BICTEL/e - ULg

Mantanus, J\ue9r\uf4me

DE BEER, Thomas

EVRARD, Brigitte

CROMMEN, Jacques

BOULANGER, Bruno

ALBERT, Adelin

HUBERT, Philippe

ZIEMONS, Eric

ROGGO, Yves

New pharmaceutical applications involving Near Infrared spectroscopy as a PAT compliant process analyzer

Mathys, C\ue9cile

VITARO, Franck

BLAIRY, Sylvie

GOOSSENS, Luc

BORN, Michel

GAUTHIER, Jean-Marie

L'influence des pairs sur le d\ue9veloppement des comportements normatifs et antisociaux chez l'adolescent d\ue9linquant/Influence of peers on development of normative and antisocial behavior of delinquent adolescent

Mathijs, Elisabeth

Thiry, Etienne

Daube, Georges

Muylkens, Beno\ueet

Franssen, Christine

Le Pendu, Jacques

De Mol, Patrick

Gillet, Laurent

Desmecht, Daniel

Marlier, Didier

Farnir, Fr\ue9d\ue9ric

Korsak-Koulagenko, Nicolas

Académie universitaire Wallonie-Europe
Université de Liège
Faculté de médecine vétérinaire
Département des maladies infectieuses et parasitaires
Service de virologie vétérinaire et 
maladies virales animales
Département des sciences des denrées alimentaires
Service de microbiologie des denrées alimentaires
Study of recombinant
 human and murine noroviruses 
in natural and experimental conditions
Etude des virus recombinants 
chez les norovirus humains et murins 
en conditions naturelles et expérimentales
Elisabeth Mathijs
Thèse présentée en vue de l’obtention du grade de
Docteur en Sciences Vétérinaires
Année académique 2010-2011
2011
E
l
i
s
a
b
e
t
h
 
M
a
t
h
i
j
s
S
t
u
d
y
 
o
f
 
r
e
c
o
m
b
i
n
a
n
t
 
h
u
m
a
n
 
a
n
d
 
m
u
r
i
n
e
 
n
o
r
o
v
i
r
u
s
e
s
 
i
n
 
n
a
t
u
r
a
l
 
a
n
d
 
e
x
p
e
r
i
m
e
n
t
a
l
 
c
o
n
d
i
t
i
o
n
s
 
 
 
Académie universitaire Wallonie-Europe 
Université de Liège 
Faculté de médecine vétérinaire 
Département des maladies infectieuses et parasitaires 
Service de virologie vétérinaire et maladies virales animales 
Département des sciences des denrées alimentaires 
Service de microbiologie des denrées alimentaires 
 
 
 
 
Study of recombinant human and murine noroviruses 
in natural and experimental conditions 
 
 
Étude des virus recombinants chez les norovirus humains et murins 
en conditions naturelles et expérimentales 
 
 
Elisabeth Mathijs 
 
 
 
Thèse présentée en vue de l’obtention du grade de 
Docteur en Sciences Vétérinaires 
Année académique 2010-2011 
 
  
 
Tout d’abord, je tiens à remercier mon promoteur, le professeur Etienne Thiry, pour m’avoir 
accueilli si chaleureusement dans son laboratoire et de m’avoir soutenu tout au long de la 
thèse. Je vous remercie particulièrement pour la confiance que vous m’accordée me 
permettant de travailler avec une grande autonomie tout m’épaulant dans les moments de 
doute. 
 
J’aimerais aussi remercier mon co-promoteur, le professeur Georges Daube, pour son aide 
précieuse dans les différentes étapes de la réalisation de cette thèse. 
 
Merci à toi, Benoît ! Grâce à tes excellentes aptitudes scientifiques, nous avons pu démarrer 
cette très belle aventure dès ton retour de France. Ton enthousiasme contagieux et ton soutien 
inébranlable m’ont permis de ne pas flancher et de persévérer lorsque rien n’allait plus. 
Aujourd’hui, je chérie l’amitié que nous avons pu nouer au cours de ces deux années de pur 
bonheur scientifique. 
 
