333 research outputs found
TaskNav: task-based navigation of software documentation
No full textTo help developers navigate documentation, we introduce TaskNav, a tool that automatically discovers and indexes task descriptions in software documentation. With TaskNav, we conceptualize tasks as specific programming actions that have been described in the documentation. TaskNav presents these extracted task descriptions along with concepts, code elements, and section headers in an auto-complete search interface. Our preliminary evaluation indicates that search results identified through extracted task descriptions are more helpful to developers than those found through other means, and that they help bridge the gap between documentation structure and the information needs of software developers.Christoph Treude, Mathieu Sicard, Marc Klocke, and Martin Robillar
G.M., auteur d'un dizain dans les liminaires du livre VI de l'Amadis, est Mathieu Guinel
No full textDans une précédente notule, nous avions montré que c'était Mathieu Guinel qui se cachait derrière la signature tronquée "Ma G" et la devise "A un t'humilie". Il semble non moins assuré que cet auteur, qui a donné plusieurs liminaires pour différents livres de la série des Amadis, soit également celui qui signe le dizain intitulé "A l'Homere d'Amadis" que l'on trouve en tête du livre VI dès l'édition de 1545. G.M. (Mathieu Guinel), "A l'Homere d'Amadis", Le Sixiesme livre d'Amadis, Paris, Ser..
D'une enquête anagrammatique. "A un t'humilie", devise de Mathieu Guinel
No full textL'auteur qui signe "A un t'humilie" est vraisemblablement Mathieu Guinel actif au milieu des années 1530. On peut fonder cette identification sur plusieurs indices concordants fournis par une des pièces signées de cette devise, "Jeune seigneur, gentil prevost d'Oué", qui porte au titre la mention abrégée "Ma G Ja de B." dans le manuscrit B.N. fr 24029. Ms. B.N. fr 24029, détail du f. 132 v° - Titre de la pièce "Ma. g. Ja. de b." Ms. B.N. fr 24029, détail du f. 133 v° - Signature de la pièc..
Neuroprotective effect of hyperbaric oxygen therapy monitored by MR-imaging after embolic stroke in rats
No full textCo-author Kenneth Sicard is a doctoral student in the MD/PhD Program in the Morningside Graduate School of Biomedical Sciences (GSBS) at UMass Medical School.The potential neuroprotective effects of hyperbaric oxygen (HBO) were tested in an embolic model of focal cerebral ischemia with partially spontaneous reperfusion. Rats (n = 10) were subjected to embolic middle cerebral artery occlusion (MCAO) and diffusion weighted MRI (DWI) was performed at baseline, 1, 3, and 6 h after MCAO to determine the ADC viability threshold yielding the lesion volumes that best approximated the 2,3,5-triphenyltetrazolium chloride (TTC) infarct volumes at 24 h (experiment 1). For assessment of neuroprotective effects, rats were treated with 100% oxygen at 2.5 atmospheres absolute (ATA, n = 15) or normobaric room air (n = 15) for 60 min beginning 180 min after MCAO (experiment 2). DWI-, perfusion (PWI)- and T2-weighted MRI (T2WI) started within 0.5 h after MCAO and was continued 5 h, 24 h (PWI and T2WI only), and 168 h (T2WI only). Infarct volume was calculated based on TTC-staining at 24 h (experiment 1) or 168 h (experiment 2) post-MCAO. ADC-lesion evolution was maximal between 3 and 6 h. In experiment 2, the relative regional cerebral blood volume (rCBV) of both groups showed similar incomplete spontaneous reperfusion in the ischemic core. HBO reduced infarct volume to 145.3 +/- 39.6 mm3 vs. 202.5 +/- 58.3 mm3 (control, P = 0.029). As shown by MRI and TTC, HBO treatment demonstrated significant neuroprotection at 5 h after embolic focal cerebral ischemia that lasted for 168 h.MD/Ph
Pour continuer à dérouler le fil de l'œuvre de Mathieu Guinel
No full textDans deux notules précédentes, nous avions montré que la devise "A ung te humilie" était l'anagramme de Mathieu Guinel (voir ici) et que l'un des liminaires du livre VI de l'Amadis, signé des initiales G.M. pouvait également lui être attribué (voir là). Guillaume Berthon attire à présent notre attention sur deux épîtres, "Cuydant avoir receu, Sire, la somme" et "Ce Roy qui doit mieulx estre que Pompée", qui ont pu être attribuées à Clément Marot (Les Œuvres de C. Marot, éd. Guiffrey, Paris, J..
