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Metabolómica Marina por Espectrometría de Masas en Condiciones Ambientales
No full textNicolás Zabalegui Trabajo original: Zabalegui, N., Manzi, M., Depoorter, A., Hayeck, N., Roveretto, M., Li, C., Pinxteren, M.V., Herrmann, H., George, C. and Monge, M.E., Seawater analysis by ambient mass-spectrometry-based seaomics. Atmospheric Chemistry and Physics 2020, 20(10), 6243-6257. La composición química de la superficie del océano influye en los procesos fisicoquímicos que ocurren en la interfaz aire-agua al conectar la biogeoquímica del océano con la química atmosférica en la..
Non-radiolabelled PCR consensus primers and automatic sequencing enable rapid identification of tumor-specific VH CDR3 in aggressive B-Cell Malignancies
No full textPostoperative Metabolic Phenoreversion in Clear Cell Renal Cell Carcinoma
No full textThe ultimate goal of surgical treatment in cancer is to remove the tumor mass for restoring a healthy state. A 16-lipid panel that discriminated healthy controls from clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) patients in a prior study was evaluated in the present work in paired-serum samples collected from patients (n = 41) before and after nephrectomy. Changes in the lipid and metabolite fingerprints from ccRCC patients were investigated and compared with fingerprints from healthy individuals obtained by means of ultra-performance liquid chromatography-high-resolution mass spectrometry. The lipid panel differentiated phenotypes associated with metabolic restoration after surgery, representing a serum signature of phenoreversion to a healthy metabolic state. In particular, PC 16:0/0:0, PC 18:2/18:2, and linoleic acid allowed discriminating serum samples from ccRCC patients with poor prognosis from those with an improved outcome during the follow-up period. Ratios of PC 16:0/0:0 and PC 18:2/18:2 with linoleic acid levels may contribute as prognostic tools to support decision-making during the patient follow-up care. The preliminary character of these results should be validated with larger cohorts, including subjects with different ethnicities, life style, and diets. MetaboLights study references: MTBLS1839, MTBLS3838, and MTBLS4629.Fil: Manzi, Malena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones en Bionanociencias "Elizabeth Jares Erijman"; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular; ArgentinaFil: Zabalegui, Nicolás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones en Bionanociencias "Elizabeth Jares Erijman"; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física; ArgentinaFil: Monge, Maria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones en Bionanociencias "Elizabeth Jares Erijman"; Argentin
Analytical strategies for mass spectrometry-based metabolomic studies : healthand atmospheric chemistry applications
No full textLa metabolómica es un campo en expansión a nivel mundial que estudia los cambios en los niveles de metabolitos en sistemas biológicos. La espectrometría de masas (MS) es una de las plataformas analíticas de preferencia para la caracterización del conjunto completo de moléculas pequeñas presentes en una muestra biológica (el metaboloma) debido a su sensibilidad y versatilidad, y ha sido aplicada a estudios metabolómicos en distintos campos, ya sea para analizar muestras de manera directa o bien acoplada a otras técnicas separativas. También se ha implementado con técnicas de desorción/ionización en condiciones ambientales. El propósito general de este trabajo de tesis es desarrollar estrategias analíticas por MS para analizar diferentes sistemas biológicos de manera de obtener paneles de metabolitos con potencial utilidad clínica en el estudio de cáncer renal o con relevancia en procesos atmosféricos. En el marco de las aplicaciones en química atmosférica, se desarrolló un método analítico utilizando la técnica de Análisis Directo en Tiempo Real (DART) acoplada a espectrometría de masas de alta resolución (HRMS) utilizando un espectrómetro con analizador de cuadrupolo tiempo de vuelo (QTOF), para el análisis de muestras de agua marina, y se evaluó su composición en relación a la capacidad de generación de aerosoles atmosféricos. Muestras