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Transfert de modèles de langue pour la classification rhétorique des citations à travers les disciplines
No full text32ème Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN) 27ème Rencontre des Étudiants Chercheurs en Informatique pour le Traitement Automatique des Langues (RECITAL) Les 18e Rencontres Jeunes Chercheurs en RI (RJCRI)National audienceLa classification automatique des fonctions rhétoriques des citations contribue à l'étude des stratégies discursives d'un auteur lorsqu'il cite, et plus généralement, de son intention. Dans l'objectif d'estimer la fiabilité des découvertes citées en écologie, cet article analyse les capacités de transfert des modèles de langue affinés en linguistique computationnelle pour cette tâche, en les comparant aux méthodes par amorçage (prompting). Nous introduisons PD100cit, un nouveau corpus annoté, ainsi qu'un guide d'annotation, afin d'explorer la typologie rhétorique des citations relatives aux interactions biologiques. Nous explorons également la sensibilité des modèles aux longueurs des contextes des passages de citations. Nos résultats montrent de bonnes performances des modèles de langue transférés en écologie et l'intérêt de réviser la typologie pour évaluer la fiabilité des découvertes de la linguistique computationnelle à l'écologie
Salinisation de l'estuaire de la Casamance : modélisation des processus physiques
No full textThe estuary of the Casamance River, located in southern Senegal, is a zone of intense economic activity but remains poorly documented. After a period of active research in the 1980s, studies have become scarce, leading to a lack of data to establish a baseline and monitor its evolution. This estuary experiences significant salinity fluctuations: during the dry season (November-June), it becomes "inverse," with salinity increasing upstream, ranging from 20 psu during the rainy season to 50 psu in the dry season. The primary objective of this thesis is to study salinity fluctuations using a hydrodynamic model (CROCO) and in situ data. The first part of the study focused on tides. To calibrate the model, observed and simulated tidal water levels and currents are compared. The simulated water levels align well with the observations, but tidal currents remain underestimatedby 50%. The residual Lagrangian circulation, primarily directed upstream, is significantly lower than the downstream Eulerian residual circulation. These first results highlight the need for longer time series of current and bathymetric data to refine the model. The second part focuses on salinity fluctuations. Longitudinal profiles near the river mouth show strong longitudinal gradients, weak vertical stratification and significant seasonal variability. Two model configurations (CASAM1 and CASAM200, at 1 km and 200 m horizontal resolution, respectively) are forced by ERA5 reanalysis and GloFAS hydrological discharge. During the rainy season, the salinity decrease is influenced by the discharge and salinity values imposed upstream. CASAM1 simulates notable interannual variability: in the dry season, maximum salinity depends on cumulative evaporation and the previous year's minimum salinity. While CASAM200 provides more realistic hydrodynamics, an underestimation of the salinity increases during the dry season persists. A vertically-integrated salinity budget analysis reveals that salinity increases are primarily driven by evaporation and horizontal advection, compensated by horizontal mixing. This thesis provides a first step in the hydrodynamic modelling of the Casamance and draws perspectives to improve simulations. Extending the model upstream, collecting bathymetric data, and using hydrological models better suited to the region are essential. Multi-year monitoring based on in situ observations is also recommended to strengthen basic knowledge and better evaluate the models.L'estuaire du fleuve Casamance, au sud du Sénégal, est une zone d'intense activité économique mais son fonctionnement hydrodynamique demeure peu documenté. Depuis une période de recherche active dans les années 80, les études sont rares, entraînant un manque de données pour établir une base de référence de l'estuaire et suivre son évolution. Cet estuaire connaît d'importantes fluctuations de salinité : durant la saison sèche (novembre-juin), il s'inverse et sa salinité croit vers l'amont, atteignant 50 psu en saison sèche puis 20 psu en saison humide (juillet-septembre). L'objectif de cette thèse est d'étudier les fluctuations de salinité à l'aide d'un modèle