11894 research outputs found
Sort by
Μεταβολές της χρωματίνης λόγω βλάβης του DNA και ανοσομεταβολισμός
No full textΗ κατάλληλη χωροχρονική ανάπτυξη πολυάριθμων κυτταρικών σειρών του ανοσοποιητικού
συστήματος βρίσκεται στο επίκεντρο των έμφυτων και επίκτητων ανοσολογικών αποκρίσεων.
Πολλές ερευνητικές προσπάθειες έχουν καταδείξει τη σημασία του επιγενετικού και
μεταγραφικού ελέγχου στον καθορισμό των κυτταρικών σειρών. Οι μεταγραφικοί παράγοντες
και οι αναδιαμορφωτές της χρωματίνης ρυθμίζουν αναπτυξιακά σημαντικά σύνολα γονιδίων στη
ρύθμιση του καθορισμού της κυτταρικής σειράς. Για να συμβεί αυτό, οι καθόλικοι και οι ειδικοί
για τον ιστό παράγοντες συνεργάζονται με ρυθμιζόμενο τρόπο για τον έλεγχο της δομής της
χρωματίνης. Η SATB1 (ειδική πρωτεΐνη 1 πρόσδεσης πλούσιας σε ΑΤ) είναι ένας ιστό-ειδικός
οργανωτής και ρυθμιστής του γονιδιώματος που ελέγχει τόσο τις αλληλεπιδράσεις της
χρωματίνης σε μακρά όσο και σε μικρή εμβέλειας απόσταση. Πρόσφατα στοιχεία δείχνουν ότι η
SATB1 συνεργάζεται με τις προαναφερθείσες μεταβλητές, γεφυρώνοντας την καθόλικη με την
ειδική για τον ιστό γονιδιακή ρύθμιση.
Αντιπροσωπευτικοί γονιδιωματικοί τόποι που ρυθμίζονται στενά από επιγενετικές
τροποποιήσεις και το συνολικό τοπίο της χρωματίνης είναι οι τόποι Tcr στα Τ κύτταρα. Κατά τη
διάρκεια της διαφοροποίησης των Τ κυττάρων στο θύμο, η συνεχώς μεταβαλλόμενη δομή της
χρωματίνης επιτρέπει την επιτυχή και έγκαιρη μεταγραφή τους, εξασφαλίζοντας την παραγωγή
μιας τεράστιας σειράς μεταγράφων. Αυτό το ποικίλο πλήθος μεταγράφων συνδέεται με τη
διαδικασία του ανασυνδυασμού V(D)J, επιτρέποντας το σχηματισμό λειτουργικών υποδοχέων Τ
στην επιφάνεια των Τ-κυττάρων που ωριμάζουν, οι οποίοι θα διευκολύνουν την επιβίωση του
οργανισμού και την ομοιόσταση που σχετίζεται με το ανοσοποιητικό σύστημα. Είναι σαφές ότι οι
αλλαγές στην τρισδιάστατη οργάνωση του γονιδιώματος είναι κρίσιμες για τον φυσιολογικό
σχηματισμό και τη λειτουργία των κυττάρων και η διαταραχή αυτών των αυστηρά ελεγχόμενων
διαδικασιών μπορεί να οδηγήσει σε σοβαρές διαταραχές που σχετίζονται με το ανοσοποιητικό
σύστημα.
Αυτή η προηγούμενη επιστημονική γνώση μας επέτρεψε να εμπνευστούμε για τη μελέτη μας, η
οποία διερεύνησε την αλληλεπίδραση μεταξύ του SATB1 και του ανασυνδυασμού V(D)J και
αξιολόγησε τον τρόπο με τον οποίο αυτός ο βασικός μεταγραφικός παράγοντας ρυθμίζει το
επιγενετικό τοπίο και στρατολογεί παράγοντες τροποποίησης της χρωματίνης για την επιτυχή
αλλαγή της γονιδιωματικής διαμόρφωσης. Βάσει προηγούμενων ευρημάτων, ο SATB1 φάνηκε να
μεσολαβεί στη δημιουργία βρόχων μεγάλης εμβέλειας εντός του τόπου Tcra στα θυμοκύτταρα
DP για τη διευκόλυνση της μεταγραφής. Ως εκ τούτου, η τρέχουσα έρευνά μας επικεντρώθηκε
στον τρόπο με τον οποίο η μείωση των επιπέδων έκφρασης SATB1 επηρεάζει το δυναμικό
ανασυνδυασμού V(D)J εντός αυτού του τόπου. Η ομάδα μας προτείνει έναν ενδιαφέροντα
μηχανισμό στον οποίο ο SATB1 διαδραματίζει έναν απαραίτητο ρόλο ρυθμίζοντας τον
σχηματισμό σημάτων μετα-μεταφραστικής τροποποίησης στον τόπο Tcra, ο οποίος με τη σειρά
του θα επιτρέψει την πραγματοποίηση του ανασυνδυασμού V(D)J. Η χρήση ενός μοντέλου SATB1
cKO το οποίο εμφανίζει αυτοάνοσο φαινότυπο ήταν απαραίτητη για τη διεξαγωγή αυτού του
έργου. Με τη χρήση μοντέλων ποντικού, στοχεύσαμε να προτείνουμε ένα μηχανισμό για την
κατανόηση της βάσης της ανάπτυξης αυτοάνοσων διαταραχών και να παράσχουμε στη
μελλοντική έρευνα έναν πιθανό μοριακό στόχο που μπορεί να χρησιμοποιηθεί στην
καταπολέμηση αυτών των ολοένα και πιο διαδεδομένων διαταραχών.The appropriate spatiotemporal development of numerous immune cell lineages is at the heart
of innate and adaptive immune responses. Many research efforts have demonstrated the
importance of epigenetic and transcriptional control in cell lineage specification. Transcription
factors and chromatin remodellers govern developmentally important gene sets in the cell
lineage specification regulation. For this to occur, global and tissue-specific factors collaborate
in a regulated fashion to control chromatin structure. SATB1 (special AT-rich binding protein 1) is
a tissue-specific genome organiser and regulator that controls both long and short-range
chromatin interactions. Recent evidence suggests that SATB1 cooperates with the
aforementioned variables, bridging global to tissue-specific gene regulation.
Representative genomic loci that are tightly regulated by epigenetic modifications and overall
chromatin landscape are the Tcr loci in T cells. During T cell differentiation in the thymus, the
ever-changing chromatin structure allows for their successful and timely transcription ensuring
a vast array of transcripts being produced. This diverse plurality of transcripts is associated with
the process of V(D)J recombination allowing for the formation of functional T cell receptors on
the surface of maturing T cells that will facilitate an organism’s survival and immune system-
related homeostasis. Clearly, changes in 3D genome organisation are critical for normal cell
formation and function, and disrupting these strictly controlled processes can result in severe
immune-related disorders.
This previous scientific knowledge allowed us to be inspired for our study which investigated the
interplay between SATB1 and V(D)J recombination and assessed how this essential transcription
factor regulates the epigenetic landscape and recruits chromatin-modifying factors to
successfully alter genomic conformation. Based on previous findings, SATB1 was seen to
mediate long-range loop formations within the Tcra locus in DP thymocytes to facilitate
transcription. As such our current investigation focuses on how SATB1 depletion affects V(D)J
recombination potential within this locus. Our group suggests an intriguing mechanism in which
SATB1 plays an indispensable role by regulating post-translational modification mark formation
at the Tcra locus which will in turn allow for V(D)J recombination to take place. The usage of a
SATB1 cKO model which exhibits an autoimmune phenotype was indispensable for the
conduction of this project. By utilising murine models, we aimed to propose a way forward to
understanding the basis of autoimmune disorder development and provide future research with
a potential molecular target that can be used in the fight against these increasingly prevalent
disorders
Effect of different courses and duration of mechanical ventilation on outcomes of preterm and term neonates
No full textΕισαγωγή Ο μηχανικός αερισμός (ΜΑ) αποτελεί σωτήρια παρέμβαση τόσο για τα πρόωρα όσο και τα τελειόμηνα νεογνά. Η πρόοδος στην εντατική νοσηλεία των νεογνών, και ιδιαίτερα στις τεχνικές του μηχανικού αερισμού, έχει μειώσει σημαντικά τη νεογνική νοσηρότητα και θνησιμότητα. Ωστόσο, οι επιπλοκές από την εφαρμογή του αποτελούν ακόμα και σήμερα σημαντικό αντικείμενο μελέτης και προβληματισμού. Επομένως είναι σημαντικό να αποσαφηνιστούν οι παράγοντες που αυξάνουν τον κίνδυνο από την εφαρμογή ΜΑ στα νεογνά και οι δυσμενείς εκβάσεις που σχετίζονται με αυτόν, ώστε ληφθούν μέτρα πρόληψης.
