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Génomique en temps réel appliquée aux bactéries atypiques en microbiologie clinique
No full textL'objectif de notre thèse est d'appliquer la génomique en temps réel pour déchiffrer les caractéristiques génomiques bactériennes et les événements de recombinaison du génome des bactéries atypiques ainsi que leur impact sur les maladies infectieuses. Au cours de ma thèse, nous avons effectué une revue sur les outils bioinformatiques les plus courants utilisés en microbiologie clinique et mis en évidence l’impact de la recombinaison sur le comportement des bacteries. Le deuxième projet de notre thèse est de déchiffrer une epidémis de Staphylococcus saprophyticus causant des infections urinaires en utilisant la technologie MALDI-TOF MS et une analyse comparative du génome de S. saprophyticus pour comprendre leur évolution génomique. Nous avons démontré qu'il existe un groupe de S. saprophyticus géographiquement restreint à Marseille comparé au souches de Nice. De plus, nous avons montré que S. saprophyticus qui était initialement considéré comme une bactérie saprophyte a evolué pour devenir une bactérie pathogène à travers des recombinaisons massives et des « single nucleotide polymorphism », résultant d'une perte significative de gènes. Le troisième projet de notre thèse est une analyse comparative des génomes d'Enterococcus faecalis et d'E.faecium isolé chez l'homme, les animaux et l'environnement pour déchiffrer la différence de propagation et l'acquisition de déterminants antimicrobiens. Nous avons démontré qu'il existe une association directe entre l'absence de système CRISPR, la présence du gène ardA et l'acquisition de gènes de résistance à la vancomycine, qui différencient E. faecalis de E. faecium. Enfin nous avons decrit un nouveau genre bacterien Nissabacter.The objective of our thesis is to applied the Real-time genomic approaches to decipher bacterial genomic features and genome recombination events of atypical bacteria and their impact on infectious diseases. During my thesis, we have reviewed the most common bioinformatics tools applicable in clinical microbiology and highlight how bacterial genome recombination have impacted their behaviour. The second project of our PhD is to decipher a community outbreak of Staphylococcus saprophyticus involved in (UTI) using MALDI-TOF MS technology and a comparative genome analysis of clinical and non-clinical S. saprophyticus to understand their genomic evolution. We demonstrated that there is a geographically restricted cluster of S. saprophyticus circulating in Marseille community as compared to Nice. Moreover, we showed that S. saprophyticus which was initially considered as a saprophytic bacterium has drifted to becoming a pathogenic bacterium through massive genome recombination and single nucleotide polymorphism events, resulting from a significant loss of genes. The third project of our work is a comparative genome evolutionary analysis of Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium isolated from human, animals, and environment to decipher the difference in spread and the acquisition of antimicrobial determinants. We demonstrated that there is a direct association between the absence of CRISPR system, the presence of gene ardA and the acquisition of vancomycin resistance genes, which differentiate E. faecalis from E. faecium. Our final project was focused on the discovering of a new genus Nissabacter and its description
Le séquençage de génomes de bactéries multi résistantes d’intérêt clinique pour définir leur résistome
No full textWGS permet d'analyser et de déchiffrer l'étude de résistances de bactéries multirésistantes(MDR), en comprenant les différents mécanismes de résistance, les annuaires génétiques. Au cours de ma thèse de doctorat, j'ai réalisé: 1 revue de la littérature sur l'utilisation de nouveaux outils de diagnostic contemporains et les capacités dans la détection des foyers dans les maladies infectieuses causées par MDR. L'identification et l'analyse de résistances de bactéries multirésistantes Comme étant des Shewanellalgae, normalement de l'environnement marin, dans notre cas une souche clinique isolée du lavage bronchoalvéolaire d'un patient hospitalis avec pneumonie et Chryseobacteriumin dologenes, isolé d'une fibrose kystique du patient. Dans cette analyse, nous pouvons montrer que les bactéries environnementales telles que les S.algae peuvent