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Machine learning-driven COVID-19 early triage and large-scale testing strategies based on the 2021 Costa Rican Actualidades survey
Get PDFThe COVID-19 pandemic underscored the importance of mass testing in mitigating the spread of the virus. This study presents mass testing strategies developed through machine learning models, which predict the risk of COVID-19 contagion based on health determinants. Using the data from the 2021 “Actualidades” survey in Costa Rica, we trained models to classify individuals by contagion risk. After theorize four possible strategies, we evaluated these using Monte Carlo simulations, analyzing the distribution functions for the number of tests, positive cases detected, tests per person, and total costs. Additionally, we introduced the metrics, efficiency and stock capacity, to assess the performance of different strategies. Our classifier achieved an AUC-ROC of 0.80 and an AUC-PR of 0.59, considering a disease prevalence of 0.26. The fourth strategy, which integrates RT-qPCR, antigen, and RT-LAMP tests, emerged as a cost-effective approach for mass testing, offering insights into scalable and adaptable testing mechanisms for pandemic response.UCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro de Investigaciones en Matemáticas Puras y Aplicadas (CIMPA)UCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias de la Salud::Centro de Investigación en Cuidado de Enfermería y Salud (CICES
La categorización del mito: entre la mirada académica y la voz cultural
Get PDFEste número inicia con el ensayo “Violencia que fascina: la estetización del narcotráfico en la cultura popular” de la autora Emily Valles Mora, estudiante de Antropología de la Universidad de Costa Rica. Este texto explora de manera crítica y con un enfoque de Antropología Política el fenómeno de la estetización de la violencia vinculada al narcotráfico en Latinoamérica. Su argumento principal es que a través de representaciones como narco series, redes sociales y música popular, las ideas alrededor del narcotráfico construyen imaginarios sociales en los que la violencia se vuelve atractiva, legítima y deseable.
El segundo texto “Parentesco y Alianza en Cultura Sorda de Costa Rica: Sistema de apelación y percepciones sobre la endogamia y exogamia” de Camila Vázquez Martínez, antropóloga graduada de la Universidad de Costa Rica y estudiante de la Maestría en Responsabilidad Social y Sostenibilidad en la Universidad Nacional de Costa Rica, examina desde una perspectiva sociolingüística cómo la Lengua de Señas Costarricense (LESCO) construye identidad, pertenencia y relaciones dentro de la comunidad sorda.
El último artículo en la revista es “La categorización del mito: entre la mirada académica y la voz cultural” por Sebastián Villegas Jiménez, estudiante de Antropología de la Universidad de Costa Rica. En este artículo se analizan diversas definiciones que se han dado del mito, desde la academia, así como las tensiones que surgen al diferenciarlo de otros géneros narrativos como la leyenda.UCR::Vicerrectoría de Docencia::Ciencias Sociales::Facultad de Ciencias Sociales::Escuela de Antropologí
Podcast Mujeres que Tejen Turismo: Ep. 01 Reviviendo un Imperio con Cianie Barttley (Maxi's Manzanillo)
No full textEn este primer episodio de Mujeres que tejen turismo, del Observatorio de Turismo Sostenible del Caribe (OBTUR), nos adentramos en la historia de Cianie Barttley Martin, madre, emprendedora y propietaria del emblemático Restaurante Maxi’s en Manzanillo. Un legado sobre sus hombros, lleno de lucha constante y retos de mantener en pie un ícono caribeño que trasciende generaciones.Universidad de Costa Rica/[530-C4145]/UCR/Costa RicaSedes Regionales::Sede del Carib
La rosa roja deshojada. Historia conceptual de la justicia social, del futuro y de la socialdemocracia en Costa Rica, 1976-2007
Get PDFEsta tesis analiza cómo los dirigentes del Partido Liberación Nacional (PLN) en Costa Rica conceptualizaron la justicia social, el futuro y la socialdemocracia entre 1976 y 2007, en un contexto marcado por la crisis del modelo desarrollista y la transición al neoliberalismo. A través del estudio de discursos políticos, se examina cómo estos conceptos estructuraron las representaciones del Estado, la economía y la comunidad política costarricense durante un período de profundas transformaciones globales. El análisis se centra en tres momentos clave: el simposio “La Costa Rica del año 2000” (1976), donde se debatió el papel del Estado en el desarrollo; la crisis de los años ochenta