1,720,979 research outputs found
PTML model for proteome mining of B-cell epitopes and theoretical–experimental study of Bm86 protein sequences from Colima, Mexico
No full textIn this work, we developed a general perturbation theory and machine learning method for data mining of proteomes to discover new B-cell epitopes useful for vaccine design. The method predicts the epitope activity εq(cqj) of one query peptide (q-peptide) under a set of experimental query conditions (cqj). The method uses as input the sequence of the q-peptide. The method also uses as input information about the sequence and epitope activity εr(crj) of a peptide of reference (r-peptide) assayed under similar experimental conditions (crj). The model proposed here is able to classify 1 048 190 pairs of query and reference peptide sequences from the proteome of many organisms reported on IEDB database. These pairs have variations (perturbations) under sequence or assay conditions. The model has accuracy, sensitivity, and specificity between 71 and 80% for training and external validation series. The retrieved information contains structural changes in 83 683 peptides sequences (Seq) determined in experimental assays with boundary conditions involving 1448 epitope organisms (Org), 323 host organisms (Host), 15 types of in vivo process (Proc), 28 experimental techniques (Tech), and 505 adjuvant additives (Adj). Afterward, we reported the experimental sampling, isolation, and sequencing of 15 complete sequences of Bm86 gene from state of Colima, Mexico. Last, we used the model to predict the epitope immunogenic scores under different experimental conditions for the 26 112 peptides obtained from these sequences. The model may become a useful tool for epitope selection toward vaccine design. The theoretical–experimental results on Bm86 protein may help the future design of a new vaccine based on this protein
EVALUACIÓN IN VITRO DEL POTENCIAL HEMOLÍTICO Y FOTOHEMOLÍTICO DE ORGANOFOSFORADOS MEDIANTE EL MÉTODO ALTERNATIVO RBC
No full textEvaluacion de la irritabilidda y fototoxicidad de ognaofosforados mediante l emtodo de RB
Predicción Teórica de la actividad antigenica de los epitopos lideres pertenecientes a las proteínas de superficie de Trypanosoma cruzi mediante IEDB
Get PDFEl siguiente trabajo propone una metodología para identificar los epítopos líderes
pertenecientes a las proteínas de superficie de los diferentes estadios delTrypanosoma cruzi con el fin de diseñar una vacuna que permita disminuir la tasa de propagación y prevalencia de esta enfermedad empleando técnicasbioinformáticas.
El estudio fue financiado por el proyecto PRODEP “Trypanosoma cruzi es un parásito que transmite la enfermedad de chagas, la cual
se encuentra entre la lista de enfermedades infecciosas en riesgo de propagación.
La organización Mundial de la salud (OMS) reporta que un estimado de entre 6 - 7 millones de personas portan la enfermedad alrededor del mundo siendo América
Latina la más afectada. Se realizo una prediccion con el programa IEDB para seleccionar los 10 epitopes mas inmunogenicos a partir de las 13 proteínas antigénicas del parásito para diseñar una vacuna contra T CruziProtecto de ANPTC de la Secretaria de Educación publica
Evaluación de las vacunas tcg2y
tcg4 sobre las células de memoria central y efectos de ratones infectados conTrypanosoma cruzi
Identificación de polimorfismo del gen Bm86 de especímenes de Rhipicephalus microplus recolectados en el Estado de Zacatecas, México
No full textEl presente trabajo permitió observar el polimorfismo en la secuencia de la proteína Bm86 de garrapatas R. microplus muestreadas en el estado de Zacatecas, notando que existe una población heterogénea con porcentajes significativos de diversidad en la secuencia de aminoácidos, con respecto a la cepa vacunal (Yeerognpilly).
El 50% de las secuencias obtenidas resultaron únicas, es decir, no comparten las mismas sustituciones con las reportadas en la base de datos del NCBI.
Hay presencia de garrapatas cuya secuencia comparte una similitud del 99.9% con aisaldos de Tailandia, lo cual refuerza la idea sobre la diversidad genotípica de R. microplus en la República Mexicana.
