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The prebiotic lactulose does not affect olfactory neurogenesis in a sheep model of early life stress
No full textConception d’un entrepôt de données pour une visualisation et interrogation des données de simulation en vue de répondre à des questions agronomiques
No full textAu vu de la croissance exponentielle des données agronomiques simulées, par des modèles mis en
place pour aider l’agriculture de demain, il a fallu mettre en place de nouveaux moyens pour stocker,
interroger et exploiter ces données. Les entrepôts de données bien qu’encore peu présents dans
le domaine de l’agriculture semblent apporter une solution intéressante pour stocker nos données
agronomiques. Ces données sont issues d’une étude sur les prairies françaises [2]. Notre étude se base
sur un travail préalable conduit par Tassadit Baoudi sur un entrepôt de données agro-hydrologiques
générées par simulation [3]. Dans un premier temps le travail s’est concentré sur la base de données
: la structure était déjà existante mais il a fallu procéder à son remplissage et créer un espace
de stockage suffisant pour accueillir les données brutes et la base de données. Ensuite, il a fallu faire
évoluer cette base de données en entrepôt de données adapté au caractère spatio-temporel des résultats
de simulation. Un outil interactif implémenté en R shiny a également été déployé ; ainsi une
interface ergonomique a été produite afin de faciliter l’accessibilité et la visualisation des données,
notamment par l’intermédiaire de graphiques. Enfin, les questions agronomiques plus poussées ont
été résolues à l’aide de méthodes de data mining qui ont permis d’extraire des connaissances à partir
de ces grandes quantités de données. Le stage a donc permis de mettre en place une structure adaptée
à une grande quantité de données agronomiques permettant ainsi d’en faciliter l’exploration et
la visualisation. La fouille de motifs réalisée par la suite a finalement permis d’extraire encore un
peu plus de connaissances à partir des données.Given the exponential growth of simulated agronomic data, generated by models established so as
to help the agriculture of tomorrow, it was necessary to put in place new ways to store, query and
exploit these data. Although data warehouses are still not very present in the field of agriculture,
they seem to other an interesting solution for storing our agronomic data. These data come from a
study on the French meadows [2]. Our study is based on a preliminary work conducted by Tassadit
Baoudi on a data warehouse using simulated agro-hydrological data [3]. At first our work focused
on the database, the structure was already existant, however we had to fill it and create enough
storage space to accommodate the raw data and the database. Then, we moved this database to a
data warehouse adapted to the spatio-temporal nature of the simulation results. An interactive tool
implemented in R shiny has been deployed. An ergonomic interface has been produced to facilitate
data accessibility and visualization, particularly through graphics. Then, some more advanced
agronomic questions have been solved using data mining methods that can extract knowledge from
large amounts of data.We have therefore been able to set up a structure adapted to a large amount of
agronomic data and facilitating the exploration and visualization of these data. The pattern mining
allowed us to extract a little more knowledge from the data
Limited Oxidative Stress Favors Resistance to Skeletal Muscle Atrophy in Hibernating Brown Bears (Ursus Arctos)
No full textSecretion of an argonaute protein by a parasitic nematode and the evolution of its sirna guides
No full textExtracellular RNA has been proposed to mediate communication between cells and organisms however relatively little is understood regarding how specific sequences are selected for export. Here, we describe a specific Argonaute protein (exWAGO) that is secreted in extracellular vesicles (EVs) released by the gastrointestinal nematode Heligmosomoides bakeri, at multiple copies per EV. Phylogenetic and gene expression analyses demonstrate exWAGO orthologues are highly conserved and abundantly expressed in related parasites but highly diverged in free-living genus Caenorhabditis. We show that the most abundant small RNAs released from the nematode parasite are not microRNAs as previously thought, but rather secondary small interfering RNAs (siRNAs) that are produced by RNA-dependent RNA Polymerases. The siRNAs that are released in EVs have distinct evolutionary properties compared to those resident in free-living or parasitic nematodes. Immunoprecipitation of exWAGO demonstrates that it specifically associates with siRNAs from transposons and newly evolved repetitive elements that are packaged in EVs and released into the host environment. Together this work demonstrates molecular and evolutionary selectivity in the small RNA sequences that are released in EVs into the host environment and identifies a novel Argonaute protein as the mediator of this
Exploring the potential of gas-phase esterification to hydrophobize the surface of micrometric cellulose particles
No full textIn order to lift the barrier of a poor interfacial interaction between cellulosic plant fibers and polymeric matrices in biocomposites, an eco-friendly surface modification of fibers was explored. A solvent-free gas-phase esterification applied to cellulose particles allowed to graft palmitoyl moieties on their surface in order to make them more compatible with non-polar polymers for composite applications. The efficiency of the treatment was evidenced from FT-IR analysis, and the degree of substitution (DS) was quantified by solid-state 13C NMR spectroscopy. The effect of surface grafting on resulting intrinsic characteristics of cellulose particles, i.e. crystallinity, thermal stability, morphology, surface free energy and water vapor sorption were investigated respectively by X-ray diffraction, thermogravimetric analysis, SEM observations coupled with image analysis, contact angle measurements and dynamic vapor sorption system (DVS). It was shown that a DS as low as 0.01 was enough to drastically increase the hydrophobicity of cellulose particles without affecting the inner properties of cellulose
Evaluation tool of FAIR criteria literacy and compliance to foster research data sharing
