627 research outputs found
Klaudiinit ja epiteliomesenkymaalinen transitio keuhkosyövissä ja keuhkoahtaumataudissa
No full textAbstractLung cancers and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) are the most common smoking-related lung diseases and both have high mortality rate. Tight junctions (TJ) are apical junctions between epithelial cells that regulate the permeability of epithelium and form the tight junction along with occludin. Dysfunction of the TJ and dysregulation of TJ proteins leads to a loss of cell-cell adhesion and a loss of cohesion as well as epitheliomesenchymal transition. These increase invasion of lung carcinomas and possibly predispose to the exacerbations in COPD. Therefore, the aim of this thesis was to study expression and regulation of claudins in different lung carcinomas and COPD.Carcinomas expressed claudins 1, 2, 3, 4, 5 and 7 in different variations. Claudin 5 expression was weak in all carcinoma types. Strong claudin 1, 4 and 7 expression was associated with better survival in squamous cell carcinoma and adenocarcinoma. Claudin 3 expression was associated with COPD in large airways. Claudins 3 and 4 was found to be stronger in small airways of smokers and COPD patients than in non-smokers.Transcription factor snail had prognostic value in lung carcinomas. Negative snail expression was associated with longer life expectancy in lung carcinoma patients. Negative snail expression was associated with up-regulated claudin 5 and 7 expression, while strong expression was associated with low claudin 1 and 3 expression. Transcription factors slug and twist were inversely associated with claudins 3 and 4 in small and large airways. Slug expression was higher in non-smokers than in COPD patients and smokers.Transcription factor knockdown increased claudin expression in normal bronchial cell line. Except for claudin 2 and 7, which were decreased. Adenocarcinoma-like cell line was not affected by snail knockdown and in squamous cell carcinoma-like cell line claudin 3, 4 and 7 expression was increased. Transcription factor snail knockdown inhibited invasion of cell lines. Twist knockdown increased transepithelial resistance in normal bronchial cell line indicating higher barrier function in cell layer.TiivistelmäKeuhkosyöpä ja keuhkoahtaumatauti ovat yleisiä tupakoinnin aiheuttamia keuhkosairauksia, joissa on korkea kuolleisuus. Tupakointi aiheuttaa muutoksia keuhkojen epiteelisoluissa ja solujen välisissä liitoksissa. Tiivisliitokset solujen välillä säätelevät epiteelin rakennetta ja läpäisevyyttä. Klaudiinit ovat proteiineja, jotka muodostavat tiivisliitoksen yhdessä okkludiinin kanssa. Tiivisliitos proteiinien toimintahäiriöt voivat johtaa solujen välisten liitosten katoamiseen ja epiteelin hajoamiseen sekä epiteelisolujen muuntumiseen mesenkymaalisten solujan kaltaisiksi. Nämä seikat lisäävät invaasiota keuhkosyövissä ja saattavat altistaa pahenemisvaiheisiin keuhkoahtaumataudissa. Väitöskirjassa tutkittiin klaudiinien ilmentymistä ja säätelyä keuhkosyövässä ja keuhkoahtaumataudissa.Klaudiinien1, 2, 3, 4, 5 ja 7 esiintyminen keuhkosyövän histologisissa alatyypeissä vaihteli. Klaudiinien 1, 4 ja 7 voimakas ilmentyminen voitiin yhdistää pidempään elinikään potilailla, joilla oli levyepiteeli- tai adenokarsinooma. Klaudiini 3:n ilmentyminen liittyi keuhkoahtaumatautiin suurissa hengitysteissä. Klaudiinien 3 ja 4 voimakas ilmeneminen pienissä ilmateissä oli yleisempää keuhkoahtaumatautipotilailla ja tupakoitsijoilla kuin tupakoimattomilla henkilöillä.Transkriptiotekijä snailin puuttuminen keuhkosyövässä liittyi potilaiden pidempään elinaikaan. Klaudiinien 5 ja 7 ilmeneminen oli voimakkaampaa, kun snailin määrä oli vähäinen. Klaudiinien 1 ja 3 ilmeneminen väheni snail:in ollessa voimakas keuhkosyövässä. Traskriptiotekijöiden (slug ja twist) ilmeneminen liittyi käänteisesti klaudiinien ilmentymiseen pienissä ja