Ecology and Evolution of Culex pipiens-Wolbachia-Densovirus Tripartite Interactions
No full textLes récents progrès des technologies de séquençage et des techniques de biologie moléculaire ont permis aux chercheurs de révéler l'ubiquité et la diversité des virus. Malgré ces progrès, la découverte des virus s'est surtout concentrée sur les virus de vertébrés. De plus, les virus connus sont très peu étudiés en terme d'écologie virale. Les arthropodes de par leur histoire évolutive ancienne représentent 80% de la diversité animale sur notre planète. L'omniprésence de l'endosymbiose chez les arthropodes et leur capacité d’héberger des symbiotes (parfois multiples) suggèrent que leurs interactions avec leurs virus pourraient également être de nature symbiotique, allant des interactions durables de type mutualiste à celles de type antagoniste. Dans ce contexte, mon travail de thèse s’est concentré sur un densovirus de moustiques, le Culex pipiens densovirus (CpDV), en étudiant leur prévalence et leur diversité dans les populations naturelles de moustiques Culex pipiens et leurs interactions avec les bactéries endosymbiotiques Wolbachia dans un système naturel hôte-bactérie-virus (Cx. pipiens -Wolbachia - CpDV), tant dans des populations naturelles que des colonies de laboratoire. Nous avons révélé une forte prévalence et une grande diversité de CpDV dans les populations mondiales de Cx. pipiens. De plus, le CpDV infecte de façon persistante les lignées de laboratoire et est transmis verticalement avec l'endosymbiote Wolbachia. Nous montrons une prévalence et une diversité élevées du CpDV en Turquie et en Tunisie, et nous nous sommes concentrés davantage sur ces deux pays pour étu-dier les interactions Wolbachia-CpDV dans les populations naturelles. En Tunisie, dans une zone de contact étroite où deux groupes de Wolbachia génétiquement distincts coexistent, ces différents groupes de Wolba-chia influencent la prévalence et la diversité du CpDV. Nous montrons également une corrélation positive entre la densité de Wolbachia et la densité de CpDV. D’une manière globale, nos résultats suggèrent que le système CpDV-Cx.pipiens -Wolbachia et plus généralement les densovirus sont de bons modèles pour étudier les interactions écologiques entre ces partenaires et leur évolution dans la nature et au laboratoire.Virus discovery has long depended on the observation of outbreaks, and the research to understand their pathogenicity depended on their culture. The advances of sequencing technology and molecular biology tech-niques allowed researchers to discover the ubiquity and the diversity of viruses. Despite these advances, virus discovery remains mainly focused on vertebrate viruses. Furthermore, even the known diversity of these virus-es is poorly studied in term of virus ecology. Arthropods with their ancient evolutionary history represent 80% of animal diversity on our planet. The ubiquity of endosymbiosis in arthropods and their ability to support (sometimes multiple) symbionts suggest that their interactions with their viruses might be of symbi-otic nature, intimate long-term associations with outcomes ranging from mutualistic to antagonistic. In this context, this PhD dissertation focuses on a mosquito densovirus, Culex pipiens densovirus (CpDV), to in-vestigate their prevalence and diversity in natural populations of Culex pipiens mosquitoes and their inter-actions with endosymbiotic bacteria Wolbachia in a natural host-bacteria-virus system (Cx. pipiens -Wolbachia - CpDV) both in natural populations and laboratory colonies. We reveal a high prevalence and diversity of CpDV in worldwide Cx. pipiens populations. Moreover, CpDV persistently infects laboratory lines and are vertically transmitted along with their hosts’ endosymbiont Wolbachia. We reveal high CpDV prevalence and diversity in Turkey and Tunisia and further focus on these two countries to investigate Wolbachia-CpDV interactions in natural populations. In Tunisia, in a narrow contact zone where two ge-netically distinct Wolbachia groups coexist, different Wolbachia groups influences CpDV prevalence and diversity. Moreover, we show a positive correlation between Wolbachia density and CpDV density. Overall, our results suggests that CpDV-Cx.pipiens -Wolbachia system is a good model system to study the ecologi-cal interactions between these partners and their evolution together both in the nature and in laboratory conditions. Densoviruses with their diversity and long-term evolution with their hosts, and their easily ma-nipulated small genomes, are good models to study complex host-virus-bacteria interactions as well as virus ecology and evolution in a symbiotic context
