P-arch
Not a member yet
966 research outputs found
Sort by
QTREDS: a Ruby on Rails-based platform for omics laboratories
Full text linkBackground In recent years, the experimental aspects of the laboratory activities have been growing in complexity in terms of amount and diversity of data produced, equipment used, of computer-based workflows needed to process and analyze the raw data generated. To enhance the level of quality control over the laboratory activities and efficiently handle the large amounts of data produced, a Laboratory Management Information System (LIMS) is highly-recommended. A LIMS is a complex software platform that helps researchers to have a complete knowledge of the laboratory activities at each step encouraging them to adopt good laboratory practices. Results We have designed and implemented Quality and TRacEability Data System - QTREDS, a software platform born to address the specific needs of the CRS4 Sequencing and Genotyping Platform (CSGP). The system written in the Ruby programming language and developed using the Rails framework is based on four main functional blocks: a sample handler, a workflow generator, an inventory management system and a user management system. The wizard-based sample handler allows to manage one or multiple samples at a time, tracking the path of each sample and providing a full chain of custody. The workflow generator encapsulates a user-friendly JavaScript-based visual tool that allows users to design customized workflows even for those without a technical background. With the inventory management system, reagents, laboratory glassware and consumables can be easily added through their barcodes and minimum stock levels can be controlled to avoid shortages of essential laboratory supplies. QTREDS provides a system for privileges management and authorizations to create different user roles, each with a well-defined access profile. Conclusions Tracking and monitoring all the phases of the laboratory activities can help to identify and troubleshoot problems more quickly, reducing the risk of process failures and their related costs. QTREDS was designed to address the specific needs of the CSGP laboratory, where it has been successfully used for over a year, but thanks to its flexibility it can be easily adapted to other "omics" laboratories. The software is freely available for academic users from http://qtreds.crs4.it webcite.Pubblicat
Microincentivi per l'innovazione
Full text linkIl programma "Microincentivi per l'innovazione" eroga incentivi per l'acquisizione di servizi di piccola entità per:
- la tutela della proprietà intellettuale
- l'assistenza tecnologica e il trasferimento di tecnologie per lo sviluppo di nuovo prodotto o di nuovo processo
- l'internazionalizzazione di nuovo prodotto o di nuovo processo su altri mercati.Finanziamenti::Fondi Sardegna Ricerch
Critical comparison of sample preparation strategies for shotgun proteomic analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded samples
Full text linkIntroduction and objectives. The growing field of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue proteomics holds promise for improving translational research. Worldwide archival tissue banks hold a significant number and variety of tissue samples, as well as a wealth of retrospective information regarding diagnosis, prognosis, and response to therapy. This makes them an important resource for protein biomarker discovery and validation. Direct tissue trypsinization (DT) and protein extraction followed by in solution digestion (ISD) or filter-aided sample preparation (FASP) are the most common workflows for shotgun LC-MS/MS analysis of FFPE samples, but a critical comparison of the different methods is currently lacking. Methods DT was preceded by homogenization in ammonium bicarbonate, while ISD and FASP comprised protein extraction in SDS based-buffer, followed by SDS depletion with Detergent Removal Spin Columns and Microcon Ultracel YM-30 filtration devices, respectively. The three workflows were applied to consecutive tissue sections cut from an FFPE liver tissue block, and peptide mixtures were finally analyzed according to a label-free quantitative MS approach. Data were evaluated in terms of method reproducibility and protein/peptide distribution according to localization, MW, pI and hydrophobicity. Results and Discussion. DT showed lower reproducibility, good preservation of high-MW proteins, a general bias towards hydrophilic and acidic proteins, much lower keratin contamination, as well as higher abundance of non tryptic peptides. Conversely, FASP and ISD proteomes were depleted in high-MW proteins and enriched in hydrophobic and membrane proteins; FASP provided higher identification yields, while ISD exhibited higher reproducibility. Conclusion. These results highlight that diverse sample preparation strategies provide significantly different proteomic information, and present typical biases that should be taken into account when dealing with FFPE samples. When a sufficient amount of tissue is available, the complementary use of different methods is suggested to increase proteome coverage and depth.2014-10-06Madrid, Spain13th Human Proteome Organization World Congres
App store e diritto: walled garden?
Full text linkIl seminario è il quinto di sei appuntamenti organizzati da Sardegna Ricerche per approfondire aspetti poco noti legati alla gestione dei beni immateriali.