de agua de mar recolectadas en la superficie del océano o a un metro de profundidad fueron discriminadas de acuerdo a los niveles de sus compuestos orgánicos disueltos usando una estrategia de metabolómica no dirigida e implementando procedimientos de control de calidad pioneros en el campo. En relación a las aplicaciones en salud humana, se realizó una exhaustiva revisión bibliográfica de estudios metabolómicos por MS para identificar las distintas estrategias adoptadas por la comunidad científica de metabolómica para mejorar el diagnóstico de cáncer renal. A partir del estudio de modelos in vitro, se realizó un análisis del exometaboloma de dos líneas celulares tumorales de carcinoma celular renal de células claras (CCRcc) y una línea celular no tumoral mediante un método de cromatografía líquida de ultra alta performance acoplada a HRMS (UPLC-HRMS) y se logró identificar un panel de metabolitos que permitió diferenciar los sistemas estudiados. Un subgrupo de metabolitos de dicho panel, identificado con el máximo nivel de confianza empleando estándares químicos comerciales y sintetizados en el laboratorio, permitió discriminar muestras séricas de pacientes con la enfermedad de controles sanos en una cohorte piloto (n=10). En un segundo estudio, se utilizó el mismo método analítico de UPLC-HRMS para obtener los perfiles metabólicos séricos en una cohorte (n=203) de controles sanos y pacientes con CCRcc en diferentes estadios y se aislaron variables metabólicas asociadas al diagnóstico y la progresión de la enfermedad. Además, tanto por UPLC-QTOF-MS como por DART-HRMS se identificaron huellas asociadas a los cambios post-quirúrgicos que ocurren en el fenotipo de los pacientes luego de haber sido sometidos a nefrectomía, a partir de la comparación de los perfiles obtenidos en muestras pareadas con los perfiles de controles sanos. Asimismo, se desarrolló un método de análisis rápido por DART-HRMS que permitió discriminar muestras de pacientes con CCRcc de controles sanos, detectando además un sub-grupo de lípidos discriminantes asociados al pronóstico de la enfermedad. Por último, se desarrolló una metodología para evaluar muestras candidatas a materiales de referencia en estudios metabolómicos no dirigidos por UPLC-HRMS en el marco de un estudio inter-laboratorio internacional.Metabolomics is a globally expanding field that studies changes in metabolite levels in various biological systems. Mass spectrometry is the analytical platform of preference for characterizing the small molecules present in a biological sample (the metabolome) due to its sensitivity and versatility. It has been applied to metabolomics studies in various fields, with direct sample analysis or coupled with other separation techniques, and it has also been implemented with ambient desorption/ionization techniques. The general aim of this doctoral thesis is to develop mass spectrometry-based analytical strategies to analyze different biological systems to obtain metabolite panels with potential clinical or atmospheric chemistry relevance. An analytical method was developed using Direct Analysis in Real Time (DART) coupled with high-resolution mass spectrometry (HRMS) using a quadrupole time-of-flight (QTOF) spectrometer as an approach to identifying organic molecules involved in aerosol formation processes at the air-water interface. Seawater samples, collected at the ocean surface or one-meter depth, were discriminated according to the levels of their dissolved organic compounds using an untargeted metabolomics strategy, and implementing pioneering quality control procedures in the field. Regarding applications in human health, an exhaustive literature review of mass spectrometry-based metabolomics studies was conducted to identify the different strategies adopted by the metabolomics scientific community to improve the diagnosis of renal cell carcinoma. Based on the study of in vitro models, metabolic footprints provided by conditioned media samples (n = 66) of two clear cell Renal Cell Carcinoma cell lines with different genetic backgrounds and a non-tumor renal cell line, were compared with the human serum metabolic profile of a pilot cohort (n=10), using an ultra-high performance liquid