1,721,034 research outputs found
Comparison of effects of human serum and horse serum on in vitro susceptibility testing of echinocandins
No full textResistenza agli azoli in isolati ambientali di Aspergillus fumigatus in Italia
No full textObiettivo. Scopo di questo studio è stato indagare la frequenza della resistenza ai triazoli in ceppi ambientali di A. fumigatus isolati in diverse regioni italiane e ricercare il meccanismo molecolare alla base della resistenza. Lo studio rappresenta l’ampliamento di un precedente studio che aveva riguardato solo due regioni, Lombardia e Liguria (Eurosurv. 2014; 19: 20747).
Metodi. Campioni di terra, trattati secondo il protocollo descritto dal gruppo di ricerca olandese di Nijmegen (Appl.Environ.Microbiol 2009; 75: 4053), sono stati seminati su differenti terreni, agar glucosato di Sabouraud (SDA), SDA+itraconazolo (4 mg/L) e SDA+voriconazolo (2 mg/L) e incubati a 37° e 42°C per 72 h. I ceppi di A. fumigatus cresciuti in presenza di azoli sono stati sottoposti a test di sensibilità in vitro ad itraconazolo, voriconazolo e posaconazolo, mediante metodica di microdiluizione in brodo secondo EUCAST. Per i ceppi risultati resistenti ad almeno un antifungino è stato eseguito il sequenziamento del gene Cyp51A al fine di indagare la mutazione alla base della resistenza.
Risultati. Tra il 2011 e il 2016 sono stati analizzati 205 campioni di terra provenienti da 86 siti da 12 regioni italiane (Lombardia, Liguria, Piemonte, Veneto, Friuli-Venezia Giulia, Toscana, Marche, Umbria, Abruzzo, Puglia, Calabria e Sicilia). Trentadue ceppi di A. fumigatus sono risultati resistenti ad almeno un azolo. I ceppi resistenti provenivano da diverse coltivazioni (trattate o ufficialmente non trattate con fungicidi azolici), nello specifico: coltivazioni di ortaggi (12), uliveti (6), meleti (3), aranceti (2) e altri frutteti (3), vigneti (2), compost di rose (2), campi di grano (1) e parchi cittadini (1). Il sequenziamento del gene Cyp51A ha confermato che la resistenza era associata alla mutazione TR34/L98H in 29 ceppi e alla mutazione G54E in un isolato proveniente da un vigneto della Valpolicella (VR). E’ tuttora in corso l’analisi molecolare di due ceppi isolati in Umbria.
Conclusioni. Lo sviluppo della resistenza in aree geografiche differenti dimostra che la resistenza ambientale associata principalmente alla mutazione TR34 / L98H è diffusa in tutto il nostro Paese
Fusarium musae as cause of superficial and deep-seated human infections
No full textBLAST analysis in GenBank of 60 Fusarium verticillioides clinical isolates using the sequence of translation elongation factor 1-alpha allowed the identification of four F. musae confirming that this species is not a rare etiology of superficial and deep infections and that its habitat is not restricted to banana fruits
Cryptococcus neoformans population includes hybrid strains homozygous at mating-type locus
No full textRecent attempts to characterise the hybrid strains of Cryptococcus neoformans have led to the identification of a cryptic population of hybrid strains ('H strains') with double DNA content but only a single mating-type allele. To verify a set of hypotheses concerning their origin, we investigated 14 previously isolated H strains and ten F1-progeny strains arising from H99 and JEC20 mating. The double DNA content was tested by flow cytometry; the presence of only one mating type was tested by amplifying 12 mating-type-specific genes and one gene unlinked with the mating-type locus (URA5). Analysis of the F1 progeny identified two H strains, and electrophoretic karyotyping confirmed the occurrence of genetic recombination. The simultaneous presence of the homozygous and heterozygous loci, and the fact that all of the F1-progeny strains presented a recombinant karyotype, suggest that the H strains originated from the post-meiotic random fusion of two of the four recombinant nuclei. Further studies are required to elucidate the role of the homozygous mating-type loci in the virulence of C. neoformans
Four-year persistence of Candida albicans genotype causing bloodstream infections in a surgical ward proven by multi-locus sequence typing
No full textHybrid population of cryptococcus neoformans includes strains homozygous at mating-type locus
No full textThe recent efforts to characterize the hybrid strains of Cryptococcus neoformans has led to the identification of a cryptic population, here described as H strains, which includes hybrid strains with a double content of DNA but presenting a single mating type: Aa, Da, Aalpha, or Dalpha. A set of hypotheses can be formulated about the origin of these H strains: i) they might have lost or modified one mating type allele by a mutation event; ii) they might be homozygous originated from an incomplete mitotic event; iii) they might be homozygous originated from an incomplete meiotic event; iv) they might be homozygous originated from a post-meiotic event. To test these hypotheses we further investigated some H strains previously isolated and then we studied the F1 progeny originated from the mating between H99 (serotype A) and JEC20 (serotype D) reference strains. Fourteen clinical isolates were investigated. The double content of DNA was confirmed by flow cytometry and the presence of only one mating type by the amplification of 12 mating-type-specific genes. In addition, the amplification and the allelic characterization of URA5 gene, outside the mating-type locus, was also performed. The same analyses were performed in 10 strains originated by the mating between H99 and JEC20 strains. Two strains were identify as H strains with mating type Aalpha and further investigation by electrophoretic karyotyping confirmed that genetic recombination occurred. Therefore, the present results suggest that H strains originated from the post-meiotic random fusion of two of the four recombinant nuclei. This gives an explanation to the simultaneous homozygousity of mating type locus and the homozygosity or heterozygousity of URA5 locus in H strains, and is supported by the finding that all F1 progeny, including the two H strains, presented a recombinant karyotype. In conclusion, H strains represents a subpopulation of C. neoformans that originated from the hybridization of serotype A and D populations and that may be isolated from clinical sample. Further studies are required to better understand if homozygosity at mating-type locus may influence the virulence of C. neoformans strains
Flucytosine and cryptococcosis : which in vitro test is the best predictor of outcome?