Se observó que las secuencias con mayor porcentaje de diversidad, también mostraban diferencias importantes en la predicción de epítopos. Nuevamente las secuencias con un porcentaje de similitud alto con los aislados de Tailandia, mostraron la ausencia de un péptido con predicción a ser antigénico en la secuencia Yeerongpilly.
En la predicción del perfil hidrofílico, todas las secuencias mostraron la presencia de péptidos con distinta naturaleza hidropática.La garrapata Rhipicephalus microplus es un ectoparásito presente en el ganado bovino alrededor del mundo. En la industria ganadera, representa una de las principales causas de pérdidas económicas, se estima un déficit anual de 2 billones de dólares en Latinoamérica. Adicionalmente, es vector de enfermedades como Babesiosis y Anaplasmosis, generando un efecto secundario en el hospedero. En Zacatecas se ha reportado la presencia de R. microplus en 17% del ganado registrado en esa entidad, mientras que el estimado total propone que al menos
50% del ganado bovino está infestado por esta garrapata. Los métodos de control tradicionales para el parasitismo de R. microplus incluyen el uso de acaricidas químicos y en las últimas décadas, la vacunación basada en la proteína Bm86. Sin embargo, distintos reportes han evidenciado poblaciones de garrapatas resistentes a acaricidas y una baja efectividad de las vacunas comerciales
The limbic system as a neuroanatomical link between obesity and depression. Neuroimaging findings
Get PDFIt has been described high comorbidity between depression, therefore, it becomes interesting to explore the activity of brain structures common to both conditions through neuroimaging studies. Objectives. First - to identify neuroimaging structures concerning to morbid obesity and mayor depression disorder. Second - to analyze the common structures to both conditions. Methodology. Articles were searched in Pubmed and Science databases with the following keywords: MRI (magnetic resonance imaging) obesity, mayor depression disorder, depression and brain activity; with publication dates from 2007 to 2021, no review articles were considered. Obesity has a very high comorbidity with depression. In both pathologies the activation of prefrontal cortex, putamen and insula is altered. These neuroanatomical structures are part of the reward system, so the response to hedonic stimuli is mediated by them and altered in obesity and depression.INSK KELLOGG COMPANY 4843/2019
EVALUACION DEL EFECTO DEL DISRUPTOR ENDOCRINO DIOXINA SOBRE MARCADORES CELULARES Y MOLECULARES DEL SISTEMA REPRODUCTOR INMUNE Y NERVIOSO
Get PDFES UNA TESIS DE DOCTORADO SOBRE DIOXINAS DEL PROGRAMA DE DOCTORADO EN CIENCIAS AGROPECUARIAS Y RECURSOS NATURALESLos químicos disruptores endocrinos (EDC) son compuestos que alteran la estructura y función del sistema endocrino y pueden estar contribuyendo a trastornos de los sistemas reproductivos, metabólicos, neuroendocrinos y otros sistemas complejos. Las dioxinas es una clase de contaminantes ampliamente diseminados en todo el ambiente y causan efectos tóxicos a altas dosis demostrada en varias especies. La exposición de animales de laboratorio causa muchas formas de toxicidad, como hepatotoxicidad, inmunosupresión e infertilidad. Se realizó un ensayo de toxicidad subaguda con el disruptor endocrino 2,3,7,8- tetraclorodibenzo-p-dioxina (TCDD) en conejos adultos machos de Nueva Zelanda (n = 30) y ratones CD1 machos adultos (n = 30) con tres dosis bajas para simular la realidad de la exposición a este compuesto ( 0.375, 0.75 y 1.5 μg / kg). Los resultados de este trabajo muestra una disminución del peso corporal en ratones y conejos adultos sin afectar significativamente el peso de testículos, hígado y bazo. Las enzimas aspartato aminotransferasa (AST) y la alanina aminotransferasa (ALT) muestran una variación significativa en los grupos tratados con respecto al control. Se evidencia efectos significativos en la motilidad y la malformación de los espermatozoides. Se determinó la citotoxicidad y la apoptosis de los espermatozoides y los linfocitos de bazo e hígado mediante 7AAD y Anexin V usando citometría de flujo. Estas evaluaciones muestran un aumento de la citotoxicidad y una disminución de la apoptosis en las células de hígado y bazo. Eso se corroboró en las alteraciones presentadas en el análisis histopatológicos de testiculo, hígado, bazo y sistema nervioso. Concluyendo que la exposición a las dosis bajas de TCDD causa efectos negativos en los órganos analizados en ambas especies.UAEME
EVALUACIÓN DE LA ACTIVIDAD ANTIOXIDANTE DEL EXTRACTO ACUOSO DE CILANTRO (Coriandrum sativum L) EN LA DIETA DE CONEJOS SOBRE LA VIDA DE ANAQUEL DE LA CARNE
Get PDFEl objetivo de este trabajo fue evaluar el efecto de la adición de extracto acuoso de cilantro (EAC) en la dieta de conejos y su actividad antioxidante sobre la vida de anaquel de carne de conejo.La utilización de antioxidantes naturales como el cilantro que contiene flavonoides, polifenoles, taninos y carotenos dándole su capacidad antioxidante. El objetivo de este trabajo fue evaluar el efecto de la adición de extracto acuoso de cilantro (EAC) en la dieta de conejos y su actividad antioxidante sobre la vida de anaquel de carne de conejo.
