Qucosa - Publikationsserver der Universität Leipzig
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    Alternativmethoden zu Tierversuchen zur toxikologischen Bewertung von Kosmetika am Beispiel der Hautsensibilisierung

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    Kosmetische Mittel und deren Inhaltsstoffe dürfen in der EU seit März 2013 nicht mehr an Tieren getestet werden, sodass die Verwendung von Ergänzungs- und Ersatzmethoden in den Vordergrund rückt. In der vorliegenden Arbeit wurde der Ablauf der Hautsensibilisierung dargestellt und die tierexperimentellen Methoden, die für die Bewertung des allergenen Potenzials einer Substanz zur Verfügung stehen, beschrieben. Anschließend wurden die in-silico-, in-chemico- und in-vitro-Methoden zur Bestimmung des hautsensibilisierenden Potenzials von Substanzen vorgestellt und verglichen und Kombinationsmöglichkeiten dargelegt. Dabei wurde auch auf die Bestimmung der Verfügbarkeit der Substanzen in der Epidermis eingegangen

    Assistant platforms

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    A diachronic perspective on citation latency in Wikipedia articles on CRISPR/Cas‑9: an exploratory case study

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    This paper analyzes Wikipedia’s representation of the Nobel Prize winning CRISPR/Cas9 technology, a method for gene editing. We propose and evaluate different heuristics to match publications from several publication corpora against Wikipedia’s central article on CRISPR and against the complete Wikipedia revision history in order to retrieve further Wikipedia articles relevant to the topic and to analyze Wikipedia’s referencing patterns. We explore to what extent the selection of referenced literature of Wikipedia’s central article on CRISPR adheres to scientific standards and inner-scientific perspectives by assessing its overlap with (1) the Web of Science (WoS) database, (2) a WoS-based field-delineated corpus, (3) highly-cited publications within this corpus, and (4) publications referenced by field-specific reviews. We develop a diachronic perspective on citation latency and compare the delays with which publications are cited in relevant Wikipedia articles to the citation dynamics of these publications over time. Our results confirm that a combination of verbatim searches by title, DOI, and PMID is sufficient and cannot be improved significantly by more elaborate search heuristics. We show that Wikipedia references a substantial amount of publications that are recognized by experts and highly cited, but that Wikipedia also cites less visible literature, and, to a certain degree, even not strictly scientific literature. Delays in occurrence on Wikipedia compared to the publication years show (most pronounced in case of the central CRISPR article) a dependence on the dynamics of both the field and the editor’s reaction to it in terms of activity

    A Sustainable Translational Sheep Model for Planned Cesarean Delivery of Contraction‑Free Ewes

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    We evaluated whether the sheep constitutes a useful translational model to evaluate anatomical and surgical aspects of cesarean delivery (CD) from a human medical perspective with the aim of both maternal and neonatal well-being. Our hypothesis was that CD in contraction-free ewes is not associated with major complications. Primary endpoint was the transferability of anatomical conditions and surgical techniques of CD from the ewe to the human. Secondary endpoints were maternal and fetal survival, occurrence of retained fetal membranes, metritis, mastitis, or wound infections. Forty-eight Merino ewes were delivered by CD after 95% gestation (142–144 days). Both ewes and newborn lambs were cared for intensively after the delivery. Ovine uterine anatomy during CD appeared slightly different but comparable to the human uterus. Uterine incisions were mostly performed in the uterine horns, not in the uterine corpus. The ovine uterine wall is thinner than in humans. All ewes survived without any major complications. Seventy-seven (88.5%) out of 87 live-born lambs survived without any complications. The contraction-free ewe constitutes an appropriate and safe model to evaluate anatomical and surgical aspects of CD from a human medical perspective. We present a step-by-step manual for successfully planned cesarean delivery for sheep including the perioperative management illustrated with photographs and a five-minute video. With adequate planning and a reasonable number of staff, it is possible to safeguard both maternal and neonatal survival. This sustainable translational medicine model offers additional potential for the offspring to be used for further research studies (e.g., transgenerational inheritance research)

    Modelling the probability of meeting IUCN Red List criteria to support reassessments

