199 research outputs found
Structural and dynamic properties of translocase motor SecA:
No full textSecA is a large, 204 kDa, homodimeric, helicase-like protein that is a key component of the bacteria protein secretion machinery. SecA, being a motor protein, couples the translocation of polypeptide segments across or into biological membranes with the expenditure of metabolic energy extracted from ATP hydrolysis. SecA adopts a compact conformation in the cytoplasm but switches to a relaxed one when is engaged to translocation at the membrane. Specific interaction of SecA with SecYEG induces large conformational changes to both partners that result in the stimulation of SecA’s ATPase activity and trigger the opening of the channel.
We use a combination of NMR spectroscopy, Isothermal Titration Calorimetry (ITC) and biochemical techniques to characterize E. coli SecA along the protein secretion pathway. Recent advances in isotope labeling and NMR methodology (methyl-TROSY) enabled the NMR study of SecA.
We found that the nucleotide binding cleft of SecA exists in a metastable state that undergoes a disorder-order transition upon nucleotide binding. Our data show that SecA uses a novel mechanism wherein conserved regions lining the cleft undergo cycles of disorder-order transitions while switching among functional catalytic states. The structural relation of SecA to helicases suggests that these proteins may utilize similar mechanisms to convert the ATP binding/hydrolysis energy to mechanical work.
Our data reveal that C domain undergoes cycles of detachment and rebinding to the motor that are linked with the ATPase activation of SecA. When the contacts with the C domain are loosened, SecA becomes activated and this process is probably facilitated by the membrane. Moreover, allosteric communication between the preprotein binding and the motor domain of SecA is regulated by nucleotide and signal peptide binding. Finally, we found that the extreme C terminus of SecY (C6 loop) contacts both the motor and the C domain of SecA and we identified important residues from the loop C6 that mediate this interaction.
In summary, our studies revealed the intimate relation between flexibility and catalytic efficiency in SecA as well the allosteric communication among the domains.Ph.D.Includes bibliographical references (p. 131-144)by Dimitra Keramisano
Probabilistic design of coastal structures
No full textThe prime objective of this PhD thesis is the development of a statistical wave propagation model in order that the long-term wave statistics are transformed from deeper towards shallower waters, i.e. the location of a coastal structure, and then the use of this information to apply a multivariate probabilistic methodology in order to assess the reliability level of the structure. The specific research objectives and the main innovative points of the dissertation are listed below: -The application of a statistical technique in order that a considerable data reduction could be made to long-term wave data in deep waters without loss of accuracy, e.g. in δetermination of the joint distribution of the load wave variables. -The extension of the the short-term joint distribution of wave height and period in deep waters to incorporate wave directionality via the use of an energy spreading function dependent on wave period, and by assuming statistical dependence between wave height, period and wave direction. -The transfer of the short-term wave statistics, i.e. of each sea state, from deep towardsshallower waters via the use of a wave by wave analysis and a linear wave propagation model. -The integration of short- with long-term wave statistics in intermediate waters in order that