El extracto acuoso se elaboró a razón 1:8 de hoja de cilantro y agua potable, se destinaron 84 gazapos de 28.7 ± 0.21 días de edad de cruzamientos terminales de las razas Nueva Zelanda blanco y Chinchilla para la engorda en 5 semanas. El diseño experimental fue completamente al azar donde los tratamientos fueron T1= 8.4 ml de agua, T2= 4.2 ml de agua + 4.2 ml de EAC y T3= 8.4 ml de EAC y las variables fueron características físicas (pH, Temperatura) y la evaluación de la actividad antioxidante (CAT y GPx) de la carne fresca, a los 0,3,6 y 9 días de vida de anaquel, mediante pruebas enzimáticas.
El uso del EAC no influyó en los parámetros productivos, características de la canal y características físicas dando mejores resultados en la adición de EAC en la dieta de conejos en finalización que contribuye a incrementar la vida de anaquel al disminuir su oxidación.SIyEA-UAE
Evaluación de la actividad probiótica de aislados de bacterias ácido lácticas de trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss).
Get PDFEn este trabajo se presenta una alternativa al control de pat genos para el cultivo de trucha arco ris. A partir del dise o de un probi tico de bacterias del g nero Lactobacillus con significativa sensibilidad a antibi tico y alta capacidad antagonista contra diferentes g neros de Aeromonas, que sea amigable con la microbiota y seguro para el consumo
EVALUACIÓN DEL EFECTO DEL GEN CII-6 DEL ALACRÁN Centruroides limpidus EN CÉLULAS DE NEUROBLASTOMA HUMANO (SH-SY5Y)
Get PDFTesis de grado de maestría del programa de Maestría en Ciencias Agropecuarias y Recursos Naturales de la UAEM, dentro de la linea de investigación de biotecnología.Durante los últimos años el cáncer y sus diversos tipos han surgido como una de las principales causas de mortalidad en el mundo, de acuerdo con las recientes estadísticas del Global Burden of Disease Cancer Collaboration, en 2017, hubo 24.5 millones de incidencias de cáncer en todo el mundo, de las cuales 9.6 millones se traducen en muertes causadas por el mismo (Fitzmaurice et al., 2019); Aunado a esto, hay evidencia de que en México durante el periodo de 2011-2016, aproximadamente 50% de las muertes observadas fueron por tumores malignos en la población de 0-17 años, donde se tiene como segundo lugar de importancia el cáncer de encéfalo y otras partes del sistema nervioso central, entre las cinco principales causas de mortalidad por neoplasias malignas. Asimismo, en este sector de la población, son más comunes los tumores cerebrales que no se extienden fuera del cerebro o a la médula espinal, dentro de los que se destacan está el neuroblastoma, el tumor sólido extracraneal más frecuente durante la infancia (Instituto Nacional de Estadística y Geografía [INEGI], 2018; Szewczyk, 2018); Por otro lado, con lo que respecta al tratamiento del neuroblastoma, el uso de métodos convencionales para erradicarlo, basados en quimioterapia, radioterapia y cirugía, han mostrado efectos secundarios que influyen sobre la calidad de vida del paciente durante el tratamiento y una vez finalizados causando daños irreversibles (Secretaría de Salud., 2010); debido a esto es necesaria la búsqueda de alternativas que pueden ser de origen natural y a su vez tener mayor éxito para erradicarlo.