suurissa ilmateissä. Slugin ilmeneminen oli voimakkaampaa tupakoimattomilla henkilöillä kuin tupakoivilla tai keuhkoahtaumatautia sairastavilla.Transkriptiotekijöiden snail, slug ja twist toiminnan estäminen lisäsi klaudiinien määrää normaaleissa keuhkon epiteelisoluissa. Poikkeuksen muodostivat klaudiinit 2 ja 7, joiden määrä väheni kun snail:in toiminta oli estetty. Adenokarsinooma-soluissa snailin estolla ei ollut vaikutusta, ja levyepiteelisyövän soluissa klaudiinien 3, 4 ja 7 määrä kasvoi. Snail myös vähensi solujen invaasiota. Transkriptiotekijä twistin toiminnan esto normaaleissa keuhkoepiteelisoluissa nosti solumaton läpi kulkevan sähkön resistenssiä, mikä on osoitus tiiviistä solujen välisistä liitoksista.Academic Dissertation to be presented with the assent of the Doctoral Training Committee of Health and Biosciences of the University of Oulu for public defence in Auditorium 8 of Oulu University Hospital, on 1 November 2013, at 12 noonAbstract
Lung cancers and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) are the most common smoking-related lung diseases and both have high mortality rate. Tight junctions (TJ) are apical junctions between epithelial cells that regulate the permeability of epithelium and form the tight junction along with occludin. Dysfunction of the TJ and dysregulation of TJ proteins leads to a loss of cell-cell adhesion and a loss of cohesion as well as epitheliomesenchymal transition. These increase invasion of lung carcinomas and possibly predispose to the exacerbations in COPD. Therefore, the aim of this thesis was to study expression and regulation of claudins in different lung carcinomas and COPD.
Carcinomas expressed claudins 1, 2, 3, 4, 5 and 7 in different variations. Claudin 5 expression was weak in all carcinoma types. Strong claudin 1, 4 and 7 expression was associated with better survival in squamous cell carcinoma and adenocarcinoma. Claudin 3 expression was associated with COPD in large airways. Claudins 3 and 4 was found to be stronger in small airways of smokers and COPD patients than in non-smokers.
Transcription factor snail had prognostic value in lung carcinomas. Negative snail expression was associated with longer life expectancy in lung carcinoma patients. Negative snail expression was associated with up-regulated claudin 5 and 7 expression, while strong expression was associated with low claudin 1 and 3 expression. Transcription factors slug and twist were inversely associated with claudins 3 and 4 in small and large airways. Slug expression was higher in non-smokers than in COPD patients and smokers.
Transcription factor knockdown increased claudin expression in normal bronchial cell line. Except for claudin 2 and 7, which were decreased. Adenocarcinoma-like cell line was not affected by snail knockdown and in squamous cell carcinoma-like cell line claudin 3, 4 and 7 expression was increased. Transcription factor snail knockdown inhibited invasion of cell lines. Twist knockdown increased transepithelial resistance in normal bronchial cell line indicating higher barrier function in cell layer.Tiivistelmä
Keuhkosyöpä ja keuhkoahtaumatauti ovat yleisiä tupakoinnin aiheuttamia keuhkosairauksia, joissa on korkea kuolleisuus. Tupakointi aiheuttaa muutoksia keuhkojen epiteelisoluissa ja solujen välisissä liitoksissa. Tiivisliitokset solujen välillä säätelevät epiteelin rakennetta ja läpäisevyyttä. Klaudiinit ovat proteiineja, jotka muodostavat tiivisliitoksen yhdessä okkludiinin kanssa. Tiivisliitos proteiinien toimintahäiriöt voivat johtaa solujen välisten liitosten katoamiseen ja epiteelin hajoamiseen sekä epiteelisolujen muuntumiseen mesenkymaalisten solujan kaltaisiksi. Nämä seikat lisäävät invaasiota keuhkosyövissä ja saattavat altistaa pahenemisvaiheisiin keuhkoahtaumataudissa. Väitöskirjassa tutkittiin klaudiinien ilmentymistä ja säätelyä keuhkosyövässä ja keuhkoahtaumataudissa.
