1,721,114 research outputs found

    Possible role of nucleotide correlations between human exon junctions

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    Abstract There is ample evidence that prediction of human splice sites can be refined by analyzing the nucleotides surrounding splice sites. This could mean that exon nucleotides over splice sites harbour information for the splicing process in addition to the coding information to specify aminoacids. We analyzed the correlations among the nucleotides lying at the end and at the beginning of all the consecutive human exons to seek relationships among the nucleotides. We have divided the sequences taking into account the phase of interruption. Even though exon sequences are involved in the coding function, we found phase-dependent, specific correlations in the area of exon junctions. These regularities do not give rise to specific motifs, but rather to a phase-specific nucleotide context that could contribute to define the splice site or aid the splicing machinery to join the exon ends. Results provide further evidence that accurate selection of human splice sites likely requires the contribution of exon regulatory sequences

    Analisi dei promotori di geni differenzialmente co-espressi ("accesi o spenti") durante la lattazione

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    Questo costituisce uno stadio di avanzamento di una più vasta ricerca che ha preso in considerazione due gruppi di geni che dagli esperimenti di microarray risultavano (1) simultaneamente co-attivati durante la lattazione e spenti simultaneamente al momento dell'involuzione della ghiandola mammaria e (2) simultaneamenti spenti durante la lattazione e co-attivati al momento dell'involuzione della ghiandola mammaria. La simultanea attivazione ed il simultaneo spegnimento dipendono in gran parte dalla presenza di gruppi di proteine di regolazione della trascrizione che si legano ai promotori anche se un certo contributo può derivare dall'organizzazione della cromatina. Abbiamo condotto una complessa ricerca computazionale per isolare le sequenze dei promotori dei geni dei due gruppi, (1) e (2) ed abbiamo identificato fattori di trascrizione che si potevano legare alle sequenze dei promotori così isolati. Il processo della lattazione appare molto conservato nell'uomo e nel topo, i dati qui riportati si riferiscono all'uomo
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