y noventa, que reformuló las expectativas de futuro; y el proceso de apertura comercial y adhesión al modelo neoliberal con el TLC (2002-2007). Desde la historia conceptual y la historia político-intelectual, la investigación busca comprender las tensiones semánticas que acompañaron el desplazamiento del ideal socialdemócrata hacia una visión del Estado basada en el libre mercado y el mérito individual. Al situar estos debates en una escala transnacional, se evidencia la circulación global de ideas y su apropiación local por parte del PLN. Este estudio propone que historizar los conceptos de justicia social, futuro y socialdemocracia permite reevaluar las posibilidades de reconstruir un proyecto democrático más igualitario en la actualidad.This thesis examines how the leaders of Costa Rica’s National Liberation Party (PLN) conceptualized social justice, the future, and social democracy between 1976 and 2007, amid the crisis of the developmentalist model and the global transition to neoliberalism. By analyzing political discourses, it explores how these concepts shaped the party’s understanding of the state, the economy, and the political community during a period of profound ideological transformation. The study focuses on three key moments: the symposium “Costa Rica in the Year 2000” (1976), which debated the state’s developmental role; the economic and political crises of the 1980s and 1990s, which reshaped national expectations of the future; and the neoliberal turn consolidated with the Central America U.S. Free Trade Agreement (2002-2007). Drawing on conceptual history and political intellectual history, the research traces the semantic shifts that accompanied the move from a social-democratic ideal to a neoliberal vision of the state grounded in free markets and individual merit. By framing these debates within transnational intellectual exchanges, the study reveals how global ideas circulated and were locally reinterpreted by the PLN. It argues that historicizing the concepts of social justice, future, and social democracy helps reassess the potential for reconstructing a more egalitarian democratic project today.UCR::Vicerrectoría de Investigación::Sistema de Estudios de Posgrado::Ciencias Sociales::Maestría Académica en Histori
Assessment yield and water productivity in soybean (Glycine max) with Aquacrop
Get PDFIntroducción. Los modelos de simulación son una herramienta para estudiar el comportamiento de los cultivos bajo distintas condiciones climáticas, hídricas y prácticas de manejo agronómico. Objetivo. Evaluar el modelo AquaCrop en la estimación del rendimiento y la productividad del agua en el cultivo de la soya variedad CIGRAS-06. Materiales y métodos. El estudio se realizó en la Estación Experimental Agrícola Fabio Baudrit Moreno de la Universidad de Costa Rica, en Alajuela, Costa Rica del 6 de junio al 23 de octubre del 2018. Se utilizó el modelo AquaCrop para simular el desarrollo y rendimiento del cultivo de soya. Se compararon datos simulados de cobertura del dosel vegetal, producción de biomasa y rendimiento, contra datos experimentales de una parcela sembrada con soya variedad CIGRAS-06. Se utilizaron parámetros de suelo medidos en campo y generados mediante ecuaciones de pedrotransferencia. Resultados Las predicciones del rendimiento, biomasa total y cobertura fueron buenas (similitud (d) ≥ 0,97), pero las predicciones de cobertura foliar durante el inicio del ciclo del cultivo son susceptibles de mejora. Las diferencias en los dos tipos parámetros de suelo utilizadas, no afectaron significativamente la simulación final. Conclusiones. AquaCrop permitió simular el rendimiento de la soya, la biomasa y la cobertura foliar satisfactoriamente. La simulación de la productividad del agua fue superior a otros valores reportados en la literatura.Universidad de Costa Rica/[802-B6604]/UCR/Costa RicaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro en Investigación en Contaminación Ambiental (CICA)Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Agroalimentarias::Estación Experimental Agrícola Fabio Baudrit Moreno (EEAFBM
Desarrollo del cuestionario de estrategias de aprendizaje para matemática
Get PDFLas estrategias de aprendizaje son esenciales para el estudiantado porque permiten integrar los nuevos conocimientos a su esquema cognitivo. El objetivo de este estudio fue construir una escala que evalúe cuatro estrategias de aprendizaje de la matemática: repetición, elaboración, organización y autorregulación metacognitiva. La versión final de la escala se conformó por 17 ítems y se denominó Cuestionario de Estrategias de Aprendizaje para matemática (CEAm). La escala se aplicó a 892 estudiantes de un curso de matemática introductoria universitaria. El análisis factorial exploratorio sugirió una estructura factorial idéntica a la esperada desde la teoría y las