Σκοπός είναι η μελέτη της επίδρασης του μηχανικού αερισμού και της διάρκειας εφαρμογής του στην έκβαση πρόωρων και τελειόμηνων νεογνών. Επιπλέον, η μελέτη στοχεύει στην καταγραφή χαρακτηριστικών του ΜΑ, στην εξέταση παραγόντων κινδύνου που σχετίζονται με παρατεταμένη εφαρμογή του και στη διερεύνηση της συσχέτισης μεταξύ επεμβατικού και μη επεμβατικού ΜΑ με δείκτες έκβασης.
Μεθοδολογία: Η μελέτη διεξήχθη στη Μονάδα Εντατικής Νοσηλείας Νεογνών (ΜΕΝΝ) του Πανεπιστημιακού Γενικού Νοσοκομείου Ηρακλείου. Τα στοιχεία συλλέχθηκαν αναδρομικά, από ιατρικούς φυσικούς φακέλους ασθενών που νοσηλεύτηκαν το διάστημα Ιανουάριος 2022 – Μάρτιος 2024. Κριτήριο ένταξης αποτελούσε η παραμονή στο ΜΑ >24 ώρες και κριτήρια αποκλεισμού η βαριά περιγεννητική ασφυξία και οι συγγενείς ανωμαλίες. Καταγράφηκαν δημογραφικά χαρακτηριστικά, στοιχεία από το περιγεννητικό ιστορικό, σωματομετρικά στοιχεία, σκορ βαρύτητας (APGAR & CRIB), η αιτία εισόδου, στοιχεία ΜΑ (ένδειξη εφαρμογής, τύπος, μοντέλο, διάρκεια) θεραπευτικές παρεμβάσεις, οι επιπλοκές και η έκβαση. Ορίστηκαν 4 χρονικά σημεία βάσει της διάρκειας του ΜΑ: MV-Day 1, MV-Day 7, MV-Day 14 & MV-Day 28. Για καθένα από τα οποία καταγράφηκαν, αν το νεογνό βρισκόταν σε ΜΑ, το βάρος σώματος, η ηλικία, τύπος-μοντέλο- παράμετροι ΜΑ, aOBI & στοιχεία σίτισης.
Αποτελέσματα Στη μελέτη συμπεριλήφθηκαν 168 νεογνά εκ των οποίων τα 99 (58,9%) ήταν αγόρια. Το 92,3% των νεογνών είχε γεννηθεί με καισαρική τομή. Η μέση διάρκεια παραμονής στο ΜΑ ήταν 5 ημέρες (3-13), ενώ η μέση διάρκεια νοσηλείας 22 (13-47) ημέρες. Σε αποκλειστικό επεμβατικά ΜΑ (ΕΜΑ) τέθηκαν 4 νεογνά (όλα εξαιρετικά πρόωρα, αγόρια που κατέληξαν). Σε αποκλειστικά μη επεμβατικό ΜΑ (ΜΕΜΑ) τέθηκε το 68,5% των νεογνών και σε συνδυασμό των δύο το 29,2%. Τα νεογέννητα που τέθηκαν σε αποκλειστικό ΜΕΜΑ είχαν διάρκεια ΜΑ 5(3-7) ημέρες και διάρκεια νοσηλείας 20(30-40) ημέρες, ενώ όσα τέθηκαν σε συνδυασμό είχαν διάρκεια ΜΑ 11(5.5-42) ημέρες και διάρκεια νοσηλείας 39(16-72,5) ημέρες (p<0.001 και p=0.001, αντίστοιχα).
Η βρογχοπνευμονική δυσπλασία (ΒΠΔ) αναδείχθηκε ως η συχνότερη επιπλοκή, εμφανιζόμενη στο 16,3% των πρόωρων νεογνών (24/147). ΒΠΔ ανέπτυξαν νεογνά 3. (ROC analysis, both p<0.001), ενώ η διάρκεια μηχανικού αερισμού δεν συσχετίστηκε με τη θνητότητα.
Συμπεράσματα Ο τύπος ΜΑ (επεμβατικός και μη) και η διάρκεια εφαρμογής του επιδρούν στην έκβαση των πρόωρων και τελειόμηνων νεογνών. Η προωρότητα αναδείχθηκε ως ο κύριος παράγοντας κινδύνου για παρατεταμένο ΜΑ. Η αποκλειστική εφαρμογή ΜΕΜΑ και η διάρκεια ΜΑ <24 ημερών σχετίστηκαν με χαμηλότερη πιθανότητα εμφάνισης ΒΠΔ. Ο τύπος ΜΑ συσχετίστηκε με τη θνητότητα, καθώς όλα τα νεογνά που έλαβαν αποκλειστικά ΕΜΑ απεβίωσαν, ενώ κανένα από τα νεογνά που έλαβαν αποκλειστικά ΜΕΜΑ δεν κατέληξε. Προγνωστικοί παράγοντες θνητότητας αποδείχτηκαν η μικρή ηλικία κύησης <30 εβδομάδων και η βαρύτητα της κλινικής κατάστασης, όχι όμως παράγοντες που αφορούν τον μηχανικό αερισμό.Background Mechanical ventilation (MV) constitutes a life-saving intervention for both preterm and full-term neonates. Advances in neonatal intensive care, particularly in MV techniques, have significantly reduced neonatal morbidity and mortality. However, MV complications remain a subject of concern. Identifying the factors that increase the risk of MV in neonates, along with its associated adverse outcomes, is essential for implementing effective preventive measures.
Objective The study aims to investigate the impact of MV and its duration on the outcomes of preterm and full-term neonates. Furthermore, the study aims to record MV characteristics, examine risk factors associated with prolonged MV and compare the impact of invasive and non-invasive MV on neonatal outcomes.
Methods The study was conducted in the` Neonatal Intensive Care Unit (NICU) of the University General Hospital of Heraklion. Data were retrospectively collected from medical records of neonates hospitalized between January 2022 and March 2024. Inclusion criteria required MV duration >24 hours, whereas exclusion criteria included severe perinatal asphyxia and congenital anomalies. Demographic characteristics, perinatal history, anthropometric data, severity scores (APGAR & CRIB), reason for NICU admission, MV parameters (indication, mode, model, duration), therapeutic interventions, complications, and neonatal outcomes were recorded. Four time points based on MV duration were defined: MV-Day 1, MV-Day 7, MV-Day 14, and MV-Day 28. At each time point, if the neonate was still ventilated, body weight, postnatal age, MV type-model-parameters, arterial blood gases (aOBI), and enteral feeding status were documented.
Results A total of 168 neonates were included, 99 (58.9%) of whom were male. The majority (92.3%) were delivered via cesarean section. The median MV duration was 5 days (3-13), while the median duration of hospitalization was 22 days (13-47). Exclusive invasive MV (IMV) was applied in 4 neonates (all of whom were extremely preterm males who died). Exclusive non-invasive MV (NIMV) was administered to 68.5% of neonates, whereas a combination of IMV and NIMV was applied to 29.2%. Neonates receiving exclusive NIMV had an MV duration of 5 (3-7) days and a hospital stay of 20 (30-40) days, whereas those requiring combined IMV+NIMV had an MV duration of 11 (5.5-42) days and a hospital stay of 39 (16-72.5) days. (p < 0.001 and p = 0.001, respectively)
Bronchopulmonary dysplasia (BPD) emerged as the most frequent complication, affecting 16.3% of preterm neonates (24/147). All cases of BPD were identified in neonates born at <34 weeks of gestation, according to the NICHD 2001 definition. Patients requiring combined IMV+NIMV had a significantly higher likelihood of developing BPD compared to those on exclusive NIMV (p<0.001). A mechanical ventilation duration of ≥24 days was determined as the cut-off threshold for BPD development in preterm neonates (ROC analysis, Youden’s index 24, p < 0.001).