the long-term joint probability density function of load variables be estimated at this location. -The use of a total sample analysis and an event-based extreme value analysis in the reliability assessment of coastal structures. -The development of a combined multivariate structural reliability analysis using variables with zero and nonzero hazard rate, referred in this thesis as a combined time-invariant and time-variantanalysis. -The incorporation of this reliability analysis into the design of coastal structures, e.g. of rubble mound breakwaters. Additionally, it is noted that comparisons were made between the statistical model of wave propagation from deep to shallow waters, referring to short-term sea conditions, with wave measurements in deep waters and results in intermediate waters extracted from a commercial and well known Boussinesq wave propagation model. These comparisons showed the domain of validity and the limitations of the statistical wave propagation model developed. In the present PhD thesis, we take advantage of the speed of the model, developed, to transfer the long-term wave climate from deep water to the location of coastal structures with satisfactory accuracy. Also, an important contribution of the dissertation to the field of coastal structures reliability is the use of two methodologies for estimating the probability of failure of coastal structures during their lifetime, and the comparative evaluation between these two approaches, which highlighted the most appropriate methodology in relation to the purpose of the analysis and the time period of the available wave measurements.Ο κύριος στόχος της παρούσας διδακτορικής διατριβής είναι η ανάπτυξη ενός στατιστικού μοντέλου κυματικής διάδοσης έτσι ώστε οι μακροπρόθεσμες κυματικές στατιστικές να μεταφέρονται από τα βαθιά σε πιο ρηχά νερά, ήτοι στη θέση των παράκτιων κατασκευών, και στη συνέχεια η χρησιμοποίηση της πληροφορίας αυτής σε μία πολυπαραμετρική πιθανοτική μεθοδολογία για την εκτίμηση της αξιοπιστίας των παράκτιων κατασκευών. Οι επιμέρους ερευνητικοί στόχοι, καθώς και τα σημαντικότερα καινοτόμα σημεία της παρούσας διατριβής, παρατίθενται παρακάτω: -Η εφαρμογή μίας στατιστικής τεχνικής ώστε να επιτευχθεί μία σημαντική μείωση του όγκου δεδομένων στα βαθιά νερά χωρίς απώλεια των έντονων θαλάσσιων καταστάσεων και της ακρίβειας στον προσδιορισμό της συνάρτησης της μακροπρόθεσμης από κοινού πυκνότητας πιθανότητας των μεταβλητών φόρτισης.-Η επέκταση της βραχυπρόθεσμης συνάρτησης της από κοινού πυκνότητας πιθανότητας του ύψους και περιόδου των κυματισμών εντός μίας θαλάσσιας κατάστασης στα βαθιά νερά για να ενσωματώσει την κατευθυντικότητα των κυματισμών μέσω της χρήσης μίας θεωρητικής σχέσης διασποράς κατευθυντικότητας που εξαρτάται από την κυματική περίοδο και θεωρεί το ύψος, την περίοδο και την κατεύθυνση εξαρτημένα πιθανοτικά. -Η μεταφορά των βραχυπρόθεσμων κυματικών στατιστικών, π.χ. κάθε θαλάσσιας κατάστασης, από τα βαθιά σε πιο ρηχά νερά, μέσω μίας τεχνικής κύμα προς κύμα και της ανάπτυξης ενός γραμμικού μοντέλου κυματικής διάδοσης. -Η ολοκλήρωση των βραχυπρόθεσμων με τις μακροπρόθεσμες κυματικές στατιστικές σταενδιάμεσα νερά με στόχο την εκτίμηση των μακροπρόθεσμων συναρτήσεων πυκνότητας πιθανότητας των μεταβλητών φόρτισης στη θέση αυτή. -Η χρησιμοποίηση της στατιστικής ανάλυσης στο σύνολο των θαλάσσιων καταστάσεων και της ανάλυσης ακραίων τιμών βασισμένη σε γεγονότα στην εκτίμηση της πιθανότητας αστοχίας των παράκτιων έργων στη διάρκεια της ζωής τους. -Η ανάπτυξη μίας πολυπαραμετρικής ανάλυσης αξιοπιστίας μίας παράκτιας κατασκευής συνδυάζοντας στοχαστικές μεταβλητές με μηδενικό και μη μηδενικό βαθμό επικινδυνότητας, η οποία αναφέρεται στην παρούσα διατριβή ως μία συνδυασμένη