hydrodynamique (CROCO) et de données in situ. La première partie de la thèse a pour objet l'étude de la marée dans l'estuaire. Afin de calibrer la friction du modèle, les hauteurs d'eau et les courants de marée simulés et observés sont comparés. Malgré un bon accord des hauteurs d'eau, les courants de marée simulés sont sous-estimés de 50 %. La circulation résiduelle Lagrangienne, principalement orientée vers l'amont, est beaucoup plus lente que la circulation résiduelle eulérienne orientée vers l'aval. Ces premiers résultats illustrent le besoin d'acquérir des séries temporelles de courant plus longues et des données bathymétriques dans la partie est de l'estuaire pour améliorer le modèle. La seconde partie se concentre sur les fluctuations de salinité. Des radiales longitudinales réalisées près de l'embouchure indiquent de forts gradients longitudinaux, une faible stratification verticale et une forte variabilité saisonnière. Deux configurations du modèle (CASAM1et CASAM200, respectivement 1 km et 200 m de résolution horizontale) sont forcées par la réanalyse ERA5 et le débit d'eau douce GloFAS. Pendant la saison des pluies, la baisse de salinité est influencée par le débit et la salinité de l'eau saumâtre imposés en amont. CASAM1 simule une forte variabilité inter-annuelle : en fin de saison sèche, le maximum de salinité dépend du cumul d'évaporation et du minimum de salinité de l'année précédente. CASAM200, malgré une hydrodynamique plus réaliste, sous-estime l'augmentation de salinité en saison sèche. L'analyse du bilan de salinité intégré sur la verticale révèle que l’augmentation en saison sèche est principalement causée par l'évaporation et l'advection, et compensée par le mélange horizontal. Cette thèse marque une première avancée dans la modélisation hydrodynamique de l'estuaire de Casamance. Elle propose des pistes d'amélioration comme l'extension du domaine modélisé vers l'amont et l'usage de modèles hydrologiques mieux adaptés à la région. Une collecte pluriannuel d'observations in situ permettra également de consolider les connaissances et de mieux valider le modèle
les réponses adaptatives aux facteurs environnementaux et géographiques chez les iguanes insulaires des Antilles françaises
No full textIsland systems are global biodiversity hotspots, home to many endemic species. However, this richness is threatened by several factors such as climate change, habitat loss and invasive alien species. The aim of this thesis was to study the adaptive mechanisms of an iguana species endemic to the Lesser Antilles in the context of environmental change. It also examined the use of the landscape by this species in relation to the presence of invasive exotic iguanas, which are probably the greatest threat to its survival. I approached this work on a large scale by merging all the databases on Lesser Antillean iguanas in the French islands (Saint-Barthélemy, Guadeloupe and Martinique). The results of this work show that the growth of iguanas is significantly influenced by seasonal and climatic factors, and that almost half of the individuals show a phenomenon of decay that challenges the idea of unidirectional growth. The results show that iguana body size is positively influenced by the size of the island and its proximity to the mainland, and that weather conditions have no significant effect on body size at the population level. The results also reveal marked differences in landscape use between iguana species: exotic iguanas prefer anthropized and fragmented areas, while endemic species prefer less fragmented forest landscapes. This work highlights the importance of looking at threats as a whole in order to assess the ability of species to cope with them, and thus adopt a global approach that is beneficial for the conservation of threatened species.Les systèmes insulaires représentent des points chauds de la biodiversité mondiale qui abritent de nombreuses espèces endémiques. Cette richesse est toutefois menacée par divers facteurs tels que le changement climatique, la perte d’habitat ou les espèces exotiques envahissantes. Cette thèse a eu pour objectif d'étudier les mécanismes adaptatifs d’une espèce d’iguanes endémiques des Petites Antilles dans un contexte de modification de son environnement. Elle a également examiné l’utilisation du paysage de cette espèce, en relation avec la présence d'iguanes exotiques envahissants qui représentent probablement la menace la plus importante pour sa survie. Nous avons abordé ce travail de thèse à grande échelle en mutualisant l’ensemble des bases de données concernant les iguanes des