chromatography-HRMS (UPLC- HRMS)-based method. A metabolite panel allowed differentiating tumor from non-tumor cell lines and a subset of metabolites from this panel, identified with the highest level of confidence using commercial standards and standards synthesized in the laboratory, allowed discriminating serum samples from patients from healthy controls. In a second study, the same UPLC-HRMS-based analytical method was used to obtain serum metabolic profiles in a cohort (n=203) of healthy controls and ccRCC patients at different stages, and metabolic features associated with disease diagnosis and progression were isolated. In addition, signatures associated with the phenotype change after nephrectomy were identified in ccRCC patients by comparing the profiles obtained with UPLC-HRMS and DART-HRMS from paired samples. Furthermore, a fast DART-HRMS-based analysis method allowed discriminating ccRCC patients from healthy controls based on a subgroup of discriminating lipids associated with disease prognosis. Finally, a methodology was developed to evaluate reference materials in untargeted metabolomics studies by UPLC-HRMS in the context of an international inter-laboratory study.Fil: Zabalegui, Nicolás. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
La aventura del saber
No full textSe trata el uso de la energía nuclear con otros fines que no sean los bélicos a partir de 1970 cuando entra en vigor el Tratado de no Proliferación de Armas Nucleares. Y en 1968, se crea la Agencia Internacional para la Energía Atómica, encargada de controlar los riesgos de desviación de esta energía para fines militares.Biblioteca de Educación del Ministerio de Educación, Cultura y Deporte; Calle San Agustín, 5 - 3 Planta; 28014 Madrid; Tel. +34917748000; [email protected]
"Una tarde encontré un disco así de grande de aquella época". Los usos de así en el español hablado de Caracas
No full textEn el español de Venezuela, el adverbio así puede tener tres tipos deusos: 1) canónicos propios, cuando siguen las reglas gramaticales del españolgeneral (Esto es ASí); 2) canónicos opcionales, cuando son gramaticales peroforman parte de construcciones que pueden llevar o no el adverbio (Es ASí comoloco - Es como loco); y 3) no canónicos, cuando no siguen las reglas y sintácticamentese pueden eliminar (Encontré un disco ASí grande). En esta investigación analizolos usos del adverbio así en el Corpus Diacrónico del Habla de Caracas 1987/2013(CDHC’87/13) con los siguientes objetivos: 1) describir aspectos relevantes decada uno de estos usos; 2) determinar si con el tiempo ha aumentado algún tipo deusos (canónicos propios, canónicos opcionales y no canónicos); 3) precisar cuáles la función deíctica más frecuente de los usos no canónicos (anafórica o catafórica);y 4) determinar si estos últimos usos pueden estar relacionados con factores sociales(edad, nivel socioeconómico y sexo). Los resultados muestran que en elhabla caraqueña ha habido un aumento considerable de los usos no canónicos, queen este tipo de usos el adverbio cumple mayoritariamente una función catafórica,y que son las mujeres quienes más los emplean
La posición de los pronombres átonos en construcciones con verbos no conjugados en el español actual de Caracas
No full textEn el español actual, los pronombres átonos pueden anteponerse o posponerse en las perífrasis verbales de infinitivo (lo puedo hacer / puedo hacerlo), de gerundio (lo estoy viendo / estoy viéndolo), así como en construcciones no perifrásticas (lo intento hacer / intento hacerlo). Analizo la posición variable en dos corpus del español de Caracas, uno de lengua escrita y otro de lengua oral. El propósito es doble: establecer las tendencias predominantes de anteposición o posposición y determinar los factores que las favorecen. Los casos han sido codificados según las variables: i) tipo de construcción verbal; ii-iv) género, número y persona del pronombre; v) tipo de pronombre (complemento directo, indirecto, morfema de verbo pronominal, y se); vi) rasgo de animacidad del referente; vii) presencia/ausencia de palabra(s) entre el verbo auxiliar y el auxiliado. He analizado estadísticamente con el programa multivariado Goldvarb X solo las perífrasis verbales de