ανάλυση χρονικά-ανεξάρτητων και –εξαρτώμενων μεταβλητών. -Η ενσωμάτωση της συγκεκριμένης ανάλυσης αξιοπιστίας στο σχεδιασμό των παράκτιων κατασκευών, με αναφορά στο παράδειγμα των συμβατικών κυματοθραυστών με πρανή. Επιπρόσθετα, σημειώνεται ότι πραγματοποιήθηκαν συγκρίσεις του μοντέλου που χρησιμοποιήθηκε στα πλαίσια της διατριβής, σε επίπεδο βραχυπρόθεσμων θαλάσσιων συνθηκών. Οι συγκρίσεις αυτές αφορούν τόσο στα βαθιά νερά όσο και τα ενδιάμεσα νερά, όπου οι εκτιμήσεις του γραμμικού μοντέλου διάδοσης συγκρίθηκαν με τα αποτελέσματα ενός γνωστού και εμπορικού μη γραμμικού μοντέλου. Οι συγκρίσεις αυτές ανέδειξαν την περιοχή εγκυρότητας και τους περιορισμούς εφαρμογής του μοντέλου που αναπτύχθηκε. Στα πλαίσια της παρούσας εργασίας, επωφελούμαστε από την ταχύτητα του μοντέλου, πουαναπτύχθηκε, στο να μεταφέρει με ικανοποιητική ακρίβεια την μακροπρόθεσμη κυματική πληροφορία από τα βαθιά νερά στη θέση των παράκτιων έργων. Επίσης, μία σημαντική συνεισφορά της διατριβής στο αντικείμενο της αξιοπιστίας των παράκτιων κατασκευών αποτελεί η χρησιμοποίηση δύο μεθοδολογιών για την εκτίμηση της πιθανότητας αστοχίας των παράκτιων κατασκευών στη διάρκεια της ζωής τους, και η συγκριτική αξιολόγηση μεταξύ των δύο αυτών προσεγγίσεων, η οποία ανέδειξε την πιο κατάλληλη μεθοδολογία σε σχέση με τον σκοπό της ανάλυσης και τη διάρκεια των διαθέσιμων κυματικών μετρήσεων
Geolinguistic spaces and the geopolitics of organization studies: movements across centers and peripheries: European group for organisational studies colloquium
No full textAcademic knowledge production and evaluation has been studied as a phenomenon situated across global and (semi)peripheral contexts (Lillis and Curry, 2010; Bennett, 2014). The metaphor of scales draws attention to the study of academic discourses as practices that develop across vertical, hierarchically organized layers (Blommaert, 2010). In this paper, we draw on 3 sub-corpora of organization studies journal articles, with each journal occupying a different position in the impact factor continuum. Building on the work of Lillis and Curry (2010), we study networked activities as social capital in the global academic economy. In our analysis we first examine the epistemological profile of organisation studies, as reflected in differentially ranked journals located in European contexts. We then explore the complex configuration of spaces/localities within and around which the production of knowledge takes place, by examining networks of author affiliations in relation to the identified sites in the empirical papers included in the corpus. Finally, we examine how constructions of the ‘local’ and the ‘global’ relate to the themes foregrounded in the aims and scope of each journal and we explore how discourses of the ‘local’ and the ‘global’ relate to key concepts in the field of organization studies, including institutions, alternatives and resistance, as well as power and gender
Estimation of ocean wave directional spreading from measurements of free surface elevation
No full text211 σ.Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο--Μεταπτυχιακή Εργασία. Διεπιστημονικό-Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) “Επιστήμη και Τεχνολογία Υδατικών Πόρων”Η πληροφορία σχετικά με την κατευθυντικότητα κυματισμών είναι σημαντική για το σχεδιασμό λιμένων, μαρίνων και γενικότερα πλωτών και σταθερών θαλάσσιων κατασκευών. Για το λόγο αυτό, αντικείμενο της παρούσας μεταπτυχιακής εργασίας αποτελούν οι τυχαίοι πολυκατευθυντικοί ανεμογενείς κυματισμοί και ο προσδιορισμός της κατευθυντικότητάς τους από μετρήσεις ανύψωσης της ελεύθερης επιφάνειας της θάλασσας. Αυτό επιτυγχάνεται μέσω του προσδιορισμού κατευθυντικών φασμάτων των υπό μελέτη κυματισμών.