J’ai eu la chance de côtoyer des personnes fantastiques pendant les 4 ans ½ passés au B43bis. 
Chacune de ces personnes a contribué à sa façon à la réalisation de ce travail. Je remercie 
toute particulièrement Alex, Ange et Fabi qui représentent bien plus que des collègues pour 
moi aujourd’hui. Je souhaite aussi remercier Axel, Julien, Ana, Damien et William pour leurs 
nombreuses contributions dans le cheminement de cette thèse. Je n’oublierais pas non plus les 
conversations enrichissantes que j’ai pu avoir avec Carlos, Maria et Shaïf lors de leurs 
passages en Belgique. Merci à Emilie, Jessica et Mehdi pour les bons moments passés en leur 
compagnie. J’ai un petit remerciement plus spécial pour Thomas qui a accompli un travail 
toujours impeccable, plus particulièrement lors de la mise au point du système de culture 
MNV. Bien sûr, je ne voudrais pour rien au monde oublier de remercier les superbes équipes 
d’immunologie 1er (Sophie, Céline, Sarah, Bérangère, Béné, Sylvie et Laurent), bis 
(Christelle, Muriel, Hélène, Bérénice, Ping, Anka, Maygane, Benjamin M., Stalin, Guillaume 
et Kristof) et tris (Françoise, Léo et Benjamin D.) ; avec qui j’ai passé des moments 
extraordinaires tant au sein qu’en dehors du laboratoire. Finalement, je souhaite remercier leur 
capitaine, le Professeur Alain Vanderplasschen, pour ses conversations tant passionnantes 
qu’intéressantes à la cafétéria. 
 
 
 
  
 
Autant dire que tout ce travail n’aurait pas pu être possible sans l’intervention d’une équipe 
technique de choc : Domi, toujours prêt à raconter une petite blague ; Lorène, toujours les 
mots qu’il faut ; Choupette, mon petit rayon de soleil ; Cédric et Charles, le duo bricoleur ; 
Antoine, notre SMSeur en série ; et bien sûr François, le comique du service. Je vous remercie 
tous de tout cœur pour votre aide précieuse. 
 
Merci à vous, Xtina et Jessica, pour votre disponibilité et votre bonne humeur à toute épreuve. 
 
Un grand merci au professeur Claude Saegerman et à toute son équipe (Bénédicte, Marie-
France, Sarah, Claire, Ludovic, Jean-Baptiste et Sébastien) pour les collaborations tant 
scientifiques que lucratives. 
 
De plus, j’aimerais remercier toutes les personnes ayant contribuées à la réalisation du travail 
présenté dans cette thèse : Nadine Antoine, Christina Franssen, Marie-Athénaïs de Schaetzen, 
Carine Nezer, Caroline De Backer, Pascale Huynen, Benoît Kabamba. Ook zou ik graag alle 
partners van het NORISK project willen bedanken: Sarah Denayer, Nadine Botteldoorn, 
Katelijne Dierick, Professor Mieke Uyttendaele, Leen Baert, Lieve Herman, Els Vancoillie en 
Ambroos Stals.  
 
Je ne voudrais surtout pas manquer de remercier ma famille, ma belle-famille et mes amis 
pour le soutien et les nombreuses attentions qu’ils m’ont apportés lors de cette dernière ligne 
droite. Je suis consciente que je suis très chanceuse d’être aussi bien entourée. J’ai une pensée 
très particulière pour ma petite Bompi qui nous a quitté l’année dernière et qui me manque 
énormément.  
 
Merci à mon petit mari tout frais pour son soutien, son aide et sa patience. Grâce à toi, j’ai eu 
la chance de pouvoir me consacrer entièrement à mon travail même si cela pouvait empiéter 
pas mal sur notre vie de couple. Je te promets de nous consacrer plus de temps dès à présent. 
 