No full textThe RDA-SHARC (SHAring Reward & Credit) interest group is an interdisciplinary group endorsed by Research Data Alliance. It intends to improve crediting and rewarding mechanisms for scientists who work towards sharing their data for potential reuse. In this perspective, assessing the compliance with FAIR practices and increasing the understanding of FAIRness criteria are critical steps
Estimation of the burden of iron deficiency anemia in france from iron intake: methodological approach
No full textDietary iron deficiency (ID) is the first nutritional deficiency in the world, in terms of disability adjusted life years (DALY). This nutritional deficiency may lead to anemia, especially among children, adolescents, and adult women. The aim of this study was to build an original probabilistic model to quantitatively assess the ID, the iron deficiency anemia (IDA) and the subsequent health burden in France expressed in DALY, per age class and gender. The model considered the distribution of absorbed iron intake, the iron requirement distribution established by the European Food Safety Authority and the iron status in France. Uncertainty due to lack of data and variability due to biological diversity were taken into account and separated using a second-order Monte Carlo procedure. A total of 1290 (95% CI = 1230–1350) IDA cases corresponding to 16 (95% CI = 11–20) DALY were estimated per 100,000 individuals per year. The major contributors to IDA burden were menstruating females aged from 25 to 44 years old. Then, a consumption scenario was built with ground beef as intake, an increase in red meat consumption to 100 g/d would not eliminate entirely the IDA burden. The quantitative methodology applied here for France could be reused for other populations
Mutualistic co-evolution of T3SSs during the establishment of symbiotic relationships between Vigna radiata and Bradyrhizobia
No full textThis study supports the idea that the evolution of type III secretion system (T3SS) is one of the factors that controls Vigna radiata-bradyrhizobia symbiosis. Based on phylogenetic tree data and gene arrangements, it seems that the T3SSs of the Thai bradyrhizobial strains SUTN9-2, DOA1, and DOA9 and the Senegalese strain ORS3257 may share the same origin. Therefore, strains SUTN9-2, DOA1, DOA9, and ORS3257 may have evolved their T3SSs independently from other bradyrhizobia, depending on biological and/or geological events. For functional analyses, the rhcJ genes of ORS3257, SUTN9-2, DOA9, and USDA110 were disrupted. These mutations had cultivar-specific effects on nodulation properties. The T3SSs of ORS3257 and DOA9 showed negative effects on V. radiata nodulation, while the T3SS of SUTN9-2 showed no effect on V. radiata symbiosis. In the roots of V. radiata CN72, the expression levels of the PR1 gene after inoculation with ORS3257 and DOA9 were significantly higher than those after inoculation with ORS3257 omega T3SS, DOA9 omega T3SS, and SUTN9-2. The T3Es from ORS3257 and DOA9 could trigger PR1 expression, which ultimately leads to abort nodulation. In contrast, the T3E from SUTN9-2 reduced PR1 expression. It seems that the mutualistic relationship between SUTN9-2 and V. radiata may have led to the selection of the most well-adapted combination of T3SS and symbiotic bradyrhizobial genotype
Gonflement et élimination du dépôt après filtration : impact de la résistance hydraulique de la membrane
No full textL’élimination du dépôt de filtration par rinçage et nettoyage des membranes est une essentielle pour assurer l’efficacité de la filtration efficace. Pourtant, on trouve que la discussion actuelle des différents mécanismes, qui conduisent à l’élimination du dépôt après la filtration (gonflement, érosion, détachement, …), est loin d’être exhaustive. Pour cette raison nous avons consacré ce travail à la modélisation du comportement du dépôt de filtration réversible pendant la relaxation de la pression après filtration sur membrane.
L’objectif de ce travail est de décrire la cinétique du gonflement d’un dépôt de particules colloidales en prenant en compte la résistance hydraulique de la membrane de filtration, et d’étudier l’influence du gonflement de ce dépôt sur son élimination de la surface de la membrane.
La théorie de filtration-consolidation a été adaptée pour la description du gonflement. Les valeurs des caractéristiques du dépôt (compressibilité, filtrabilité (résistance spécifique) et épaisseur du dépôt), ainsi que les paramètres opératoires (résistance hydraulique de la membrane, pression transmembranaire appliquée) utilisées pour la modélisation étaient choisies pour être représentatives de l’ultrafiltration d’une suspension colloïdale avec une forte compressibilité réversible de dépôt.
Il a été démontré que le gonflement d’un dépôt réversiblement compressible peut être assisté par l’absorption du filtrat à travers la membrane (Fig. 1). Cet effet est expliqué par la relaxation de la pression de solide après la réduction de la pression transmembranaire appliquée. Plus la résistance hydraulique de la membrane est faible (forte perméabilité de la membrane), plus l’absorption du filtrat et la vitesse de gonflement du dépôt augmentent.
Lorsque la résistance hydraulique de la membrane est faible et la résistance hydraulique du dépôt est forte, l’absorption du filtrat au travers la membrane peut conduire à une distribution non-uniforme de la concentration du solide dans le dépôt gonflé : le modèle prédit une distribution en forme de cloche (Fig. 2a). A la membrane, l’adhésion du dépôt diminue avec la diminution de la concentration locale, et la faible concentration en solide dans le dépôt (distribution en forme de « cloche ») peut faciliter son élimination de la surface de la membrane. Donc, un dépôt dont les propriétés de compressibilité sont réversibles peut être facilement éliminé de la surface d’une membrane ayant une faible résistance hydraulique, avant la fin du gonflement. En revanche, le gonflement du même dépôt à la surface d’une membrane peu perméable (résistance hydraulique élevée) est plus lent, et conduit à une distribution monotone de la concentration du solide (la concentration est la plus élevée à l’interface dépôt-membrane, Fig. 2b). Dans ce cas le dépôt s’élimine de la membrane après la fin du gonflement.
Ces phénomènes doivent être pris en compte dans la planification des expérimentations et les analyses des résultats de filtration qui s’intéressent à l’étude de la force d’adhésion du dépôt à la membrane