Αρχικά, αναλύονται οι κυριότερες μέθοδοι, που έχουν αναπτυχθεί, για τον προσδιορισμό της συνάρτησης διασποράς κατευθυντικότητας των κυματισμών ή του κατευθυντικού φάσματος. Βασίζονται σε μετρήσεις από διάφορά όργανα του πεδίου των κυματισμών. Στις μεθόδους, που μελετήθηκαν, συγκαταλέγονται η Σταθμισμένη Μέθοδος Σειρών Fourier (Weighted Fourier Series Decomposition), η Μέθοδος Μέγιστης Πιθανοφάνειας (Maximum Likelihood Method) και η Μέθοδος Μέγιστης Εντροπίας (Maximum Entropy Method).
Η παρούσα μεταπτυχιακή εργασία αναφέρεται σε διατάξεις μετρητών στάθμης, λόγω των διαθέσιμων δεδομένων (ανυψώσεις της ελεύθερης επιφάνειας της θάλασσας). Ωστόσο, είναι δυνατόν να προσδιορίζεται η κατευθυντικότητα και από την ανύψωση και τις κλίσεις της ανύψωσης της ελεύθερης επιφάνειας ως προς τους δύο κάθετους οριζόντιους άξονες, όπως συμβαίνει στις μετρήσεις του σημειακού συστήματος heave-pitch-roll buoy.
Από την εφαρμογή των μεθόδων στις παραπάνω χρονοσειρές και τη σύγκριση των αποτελεσμάτων των διαφόρων μεθόδων μεταξύ τους εξάγονται κάποια χρήσιμα συμπεράσματα. Οι χρονοσειρές προέρχονται από μετρήσεις του πειράματος Ν8-11, το οποίο διεξήχθη στις εγκαταστάσεις UK Coastal Research Facility του εργαστηρίου HR Wallingford (1997). Σημειώνεται, επίσης, ότι οι αισθητήρες στάθμης ήταν τοποθετημένοι στα βαθιά και στα ενδιάμεσα νερά, γεγονός που επιτρέπει τον προσδιορισμό της κατευθυντικότητας των υπό μελέτη κυματισμών σε μεγάλο τμήμα του υπολογιστικού πεδίου.
Στη συνέχεια, χρησιμοποιήθηκε το μαθηματικό μοντέλο διάδοσης κυματισμών τύπου Boussinesq των Chondros and Memos (2014), το οποίο τροποποιήθηκε για την προσομοίωση και αναπαραγωγή των κυματισμών του πειράματος με την κατάλληλη συνάρτηση πηγής, τις κατάλληλες οριακές συνθήκες, τη βυθομετρία και τη θραύση των υπό μελέτη κυματισμών. Το συγκεκριμένο μοντέλο επαληθεύτηκε με σύγκριση των αποτελεσμάτων του με τις αντίστοιχες μετρήσεις του πειράματος και έδειξε ικανοποιητική απόδοση. Στις χρονοσειρές του μοντέλου εφαρμόστηκαν, και πάλι, οι μέθοδοι προσδιορισμού κατευθυντικότητας και εξήχθησαν συγκεκριμένα συμπεράσματα.
Από την εφαρμογή των μεθόδων στις μετρήσεις του πειράματος και τα αποτελέσματα του μοντέλου προέκυψαν οι ακόλουθες διαπιστώσεις και παρατηρήσεις:
(1) Η επιτυχής επιλογή των μεθόδων προσδιορισμού κατευθυντικότητας για την συγκεκριμένη περίπτωση,
(2) Η μεγάλη ευαισθησία των αποτελεσμάτων στο μήκος των χρονοσειρών,
(3) Η μεγάλη ευαισθησία των αποτελεσμάτων και ιδίως των κατευθυντικών φασμάτων στον αριθμό και τις θέσεις των αισθητήρων,
(4) Η μεγάλη ευαισθησία των αποτελεσμάτων στην ακρίβεια των συντεταγμένων των αισθητήρων,
(5) Ο επηρεασμός των αποτελεσμάτων του μοντέλου στα βαθιά από τη κοντινή θέση της κυματογεννήτριας.
