1,721,254 research outputs found
Lettera
No full textLettera pubblicata su rivista scientifica generalista a diffusione nazionale [Le Scienze. Aprile 1996; 332:8]
Application of Interactive Motion Charts for Displaying Liver Transplantation Data in Public Websites
No full textIn the past several years a vast amount of digital information has become available in every field of science, and ideas to apply improved strategies for obtaining a more in-depth knowledge of the data are considered in many areas. Although several American and European organizations show regularly in their public websites the aggregated results of organ donation and transplantation, no tools are provided to engage with the final users and to enable them to handle these data. In this study, a new model of Web-based interactive motion charts was applied to aggregated liver transplantation data obtained from a consecutive 28-year series of liver transplantation performed in a single Italian center. The interactive charts were obtained by combining the Google visualization application programming interface and the googleVis package within the open source statistical environment R. The interactive charts may be embedded into online/offline Web pages and rendered in each common browser. The users may interact with the charts by selecting chart type (bubble, bar, or line chart), x- and y-axis scales (linear or logarithmic), variables, bubble size, color, and even changing opacity of unselected items. Moreover, the charts may dynamically display the trend over time of each continuous/categoric variable, allowing users both to trace how the lines changes over time and to control the animation speed. The interactive motion charts should be used in the public websites that manage aggregated data concerning organ donation and transplantation
Impact of the Italian Continuing Medical Education program on the research production of a transplantation center: a preliminary analysis.
No full textIn Italy, a Continuing Medical Education (CME) program that engages about one million health professionals involved with different roles in National Health Service (physicians, nurses, biologists, pharmacologists, psychologists, veterinarians, technicians, etc) became officially mandatory on January 1, 2008. In Italy, the traditional form of acquiring CME credits is to attend lectures and conferences, while the main structured online service was dismissed in November 2008. The Italian Ministry of Health required health professionals to obtain 50 credits/y, with no obligation toward scientific production. In this study, we have preliminarily evaluated the potential impact of a compulsory CME program on the research production of our transplantation center. We selected the research products published by surgeons (n = 10) and university researchers (n = 2) who were on duty in our center from 1995 to 2007. For this period, PubMed returned 89 research products with at least one surgeon/researcher of our center as author/coauthor. The mean number of published research products/y was 6.84 +/- 4.5. The number of expected research products for 2008 and 2009 on the basis of a time series analysis applied to the period 1995 to 2007 was 12.35 and 12.91, respectively. A search in PubMed restricted to 2008 and 2009 (from January 1 to November 23) returned in both years eight research products. Considering that in our center there was no increase in volume activities or changes in whole working processes, it seems reasonable to assume that the new compulsory, time-consuming Italian CME program may have played a role in the decline of scientific production. A systematic monitoring should be started with the aim to investigate the potential impact of the Italian CME program on biomedical research output, especially for centers and disciplinary areas mainly involved in clinical research
Sviluppo di una modalità di visualizzazione Web-based interattiva per le casistiche di trapianto di fegato
No full textIntroduzione - La crescente disponibilità di dati relativi all'attività di trapianto di fegato (LT) consente la sperimentazione di modalità innovative di visualizzazione grafica delle casistiche.
Pazienti - Nel periodo 01/01/1986-31/12/2010, presso il Centro Trapianti di Genova sono stati complessivamente effettuati 682 LT. Nel periodo 1997-2010 sono stati effettuati complessivamente 119 LT con procedura di split liver (tra cui 100 LT mediante split adulto/pediatrico e 16 LT mediante split adulto/adulto).