The overall mortality rate was 3.6% (N=6), with deaths occurring predominantly in neonates who required exclusive IMV (N=4) or combined IMV + NIMV (N=2). Predictors of mortality included gestational age 3 (ROC analysis, both p < 0.001), whereas mechanical ventilation duration was not associated with mortality.
Conclusion The type of mechanical ventilation (invasive or non-invasive) and its duration significantly impact the outcomes of both preterm and term neonates. Prematurity emerged as the primary risk factor for prolonged mechanical ventilation. Exclusive application of NIMV and mechanical ventilation duration of <24 days were associated with a lower likelihood of developing BPD. The type of mechanical ventilation was also correlated with mortality, as all neonates who received exclusive IMV died, whereas all the neonates on exclusive NIMV lived. Predictors of mortality included gestational age <30 weeks and severity of clinical condition, while mechanical ventilation-related factors were not associated with mortality
Impact of mechanical (elastic) power on outcome in mechanically ventilated children
No full textΕισαγωγή
Η διασωλήνωση και η μηχανική υποστήριξη της αναπνοής αποτελούν θεραπευτικές παρεμβάσεις ζωτικής σημασίας για τον ασθενή σε κρίσιμη κατάσταση. Εάν η εφαρμογή του μηχανικού αερισμού δεν ακολουθεί κάποιες ασφαλείς επιλογές στις ρυθμίσεις του αναπνευστήρα, τότε μπορεί να προκαλέσει μια σειρά από επιπλοκές, οι οποίες συνοψίζονται στην προκαλούμενη από τον αναπνευστήρα πνευμονική βλάβη (ventilation-induced lung injury, VILI), το οποίο μπορεί να προκληθεί από διάφορους μηχανισμούς. Τα τελευταία χρόνια η επιστημονική κοινότητα, από τη μελέτη των επιμέρους διακριτών παραγόντων που δυνατόν να προκαλέσουν VILI, έχει στρέψει το ενδιαφέρον της στη μελέτη της μηχανικής ισχύος (mechanical power) που συγκεντρώνει και συνυπολογίζει όλες αυτές τις παραμέτρους, σε συνδυασμό με τον αναπνευστικό ρυθμό και την εισπνευστική ροή. Μηχανική ισχύς είναι η είναι η εκτίμηση της ενέργειας που δέχεται το αναπνευστικό σύστημα κάθε λεπτό. Διάφοροι είναι οι παράγοντες που μπορεί να επηρεάσουν την μηχανική ισχύ. Ένας πιθανός και ελάχιστα μελετημένος είναι η υπερφόρτωση υγρών. Η χορήγηση υγρών αποτελεί ακόμα μια παρέμβαση σε παιδιά που βρίσκονται σε βαριά κατάσταση. Η υπερφόρτωση υγρών, έχει αρνητική επίδραση και στο αναπνευστικό σύστημα, το οποίο οδηγεί σε ανάπτυξη ARDS ή πνευμονικού οιδήματος, με ανάγκη εφαρμογής υψηλών θετικών πιέσεις, αυξάνοντας περαιτέρω την εφαρμοζόμενη μηχανική ισχύ. Άλλος παράγοντας που μπορεί να οδηγήσουν σε αύξηση της μηχανικής ισχύος είναι η ανάπτυξη του συνδρόμου οξείας ανναπνευστικής δυσχέρειας (pediatric ARDS, PARDS) στα πλαίσια της βαριάς νόσου.
Σκοπός
Η παρούσα μελέτη φιλοδοξεί να μελετήσει την επίδραση της εφαρμοζόμενης μηχανικής ισχύος στην έκβαση μηχανικά αεριζόμενων παιδιατρικών ασθενών με κρίσιμη νόσο που νοσηλεύονται σε Μονάδα Εντατικής Θεραπείας Παίδων και να τη συσχετίσει με παράγοντες κινδύνου που μπορούν να επιδράσουν αρνητικά στο αναπνευστικό σύστημα.
Μεθοδολογία
Η παρούσα μελέτη είναι μια μονοκεντρική, αναδρομική μελέτη σε παιδιατρικούς ασθενείς που νοσηλεύτηκαν στη ΜΕΘ Παίδων ΠαΓΝΗ από 2017-2024, και βρίσκονταν σε ελεγχόμενο μηχανικό αερισμό για τουλάχιστον 24 ώρες. Καταγράφηκαν δημογραφικά, κλινικό-εργαστηριακά δεδομένα, ισοζύγιο υγρών, μηχανική ενέργεια και ισχύς τις χρονικές στιγμές 0h-12h-24h-36h-48h-60h-72h, σε αερισμό με σταθερή και μειούμενη ροή, καθώς και δείκτες έκβασης.
Αποτελέσματα
Στη μελέτη συμπεριλήφθηκαν 235 παιδιά, αγόρια 60.4%, διάμεση ηλικία 4.5 (IQR 2-11), PELOD-2 6 (4-8), PARDS N=87 (37%). Στα μοντέλα αερισμού με σταθερή ροή η μηχανική ισχύς ήταν μικρότερη σε σχέση με μοντέλα μειούμενης ροής. Η μηχανική ισχύς και ενέργεια με αναγωγή στο ιδανικό βάρος σώματος ήταν σημαντικά υψηλότερες στην ομάδα PARDS έναντι της ομάδας No-PARDS (all p<0.001), και ίσχυσαν σε όλες τις χρονικές στιγμές μελέτης (all p<0.001). Η συνολική υπερφόρτωση υγρών στις 72h νοσηλείας διέφερε σημαντικά μεταξύ των ομάδων PARDS 7.7% vs no-PARDS 5.3%, p=0.017. Η υπερφόρτωση υγρών δεν επηρεάζει την εφαρμοζόμενη μηχανική ισχύ παιδιών με PARDS, εκτός της υποομάδας severe PARDS. Αντίθετα, στην ομάδα παιδιών χωρίς PARDS, η αυξημένη υπερφόρτωση υγρών σχετίζεται με αυξημένη μηχανική ισχύ και στα δύο μοντέλα μηχανικού αερισμού. Η ανάπτυξη οξείας νεφρικής βλάβης δεν σχετίστηκε σημαντικά με την εφαρμοζόμενη μηχανική ισχύ. Η θνητότητα στις 28 ημέρες ήταν 8.9%, η διάρκεια παραμονής στη ΜΕΘΠ 10 ημέρες (IQR 5-18), και δεν σχετίστηκαν με την εφαρμοζόμενη μηχανική ενέργεια ή την υπερφόρτωση υγρών. Ανεξάρτητοι παράγοντες που σχετίζονται με τη διάρκεια παραμονής στη ΜΕΘ Παίδων ήταν η ηλικία (p=0.011) και η διάρκεια του μηχανικού αερισμού (p<0.001), αλλά όχι το μοντέλο μηχανικού αερισμού ή η εφαρμοζόμενη μηχανική ισχύς.