alfas de Cronbach ordinales de los ítems de cada dimensión fueron superiores a 0.70. Finalmente, se estudiaron las correlaciones de las estrategias con la nota en un examen del curso de matemática introductoria; únicamente la autorregulación metacognitiva presentó una correlación significativa moderada. El procedimiento de construcción de la escala y los resultados estadísticos obtenidos proporcionan un sustento para la utilización del CEAm en la medición de estrategias de aprendizaje
en matemática.Learning strategies are essential for students because they allow them to integrate new knowledge into their cognitive framework. The objective of this study was to construct a scale that assesses four mathematics learning strategies: repetition, elaboration, organization, and metacognitive self-regulation. The final version of the scale consisted of 17 items and was called the Learning Strategies Questionnaire for mathematics (CEAm). The scale was administered to 892 students in an introductory university mathematics course. Exploratory factor analysis suggested a factor structure identical to that expected from theory, and ordinal Cronbach’s alphas for the
items in each dimension were greater than 0.70. Finally, the correlations of the strategies with the grade on an introductory mathematics course exam were studied; only metacognitive self-regulation showed a moderately significant correlation. The scale construction procedure and the statistical results obtained provide support for using the CEAm in measuring learning strategies in mathematics.UCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro de Investigaciones en Matemática y Meta-Matemática (CIMM
An academic analysis of ESP and TBLT online materials in the "English language for educators: growing for the future" course
Get PDFEste estudio evalúa la efectividad de los materiales de enseñanza en línea utilizados en el curso "English Language for Educators: Growing for the Future", un programa de Inglés para Propósitos Específicos (ESP por sus siglas en inglés) diseñado para educadores en la Universidad de Costa Rica. La investigación examina si los materiales del curso cumplen con criterios establecidos en cuatro categorías clave: materiales generales de enseñanza del inglés, materiales en línea, materiales ESP y materiales de Enseñanza de Idiomas Basada en Tareas (TBLT por sus siglas en inglés). Mediante un enfoque cualitativo, se analizaron los materiales utilizando una lista de cotejo. Los resultados proporcionan conocimientos valiosos para profesores de ESP y para quienes desarrollan materiales, enfatizando la importancia de alinear los recursos de enseñanza en línea con principios pedagógicos y las necesidades específicas de los estudiantes. El estudio concluye con recomendaciones prácticas para mejorar los materiales en los cursos ESP con enfoque TBLT que se desarrollan en entornos de aprendizaje digital.This study evaluates the effectiveness of online teaching materials used in the course "English Language for Educators: Growing for the Future", an English for Specific Purposes (ESP) program designed for educators at the University of Costa Rica. The research examines whether the course materials meet established criteria across four key categories: general English teaching materials, online materials, ESP materials, and Task-Based Language Teaching (TBLT) materials. Using a qualitative approach, data were collected by analyzing materials through a checklist. The results provide valuable insights for ESP practitioners and materials developers, emphasizing the importance of aligning online teaching resources with both pedagogical principles and the specific needs of learners. The study concludes with practical recommendations for refining materials used in ESP courses following a TBLT approach in digital learning environments.Vicerrectoría de Investigación::Sistema de Estudios de Posgrado::Artes y Letras::Maestría Profesional en Enseñanza del Inglés como Lengua Extranjer
Beyond plasmid addiction: the role of toxin–antitoxin systems in the selfish behavior of mobile genetic elements
