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Análisis de la duración de la gestación y de los loci que influyen sobre ella en bovinos Holando y cruzas
No full textPresentación en diapositivasIntroducción: La intensa selección para producción lechera junto con una consideración insuficiente de parámetros de fertilidad y salud va en detrimento de estos últimos rasgos. Muchos países ampliaron los objetivos de sus programas de cría de bovinos lecheros, desde un enfoque meramente productivo hacia uno integral que considera además aspectos reproductivos y sanitarios.
Objetivos: Estudiar la variabilidad en la duración de la gestación y la incidencia de abortos. Identificar las regiones del genoma que influyen sobre la duración de gestaciones a término en bovinos lecheros.Instituto de GenéticaFil: Raschia, Maria Agustina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Médicas; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Anguil; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Agronomía; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Universidal del Salvador. Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinarias; Argentin
Relevant loci for milk production in dairy cattle, obtained by machine learning algorithms
No full textPosterBackground: Extensive genetic research focused on identifyng associations between single nucleotide polymorphism (SNP) markers located all over the genome and milk traits were conducted for different dairy cattle breeds. Most published genome-wide association studies (GWAS) were performed fitting linear, multivariate and Bayesian linear mixed models.
Machine learning (ML) methods have been shown to be efficient in identifying SNP underlying a trait of interest.Instituto de GenéticaFil: Raschia, Maria Agustina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Médicas; ArgentinaFil: Ríos, Pablo J. Universidad de Buenos Aires; ArgentinaFil: Ríos, Pablo J. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Anguil; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Agronomía; ArgentinaFil: Demitrio, Daniel Arturo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Dirección General de Sistemas de Información, Comunicación y Procesos. Gerencia de Informática y Gestión de la Información; ArgentinaFil: Demitrio, Daniel Arturo. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Universidad del Salvador. Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinaria; Argentin
Resistencia genética a las parasitosis gastrointestinales en ovinos : resultados en dos majadas Corriedale
No full textEn la región noreste de Argentina se crían aproximadamente 2,1 millones de ovinos (14,2% del total de ovinos del país) en 37.288 unidades productivas (31,6% del total de unidades) y en la región central se crían 2,7 millones de ovinos (18,3% del total de país) en 45.298 unidades productivas (38,3% del total de unidades). Las unidades productivas, en su mayoría integradas por estructuras familiares, pertenecen a medianos y pequeños productores. La cría se realiza en pastos naturales y / o cultivados [3]. Las condiciones de temperatura y humedad en ambas regiones favorecen el desarrollo de parásitos y la especie más infecciosa y abundante es Haemonchus contortus.Instituto de GenéticaFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Cetra, Bibiana Maria. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Mercedes; ArgentinaFil: Medus, Pablo Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Concepción del Uruguay; Argentin
Genotipificación de variantes de beta-caseína bovina mediante ACRSPCR- RFLP = Genotyping of bovine beta-casein variants by ACRS-PCR-RFLP
No full textPresentación y resumenLas variantes de la beta-caseína bovina pueden clasificarse en dos grupos, tipo-A1 y tipo-A2, según el aminoácido que esté presente en la posición 67 de la proteína (His, tipo A1; Pro, tipo A2)1. En los últimos años se ha observado un creciente interés en la producción y comercialización de “leche A2”, debido a las propiedades beneficiosas para la salud humana atribuidas a la variante A22. El objetivo de este trabajo fue determinar la frecuencia de variantes tipo-A1 y tipo-A2 de -caseína en ganado lechero de dos
establecimientos. Las variantes de -caseína presentes en el ADN de 1528 vacas de raza Holando fueron determinadas mediante la técnica de ACRS-PCR-RFLP3. Brevemente, se amplificó un fragmento de 316 pb del gen CSN2, creándose un sitio de restricción para la enzima DdeI en el amplicon obtenido. El producto de PCR luego se digirió con las enzimas DdeI y HinfI. La identificación de variantes se realizó mediante electroforesis en geles de agarosa y posterior visualización de los fragmentos obtenidos.
Se calcularon las frecuencias alélicas y genotípicas para las variantes tipo-A1 y tipo-A2.