Συμπεράσματα
Συμπερασματικά, οι ασθενείς με PARDS είχαν διαχρονικά (time points) υψηλότερες τιμές μηχανικής ισχύος σε σχέση με τους ασθενείς που δεν είχαν PARDS, και σταθερά μικρότερες τιμές σε μοντέλα σταθερής ροής. Η υπερφόρτωση υγρών δεν επηρεάζει την εφαρμοζόμενη μηχανική ισχύ παιδιών με PARDS, εκτός της υποομάδας severe PARDS, αλλά αποτελεί επιβαρυντικό παράγοντα στους ασθενείς χωρίς PARDS. Η θνητότητα σχετίστηκε ανεξάρτητα με τη βαρύτητα νόσου, και η μεγάλη διάρκεια παραμονής στη ΜΕΘΠ με τη μικρή ηλικία και τον παρατεταμένο μηχανικό αερισμό. Κανένας δείκτης έκβασης δεν συσχετίστηκε με την εφαρμοζόμενη μηχανική ενέργεια ή την υπερφόρτωση υγρών στον μελετούμενο πληθυσμό. Περαιτέρω μελέτες απαιτούνται για την ανεύρεση τροποποιήσιμων παραγόντων κινδύνου για μείωση του φαινομένου VILI.Background
Endotracheal intubation and mechanical respiratory support both represent life-saving interventions for critically ill children. In case of improper settings in the ventilator, mechanical ventilation can lead to a series of complications, all included under the definition of ventilation-induced injury (VILI), which can be provoked by different mechanisms. In the last years, the scientific community instead of studying one-by one all the parameters which can contribute to VILI, is focusing on examining the mechanical power, which comprises all these parameters including the respiratory rate and inspiratory flow. Mechanical power (MP) is the energy provided by the ventilator towards the respiratory system per minute. There are several factors that could influence mechanical power, the most important being the fluid overload in Pediatric ICUs (PICUs). Administration of fluids represent an important part of children in severe condition throughout their duration of stay. Fluid overload has a negative impact in the respiratory system, as well, which could lead to acute respiratory distress syndrome (ARDS) or pulmonary edema, which dictates the need for administration of high positive pressure from the ventilator, and further increases the mechanical power. Given this information, it is essential to carefully assess different fluid overload indicators. Other factors which may increase the given mechanical power are acute kidney injury (AKI) or ARDS in the context of multi-organ dysfunction syndrome (MODS).
Objective
This study aims to investigate the possible effect of applied mechanical power upon the outcome of mechanically ventilated children in PICU and also, to correlate several risk factors that could negatively influence the respiratory system.
Methods
It is a single-center, retrospective study among pediatric patients, who were admitted in PICU of University Hospital of Crete, during the time period of 2017-2024 and were mechanically ventilated for at least 24 hours. Data collection included demographic information, clinical and laboratory parameters, fluid balance, mechanical energy and power in 7 different time points (0h – 12h – 24h – 36h – 48h – 60h – 72h) in both square and decelerating flow ventilation modes, as well as outcome indicators. Results
In our study, we included 235 children, 60,4% were boys, mean age 4,5 years old (IQR 2-11), PELOD-2 was 6 (range = 4-8) and 37% met the criteria for PARDS (N=87). In square-flow ventilation mode, mechanical power was constantly lower, compared with decelerating-flow mode. Mechanical power and energy (normalized to ideal body weight) were significantly higher in PARDS group vs No-PARDS group (all, p < 0,001), and was similar in every time point of our study (all, p < 0,001). The grand fluid overload after 72h differ significantly among PARDS group 7,7% vs No-PARDS group 5,3% (p = 0,017). Fluid overload did not correlate with the applied mechanical power in children with PARDS, except from the severe PARDS subgroup. On the contrary, in No-PARDS group, higher fluid overload was significantly related with higher given mechanical power in both ventilation modes. The development of AKI was not statistically significant influenced by mechanical power. The 28-day mortality was 8,9% and duration of ICU stay was 10 days (IQR 5-18) and were not associated with applied mechanical energy or fluid overload. Independent factors of prolonged hospitalization were age (p = 0,011) and the duration of mechanical ventilation (p < 0,001).
Conclusion
To conclude, patients with PARDS had constantly higher values of mechanical power, compared to patients without PARDS, and steadily lower values in square-flow ventilation modes. Fluid overload did not influence the applied mechanical power in children with PARDS, only in the severe ARDS subgroup, but constitutes a negative factor in patients in No-PARDS group. Mortality was independently associated with disease severity and the prolonged PICU stay with younger patients and prolonged duration of mechanical ventilation. None of outcome indicators in our population was not correlated with high mechanical energy or fluid overload. Further studies are necessary to determine other modifying factors that may diminish the development of VILI
Μελέτη των μοριακών μηχανισμών παθογένειας των φυτοπαθογόνων βακτηρίων Ralstonia solanacearum και Xylella fastidiosa pathogenicity
No full textΟι αλληλεπιδράσεις μεταξύ μικροβίων και φυτικών οργανισμών χαρακτηρίζονται από
περίπλοκους μοριακούς διαλόγους, στους οποίους εμπλέκονται τόσο φυτικής, όσο και μικροβιακής
προέλευσης μόρια. Οι φυτικοί οργανισμοί βασίζονται στο έμφυτο ανοσοποιητικό τους σύστημα,
ένα σύστημα δύο επιπέδων αποτελούμενο από δύο ομάδες υποδοχέων πρωτεϊνικής φύσεως για να
καταπολεμήσουν τα παθογόνα. Η πρώτη ομάδα τέτοιων υποδοχέων ονομάζονται, τους PRRs
(Pattern Recognition Receptors) και είναι υπεύθυνοι για την αναγνώριση μικροβιακών μοριακών
μοτίβων στο εξωκυτταρικό περιβάλλον. Τα παθογόνα εγχέουν πρωτεΐνες παθογένειας, γνωστές ως
τελεστές (effectors) μέσα στο φυτικό κύτταρο για να διαταράξουν τις φυσιολογικές λειτουργίες
του ξενιστή προς όφελος του παθογόνου. Οι τελεστές αναγνωρίζονται από τη δεύτερη ομάδα
υποδοχέων, τους NLRs (Nucleotide-binding Leucine-rich repeats Receptors), οι οποίοι συχνά
ευθύνονται για την ανθεκτικότητα ενός φυτού έναντι συγκεκριμένων παθογόνων.
Η Ralstonia solanacearum είναι ένα σημαντικό φυτοπαθογόνο αρνητικό κατά Gram βακτήριο, το
οποίο σε μεγάλο βαθμό βασίζεται στο σύνολο των τελεστών του για να προσβάλλει επιτυχώς τους
ξενιστές του. Οι εν λόγω τελεστές εκκρίνονται μέσα στο φυτικό κύτταρο μέσω μιας βακτηριακής
συσκευής έγχυσης, που ονομάζεται εκκριτικό σύστημα τύπου 3 (Type 3 Secretion System ή T3SS).
Στην παρούσα διατριβή αρχικά εξετάστηκαν τρεις τελεστές τύπου 3, οι PopP1, RipW και RipE1,
από το παθογόνο R. solanacearum, ως προς τις ιδιότητές τους εντός του φυτικού κυττάρου, αλλά
και τους πιθανούς υποκυτταρικούς τους στόχους. Με σκοπό τη διαλεύκανση ενός νέου μοριακού
μηχανισμού της λειτουργίας των τελεστών, ο τελεστής RipE1 επιλέχθηκε για περαιτέρω μελέτη.
Τα αποτελέσματα αυτής της μελέτης υπέδειξαν δύο νέους υποκυτταρικούς στόχους του RipE1, την
υπομονάδα Exo70B1 του φυτικού συμπλόκου εξωκυττάρωσης (exocyst complex) και τη
σχετιζόμενη με αυτή πρωτεΐνη RIN4 (RPM1-Interacting Protein 4). Η στόχευση των Exo70B1 και
RIN4 από τον RipE1 φάνηκε να βασίζεται στη προτεινόμενη δράση πρωτεάσης κυστεΐνης του
τελεστή και να προκαλεί την αποικοδόμηση των δύο στόχων. Αν και τα ευρήματα της παρούσας
έρευνας δεν υποστηρίζουν απόλυτα την εμπλοκή του τελεστή RipE1 στους εκκριτικούς
μηχανισμούς του φυτικού κυττάρου, το γεγονός ότι στοχεύει τις συγκεκριμένες πρωτεΐνες οδήγησε
στην ανακάλυψη ενός NLR υποδοχέα που αναγνωρίζει τη δράση του. Ο NLR υποδοχέας Ptr1
(Pseudomonas tomato race 1) του φυτού-μοντέλου Nicotiana benthamiana, που έχει συνδεθεί στο
παρελθόν με τη ‘φρούρηση’ της ακεραιότητας της RIN4, αναδείχθηκε υπεύθυνος για την
αναγνώριση της πρωτεολυτικής δράσης του RipE1. Συμπερασματικά, η παρούσα διατριβή
οδήγησε στην πρόταση ενός μοντέλου που περιγράφει το μοριακό μηχανισμό αναγνώρισης του
τελεστή RipE1, μέσω της αναγνώρισης της πρωτεολυτικής του δράσης επί του συμπλόκου
Exo70B1-RIN4 από τον υποδοχέα Ptr1.