Risultati - I dati concernenti l'attività di LT sono stati visualizzati in chart interattive basate sulle Application Programming Interface (API) di Google. Specifici pacchetti del software statistico R (R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0) sono stati utilizzati per realizzare la conversione dei dataset in oggetti JSON e la successiva incorporazione di questi ultimi in codice HTML interpretabile dai principali browser (Internet Explorer, Mozilla Firefox, Google Chrome, Opera, Safari). Le chart ricostruiscono dinamicamente l'andamento dell'attività di LT, consentendo di gestire molteplici stratificazioni (tipologia di trapianto, sesso donatori/riceventi, donatori marginali, sedi di prelievo, parametri di laboratorio in riferimento a specifici valori soglia, etc.).
Discussione - L'utilizzo di rappresentazioni grafiche interattive basate sulle API di Google favorisce l'immediata interpretazione delle dinamiche relative all'attività di LT.
Conclusioni - La visualizzazione dinamica attraverso Internet può rivelarsi strategica per la condivisione delle informazioni e la verifica degli andamenti di dataset multicentrici
Appropriate statistical descriptions for evaluating the predictive role of epithelial-to-mesenchymal transition in patients with pancreatic cancer.
No full textI read with interest the recent article by Yamada et al. entitled ‘‘Epithelial-to-mesenchymal transition predicts prognosis of pancreatic cancer.’’ Although the authors reported that epithelial-to-mesenchymal transition is predictive for both survival and response to adjuvant therapy in patients with pancreatic cancer, in the article there are several statistical inaccuracies that could limit the impact of these findings
Journals should drive data reproducibility
No full textPeer-reviewed journals — as well as researchers and their funders — must take responsibility for improving the reproducibility of published results (see Nature 533, 452–454; 2016).
I suggest that journals should be required to sign a global statement indicating that, to the best of their knowledge, the data that they publish are reproducible. This statement would be collaboratively formulated by the editors-in-chief in accordance with recommendations from the International Committee of Medical Journal Editors and guidelines proposed by the US National Institutes of Health, Nature and Science (see Nature 515, 7; 2014 and go.nature.com/29bxphv).
Journals would then publish only papers that are accompanied online by full experimental protocols, raw data and source code, as in the Protocol Exchange repository (www.nature.com/protocolexchange). For manuscripts containing statistical analyses, journals should peer review only those papers that use statistics environments based on source code, enforcing the ban on 'point-and-click' statistical software (see go.nature.com/29pdpcl)
Analisi degli indicatori bibliometrici delle riviste scientifiche internazionali peer reviewed di area trapiantologica.
No full textIntroduzione - L’utilizzo di specifici indicatori bibliometrici (IB) costituisce una modalità consolidata di valutazione quantitativa delle riviste scientifiche internazionali peer-reviewed.
Pazienti e Metodi - Nel database Journal Citation Reports (JCR - ISI Web of Knowledge), per le sole riviste scientifiche internazionali peer-reviewed di area trapiantologica (RSIT) sono stati considerati i seguenti IB (periodo 2000-2007): Impact Factor (IF), Total Cites (TC), Immediacy Index (IMIX), Cited Half-life (CdHL), Citing Half-life (CgHL), numero di articoli/review. L’analisi è stata effettuata mediante statistiche descrittive e correlazione non parametrica di Spearman. La significatività statistica è stata assunta con P <0.05.
Risultati - L’IF medio è risultato di 2.31+/-1.29 (mediana: 2.14; range: 0.16 - 6.84). Le analoghe statistiche descrittive per altri IB hanno restituito i seguenti valori: TC 4514+/-6211 (mediana: 1635); IMIX 0.39+/-0.34 (mediana: 0.33); CdHL 5+/-1.57 (mediana: 0.33); CgHL 6+/-0.66 (mediana: 6); articoli 237+/-292 (mediana: 116); review 8+/-7 (mediana: 6); rapporto articoli/review 50/-135 (mediana: 19). L’analisi di correlazione ha evidenziato una significatività tra IF e numero di review/anno (r = 0. 412, P <0.001). Di converso, non è emersa alcuna significatività tra IF e numero di articoli/anno (r = -0.011, p = 0.895).