Petites Antilles dans les îles françaises (Saint-Barthélemy, la Guadeloupe et la Martinique). Les résultats de cette thèse montrent que la croissance individuelle des iguanes est significativement influencée par des facteurs saisonniers et climatiques et que près de la moitié des individus présentent un phénomène de décroissance qui remet en question l'idée d'une croissance unidirectionnelle. Les résultats montrent que la taille corporelle des iguanes est positivement influencée par la taille de l'île ainsi que sa proximité avec le continent et que les conditions météorologiques n’ont pas d'impact significatif sur la taille corporelle au niveau populationnel. Les résultats mettent également en évidence des différences marquées dans l'utilisation du paysage entre les espèces d’iguanes : les iguanes exotiques préfèrent les zones anthropisées et fragmentées, tandis que les espèces endémiques privilégient les paysages forestiers peu fragmentés. Cette thèse souligne l'importance de considérer les menaces dans leur ensemble afin d'évaluer la capacité des espèces à y faire face et ainsi adopter une approche globale et bénéfique pour la conservation des espèces en danger
Winter Dynamics of Phytoplankton and Micronutrients in the Southern Ocean
No full textInternational audienceCombined observations of phytoplankton abundance, community structure, and trace metals in winter are scarce but crucial for understanding Southern Ocean biogeochemistry. This study provides the first early winter insights of phytoplankton-micronutrient dynamics in the Indian sector of the Southern Ocean. Depth-resolved measurements of chlorophyll-a, phytoplankton composition, and micronutrients iron (Fe), manganese (Mn), cobalt (Co), nickel (Ni), copper (Cu), zinc (Zn), and cadmium (Cd) reveal low phytoplankton abundance (0.27-0.08 μg L-1 chlorophyll-a) and variable phytoplankton-micronutrient dynamics between the zones. In the Subtropical Zone, cyanobacteria, and haptophytes dominated, driven by higher temperatures, limiting macronutrients, Fe and Zn, and shaped Co and Mn through biological uptake. In the Subantarctic and Polar Frontal Zones, cyanobacteria contributions declined but continued to play a key role in shaping Co dynamics. Diatoms were limited by Mn, Zn, and silicic acid, enabling the dominance of prasinophytes. Other groups such as coccolithophores may have benefitted from the ability to substitute Zn for Cd and contributed to the formation of particulate Cd. Coccolithophores along with Phaeocystis also contributed to particulate Cd in the Antarctic Zone, where Fe and Mn limited the abundance of the dominating diatoms. Diatoms, in turn, strongly contributed to particulate Zn. This perspective on phytoplankton-micronutrient relationships shows that despite their low productivity in the harsh low light wintertime Southern Ocean, phytoplankton continue to influence trace metal distribution and that there are strong phytoplankton group-specific associations with various essential metals, rather than Fe alone, that vary latitudinally
Relation entre biodiversité et multifonctionnalité des sols : implication de la fertilisation dans les systèmes agricoles réunionnais
No full textFeeding more than 9 billion people in the coming decades requires the preservation of soil fertility, which is threatened by agricultural intensification and climate change. Ensuring sustainable fertility, and consequently maintaining long-term agricultural productivity, requires understanding the drivers of agricultural soil functioning. On Réunion Island, organic fertilization offers an alternative to the use of mineral inputs, as it not only reduces direct negative environmental impacts but can be integrated into short supply chains that are more sustainable and cost-effective in an island context. By altering the nutritional resources and habitat of soil organisms, the addition of organic matter reshapes biotic communities and the ecological processes in which they engage. However, there is no consensus in the scientific community on the effects of fertilization on soil multifunctionality, as a wide range of responses have been observed, depending on pedoclimatic conditions and the types of inputs used. In the tropical island context of Reunion, which has considerable climatic heterogeneity and highly specific volcanic agricultural soils, this biodiversity–function relationship has, to date, never been documented.The doctoral research presented in this manuscript aims to understand how fertilizer inputs affect soil multifunctionality on Reunion Island, to identify the influence