Το φυτοπαθογόνο βακτήριο Xylella fastidiosa, αν και αρνητικό κατά Gram, δε διαθέτει T3SS.
Αντιθέτως, η δική του ικανότητα να μολύνει τους ξενιστές του έχει περισσότερο συνδεθεί με
τελεστές που εκκρίνονται από το εκκριτικό σύστημα τύπου 2 (Type 2 Secretion System ή T2SS).
Το T2SS δεν εγχέει τελεστές στο εσωτερικό του κυττάρου του ξενιστή, αλλά τους απελευθερώνει
στο φυτικό αποπλάστη. Ελάχιστοι τελεστές τύπου 2 του παθογόνου X. fastidiosa έχουν
χαρακτηριστεί και μελετηθεί μέχρι σήμερα. Στην παρούσα διατριβή, επιλέχθηκαν δεκαεννέα από
αυτούς για περαιτέρω μελέτη. Η μελέτη αυτή αφορούσε τη διερεύνηση της ιδιότητας των
επιλεγμένων τελεστών να επάγουν αμυντική απόκριση υπό τη μορφή προγραμματισμένου
κυτταρικού θανάτου, όντας στο φυτικό αποπλάστη σε φυτά-μοντέλα του γένους Nicotiana. Για το
σκοπό αυτό τα υπό μελέτη γονίδια κλωνοποιήθηκαν σε ένα σύστημα παροδικής έκφρασης μέσω
Αγροβακτηρίου, με το οποίο και πραγματοποιήθηκαν δοκιμές επαγωγής του κυτταρικού θανάτου
σε φύλλα των φυτών Nicotiana tabacum και Nicotiana benthamiana. Εννέα από τους υπό μελέτη
τελεστές φάνηκε να ενεργοποιούν τον κυτταρικό θάνατο στο φυτό N. tabacum, ενώ για καμία από
αυτές δεν έγιναν αντίστοιχες παρατηρήσεις στο φυτό N. benthamiana. Σύμφωνα με τις
προβλεπόμενες λειτουργίες των συγκεκριμένων τελεστών, πρόκειται για γνωστές κατηγορίες
ενζύμων που ανήκουν στα ένζυμα αποικοδόμησης κυτταρικού τοιχώματος (Cell Wall Degrading
Enzymes ή CWDEs). Επομένως, είναι πιθανό η επαγωγή του κυτταρικού θανάτου να οφείλεται σε
αναγνώριση μοριακών μοτίβων των δομικών κυτταρικών συστατικών που έχουν υποστεί ζημιά
(Damage-Associated Molecular Patterns ή DAMPs), ένα καθιερωμένο υπόστρωμα για τους
υποδοχείς PRRs.
Συνολικά, τα αποτελέσματα που προκύπτουν και από τα δύο μέρη της παρούσας διατριβής
φέρνουν στο φως νέες πληροφορίες για τη λειτουργία των υπό μελέτη τελεστών και την
αναγνώρισή τους από το φυτικό σύστημα έμφυτης ανοσίας, συμβάλλοντας στην καλύτερη
κατανόηση πιθανών μηχανισμών προστασίας έναντι σε δύο πολύ σημαντικά παθογόνα.Plant-microbe interactions are characterized my complex molecular dialogues, mediated by
specific plant and microbial molecules. To fight-off pathogens, plants rely upon their innate
immunity systems. This two-layer system consist of proteinaceous receptors, known as Pattern
Recognition Receptors (PRRs) and Nucleotide-binding Leucine-rich repeats Receptors (NLRs),
that recognize extracellular damage- or microbe-associated molecular patterns and intracellular
microbe-derived effector proteins, respectively. Many pathogens depend on their various effector-
delivering mechanisms to suppress plant innate immune responses and facilitate virulence.
Ralstonia solanacearum is a destructive Gram-negative phytopathogenic bacterium with a wide
host range. One of the main determinants of R. solanacearum pathogenicity is its Type 3 Secretion
System (T3SS) and the Type 3 Effectors (T3Es) that it injects inside plant cells. In this study three
previously researched R. solanacearum T3Es were examined, in order to further investigate the
molecular mechanisms underlying this pathogen’s virulence. After inspecting T3Es PopP1, RipW
and RipE1 in regards with their in-planta properties and putative subcellular targets, the latter was
selected as the most potent, in an attempt to elucidate a novel molecular mechanism of effector
function. This study brings to light evidence supporting that RipE1, through its predicted cysteine
protease activity, targets plant exocyst complex subunit Exo70B1 and its associated RPM1-
Interacting Protein 4 (RIN4) and cause their degradation. Although no compelling signs of RipE1
compromising the host’s secretion and membrane trafficking pathways were uncovered, further
investigation revealed that the particular RipE1 targets appear linked to the effector’s recognition
from a previously characterized NLR of the model plant species Nicotiana benthamiana.
Pseudomonas tomato race 1 (Ptr1) is a typical NLR with a Coiled-coil (CC) signaling domain that
has been proposed to monitor RIN4 integrity and has been shown to recognize RIN4-targeting
pathogen effectors. Here, we propose a working model, according to which RipE1 causes the
proteolysis-dependent degradation of the Exo70B1-RIN4 complex and this process activates Ptr1-
mediated immune responses in N. benthamiana.
Xylella fastidiosa is an important phytopathogenic bacterium that causes several diseases on hosts
of high economic importance. Although Gram-negative, X. fastidiosa lacks a T3SS and heavily rely
upon its Type 2 Secretion System (T2SS) to deliver effector proteins in the host apoplast and
promote disease. Very few of X. fastidiosa putative Type 2 Effectors (T2Es) have been characterized
and thoroughly studied. For this study, nineteen putative X. fastidiosa T2Es were selected to shed
some light in the molecular mechanisms underlying this bacterium’s pathogenicity. The selected
genes were cloned in an Agrobacterium-mediated transient expression system, which was designed
to transfer the transiently expressed proteins to the apoplast. The ability of the nineteen putative
T2Es to induce cell death-like responses in the apoplast of leaves from model Nicotiana spp. plants
was tested. Among them, nine T2Es were able to induce cell death-like phenotypes on Nicotiana
tabacum plants, while none of them displayed similar properties in N. benthamiana. Based on their
predicted function, we propose that these proteins are important Cell Wall Degrading Enzymes
(CWDEs) of X. fastidiosa arsenal of T2Es, typically serving to break down physical barriers of host
tissues. In N. tabacum, function of these T2Es in the apoplast potentially produces Damage-
Associated Molecular Patterns (DAMPs), subsequently recognized by PRRs and ultimately leading
to the activation of cell death-like defense responses.
Overall, the two parts of this study’s results provide novel insight into the molecular mechanisms
of R solanacearum T3E and X. fastidiosa T2E effector function. Since recognition mechanisms
were uncovered in both cases, these data could by some means contribute to the advancement of
pursuing new resistance tools against these destructive plant pathogens
The Cretan mercenaries during the Hellenistic Era
No full textΗ μελέτη πραγματεύεται την δράση των Κρητών μισθοφόρων στους στρατούς της Ελληνιστικής εποχής, παράλληλα με επιπλέον στοιχεία όπως τους τόπους προέλευσης τους, τη διαδικασία στρατολόγησης τους και τους τρόπους πληρωμής τους.The study deals with the activity of Cretan mercenaries in the armies of the Hellenistic period, along with additional information such as places of origin, recruitment process and methods of payment
Μη-ερμιτιανός εντοπισμός Άντερσον
No full textΣτα πλαίσια της μη-ερμιτιανής φωτονικής, στο πρώτο μέρος αυτής της εργασίας μελετούμε την αλληλεπίδραση μεταξύ αταξίας και μη-ερμιτιανότητας σε ένα μονοδιάστατο πλέγμα Hatano-Nelson. Ενώ ο εντοπισμός Anderson καθορίζει την κυματική διάδοση σε διατηρητικά τυχαία συστήματα, η εισαγωγή μη-ερμιτιανότητας τείνει να καθοδηγήσει τη δέσμη σε μονοκατευθυντική διάδοση προς τη μία άκρη του πλέγματος, λόγω της ύπαρξης επιφανειακών ιδιοκαταστάσεων. Όπως δείχνουμε, ο ανταγωνισμός μεταξύ αυτών των φαινομένων οδηγεί σε ποιοτικά διακριτές φάσεις της κυματικής διάδοσης, συμπεριλαμβανομένων αντιδιαισθητικών χαρακτηριστικών όσον αφορά τη σχέση μεταξύ της ισχύος της αταξίας και της ταχύτητας του κυματοπακέτου.
