Hal-Diderot
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Deriving a genetic regulatory network from an optimization principle
No full text8 pages, 5 figuresMany biological systems approach physical limits to their performance, motivating the idea that their behavior and underlying mechanisms could be determined by such optimality. Nevertheless, optimization as a predictive principle has only been applied in very simplified setups. Here, in contrast, we explore a mechanisticallydetailed class of models for the gap gene network of the Drosophila embryo, and determine its 50+ parameters by optimizing the information that gene expression levels convey about nuclear positions, subject to physical constraints on the number of available molecules. Optimal networks recapitulate the architecture and spatial gene expression profiles of the real organism. Our framework makes precise the many tradeoffs involved in maximizing functional performance, and allows us to explore alternative networks to address the questions of necessity vs contingency. Multiple solutions to the optimization problem may be realized in closely related organisms
Effect of cross-linking agents on the adsorption of histamine on molecularly imprinted polyacrylamide
No full textInternational audienceThe ability of molecularly imprinted polymers (MIPs) prepared with flexible cross-linking agents for selective uptake of guest molecules is investigated. New polyacrylamide polymers had been synthesized for histamine (HA) extraction using solid supports based on MIPs immobilized on silica surface (SiO2). The MIPs were prepared via radical polymerization in acetonitrile and in the presence of azobisisobutyronitrile (AIBN) as initiator, using HA as a target molecule, acrylamide as a functional monomer and several cross-linking agents having alkyl spacers of various lengths: N,N’-methylenebisacrylamide (BA1), N,N’-ethylenebisacrylamide (BA2), N,N’-(butane-1,4-diyl)-bis(2-methacrylamide) (BA4) and N,N’-(hexane-1,6-diyl)-bis(2-methacrylamide) (BA6). All the prepared MIPs have a strong absorption capacity of HA compared to non-imprinted polyacrylamide (NIPs). MIP4 made with the BA4 cross-linker shows a higher selectivity for adsorption of HA than MIPs made with BA1, BA2 and BA6. Thus, the imprinting factor for adsorption from a 5 ppm HA solution was 2.5 for MIP4 against 1.4 to 1.6 for MIP1, MIP2 and MIP6. Langmuir–Volmer and Volmer models of the adsorption isotherms of MIPs and NIPs accurately fit the experimental data. They provide the characteristic parameters of the adsorption thermodynamic of the materials. The higher performance of MIP4 for selective adsorption of HA is mainly coming from a higher density of molecular imprints (1.4 µmol∙m−2 against 0.13–0.15 µmol∙m−2 for MIP1 and MIP2 and 0.4 µmol∙m−2 for MIP6) than a higher affinity of HA for the molecular imprints. The selectivity with respect to the tyramine and melamine interfering molecules is also higher for MIP4. As the main outcome, some moderate flexibility of the material is advantageous. Such flexibility allows for a reversible healing and re-opening of the molecular imprints as the HA guest is removed and back-adsorbed
Intervention dans le cadre du sous-thème collectif "Politique, technique et administration dans la production et le gouvernement des villes"
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Calcium isotopes of giant plagioclase basalts from Emeishan large igneous province
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Phénoménologie de la pratique: Essai pour introduire la causalité efficiente en phénoménologie
No full textMy PHD is named "Phenomenology of practice : An attempt to introduce causality in phenomenology "Mon travail de doctorat s’intitule : « Phénoménologie de la pratique : Essai pour introduire la causalité efficiente en phénoménologie », et se constitue comme une tentative pour appliquer la méthode phénoménologique, méthode consistant à « provoquer à la phénoménalité de nouveaux champs d’investigation, pour y installer à demeure des phénomènes qu’aucun œil n’avait jusqu’alors constitués, ni donc vus » (Marion, 2015), à une dimension de l’existence humaine qui y semblait jusque là réfractaire : l’agir concret, entendu comme le procès par lequel un agent « fait quelque chose de quelque chose » (Sartre, 1943), c’est-à-dire transforme le monde au sein duquel il se situe. L’hypothèse principale guidant cette thèse est que la phénoménologie, dans sa constitution historique, est demeurée dépendante d’un préjugé intellectualiste, celui de la non-appartenance de l’ego au monde, comme l’a bien montré Michel Henry lorsqu’il thématisait « la distance phénoménologique » (Henry, 1963), et que c’est ce présupposé d’extranéité de la subjectivité qui a empêché la phénoménologie d’accéder au « phénomène de l’action » (Henry, 2004). Comment, en effet, un sujet qui n’est par définition pas du monde, pas « une parcelle de monde » comme l’a dit Husserl, pourrait-il lui-même agir sur le monde et, davantage, décrire ce qui apparaît au sein même de cet agir afin d’en dégager les structures essentielles ? Dans cette perspective, nous nous proposons d’effectuer une critique des tentatives phénoménologiques de description de l’agir (Ricoeur, Sartre, Merleau-Ponty, mais aussi Tran Duc Thao, Jean-Toussaint Desanti, Reiner Schürmann) qui ne se sont pas départies de ce préjugé, afin d’en tenter une nouvelle description. Cette description d’un agir vu depuis la perspective d’un sujet appartenant au monde nous donnera accès à un nouveau concept d’agir, que nous nommons « pratique », sens qui rejoint un certain usage commun du terme (la pratique d’un instrument, d’un sport, etc.). Nous tenterons de dégager cette perspective renouvelée sur l’agir depuis les travaux de phénoménologues moins connus, qu’ils soient rentrés dans la tradition ou non : Jan Patočka, Michel Henry, Renaud Barbaras, Mikel Dufrenne, mais aussi Claudia Serban ou Grégori Jean, ainsi que depuis des travaux non directement phénoménologiques s’intéressant à la question de l’agir situé et incarné (principalement des descriptions du travail artisanal ou artistique : Sennett, Crawford, Pareyson etc.). Enfin, cette description renouvelée de l’agir fondé sur l’appartenance radicale du sujet au monde nous permettra de tirer des conséquences importantes pour notre approche contemporaine de la corporéité : le corps ne pouvant plus être pensé simplement comme « le véhicule de l’être-au-monde » (Merleau-Ponty, 1947), ou comme « l’existential de l’effectivité du comprendre »(Barbaras, 2011), mais comme ce comprendre lui-même, comme cet être-au-monde lui-même. La corporéité subjective n’est donc plus à penser comme ce qui incarnerait un sujet non corporel, mais comme sa subjectivité même : le corps n’est plus situation ou ressource, il est source de l’existence elle-même
En route, dérouté•es: Eleni Sikelianos, Ce que j'ai connu, traduit de l'anglais par Lénaïg Cariou et Camille Blanc, éditions L'Usage
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The Grossberg Code: Universal Neural Network Signatures of Perceptual Experience
No full textInternational audienceTwo universal functional principles of Grossberg’s Adaptive Resonance Theory decipher the brain code of all biological learning and adaptive intelligence. Low-level representations of multisensory stimuli in their immediate environmental context are formed on the basis of bottom-up activation and under the control of top-down matching rules that integrate high-level, long-term traces of contextual configuration. These universal coding principles lead to the establishment of lasting brain signatures of perceptual experience in all living species, from aplysiae to primates. They are re-visited in this concept paper on the basis of examples drawn from the original code and from some of the most recent related empirical findings on contextual modulation in the brain, highlighting the potential of Grossberg’s pioneering insights and groundbreaking theoretical work for intelligent solutions in the domain of developmental and cognitive robotics