Klaudiinien1, 2, 3, 4, 5 ja 7 esiintyminen keuhkosyövän histologisissa alatyypeissä vaihteli. Klaudiinien 1, 4 ja 7 voimakas ilmentyminen voitiin yhdistää pidempään elinikään potilailla, joilla oli levyepiteeli- tai adenokarsinooma. Klaudiini 3:n ilmentyminen liittyi keuhkoahtaumatautiin suurissa hengitysteissä. Klaudiinien 3 ja 4 voimakas ilmeneminen pienissä ilmateissä oli yleisempää keuhkoahtaumatautipotilailla ja tupakoitsijoilla kuin tupakoimattomilla henkilöillä.
Transkriptiotekijä snailin puuttuminen keuhkosyövässä liittyi potilaiden pidempään elinaikaan. Klaudiinien 5 ja 7 ilmeneminen oli voimakkaampaa, kun snailin määrä oli vähäinen. Klaudiinien 1 ja 3 ilmeneminen väheni snail:in ollessa voimakas keuhkosyövässä. Traskriptiotekijöiden (slug ja twist) ilmeneminen liittyi käänteisesti klaudiinien ilmentymiseen pienissä ja suurissa ilmateissä. Slugin ilmeneminen oli voimakkaampaa tupakoimattomilla henkilöillä kuin tupakoivilla tai keuhkoahtaumatautia sairastavilla.
Transkriptiotekijöiden snail, slug ja twist toiminnan estäminen lisäsi klaudiinien määrää normaaleissa keuhkon epiteelisoluissa. Poikkeuksen muodostivat klaudiinit 2 ja 7, joiden määrä väheni kun snail:in toiminta oli estetty. Adenokarsinooma-soluissa snailin estolla ei ollut vaikutusta, ja levyepiteelisyövän soluissa klaudiinien 3, 4 ja 7 määrä kasvoi. Snail myös vähensi solujen invaasiota. Transkriptiotekijä twistin toiminnan esto normaaleissa keuhkoepiteelisoluissa nosti solumaton läpi kulkevan sähkön resistenssiä, mikä on osoitus tiiviistä solujen välisistä liitoksista
Claudins and epitheliomesenchymal transition in lung carcinomas and chronic obstructive pulmonary disease
No full textAbstract
Lung cancers and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) are the most common smoking-related lung diseases and both have high mortality rate. Tight junctions (TJ) are apical junctions between epithelial cells that regulate the permeability of epithelium and form the tight junction along with occludin. Dysfunction of the TJ and dysregulation of TJ proteins leads to a loss of cell-cell adhesion and a loss of cohesion as well as epitheliomesenchymal transition. These increase invasion of lung carcinomas and possibly predispose to the exacerbations in COPD. Therefore, the aim of this thesis was to study expression and regulation of claudins in different lung carcinomas and COPD.
Carcinomas expressed claudins 1, 2, 3, 4, 5 and 7 in different variations. Claudin 5 expression was weak in all carcinoma types. Strong claudin 1, 4 and 7 expression was associated with better survival in squamous cell carcinoma and adenocarcinoma. Claudin 3 expression was associated with COPD in large airways. Claudins 3 and 4 was found to be stronger in small airways of smokers and COPD patients than in non-smokers.
Transcription factor snail had prognostic value in lung carcinomas. Negative snail expression was associated with longer life expectancy in lung carcinoma patients. Negative snail expression was associated with up-regulated claudin 5 and 7 expression, while strong expression was associated with low claudin 1 and 3 expression. Transcription factors slug and twist were inversely associated with claudins 3 and 4 in small and large airways. Slug expression was higher in non-smokers than in COPD patients and smokers.