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    Comparative extinction risk analysis—which predicts species extinction risk from correlation with traits or geographical characteristics—has gained research attention as a promising tool to support extinction risk assessment in the IUCN Red List of Threatened Species. However, its uptake has been very limited so far, possibly because existing models only predict a species' Red List category, without indicating which Red List criteria may be triggered. This prevents such approaches to be integrated into Red List assessments. We overcome this implementation gap by developing models that predict the probability of species meeting individual Red List criteria. Using data on the world's birds, we evaluated the predictive performance of our criterion-specific models and compared it with the typical criterion-blind modelling approach. We compiled data on biological traits (e.g. range size, clutch size) and external drivers (e.g. change in canopy cover) often associated with extinction risk. For each specific criterion, we modelled the relationship between extinction risk predictors and species' Red List category under that criterion using ordinal regression models. We found criterion-specific models were better at identifying threatened species compared to a criterion-blind model (higher sensitivity), but less good at identifying not threatened species (lower specificity). As expected, different covariates were important for predicting extinction risk under different criteria. Change in annual temperature was important for criteria related to population trends, while high forest dependency was important for criteria related to restricted area of occupancy or small population size. Our criteria-specific method can support Red List assessors by producing outputs that identify species likely to meet specific criteria, and which are the most important predictors. These species can then be prioritised for re-evaluation. We expect this new approach to increase the uptake of extinction risk models in Red List assessments, bridging a long-standing research-implementation gap

    MuDoGeR: Multi-Domain Genome recovery from metagenomes made easy

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    Several computational frameworks and workflows that recover genomes from prokaryotes, eukaryotes and viruses from metagenomes exist. Yet, it is difficult for scientists with little bioinformatics experience to evaluate quality, annotate genes, dereplicate, assign taxonomy and calculate relative abundance and coverage of genomes belonging to different domains. MuDoGeR is a user-friendly tool tailored for those familiar with Unix command-line environment that makes it easy to recover genomes of prokaryotes, eukaryotes and viruses from metagenomes, either alone or in combination. We tested MuDoGeR using 24 individual-isolated genomes and 574 metagenomes, demonstrating the applicability for a few samples and high throughput. While MuDoGeR can recover eukaryotic viral sequences, its characterization is predominantly skewed towards bacterial and archaeal viruses, reflecting the field's current state. However, acting as a dynamic wrapper, the MuDoGeR is designed to constantly incorporate updates and integrate new tools, ensuring its ongoing relevance in the rapidly evolving field. MuDoGeR is open-source software available at https://github.com/mdsufz/MuDoGeR. Additionally, MuDoGeR is also available as a Singularity container