être un réservoir de gènes de résistance aux antibiotiques. L'analyse exhaustive de ces bactéries a montré leur capacité à s'adapter à leurs écosystèmes, y compris l'acquisition de nouveaux éléments génétiques par transfert latéral de gènes. La détection des gènes impliqués dans la synthèse de peptides synthetasenon ribosomale et de polycétide synthétase peut avoir un rôle dans leur capacité à survivre dans des environnements hostiles tels que le tractus respiratoire des patients atteints de fibrose kystique ou leur présence chez des patients ayant subi plusieurs antibiotiques. Nous avons réalisé une analyse standardisée «insilico» afin de déterminer la résistance de ces bactéries et la présence de métabolites secondaires associés aux bactériocines et aux NRPS/PKS. L'application du NTS pour le séquençage du génome bactérien de nouvelles espèces bactériennes isolées dans le microbiome humain nous a permis de développer une plateforme capable d'analyser ces nouvelles espèces dans les 48heures. Ce travail permet de mieux comprendre la biodiversité des bactéries isolées dans le microbiome humain.Theuse of WG Sallows to analyze and to decipherthe study of resistome of Multi Drug Resistant bacteria (MDR), understanding the different resistance mechanisms, genetic directories and their dissemination mechanisms at global level. During them y thesis I have achieved: 1. A literature review on the use of new contemporary diagnostic tools and capabilities in detecting out breaksin infectious diseases caused by MDR. 2: The identification and the analysis of resistome of multidrug resistant bacteria from clinical isolates suchasShewanellaalgae, normally marine environmental, in our case clinical strain isolated from the broncho alveolar lavage of a hospitalized patient with pneumonia and Chryseobacteriumin dologenes, isolated from a patient cysticfibrosis. In this analysis, we can show that environment albacteria suchas S.algae can be a reservoir of antibiotic resistance genes. The exhaustive analysis of these bacteria showed their ability to a dapttotheirecosystemsincludingtheacquisitionofnewgeneticelementsbylateralgenetransfer. The detection of genes in volved in the synthesis of nonribosomal peptide synthetase and polyketide synthases may have a role in their ability to survive in hostile environments suchas therespiratorytractofCFpatients or their presence inpatients having suffered multipleofantibiotic. 3:In this work,through theuse of the NTS onnew bacterial species isolated from human microbiome,we have a chieveda standardized analysis"insilico"to determine there sistome of these bacteria and the presence of secondary metabolites associated bacteriocins and the NRPS/PKS. The application of the NTS for sequenc in go bacterial genome of new bacterial species isolated in the human microbiome, allowe dus to develop a platform capable of analyzing the senew species within 4
Epidemiological surveillance of bacterial resistance from Mediterranee infection datawarehousing and surveillance
No full textLa résistance aux antibiotiques est un sujet d’actualité qui intéresse autant le monde scientifique que les médias.L’impact de la résistance sur la prise en charge et la mortalité sont généralement estimés par des modèles prédictifs et non des modèles factuels.Ces modèles prédictifs permettent de réaliser des estimations qui ne reflètent pas forcement la réalité.Ainsi, l’une des dernières grandes études publiées est celle de Cassini et al. qui estime le coût de la résistance aux antibiotiques en Europe à 33,000 morts par an.En outre selon le rapport de l’OCDE, la résistance aux antibiotiques pourrait couter 3.5 milliards de dollars US par an.Cependant depuis plusieurs années au sein de l’institut hospitalo-universitaire, des études ont été effectuées pour estimer le poids réel de la résistance aux antibiotiques et la mortalité associée.L’objectif de cette thèse est d’évaluer la prévalence de la résistance aux antibiotiques et d’évaluer le coût humain de cette résistance en utilisant des données issues des systèmes de surveillance développés au sein de l’Institut Hospitalo-Universitaire de Marseille.Cette thèse a été divisé en trois objectifs : i) évaluer les capacités actuelles de récupération des données réelles par une revue de la littérature recensant les systèmes de surveillance de la résistance aux antibiotiques dans le monde afin de définir les besoins et les améliorations à réaliser de