Wolbachia horizontal transfers between terrestrial isopods : immediate and evolutionary consequences for both hosts and symbionts
No full textLes bactéries endosymbiotiques Wolbachia se transmettent verticalement de la mère aux descendants mais également horizontalement d'un hôte arthropode à l'autre. Chez les isopodes terrestres, les Wolbachia montrent une diversité et une prévalence élevées et bouleversent la reproduction de leurs hôtes en féminisant les mâles ou en induisant des incompatibilités de croisements.Nous avons utilisé la diversité de ces souches de Wolbachia pour étudier leur plasticité en terme de changement d'hôte et l'évolution de leur virulence. Nos résultats montrent la grande plasticité des Wolbachia, s'installant chez tous les hôtes testés. Par ailleurs, un transfert horizontal est possible à partir de différentes sources tissulaires : ovaires et hémocytes ainsi que lors de la prédation d'un individu infecté. De plus, les transferts horizontaux aux échelles intra comme interspécifique peuvent modifier la nature des interactions entre Wolbachia et leurs hôtes et mener à une relation de type hôte-pathogène. Ce type d'interaction a été spécifiquement exploré pour comprendre les mécanismes impliqués dans les changements de virulence. Nous avons démontré que la réponse autophagique de l'hôte contre Wolbachia pouvait jouer un rôle majeur dans la nature pathogène de l'interaction. De plus, par une approche d'évolution expérimentale, nous montrons que Wolbachia peut devenir pathogène pour son hôte natif chez qui elle est habituellement peu virulente. En détournant les Wolbachia de leur voie de transmission verticale et en les transmettant uniquement de manière horizontale, elles deviennent beaucoup plus invasives et tuent leur hôte.Wolbachia are basically endosymbiotic bacteria, vertically transmitted from mother to offspring. However, they can also pass horizontally from one arthropod host to another. Among terrestrial isopods, the Wolbachia exhibit high diversity and prevalence and disturb their host reproduction by feminizing males into females or inducing crossing incompatibilities.We took advantage of this diversity of Wolbachia in terrestrial isopods to study their plasticity through hosts switching and the evolution of their virulence. Our results highlighted their huge plasticity as they were capable of settling in all the tested terrestrial isopods hosts. These horizontal transfers can be performed with different tissues as a source of Wolbachia: Ovaries and hemocytes, but also when an uninfected host preyed an infected one. Moreover, horizontal transfers can modify the nature of the interaction between Wolbachia and their hosts moving towards a host-pathogen relationship. We further explored such conflicting interactions in order to investigate the reasons of the changes in virulence. We demonstrated that the host autophagic response against Wolbachia can turn against the host itself and making the symbiont a pathogen. Moreover, by using experimental evolution, we revealed that Wolbachia could increase in virulence against the native host it normally does not harm in a context of vertical transmission. When we disrupted the vertical transmission mode in order to exclusively transmit Wolbachia by horizontal contagious mode, they became much more invasive and rapidly killed their native host
Genetic bases and cytological mechanisms underlying cytoplasmic incompatibility diversity induced by Wolbachia in the Culex pipiens mosquito.