    Computational Approaches to the Analysis of Political Narratives

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    Narratives are a central device through which humans make sense of and interact with their environment. They are interpretive lenses through which experiences and complex phenomena are simplified and endowed with meaning. In the political context, they are used to affirm and persuade others of one's ideological positions. In light of the contemporary rise in populist rhetoric, the importance of understanding narratives becomes increasingly evident, in particular to better explain democracy-endangering phenomena like polarization and issue alignment. Meanwhile, the rise of digital trace data allows for a large-scale analysis of political narratives that circulate in the public sphere. This requires robust conceptual and computational frameworks, which are currently lacking. The present thesis fills this gap by introducing an operationalization of the concept of narrative that combines computational distant reading with hermeneutical close reading in a framework we call guided close reading. Even though political narratives may not always be explicitly stated in their entirety, textual corpora are full of narrative signals. These signals consist of events, the participating actors, their relationships, and their implied goals and motives. We propose a framework to extract these signals from text using semantic parsing, and systematically re-assemble them as networks in order to make sense of the underlying narratives. This approach is demonstrated using two case studies. First, we analyze the identity-shaping narrative of self-proclaimed climate change skeptics on Reddit. The analysis reveals how the community's identity is narrated through the antagonization of a multi-faceted out-group made of climate science, mainstream media and the political establishment, thereby revealing how climate change skepticism inserts itself into a larger narrative around the loss of individual freedom and conservative values. In a second case study, we investigate the role of narratives in polarization and issue alignment, i.e. the correlation of opinions across issues. On a large corpus of trending topics on Twitter/X, we first show network-structural evidence for ideological polarization and issue alignment across a variety of salient issues such as Covid, Russia's attack on Ukraine, or climate change. In particular, we observe that two types of power users – influencers and multipliers – play a central role in driving this polarization. Analyzing the narratives co-constructed through the tweets reveals the central fault lines in the polarized debates, and more generally offers insights into the different interpretive lenses through which the opposing groups observe political reality. These findings showcase the methodological power of the narrative lens for the analysis of digital traces and are a first approach to developing a framework to enable such analyses at the intersection of distant and close reading.:Introduction 1 Conceptual Foundations 2 Extracting Narrative Signals from Text: A Network-Based Approach 3 Narratives of Group Identity: Climate Change Skeptics on Reddit 4 Narratives and Opinions: Polarization and Issue Alignment on Twitter/X Discussion and Conclusion References AppendixNarrative erfüllen wichtige kognitive Funktionen in der menschlichen Wahrnehmung. Sie sind interpretative Linsen, durch die Erfahrungen und komplexe Phänomene vereinfacht und bedeutungsvoll gemacht werden. Im politischen Kontext können sie benutzt werden, um Meinungen und ideologische Positionen zu festigen und andere von diesen zu überzeugen. Angesichts des aktuellen Anstiegs populistischer Rhetorik spielen Narrative eine immer zentralere Rolle, um demokratiegefährdende Phänomene wie Polarisierung zu beschreiben. Gleichzeitig erlaubt die schiere Menge an digitalen Daten großflächige Analysen politischer Narrative, die in der Öffentlichkeit zirkulieren. Diese Analyse erfordert robuste Methoden, sowohl auf der konzeptionellen als auch auf der maschinellen Ebene. Die vorliegende Arbeit füllt diese Lücke, indem sie eine Operationalisierung des Narrativ-Konzepts darlegt, welche maschinelles distant reading mit hermeneutischem close reading in einem Framework verbindet, das wir guided close reading nennen. Obwohl politische Narrative oft nicht in ihrer Gesamtheit ausgedrückt werden, finden sich in Textcorpora häufig Narrativsignale. Diese Signale bestehen aus Ereignissen und Akteuren, deren Relationen, implizierte Ziele und Motive. Die Methode besteht aus einer systematischen Extraktion dieser Signale durch automatisierte semantische Textanalyse sowie einer anschließenden Aufbereitung dieser Signale als Netzwerke zur Analyse der darunterliegenden Narrative. Dieser Ansatz wird anhand