56 research outputs found
ELECTRONIC SUPPLEMENTARY DATASETS - MATHEUS COLLI SILVA PHD DISSERTATION 2023
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Natural history specimens collected and/or identified and deposited.
No full textNatural history specimen data collected and/or identified by Matheus Colli-Silva, <a href="https://orcid.org/0000-0001-7130-3920">https://orcid.org/0000-0001-7130-3920</a>. Claims or attributions were made on Bionomia, <a href="http://bionomia.net">https://bionomia.net</a> using specimen data from the Global Biodiversity Information Facility, <a href="https://gbif.org">https://gbif.org</a>
Natural history specimens collected and/or identified and deposited.
No full textNatural history specimen data collected and/or identified by Matheus Colli-Silva, <a href="https://orcid.org/0000-0001-7130-3920">https://orcid.org/0000-0001-7130-3920</a>. Claims or attributions were made on Bionomia, <a href="http://bionomia.net">https://bionomia.net</a> using specimen data from the Global Biodiversity Information Facility, <a href="https://gbif.org">https://gbif.org</a>
Natural history specimens collected and/or identified and deposited.
No full textNatural history specimen data collected and/or identified by Matheus Colli-Silva, <a href="https://orcid.org/0000-0001-7130-3920">https://orcid.org/0000-0001-7130-3920</a>. Claims or attributions were made on Bionomia, <a href="http://bionomia.net">https://bionomia.net</a> using specimen data from the Global Biodiversity Information Facility, <a href="https://gbif.org">https://gbif.org</a>
Documentos do Memorial - Matheus Colli Silva - UFPE (2024)
No full textOs números de referência sobrescritos em cada documento PDF do memorial correspondem aos comprovantes listados no documento oficial do Memorial, submetido na plataforma do concurso público para a UFPE. Os documentos foram compilados em uma pasta e estão disponíveis para acesso através de um link privado hospedado no FigShare, que permanecerá disponível para download até 17/05/2024. É importante ressaltar que este link é privado e não deve ser compartilhado ou publicado sem autorização do detentor dos documentos. Todos os direitos reservados.</p
Registros de espécies no Parque Ecológico Perequê, Cubatão, São Paulo
No full textRegistros de ocorrência de espécimes coletadas em expedição de campo dia 16 de abril de 2018 no Parque Ecológico Perequê, Cubatão, São Paulo. Como requisito para cumprimento da disciplina "BIB5759 - O Herbário, suas Coleções e seu Funcionamento", oferecida pelos professores Renato de Mello-Silva, Rafaela C. Forzza e Gregório Ceccantini
Diagnóstico do conhecimento da biodiversidade de plantas vasculares nas unidades de conservação do estado de São Paulo / Diagnosis of biodiversity knowledge of vascular plants in protected areas of São Paulo state - Material Suplementar / Supplementary Material
No full textTabela S1 – Riqueza de espécies de samambaias e licófitas por família, considerando também o total de espécies da família que possuem registros no interior de áreas protegidas, o total de espécies endêmicas do estado de São Paulo e as espécies ameaçadas. A busca de espécies no interior de áreas protegidas considera registros no período entre 1890 a 2014 (Colli-Silva et al. 2016). (P = espécies que ocorrem no interior de áreas protegidas, não estão ameaçadas de extinção e não são endêmicas do estado de São Paulo; A = espécies ameaçadas de extinção que não ocorrem no interior de áreas protegidas e não são endêmicas do estado de São Paulo; E = espécies endêmicas do estado de São Paulo que não ocorrem no interior de áreas protegidas e não estão ameaçadas de extinção; PA = espécies ameaçadas de extinção que ocorrem no interior de áreas protegidas e são endêmicas do estado de São Paulo; PE = espécies que ocorrem no interior de áreas protegidas, são endêmicas do estado de São Paulo e não estão ameaçadas de extinção; AE = espécies ameaçadas de extinção, endêmicas do estado de São Paulo e que não ocorrem no interior de áreas protegidas; PAE = espécies que ocorrem no interior de áreas protegidas, são endêmicas de São Paulo e estão ameaçadas de extinção; C = espécies que não ocorrem no interior de áreas protegidas, não são endêmicas do estado de São Paulo nem estão ameaçadas de extinção; T = soma das categorias anteriores, que corresponde ao número de espécies conhecidas da família).