ces systèmes de surveillance ; ii) établir la prévalence de la résistance aux antibiotiques clés dans la région PACA et évaluer l’impact sur la mortalité de cette résistance lors de sepsis à l’AP-HM, iii) montrer l’intérêt des systèmes de surveillance mis en place à l’IHU.Antibiotic resistance is a topical issue of interest to both the scientific community and the media. The impact of resistance on management and mortality is generally estimated by predictive models and not by factual models. These predictive models allow estimates to be made, but they are false and do not reflect reality. For example, one of the latest major studies published is that of Cassini et al., which estimates the cost of antibiotic resistance in Europe at 33,000 deaths per year. In addition, according to the OECD report, antibiotic resistance could cost 3.5 billion US dollars per year.The objective of this thesis is to evaluate the prevalence of antibiotic resistance and to evaluate the human cost of this resistance using data from surveillance systems developed at the Institut Hospitalo-Universitaire de Marseille.This thesis has been divided into three objectives: i) assess current capacities for recovering actual data through a review of the literature identifying antibiotic resistance surveillance systems worldwide to define the needs and improvements to be made in these surveillance systems; ii) establish the prevalence of key antibiotic resistance in the PACA region and assess the impact on mortality of this resistance during AP-HM sepsis; iii) demonstrate the value of the surveillance systems put in place at the IHU and the improvements made to better detect abnormal events regarding antibiotic resistance
Implementation of new informatic tools for the real time surveilllance of abnormal events based on data from the Timone microbiology clinical laboratory
No full textBien que considérées comme étant sous contrôle durant la seconde partie du 20ième siècle avec la découverte des antimicrobiens, les maladies infectieuses demeurent une menace bien réelle pour l’humanité. Quelque soit l’état de connaissance que nous avons sur ces maladies, toutes demeurent imprédictibles. Afin de lutter contre ce phénomène, de nombreuses stratégies de surveillance ont été développées amenant à la mise en place de divers outils informatiques de surveillance épidémiologique visant à détecter et identifier, le plus précocement possible, des événements anormaux. L’objectif initial de notre travail a consisté à mettre en place, au sein de l’Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection et à partir du logiciel Microsoft Excel, deux nouveaux outils informatiques de surveillance épidémiologique visant à identifier, de façon hebdomadaire et automatisée, des événements anormaux sur la base des données de microbiologie clinique issues du laboratoire du Centre Hospitalo-Universitaire Timone à l’Assistance Publique- Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Une fois cette étape achevée, nous avons par la suite travaillé au développement d’une structure de surveillance complète intégrant l’investigation et la validation des alarmes émises par les systèmes de surveillance créés, l’émission d’alertes à l’Agence Régionale de Santé (ARS) de la région Provence-Alpes Côte d’Azur (PACA), la valorisation des cas d’événements anormaux confirmés par des publications scientifiques, ainsi que la mise en place de rétro-informations et de bulletins épidémiologiques hebdomadaires visant à informer les acteurs locaux de la surveillance épidémiologique des maladies infectieuses.Although considered under control in the second half of the 20th century with the discovery of antimicrobials, infectious diseases remain a serious threat to humanity. Regardless of the state of knowledge we possess on these diseases, all remained unpredictable. To fight this phenomenon, many monitoring strategies have been developed leading to the implementation of various epidemiological surveillance computer programs to detect and identify, as soon as possible, abnormal events including epidemic phenomena. The initial objective of our work was to implement, within the Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection and based on the Microsoft Excel software, two new automated computer-based programs for the weekly automated epidemiological surveillance of abnormal epidemic events using clinical microbiological data from the Timone teaching hospital of of Assistance Publique- Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Once completed, we then worked to develop a comprehensive monitoring structure incorporating the investigation and the validation of alarms emitted by the established surveillance systems, the transmission of alerts to the Regional Health Agency (ARS) of the Provence-Alpes Côte d'Azur (PACA), the public dissemination of confirmed abnormal events by publishing scientific articles, and the implementation of feedback and weekly epidemiological bulletins to inform local infectious diseases epidemiological surveillance actors