No full textThe combination of flucytosine and amphotericin B is first choice treatment for active cryptococcosis. Because of innate or acquired resistance of Cryptococcus neoformans to flucytosine, in vitro testing is mandatory. Yeast nitrogen base (YNB) at pH 7.0 is the recommended medium for the broth microdilution test (NCCLS M27-A) and for the E-test. In order to verify if minimum inhibitory concentrations (MICs) were able to predict treatment outcome, the susceptibility of 24 isolates from 21 patients treated with flucytosine alone or in combination was tested by the broth microdilution, agar dilution and E-test using YNB either at pH 7.0 or at pH 5.4. Only those MICs obtained on YNB pH 5.4 proved to correlate with treatment outcome. The present study suggests that in vitro susceptibility to flucytosine of C. neoformans isolates should be evaluated on YNB pH 5.4 and the test should be standardized accordingly
Cryptococcus neoformans typing by PCR fingerprinting using (GACA)4 primers based on C. neoformans genome project data
No full textFour (GACA)(4) PCR fingerprinting sequences, used as markers to identify serotypes A and D and AD hybrids, were retrieved in four Cryptococcus neoformans genome databases. Their locations, both in serotype A and D genomes, were confirmed by chromosomal hybridization with specific probes. Two sequences were recognized to code for hypothetical functional proteins
Resistenza agli azoli in isolati clinici ed ambientali di Aspergillus fumigatus
No full textLa resistenza di Aspergillus fumigatus agli azoli è segnalata con sempre maggiore frequenza sia in pazienti in trattamento antifungino cronico che in pazienti naïve. E’ stato ipotizzato lo sviluppo della resistenza nell’ambiente confermato dall’isolamento ambientale in Europa (Snelders 2008 e 2009; Mortensen 2010) e anche in Lombardia (Prigitano 2014). Questa resistenza agli azoli è frequentemente associata alla mutazione TR34/L98H nel gene Cyp51A.
Scopo del presente lavoro è stato indagare l’ampiezza del fenomeno della resistenza in Italia analizzando ceppi clinici e ambientali di A. fumigatus.
Sono stati sottoposti a screening su terreni selettivi contenenti itraconazolo (4 mg/l), voriconazolo (2 mg/l) e posaconazolo (0,5 mg/l) 533 ceppi clinici isolati da 441 pazienti tra il 1995 e il 2006, provenienti dalla collezione del Laboratorio di Micologia Medica dell’Università degli Studi di Milano. La resistenza è stata verificata mediante microdiluizione in brodo secondo la metodica EUCAST. Nessuna resistenza è stata trovata negli 85 ceppi isolati da 62 pazienti tra il 1995 e il 1997, mentre a partire dal 1998 la resistenza è stata evidenziata in 31/448 isolati (6,9%) da 24/378 (6,3%) pazienti. La prevalenza variava dal 12,2% nel 1998 allo 0% nel 2005 ed all’8,3% nel 2006. Tutti gli isolati erano resistenti, o con valori intermedi di MIC, a itraconazolo e posaconazolo e il 63% era resistente ai tre azoli. La mutazione TR34/L98H è stata trovata in 27 ceppi resistenti; due isolati da pazienti con fibrosi cistica in terapia con azoli avevano la mutazione G54E e in due non è stata trovata alcuna mutazione nel gene Cyp51A.
Tra maggio 2014 e marzo 2015 sono tati raccolti 122 campioni di terra da 46 siti ubicati in 8 regioni italiane (Piemonte, Friuli-Venezia Giulia, Veneto, Toscana, Marche, Puglia, Calabria e Sicilia), trattati in accordo con i metodi precedentemente descritti (Snelders 2009) e seminati in presenza ed assenza di itraconazolo (4 mg/L). A. fumigatus resistenti a itraconazolo sono cresciuti da 25 dei 127 campioni sottoposti a screening (19,7%) provenienti da 7 regioni. I ceppi resistenti erano stati isolati da diverse coltivazioni (trattate, o ufficialmente non trattate, con fungicidi azolici): ortaggi (8), frumento (1), ulivi (5), vigneti (3), meleti (3), aranceti (2) e altri frutteti (3). Tutti gli isolati, tranne due, erano resistenti o avevano valori intermedi di MIC per i 3 azoli. Il sequenziamento del gene Cyp51A ha confermato che la resistenza era associata alla mutazione TR34/L98H in 24 isolati e alla mutazione G54E in un ceppo sensibile a voriconazolo isolato in Toscana da un orto.
Dai risultati di questo studio emerge che in Italia erano presenti ceppi clinici di A. fumigatus resistenti ai triazoli già a partire dal 1998 e che la resistenza nell’ambiente è presente su tutto il territorio nazionale. Nella maggior parte dei casi il meccanismo di resistenza è identico a quello predominante in altri Paesi europei
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