Conclusioni - L’IF calcolato per le RSIT potrebbe essere influenzato dal numero di review pubblicate/anno
Introduzione alla statistica.
No full textDecrizione tratta dalla prefazione del volume. -
La perdurante fase di “sviluppo inflazionario” del settore informatico, se da un lato ha consentito l’approccio verso forme di analisi sino ad un recente passato difficilmente praticabili, al contempo ha esteso l’accessibilità alle analisi stesse, sempre più raramente confinate nella sfera dei soli statistici professionisti. In particolare, nel campo della biostatistica la delega ai microprocessori ed agli applicativi software della fase computazionale ha indotto un progressivo spostamento di attenzione sul come gestire e rappresentare adeguatamente i dati disponibili, nonché sulla scelta dei test più appropriati da selezionare in relazione alla natura del campione ed alle ipotesi da verificare. Tale scenario, nel creare un’eterogenea platea di potenziali gestori di dati ed utilizzatori/fruitori di metodologie statistiche, ha reso ancora più pressante l’obiettivo di pervenire ad una piattaforma minima di conoscenze in grado di assicurare un consapevole e produttivo "statistical thinking". Obiettivo indirettamente confermato dalla semplice constatazione dell’impossibilità di pubblicare in ambito internazionale i risultati di ricerche biomediche non adeguatamente supportate a livello statistico, o dall’esigenza per strutture quali il laboratorio d’analisi di un personale con appropriata compliance verso il data management e le tecniche statistiche di controllo e confronto delle procedure analitiche.
Il presente volume di introduzione alla statistica, nel pieno rispetto della titolazione, si propone quindi come un’esperienza assolutamente preliminare per una personale esplorazione di un territorio affascinante ma altresì ricco di insidie, ambiguità e complessità irriducibili. Il lettore che troverà crescente interesse per i contenuti della statistica non potrà evitare di acquisire la progressiva consapevolezza di come tale disciplina, nel proporsi di raccogliere, analizzare e interpretare informazioni direttamente espresse o convertibili in forma numerica, di fatto rappresenti un potente strumento di “decriptazione” di realtà o fenomeni ignorati o latenti, quando non anche armamentario decisivo per la destrutturazione di valutazioni od opinioni costruite sul pregiudizio di aspettative o categorie morali, su dogmi antiscientifici in luogo di un’analisi asettica ed oggettiva delle evidenze disponibili.
Il manuale è completato da due Appendici di interesse generale, dedicate rispettivamente ad una breve rassegna delle principali risorse statistiche disponibili in Internet e ad un ampio e variegato glossario statistico. Quest’ultimo è inteso sia come supporto ed in alcuni casi approfondimento al testo, sia come “area di scoperta”, all’interno del quale si collocano voci e concetti non trattati nel testo, che idealmente vorrebbero contribuire a quell’“innesco motivazionale”, a quella inaugurazione di un personale e durevole percorso di approfondimento della disciplina che costituisce il principale obiettivo di una “Introduzione alla Statica” realisticamente costruttiva
Sviluppo di un modello bayeseano di simulazione come ausilio al processo di valutazione dell'attività dei centri trapianto.
No full textINTRODUZIONE - La necessità di adottare procedure di valutazione dell'attività dei Centri trapiantologici ha recentemente trovato una prima applicazione presso il Ministero della Salute. Il processo di valutazione dell'attività di strutture complesse quali i Centri trapianto potrebbe avvalersi di modelli di simulazione elaborati sulle informazioni disponibili, in grado di restituire indicazioni utili al miglioramento delle prestazioni in base al livello di adattamento al modello teorico.