Gli app store sono diventati il principale strumento di distribuzione del software, non solo per quanto riguarda il mobile. Il fatto che i programmi (o i contenuti) vengano
distribuiti attraverso un intermediario pone però una serie di problemi, legati non solo alla eventuale responsabilità della piattaforma, ma soprattutto alle condizioni che gli sviluppatori accettano per inserire le app nei vari store, con la conseguente
possibilità di rimozione dell'app stessa. Nel workshop si analizzeranno le principali condizioni delle varie piattaforme, e si forniranno degli strumenti operativi per
la prevenzione delle controversie e delle violazioni, anche con riguardo all'utilizzazione di licenze libere.2014-02-28Centro dei Congressi Fiera Internazionale della Sardegna piazzale CONI - CagliariCiclo di sei seminari sulla gestione dei beni immaterial
Know-how o brevetto? Come e quando tutelare i segreti aziendali
Full text linkCome, se, quando e quali informazioni devono essere tutelate in regime di segretezza e/o protette tramite una domanda di brevetto: questo è il focus del seminario che, attraverso una ricostruzione storica e una carrellata giurisprudenziale relativa alla tutela delle informazioni riservate, si è proposto di fornire una serie di elementi teorici e pratici che consentano ad un’impresa di avere un quadro conoscitivo utile per prendere delle decisioni. Il seminario si è inoltre prefisso di illustrare esempi pratici di tutela dei segreti aziendali e di commentare esempi specifici di contratti di know-how e di accordi di segretezza.2014-05-08Open Campus di Tiscali a Sa Illetta - CagliariDall'idea al mercato: ciclo di seminari su come realizzare un'ide
Critical comparison of sample preparation strategies for shotgun proteomic analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded samples: insights from liver tissue
Full text linkBackground: The growing field of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue proteomics holds promise for improving translational research. Direct tissue trypsinization (DT) and protein extraction followed by in solution digestion (ISD) or filter-aided sample preparation (FASP) are the most common workflows for shotgun analysis of FFPE samples, but a critical comparison of the different methods is currently lacking.
Experimental design: DT, FASP and ISD workflows were compared by subjecting to the same label-free quantitative approach three independent technical replicates of each method applied to FFPE liver tissue. Data were evaluated in terms of method reproducibility and protein/peptide distribution according to localization, MW, pI and hydrophobicity.
Results: DT showed lower reproducibility, good preservation of high-MW proteins, a general bias towards hydrophilic and acidic proteins, much lower keratin contamination, as well as higher abundance of non-tryptic peptides. Conversely, FASP and ISD proteomes were depleted in high-MW proteins and enriched in hydrophobic and membrane proteins; FASP provided higher identification yields, while ISD exhibited higher reproducibility.
Conclusions: These results highlight that diverse sample preparation strategies provide significantly different proteomic information, and present typical biases that should be taken into account when dealing with FFPE samples. When a sufficient amount of tissue is available, the complementary use of different methods is suggested to increase proteome coverage and depth.Pubblicat
PIA CLOUD VR
No full textIl progetto PIA "Cloud per la Visualizzazione Remota" prevede la realizzazione
in collaborazione con NICE e con il gruppo HPCN del CRS4 di un sistema cloud
per consentire l'utilizzo remoto e la visualizzazione dei risultati di applicazioni
scientifiche basate sul calcolo ad alte prestazioni. La parte di progetto in capo
al gruppo di Energia e Ambiente ha come obiettivo la realizzazione di un caso
test per la tecnologia di calcolo e visualizzazione, che permetta di dimostrarne
le potenzialità in un contesto operativo realistico. Si è scelto per questo, di
realizzare un'applicazione di meteorologia e analisi fluidodinamica che
permetta di ottenere risultati su una scala spaziale molto ridotta rispetto a
quelle comunemente utilizzate, nelle attuali previsioni meteorologiche, e di
applicarla all'analisi della produzione e consumo energetico da fonte
rinnovabile e/o alla simulazione della propagazione degli incendi boschivi. La
parte tecnologica prevede la sperimentazione del sistema utilizzando
architetture di calcolo innovative, mentre le oarte scientifica sara' legata alle
problematiche della modellazione fluidodinamica delle piccole scale.
La grande quantità di dati prodotti potrà essere visualizzata remotamente con
le tecnologie sviluppate nel progetto.In corso€ 262.62
SocialEHR
No full textIl presente progetto di ricerca industriale e sviluppo sperimentale si colloca nel vasto
panorama dell’ “e-health” (sanità elettronica), ovverossia del complesso delle soluzioni
ICT applicate alla sanità: un settore riconosciuto come trainante sia dal mercato che
dalla ricerca. Più specificamente, il progetto indirizza una tematica innovativa di\ud
recente ma crescente interesse: il concetto di “patient empowerment”, che può essere
definito come l’insieme delle metodologie, degli strumenti e delle azioni volte a
conferire al paziente maggiori consapevolezza ed autonomia nelle scelte che
determinano il suo stato di salute, supportandolo nell'accesso alle informazioni e ai
servizi di cui ha bisogno.
L’ATI proponente ritiene che la visione contemporanea del patient empowerment non
possa prescindere dalla possibilità che i cittadini prendano pieno possesso dei dati
clinici che definiscono il loro stato di salute e possano riusarli per generare
informazione, conoscenza e consapevolezza. In tale visione, in cui il concetto di patient
empowerment è intriso di forti connotati tecnologici, “prendere possesso” e “riusare”
significa essenzialmente disporre di soluzioni ICT che–nel pieno rispetto delle
specifiche tecniche e delle norme in materia di tutela di sicurezza e privacy-consentano ai cittadini di accedere ovunque ed in qualunque momento ai propri dati
clinici nonché di interpretarli, elaborarli, confrontarli, condividerli con chiunque
ritengano utile e, più in generale, destinarli a qualunque uso ritengano che possa
migliorare il proprio stato di salute.