Con la finalidad de mejorar lo anterior, se ha iniciado el aprovechamiento de recursos naturales que puedan atacar a las células cancerosas con éxito, ya que como lo menciona Khusroa et al., (2018) dentro de los agentes anticancerígenos descritos en las terapias dirigidas, los péptidos de los venenos animales como el alacrán. han creado un enorme interés para usarse como modelos para diseñar nuevos fármacos anti-cáncer eficaces, ya que se ha demostrado que el veneno de alacrán de algunas especies pueden inhibir el crecimiento de varios tipos de líneas celulares cancerosas, y sólo unas pocas toxinas son responsables de estos efectos anticancerígenos ejerciendo su acción por tres diferentes mecanismos: 1) el bloqueo de un canal iónico específico (Jäger et al., 2004); 2) inhibir la invasión de células de cáncer de unión a un sitio específico (diferente de un canal de iones) en la membrana plasmática (Deshane et al., 2003); 3) la activación de vías intracelulares que inducen apoptosis (Gupta et al., 2010).
De acuerdo a lo anterior existen reportes donde el veneno de alacrán es empleado para inducir muerte en células cancerosas in vitro e in vivo, por lo tanto, la opción que se propuso en esta investigación fue el uso de la fracción CII-6, una toxina que constituye el veneno de alacrán, de la especie Centruroides limpidus, dicha fracción, es una neurotoxina que inhibe la sinapsis neuronal mediante el bloqueo de canales iónicos, específicamente los de sodio; Anteriormente, la fracción CII-6 ha demostrado la capacidad de inducir muerte celular en líneas celulares cancerosas, dentro de las cuales se incluyen adenocarcinoma de cérvix uterino (HeLa) y carcinoma hepatocelular (HuH-7), (Rosas-Aguilar, 2016; Desales-Salazar, 2016); Por lo tanto, considerando que el neuroblastoma es un tumor que se origina a partir de células derivadas de la cresta neural, que son precursoras del sistema nervioso simpático y que a su vez presenta una sobreexpresión de los canales de sodio (Hernández-Plata, 2012), se sugiere que el efecto citotóxico de la fracción CII-6 sobre la viabilidad de estas células sea mayor a lo que se ha reportado anteriormente.
Para su evaluación, se empleó el plásmido pDream2.1/MCS/CII-6, en el que fue ensamblada la secuencia del gen CII-6 (Contreras-Ortiz et al., 2016), cuya secuencia genética de 316 pares de bases esta reportada en la base de datos GenBank con número de acceso AF491132 (National Center for Biotechnology Information [NCBI], 2018); El plásmido fue transfectado en la línea celular de Fibroblastos Embrionarios de Ratón (NIH/3T3), células que fungieron como
10
productoras de la fracción CII-6; una vez identificada la transcripción de la fracción CII-6 en estas, el medio de las células productoras denominado como “condicionado”, fue recolectado, filtrado y aplicado como tratamiento a la línea celular de Neuroblastoma Humano (SH-SY5Y) con la finalidad de evaluar el efecto de la fracción CII-6 sobre la viabilidad celular. Por otro lado, también se analizaron las ventajas, desventajas y sus posibles mejoras a largo plazo. El gen CII-6, se transcribe de forma correcta al ser transfectado en la línea celular NIH/3T3 de fibroblastos embrionarios de ratón y mediante ensayos de viabilidad se determinó que no ejerce un efecto sobre la viabilidad de células no cancerosas.
