Sistema de Gestión del Conocimiento ANLIS MALBRÁN
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A combined approach of MALDI-TOF mass spectrometry and multivariate analysis as a potential tool for the detection of SARS-CoV-2 virus in nasopharyngeal swabs
Full text linkFil: Rocca, María Florencia. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.Fil: Zintgraff, Jonathan Cristian. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.Fil: Dattero, María Elena. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología; Argentina.Fil: Silva Santos, Leonardo. Instituto de Química de Recursos Naturales, Universidad de Talca; Chile.Fil: Ledesma, Martín. Red Nacional de Espectrometría de Masas aplicada a la Microbiología Clínica (ReNaEM Argentina), Argentina; Laboratorio de Bacteriología, Departamento de Bioquímica Clínica, Hospital de Clínicas José de San Martín, Facultad de Farmacia y Bioquímica, Universidad de Buenos Aires; ArgentinaFil: Vay, Carlos. Red Nacional de Espectrometría de Masas aplicada a la Microbiología Clínica (ReNaEM Argentina), Argentina; Laboratorio de Bacteriología, Departamento de Bioquímica Clínica, Hospital de Clínicas José de San Martín, Facultad de Farmacia y Bioquímica, Universidad de Buenos Aires; ArgentinaFil: Prieto, Mónica. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.Fil: Benedetti, Estefanía. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología; Argentina. ,Fil: Avaro, Martín. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología; Argentina.Fil: Russo, Mara. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología; Argentina.Fil: Nachtigall, Fabiane Manke. Instituto de Ciencias Químicas Aplicadas, Universidad Autónoma de Chile; Chile.Fil: Baumeister, Elsa. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología; Argentina.Coronavirus disease 2019, known as COVID-19, is caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). The early, sensitive and specific detection of SARS-CoV-2 virus is widely recognized as the critical point in responding to the ongoing outbreak. Currently, the diagnosis is based on molecular real time RT-PCR techniques, although their implementation is being threatened due to the extraordinary demand for supplies worldwide. That is why the development of alternative and / or complementary tests becomes so relevant. Here, we exploit the potential of mass spectrometry technology combined with machine learning algorithms, for the detection of COVID-19 positive and negative protein profiles directly from nasopharyngeal swabs samples. According to the preliminary results obtained, accuracy = 67.66 %, sensitivity = 61.76 %, specificity = 71.72 %, and although these parameters still need to be improved to be used as a screening technique, mass spectrometry-based methods coupled with multivariate analysis showed that it is an interesting tool that deserves to be explored as a complementary diagnostic approach due to the low cost and fast performance. However, further steps, such as the analysis of a large number of samples, should be taken in consideration to determine the applicability of the method developed
Prevalence, associated risk factors, and antimicrobial resistance profiles of non-typhoidal Salmonella in large scale swine production in Córdoba, Argentina
Full text linkFil: Vico, J. P. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias, Veterinaria. Instituto de Investigaciones en Recursos Humanos y Sustentabilidad, José Sánchez Labrador S.J.; Córdoba, Argentina.Fil: Lorenzutti, A. M. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias, Veterinaria. Instituto de Investigaciones en Recursos Humanos y Sustentabilidad, José Sánchez Labrador S.J.; Córdoba, Argentina.Fil: Zogbi, A. P. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias, Veterinaria. Instituto de Investigaciones en Recursos Humanos y Sustentabilidad, José Sánchez Labrador S.J.; Córdoba, Argentina.Fil: Aleu, G. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias, Veterinaria. Instituto de Investigaciones en Recursos Humanos y Sustentabilidad, José Sánchez Labrador S.J.; Córdoba, Argentina.Fil: Sánchez, I. C. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias, Veterinaria. Instituto de Investigaciones en Recursos Humanos y Sustentabilidad, José Sánchez Labrador S.J.; Córdoba, Argentina.Fil: Caffer, M. I. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Servicio de Enterobacterias; Argentina.Fil: Rosmini, M. R. Universidad Nacional del Litoral, Facultad de Ciencias Veterinarias; Santa Fe, Argentina.Fil: Mainar-Jaime, R. C. Universidad de Zaragoza. Instituto Agroalimentario de Aragón - IA2. Facultad de Veterinaria. Departamento de Patología Animal; España.Non-typhoidal Salmonella is considered a major public health concern. The growing relevance of pigs as reservoir of Salmonella spp. has prompted several countries to set up surveillance and control programs to fight Salmonella infection in swine and reduce public health risk. In the last decade, pork production in Córdoba increased significantly to become one of the most important pig production provinces in Argentina. The aim of this study was to estimate Salmonella spp. prevalence and associated risk factors in large scale-farms in this province. Mesenteric lymph nodes (MLN) of 580 pigs from 20 finishing large-scale farms were collected between 2014 and 2015 to estimate Salmonella infection. A prevalence of 41.5% (95%CI: 37.6-45.6%) was observed. Two major risk factors were significantly associated with Salmonella infection, both related to the pre-slaughter period (distance from the farm to the slaughterhouse and lairage time), highlighting the need to pay special attention to pre-slaughter practices in the province. Shortening transport times and complying with national regulations for lairage time at slaughter may help to reduce the prevalence of infection. Sixteen different serovars were identified, being S. Anatum and S. Typhimurium the most prevalent ones. Moreover, two isolate of the monophasic variant of Salmonella Typhimurium (I 4,5,12:i:-) resistant to enrofloxacin and which also displayed multidrug resistance was isolated for first time from pigs in Córdoba. The moderate to high levels of antimicrobial resistance detected for antibiotics commonly used in the pig sector suggested the need for implementing a plan to limit their use in the province
Distinct mechanisms of dissemination of NDM-1 metallo- β-lactamase in Acinetobacter spp. in Argentina
No full textA four-year surveillance of carbapenem-resistant Acinetobacter spp. in Argentina identified 40 strains carrying blaNDM-1 Genome sequencing revealed that most were A. baumannii, while seven represented other Acinetobacter spp. The A. baumannii genomes were closely related, suggesting recent spread. blaNDM-1 was located in the chromosome of A. baumannii strains and on a plasmid in non-baumannii strains. A resistance gene island carrying blaPER-7 and other resistance determinants was found on a plasmid in some A. baumannii strains
Claudia Perandones: “El Malbrán colabora con proyectos de terapias para coronavirus, y en breve habrá resultados interesantes”
No full textPresence of Leptospira spp. in Caiman latirostris (Crocodylia, Alligatoridae) populations in Santa Fe, Argentina
No full textLeptospirosis is a disease caused by pathogenic spirochetes of the genus Leptospira, transmitted by wild and domestic animals. Rodents play a fundamental role in the transmission cycle of this zoonosis but the function of reptiles is unknown. For example, crocodilians could play an important role in the transmission of this disease by living in ideal environments (bodies of shallow water and high temperatures) for the colonization of this bacterium. However, few studies have documented the presence of zoonotic diseases in caiman populations. Our objective was to assess the prevalence of antibodies to leptospira and the presence of Leptospira spp. in wild and captive Caiman latirostris. Blood samples were taken from 45 individuals (20 wild and 25 captive). Before extraction, we cleaned each caiman's neck in order to prevent contamination of samples. We determined the presence of antibodies in serum by microscopic agglutination test (MAT) and polymerase chain reaction (PCR) to detect DNA of the bacteria. We excluded 9 of the 45 samples analyzed by MAT because 5 had lipemic serum and 4 were contaminated (colonized by other organisms). Of the 36 caimans studied by microscopic agglutination test (MAT), 56% (20/36) were considered reactive (titers ≥50). In 74% (14/19) of captive samples and 35% (6/17) of wild samples, antibodies to leptospira were detected by MAT. The serogroup with highest occurrence was Pyrogenes (85%, n = 17/20), presenting coagglutinations with Icterohaemorrhagiae (25%, n = 5/20). One sample from a captive animal was positive for PCR, and we could not isolate leptospires because of agar contamination. Of the 45 blood agar media, 17.8% were contaminated and the rest were negative. This work determined the presence of Leptospira spp. in one caiman and a high prevalence of antibodies in captive caiman relative to wild individuals
Narrative review: predictive models on the evolution of COVID-19 pandemic
No full textFil: Hasdeu, Santiago. Universidad Nacional del Comahue; Argentina.Fil: Lamfre, Laura. Universidad Nacional del Comahue; Argentina.Fil: Caro, Patricia. Universidad Nacional del Comahue; Argentina.Fil: Horne, Federico. Universidad Nacional del Comahue; Argentina.La modelización matemática se utiliza desde hace más de 100 años para evaluar el impacto de las estrategias de intervención de salud pública y sugerir el curso de acción óptimo en la lucha contra las enfermedades infecciosas emergentes. La aparición del nuevo virus SARS-CoV-2 plantea un gran desafío para los planificadores y decisores en salud, que deben movilizar recursos finitos, reorganizar los sistemas de atención
