231 research outputs found
High confidence and sensitivity four-dimensional fractionation for human plasma proteome analysis.
No full textReducing the complexity of plasma proteome through complex multidimensional fractionation protocols is critical for the detection of low abundance proteins that have the potential to be the most specific disease biomarkers. Therefore, we examined a four dimension profiling method, which includes low abundance protein enrichment, tryptic digestion and peptide fractionation by IEF, SCX and RP-LC. The application of peptide pI filtering as an additional criterion for the validation of the identifications allows to minimize the false discovery rate and to optimize the best settings of the protein identification database search engine. This sequential approach allows for the identification of low abundance proteins, such as angiogenin (10(-9) g/L), pigment epithelium growth factor (10(-8) g/L), hepatocyte growth factor activator (10(-7) g/L) and thrombospondin-1 (10(-6) g/L), having concentrations similar to those of many other growth factors and cytokines involved in disease pathophysiolog
The luminosity function of Lyα emitters at 2.3 < z < 4.6 from integral-field spectroscopy
No full textWe have used Visible MultiObject Spectrograph Integral-Field Unit observations centred on a radio galaxy at z= 2.9 to search for Lyα emitters within a comoving volume of ∼104 Mpc3 . We find 14 Lyα emitters with flux >1.4 × 10−20 W m−2 , yielding a comoving space density of 0.0018+0.0006−0.0005 Mpc−3 . We fit a Schechter luminosity function that agrees well with previous studies both at similar redshift (z∼ 3.4) and higher redshift (z∼ 5.7) . We therefore find no evidence for evolution in the properties of Lyα emitters between 3 < z < 6 , although our sample is small. By summing the star-formation rates of the individual Lyα emitters we find a total cosmic star-formation rate density of ρSFR= 6.7 ± 0.5 × 10−3 M⊙ yr−1 Mpc−3 . Integrating over the luminosity function for the combined Lyα surveys at z∼ 3.4 and accounting for the difference in obscuration between the Lyα line and the ultraviolet-continuum yields an estimate of ρSFR∼ 2.2 × 10−2 M⊙ yr−1 Mpc−3 , in line with previous multi-colour and narrow-band surveys of high-redshift star-forming galaxies. The detection of high-redshift emission-line galaxies in our volumetric search shows that the unique capabilities of wide-field integral-field spectroscopy are well suited to searching for high-redshift galaxies in a relatively unbiased manner
De moord op de Breukelse herbergier Cornelis Arisz Bosch, 1687
No full textCornelis Arisz Bosch, herbergier van De Keyserskroon in het dorp Breukelen, overleed op 30 maart 1687 overleed aan de messteken die hij in de avond van de vorige dag in zijn herberg had opgelopen. Bij die gebeurtenis in de herberg waren verscheidene getuigen
aanwezig, die hadden gezien dat hun dorpsgenoot Jan Gertsen (Gerritsz) Spijcker de herbergier met een mes verwondd
Bioinformatics applications in proteomics data analysis
No full textIn this thesis, I detail my 4-year efforts in developing bioinformatics tools and algorithms to
address the growing demands of current proteomics endeavors, covering a range of facets
such as large-scale protein expression profiling, charting post-translation modifications as
well as protein-protein interactions
Multiplexed proteomics mapping of yeast RNA polymerase II and III allows near-complete sequence coverage and reveals several novel phosphorylation sites.