Je remercie Merial pour leur contribution à l’impression du manuscrit. 
Table of contents 
 
Table of contents 
 
Table of contents ......................................................................................................................... i 
Abbreviation list ......................................................................................................................... ii 
 
Chapter 1: Introduction .............................................................................................................. 2 
 
1.1 Noroviruses .................................................................................................................. 4 
1.1.1 Background .......................................................................................................... 5 
1.1.2 Viral structure and genomic organisation ............................................................ 6 
1.1.3 Taxonomy and classification ................................................................................ 7 
1.1.4 Replication cycle .................................................................................................. 8 
1.1.5 Norovirus infections in humans and animals ....................................................... 9 
In Humans ....................................................................................................................... 9 
In animals ...................................................................................................................... 10 
1.1.6 Epidemiology, transmission and zoonotic potential .......................................... 12 
1.1.7 Diagnosis of norovirus infections ...................................................................... 15 
 
2.1 Norovirus recombination ........................................................................................... 17 
2.1.1 Definitions and general aspects of RNA recombination .................................... 17 
History ........................................................................................................................... 17 
Types of RNA recombination ....................................................................................... 18 
Recombination detection tools ...................................................................................... 19 
Evolutionary advantages of RNA recombination ......................................................... 19 
Constraints on RNA recombination .............................................................................. 20 
2.1.2 Recombination in noroviruses ............................................................................ 21 
 
i 
 
Table of contents 
i 
 
 
Chapter 2: Objectives ............................................................................................................... 22 
 
Chapter 3: Experimental section .............................................................................................. 25 
 
3.1 Study on human norovirus recombination in natural conditions ............................... 26 
3.1.1 Novel norovirus recombinants and GII.4 sub-lineages associated with outbreaks 
between 2006 and 2010 in Belgium ................................................................... 27 
 
3.2 Study of murine norovirus recombination in experimental conditions ..................... 44 
3.2.1 Experimental evidence of recombination in murine noroviruses ....................... 46 
3.2.2 In vivo characterisation of an in vitro generated recombinant murine norovirus ... 
  ............................................................................................................................ 59 
 
Chapter 4: Discussion and perspectives ................................................................................... 74 
 
Chapter 5: Summary – Résumé ................................................................................................ 82 
Summary ............................................................................................................................... 83 
Résumé ................................................................................................................................. 87 
 
Chapter 6: References .............................................................................................................. 91 
Abbreviation list 
Abbreviation list 
 
AIDS: acquired immune deficiency 
syndrome 
BHQ: black hole quencher 
BLAST: Basic Local Alignment Search 
Tool 
BoN(o)V: bovine norovirus 
CaN(o)V: canine norovirus 
Ct: threshold cycle 
Cy3: cyanine dye 3 
DC: dendritic cell 
Dmax: maximum absolute difference 
DMEMc: complemented Dulbecco’s 
modified Eagle’s medium 
DNA: desoxyribonucleic acid 
dpior DPI: days post-infection 
EDTA: ethylenediaminetetraacetic acid 
eIF: translation initiation factors 
ELISA: enzyme-linked immunosorbent 
assay 
EM: electron microscopy 
FAM: 6-carboxyfluorescein 
FBO: foodborne outbreak 
FBVE: Foodborne Viruses in Europe 
FCS: fœtal calf serum 
FeN(o)V: feline norovirus 
GE: gastroenteritis 
GI-V: genogroup I-V 
gRNA: genomic RNA 
GTR: generalised time reversible 
hpi: hours post infection 
HBGA: histo-blood group antigen 
HIV: human immunodeficiency virus 
hpi: hours post-infection 
HuN(o)V: human norovirus 
ICA: infectious centre assay 
ICTV: international committee for 
taxonomy of viruses 
IPH: Institute of Public Health (Belgium) 
LOD: limit of detection 
m.o.i.: multiplicity of infection 
Mj: macrophage 
MLN: mesenteric lymph nodes 
MNV: murine norovirus 
MuN(o)V: murine norovirus 
MUSCLE: Multiple Sequence Alignment 
NoV: norovirus 
NRL FBO: national reference laboratory 
for foodborne outbreaks 
nt: nucleotide 
NTC: non-template control 
N-term: N-terminal protein 
NTPase: nucleoside 5'-triphosphatase 
ORF: open reading frame 
p.f.u. or pfu: plaque forming unit 
P: protruding domain 
pb: pair base 
PBS: phosphate buffered saline 
PhyML: phylogenetic estimation using 
Maximum Likelihood 
Pro: proteinase 
PS: penicillin-streptomycin 
r.p.m.: revolutions per minute 
ii 
 