y tomar decisiones en un contexto de gran incertidumbre. Para afrontar la pandemia por COVID-19, muchos sistemas de salud incorporan información provista por modelos predictivos. Esto insta a revisar la evolución de los distintos tipos de modelos existentes, sus características, limitaciones y vinculación con la toma de decisiones en Argentina y otros países. Con ese objetivo, se realizó una búsqueda bibliográfica sobre los modelos publicados acerca de la evolución de la pandemia. Se analizó el número de proyectos conexos presentados a becas del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación. Se identificaron, clasificaron y describieron distintos tipos de modelos, como determinísticos y estocásticos, distintos modelos compartimentados, y se describió la teoría del umbral y características principales de los modelos, como el número reproductivo básico (R0). Se analizó la importancia de los supuestos de cada modelo y el abordaje de la incertidumbre. Se discutieron sus principales limitaciones y su vinculación con la toma de decisiones en provincias y regiones
Pautas éticas y operativas para la evaluación de investigaciones relacionadas con COVID-19 del Ministerio de Salud de Argentina
No full textFil: Palmero, Ana. Ministerio de Salud de la Nación. Dirección de Investigación en Salud; Argentina.Fil: Torales, Santiago. Ministerio de Salud de la Nación. Dirección de Investigación en Salud; Argentina.Realizar investigaciones para dar respuestas a la pandemia de COVID-19 es un deber moral. Con el objetivo de acelerar la evaluación de las investigaciones y asegurar su rigurosidad científica y ética, el Ministerio de Salud aprobó un documento de pautas éticas y operativas. El documento aborda los aspectos a los cuales se debe prestar especial atención durante la pandemia y brinda orientación a los Comités de Ética en Investigación para la elaboración de procedimientos operativos que acorten los plazos de la evaluación. Este artículo describe los puntos clave del documento
Hydroxychloroquine treatment in patients with COVID-19: Rapid Health Technology Assessment Report
No full textFil: Hasdeu, Santiago. Red Argentina Pública de Evaluación de Tecnologías Sanitarias (RedArETS); Argentina.Fil: Montero, Guadalupe. Red Argentina Pública de Evaluación de Tecnologías Sanitarias (RedArETS); Argentina.Fil: Tortosa, Fernando. Red Argentina Pública de Evaluación de Tecnologías Sanitarias (RedArETS); Argentina.Fil: Sanguine, Verónica. Dirección Nacional de Calidad en Servicios de Salud y Regulación Sanitaria. Ministerio de Salud de la Nación; Argentina.Fil: Balaciano, Giselle. Dirección Nacional de Calidad en Servicios de Salud y Regulación Sanitaria. Ministerio de Salud de la Nación; Argentina.Fil: Izcovich, Ariel. Programa de investigación del Servicio de Clínica Médica, Hospital Alemán, Ciudad de Buenos Aires; Argentina.Fil: Ragusa, Martín. Programa de investigación del Servicio de Clínica Médica, Hospital Alemán, Ciudad de Buenos Aires; Argentina.INTRODUCCIÓN: la pandemia por la enfermedad por el nuevo coronavirus (COVID-19) ya ha provocado cientos de miles de muertes y aún no hay un tratamiento específico. OBJETIVO: se intenta responder si el tratamiento con cloroquina e hidroxicloroquina, en comparación con el tratamiento de soporte habitual, disminuye el riesgo de mortalidad, el tiempo para la mejoría clínica, y evaluar su seguridad en pacientes con neumonía grave por COVID-19.
MÉTODOS: se conformó un equipo multidisciplinario independiente para realizar una evaluación de tecnología sanitaria con base en una revisión sistemática y un metaanálisis. Se incluyeron estudios publicados en español, portugués e inglés hasta junio de 2020.
RESULTADOS: se identificaron 169 estudios. Se incluyeron 6 en la revisión cualitativa, 4 en el metaanálisis y 14 como otros documentos. En el análisis cuantitativo encontramos un riesgo relativo (RR) de 1,52 con un intervalo de confianza del 95% (IC95%) de 1,14-2,04 para la mejoría clínica o tomográfica antes de los 14 días, con baja certeza en la evidencia. Los eventos adversos a los 7 y a los 28 días presentaron un RR de 2,22 (IC95%: 0,45-10,91) con baja certeza de evidencia. Las recomendaciones de sociedades científicas y autoridades sanitarias fueron heterogéneas.
CONCLUSIONES: la evidencia encontrada es de baja a muy baja confianza, por lo cual cualquier resultado estimado es muy incierto. Por otro lado, no se encontraron datos sobre mortalidad ni sobre disminución del tiempo en asistencia respiratoria mecánica, por lo que se requieren más estudios que incluyan estos desenlaces. El proceso de consentimiento informado resulta imprescindible, ya sea que se utilice en el contexto de una investigación o como una utilización off-label en la práctica habitual
Científicos argentinos desarrollaron un suero que bloquea al coronavirus
No full textSe trata de un suero terapéutico para tratar pacientes infectados con COVID-19, desarrollado en Argentina. Linus Spatz, director de Inmunova explicó que “desarrollamos un suero que bloquea al virus”, señaló en una entrevista con la TV Pública. En tanto Fernando Goldbaum, director científico de Inmunova indicó que se busca bloquear o neutralizar el desarrollo de la enfermedad, funciona como lo hace un suero contra una serpiente, señalaron