Table S1 – Species richness of ferns and lycophytes per family, considering also the total amount of species of the family that have known records inside protected areas, the total number of endemic species to São Paulo state and threatened species. The search for species inside protected areas considers records collected between 1890 and 2014 (Colli-Silva et al. 2016). (P = species with higher degree of protection since there are records inside UCs. A = threatened, near threatened or extinct species; E = species endemic to the state of São Paulo; PA = threatened or extinct species, not endemic to the state of São Paulo and that have records inside UCs; PE = species that have records inside protected areas, are endemic to São Paulo state and are not threatened; AE = threatened or extinct species, endemic to the state of São Paulo and that have no records inside UCs; PAE = threatened or extinct species, endemic to the state of São Paulo and that have records inside UCs. C = species that do not occur inside any protected area, are not endemic to São Paulo state neither threatened; T = sum of all previous categories, which corresponds to the total amount of known species of the family.
Tabela S2 – Riqueza de espécies de plantas com semente (gimnospermas e angiospermas) por família, considerando também o total de espécies da família que possuem registros no interior de áreas protegidas, o total de espécies endêmicas do estado de São Paulo e as espécies ameaçadas. A busca de espécies no interior de áreas protegidas considera registros no período entre 1890 a 2014 (Colli-Silva et al. 2016). (P = espécies que ocorrem no interior de áreas protegidas, não estão ameaçadas de extinção e não são endêmicas do estado de São Paulo; A = espécies ameaçadas de extinção que não ocorrem no interior de áreas protegidas e não são endêmicas do estado de São Paulo; E = espécies endêmicas do estado de São Paulo que não ocorrem no interior de áreas protegidas e não estão ameaçadas de extinção; PA = espécies ameaçadas de extinção que ocorrem no interior de áreas protegidas e são endêmicas do estado de São Paulo; PE = espécies que ocorrem no interior de áreas protegidas, são endêmicas do estado de São Paulo e não estão ameaçadas de extinção; AE = espécies ameaçadas de extinção, endêmicas do estado de São Paulo e que não ocorrem no interior de áreas protegidas; PAE = espécies que ocorrem no interior de áreas protegidas, são endêmicas de São Paulo e estão ameaçadas de extinção; C = espécies que não ocorrem no interior de áreas protegidas, não são endêmicas do estado de São Paulo nem estão ameaçadas de extinção; T = soma das categorias anteriores, que corresponde ao número de espécies conhecidas da família).