Στο δεύτερο μέρος της εργασίας, ανακαλύπτουμε την επίδραση της απώλειας φάσης σε μη-ερμιτιανά πλέγματα με μιγαδική αταξία. Στα ερμιτιανά συστήματα, ο εντοπισμός Anderson εμποδίζει την μακροπρόθεσμη διάδοση, όμως η απώλειας φάσης τον καταστρέφει με αποτέλεσμα διάδοση μέσω διάχυσης. Ωστόσο η εισαγωγής μη-ερμιτιανότητας αλλάζει δραστικά την κυματική διάδοση υπό συνθήκες ταχύτατης απώλειας φάσης. Δείχνουμε πως σε ασθενώς άτακτα μη-ερμιτιανά πλέγματα η απώλεια φάσης προκαλεί απρόσμενο απεντοπισμό δημιουργώντας απότομα άλματα μεταξύ σημείων με χωρική απόσταση. Τα άλματα αυτά είναι εντελώς απόντα κάτω από συνθήκες σύμφωνης διάδοσης, προκύπτουν μέσω της αλληλεπίδρασης της αταξίας, των gain-loss δυναμικών και της απώλειας φάσης.Within the framework of non-Hermitian photonics, in the first part of this thesis we investigate the interplay between disorder and non-Hermiticity in a one-dimensional Hatano-Nelson lattice. While Anderson localization dictates the wave's evolution in conservative random systems, the introduction of non-Hermiticity tends to force the beam to unidirectionally propagate towards one edge of the lattice due to the existence of skin modes. As we show, the antagonism between these effects results in qualitatively distinct phases of wave diffraction, including counter-intuitive characteristics regarding the relationship between the strength of disorder and the wavepacket' s velocity.
In the second part of the thesis, we explore the effects of dephasing in non-Hermitian disordered lattices with complex on-site disorder. In Hermitian systems, Anderson localization typically prevents long-term transport, while dephasing disrupts this localization, leading to diffusive motion. However, when non-Hermiticity is introduced, wave propagation behavior changes drastically, particularly under the influence of rapid dephasing. We demonstrate that in weakly disordered non-Hermitian lattices, dephasing induces unexpected localization and produces abrupt jumps between spatially distant regions. These jumps, absent under purely coherent conditions, emerge due to the complex interplay between disorder, gain/loss profiles, and dephasing
Δομική και λειτουργική ανάλυση μεμβρανικών πρωτεϊνικών συμπλόκων από το φωτοσυνθετικό βακτήριο Chlorobaculum tepidum
No full textChlorobaculum tepidum (Cba tepidum) είναι ένα πράσινο θειούχο βακτήριο που χρησιμοποιεί σαν
ηλεκτρονιοδότες θειούχα και θειοθιικά άλατα. Αυτά τα οξειδώνει και δημιουργεί εξωκυττάρια
σφαιρίδια στοιχειακού θείου τα οποία χρησιμοποιούνται και αυτά σαν ηλεκτρονιοδότες. Για να
αποκτήσουμε μια εικόνα του μεταβολισμού του θείου του, πραγματοποιήθηκε Label Free πρωτεωμική
ανάλυση. Η δειγματοληψία περιελάβανε κυτταρόλυμα από διαφορετικές ώρες καλλιέργειας,
συμπεριλαμβανομένης της αρχής παραγωγής θείου (10 ώρες μετά την επώαση), την έναρξη της
μέγιστης παραγωγής θείου (20 ώρες) και το τέλος της κατανάλωσης θείου (40 ώρες), αντίστοιχα. Τα
αποτελέσματα έδειξαν ότι το Cba tepidum εκφράζει τα ένζυμα που εμπλέκονται στο μεταβολισμό του
θείου ως απόκριση στη διαθεσιμότητα ανηγμένων ενώσεων θείου και ένα μοντέλο που δείχνει την
έκφραση πρωτεΐνης παρουσιάζεται σε αυτή τη μελέτη.
Η βιοσύνθεση των σφαιριδίων πολυφωσφορικού (polyP) είναι σημαντική για την επιβίωση των
βακτηρίων κατά τη διάρκεια της έκθεσης σε διάφορες περιβαλλοντικές πιέσεις, αλλά η βιογένεση του
polyP δεν είναι μελετημένη. Στο Cba tepidum αναφέρθηκε η παρουσία συσψματομάτων πλούσιων σε
ηλεκτρόνια, αλλά δεν είχαν χαρακτηριστεί. Με βάση τα πρωτεομικά δεδομένα, ήταν δυνατό να
εντοπιστεί η διαφορική έκφραση των ενζύμων που σχετίζονται με το polyP. Τέλος, ο δομικός
χαρακτηρισμός και η τελική απόδειξη της ύπαρξης του πολυφωσφορικού πολυμερούς και της
συνολικής περιεκτικότητας σε φωσφορικά στα κύτταρα επιτεύχθηκε με P31 NMR και φασματοσκοπία
απορρόφησης αντίστοιχα.
Οι φωτότρωφοι οργανισμοί μετατρέπουν την φωτεινή ενέργεια από τον ήλιο σε χημική ενέργεια,
συντηρώντας έτσι τις περισσότερες μορφές ζωής στη Γη. Η φωτεινή ενέργεια συλλέγεται από τις
κεραίες και στη συνέχεια μεταφέρεται στα κέντρα αντίδρασης (RC) για να ξεκινήσει μια σειρά
αντιδράσεων διαχωρισμού φορτίου και μεταφοράς ηλεκτρονίων προς τους τερματικούς δέκτες
ηλεκτρονίων. Τα χλωροσώματα, η κεραία συλλογής φωτός των πράσινων βακτηρίων, είναι μοναδικά
συστήματα στα οποία οι χρωστικές είναι οργανωμένες σε συσσωματώματα αντί να συνδέονται με
πρωτεΐνες. Πρόκειται για πεπλατυσμένες ελλειψοειδείς δομές και συνδέονται με την εσωτερική
επιφάνεια της κυτταροπλασματικής μεμβράνης μέσω των περιοχών της «βάσης» τους. Αυτή η δομή
διασφαλίζει ότι οι κεραίες συλλογής φωτός βρίσκονται σε άμεση επαφή με τα κέντρα αντίδρασης που
είναι ενσωματωμένα στην κυτταροπλασματική μεμβράνη. Η σημασία της βιταμίνης Β12 έχει
αποδειχθεί για πολλά στελέχη αυτής της οικογένειας και θεωρείται ζωτικός παράγοντας ανάπτυξης.
Το Cba tepidum χρειάζεται τη βιταμίνη ως συμπαράγοντα κυρίως για τη βιοσύνθεση φωτοσυνθετικών
χρωστικών. Είναι ενδιαφέρον ότι παρατηρήθηκαν σημαντικές διαφορές από το μεθανολικό εκχύλισμα
από το κύτταρο που καλλιεργήθηκε με και χωρίς Β12. Το μέγεθος του απομονωθέντος χλωροσώματος
υπολογίζεται χρησιμοποιώντας αρνητική χρώση και DLS, ενώ η λεπτή τομή των ολόκληρων κυττάρων
έδειξε επίσης τη διαφορά στο μέγεθος των χλωροσωμάτων που απομονώθηκαν από καλλιέργειες με
και χωρίς την βιταμίνη. Τέλος, με βάση την πρωτεομική ανάλυση καθώς και τη μεταβολομική ανάλυση
με NMR Η1, ήταν δυνατό να κατασκευαστεί ένα μοντέλο που δείχνει την επίδραση της στέρησης της
Β12 σε πρωτεομικό και μεταβολομικό επίπεδο.