Colistin resistance in Gram negative bacteria : mechanisms and new therapeutic strategies
No full textDu fait de l’émergence et de la diffusion de bactéries à Gram négatif (BGN) résistantes aux carbapénèmes, la colistine a été réutilisée pour traiter des infections liées à ces germes. Depuis sa réintroduction, la résistance acquise à la colistine chez les BGN a émergé. Plusieurs pays ont également rapporté une augmentation des infections à BGN naturellement résistantes à la colistine. Les mécanismes expliquant la résistance à la colistine au sein des entérobactéries, bien que de mieux en mieux décrits, restent encore mal compris. La découverte du premier gène de résistance à la colistine porté par un plasmide, le gène mcr-1, fin 2015, a complètement modifié la comprégension des mécanismes de résistance à la colistine. L’augmentation de la résistance à la colistine chez des bactéries déjà multi-résistantes soulève également la question du développement de nouvelles stratégies thérapeutiques. Cette résistance reste rare, mais cet antibiotique n’est pas testé en première intention et les données de prévalence restent peu connues. Il est donc difficile d’identifier les facteurs de risque d’acquisition de ces souches.Ce projet de thèse est divisé en trois objectifs : i) établir un état des lieux des mécanismes de la résistance à la colistine identifiés à ce jour et définir les points encore inconnus qui pourraient constituer de futurs axes de recherche, ii) décrire les mécanismes de résistance à la colistine chez des espèces intrinsèquement résistantes ou ayant acquis une résistance à la colistine et identifier les facteurs de risques d’acquisition de souches résistantes à la colistine, iii) rechercher des alternatives thérapeutiques à la résistance à la colistineFacing the emergence and propagation of carbapenemase-producing Gram negative bacteria (GNB), colistin was used to treat infections caused by these bacteria. However, its reintroduction led to the emergence of colistin acquired resistance in GNB. Some countries also reported an increase of infection caused by BGN intrinsically resistant to colistin which was correlated to the increasing use of colistin. Colistin resistance mechanisms are more and more reported these last years but stay badly understood. The report of the first plasmid-mediated colistin-resistance gene at the end of 2015, showing our ignorance about colistin resistance mechanisms. The increase of colistin resistance in multi-drug resistant-bacteria also arise the need of development of new therapeutic strategies. In France, colistin resistance is still rare but this antibiotic is not tested in first intention and resistant strain are not centralized by a same laboratory. Then, it is difficult to identify the risk factors of acquisition of colistin-resistant strains as there is a few studies on this subject in the literature. This research thesis was carried out with three main objectives: i) resume the knowledge about colistin resistance mechanisms in the literature and define the unknowns that will constitute future axes of research, ii) describe intrinsic and acquired colistin resistance mechanisms in GNB and identify the risk factors associated with colistin-resistance acquisition, iii) propose therapeutic strategies to reverse colistin resistance or bypass this resistance
Genomic and functional analysis of multidrug resistant bacteria