Transcription factor knockdown increased claudin expression in normal bronchial cell line. Except for claudin 2 and 7, which were decreased. Adenocarcinoma-like cell line was not affected by snail knockdown and in squamous cell carcinoma-like cell line claudin 3, 4 and 7 expression was increased. Transcription factor snail knockdown inhibited invasion of cell lines. Twist knockdown increased transepithelial resistance in normal bronchial cell line indicating higher barrier function in cell layer.Tiivistelmä
Keuhkosyöpä ja keuhkoahtaumatauti ovat yleisiä tupakoinnin aiheuttamia keuhkosairauksia, joissa on korkea kuolleisuus. Tupakointi aiheuttaa muutoksia keuhkojen epiteelisoluissa ja solujen välisissä liitoksissa. Tiivisliitokset solujen välillä säätelevät epiteelin rakennetta ja läpäisevyyttä. Klaudiinit ovat proteiineja, jotka muodostavat tiivisliitoksen yhdessä okkludiinin kanssa. Tiivisliitos proteiinien toimintahäiriöt voivat johtaa solujen välisten liitosten katoamiseen ja epiteelin hajoamiseen sekä epiteelisolujen muuntumiseen mesenkymaalisten solujan kaltaisiksi. Nämä seikat lisäävät invaasiota keuhkosyövissä ja saattavat altistaa pahenemisvaiheisiin keuhkoahtaumataudissa. Väitöskirjassa tutkittiin klaudiinien ilmentymistä ja säätelyä keuhkosyövässä ja keuhkoahtaumataudissa.
Klaudiinien1, 2, 3, 4, 5 ja 7 esiintyminen keuhkosyövän histologisissa alatyypeissä vaihteli. Klaudiinien 1, 4 ja 7 voimakas ilmentyminen voitiin yhdistää pidempään elinikään potilailla, joilla oli levyepiteeli- tai adenokarsinooma. Klaudiini 3:n ilmentyminen liittyi keuhkoahtaumatautiin suurissa hengitysteissä. Klaudiinien 3 ja 4 voimakas ilmeneminen pienissä ilmateissä oli yleisempää keuhkoahtaumatautipotilailla ja tupakoitsijoilla kuin tupakoimattomilla henkilöillä.
Transkriptiotekijä snailin puuttuminen keuhkosyövässä liittyi potilaiden pidempään elinaikaan. Klaudiinien 5 ja 7 ilmeneminen oli voimakkaampaa, kun snailin määrä oli vähäinen. Klaudiinien 1 ja 3 ilmeneminen väheni snail:in ollessa voimakas keuhkosyövässä. Traskriptiotekijöiden (slug ja twist) ilmeneminen liittyi käänteisesti klaudiinien ilmentymiseen pienissä ja suurissa ilmateissä. Slugin ilmeneminen oli voimakkaampaa tupakoimattomilla henkilöillä kuin tupakoivilla tai keuhkoahtaumatautia sairastavilla.
Transkriptiotekijöiden snail, slug ja twist toiminnan estäminen lisäsi klaudiinien määrää normaaleissa keuhkon epiteelisoluissa. Poikkeuksen muodostivat klaudiinit 2 ja 7, joiden määrä väheni kun snail:in toiminta oli estetty. Adenokarsinooma-soluissa snailin estolla ei ollut vaikutusta, ja levyepiteelisyövän soluissa klaudiinien 3, 4 ja 7 määrä kasvoi. Snail myös vähensi solujen invaasiota. Transkriptiotekijä twistin toiminnan esto normaaleissa keuhkoepiteelisoluissa nosti solumaton läpi kulkevan sähkön resistenssiä, mikä on osoitus tiiviistä solujen välisistä liitoksista
SPARC and collagen IV in development of the human lung
No full textSecreted protein acidic and rich in cysteine (SPARC) ja kollageeni IV (COLIV) ovat ekstrasellulaarisia eli soluvälitilassa olevia proteiineja, jotka kykenevät säätelemään kudosten rakennetta ja toimintaa ja siten niillä on myös tärkeä rooli keuhkojen homeostaasin ylläpitämisessä. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli tutkia SPARC:n ja COLIV:n soluspesifistä ilmentymistä ihmiskeuhkojen eri vaiheissa (pseudoglandulaarivaihe, sakkulaarivaihe, kanalikulaarivaihe ja alveolaarivaihe) sikiökehityksen aikana.
Tutkimusaineisto koostui neonataalikauden keuhkokudosnäytteistä keuhkojen eri kehityskausilta. Näytteistä tutkittiin SPARC:n ja COLIV:n ilmentymistä lähetti-RNA- (l-RNA-) käänteistranskriptaasipolymeraasiketjureaktiolla (RT-PCR) ja proteiinitasolla immunohistokemiallisin värjäyksin. Immunohistokemiallisten värjäysten tulosten tulkinnassa käytettiin sekä semikvantitatiivista että kvantitatiivista automatisoitua menetelmää.