Με βάση τον τερματικό δέκτη ηλεκτρονίων, που είναι ένα κέντρο σιδήρου θείου, το Cba tepidum έχει
RC Τύπου Ι. Το ενσωματωμένο στη μεμβράνη RC του Cba tepidum συνδεετε με έναν διαλυτό πομπό
ενέργειας την πρωτεΐνη Fenna-Matthews-Olson (FMO). Όλα τα RC προέρχονται από ομοδιμερή RC
παρόμοια με αυτά που παρατηρούνται στα βακτήρια πράσινου θείου (GSB) και στα ηλιοβακτήρια. Η
δομική ανάλυση του RC του Cba tepidum θα δώσει πληροφορίες για την εξέλιξη των
φωτοσυστημάτων. Η δομή ολόκληρου του συμπλόκου FMO-RC από το Cba tepidum αναλύθηκε σε
ευκρίνεια 2,5 Α με Single Particle Analysis Cryo-EM. Η δομή αυτού του συμπλόκου, το οποίο
παρουσιάζει χαρακτηριστικά και των δύο RC τύπου Ι και ΙΙ, καλύπτει ένα σημαντικό κενό στην
κατανόησή μας για τη λειτουργία του φωτοσυνθετικών οργανισμών και παρέχει τη βάση για μια πιο
ολοκληρωμένη εξέταση των διεργασιών μεταφοράς ενέργειας και ηλεκτρονίων μέσω πειραματικών
και θεωρητικών προσεγγίσεων.
Οι μοριακές δυναμικές προσομοιώσεις (MD), σε συνδυασμό με βιοπληροφορικά εργαλεία, παρείχαν
την δομική και δυναμική πληροφορία σχετικά με το σύμλοκο των υπομονάδων μεμβράνης του RC. Πιο
συγκεκριμένα, το δυναμικό μοντέλο περιελάβανε εκτεταμένη δειγματοληψία σε ατομική ανάλυση και
σε αθροιστική χρονική κλίμακα 22 μs και αποκάλυψε τις αλληλεπιδράσεις πρωτεΐνης-πρωτεΐνης (PPI)
μεταξύ των υπομονάδων ενδιαφέροντος. Αυτά τα αποτελέσματα παρείχαν πληροφορίες σχετικά με
τη μεταφορά ηλεκτρονίων στην ομοδιμερή πυρήνα των GBS.Chlorobaculum tepidum (Cba tepidum) is a green sulfur phototroph bacterium that predominantly
oxidizes reduced sulfur compounds for photoautotrophic growth. Cba tepidum, can oxidize sulfide and
thiosulfate to produce extracellular S0 globules, which can be further oxidized to sulfate and used as
electron donors for phototrophic growth. To gain insight into its sulfur metabolism, label-free
quantitative proteomics was utilized. The sampling consisted of cell lysates from different metabolic
states, including a sulfur production state (10 h post-incubation), the beginning of sulfur consumption
(20 h), and the end of sulfur consumption (40 h), respectively. The results showed that Cba tepidum
regulates enzymes involved in sulfur metabolism in response to the availability of reduced sulfur
compounds and a model showing the protein expression is presented in this study.
The biosynthesis of polyphosphate (polyP) granule is important for survival for bacteria during
resistance to diverse environmental stresses but the biogenesis of the polyP granule is poorly
understood. In Cba tepidum the presence of electron rich granules was reported, but no further
information was provided. Based on the label free proteomic data it was possible to track down the
differential expression of the polyP related enzymes. Finally, the structural characterization and the
final proof of the existence of the polyphosphate polymer and the total phosphate content in the cells
was achieved by P31 NMR and absorption spectroscopy respectively.
Phototrophic organism converts light energy from the sun into chemical energy, thereby sustaining
most life forms on Earth. Light energy is captured by antenna systems and is subsequently transferred
to the reaction center (RC) to initiate a series of charge-separation and electron-transfer reactions to
the terminal electron acceptors. Chlorosomes, the light-harvesting apparatus of green bacteria, are
unique antenna systems in which pigments are organized in aggregates rather than associated with
proteins. They are flattened ellipsoidal structures and are attached to the inner surface of the
cytoplasmic membrane via their “baseplate” regions. This localization ensures that the light-harvesting
antennae are in close proximity to the reaction centers embedded in the cytoplasmic membrane. The
importance of the vitamin B12 has been proven for many strains of this family and it is considered a vital
growth factor. Cba tepidum needed the vitamin as a cofactor mainly for the biosynthesis of
photosynthetic pigments. Interestingly, major differences were observed regarding the methanolic
extract from the cell that were cultivated with and without B12. The size of the isolated chlorosome is
calculated using negative staining and DLS, while the thin section of the whole cells also indicated the
difference in size of the chlorosomes between cultures contain vitamin B12 and B12 depleted cultures.
Finally based on label free proteomics as well as metabolomics NMR it was possible to construct a
model showing the effect of B12 depletion in proteomic and metabolomic level.
Based on the terminal electron acceptor, which is an iron sulfur cluster, Cba tepidum has a Type I RC.
The membrane-embedded RC of Cba tepidum is associated with a soluble energy transmitter the
Fenna-Matthews-Olson protein (FMO). All RCs are evolved from homodimeric RC similar to those seen
in green sulfur bacteria (GSB) and heliobacteria and the structural analysis of the RC of Cba tepidum
will give insights into the evolution of photosystems. The structure of the intact FMO-RC apparatus
from Cba tepidum was resolved at 2.5 Å resolution by Cryo-EM Single Particle Analysis. The structure
of this photosynthetic RC complex, which exhibits features of both type I and II RCs, fills an important
gap in our understanding of the photosynthetic complex function and provides a basis for a more
comprehensive examination of its energy and electron transfer functions through both experimental
and theoretical approaches.
Based on molecular dynamic simulations (MD), which, combined with bioinformatic tools, provided
structural and dynamic insight into the complex between the membrane subunits of the RC. More
specifically, the microscopic dynamic model involved extensive sampling at atomic resolution and at a
cumulative time-scale of 22μs and revealed well-defined protein-protein interactions (PPI). These
results provided information regarding the electron transport to the homodimeric core of GB
Σύνθεση και λειτουργικοποίηση μονοδιάσπαρτων νανοσωματιδίων λιγνίνης
No full textLignin, an abundant biopolymer, is a promising yet underutilized resource in the development of
sustainable materials. The study aims to overcome challenges associated with lignin's heterogeneous
structure by synthesizing monodisperse nanoparticles through a controlled and reproducible
process. The synthesis methodology involves precision engineering to achieve uniform particle size
distribution, ensuring enhanced properties and reproducibility. Furthermore, the research explores
novel avenues for the functionalization of these lignin nanoparticles, imparting them with tailored
properties suitable for diverse applications. The functionalization process involves the incorporation
of specific chemical moieties, enabling improved compatibility with various matrices and facilitating
the design of advanced materials. The thesis seeks to contribute to the expanding field of green
materials by providing a comprehensive understanding of the synthesis and functionalization of
monodisperse lignin nanoparticles. The resulting nanoparticles hold promise for applications in
biocompatible materials, drug delivery systems, and environmentally friendly composites. This
research not only addresses the challenges in lignin utilization but also opens avenues for sustainable
materials with diverse functionalities, paving the way for an eco-friendlier and resource-efficient
future
Growth factors and renal fibrosis in infants post urinary tract infection
No full textΣκοπός: Σε αυτήν την μελέτη διερευνήθηκε η συσχέτιση ανάμεσα στον λειτουργικό γονιδιακό πολυμορφισμό του αγγειακού ενδοθηλιακού αυξητικού παράγοντα Α (VEGF-A)-460C/T και στις νεφρικές παρεγχυματικές βλάβες, στην κυστεοουρητηρική παλινδρόμηση και σε άλλες ανωμαλίες του ουροποιητικού συστήματος σε παιδιά με λοίμωξη του ουροποιητικού συστήματος.
Μέθοδοι : Ο γονιδιακός πολυμορφισμός VEGF-A-460C/T μελετήθηκε με ανάλυση gene restriction length polymorphism (RFLPs) σε 76 παιδιά με το πρώτο τους επεισόδιο λοίμωξης ουροποιητικού και σε ομάδα ελέγχου που αποτελείται από 63 παιδιά χωρίς λοιμώξεις. Έγινε σύγκριση μεταξύ των γονοτύπων και της συχνότητας των αλληλίων ανάμεσα στα παιδιά με ουρολοίμωξη και στην ομάδα ελέγχου καθώς και σε διαφορετικές υποομάδες παιδιών με ουρολοίμωξη.