Table S2 – Species richness of seed plants (gymnosperms and angiosperms) per family, considering also the total amount of species of the family that have known records inside protected areas, the total number of endemic species to São Paulo state and threatened species. The search for species inside protected areas considers records collected between 1890 and 2014 (Colli-Silva et al. 2016). (P = species with higher degree of protection since there are records inside UCs. A = threatened, near threatened or extinct species; E = species endemic to the state of São Paulo; PA = threatened or extinct species, not endemic to the state of São Paulo and that have records inside UCs; PE = species that have records inside protected areas, are endemic to São Paulo state and are not threatened; AE = threatened or extinct species, endemic to the state of São Paulo and that have no records inside UCs; PAE = threatened or extinct species, endemic to the state of São Paulo and that have records inside UCs. C = species that do not occur inside any protected area, are not endemic to São Paulo state neither threatened; T = sum of all previous categories, which corresponds to the total amount of known species of the family.Material suplementar da nota científica Diagnóstico do conhecimento da biodiversidade de plantas vasculares nas unidades de conservação do estado de São Paulo, publicada na revista Rodriguésia vol.70.2019Supplementary material of the short communication Diagnosis of biodiversity knowledge of vascular plants in protected areas of São Paulo state, published at Rodriguésia vol.70.2019</div
CACAU PARA QUÊ? LEVANTAMENTO BIBLIOGRÁFICO SOBRE OS USOS MATERIAIS E SIMBÓLICOS DAS ESPÉCIES DE CACAUS DO BRASIL
No full textEsforços contínuos têm documentado o uso de ca. 40 “espécies de cacaus nativas” gêneros Theobroma L. e Herrania Goudot, Malvaceae, dezesseis delas ocorrentes no Brasil. Nesse contexto, este estudo teve como objetivo realizar uma revisão bibliográfica com caráter de síntese sobre os usos conhecidos, nomes populares e histórico das espécies que ocorrem no Brasil. Uma ampla busca nos repositórios de artigos científicos produziu um compilado de trabalhos que descrevem usos, nomes populares e demais informações relevantes sobre o uso dessas espécies em diferentes contextos (urbano, rural ou indígena). Estas, juntamente a uma análise criteriosa dos materiais depositados nos herbários, subsidiaram uma sistematização dos usos materiais e simbólicos das espécies de cacaus nativas do país. Ao todo, foram analisados 31 artigos científicos e livros, e exatos 100 registros etnobotânicos constantes nas etiquetas de espécimes preservados em herbários. Foram encontrados registros etnobotânicos sobre oito espécies de Theobroma e duas de Herrania, com destaque para o uso do fruto para fins alimentícios. No Brasil, os registros alimentícios são encontrados por toda a área de distribuição das espécies em contexto rural e urbano, enquanto que registros de outra natureza (espiritual, artesanal, medicinal) são mais pontuais e característicos de comunidades indígenas, com destaque para aquelas do Médio-Alto Rio Negro. Os resultados são discutidos em função da diversidade e categorias de uso das espécies, bem como considerando o padrão de distribuição espacial de usos no território brasileiro
Biogeografia e conservação de Byttnerioideae, Helicteroideae e Sterculioideae (Malvaceae) na América do Sul, com uma sinopse taxonômica na Mata Atlântica
No full textMapping and discussing biogeographical patterns are essential to understand the origin and evolution of lineages, especially important for current understudied taxonomical groups, such as the Malvaceae. Malvaceae is particularly diverse in South America, with high levels of species richness and endemism, but whose basic questions of biogeography, conservation and taxonomy are outdated and unassessed. Moreover, the current availability of larger online repositories allows the development of new comparative surveys with particularly diverse groups at a continental scale. In this thesis, we used as model three selected subfamilies of Malvaceae--Byttnerioideae, Helicteroideae and Sterculioideae--summing 271 species in 11 genera for South America, to assess questions of biogeography, collection bias, taxonomy and conservation of the groups and of the areas where the taxa occur. Specifically, we (1) built an occurrence database for all selected species via an extensive literature survey and consulting herbarium collections, towards synthetizing the overall distribution pattern of the subfamilies in South America, as well as to estimate bioregions and areas with low sampling efforts; (2) selected species with a particular disjunct pattern to bring