Get PDFToxin-antitoxin (TA) systems were initially described as “addiction” modules that promote plasmid maintenance through a post-segregational killing (PSK) mechanism. In this process, the cells are forced to retain plasmids to avoid death caused by the longer half-life of the toxin compared to the antitoxin. However, TA systems have since been widely identified across a broad range of mobile genetic elements (MGEs), suggesting that TA systems support the maintenance of these MGEs within bacterial hosts and contribute to the exclusion of competing MGEs such as plasmids and phages. This perspective highlights their broader role beyond plasmid addiction, functioning as key components in safeguarding MGE persistence and enhancing MGE fitness. Therefore, the concept of “plasmid addiction” should be reconsidered as a subset of a more comprehensive phenomenon referred to as “MGE selfishness,” which more accurately captures the widespread distribution and conserved, self-serving functions of TA systems across diverse MGEs. Additionally, TA systems facilitate the establishment of MGEs as “molecular symbionts” within bacterial cells. While initially considered parasitic, the relationships can evolve to provide mutual benefits for both the MGE and the host. From a gene-centered evolutionary perspective, the proposed molecular symbiosis may progress to a point where most of the MGE’s original content is lost, leaving only essential genes that are retained and functionally co-opted by the host. Further studies should investigate the role of TA systems in MGEs beyond plasmids, as well as their evolutionary trajectories toward specialized functions that may influence the adaptation and evolution of key bacterial groups, including pathogens.UCR::Vicerrectoría de Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de BiologíaVicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias de la Salud::Instituto de Investigaciones en Salud (INISA
Natural products repository of Costa Rica (NAPRORE-CR): an open-access database
Get PDFNatural products are outstanding resources of bioactive compounds with potential applications not only in drug discovery but also in the cosmetic industry and natural pesticides. Costa Rica is among the most biologically diverse countries in terms of the number of known species per unit of area, even above conventionally considered megadiverse countries. In this work, we introduce the Natural Products Repository of Costa Rica (NAPRORE-CR): the first dedicated database that compiles structural representations and predicted properties of natural products found and/or characterized in Costa Rica. The first version of this collection comprises 1161 compounds, annotated with structural classifications, calculated structural and physicochemical properties (MW, HBD, HBA, RB, AlogP, and TPSA), and complex descriptors (SA score, QED, nSPS). The diversity and chemical space coverage of compounds in NAPRORE-CR were compared to drugs, pesticides, and cosmetics. Through the analysis and visualization of chemical space coverage and diversity, it was found that NAPRORE-CR has a property profile compatible with applications in all three fields, and that its compounds are structurally similar to those of approved drugs and natural pesticides. Cross-referencing NAPRORE-CR with PubChem and ChEMBL, combined with activity predictions, facilitated the identification of both known applications of the included compounds and potential new areas of study. In favour of open science and FAIR principles for data sharing, NAPRORE-CR is freely available at https://doi.org/10.5281/zenodo.7858061.UCR::Vicerrectoría de Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de QuímicaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias de la Salud::Laboratorio de Ensayos Biológicos (LEBI
Análisis del papel de los antígenos de las larvas de tercer estadio de Toxocara canis como inductores de inmunidad entrenada
No full textToxocara canis es un nemátodo parásito que infecta varias especies de cánidos, mientras que el ser humano actúa como hospedador accidental. La toxocarosis, o la infección sintomática de humanos con este parásito, representa una amenaza para la salud pública debido a su creciente prevalencia, la afectación por medio de síndromes clínicos severos y su reciente asociación con enfermedades crónicas como el asma. Sin embargo, actualmente se desconoce cómo los antígenos de sus larvas infectantes influyen en la respuesta inmune humana, en particular, si esta interacción pudiera inducir memoria inmunológica en células innatas. Esta tesis examina cómo los productos de excreción-secreción (ESP) y los antígenos somáticos (SAg) de la larva de tercer estadio (L3) de T. canis afectan el perfil de activación inmune y si son capaces de