No full textLes Wolbachia sont des alpha-protéobactéries intracellulaires transmises verticalement de la mère aux descendants via les ovocytes. Du fait de ce mode de transmission, des stratégies de manipulation de la reproduction favorisant leur propagation ont été sélectionnées chez ces bactéries. La plus communément utilisée par Wolbachia s’appelle l’incompatibilité cytoplasmique (IC). L’IC a lieu lorsque des mâles infectés copulent avec des femelles non infectées ou infectées par des Wolbachia incompatibles et se traduit par la mort des descendants avant l’éclosion. L’IC est généralement conceptualisée comme un modèle mod/resc ou toxine/antidote dans lequel les Wolbachia présentes chez les mâles introduiraient dans les spermatozoïdes une toxine (fonction mod) qui, après la fécondation, entrainerait la mort des embryons, sauf si les Wolbachia présentes dans l’œuf produisent un antidote (fonction resc). C’est chez l’espèce de moustique Culex pipiens que la plus grande diversité de phénotypes d’IC a été décrite. Cette diversité repose uniquement sur la diversité des souches de Wolbachia hébergées par C. pipiens. Dans cette thèse, nous avons mené la première étude des mécanismes cytologiques responsables de la mort des embryons dans les croisements incompatibles chez C. pipiens. Nous avons montré que des défauts de condensation et de ségrégation de la chromatine paternelle lors de la première division embryonnaire entraînent la mort des embryons dans tous les croisements incompatibles étudiés. Ces défauts cellulaires sont les seuls observés, ce qui indique que la diversité de relations d’IC décrite chez C. pipiens ne repose pas sur une diversité de défauts cellulaires. L’étude, chez plusieurs souches de wPips, de l’opéron cidA/cidB dont l’implication fonctionnelle dans l’IC a récemment été mise en évidence chez la drosophile, nous a permis de montrer que cet opéron est amplifié et polymorphe dans tous les génomes de wPips séquencés. L’exploration des variants de cet opéron dans les génomes de Wolbachia infectant des populations naturelles de C. pipiens, à l’aide de plus de 250 lignées isofemelles, a permis d’associer de manière robuste une variation de cidB avec un changement dans le phénotype mod de certains mâles. En outre, la présence d’un variant ubiquitaire de cidA, supporte le rôle de ce gène dans la fonction resc. Ainsi, chez C. pipiens, l’opéron cidA/cidB grâce à son amplification et sa diversification est impliqué dans la diversité des phénotypes d’IC et fonctionnerait comme un système toxine-mod /antidote-resc : cidB étant impliqué dans la fonction mod et cidA dans la fonction resc.Wolbachia are intracellular alpha-proteobacteria vertically transmitted from mothers to their offspring through oocytes. As a consequence of this transmission mode, reproductive manipulation strategies that promote bacteria spread in host populations have been selected. The most common manipulation used by Wolbachia is called cytoplasmic incompatibility (CI). CI occurs when infected males mate with uninfected or incompatible Wolbachia-infected females and results in the death of offspring before hatching. CI is generally conceptualized as a mod/resc or toxin/antidote model in which paternal Wolbachia would introduce a toxin (mod function) in sperms which would, after fertilization, induce embryonic death unless an antidote produced by maternal Wolbachia in the egg counteracts its effect (resc function). A to date unique diversity of CI phenotypes has been described in the mosquito species Culex pipiens. This diversity is based solely on the diversity of Wolbachia strains hosted by C. pipiens. In this PhD, we conducted, in C. pipiens, the first study of the cytological mechanism behind embryonic mortality in CI crosses. We showed that paternal chromatin condensation and segregation defects during the first embryonic division were responsible for embryonic death in all CI crosses. These CI defects were the only ones observed indicating that the diversity of CI phenotypes in C. pipiens is not based on a diversity of cellular mechanisms. We then studied the cidA/cidB operon in several wPip strains as the functional involvement of this operon in CI was recently demonstrated in Drosophila. We showed that this operon is amplified and polymorphic in all genomes of sequenced wPip. Investigation of cidA/cidB variants in Wolbachia genomes infecting natural populations of C. pipiens, using more than 250 isofemale lines, enabled us to reveal a robust association between cidB variations and change in mod phenotype. In addition, the presence of an ubiquitous cidA variant supports the role of this gene in the resc function. In C. pipiens, the cidA/cidB operon, through its amplification and diversification, is involved in the CI phenotypes diversity and would operate as a toxin-mod / antidote-resc system: cidB being involved in the mod function and cidA in the resc function
«Lettres sur Odessa» by Charles Sicard : to the history of distribution and provenance of the book
No full textВ сообщении собраны сведения об экземплярах «Писем об Одессе» (Lettres sur
Odessa. St.-Pétersbourg : de l’imprimerie de Pluchart et Comp., 1812) обосновавшегося в Одессе французского негоцианта Шарля Сикара. Представлена информация об особенностях экземпляров (экслибрисах, штампах, дарственных
надписях), изученных de visu, а также зафиксированы данные о наличии книги
в книгохранилищах различных стран, имеющиеся в электронных каталогах,
базах данных и сети Интернет.У повідомленні зібрані відомості про примірники «Листів про Одесу» (Lettres
sur Odessa. – St.-Pétersbourg : de l’imprimerie de Pluchart et Comp., 1812). Автором цього твору був Шарль (Карл Яковлевич) Сікар (Charles Sicard-ainé; 1773–
1830) – успішний французький негоціант, який прибув до Одеси з Марселя в
1804 р., друг та однодумець герцога Рішельє, купець 1-ї гільдії, генеральний
консул Російської імперії в Ліворно. Цей «одесафільський» опус, що яскраво демонстрував перспективи розвитку одеського порту як одного з центрів
чорноморської торгівлі, має репутацію гідного згадки пам’ятника економічної
думки початку XIX століття.