Las frecuencias genotípicas fueron de 0,046, 0,497 y 0,457 para A1A1, A2A2 y A1A2, respectivamente, con frecuencias alélicas de 0,274 y 0,726 para las variantes tipo-A1 y tipo-A2, respectivamente. El método utilizado demostró ser confiable para la identificación y diferenciación de variantes de -caseína tipo-A1 y tipo-A2, permitiendo la determinación del genotipo de animales individuales. Los animales pertenecían a dos establecimientos con sistemas de producción de leche distintos y que nunca se seleccionó por variantes de -caseína, por lo tanto, estos resultados permiten brindar a los productores asesoramiento sobre los cruzamientos a realizar en caso de orientar su producción a la comercialización de “leche A2A2”.Instituto de GenéticaFil: Caffaro, María Eugenia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Médicas; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Universidad del Salvador. Facultad de Agronomía; Argentin
Dataset from: “Frequencies of β-casein variants and their influence on genetic merit for production traits in Holstein cows [Conjunto de datos]
No full textThis study was supported by Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (grants PD I108, PD I087, PD I112); ANPCyT (PICT-2017-4208); and FAO-IAEA (CRP D3.10.30).The dataset consists of records from 2600 Holstein cows from three private farms in the central dairy area of Argentina with different breeding objectives and phenotypic records taken over different seasons, periods, and lactations. It was used to assess the influence of A1-like and A2-like β-casein variants on production traits through a one-way analysis of variance (ANOVA). Pairwise comparisons among genotypes were carried out according to Tukey’s comparison test (using a significance level of 0.05).
We are uploading a file with the genotypic and phenotypic information used for the study, in which column 1 indicates the farm; column 2 the ID of the cow; column 3 the CSN2 genotype (where A1 stands for A1-like and A2 stands for A2-like variants); columns 4, 5, and 6 the estimated breeding values for milk, fat, and protein yields (kg); and columns 7 and 8 the estimated breeding values for fat and protein content (percentages).
The animals from the different farms were not connected.Instituto de GenéticaFil: Caffaro, María Eugenia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria, (INTA). Instituto de Genética “Ewald A. Favret”; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria, (INTA). Instituto de Genética “Ewald A. Favret”; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Anguil; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Agronomía; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria, (INTA). Instituto de Genética “Ewald A. Favret”; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Universidad del Salvador, Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinaria; Argentin
Potential contribution of genomics and biotechnology in animal production
No full textIntegration of Latin American countries into international agricultural markets requires animal production systems to be competitive. Demand of animal products is increasing due to population growth, and changes in lifestyle of some countries. This will demand modifications to the production systems to increase efficiency of animal production. The use of genomics will offer new opportunities to improve animal production that is sustainable and highly competitive in world markets.Instituto de GenéticaFil: Casas, Eduardo. United States Department of Agriculture. Agricultural Research Service. National Animal Disease Center; Estados UnidosFil: Montaldo, Hugo H. Universidad Nacional Autónoma de México. Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia; MéxicoFil: Nonneman, Dan J. United States Department of Agriculture. Agricultural Research Service. Meat Animal Research Center; Estados UnidosFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; Argentin
Ovinos genéticamente resistentes a los parásitos
No full textLas parasitosis gastrointestinales (PGI) son uno de los mayores problemas de los sistemas productivos ovinos en las regiones
templadas, subtropicales y tropicales. Estas provocan pérdidas económicas debido a la disminución de la producción,
elevados costos de tratamientos y provocando muerte de animales. Haemonchus spp. es el parásito más difundido y que
mayores perjuicios produce.EEA MercedesFil: Cetra, Bibiana Maria. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Mercedes; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Rivero, Luis Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Mercedes; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Anguil; ArgentinaFil: Ramirez, Facundo. Actividad privada; Argentin
Estudio de variables biológicas ante un desafío artificial de L3 de H. contortus en dos majadas de ovinos Corriedale
No full textPosterH. contortus es uno de los parásitos que ocasiona mayores problemas en regiones templadas, tropicales y subtropicales debido a pérdidas productivas y económicas. La utilización de drogas es fundamental para el control de la parasitosis gastrointestinales (PGI) pero su uso excesivo puede acelerar la aparición de la resistencia del parásito.