zweier Fallstudien demonstriert. Zunächst analysieren wir identitätsstiftende Narrative von Klimawandelskeptikern auf dem sozialen Medium Reddit. Die Analyse zeigt, wie diese Gruppe ihre Identität durch ein Narrativ erzeugt, in dem Klimawissenschaft, traditionelle Medien und Politik antagonisiert werden. Zudem zeigt sich auf, wie sich das klimawandelskeptische Narrativ in ein übergeordnetes Narrativ über den Verlust individueller Freiheiten und konservativer Werte einfügt. Die zweite Studie erforscht die Rolle von Narrativen in themenübergreifenden Polarisierungsdynamiken. Die strukturelle Analyse eines großen Korpus deutscher Tweets zeigt netzwerkstrukturelle Hinweise, die auf eine starke ideologische Polarisierung hindeuten, insbesondere auf eine themenübergreifende Ausrichtung der Meinungsgruppen im Sinne starker Korrelationen von Meinungen zu verschiedenen Themen wie Covid, Russlands Angriffskrieg in der Ukraine oder dem Klimawandel. Wir beobachten zudem, dass zwei Typen von hochaktiven Benutzern -- Influencer und Multiplier -- eine zentrale Rolle spielen. Eine Analyse der Narrative, die in den ideologischen Camps zirkulieren, deutet auf unterschiedliche interpretative Linsen hin, durch die politische Ereignisse interpretiert werden. Diese Befunde demonstrieren die methodologische Stärke des Narrativ-Ansatzes zur Analyse digitaler Daten und sind ein erster Schritt zur Entwicklung eines Rahmenkonzepts, das solche Analysen an der Schnittstelle zwischen distant und close reading ermöglicht.:Introduction 1 Conceptual Foundations 2 Extracting Narrative Signals from Text: A Network-Based Approach 3 Narratives of Group Identity: Climate Change Skeptics on Reddit 4 Narratives and Opinions: Polarization and Issue Alignment on Twitter/X Discussion and Conclusion References AppendixLes récits sont un outil cognitif essentiel par lequel l'humain interagit et fait sens de son environnement. Ils sont médiateurs d'expériences et permettent de simplifier la complexité d'expériences et de faits politiques. Dans ce contexte, ils peuvent être utilisés comme outil de persuasion afin de propager des positionnements idéologiques. Notamment dans le climat actuel de rhétorique populiste, l'importance de mieux comprendre les mécanismes autour des récits politiques semble d'autant plus urgente, en particulier pour l'analyse de la polarisation d'opinions. Entretemps, l'essor des traces numériques peut permettre des analyses de grande échelle de récits politiques circulant dans l'espace public. Ce type d'analyses demande des méthodes robustes sur le plan conceptuel et computationnel. Cette thèse remplit ce besoin en introduisant une operationnalisation du concept de récit qui combine lecture distante et lecture proche dans un cadre que nous appelons guided close reading. Même si les récits politiques ne sont pas toujours explicitement évoqués dans les traces numériques, nous trouvons des signaux de ces récits dans les corpus textuels. Ces signaux consistent d'évènements, d'acteurs, de leurs relations, et de leurs objectifs. Nous extrayons ces signaux grâce à des méthodes de parsing sémantique et les rassemblons ensuite dans des réseaux actantiels qui permettent d'analyser les récits sous-jacents. Cette approche est démontrée à travers deux cas d'étude. Le premier analyse les récits autour du climatoscepticisme sur la plateforme Reddit. L'analyse révèle comment l'identité de cette communauté est construite grâce à un récit antagonisant la science du climat, les médias et la politique. Ce récit s'insère dans un récit plus large autour d'une perte de valeurs traditionnelles et de libertés individuelles. Le deuxième cas d'étude présente une analyse du rôle de récits dans des dynamiques de polarisation d'opinion en ligne. Dans un large corpus de tweets, nous montrons par l'analyse de réseaux retweet que la twittersphère allemande est fortement polarisée à travers différents sujets politiques comme le Covid, l'invasion de l'Ukraine par la Russie, et le changement climatique. Nous montrons que deux types d'utilisateurs -- influenceurs et multiplicateurs -- jouent un rôle décisif dans ces dynamiques de polarisation. L'analyse des récits circulant dans les groupes d'opinion révèle les points de conflit, et montre comment les mêmes faits politiques sont interprétées de façon différente. Ces résultats démontrent l'apport méthodologique de l'analyse de récits pour l'analyse de traces numériques. Cette thèse est un premier pas vers le développement de méthodes robustes d'analyse à l'intersection de lecture distante et lecture proche.:Introduction 1 Conceptual Foundations 2 Extracting Narrative Signals from Text: A Network-Based Approach 3 Narratives of Group Identity: Climate Change Skeptics on Reddit 4 Narratives and Opinions: Polarization and Issue Alignment on Twitter/X Discussion and Conclusion References Appendi