RT-PCR:n ja immunohistokemiallisten värjäysten tuloksista todettiin, että molemmat proteiinit ilmentyivät keuhkojen eri kehitysvaiheiden aikana samantyyppisesti. Immunohistokemiallisten värjäysten ilmentymät voimistuivat asteittain pseudoglandulaarivaiheesta sakkulaarivaiheeseen ja vähenivät hieman alveolaarivaiheessa. Ilmentyminen oli kuitenkin yhä voimakkaampaa alveolaarivaiheessa kuin kehityksen alussa. RT-PCR:n tulosten mukaan SPARC:n ja COLIV:n l-RNA:n ilmentyminen lisääntyi pseudoglandulaarivaiheesta sakkulaarivaiheeseen ja lopulta laski hieman alveolaarivaiheessa. Kokonais-l-RNA:n määrä oli korkeampi alveolaarivaiheessa kuin pseudoglandulaarivaiheessa. Normaalissa ihmisen keuhkon kehityksessä SPARC:n ja COLIV:n määrät siis vaihtelevat kehityskausittain, mutta niiden ilmenemisen muutokset ovat samantapaisia. Havaittu johtopäätös on aiemmin tunnistettu eläinmalleissa ja se on nyt ensimmäistä kertaa demonstroitu myös kehittyvässä ihmiskeuhkossa
A basic family of iteration functions for polynomial root finding and its characterizations
No full textLet be a polynomial of degree with coefficients in a subfield of the complex numbers. For each natural number , let be the lower triangular matrix whose diagonal entries are and for each , its -th subdiagonal entries are . For , let be the matrix obtained from by deleting its first rows and its last columns. . Then, the function is a member of , where for any , is the set of all rational iteration functions such that for all roots of , , with 's also rational and well-defined at . Given , and a simple root of , , , and . For we obtain . For and , coincides with Newton's and Halley's, respectively. If all roots of are simple, is the unique member of . By making use of the identity , we arrive at two recursive formulas for constructing iteration functions within the family. In particular the 's can be generated using one of these formulas. Moreover, the other formula gives a simple scheme for constructing a family of iteration functions credited to Euler as well as Schr"oder, whose -th order member belong to , . The iteration functions within can be extended to arbitrary smooth functions , with the automatic replacement of with in as well as .Technical report lcsr-tr-25
The Music of Heikki Aaltoila as genotext in the Film Niskavuoren Heta
No full textTiedekunta – Fakultet – Faculty
Humanistinen tiedekunta Koulutusohjelma – Utbildningsprogram – Degree Programme
Filosofian, historian, kulttuurin ja taiteiden tutkimuksen laitos
Opintosuunta – Studieinriktning – Study Track
Musiikkitiede
Tekijä – Författare – Author
Maini Tuominen
Työn nimi – Arbetets titel – Title Khorasta kuuloasentoon
Khorasta kuuloasentoon Heikki Aaltoilan musiikki Niskavuoren Heta –elokuvan genotekstinä sivuja 46
Tiivistelmä – Referat – Abstract
Tutkielma käsittelee Niskavuoren Heta -elokuvan musiikkia ja sen suhdetta elokuvan muuhun kerrontaan. Tärkeänä viitekehyksenä on psykoanalyyttinen musiikin ja elokuvamusiikin tutkimus, mutta tutkielmassa on perehdytty myös muuhun elokuvamusiikin tutkimukseen ja sen historiaan.
Tutkielmassa elokuvan musiikki otetaan lähikuunteluun – irrottamatta sitä elokuvan muusta kerronnasta – ja luodaan nimenomaan tutkittavana olevasta elokuvasta sen oma sisäinen musiikkifunktioiden luokittelu. Tätä luokittelua verrataan Anu Juvan elokuvamusiikin funktio- analyysiin.