No full textLa résistance aux antibiotiques est une problématique mondiale majeure. Le caractère alarmant de cette situation a conduit à une surveillance active des bactéries résistantes aux carbapénèmes et/ou à la colistine. Ce projet de thèse intitulé « Analyse génomique et fonctionnelle de bactéries multi-résistantes » a ainsi été divisé en trois objectifs : i) faire le point sur les différentes approches à utiliser ainsi que sur les nouveaux axes à considérer pour pouvoir découvrir de nouveaux gènes de résistance aux antibiotiques, ii) exposer l’apport de la biologie moléculaire et la génomique dans la détection et l’étude de la résistance aux carbapénèmes, iii) décrire l’apport de ces approches dans l’étude de la résistance chromosomique et plasmidique à la colistine dans divers pays et divers écosystèmes. Des associations synergiques d’antibiotiques capables de reverser cette résistance ont été également proposées comme alternative thérapeutique.Antibiotic resistance is a major global issue. The alarming nature of this situation has led to active surveillance of bacteria resistant to carbapenems and/or colistin. This thesis project entitled "Genomic and functional analysis of multidrug resistant bacteria" was thus divided into three objectives: (i) to provide an overview of the different approaches to be used and the new approaches to be considered in order to discover new antibiotic resistance genes, (ii) to present the contribution of molecular biology and genomics in the detection and study of carbapenem resistance, (iii) to describe the contribution of these approaches in studying chromosome and plasmid resistance to colistin in various countries and ecosystems. Synergistic combinations of antibiotics capable of reversing this resistance have also been proposed as a therapeutic alternative
Automation of the reading and the interpretation of antibiotic susceptibility testing
No full textAu cours des dernières années, l’automatisation en bactériologie clinique est devenue très importante du fait de l’augmentation constante du nombre d’échantillons mais nécessite tout de même des améliorations. Une revue a été rédigée pour présenter les nouveaux challenges et opportunités dans la surveillance et la détection des bactéries multi-résistantes. Premièrement nous avons testé de nouveaux outils technologiques innovants permettant la lecture plus précoce des antibiogrammes grâce à des scanners de haute résolution d’images: scanner Advencis Bio-System Incubator et le Scan® 1200 et de réaliser l’ensemencement des antibiogrammes en automatique sur un automate déjà existant le PREVI® Isola (bioMérieux, Marcy l’Etoile, France). Dans un second temps, une analyse rétrospective de la résistance aux antibiotiques observés sur l’hôpital la Timone à Marseille a été réalisé entre 2014 et 2016. Nous avons développer un logiciel d’interprétation automatique des phénotypes basé sur la reconnaissance d’images pour lequel un brevet a été rédigé : le logiciel « ANTI-LOGIC ». Le but de notre troisième travail a été de participer au développement d’une PCR en temps réel permettant de détecter le gène mcr-1. Puis, nous avons travaillé sur des souches multi-résistantes afin de tester un panel constitué de 29 à 32 antibiotiques. Pour la détection des souches résistantes à la colistine, un milieu de culture sélectif a été mis au point et nous avons essayé de trouver une alternative thérapeutique par l’étude de combinaisons d’anciens antibiotiques (colistine-sulfadiazine) pour le traitement et la décolonisation avant greffe fécale de patients infectés ou colonisés par des BMR.In the last few years, automation in clinical microbiology has become very important due to the constant increase of samples but they need to be improved. A review of the literature was performed to expose the new challenges and the new opportunities in the surveillance and the detection of multi-drug resistance bacteria.For that purpose, we conduct a thorough search to test new innovative technological tools for reading earlier AST with high-resolution image scanner: Advencis Bio-System Incubator and the Scan® 1200 and to carry out the automatic seeding of AST with the PREVI® Isola system (bioMérieux, Marcy l’Etoile, France). In a second step, the retrospective analysis of antibiotic resistance and phenotypes observed at La Timone hospital in Marseille was carried out between 2014 and 2016. We have developped a new software for the automatic interpretation of phenotypes based on image recognition protected by a patent: the "ANTI-LOGIC" software. The aim of our third work was to participate on the development of a real-time PCR to detect the mcr-1 gene. We then worked on multi-resistant strains with Gram-negative bacteria, we have tested a large panel of 29-32 antibiotics to see if we are in a therapeutic stalemate. For the detection of colistin resistant strains, a selective culture medium has been developed. In order to finish this part, with the appearance of colistin-resistant strains, we tried to find a therapeutic alternative by studying combinations of old antibiotics (colistin-sulfadiazine) for the treatment and decolonization before faecal transplantation of patients infected or colonized by multi-resistant bacteri