    Klassenzugehörigkeit in Tunesien: Die urbanen Mittelklassen nach 2011.

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    Moderne Einkaufszentren werden mit Lefebvre als Materialisierung der kapitalistischen gesellschaftlichen Organisation verstanden und als Zugang zur sowie auch als Ausdruck und Ergebnis der Mittelklassenzugehörigkeit im urbanen Raum Tunesiens betrachtet. Mittels eines Mixed-Methods-Ansatz wird die Struktur der endogenen Mittelklassenzugehörigkeit sowie die politische und räumliche Vermittlung ihrer Identifikation beleuchtet und eine objektivierende Berechnung ausgehend von ihrer Kapitalausstattung, Sicherheitsempfinden und Verwundbarkeit durchgeführt. Diskursive und ressourcenbasierte Mittelklassen werden in fünf unterschiedlichen Regionen hinsichtlich ihrer Vorstellungen von Klassen-zugehörigkeit sowie ihrer Ängste, Gesellschaftsbilder und politischer Mobilisierung in zeitlicher Perspektive 2010/2011-2017 untersucht.:Inhaltsverzeichnis Abbildungsverzeichnis III Tabellenverzeichnis V Kurzzusammenfassung VII Abstract VII Danksagung VIII Formale Hinweise IX 1. Einleitung 1 2. Klassenzugehörigkeit in Tunesien 7 2.1 Klasse als Grundbegriff sozialer Ungleichheit 8 2.2 Mittelklassen: Konnotationen und Ansätze 16 2.3 Mittelklassendebatten in Tunesien 28 3. Klassen im urbanen Raum 39 3.1 Alltagspraxis als Zugehörigkeitsanalyse: von Bourdieu zu Lefebvre 40 3.2 Das Einkaufszentrum: Verräumlichte Praktiken des Alltäglichen 42 3.3 Forschungsdesign 54 4. Orte der Befragung 66 4.1 Regionen Tunesiens 68 4.2 Metropolregion Grand Tunis 74 4.3 Nordwestliche Peripherie: El Kef 76 4.4 Zentrale Küstenregion: Sfax 78 4.5 Peripherie im Landeszentrum: Sidi Bouzid 79 4.6 Südliche Küstenregion: Gabès 81 5. Klassenzugehörigkeit: Perspektiven der Mittelklassen 83 5.1 Unsicherheit als Merkmal der Nicht-Zugehörigkeit 83 5.2 Mittelklassenzugehörigkeit durch Absicherung über Familie und Bildung 92 5.3 Mittelklassenzugehörigkeit als gefühlte Normalität 95 5.4 Mittelklassenzugehörigkeit durch Anpassungsfähigkeit 98 5.5 Mittelklassezugehörigkeit trotz angefochtenen sozialen Status 100 5.6 Zwischenfazit: diskursive Mittelklassen 102 6. Quantitative Charakterisierung der diskursiven Mittelklassen 104 6.1 Verhaltenes Konsumverhalten 109 6.2 Soziale Herkunft und Bildung zur Selbstverortung 113 6.3 Diverse Arbeitswelten 120 6.4 Quantifizierung der Kapitalausstattung 123 6.5 Ansätze zur Quantifizierung der Mittelklassenzugehörigkeit 130 6.6 Zwischenfazit: Unsichere Mittelklassen 144 7. Einstellungen und Orientierungsmuster der Mittelklassen 147 7.1 Binnenstruktur der Unsicherheit 148 7.2. Zukunftsängste und Unzufriedenheit 155 7.3 Fehlendes Vertrauen 166 7.4 Gesellschaftsbilder zu Staat und Markt 170 7.5 Mobilisierungserfahrung und Mobilisierungsbereitschaft 179 8. Fazit 192 9. Literaturverzeichnis 198 Anlagen 227 Anlage A: Zusammenfassung 227 Anlage B: Fragebogen – (Französisch und Arabisch) 230Modern shopping centers are understood with Lefebvre as a materialization of capitalist social organization and are approached as an access to as well as an expression and product of middle class affiliation in Tunisian urban space. Using a mixed-methods approach, the structure of endogenous middle class belonging as well as the political and spatial mediation of their identification is explored and an objectification is undertaken based on their capital endowment, sense of security and vulnerability. Discursive and resource-based middle classes are investigated in five different regions in terms of their notions of class membership as well as their anxieties, social perceptions and political mobilization in a temporal perspective 2010/2011-2017.  :Inhaltsverzeichnis Abbildungsverzeichnis III Tabellenverzeichnis V Kurzzusammenfassung VII Abstract VII Danksagung VIII Formale Hinweise IX 1. Einleitung 1 2. Klassenzugehörigkeit in Tunesien 7 2.1 Klasse als Grundbegriff sozialer Ungleichheit 8 2.2 Mittelklassen: Konnotationen und Ansätze 16 2.3 Mittelklassendebatten in Tunesien 28 3. Klassen im urbanen Raum 39 3.1 Alltagspraxis als Zugehörigkeitsanalyse: von Bourdieu zu Lefebvre 40 3.2 Das Einkaufszentrum: Verräumlichte Praktiken des Alltäglichen 42 3.3 Forschungsdesign 54 4. Orte der Befragung 66 4.1 Regionen Tunesiens 68 4.2 Metropolregion Grand Tunis 74 4.3 Nordwestliche Peripherie: El Kef 76 4.4 Zentrale Küstenregion: Sfax 78 4.5 Peripherie im Landeszentrum: Sidi Bouzid 79 4.6 Südliche Küstenregion: Gabès 81 5. Klassenzugehörigkeit: Perspektiven der Mittelklassen 83 5.1 Unsicherheit als Merkmal der Nicht-Zugehörigkeit 83 5.2 Mittelklassenzugehörigkeit durch Absicherung über Familie und Bildung 92 5.3 Mittelklassenzugehörigkeit als gefühlte Normalität 95 5.4 Mittelklassenzugehörigkeit durch Anpassungsfähigkeit 98 5.5 Mittelklassezugehörigkeit trotz angefochtenen sozialen Status 100 5.6 Zwischenfazit: diskursive Mittelklassen 102 6. Quantitative Charakterisierung der diskursiven Mittelklassen 104 6.1 Verhaltenes Konsumverhalten 109 6.2 Soziale Herkunft und Bildung zur Selbstverortung 113 6.3 Diverse Arbeitswelten 120 6.4 Quantifizierung der Kapitalausstattung 123 6.5 Ansätze zur Quantifizierung der Mittelklassenzugehörigkeit 130 6.6 Zwischenfazit: Unsichere Mittelklassen 144 7. Einstellungen und Orientierungsmuster der Mittelklassen 147 7.1 Binnenstruktur der Unsicherheit 148 7.2. Zukunftsängste und Unzufriedenheit 155 7.3 Fehlendes Vertrauen 166 7.4 Gesellschaftsbilder zu Staat und Markt 170 7.5 Mobilisierungserfahrung und Mobilisierungsbereitschaft 179 8. Fazit 192 9. Literaturverzeichnis 198 Anlagen 227 Anlage A: Zusammenfassung 227 Anlage B: Fragebogen – (Französisch und Arabisch) 23