of fertilization on the taxonomic and functional structuring of communities, and finally to determine the pedoclimatic drivers of communities’ structure and soil multifunctionality. The chosen approach to achieve these objectives relies on two complementary experimental setups: semi-controlled experimental trials, and a network of smallholder plots that account for the reality and diversity of farming systems on the island. Several types of organic inputs, from either animal or plant origin, differing in their fertilizing and soil-amending effects, were compared to mineral fertilization. The soils were characterized through chemical and physical analyses. Their functioning was evaluated, on the one hand, by in-situ measurements and, on the other hand, by functional projections based on molecular data related to microbial and faunal biodiversity, captured through environmental DNA analysis.Our findings show that locally used soil-amending fertilizers, such as green waste compost and scums from sugarcane distilleries, improve soil structure, enhance organic matter decomposition activity, and increase the availability of labile carbon, nitrogen, and assimilable phosphorus. These modifications influence the taxonomic and functional structuring of microbial communities, as well as their interactions with the mesofauna and macrofauna. Pedoclimatic conditions, which explain, on average, three times more variability in communities’ structure and soil multifunctionality than fertilization, limit the effects of organic matter inputs. These findings help to clarify the role of fertilization in the functioning of agricultural soils on Reunion. To better understand the biodiversity–function relationship, they also suggest that further research is needed to explore how the quality of organic matter inputs influences soil properties and overall soil functioning.Nourrir plus de 9 milliards de personnes dans les prochaines décennies impose de préserver la fertilité des sols, menacée par l’intensification agricole et les bouleversements climatiques. Assurer une fertilité durable, et par conséquent maintenir la pérennité des productions, requiert de comprendre les leviers du fonctionnement des sols agricoles. A La Réunion, la fertilisation organique apparait comme une alternative au recours aux intrants minéraux car elle limite les impacts négatifs directs sur l’environnement et peut être intégrée à des circuits courts, bien plus vertueux et moins coûteux en contexte insulaire. En modifiant les ressources nutritives et l’habitat des organismes du sol, les apports de matière organiques restructurent les communautés biotiques et les processus écologiques auxquels elles participent. Les impacts de la fertilisation sur la multifonctionnalité des sols ne font pas consensus dans la communauté scientifique, dans la mesure où une large gamme de réponses a pu être observée selon les contextes pédoclimatiques et les types d’apports en jeux. Dans le contexte insulaire tropical de l’île de La Réunion, qui présente une forte hétérogénéité climatique et des sols agricoles, d’origine volcanique, très spécifiques, ce lien biodiversité – fonction n’a à ce jour, jamais été documenté.Le travail de thèse présenté dans ce manuscrit a pour objectifs de comprendre comment l’apport de fertilisants affecte la multifonctionnalité des sols à La Réunion, d’identifier l’influence de la fertilisation sur la structuration taxonomique et fonctionnelle des communautés et enfin de déterminer les facteurs pédoclimatiques qui influencent la structuration des communautés et la multifonctionnalité des sols. L’approche choisie pour atteindre ces objectifs repose sur deux dispositifs complémentaires, des essais expérimentaux permettant des observations en conditions semi-contrôlées, et un réseau de parcelles paysannes assurant la prise en compte de la réalité et l’hétérogénéité des exploitations agricoles de l’île. Plusieurs types d’apports organiques, d’origine animale ou végétale, divergents par leurs effets fertilisants et amendants, ont été comparés à la fertilisation minérale. Les sols ont été décrits grâce à des analyses chimiques et physiques. Leur fonctionnement a été appréhendé, d’une part, par des mesures in-situ, et d’autre part, par des projections fonctionnelles s’appuyant sur des données moléculaires relatives à la biodiversité microbienne et faunique, captée par analyse de l’ADN environnemental.L’étude de ces dispositifs montre que les fertilisants de type amendant utilisés localement tels que les composts de déchets verts et les écumes de distilleries de canne à