No full textThe multisubunit RNA polymerases (Pols) II and III synthesize mainly eukaryotic mRNAs and tRNAs, respectively. Pol II and Pol III are protein complexes consisting of 12 and 17 subunits. Here we analyzed both yeast Pol II and Pol III by multiplexed mass spectrometric analysis using various proteases and both collision induced and electron transfer dissociation. The cumulative data obtained from using the various proteases (trypsin, chymotrypsin, Glu-C and Lys-C) and the two peptide fragmentation approaches allowed us to map nearly the complete sequences of all constituents of both Pol II and III. Notably, chymotrypsin behaved equally well as and in certain circumstances better than trypsin in the context of protein coverage. Although the available high resolution structures have exposed extensive mechanistic insights into transcription, the role of post-translational modification in these processes has been addressed to a lesser extent. In our analysis of Pol II and III we detected 19 phosphorylation sites, of which 12 have not been previously reported. Identified phosphosites were mapped on the Pol II structure which provided indications that they might play a role in regulating the conformation of the clamp region and, as a consequence, interaction of Pol II with nucleic acids. The described multiplexed proteomics approach is generic and reveals that it is possible to map a protein complex to near completion while applying less than 5 mug (approximately 10 pmol) of total starting material
Uitloging en Verspreiding vanuit Depots: Overzicht resultaten 2004 en 2005 en doorkijk naar 2006
No full textIn 2004 is gestart met het project Uitloging en Verspreiding uit Depots (UVD). Uitloging betreft het uittreden van verontreinigingen uit het baggerspeciedepot en verspreiding is vervolgens de verplaatsing van de verontreinigingen in het watervoerend pakket. Aanleiding voor het project zijn de ervaringen bij gerealiseerde baggerspeciedepots en de resultaten van wetenschappelijk onderzoek, die aangeven dat uitloging en verspreiding uit depots achterblijven bij de in het huidige beleid (o.a. Beleidsstandpunt Verwijdering Baggerspecie) gedane aannamen. De resultaten van het UVD-project zijn gerapporteerd in rapporten met een sterke technisch inhoudelijk karakter die met name bedoeld zijn voor specialisten. Deze samenvatting is bedoeld om de resultaten van het UVD-project en de toepassing van deze resultaten voor een breder publiek van ‘nietspecialisten’ toegankelijk te maken. Het UVD-project heeft drie hoofddoelstellingen: 1. Het verkrijgen van beter inzicht in de daadwerkelijke uitloging en verspreiding uit baggerspeciedepots op basis van metingen bij bestaande baggerspeciedepots. Met deze nieuwe inzichten kan in de toekomst de berekening van uitloging en verspreiding uit depots met behulp van modellen met minder onzekerheden plaatsvinden. Tevens kan monitoring van uitloging en verspreiding (t.b.v. nazorg van een depot) gerichter en kostenefficiënter plaatsvinden. 2. Opstellen van een voorstel voor een nieuw toetsingskader voor grondwater, oppervlaktewater en monitoring. Dit gebeurt aan de hand van de (meet)resultaten van het UVD-project en de meest recente beleidsontwikkelingen op het gebied van (water)bodem. Met het nieuwe toetsingskader kan de mogelijke uitloging en verspreiding uit depots beter worden getoetst en beoordeeld. Het is de bedoeling dat dit nieuwe toetsingskader het toetsingskader uit het Beleidsstandpunt verwijdering baggerspecie gaat vervangen. 3. Het communiceren van de nieuwe inzichten met betrekking tot uitloging en verspreiding uit baggerspeciedepots naar de maatschappij om de burgers beter inzicht te bieden in de werkelijke risico's van baggerspeciedepots
Landscape architecture between politics and science : an integrative perspective on landscape planning and design in the network society
No full textThis thesis examines the typical nature of design thinking, which is compared and contrasted with scientific and political thinking. A theretical framework is formulated and applied to landscape planning and design. During the 20th century the established operational orientation in landscape architecture was accompanied by an emerging strategic design approach, referred to as 'research by design'. Two cases of large scale landscape planning and design in the netherlands are given in this publication: the restructuring of sandy soil areas programme and the Stork Plan for Rhine-Meuse floodplain in the central belt of the Netherland
Gedragsverandering via campagnes. Literatuuronderzoek in opdracht van Dienst Publiek en Communicatie
No full textGedragsverandering via campagnes. Literatuuronderzoek in opdracht van Dienst Publiek en Communicatie
No full text- …