infinitivo, ya que la cantidad de las de gerundio y de las construcciones perifrásticas no era suficiente para ese tipo de análisis. Los resultados muestran que los pronombres tienden a posponerse en el corpus escrito (60%) y a anteponerse en el oral (80%), aunque dos de las variables propuestas –Tipo de pronombre y Animacidad del referente– contribuyen significativamente a la posposición en ambos corpus.ABSTRACTthe position of unstressed pronouns in non-finitive verbs in current Caracas spanishIn current Spanish, the unstressed pronouns can precede or follow the verb in the periphrases of infinitive (lo puedo hacer / puedo hacerlo), of –ing forms (lo estoy viendo / estoy viéndolo) as well as in not periphrastic constructions (lo intento hacer / intento hacerlo). I analyze the variable position of pronouns in two corpora (written and spoken) of Caracas Spanish in order to establish the predominant tendencies of pre- and postposition and to determine the factors that favor these tendencies. The cases have been codified according to the variables: i) type of verbal construction; ii-iv) type, number and person of the pronoun; v) type of pronoun (direct and indirect object, morpheme of pronominal verb, and se); vi) referent’s characteristic of animacy; vii) presence/absence of word (s) between the auxiliary verb and the non-finite forms. Using the multivariate program Goldvarb X, I analyzed statistically the verbal periphrasis of infinitive only, because the number of gerund and of the periphrastic constructions was not sufficient for that type of analysis. The results show that the pronouns tend to follow the periphrasis in the written corpus (60%) and to precede it in the oral (80%),although two of the variables proposed -Type of pronoun and referent Animacy- contribute significantly to the posposition in both corpora.RÉSUMÉLa position du pronom atone dans les verbes non conjugués de l’espagnol de CaracasEn espagnol actuel, les pronoms atones peuvent précéder ou suivre le verbe dans les périphrases verbales de l’infinitif (lo puedo hacer / puedo hacerlo), ou du gérondif (lo estoy viendo / estoy viéndolo) ainsi que dans les constructions qui ne sont pas périphrastiques (lo intento hacer / intento hacerlo). J’analyse la position variable des pronoms dans deux corpus de l’espagnol de Caracas (un écrit et l’autre oral) afin d’établir les tendances prédominantes de pré- et post-position et de determiner les facteurs qui favorisent ces tendances. Les cas ont été codifiés selon les variables: i) le type de construction verbale ; ii-iv) le type, le nombre et la personne du pronom ; v) le type de pronom (l’objet direct et indirect, le morphème de verbe pronominal, et se; vi) la caractéristique d’animéité du référent; vii) la présence/absence de mot(s) entre l’auxiliaire et l’infinitif. Le programme multivarié Goldvarb X a été employé pour analyser statistiquement la périphrase verbale d’infinitif seulement, parce que le nombre de gérondif et de constructions périphrastiques n’était pas suffisant pour ce type d’analyse. Les résultats montrent que les pronoms ont tendance à suivre (60%) la périphrase dans le corpus écrit et à le précéder dans l’oral (80%), bien que deux des variables proposées -le Type de pronom et l’Animéité du référent- contribuent de manière significative à la post-position dans les deux corpus.RESUMOa posição dos pronomes átonos em verbos não conjugados no espanhol atual de CaracasNo espanhol atual, os pronomes átonos podem ser usados antes ou depois das perífrases verbais de infinitivo (lo puedo hacer / puedo hacerlo), de gerúndio (lo estoy viendo / estoy viéndolo), assim como em construções não perifrásticas (lo intento hacer / intento hacerlo). Analiso a posição variável em dois corpus do espanhol de Caracas, um de língua escrita e outro de língua oral. O propósito é duplo: estabelecer as tendências predominadoras de anteposição ou pós-posição e determinar os fatores que as favorecem. Os casos foram codificados segundo as variáveis: i) tipo de construção verbal; ii-iv) género, número e pessoa do pronome; v) tipo de pronome (complemento direto, indireto, morfema de verbo pronominal, e se); vi) marca de animacidade do referente; vii) presença/ausência de palavra(s) entre o verbo auxiliar e o auxiliado. Só analisei estadisticamente com o programa multivariado Goldvarb X as perífrases verbais de infinitivo, já que a quantidade das de gerúndio e das construções perifrásticas não era suficiente para esse tipo de análise. Os resultados mostram que os pronomes são geralmente pospostos no corpus escrito (60%) e antepostos no oral (80%), embora duas das variáveis propostas -Tipo de pronome e Animacidade do referente- contribuem significativamente à pós-posição em ambos os corpus