Innovative therapeutic alternatives to overcome the emergence of resistance to antifungals
No full textLes infections fongiques invasives constituent un sérieux problème de santé publique dans le monde ; cette situation se complique par la disponibilité d’un faible nombre d’antifongiques utilisés en pratique clinique. De ce fait,1280 molécules médicamenteuses, constituant la chimiothèque Prestwick, ont été testées sur des souches de champignons multirésistants d’intérêt clinique, isolées à l’Hôpital la Timone de Marseille. Le criblage primitif à une concentration de 10 µM avait permis l’identification de plusieurs molécules capables d’inhiber la croissance fongique.Par la suite, on s’est focalisé sur deux molécules médicamenteuses : la colistine et la ribavirine. Les concentrations minimales inhibitrices de ces dernières ont été déterminées, de même que leur activité fongicide ou fongistatique sur une large collection de souches. Des combinaisons synergiques avec les antifongiques habituels ont été mises au point notamment celles de la ribavirine en association avec l’amphotéricine B, l’itraconazole et le voriconazole qui sont actives sur les souches de Candida albicans multirésistantes. Le but de notre troisième travail a été de comprendre le mécanisme d’action de la ribavirine, un antiviral, sur les Candida albicans et d’identifier sa potentielle cible. Pour se faire, les analogues des cibles de la ribavirine chez le virus de l’hépatite C, retrouvés chez les Candida albicans notamment les enzymes inosine-5’-monophosphate déshydrogénase (IMPDH) et l’ARN polymérase ont été étudiés. Des systèmes PCR et séquençage ont été développés pour détecter et analyser les gènes IMH3 et RPO21 qui codent pour les enzymes IMPDH et ARN polymérase respectivement chez les CandidaThe increasing incidence of invasive infections caused by pathogenic fungi is a major worldwide concern; a serious situation to which the limited number of available effective antifungals to face it, is another problem. Hence, there is a constant need for other compounds that possess antifungal properties. So by applying drug-repurposing approach, Prestwick Chemical Library containing 1,280 compounds previously approved by the FDA was tested against multidrug-resistant fungi recovered from La Timone Hospital in Marseille. Primary FDA approved drugs screening at fixed concentration of 10 µM, allowed us to identify several fungal growth inhibitors.Among these non-standard antifungals, we focused our study on both colistin and ribavirin drugs. Minimum inhibitory concentrations of these compounds were determined against a large collection of strains, and time-kill curves were performed to establish their fungicidal or fungistatic activity. Moreover, synergistic combinations with the current antifungal agents were examined; notably, association of ribavirin with either amphotericin B, itraconazole or voriconazole active against multidrug-resistant Candida albicans. The aim of the third part of our work was to identify the mechanism of action of ribavirin, an antiviral compound, on Candida albicans and its potential target. So, we focused our work on the analogue of ribavirin target in hepatitis C virus, present in Candida albicans namely inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (IMPDH) and RNA polymerase enzymes. We designed PCRs and sequencing systems to detect and analyse IMH3 and RPO21 genes that encode IMPDH and RNA polymerase enzymes respectivel
Research of multi drug resistant zoonotic bacteria in feces of animals from Mediterranean area