Авторка повідомлення намагалась створити віртуальний перелік примірників
книги, які збереглися до теперішнього часів. В результаті розвідок, що були
проведені в бібліотеках України, Росії та Франції, а також аналізу даних про
наявність книги в книгосховищах різних країн за даними в електронних каталогах, базах даних і мережі Інтернет, вдалося встановити місцезнаходження
понад трьох десятків екземплярів з книгосховищ Європи, Північної Америки та Австралії; з них дванадцять були переглянуті de visu. У низці випадків
власницькі ознаки примірника (перш за все – екслібриси і штампи) допомогли встановити провенанс конкретного екземпляра, історію його побутування
в складі як особистих книжкових зібрань колишніх власників (знаменитого
колекціонера графа П. К. Сухтелена, першого директора Одеської публічної
бібліотеки А. Ф. Спади, швейцарського генерала і державного діяча Ф. С. Лагарпа та ін.), так і бібліотек громадського користування. Серед виявлених
примірників особливе місце займають книги з дарчими написами автора
«Листів про Одесу».The paper contains information about copies of Lettres sur Odessa (St.-Pétersbourg :
de l’imprimerie de Pluchart et Comp., 1812). The book was written by Charles
Sicard (Charles Sicard-ainé; 1773–1830), a French merchant who in 1804 arrived
from Marseille in Odessa where he became a reputed merchant of the 1st guild
and General Consul of the Russian Empire in Livorno known as well as Duke
of Richelieu’s like-minded friend. This oeuvre, which clearly demonstrates the
prospects for the development of the Odessa port as one of the centers of the Black
Sea trade, is considered to be a monument of economic thought of the early 19th
century, which is worth mentioning.
The author of the paper is pretended to create a virtual list of surviving copies of the
book. As a result of searches in the libraries of Ukraine, Russia and France, as well
as analysis of data on the availability of the book in libraries in various countries,
that is represented in electronic catalogues, databases and the Internet, it was possible
to locate more than three dozen copies from bookstores in Europe, North America
and Australia; of which twelve were viewed de visu. In some cases, the ownership
features left on the copy (primarily bookplates and stamps) helped establish the
provenance of a particular copy, the history of its existence as a part of both personal
book collections of previous owners (a famous collector Count P. K. Sukhtelen, the
first director of the Odessa Public Library A. F. Spada, a Swiss general and statesman
F. S. Lagarpe etc.) and public libraries. Among the identified copies, special attention
is paid to those bearing inscriptions of the author of the book
Sagon instrumentalise l'éloge de Saint-Gelais dans la querelle qui l'oppose à Marot (1537)
No full textDernière mise à jour : 24 septembre 2014 Mathieu de Boutigny [i.e. François Sagon], Le Rabais du caquet de Fripelippes et de Marot, dict Rat pelé, adictioné avec le comment., sl., sn., sd. (1537). Voir la numérisation ici. Le passage suivant se trouve f. aij v° - aiij r° : Je ne veuil pas rabaisser les creditcz Des excellans par toy nommez et dictz, De sainct Gelez : cherouet : chappuy : seve, Ces quatre icy ne sont folz estourdys Comme ton maistre : obstiné en mesdiz Dont en esprit le mien ..
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