En las líneas celulares de glioblastoma (U-87) y neuroblastoma (SH-SY5Y) humano la subfracción CII-6 induce un efecto de reducción de viabilidad. El tratamiento mostro una mayor eficiencia cuando se administró en una concentración del 25% con un periodo de incubación de 24 horas en la línea celular SH-SY5Y. Por otro lado, en la línea celular U-87 se observó un mayor efecto inducido por la subfracción CII-6 en comparación con el observado en la línea celular SH-SY5Y en 72 horas de incubación, administrando a una concentración del 100% la subfracción CII-6.SIAE-UAEM
Registro 6224/2020CI
PRODUCCIÓN DE VACUNAS CONTRA GARRAPATAS ELABORADAS CON ANTÍGENOS BM86 ESPECÍFICOS DE LAS CEPAS DE R. microplus DE MÉXICO
Get PDFTesis de doctorado de Saúl Gabriel Martínez Arzate. Se tiene intenciones de que el contenido participe en una patente.Rhipicephalus microplus (antes conocida como Boophilus microplus), ha sido combatida por más de 60 años en nuestro país mediante la aplicación de tratamientos garrapaticidas sobre el cuerpo de los bovinos, sin embargo, la aparición de garrapatas resistentes y multirresistentes a los distintos químicos es un problema creciente. Un Método alternativo para combatir a la garrapata es el inmunológico, tal es el caso de una vacuna comercial basado en antígeno del intestino medio de la garrapata denominado como Bm86. Esta vacuna ha sido probada en campo con un éxito aceptable. Sin embargo, variaciones en la secuencia de aminoácidos mayores al 3% en comparación con el antígeno vacunal, parecen afectar la efectividad de la misma. La que efectividad de esta vacuna parece estar sujeta a la prevalencia de los diferentes genotipos de Bm86 en las distintas regiones geográficas del mundo. No se conoce la variabilidad del gen Bm86 en México, tampoco se ha hecho un estudio sobre como estas variantes impactan en la antigenicidad de la molécula. Conocer dicha información, podría ayudar a proponer candidatos vacunales más específicos. En el presente trabajo aislamos y secuenciamos el gen Bm86 de ejemplares de R. microplus provenientes de 10 localidades distintas del país, las secuencias obtenidas fueron sometidas a análisis moleculares para identificar los haplotipos circulantes en México. Se encontraron un total de 64 haplotipos en un total de 125 secuencias mexicanas. Los promedios de identidad para dicha secuencia se mantuvieron entre 99 y 98.5% en sus cadenas de nucleótidos y aminoácidos respectivamente. Los porcentajes de divergencia en la cadena de aminoacidos entre la cepa vacunal de referencia Yeerongpilly y nuestros aislados, oscilo entre 3 y 7.4%, en tanto que, la comparación con secuencias reportadas para otras partes del mundo, los valores más bajos de divergencia con nuestras secuencias se observaron en los reportes texanos (1-2.2%). Adicionalmente, en este trabajo, desarrollamos un modelo de la teoría de las perturbaciones capaz predecir la propensión de un péptido de ser más, o menos antigénico después de una perturbación. Dicho modelo fue capaz de clasificar más de 26,112 casos de perturbaciones en péptidos provenientes de 14 secuencias del estado de Colima, México. Posteriormente, el modelo se aplicó a las 125 secuencias mexicanas. El modelo tiene una sensibilidad del 71% y especificidad del 80% para las series de entrenamiento y validación respectivamente. Con este modelo se predijo el impacto en la inmunogenicidad de cada péptido debido a la variación de dichas secuencias, lo que nos permitió proponer 3 secuencias consenso que reúnen toda la información de los epítopos lineales para células B como los candidatos vacunales más específicos para México.A la UAEM y FESE Por el apoyo y financiamiento al proyecto de investigación No. 3378/2013E “Producción de vacunas contra garrapatas elaboradas con antígenos Bm86 específicos de las cepas de Rhipicephalus microplus de México.” y No. 3775/2014/CIC "Análisis de la variabilidad genética del gen Bm86 de poblaciones de Rhipicephalus microplus de ganado bovino de la República Mexicana para encontrar los epítopes más comunes para el desarrollo de una vacuna efectiva contra los diversos fenotípos existentes en nuestro país." financiados por la Fundación Educación Superior Empresa (FESE) y la Universidad Autónoma del Estado de México, respectivamente, para el desarrollo y culminación del presente trabajo. Al Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACyT) Por la beca proporcionada durante el periodo de estudios del Doctorado en Ciencias Agropecuarias y Recursos Naturales
- …