No full textNotre travail de thèse a porté sur la recherche des bactéries multirésistantes zoonotiques dans les fèces des animaux du bassin méditerranéen, région pour laquelle peu de données sont disponibles. Cette thèse s’articule autour de quatre objectifs principaux ; (1) épidémiologie et prévalence des bactéries productrices de β-lactamases et de carbapénèmases chez les poulets d’Algérie, (2) étude et détection de la résistance plasmidique à la colistine chez les animaux d’Algérie, (3) recherche de vecteur et/ou réservoirs de bactéries zoonotiques résistantes à la colistine, (4) épidémiologie des bactéries résistantes à la colistine chez les humains en France, au Laos et au Liban. A travers ces investigations nous avons montré l’émergence et la dissémination du gène mcr-1 chez les animaux (poulets et caprins) dans plusieurs sites en Algérie. Nous avons également rapporté la détection de souches résistantes à la colistine dans des isolats humains en France et au Liban. Ces travaux ont participé à la description de l’épidémiologie du gène mcr-1 dans le monde chez les animaux et les humains et soulèvent la question du devenir de l’usage de la colistine chez l’homme et l’animal. Pour faire face à ces risques, nous pensons que des mesures de restriction d’usage des antibiotiques (y compris de la colistine) chez les animaux doivent s’appliquer, notamment en Algérie, pour limiter la propagation de ces gènes de résistance à l’homme. Il apparait donc nécessaire et urgent de mettre en place des enquêtes de surveillance de l’usage des antibiotiques chez les animaux notamment en Algérie pour éviter la propagation de souches résistantes chez l’homme.This thesis is divided into 6 chapters with four objectives; (1) the epidemiology and prevalence of β-lactamases in chickens from Algeria, (2) contribution to the study and detection of plasmid resistance to colistin in animals from Algeria, (3) vectors/ reservoirs of zoonotic bacteria resistant to colistin, and (4) Epidemiology of bacteria resistant to colistin in humans in France, Laos and Lebanon.Throughout these investigations, we can conclude that there is an emergence and spread of mcr-1 in animals (chickens and goats) in several sites in Algeria. We also noted the detection of colistin-resistant bacteria in human isolates in France and in Lebanon. This indicates a spread of mcr-1 and colistin resistance genes worldwide in animals and humans and raises the question on the colistin usage in animals. To prevent this end, we believe that restrictions on the use of antibiotics (including colistin) should be applied, particularly in Algeria, to limit the spread of these resistance genes. Use control of colistin should be routinely performed in humans and animals through colistin resistance surveys in animals and humans
Drug repurposing to fight against multidrug-resistant bacteria
No full textLes antibiotiques sont utilisés pour traiter les infections causées par des bactéries. Cependant leur utilisation abusive et non contrôlée peut engendrer une résistance bactérienne à plusieurs de ces composés, qualifiant ces bactéries de multi-résistantes (BMR). Cette résistance est de plus en plus rapportée dans le monde et touche désormais des molécules utilisées en dernière intention à l’hôpital. Par ailleurs, les industries pharmaceutiques n’ont plus d’intérêt économique à développer de nouveaux antibiotiques, administrés en périodes courtes pour des pathologies dont la mortalité a fortement diminué.Afin de contourner ce phénomène de résistance, des alternatives sont à envisager pour traiter certaines infections, comme le repositionnement moléculaire. Cela consiste à administrer un médicament connu et que l’on utilise déjà dans une pathologie pour en traiter une autre. C’est ainsi que mon projet de thèse s’est porté en explorant le repositionnement moléculaire de 1280 molécules approuvées par la FDA sur des BMR. Nous avons notamment étudié un médicament actif initialement contre le VIH, la zidovudine, pour traiter ces infections à BMR.Antibiotics are used to treat bacterial infections, however their overuse can lead to bacterial resistance, qualifying these bacteria as multidrug-resistant (MDRB). This resistance is being increasingly reported worldwide, especially on drugs that are used as last-resort treatment in hospitals. Moreover, pharmaceutical industries no longer have economic interests in developing new antibiotics which are administered in short periods for diseases for which mortality has been greatly reduced.To overcome this resistance phenomenon, therapeutic alternatives, such as drug repurposing, should be considered in certain cases. This consists of allowing an approved drug to be used to treat other diseases. My project explored drug repurposing of 1,280 FDA-approved drugs on MDRB. We studied a drug initially active against HIV, zidovudine, to treat infections caused by MDRB
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