Αποτελέσματα: Οι γονοτυπικές αλληλουχίες VEGF-A-460C/T διέφεραν σημαντικά μεταξύ των παιδιών με νεφρικές παρεγχυματικές βλάβες και αυτών χωρίς βλάβες στο παρέγχυμα στην ομάδα της ουρολοίμωξης.
Η ομοζυγωτία του αλληλίου C ήταν πολύ πιο συχνή σε αυτά με νεφρικές παρεγχυματικές βλάβες (36.6% έναντι 8.7%, p=0.007). Μια ξεχωριστή ανάλυση έδειξε ότι το αλλήλιο C συσχετίσθηκε με βλάβες συμβατές με υποδυσπλασία, σε αντίθεση με εστιακές που συσχετίζονται με λοιμώξεις, με λόγο πιθανοτήτων 11.55 και 95% διάστημα εμπιστοσύνης του 3.03-43.9 (p=0.0001). Δεν ανευρέθηκαν στατιστικά σημαντικές διαφορές στους γονότυπους ή στην συχνότητα των αλληλίων ανάμεσα στα παιδιά με και χωρίς παλινδρόμηση ή άλλες ανωμαλίες του ουροποιητικού συστήματος.
Συμπεράσματα: Στα παιδιά με λοιμώξεις του ουροποιητικού συστήματος, ο C πολυμορφισμός του γονιδίου VEGF-A gene συσχετίσθηκε με υποδυσπλαστικές νεφρικές παρεγχυματικές βλάβες, οι οποίες ήταν πιθανότατα συγγενείς και προϋπήρχαν της λοίμωξης του ουροποιητικού.
Βασικές υποσημειώσεις:
• Μελέτη του ρόλου του 460C/T λειτουργικού πολυμορφισμού του γονιδίου που κωδικοποιεί τον αγγειακό ενδοθηλιακό παράγοντα-Α (VEGF-A) σε νεφρικές βλάβες παιδιών με λοίμωξη ουροποιητικού.
• Ο πολυμορφισμός του C αλληλίου του γονιδίου VEGF-A στα παιδιά με ουρολοίμωξη συσχετίσθηκε με υποδυσπλαστικές νεφρικές παρεγχυματικές βλάβες.
• Είναι πιθανόν ότι αυτές ήταν συγγενείς και υπήρχαν πριν από την ουρολοίμωξη.Aim: This study investigated the relationship between vascular endothelial growth factor A (VEGF-A)-460C/T functional gene polymorphism and renal parenchymal lesions, vesicoureteral reflux and other urinary tract abnormalities in children with a urinary tract infection (UTI).
Methods: VEGF-A-460C/T gene polymorphism was investigated with restriction length polymorphism analysis in 76 children with their first UTI and in 63 controls without infections. Genotype and allele frequencies were compared between children with urinary tract infections and controls and between different groups with UTIs.
Results: The VEGF-A-460C/T genotype frequencies differed significantly between those with and without renal parenchymal lesions in the UTI cohort. Allele C homozygosity was significantly more common in those with renal parenchymal lesions (36.6% versus 8.7%, p=0.007). A separate analysis showed that allele C was associated with lesions compatible with hypodysplasia, rather than with focal ones associated with infections, with an odds ratio of 11.55 and 95% confidence interval of 3.03-43.9 (p=0.0001). No significant differences in genotypes or allele frequencies were found between children with and without reflux or other urinary tract anomalies.
Conclusion: In children with UTIs, C allele polymorphism of the VEGF-A gene was associated with hypodysplastic renal parenchymal lesions, which were possibly congenital and existed before the infection.
Key Notes
This study investigated the role of 460C/T functional polymorphism of the gene encoding for vascular endothelial growth factor-A (VEGF-A) in renal lesions of children with a urinary tract infection (UTI).
C allele polymorphism of the VEGF-A gene in children with UTIs were associated with hypodysplastic renal parenchymal lesions.
It is possible that these were congenital and existed before the UT
Structure and variations of artisanal fisheries catches in Crete
No full textΗ παράκτια αλιεία αποτελεί την κυριότερη μορφή αλιείας στην Ελλάδα. Χαρακτηρίζεται από μεγάλο αριθμό σκαφών, πολυάριθμα εργαλεία, αλιείς που δραστηριοποιούνται σε εκτεταμένη ακτογραμμή και αλιεύματα που πωλούνται κυρίως σε τοπικές αγορές. Όλα αυτά τα χαρακτηριστικά καθιστούν τη διαμόρφωση ενός συστήματος παρακολούθησης και καταγραφής της μικρής κλίμακας αλιείας δύσκολη, αλλά ταυτόχρονα αναγκαία. Η παρούσα μελέτη αποσκοπεί στην αναλυτική περιγραφή της σύνθεσης του αλιεύματος των μανωμένων διχτυών και των παραγαδιών, δηλαδή των δύο κυριότερων αλιευτικών εργαλείων της εμπορικής παράκτιας αλιείας, στο διάστημα των ετών 2018-2023, στο νησί της Κρήτης. Όσον αφορά στα μανωμένα δίχτυα, προσδιορίστηκαν 175 είδη, που άνηκαν σε τέσσερις ταξινομικές ομάδες. Ανά ημέρα αλιείας συλλέχθηκαν κατά μέσο όρο 13,5 κιλά αλιεύματος, εκ των οποίων το 73%-81% κατευθύνθηκε στην αγορά, ενώ το υπόλοιπο 19%-27% απορρίφθηκε πίσω στη θάλασσα. Από το συνολικό αλίευμα, το 77%-91% αποτελούνταν από ενδημικά είδη, ενώ το 9%-23% από ξενικά είδη, ανά ημέρα αλιείας. Όσον αφορά στα παραγάδια, καταγράφηκαν 73 είδη, που κατατάσσονταν σε τέσσερις ταξινομικές ομάδες. Ανά αλιευτικό ταξίδι συλλέχθηκαν 15,5 κιλά συνολικού αλιεύματος κατά μέσο όρο, από τα οποία το 73%-85% εκφορτώθηκε, ενώ το υπόλοιπο 15%-27% δεν έφθασε στην αγορά. Από το σύνολο του αλιεύματος, ανά ημέρα αλιείας, το 95%-99% ήταν ενδημικά είδη και το 1%-5% αποτελούσαν ξενικά είδη. Η επίδραση του βάθους καθώς και οι διακυμάνσεις στην ποσότητα των αλιευμάτων μελετήθηκαν με τη χρήση Γενικευμένων Προσθετικών Μοντέλων (GAMs). Στην περίπτωση των μανωμένων διχτυών, το συνολικό αλίευμα αυξήθηκε με την πάροδο των ετών, εξαιτίας της αύξησης των εκφορτώσεων ξενικών ειδών και κυρίως του εισβολικού Pterois miles.More than 90% of the Greek fleet belongs to small-scale fisheries. This domain is characterised by a
large number of vessels, multiple fishing gears, coastal fishing operations, brief fishing trips and
catches that are regularly sold in local markets. All these characteristics make the setup of a
monitoring system for artisanal fisheries difficult, but at the same time necessary. The present
study aims to describe the catch composition of trammel nets and longlines , which are the two
main fishing gears used in commercial coastal fisheries, during 2018-2023, on the island of Crete.
Regarding the trammel nets, 175 species were identified, consisting of four taxonomical groups. On
average, 13.5 kg were caught per fishing day, of which the 73%-81% was sold in the market, while
the remaining 19%-27% was discarded back into the sea. Of the total catch, 77%-91% were native
species and 9%-23% were alien species. As for longlines, less than half the number of species were
identified compared to trammel nets, with four taxa recorded. On average 15.5 kg were caught per
fishing day, with 73%-85% of the catch being landed and 15%-27% being discarded. Of the total
catch, 95%-99% were indigenous species and 1%-5% were alien species. The effect of depth and
variations in catch volume were analysed using Generalised Additive Models (GAMs). For trammel
nets, the total catch increased over the years, primarily due to the increase in landed alien species,
particularly the invasive lionfish Pterois miles