portan, podría dar nuevas pistas sobre el origen de estos patógenos, su evolució
Primera detección de Lonsdalea quercina subsp. populi en chopo en España
Get PDFLonsdalea quercina (ex Brenneria quercina) subsp. populi es una bacteria recientemente
identificada en Hungría y China como una nueva subespecie causante del chancro de la corteza
del chopo. Los árboles afectados presentan chancros longitudinales en el tronco, de los que
fluyen abundantes exudados espumosos de color blanco y exudados acuosos oscuros que tiñen
la corteza. Los chopos afectados muestran un debilitamiento generalizado.
En España se han localizado choperas con síntomas similares y se ha identificado L. quercina
subsp. populi como el agente causal de los mismos. En este trabajo se presenta la primera
detección de esta bacteria en España y se describen los métodos de diagnóstico e identificación
utilizados. Esta nueva bacteriosis podría tener un impacto económico importante, siendo
necesario evaluar las pérdidas causadas y realizar nuevas prospecciones para determinar su
distribución en el país
Detección fiable del viroide del mosaico latente del melocotonero (PLMVd) mediante RT-PCR en tiempo real
Get PDFEl vacío llena: Impacto técnico y económico de los sistemas todo dentro todo fuera (TDTF) en cunicultura
Get PDFSe describen dos actividades de la SAT “Cunicultors de Cataluña” (SAT CC) cofinanciadas por el MAGRAMA
para un uso más racional de los medicamentos en cunicultura. En la Actividad 1, se registraron datos de gestión
técnica, datos estructurales y de medicación en engorde y en reproductoras de 45 explotaciones. Se analizaron
los resultados comparando las explotaciones con posibilidad de realizar vacío sanitario con manejo tododentro-
todo-fuera (pTDTF) frente a las que no (C). Las explotaciones C presentaron un valor menor en el índice
tecnológico global (de 5,41 frente a 6,97) y en el índice tecnológico de bioseguridad (de 5,38 frente a 8,75), y
mayor valor en la mortalidad en el período de cebo (12,2% frente al 6,4%) e índice de conversión (de 4,56 frente
a 2,54), observándose también importantes diferencias en el índice de medicación IFTA en maternidad que baja
de 1,67 hasta 0,81 principios activos. Para poder comparar resultados económicos entre sistemas se realizó la
Actividad 2, con granjas C y granjas con manejo todo dentro todo fuera (TDTF). Se observó que todos los índices
técnicos fueron mejores en las explotaciones TDTF, a excepción del IFTAc. Los índices económicos Valor Actual
Neto, Tasa Interna de Retorno y Tiempo de Recuperación no alcanzaron los valores mínimos deseables para ser
un negocio económicamente atractivo, en ninguno de los dos tratamientos. El Margen Coste Alimentación fue
de 47,2 frente a 93,9 (€/año/hembra) y el Coste de Producción del kilo vivo fue de 1,77 frente a 1,35€/kg, ambos
favorables al tratamiento TDTF. En conclusión, las granjas que incrementan la bioseguridad con vacío sanitario
en un sistema de manejo TDTF tienen asegurada una mayor sostenibilidad
Pan-Genomic Analysis Permits Differentiation of Virulent and Non-virulent Strains of Xanthomonas arboricola That Cohabit Prunus spp. and Elucidate Bacterial Virulence Factors
Get PDFXanthomonas arboricola is a plant-associated bacterial species that causes diseases on several plant hosts. One of the most virulent pathovars within this species is X. arboricola pv. pruni (Xap), the causal agent of bacterial spot disease of stone fruit trees and almond. Recently, a non-virulent Xap-look-a-like strain isolated from Prunus was characterized and its genome compared to pathogenic strains of Xap, revealing differences in the profile of virulence factors, such as the genes related to the type III secretion system (T3SS) and type III effectors (T3Es). The existence of this atypical strain arouses several questions associated with the abundance, the pathogenicity, and the evolutionary context of X. arboricola on Prunus hosts. After an initial characterization of a collection of Xanthomonas strains isolated from Prunus bacterial spot outbreaks in Spain during the past decade, six Xap-look-a-like strains, that did not clustered with the pathogenic strains of Xap according to a multi locus sequence analysis, were identified. Pathogenicity of these strains was analyzed and the genome sequences of two Xap-look-a-like strains, CITA 14 and CITA 124, non-virulent to Prunus spp., were obtained and compared to those available genomes of X. arboricola associated with this host plant. Differences were found among the genomes of the virulent and the Prunus non-virulent strains in several characters related to the