Elokuvan musiikkia analysoidaan Julia Kristevan terminologiaa käyttäen siten, että elokuvan näyttämölliset tapahtumat – valkokankaalla – käsitellään fenotekstinä ja musiikki edustaa genotekstiä. Fenoteksti kertoo siitä, miten asioiden halutaan olevan, miltä niiden halutaan näyttävän ja mikä on ikäänkuin ”totuus” asioista. Genoteksti taas paljastaa syvempiä tunteita ja ja ajatuksia; elokuvassa tämä tapahtuu musiikin keinoin. Näitä käsitteitä selvennetään paneutumalla Kristevan muuhunkin ajatteluun, lähinnä pienen lapsen eriytymättömään maailmaan ennen verbaalisen kielen kehittymistä. Tämä maailma on se osa mielen rakennetta, joka pysyy meissä läpi elämän ja jota kuvataan tiedostamattomana mielen osana. Lapsen olemassaolon tapaa, joka on yhtä äidin kanssa ja joka koostuu äänistä, rytmeistä, kosketuksista ja niin edelleen, Kristeva kutsuu nimellä khora.
Tämä tutkielma pyrkii osoittamaan Niskavuoren Heta –elokuvan musiikin analysoimisen avulla, miten meillä on elokuvamusiikissa – kuten musiikissa yleisemminkin – suora yhteys arkaaiseen kehitysvaiheeseemme
Westfälische Wilhelms-Universität, Münster
No full textArchival notes from Westfälische Wilhelms-Universität Münster, Institut für Rechtsgeschichte.
Welles to Koschaker letters: Five letters from Professor C. Bradford Welles to Paul Koschaker.
Die Ehe von Ruth: A manuscript entitled “Die Ehe von Ruth” (unknown author)
Divergent expression of claudin -1, -3, -4, -5 and -7 in developing human lung
No full textAbstract Background Claudins are the main components of tight junctions, structures which are associated with cell polarity and permeability. The aim of this study was to analyze the expression of claudins 1, 3, 4, 5, and 7 in developing human lung tissues from 12 to 40 weeks of gestation. Methods 47 cases were analyzed by immunohistochemisty for claudins 1, 3, 4, 5 and 7. 23 cases were also investigated by quantitative RT-PCR for claudin-1, -3 and -4. Results Claudin-1 was expressed in epithelium of bronchi and large bronchioles from week 12 onwards but it was not detected in epithelium of developing alveoli. Claudin-3, -4 and -7 were strongly expressed in bronchial epithelium from week 12 to week 40, and they were also expressed in alveoli from week 16 to week 40. Claudin-5 was expressed strongly during all periods in endothelial cells. It was expressed also in epithelium of bronchi from week 12 to week 40, and in alveoli during the canalicular period. RT-PCR analyses revealed detectable amounts of RNAs for claudins 1, 3 and 4 in all cases studied. Conclusion Claudin-1, -3, -4, -5, and -7 are expressed in developing human lung from week 12 to week 40 with distinct locations and in divergent quantities. The expression of claudin-1 was restricted to the bronchial epithelium, whereas claudin-3, -4 and -7 were positive also in alveolar epithelium as well as in the bronchial epithelium. All claudins studied are linked to the development of airways, whereas claudin-3, -4, -5 and -7, but not claudin-1, are involved in the development of acinus and the differentiation of alveolar epithelial cells.</p
Applications of physics-informed machine learning in chemical engineering
No full textThesis (Ph. D.)--University of Rochester. Department of Chemical Engineering, 2023.
"For this co-first author manuscript, Heta wrote the sections dealing with active learning and symbolic regression" -- page xv
" For the manuscript, as second author, David wrote the part on time horizon derivation in the supporting information of Chapter 3 (B.1)."--page xviTraditionally, testing of a given scientific hypothesis was hard due to the scarcity and limitations of the data that each experiment could produce. Today, experimental data collection at higher quantities, yet at lower relative costs has given a rise to data-driven modeling approaches. The main shortcoming of these black-box data-driven models is their complicated interpretability, mainly due to lacking a connection to the system’s underlying physics. In contrast, physics-based models try to generate predictive data by solving complex mathematical formulations that are derived based on the conservation laws and physical principles. Regardless of their complexity, these models are still a proxy representation of a biased physical reality and in many cases, they fail at replicating the natural phenomena to the full extent. In this dissertation, the two approaches are combined over a variety of different problems relevant to chemical engineering, with the key idea of mitigating the disadvantages of using purely physics-based or data-driven models. This research demonstrates on flexibility of machine learning in application to computational fluid dynamics, epidemiological modeling, and peptide design
- …