Επιπρόσθετα, σημειώνεται η γενικότερη παρατήρηση ότι υπάρχουν κάποιες αποκλίσεις μεταξύ πειράματος και μοντέλου, όσον αφορά στην εφαρμογή των μεθόδων προσδιορισμού κατευθυντικότητας στις μετρήσεις και τα αποτελέσματα τους, αντίστοιχα. Αυτές μπορούν να αποδοθούν, εν συντομία, στις αποκλίσεις μεταξύ κυματογεννήτριας μοντέλου και κυματογεννήτριας πειράματος, στις αποκλίσεις των συντεταγμένων των αισθητήρων και τις διαφορές της τραχύτητας του πυθμένα, που λήφθηκαν υπόψη στο πείραμα και στο μοντέλο.Information on wave directionality is significant for the design of marine systems such as ships, ocean and coastal structures. In order to obtain information on wave directionality, it is highly desirable to estimate the directional spreading characteristics, which are described and represented by directional spectrums, as accurate as possible, from a limited amount of data.
Although many methods for estimating the wave energy spreading function or wave spectra have been developed, based on different approaches, the commonly acknowledged appropriate for practical use are the Weighted Fourier Series Decomposition (WFS) Method, Extended Maximum Likelihood Method (EMLM), the Maximum Entropy Method (MEM) and Bayesian Approach method.
In the present work, directional spectrum is evaluated from analysis of records obtained from wave probes arrays deployed in deep and intermediate water at the UK Coastal Research Facility at HR Wallingford (1997). It should be mentioned that time series of free surface elevation are modified by a manual process, based on the definition of slope so as the case of a single-point system to be examined. The single-point system is the heave-pitch-roll buoy, which is the most widely used (Longuet-Higgins et al., 1963). It delivers the sea-surface elevation (heave) and the two orthogonal slopes of sea-surface elevation (pitch and roll).
Next, Extended Maximum Likelihood Method is applied on the time series of free surface elevation, as they are recorded by the selected probes. Afterwards, Weighted Fourier Series Decomposition Method, Extended Maximum Likelihood Method and Maximum Entropy Method are applied on the modified time series for the case of heave-pitch-roll buoy. It must be noted that the codification of the aforementioned methods was achieved by personal effort of the author, using the software package Matlab 2009.
A modified Boussinesq-type model, which is introduced by Chondros and Memos (2014) is derived to account for propagation of either regular or irregular waves in two horizontal dimensions. This model is used in the present work, in order to reproduce irregular short-crested waves of the experiment. The model takes into account experiment's bathymetry, absorbing boundaries, wave breaking and bottom friction. Good agreement between model results and experiment data is observed, showing that this model is capable of simulating satisfactory the propagation of irregular short-crested breaking waves.
Then, the same methods, which were applied on experimental measurements, applied on model results and specific conclusions are conducted.
A number of deviations has been observed between the experiment and the model, as far as the estimation of wave directionality is concerned, after the application of the above methods on the time series of each one irrespectively. These deviations might be attributed to:
(1) deviations between the wave generator in the experiment and the simulated wave generator in the model,
(2) differences in coordinates,
(3) differences in bottom friction
between the experiment and the model.
Conclusively, results obtained from the application of EMLM on timeseries of surface elevation and the application of WFS Method and MEM on the modified time series for the case of heave-pitch-roll buoy are quite similar, but MEM's and EMLM's results are more reliable. EMLM for the case of heave-pitch-roll buoy did not give valid results, which indicates the sensitivity of EMLM to timeseries. Furthermore, characteristic of these methods is their sensitivity to the length of time series, the number and the location of the probes and the accuracy of coordinates of the probes' position.
Moreover, Boussinesq-type model, introduced by Chondros and Memos 2014, reproduces satisfactorily the experimental results. However, some deviations have been observed between the experiment and the model, as far as the estimation of wave directionality is concerned. These deviations might be attributed to deviations between the wave generator in the experiment and the simulated wave generator in the model, differences in coordinates and differences in bottom friction between the experiment and the model.
