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Comparison of quantitative real time PCR with Sequencing and ribosomal RNA-FISH for the identification of fungi in Formalin fixed, paraffin-embedded tissue specimens
No full textBackground: Identification of the causative agents of invasive fungal infections (IFI) is critical for guiding antifungal therapy. Cultures remain negative in a substantial number of IFI cases. Accordingly, species identification from formalin fixed, paraffin embedded (FFPE) tissue specimens by molecular methods such as fluorescence in situ hybridisation (FISH) and PCR provides an appealing approach to improve management of patients. Methods: We designed FISH probes targeting the 28S rRNA of Aspergillus and Candida and evaluated them with type strains. Fluorescence microscopy (FM), using FISH probes and quantitative broadrange fungal PCR targeting the rRNA gene were applied to FFPE tissue specimens from patients with proven IFI in order to explore benefits and limitations of each approach. Results: PCR followed by sequencing identified a broad spectrum of pathogenic fungi in 28 of 40 evaluable samples (70%). Hybridisation of FISH probes to fungal rRNA was documented in 19 of 40 tissue samples (47.5%), including 3 PCR negative samples with low fungal burden. The use of FISH was highly sensitive in invasive yeast infections, but less sensitive for moulds. In samples with hyphal elements, the evaluation of hybridisation was impaired due to autofluorescence of hyphae and necrotic tissue background. Conclusions: While PCR appears to be more sensitive in identifying the causative agents of IFI, some PCR negative and FISH positive samples suggest that FISH has some potential in the rapid identification of fungi from FFPE tissue samples
Methodology and Ontology. The Problem of Causal Ascription in Weberian Theory
No full textEs soll die Frage geprüft werden, ob Webers Modell kausaler Zurechnung - die von G. Radbruch und J. v. Kries übernommene Theorie der objektiven Möglichkeit und adäquaten Verursachung - mit denjenigen Elementen neukantianischen Denkens, die Weber von H. Rickert übernimmt, kompatibel sind. Dazu werden die Grundzüge der Philosophie und Begriffsbildungslehre Rickerts entwickelt. Eine Analyse von Webers Übertragung der juristischen Kausaltheorie auf das Feld der Kulturwissenschaften zeigt sodann die Schwierigkeiten auf, die Weber bei der Integration dieses kontrafaktisch verfahrenden Kausalmodells in seinen neukantianischen Bezugsrahmen überwinden muß. Dabei vertreten wir die These, daß Weber, will er mit 'objektiven Möglichkeiten' arbeiten, das Explanandum der Forschung, das 'historische Individuum', mit Hilfe einer Referenztheorie für Eigennamen bestimmen muß. Anhand der Diskussion des Referenzproblems wird gezeigt, daß Weber über eine solche, von Rickerts Begriffsbildungslehre abweichende Eigennamentheorie implizit verfügt. Die Rekonstruktion dieser möglichen Lösung des Referenzproblems macht aber auch deutlich, daß die zur Anwendung der Theorie der objektiven Möglichkeit notwendige Bestimmung des Explanandums durch einen Eigennamen einen Wirklichkeitsbegriff erfordert, der die transzendentalistische Wirklichkeitsauffassung des Neukantianismus unterläuft.
Author Correction: Genetic Factors and Genotype-Environment Interactions Contribute to Variation in Melanin Production in the Fungal Pathogen Cryptococcus neoformans (Scientific Reports, (2018), 8, 1, (9824), 10.1038/s41598-018-27813-3)
No full textAn amendment to this paper has been published and can be accessed via a link at the top of the paper. © 2021, The Author(s)
TB or not TB - persistent cough, fever and night sweats in a 46-year-old traveler returning from South America
No full textUngewöhnlicher Fall einer isolierten pulmonalen Kryptokokkose bei einem immunkompetenten Patienten
No full text
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