L’ATI proponente ritiene anche che, pur essendo il riuso dei dati clinici il cuore del problema questo sia anche l’ambito nel quale permangono le maggiori criticità e nel quale quindi si senta maggiormente la necessità di ulteriori attività di ricerca volte a definire nuovi modelli e soluzioni innovative.
Partendo da tale presupposti, l’obiettivo più generale del presente progetto è dunque
essenzialmente quello di generare nuove conoscenze finalizzate a mettere a punto
soluzioni ICT innovative orientate alla realizzazione di un modello di patient empowerment fondato sul riuso dei dati clinici.
Definire, come esito di una serie di attività di ricerca pianificate, un modello
informativo dei dati clinici adeguato a supportare scenari di patient empowerment.
Definire, come esito di una serie di attività di ricerca pianificate, un modello di
riuso dei dati clinici a supporto di scenari di patient empowerment.
Definire, come esito di una serie di attività di ricerca pianificate, un modello di patient empowerment.
Definire e realizzare un proof-of-concept col quale validare le tecnologie
oggetto delle attività di ricerca industriale e sperimentare attraverso
dimostratori le ipotesi formulate. Questa attività verrà svolta considerando
come caso d’uso le patologie del fegato, in collaborazione con l’Associazione
Epatologi Sardi ONLUS.In corso€ 115.79
I bravi artisti copiano, i grandi artisti rubano: suggerimenti pratici sull'uso corretto dei contenuti in Rete
Full text linkIl seminario è il terzo di sei appuntamenti organizzati da Sardegna Ricerche per approfondire aspetti poco noti legati alla gestione dei beni immateriali.
La Rete offre una quantità quasi incommensurabile di contenuti e di conoscenza. Ma il più delle volte l'accesso (e il riuso creativo) di questa conoscenza si scontra con le rigidità
del diritto d'autore, sia a livello nazionale che internazionale, salvo che l'opera non sia rilasciata con una licenza libera, ad esempio in Creative Commons. Quali sono i limiti per l'utilizzo di una foto o di un testo? Come posso utilizzare un filmato di Youtube? Posso riprodurre un testo reperito su un blog? La illecita riproduzione di opere dell'ingegno può dare luogo a pesanti responsabilità: il seminario esaminerà pertanto le possibilità offerte dalle libere utilizzazioni, e analizzerà le principali licenze adottate dalle varie piattaforme2014-01-24Centro dei Congressi Fiera Internazionale della Sardegna piazzale CONI - CagliariCiclo di sei seminari sulla gestione dei beni immaterial
Dal Catalogo delle produzioni naturali e sostenibili in Sardegna alla Rete Sardegna produce verde
No full textL'incontro rappresenta la conclusione di un percorso di accompagnamento durato nove mesi, realizzato con l'assistenza tecnica della società Poliste. Durante il percorso una rete di aziende ha costruito uno spazio di confronto, approfondimento, scambio di conoscenza e competenze sul tema della sostenibilità utilizzando la metodologia della progettazione partecipata. Durante l'evento è stata presentata la Rete Sardegna Produce Verde e la sua Carta dei Valori, che verrà siglata ufficialmente dalle imprese aderenti. Inoltre sonno stati presentati i progetti ideati nel corso degli incontri partecipativi, i cui temi principali riguardano abitazioni ecosostenibili, nuovi utilizzi del sughero e ricettività.
Il processo partecipativo per il supporto alla creazione della "Rete Sardegna Produce Verde" ha preso il via alla fine del 2013 a seguito della realizzazione del "Catalogo delle Produzioni Naturali e Sostenibili in Sardegna", presentato durante un evento tenutosi a Baradili il 5 novembre e che ha riunito per la prima volta le imprese che volontariamente hanno aderito alla prima edizione del Catalogo.
Da quel momento e per tutto il primo semestre del 2014 gli aderenti alla rete, che si è nel tempo allargata ad altri soggetti, hanno preso parte a un ciclo di incontri di progettazione partecipata allo scopo di: facilitare il confronto di idee, problematiche e possibili soluzioni tra imprese; accompagnare nella progettazione concreta delle idee e delle soluzioni; valorizzare e sostenere anche finanziariamente i progetti nati all'interno della rete; informare su progetti, seminari, eventi utili alle imprese, o dai quali possano nascere sinergie.
L'idea di creare una "Carta dei Valori della Rete Sardegna Produce Verde", con i valori di riferimento che la rete sostenuta da Sardegna Ricerche si impegna a promuovere e che ciascun aderente è invitato ad assumere come propri, è nata durante gli incontri in maniera partecipata.2014-07-18Sardegna Ricerche, Auditorium Edificio 2, Località Piscinamanna 09010 Pula (CA) - ItaliaProduzioni naturali e sostenibili: dal Catalogo alla Rete Sardegna Produce Verd