Finally, it can be noted, that the methods for estimation wave directionality, which are used in the present work, are appropriate for the case of wind generated random short-crested waves. Besides, information on wave directionality is extremely significant for the design of ocean and coastal structures. This is because the responses of a system in a seaway, computed using a directional spectrum, are estimated precisely, since responses induced by waves of all frequencies and from all directions are regarded.Δήμητρα Ι. Μαλλιούρ
The right to childhoods : critical perspectives on rights, difference and knowledge in a transient world
No full textThis book offers an engaging study that analyses contemporary childhood by examining new lines of argument about diversity, disability and difference. The author critiques the key issues that affect both adults' and children's quality of life, including market-driven values, poverty and civic disengagement.In this fascinating study, Dimitra Hartas analyses contemporary childhood. She discusses the plurality inherent in childhood and the cultural, ideological, social and biological forces that shape children's experience of growing up in the 21st century. She engages with new lines of argument about diversity, disability and difference, and critiques the big issues that affect both adults' and children's quality of life such as market-driven values, poverty and civic disengagement.Hartas uncovers evidence of how the right to childhood is being violated in both the developed and developing world and how our consumerist culture is shaping children's lives in ways that are not always understood, and advocates the right to childhoods. She concludes by discussing the implications of her findings for both policy and practice in early childhood education, and examines pedagogies that are responsive to ethics, diversity and difference
SPECIAL ISSUE | Digital Role-Playing Games and Theatre: Retooling and Repurposing Entertainment, Art, Learning (Part 2)
No full textAuthors: Aikaterini Delikonstantinidou National and Kapodistrian University of Athens Dimitra Nikolaidou Aristotle University of Thessaloniki Download PDF version THEATRE AND/AS DIGITAL GAME As Lori M. Shyba has proposed, central among the benefits to be reaped by MMORPGs via the incorporation of theatre tools are enhanced gameplay experiences, games’ development as “a unique art form,” and their emergence as “an experiential way to rehearse social change” (2007, 779). The latter insof..
SPECIAL ISSUE | Digital Role-Playing Games and Theatre: Retooling and Repurposing Entertainment, Art, Learning (Part 1)
No full textAuthors: Aikaterini Delikonstantinidou National and Kapodistrian University of Athens Dimitra Nikolaidou Aristotle University of Thessaloniki Download PDF version INTRODUCTION What do Shakespeare’s The Tempest and modern gaming have in common? According to Gina Bloom’s Gaming the Stage (2018), the answer is a set of strategies of playing, such as withholding, divulging, speculating, and wagering on knowledge. These, on the one hand, allowed one to act upon their knowledge of gaming in ..
Shape investigation and probabilistic representation of coastal storms. Applications to Mykonos and Barcelona
No full textThe main objective of the present work is the probabilistic representation of coastal storms’ parameters through non-parametric probability distributions that can give satisfactory estimates in the whole range of the variables’ values. Their proper probabilistic representation can provide crucial information for many applications including the probabilistic design of marine and coastal structures. Different non-parametric univariate distributions in combination with different copula types or the conditional model are applied, to check the closeness of their fit to the available bivariate coastal storm data (e.g., the storms’ maximum wave height and the associated peak wave period). Moreover, except for the classical kernel distribution, a new, recently developed Box-Cox transformed kernel method is also examined and applied. The latter has been already evaluated so far to sea states data but not to storm data. Therefore, the adopted methodology is implemented to real coastal storms in two different locations, derived from wave recordings from Mykonos (Greece) and Barcelona (Spain). Furthermore, some of the significant statistical properties of the observed coastal storms, such as the calm period, the duration, and the shape (triangular or trapezoid) are also detected. From the present analysis, the derived methodology for representing accurately coastal storms is clarified, giving thus a useful tool to engineers and researchers to consider extreme events probability of occurrence, which is essential for the design of coastal structures and consequently for the protection of coastal communities
- …