sucre, améliorent la structure du sol, et augmentent l’activité de décomposition de la matière organique, les teneurs en carbone labile, en azote utile et en phosphore assimilable. Ces modifications modulent la structuration taxonomique et fonctionnelle des communautés microbiennes, ainsi que leurs interactions avec la mésofaune et macrofaune. Les conditions pédoclimatiques, qui expliquent en moyenne trois fois plus de variations dans la structure des communautés et la multifonctionnalité du sol que la fertilisation, bornent les effets des apports de matières organiques. Ces résultats permettent de mieux comprendre l’implication de la fertilisation dans le fonctionnement des sols agricoles de La Réunion. Pour aller plus loin dans l’étude de la relation entre biodiversité et fonctions, ils incitent à explorer davantage l’influence de la qualité des apports de matière organique sur les propriétés du sol, ainsi que son fonctionnement
Topological characterisation of a chaotic attractor with an additional branch generated from economic data
No full textInternational audienceThere are insights of chaotic properties in economic systems and data. To prove the existence of chaotic dynamics, the establishment of a deterministic model is mandatory. A global modelling tool (GPoM) is used to search for mathematical models of equations from economic data: unemployment, inflation and nominal exchange rate over 30 years. A system of three differential equations is selected as a model, whose solution is a chaotic attractor in R3 . The model extracted from the data is not able to fit them, but it provides equations linking those multiple economic variables. The topological characterisation of the chaotic attractor solution exhibits an additional branch in its first return map to the Poincaré section. Consequences of this particular structure are analysed and interpreted economically
Scientists’ Coalition perspectives on articles of the Chair’s text
No full textInternational audienceThe Intergovernmental Negotiating Committee (INC) on plastic pollution are United Nations member states who will convene for the second part of the fifth session of the Intergovernmental Negotiating Committee in Geneva (INC5.2) 5-14 August, 2025 to negotiate a global plastics treaty. The Scientists' Coalition for an Effective Plastics Treaty ('The Scientists' Coalition') is an international network of independent scientific and technical experts who have been contributing robust science to treaty negotiators since INC1 in 2022. The Scientists' Coalition established a series of working groups following INC5.1 in Busan, Korea 25 November -1 December 2024. Each working group has produced science-based responses to the selected articles of 'the Chair's text' (the latest version of the draft global plastics treaty text)
SHORT-TERM CHILLED PRESERVATION OF LITOPENAEUS STYLIROSTRIS SPERMATOPHORES
No full textInternational audienceThe blue shrimp Litopenaeus stylirostris is naturally found on the Pacific East coast from northern Mexico to Peru. In the 1970s this species was identified as a good candidate for domestication. It was thus introduced straightaway in French Polynesia, New-Caledonia and Hawaï (Haffray et al., 2025). Nowadays, selective breeding programs are implemented in French Polynesia and New Caledonia. Manual fertilization to ensure controlled mating is common practice. To do so, the sperm mass contained in the spermatophores of the males is sampled and placed on the gonopores of the females for fertilization to occur. In order to ease that process, the aim would be to sample the desirable males whenever they are mature and store their spermatophore in the fridge, waiting for the wanted females to be about to spawn and fertilized thanks to these chilled spermatophores.Material and MethodThe males used in this study were 10 months of age (~ 40 g) and were reared and prepared as breeders according to the practices of the commercial hatchery VAIA (Vairao, Tahiti). Only mature males with two spermatophores (non-melanized) were sampled. In total, 88 spermatophores from 88 different males were placed in a tube within a preservation solution for storage in the fridge (4°C). This solution was a saline calcium-free solution containing antibiotics, as inspired by Nimrat et al., 2020. Spermatophores were assessed for viability every day, starting the next day of the sampling and for two weeks. To do so, a suspension of spermatozoa obtained from the sperm mass from the spermatophores was stained with the pink dye eosine and observed under a light microscope. Unstained cells were