pathogenesis process. Additionally, a pan-genomic analysis that included the available genomes of X. arboricola, revealed that the atypical strains associated with Prunus were related to a group of non-virulent or low virulent strains isolated from a wide host range. The repertoire of the genes related to T3SS and T3Es varied among the strains of this cluster and those strains related to the most virulent pathovars of the species, corylina, juglandis, and pruni. This variability provides information about the potential evolutionary process associated to the acquisition of pathogenicity and host specificity in X. arboricola. Finally, based in the genomic differences observed between the virulent and the non-virulent strains isolated from Prunus, a sensitive and specific real-time PCR protocol was designed to detect and identify Xap strains. This method avoids miss-identifications due to atypical strains of X. arboricola that can cohabit Prunu
Economic injury levels for Asian citrus psyllid control in process oranges from mature trees with high incidence of huanglongbing
Get PDFThe Asian citrus psyllid (ACP), Diaphorina citri Kuwayama, is the key pest of citrus wherever it occurs due to its role as vector of huanglongbing (HLB) also known as citrus greening disease. Insecticidal vector control is considered to be the primary strategy for HLB management and is typically intense owing to the severity of this disease. While this approach slows spread and also decreases severity of HLB once the disease is established, economic viability of increasingly frequent sprays is uncertain. Lacking until now were studies evaluating the optimum frequency of insecticide applications to mature trees during the growing season under conditions of high HLB incidence. We related different degrees of insecticide control with ACP abundance and ultimately, with HLB-associated yield losses in two four-year replicated experiments conducted in commercial groves of mature orange trees under high HLB incidence. Decisions on insecticide applications directed at ACP were made by project managers and confined to designated plots according to experimental design. All operational costs as well as production benefits were taken into account for economic analysis. The relationship between management costs, ACP abundance and HLB-associated economic losses based on current prices for process oranges was used to determine the optimum frequency and timing for insecticide applications during the growing season. Trees under the most intensive insecticidal control harbored fewest ACP resulting in greatest yields. The relationship between vector densities and yield loss was significant but differed between the two test orchards, possibly due to varying initial HLB infection levels, ACP populations or cultivar response. Based on these relationships, treatment thresholds during the growing season were obtained as a function of application costs, juice market prices and ACP densities. A conservative threshold for mature trees with high incidence of HLB would help maintain economic viability by reducing excessive insecticide sprays, thereby leaving more room for non-aggressive management tools such as biological control
Rifampicin treatment of Blattella germanica evidences a fecal transmission route of their gut microbiota
No full textEukaryotes have established symbiotic relationship with microorganisms, which enables them to accomplish functions that they cannot perform alone. In the German cockroach, Blattella germanica, the obligate endosymbiont Blattabacterium coexists with a rich gut microbiota. The transmission of Blattabacterium is vertical, but little is known about how the gut microbiota colonizes newborn individuals. In this study, we treated B. germanica populations with rifampicin, a broad-spectrum antibiotic, during two generations and analyzed gut bacterial composition and the Blattabacterium load in control and rifampicin-treated populations. Rifampicin exerted a drastic effect on gut microbiota composition, which recovered in the second generation in the case where the antibiotic was not added to the diet. Furthermore, we observed that bacterial species present in the diet, and particularly in the feces, contribute significantly to establishing the gut microbiota. Finally, the Blattabacterium population remained unaffected by the antibiotic treatment of adults during the first generation but was strongly reduced in the second generation, suggesting that this intracellular symbiont is sensitive to rifampicin only during the infection of the mature oocytes, when it is in an extracellular stage