A VER SI NOS PERDEMOS: LA CONSTRUCCIÓN A VER SI EN LA HISTORIA DEL ESPAÑOL
No full textEn esta investigación se analiza la construcción a ver si en la historia del español, a partir de la distinción entre usos primarios y usos secundarios. En los primarios, la construcción depende de un segmento sintáctico anterior (Pregunte a su hermana a ver si ella sabe algo); en los secundarios, a ver si encabeza oraciones autónomas que llevan asociados valores pragmáticos de distinto tipo (A ver si nos perdemos). He extraído los casos del Corpus Diacrónico del Español (CORDE) y los he codificado, primeramente, según el tipo de uso (primario o secundario) y de acuerdo al siglo en que fue escrito el texto. Posteriormente, he codificado los usos primarios según el tipo de verbo del que depende la construcción (transitivo, intransitivo, copulativo e impersonal) y los secundarios según el tipo de enunciado (expresivo o directivo), el subtipo de enunciado y su pertenencia o no a una secuencia discursiva dialogal. Los resultados muestran que: i) los usos primarios se dan primordialmente en dependencia de verbos intransitivos; ii) los usos secundarios son tardíos y se emplean mayoritariamente en secuencias discursivas dialogales; y iii) a ver si encabeza, fundamentalmente, enunciados expresivos de deseo o expectativa y enunciados directivos de mandato o solicitud.A ver si nos perdemos: The Construction a ver si in the History of SpanishABSTRACTThis study investigates the construction a ver si throughout the history of the Spanish language, based on the distinction between its primary and secondary usages. In the former case, the construction depends on a previous syntactic segment (Pregunte a su hermana a ver si ella sabe algo), and in the latter, a ver si heads independent sentences that have different pragmatic values (A ver si nos perdemos). I took the cases which I analyzed from the Corpus Diacrónico del Español (CORDE) and categorized them, firstly, according to their type of usage (primary or secondary) and the century in which the text was written. Secondly, I categorized the primary usages according to the type of verb that this construction depends on (transitive, intransitive, copulative, and impersonal), and the secondary usages according to the type of statement (expressive or directive), the subtype, and whether it occurs in a dialogue or not. The results show that: i) the primary usages basically depend on intransitive verbs; ii) the secondary usages are of late appearance in the history of Spanish and are mainly used in dialogues; and iii) a ver si heads, mostly, expressive statements of desire or expectations, as well as directive statements of order or request.A ver si nos perdemos : la construction « a ver si » dans l’histoire de l’espagnolRÉSUMÉCette recherche porte sur une analyse de la construction a ver si dans l’histoire de l’espagnol à partir de la distinction entre les emplois primaires et les emplois secondaires. Quant aux emplois primaires, la construction dépend d’un segment syntactique précédent (Pregunte a su hermana a ver si ella sabe algo). Pour ce qui est des emplois secondaires, a ver si paraît en tête de phrases autonomes aux valeurs pragmatiques différentes (A ver si nos perdemos). Les cas ont été tirés du Corpus diachronique de l\u27espagnol (CORDE) et classés, d’abord, par le type d’emploi (primaire ou secondaire) et selon le siècle auquel appartient le texte. Ensuite, les emplois primaires ont été classés selon le type de verbe de la proposition principale (transitif, intransitif, copulatif et impersonnel), et les secondaires, selon le type d’énoncé (expressif ou directif), le subtype d’énoncé et son rapport ou manque de rapport avec une