inducir memoria inmune innata o “inmunidad entrenada” en células inmunes primarias humanas. Los hallazgos indicaron que los SAg de la larva infectante L3 generan una respuesta inmune inicial más robusta que los ESP, activando leucocitos hacia un estado proinflamatorio. En la respuesta tardía o adaptativa, los ESP indujeron una polarización TH2 en las células T CD4+, destacándose la secreción aumentada de IL-5 e IL-13 en células T efectoras. Asimismo, por medio del marcaje de los receptores CD45RA y CD62L, se logró identificar que las subpoblaciones de células T efectivamente se diferencian a fenotipos terminalmente diferenciados y efectores al exponerse a los ESP, confirmando el rol de estas células T en la secreción de las interleucinas típicas de una inflamación tipo 2. Finalmente, los monocitos expuestos a los antígenos de T. canis mostraron un perfil característico de memoria innata, manifestándose con cambios metabólicos y un mayor estado proinflamatorio basal. Los cambios metabólicos se evidenciaron por incrementos en el ambiente reductor intracelular y en la glucólisis aerobia, mientras que el estado hiperreactivo inflamatorio se manifestó como una secreción aumentada de citoquinas proinflamatorias (como IL-6 y TNF-α). Asimismo, al enfrentar los monocitos humanos entrenados con los antígenos de T. canis a una segunda exposición a estos mismos antígenos y a estímulos alergénicos, se observó un aumento en quimioquinas proinflamatorias. Estos resultados sugieren que la inmunidad entrenada en monocitos podría explicar las observaciones epidemiológicas que vinculan las reinfecciones con T. canis con la susceptibilidad a desarrollar toxocarosis más severa y a padecer condiciones inflamatorias crónicas como el asma. La caracterización de estos mecanismos contribuye al entendimiento de la inmunidad en helmintiasis y ofrece nuevas avenidas para explorar aplicaciones inmunoterapéuticas, como el potencial de algunas fracciones más específicas de estos extractos antigénicos de T. canis como moduladores o adyuvantes en intervenciones vacunales.Toxocara canis is a nematode with the ability to infect several canid species, while humans act as accidental hosts. Toxocariasis, the symptomatic infection of humans with this parasite, represents a growing public health threat due to its increasing prevalence, association with severe clinical syndromes, and links to chronic conditions such as asthma. However, the impact of its infective larval antigens on the human immune response—particularly in terms of whether they can induce immune memory in innate cells—remains unclear. This thesis examines how excretion-secretion products (ESP) and somatic antigens (SAg) from T. canis third-stage larvae (L3) influence immune activation profiles and whether they can induce “trained immunity” or innate immune memory in human primary immune cells. Our findings indicate that L3 SAg generates a stronger initial immune response than ESP, activating leukocytes toward a proinflammatory state. In the adaptive phase, ESP induced a TH2 polarization in CD4+ T cells, notably increasing IL-5 and IL-13 secretion in effector T cells. Using CD45RA and CD62L markers, we identified the differentiation of T-cell subpopulations into terminally differentiated and effector phenotypes upon ESP exposure, confirming the role of these T cells in type 2 inflammatory cytokine secretion. Finally, T. canis antigens induced a characteristic innate memory profile in monocytes, marked by metabolic changes and a heightened basal proinflammatory state. These metabolic shifts included increased intracellular reductive conditions and aerobic glycolysis, while the hyperreactive inflammatory state manifested as increased IL-6 and TNF-α secretion. Upon secondary exposure to T. canis antigens and allergenic stimuli, trained monocytes demonstrated an elevated proinflammatory chemokine response. These results suggest that trained immunity in monocytes could explain epidemiological associations linking T. canis reinfections to severe toxocariasis and chronic inflammatory conditions like asthma. Characterizing these mechanisms enhances our understanding of immunity in helminthiasis and suggests new avenues for immunotherapeutic applications, such as exploring specific T. canis antigenic fractions as modulators or adjuvants in vaccine strategies.Universidad de Costa Rica/[803-C4-335]/UCR/Costa RicaUCR::Vicerrectoría de Docencia::Salud::Facultad de MicrobiologíaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Sistema de Estudios de Posgrado::Salud::Maestría Académica en Microbiologí