insights on the discussion of the biogeography of open seasonally dry areas; (3) used the manual revisited database to compare its performance with an modeled and automatized built dataset when representing species inside South American protected areas network; (4) selected two genera--Ayenia and Byttneria--to provide a taxonomical synopsis of the group in the Atlantic Forest, a novel and important contribution for the region and for the group; and (5) performed a recircumscription and a nomenclatural historic of a misapplied name--Pterygota brasiliensis Allemão--also summarizing the distribution of the genus in the globe. This master thesis resulted in four manuscripts and one annex for publication and brought new subsidies and insights towards further assessments with Malvaceae groups on biogeography, evolution and conservation of the family and of different South American vegetationsMapear e discutir padrões biogeográficos é a base para o entendimento da evolução e diversificação das linhagens, especialmente importante para grupos pouco estudados, como é o caso de Malvaceae. Malvaceae é particularmente diversa na América do Sul, com altos índices de riqueza específica e endemismo, mas cujas questões básicas de biogeografia, conservação e taxonomia estão desatualizadas ou inexploradas. Paralelamente, a disponibilidade de dados nos repositórios online possibilita novos estudos de síntese com grupos diversos e em escala continental. Neste projeto, utilizamos como modelo três subfamílias de Malvaceae -- Byttnerioideae, Helicteroideae e Sterculioideae -- totalizando 271 espécies em 11 gêneros na América do Sul, para responder questões de síntese de padrões biogeográficos, viés de coleta, taxonomia e conservação dos grupos e das áreas onde os táxons ocorrem. Especificamente, nós (1) construímos uma base de dados de ocorrência para as espécies das três subfamílias, com base na consulta da literatura especializada e nas coleções dos herbários, buscando sintetizar o padrão espacial das subfamílias de Malvaceae na América do Sul, bem como estimando biorregiões e eventuais áreas com baixo esforço de coleta; (2) selecionamos espécies com padrão curiosamente disjunto para trazer novos insights na discussão sobre a biogeografia das áreas abertas e sazonalmente secas Neotropicais; (3) utilizamos a base de dados de ocorrência produzida para comparar a sua performance bom dados modelados ou obtidos automaticamente na representatividade das espécies na rede de unidades de conservação sul-americanas; (4) selecionamos dois gêneros -- Ayenia e Byttneria -- para realizar uma sinopse taxonômica na Mata Atlântica, uma contribuição necessária e importante à região e ao grupo; e (5) realizamos uma recircunscrição e um histórico nomenclatural sobre um nome mal aplicado -- Pterygota brasiliensis Allemão -- e revisamos a distribuição do gênero no planeta. Esta tese resultou em quatro capítulos e um anexo em formato de publicação, trazendo contribuições significativas sobre a evolução e conservação do grupo e das vegetações sul-americanas, bem como subsídios a estudos futuros com grupos de Malvaceae Neotropicai
Unraveling cacaos: systematics and evolution of Theobroma L and Herrania Goudot (Malvaceae, Byttnerioideae)
No full textA Amazônia é a maior e mais rica floresta tropical do mundo, fonte de uma grande quantidade de espécies de plantas e o principal repositório de serviços ecossistêmicos relevantes globalmente. A floresta é também o berço de muitas espécies vegetais nativas da região Neotropical, e uma quantidade significativa delas desempenhou um importante papel na história da humanidade desde o início do Holoceno. Estudar a origem e a história natural desses grupos é, portanto, a base para construir uma compreensão holística sobre a Amazônia, e o grupo dos cacaus, com espécies tradicionalmente alocadas em dois gêneros Theobroma e Herrania mostra-se como um ótimo modelo de estudo. Neste projeto de doutorado, propus revisar o estado nomenclatural e taxonômico das espécies silvestres de cacaus, estudando a evolução morfológica e genômica populacional de táxons selecionados. Especificamente, os objetivos desta tese são (1) revisar morfologia e distribuição dos táxons de Theobroma e Herrania atualmente reconhecidos, reavaliando as delimitações taxonômicas a nível específico; (2) buscar sinapomorfias morfológicas e discutir a evolução de tais caracteres; (3) avaliar como a diversidade genômica de populações de cacau (T. cacao) se comporta em relação aos seus níveis de divergência de genes sob seleção; e (4) explorar a origem e história natural do cupuaçu (T. grandiflorum), uma espécie economicamente relevante no Brasil, conhecida por seus frutos enormes e apreciada por sua polpa. Esta tese