considered alive whereas pink-colored cells were considered non-viable.ResultsStatistically, as shown in Figure 1, there was a significative difference in mean viability since the first day of chilled-storage compared to the perfect full viability of the control. However, during the first 5 days, the viability remained stable above around 78% in mean. The viability dropped more noticeably after 8 days of chilled-storage and reached a mean of 37%.Figure 1: Assessment of sperm viability during chill storage of spermatophoresConclusionsFuture work will aim at optimizing the current protocol to sample and preserve the spermatophore (e.g. composition of the solution) so that to keep viability more stable over time and at an even higher level.As such, these results are promising to facilitate the use of Litopenaeus stylirostris males for artificial fertilization in hatcheries, as it provides some flexibility in the operational organization of the mating plans. It can also be a very interesting way to easily provide some male genetic resources to other hatcheries if transportation in chilled conditions does not exceed one week.AcknowledgementsWe feel very indebted towards the DRM who owns the shrimp line and VAIA hatchery in Tahiti financing 100% of the blue shrimp production through a public market with the CAPF: they let us use part of their broodstock in order to conduct the experiment. We warmly thank IsBlue for the mobility grant, the UPF for the training grant, OSO farming, Blue Genetics, Aquapesca and UPRA-NC Crevette for their financial support. We also thank also Ifremer (Vairao) for the place allocated to achieve the sampling of the animals.ReferencesHaffray, P., Enez, F., Mahunon, H., Lorgeoux, B., Blanc, P.P., Genestout, L., Rivaton, A., Bugeon, J., Liautard-Haag, C., Gagnaire, P.-A., Vandeputte, M., 2025. High residual genetic variability in a Pacific blue shrimp Litopenaeus stylirostris population after 36 generations of domestication from only 4 estimated founders. Aquaculture, 609 (742835). https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2025.742835Nimrat, S., Playsin, N., Jong-on, B., Boonthai, T., Vuthiphandchai, V., 2020. Chilled storage of banana shrimp (Fenneropenaeus merguiensis) spermatophores with supplementation of moringa (Moringa oleifera Lam.) extract. Aquaculture Research 51, 3582–3592. https://doi.org/10.1111/are.1469
Informer le grand public sur les événements multirisques : des outils innovants pour mieux comprendre et réagir
No full textInternational audienceDe nombreuses communes sont concernées par des aléas multiples susceptibles d’affecter des enjeux divers, potentiellement dépendants selon des mécanismes en cascade. Cette situation peut générer des événements multirisques, généralement de grande ampleur. Un atelier ainsi qu‘une trentaine d’interviews menés auprès d’acteurs de la Région SUD impliqués dans la gestion des risques (collectivités en charge de l’aménagement du territoire, services de secours, organismes spécialisés dans l’étude des risques) ont montré que la sensibilisation de la population via de nouveaux outils d’information restait un thème majeur pour ces acteurs. Par ailleurs, une enquête conduite auprès du grand public a mis en évidence que les cartes interactives étaient plébiscitées comme outil d’information sur le multirisque. Deux types d’outils de représentation d’événements multirisques, destinés au grand public, ont ainsi été développés au cours des projets SIBER (financement INRAE/Département AQUA) et MIRIADE (financement A*MIDEX).Le premier outil est une série de trois vidéos sur l’événement multirisque survenu lors de la tempête Alex dans les Alpes Maritimes en 2020. Elles sont structurées selon :- retour sur l'événement précisant la localisation et le contexte météorologique et présentant une approche spatio-temporelle avec des cartes animées ;- vidéo expliquant la dimension multirisque à l’aide de schémas, arbres multirisques et cartes de croisement d'aléas. L’objectif est d’illustrer la notion de façon claire et imagée ;- comportements à adopter face à ce type d’événement.Le deuxième outil est une carte interactive représentant des territoires virtuels mais inspirés de territoires réels. Les utilisateurs peuvent tester plusieurs scénarios, tant en termes de multi-aléas (combinaison d’une inondation et d’une submersion marine pour plusieurs périodes de retour, avec possibles effets du changement climatique), que multi-enjeux (routes et bâtiments pouvant générer des effets en cascade : par exemple, services de secours ne pouvant accéder à certains bâtiments)