METODI - È stato sviluppato un modello comprendente n=12 Centri trapianto di un ipotetico bacino interregionale. Per ciascun Centro è stato definito il livello di attività pregressa per il periodo 2002-2003, considerando il numero di trapianti effettuati su pazienti adulti (range: 45-800), il numero di decessi (range: 0-46) e la percentuale di sopravvivenza cumulativa dei pazienti (range: 85.58%-100%). Il numero di decessi (ri) per singolo Centro (i) è stato trattato come variabile dicotomica (0,1) in possesso di una data probabilità (pi) di "true failure". Per ciascun Centro si è assunto l'indipendenza delle singole probabilità ("fixed effects"). Successivamente, si è proceduto all'assunzione di similarità tra i rate di failure ("random effects"). Le specifiche del modello sono state introdotte in ambiente BUGS[1], attraverso un primo ciclo di 1000 iterazioni seguito da ulteriori 10000 update. I dati sono espressi come rank di probabilità di fallimento per ogni iterazione.
RISULTATI - Il modello "fixed effects" ha rivelato una media cumulativa "di popolazione" corrispondente a 0.07937+/-0.0196 (mediana: 0.07775). Il modello "random effects" ha presentato una media di popolazione di 0.07283+/-0.01013 (mediana: 0.07262). In nessun Centro sono stati riscontrati valori esterni ai range interquartili.
CONCLUSIONI - Il modello proposto costituisce un esempio di come le informazioni "a priori" inerenti l'attività di singoli Centri trapiantologici possano essere incorporate in specifici ambienti di simulazione, contribuendo all'acquisizione di indicazioni utili al perfezionamento del profilo prestazionale.
Bibliografia - [1].Spiegelhalter D, Thomas A. Best N. WinBUGS Version 1.3. Cambridge UK. 2000
Sviluppo del sito Internet del Centro Trapianti di Genova: una risorsa a supporto dell’utenza e della formazione del personale.
No full textIntroduzione - Nel corso del 2007 è stato avviato lo sviluppo di un sito Internet dedicato alle attività ed ai servizi offerti dal Centro Trapianti di Genova. A partire dal Gennaio 2008 tale sito è visualizzabile on line tramite l’URL: http://centrotrapianti.hsanmartino.it .
Materiali e Metodi - Il sito Internet è stato sviluppato utilizzando i template ottimizzati per il browser Microsoft Internet Explorer forniti dall'Azienda Ospedaliera Universitaria "San Martino" di Genova. Per la realizzazione del sito Internet e la personalizzazione dei template sono stati utilizzati esclusivamente software open source e/o freeware (HTML-kit, KompoZer, Notepad++, OpenOffice.org, PSPad, AFPL Ghostscript, PDFCreator, The Gimp, Scribus). Il codice HTML di ciascuna pagina destinata ad un indirizzamento URL interno, validato secondo gli standard del World Wide Web Consortium (W3C) mediante il W3C Markup Validator v. 0.8.2, è stato testato in Explorer mode (Internet Explorer v. 6.0 o superiore) e Gecko mode (Mozilla/5.0, Gecko/20080201). Il sito è dotato di un motore di ricerca autonomo, operante mediante uno specifico script.
Risultati - Alla data del 18/05/2009, il sito Internet si componeva di 88 file htm/html/xml per complessive 17701 righe di codice, 180 file pdf e 82 file jpeg/bmp/png. Il sito è strutturato in 6 sezioni principali (Attività, Servizi, Guida Pazienti, Ricerca e Didattica, Contatti, News) e 38 sottosezioni. Attraverso il sito è possibile accedere/ottenere informazioni su ogni aspetto del trapianto di organi solidi, nonché sulla legislazione nazionale/regionale e le principali risorse trapiantologiche presenti in rete. Le sezioni Ricerca e Didattica e Congressi hanno iniziato ad offrire strumenti informativi/formativi per il personale medico (indicazioni di corsi/seminari, slide, etc.). Tutte le pagine del sito sono state indicizzate dagli spider di Google.
Conclusioni - Il sito Internet del Centro Trapianti di Genova si propone come uno strumento multifunzionale fruibile sia dall’utenza (domanda assistenziale) sia dal personale afferente presso la stessa struttura (domanda formativa)
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