Abbreviation list 
RdRp: RNA-dependant RNA-polymerase 
Rec MNV: recombinant murine norovirus 
RIVM: Rijksinstituut voor 
Volksgezondheid en Milieuhygiëne -
National Institute of Public Health and the 
Environment 
RNA: ribonucleic acid 
RT-qPCR: reverse transcription- real time 
polymerase chain reaction 
S: shell domain 
SARS: severe acute respiratory syndrome 
sgRNA: subgenomic RNA 
SimPlot analysis: similarity plot analysis 
SNP: single nucleotide polymorphism 
ssDNA: single stranded DNA 
ssRNA: single stranded RNA 
SwN(o)V: swine norovirus 
Tm: melting temperature 
UF: units of fluorescence 
VP: viral protein 
VPg: genome-linked virus protein
ii 
 


Study of recombinant human and murine noroviruses in natural and experimental conditions / \uc9tude des virus recombinants chez les norovirus humains et murins en conditions naturelles et exp\ue9rimentales

MAINJOT, Am\ue9lie

ROMPEN, Eric

MIGONNEY, V\ue9ronique

MARCHANDISE, Emilie

LELOUP, Ga\uebtane

LAMY, Marc

DEJOU, Jacques

ATTAL, Jean-Pierre

SADOUN, Micha\uebl

VANHEUSDEN, Alain

Residual Stress in Veneering Ceramic/ Etude des contraintes r\ue9siduelles dans la c\ue9ramique d'\ue9maillage

Rondeux, M\ue9lanie

Robert, J.L.

Cloots, Rudi

Hatert, Fr\ue9d\ue9ric

Chopin, C.

Vander Auwera, Jacqueline

Fransolet, Andr\ue9-Mathieu

Etude exp\ue9rimentale de la cristallochimie et de la stabilit\ue9 des phosphates \ue0 structure fillowite

Hanot, Charles

SWINGS, Jean-Pierre

SURDEJ, Jean

HABRAKEN, Serge

RAUW, Gr\ue9gor

CHAUVIN, Ga\uebl

COUDE DU FORESTO, Vincent

ACKE, Bram

ABSIL, Olivier

Development of nulling interferometry devices for the detection and characterization of extrasolar planets

Debrus, Benjamin

CECCATO, Attilio

CHIAP, Patrice

VANDER HEYDEN, Yvan

VIAL, J\ue9r\uf4me

Nouvelle m\ue9thodologie pour le d\ue9veloppement de m\ue9thodes chromatographiques

Paul, St\ue9phanie

Stravrianopoulou, Eftychia

Parker, Robert

Famerie, Etienne

Brul\ue9, Pierre

Pirenne, Vinciane

Les cultes de l'\ueele de Cos apr\ue8s le syn\ue9cisme de 366 avant notre \ue8re. Contribution \ue0 l'\ue9tude du fonctionnement du polyth\ue9isme grec

Gomez Bach, Ana Maria

Tunca, 
6nhan

Molist, Miquel

Noiret, Pierre

Breniquet, Catherine

Cruells, Walter

Salanova, Laure

Caracterizaci\uf3n del producto cer\ue1mico en las comunidades neol\uedticas de mediados del VI milenio cal BC: El valle del \uc9ufrates y el valle del Khabur en el Halaf final.

Mauroy, Alexandre

Wehenkel, Louis

Sepulchre, Rodolphe

Gilet, Tristan

Aeyels, Dirk

Angeli, David

Coron, Jean-Michel

Praly, Laurent

On the dichotomic collective behaviors of large populations of pulse-coupled firing oscillators

University of Liège

Not a member yet