    Evaluation of proline-rich antimicrobial peptides as potential lead structures for novel antimycotics against Cryptococcus neoformans

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    Background: Cryptococcosis and cryptococcal meningitis, caused by Cryptococcus neoformans infections, lead to approximately 180,000 deaths per year, primarily in developing countries. Individuals with compromised immune systems, e.g., due to HIV infection (AIDS) or chemotherapy, are particularly vulnerable. Conventional treatment options are often limited and can cause severe side effects. Therefore, this study aimed to investigate the antifungal effect of insect-derived proline-rich antimicrobial peptides (PrAMPs) against C. neoformans. These peptides are known for their low toxicity and their high efficacy in murine infection models, making them a promising alternative for treatment. Results: A preliminary screening of the minimal inhibitory concentrations (MICs) of 20 AMPs, including the well-known PrAMPs Onc112, Api137, and Chex1Arg20 as well as the cathelicidin CRAMP against the C. neoformans strains 1841, H99, and KN99α revealed promising results, with MICs as low as 1.6 μmol/L. Subsequent investigations of selected peptides, determining their influence on fungal colony- forming units, confirmed their strong activity. The antifungal activity was affected by factors such as peptide net charge and sequence, with stronger effects at higher net charges probably due to better intracellular uptake confirmed by confocal laser scanning microscopy. Inactive scrambled peptides suggest a specific intracellular target, although scanning electron microscopy showed that PrAMPs also damaged the cell exterior for a low proportion of the cells. Possible pore formation could facilitate entry into the cytosol

    Actin-templated Structures: Nature’s Way to Hierarchical Surface Patterns (Gecko’s Setae as Case Study)

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    The hierarchical design of the toe pad surface in geckos and its reversible adhesiveness have inspired material scientists for many years. Micro- and nano-patterned surfaces with impressive adhesive performance have been developed to mimic gecko's properties. While the adhesive performance achieved in some examples has surpassed living counterparts, the durability of the fabricated surfaces is limited and the capability to self-renew and restore function—inherent to biological systems—is unimaginable. Here the morphogenesis of gecko setae using skin samples from the Bibron´s gecko (Chondrodactylus bibronii) is studied. Gecko setae develop as specialized apical differentiation structures at a distinct cell–cell layer interface within the skin epidermis. A primary role for F-actin and microtubules as templating structural elements is necessary for the development of setae's hierarchical morphology, and a stabilization role of keratins and corneus beta proteins is identified. Setae grow from single cells in a bottom layer protruding into four neighboring cells in the upper layer. The resulting multicellular junction can play a role during shedding by facilitating fracture of the cell–cell interface and release of the high aspect ratio setae. The results contribute to the understanding of setae regeneration and may inspire future concepts to bioengineer self-renewable patterned adhesive surfaces

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