El uso de reproductores resistentes a las PGI contribuiría a la sustentabilidad de los sistemas productivos ovinos. Objetivo evaluar variables biológicas indicadores de resistencia/susceptibilidad a las PGI que surgen de un desafío artificial con L 3 de H contortus.Instituto de GenéticaFil: Donzelli, María Valeria. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Donzelli, María Valeria. Universidad Nacional de Lomas de Zamora. Facultad de Ciencias Agrarias; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Anguil; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Agronomía; ArgentinaFil: Cetra, Bibiana Maria. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Mercedes; ArgentinaFil: Medus, Pablo Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Concepción del Uruguay; ArgentinaFil: Bonelli, Rita. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Concepción del Uruguay; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Raschia, Maria Agustina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Médicas; ArgentinaFil: Caffaro, María Eugenia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Universidad del Salvador. Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinaria; Argentin
Methodology for the identification of relevant loci for milk traits in dairy cattle, using machine learning algorithms
No full textMachine learning methods were considered efficient in identifying single nucleotide polymorphisms (SNP) underlying a trait of interest. This study aimed to construct predictive models using machine learning algorithms, to identify loci that best explain the variance in milk traits of dairy cattle. Further objectives involved validating the results by comparison with reported relevant regions and retrieving the pathways overrepresented by the genes flanking relevant SNPs. Regression models using XGBoost (XGB), LightGBM (LGB), and Random Forest (RF) algorithms were trained using estimated breeding values for milk production (EBVM), milk fat content (EBVF) and milk protein content (EBVP) as phenotypes and genotypes on 40417 SNPs as predictor variables. To evaluate their efficiency, metrics for actual vs. predicted values were determined in validation folds (XGB and LGB) and out-of-bag data (RF). Less than 4500 relevant SNPs were retrieved for each trait. Among the genes flanking them, signaling and transmembrane transporter activities were overrepresented.
The models trained:
•Predicted breeding values for animals not included in the dataset.
•Were efficient in identifying a subset of SNPs explaining phenotypic variation.
The results obtained using XGB and LGB algorithms agreed with previous results. Therefore, the method proposed could be applied for future association studies on milk traits.Instituto de GenéticaFil: Raschia, Maria Agustina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Ríos, Pablo J. Universidad de Buenos Aires; ArgentinaFil: Ríos, Pablo J. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Anguil; ArgentinaFil: Maizon, Daniel Omar. Universidad Nacional de La Pampa. Facultad de Agronomía; ArgentinaFil: Demitrio, Daniel Arturo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Dirección General de Sistemas de Información, Comunicación y Procesos. Gerencia de Informática y Gestión de la Información; ArgentinaFil: Demitrio, Daniel Arturo. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Universidad del Salvador. Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinaria; Argentin
Effects of breed and genomic inbreeding on milk, fat and protein lactation yields and fertility traits in pasture-based dairy cows in Argentina
No full textThe objective of the current study was to evaluate the effects of breed and genomic inbreeding on 305-day lactation yields of milk, fat and protein; and fertility traits of pasture-based dairy cows in Argentina. The genomic inbreeding and heterozygosity of 890 first-lactation cows and 27 bulls were calculated through methods based on the genomic relationship matrix and run of homozygosity using 44 174 single-nucleotide polymorphisms. Cows were classified into four breed groups: Holstein, Holstein crossbred, Holstein–Jersey crossbred and Jersey crossbred. The effect of genomic inbreeding was not significant on production traits, but inbred cows increased 3.0 days calving to conception interval (CCI) per 1% genomic inbreeding. On average, purebred Holstein cows produced 1119 kg milk, 22 kg fat and 30 kg protein more than Jersey crossbred cows. In the case of the fertility traits, Jersey crossbred cows had 45 days shorter CCI than purebred Holstein cows. A possible reason for the non-significant effects of genomic inbreeding of production and fertility traits is that these effects were evaluated in a crossbred population in which rates of heterozygosity would operate to some extent in the opposite direction to rates of genomic inbreeding.EEA PergaminoFil: Beribe, María José. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Pergamino. Sección Estadística; ArgentinaFil: Beribe, María José. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de ciencias bioquímicas y farmacéuticas. Área Estadística y Procesamiento de Datos; ArgentinaFil: Carignano, Hugo Adrián. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; ArgentinaFil: Carignano, Hugo Adrián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Poli, Mario Andrés. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaFil: Poli, Mario Andres. Universidad del Salvador, Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinaria; ArgentinaFil: López-Villalobos, Nicolás. Universidad Massey. Facultad de Agricultura y Medio Ambiente; Nueva Zeland
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