séquence discursive propre au dialogue. Les résultats montrent que: i) les emplois primaires sont surtout liés à des propositions principales aux verbes intransitifs ; ii) les emplois secondaires ont paru plus tard et sont surtout associés aux séquences discursives propres aux dialogues ; et iii) a ver si paraît en tête de phrase, fondamentalement, si les énoncés sont expressifs de désir ou d’expectative ou directifs d’ordre ou de demande.Para ver se nos perdemos: a construção para ver se na história do espanholRESUMONesta pesquisa, é analisada a construção para ver se na história do espanhol, a partir da diferença entre usos primários e usos secundários. Nos primários, a construção depende de um segmento sintático anterior (Pergunte para sua irmã para ver se ela sabe alguma coisa); nos secundários, para ver se inicia frases independentes que estão ligados a valores pragmáticos diferentes aos dos usos primários (para ver se nos perdemos, cujo significado em espanhol é a possibilidade de alguma coisa acontecer, isto é, talvez nos percamos). Selecionei casos do Corpues Diacrônico do Espanhol (CORDE) e os codifiquei, em primeiro lugar, segundo o tipo de uso (primário ou secundário) e segundo o século no qual foi escrito o texto. Posteriormente, classifiquei os usos primários conforme o tipo de verbo do que depende a construção (transitivo, intransitivo, copulativo e impessoal); e os secundários segundo o tipo de enunciado (expressivo ou diretivo), segundo o subtipo de enunciado e, depois, se pertence ou não a uma sequência dialogal. Os resultados evidenciam: i) os usos primários prevalecem quando dependem de verbos intransitivos; ii) os usos secundários são tardios e são utilizados principalmente em sequências dialogais; e iii) para ver se inicia, principalmente, enunciados expressivos de desejo ou expectativa e enunciados diretivos de mandado ou solicitação
CONSTRUCCIONES A VER SI, PARA VER SI Y POR VER SI
No full textSe analizan, desde una perspectiva diacrónica, los significados de ver en las construcciones a ver si, para ver si y por ver si que dependen de un verbo. El propósito es determinar las características de a ver si frente a las otras dos construcciones, ya que ésta es la única que puede emplearse también en oraciones autónomas. Distingo tres tipos de significados y tres grados de certeza: i) objetivo y certeza alta; ii) objetivo-subjetivo y certeza media; y iii) subjetivo y certeza baja. He codificado los casos extraídos del Corpus Diacrónico del Español (CORDE) de acuerdo al siglo en que fue escrito el texto y según el tipo de significado. Los resultados muestran que: a) por ver si se usa primordialmente hasta el siglo XVII; y b) el empleo de para ver si está relacionado con el significado objetivo, mientras que a ver si lo está con los significados objetivo-subjetivo y subjetivo
Influence of Surface Finish and Porosity on the Fatigue behaviour of A356 Aluminium Casting Alloy
No full textIn casting parts, due to the manufacturing process, the presence of defects such as porosity, inclusions and oxide films is unavoidable. All these irregularities have a negative effect on the component performance. Several works have demonstrated that, among them, porosity is especially detrimental to the fatigue properties. As most fatigue failures nucleate at the surface of a material, casting defects at or near the surface and surface roughness become an extremely important factor in determining the fatigue strength of cast components.Very little research has been conducted into the influence of both surface quality and porosity on the fatigue behaviour of aluminium castings parts. In the present work, the effects of two different surface qualities (machined and as-cast) on fatigue behaviour of an A356 casting alloy were studied. The S-N curves obtained showed that the cast surface had higher fatigue strength than the machined one. The failure in cast specimens initiated predominantly from valleys of the rough surface near pores or inclusions. On the other hand, in machined surfaces, the cracks initiated directly from surface pores. Thus, the improvement in fatigue life was attributed to a longer crack “initiation” period
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