está organizada em nove capítulos e quatro partes: tratamento taxonômico, filogenética e evolução, genômica populacional e mobilização de dados e estudos derivados, cada parte abordando um ou mais objetivos associados a este projeto. Primeiramente, meus resultados para a revisão taxonômica consistem em descrições completas e atualizadas para um total de 35 espécies de Theobroma/Herrania alocadas em seis seções, além de três espécies novas. Em segundo lugar, uma nova filogenia revelou a parafilia de Theobroma e subsidiou o restabelecimento de Theobroma incluindo Herrania como uma de suas seções. Em terceiro lugar, usando uma abordagem de sequenciamento de alto rendimento, pude rastrear os efeitos diferenciais de seleção natural/artificial em diferentes populações de cacau. Além disso, demonstrei pela primeira vez que o cupuaçu não uma espécie selvagem, mas sim uma forma domesticada criada a partir de seu parente próximo, o cupuí (T. subincanum), de modo que eu pude não apenas rastrear onde e quando o cupuaçu se originou, mas também mostrar a existência de um único evento de domesticação ocorrido no Médio-Alto Amazonas no Holoceno Médio, mediado por povos indígenas que manipulavam a floresta muito antes da colonização europeia. Finalmente, apresento um banco de dados de coleções de espécimes preservados de Theobroma, e descrevo um estudo que discute a área nativa de T. cacao, sob uma perspectiva de sensoriamento remoto. Os resultados desta tese não apenas impactam profundamente o entendimento sobre as espécies de cacaus nativas, a evolução da flora e dos povos da Amazônia, mas iluminam uma série de aspectos acerca da origem e história natural dos parentes silvestres de espécies cultivadas.Amazonia is the largest and most biodiverse rainforest of the world, source of a large amount of plant species, and the main repository of ecosystem services relevant globally. The forest is the cradle of many plants from Tropical Americas, and a significant amount of these have played a major role in human history since early Holocene. Studying the origin and history of such groups is, therefore, the basis to build an integrative understanding of Amazonia, and the cacao group, with species traditionally allocated to two generaTheobroma and Herrania is one such example. In this PhD project, I revisited the nomenclatural and taxonomic status of the wild cacao species, associated to an assessment of morphological, evolutionary and populational genomics of selected taxa. Specifically, I aimed at (1) revisit the morphology and distribution of current taxa, reevaluating taxonomic delimitations at species levels; (2) look for morphological synapomorphies and discuss how the evolution of such characters might have occurred; (3) evaluate how genetic variation of populations of cacao (T. cacao) behave regarding its divergence levels of genes under selection; and (4) depict the origin and geographic history of cupuaçu (T. grandiflorum), a tree crop economically relevant in Brazil, known for its humongous fruit and appreciated for its pulp. This dissertation is organized in nine chapters and four parts: taxonomic treatment, phylogenetics and evolution, populational genomics and data mobilization and by-product studies, each one tackling one or more goals associated to this project. First, results for the taxonomic revision consist of complete and updated descriptions of a total of 35 species of Theobroma/Herrania divided into six sections, including three new species here described. Second, a new phylogeny revealed the paraphyly of Theobroma, all of which subsidized a reestablishment of Theobroma including Herrania as a section of the first. Third, using a high-throughput sequencing approach, I could track differential effects of selection on different populations of cacao. Additionally, for the first time I demonstrated that cupuaçu is actually not a natural species, but a domesticated form selected from a wild close relative, cupuí (T. subincanum), so that I could not only track where and when this happened, but also pinpointed a single domestication event that happened in the Middle-Upper Amazon Basin in the mid-Holocene, mediated by indigenous people that had the forest as its source of livelihood long before European colonization. Finally, I compiled a biodiversity dataset of preserved specimen collections of Theobroma, and I present a by-product study that discussed the native area of T. cacao under a remote sensing approach. Results not only deeply impact our understanding on the evolution of wild cacao species, the flora and the people from Amazonia, but shed light on the study of the origin and history of wild crop relatives as a whole
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